Introduccin a la bioqumica

Qu es la bioqumica?
Ciencia que describe la estructura, organizacin y
funciones de la materia viva en trminos
moleculares.
Areas de estudio: qumica estructural, metabolismo,
gentica molecular (la ltima muy relacionada con
la biologa molecular).

Historia
La historia de la bioqumica es relativamente moderna. A
comienzos del S.XIX es cuando realmente surge pero su uso
puede ser de hace mas de 5000 aos.
Hace ms de 5000 aos:

Levadura
CO2 + C2H5OH
Almidn

Dixido de Carbono + Etanol

Historia
En 1828 Friedrich Whler descubre que al
calentar cianato de amonio (inorgnico)
produca urea (orgnico):
NH4+-OCN
(NH2)2CO

Los inicios de la bioqumica

1897: Catlisis de reacciones an sin clulas
ntegras (extracto de levaduras-fermentacin
alcohlica)

CH3CH2OH

CH3CH2OH
+
CO2

Historia
Entre los aos 1940 y 1950, fue cuando se demostr que el cido
desoxirribonucleico (ADN) era el portador de la informacin
gentica.
En 1953 James Watson y Francis Crick describieron la estructura de la
doble hlice del ADN.

Imagen obtenida por Rosalind Franklin,

muestra el patrn de difraccin de RX
producido por fibras de ADN hmedas.

A partir de aqu surgi

la biologa molecular.

Biologa molecular:
Se suele usar para el estudio
de la estructura y funcin de
los c. Nucleicos y los aspectos genticos de la bioqumica. Pero al
igual que otras ciencias el lmite entre la una y la otra no est muy
claro pues muchas de las tcnicas que se utilizan en estas han sido
desarrolladas por fsicos, como la difraccin de rayos X, RMN o la
microscopa molecular.

Desarrollo histrico
de algunas ciencias
de la vida

Imagen de Mathews, Van Holde y Ahern. 2008. Bioqumica.

3 Edicin. 2002. Pearson Education, S.A. Madrid, Espaa

Bioqumica moderna

Nutricin

Medicina

Industria
Etc

Escalas de tamao e
instrumentacin usada en
Bioqumica

Imagen de Mathews, Van Holde y Ahern. 2008. Bioqumica.

3 Edicin. 2002. Pearson Education, S.A. Madrid, Espaa

Organizacin jerrquica
de las estructuras
biolgicas

Imgenes de Voet y Voet. 2011.

Biochemistry. 4th Edition.

Imagen de Nelson y Cox. 2008. Lehninger, Principles of

Biochemistry. 5th Edition. W.H. Freeman and Co. New York.

Procariotas

Carecen de ncleo definido, el material gentico aparece en el

citoplasma en forma de nucleoide, poseen un ADN circular
llamado plsmido. Carecen de mitocondrias y otras orgnelas, la
respiracin celular ocurre en la membrana.
Imagenes de Voet y Voet. 2011. Biochemistry. 4 Edition.

Eucariotas

Imgenes de Voet y Voet. 2011.

Biochemistry. 4th Edition.

Relacin superficie/
volumen

Imagen de Mathews, Van Holde y Ahern. 2008. Bioqumica.

3 Edicin. 2002. Pearson Education, S.A. Madrid, Espaa

Naturaleza de los orgnulos

Imagen de Mathews, Van Holde y Ahern. 2008. Bioqumica.

3 Edicin. 2002. Pearson Education, S.A. Madrid, Espaa

Naturaleza del citosol

Remanente semi-lquido que resulta de
romper en condiciones apropiadas la
membrana celular y centrifugar a
150000g por una hora.
A esta velocidad muchas protenas en
suspensin acuosa se sedimentan.

Imagen de Nelson y Cox. 2008. Lehninger, Principles of

Biochemistry. 5th Edition. W.H. Freeman and Co. New York.

Clula vegetal

Imgenes de Voet y Voet. 2011.

Biochemistry. 4th Edition.

Morfologa de 4
tipos de clulas:
a) Osteocito (clula
osea)
b) Espermatozoide
c) Clula
pancretica
d) neurona

Imgenes de Voet y Voet. 2011.

Biochemistry. 4th Edition.

Tendencias en biologa
evolutiva sobre el
origen de los
organismos

Imgenes de Voet y Voet. 2011.

Biochemistry. 4th Edition.

El Agua
El agua es el componente mayoritario de los seres vivientes. La
inmensa mayora de las reacciones bioqumicas se desarrollan en el
seno del agua y obedecen las leyes fsico- qumicas de las
disoluciones acuosas.

Propiedades y estructura de la molcula de Agua

El puente de hidrgeno
Tanto el agua como el amoniaco y el fluoruro de
hidrgeno poseen caractersticas especiales que
los hacen presentar una mayor interaccin
intermolecular que otros dipolos similares.
Esto se debe a una interaccin conocida como el
puente de hidrgeno.
El puente de hidrgeno tiene una alta
direccionalidad y es relativamente fuerte.

El agua es el disolvente en el
que ocurren las reacciones
metablicas y donde se
disuelven o suspenden las
molculas biolgicas e
inorgnicas de inters para la
vida. Las interacciones por
puentes de hidrgeno
determinan gran parte de su
comportamiento qumico.

Imgenes de Voet y Voet. 2011.

Biochemistry. 4th Edition.

Propiedades y estructura de la molcula de Agua

Equilibrios inicos:
El agua ioniza
2 H2O

H3O+ + OH-

Sin embargo, a 25C, la concentracin de las formas inicas es muy pequea as que al definir la
constante de equilibrio de la reaccin, si la concentracin del agua molecular es constante
Kw = Keq[H2O]=[H3O+] [OH-] = 1 x 10-14
Ahora bien, la concentracin de in hidronio [H3O+] es
[H3O+] = [H+] = 1 x 10-7M
Trabajar con potencias resulta incmodo, por lo que se define un operador
pX = - log [X]
por lo que podemos decir que
pH = - log [H+]

Propiedades y estructura de la molcula de Agua

Propiedades y estructura de la molcula de Agua

Elevado punto de fusin y de ebullicin. Amplio margen
en que permanece en fase lquida (0-100 C).
Elevada viscosidad.
Elevada constante dielctrica.

Elevada tensin superficial.

Accin de disolvente.

Relacin entre entropa y temperatura. Los aumentos de

temperatura generan aumentos en el desorden de las
molculas y por ende de la entropa.
Imgenes de Voet y Voet. 2011.
Biochemistry. 4th Edition.

El agua como
disolvente,
interacta consigo
misma y con otras
molculas
utilizando distintos
tipos de
interacciones
intermoleculares

Imgenes de Voet y Voet. 2011.

Biochemistry. 4th Edition.

Propiedades y estructura de la molcula de Agua

El agua es un disolvente que

rodea las macromolculas
biolgicas, en ciertos casos
de forma especfica, como
el agua unida a las
protenas.

Imagen de Nelson y Cox. 2008. Lehninger,

Principles of Biochemistry. 5th Edition. W.H.
Freeman and Co. New York.

Propiedades y estructura de la molcula

de Agua

La concentracin de solutos en el medio

puede afectar el movimiento de agua
(entradas o salidas) a travs de la
membrana plasmtica.
La smosis es el paso de agua a travs de
una membrana semipermeable de un
medio poco concentrado en soluto a uno
ms concentrado.

Propiedades y estructura de la molcula de Agua

Variacin de la Densidad con la Temperatura para el Agua
TEMPERATURA
(C)
-20
-10
-5
0
2
3
4

DENSIDAD
(g/L)
993.54
998.12
999.26
999.84
999.94
999.96
999.97

TEMPERATURA
(C)
5
10
20
40
60
80
100

DENSIDAD
(g/L)
999.96
999.70
998.20
992.22
983.20
971.80
958.36

Propiedades y estructura de la
molcula de Agua

Propiedades y estructura de la
molcula de Agua
La interaccin entre los diferentes dipolos elctricos de
una molcula causa una atraccin en red que explica
el elevado ndice de tensin superficial del agua.
Esta es debida a las Fuerzas de Van der Waals entre
molculas de agua, esta aparente elesticidad explica
la formacin de ondas capilares.

Energa involucrada en la
ruptura de enlaces covalentes
y fuerzas intermoleculares

Imagen de Mathews, Van Holde y Ahern. 2008. Bioqumica.

3 Edicin. 2002. Pearson Education, S.A. Madrid, Espaa

Propiedades de Biomolculas Reflejan

su Aptitud a la Condicin Viviente
Van der Waals: 0.4-4.0 kJ/mol
Puentes de Hidrgeno: 12-30 kJ/mol
Interacciones Hidrofbicas : <40 kJ/mol
Covalentes: 200-450 kJ/mol

Componentes moleculares de una E.

coli
% del peso total
de la clula
Agua
Protenas
cidos nucleicos
DNA
RNA
Polisacridos
Lpidos
Subun. monomricas
e intermediarios
Iones inorgnicos

Nmero de especies
moleculares

70
15

1
3,000

1
6
3
2
2

1
>3,000
5
20
500

20

Biomolculas
La clasificacin de los seres vivos sera:
Elementos primarios en un 96% C, H, O, N. Son
indispensables para formar biomolculas orgnicas.
Elementos secundarios en un 4,9% P, S, Ca, Na, K, Mg,
Cl. Aunque se encuentran en menor proporcin que los
primarios, son tambin imprescindibles para los seres
vivos.
Oligoelementos son aquellos que se encuentran en la
materia viva en una proporcin inferior al 0,1%. B, Cr,
Co, Cu, F, Fe, I

ELEMENTOS INORGNICOS
Enlace inico

Cristal de NaCl

Elementos inorgnicos en protenas

CH2
CH

H 3C

H 2C

CH
N
CH3

F e ++

CH3
N
CH2 CH2 COO-

H 3C

Complejo octadrico
de Fe++: Grupo hemo

CH2

N
F e++
N

CH2
COO-