04 Lampiran
04 Lampiran
LAMPIRAN
Nama Alat
Erlenmeyer
Merek/Tipe
Iwaki, 100 dan
250 mL
Kegunaan
Tempat
pembuatan gel
agarosa
Mengukur berat
agarosa
2.
Timbangan
digital
Precisa
3.
Mikropipet
Eppendorf; 0,5
l-1000 l
4.
Tips
5.
Autoklaf
Hirayama
6.
Refrigerator
Sanyo
7.
Biomedical
Freezer -20oC
Thermo Freezer
8.
Sarung tangan
steril
Hand Seal
9.
Tabung vial
Eppendorf; 1,5
ml
Meneteskan suatu
larutan dengan
akurasi tinggi
Tempat
meneteskan
larutan pada
mikropipet
Tempat sterilisasi
mekanik
Tempat
penyimpanan
sampel darah
Tempat
penyimpanan
reagen dan
sampel DNA
Melindungi
tangan dari
kontaminan
Menyimpan
sampel DNA
10.
Mesin thermal
cycler/ PCR
11.
Apparatus
elektroforesis
Applied
BioSystems,
Veriti
C. B. S.
Scientific
Mengamplifikasi
sekuens gen
MLH-1
Visualisasi produk
PCR
12.
Power Pac
C. B. S.
Scientific
13.
Gel-Doc 1000
Benchtop 2UV
Sumber arus
listrik untuk
running
elektroforesis
Visualisasi hasil
elektroforesis gel
14.
Tissue
Multi
Membersihkan
meja kerja
Tempat
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Fisiologi Tumbuhan,
F. Biologi UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi
UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi
UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
Lab. Genetika dan
Molekuler, F. Biologi dan
Lab Riset FK UNSOED
61
15.
Inkubator
Biosan Heating/
Cooling Dry
Block
Klin-Pak
Inkubasi saat
isolasi DNA
16.
Alumunium
foil
Menutup
erlenmeyer
Vortex
Menghomogenkan larutan
17.
18.
Sentrifugator
Refrigated
Benchtop
microsentrifuge
KITMAN-T24
Sentrifugasi
larutan saat isolasi
DNA
62
NamaBahan
Spesifikasi
Kegunaan
1.
25mg
2.
50 reaksi
3.
100%
4.
5.
7,5 l
6.
Thermo Scientific
DreamTaq PCR Master
Mix (2X)
100 bp DNA Ladder
5 l
7.
1 l
8.
Gel agarosa
1%
9.
0,5 l
10.
TBE
1x
11.
171 pb (Genetica
Science)
12.
TBE Buffer
1x
63
mRNA
CDS
1..37062
/gene="Mlh1"
/note="mutL homolog 1, colon cancer, nonpolyposis type 2
(E. coli); Derived by automated computational analysis
using gene prediction method: BestRefSeq,Gnomon."
/db_xref="GeneID:81685"
/db_xref="RGD:620937"
join(74..116,4499..4597,11158..11230,12277..12368,
14470..14512,14860..14948,16618..16730,19534..19627,
21356..21509,24201..24577,25009..25157,30292..30400,
32086..32149,34184..34348,34841..34933,35313..35426,
36662..37062)
/gene="Mlh1"
/product="mutL homolog 1, colon cancer, nonpolyposis type
2 (E. coli), transcript variant X1"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence
includes similarity to: 23 ESTs, 1 Protein, and 100%
coverage of the annotated genomic feature by RNAseq
alignments, including 12 samples with support for all
annotated introns"
/transcript_id="XM_008766652.1"
/db_xref="GI:672063469"
/db_xref="GeneID:81685"
/db_xref="RGD:620937"
join(1..116,2390..2480,4499..4597,7826..7899,11158..11230,
12277..12368,14470..14512,14860..14948,16618..16730,
19534..19627,21356..21509,24201..24577,25009..25157,
30292..30400,32086..32149,34184..34348,34841..34933,
35313..35426,36662..36829)
/gene="Mlh1"
/inference="similar to AA sequence (same
species):RefSeq:NP_112315.1"
/exception="annotated by transcript or proteomic data"
/note="The RefSeq protein has 14 substitutions, 2
frameshifts, 2 non-frameshifting indels compared to this
genomic sequence; Derived by automated computational
analysis using gene prediction method: BestRefSeq."
/codon_start=1
/product="DNA mismatch repair protein Mlh1"
/protein_id="NP_112315.1"
/db_xref="GI:13591989"
/db_xref="GeneID:81685"
/db_xref="RGD:620937"
/translation="MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMTENCLDAKS
TNIQVIVREGGLKLIQIQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQTFEDLAMISTYGFRGE
ALASISHVAHVTITTKTADGKCAYRASYSDGKLQAPPKPCAGNQGTLITVEDLFYNII
TRKKALKNPSEEYGKILEVVGRYSIHNSGISFSVKKQGETVSDVRTLPNATTVDNIRS
IFGNAVSRELIEVGCEDKTLAFKMNGYISNANYSVKKCIFLLFINHRLVESAALKKAI
EAVYAAYLPKNTHPFLYLILEISPQNVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERVQQHIESKL
LGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEAVKSTTGIASSSTSGSGDKVHAYQMVRTDSRDQK
LDAFMQPVSRRLPSQPQDPVPGNRTEGSPEKAMQKDQEISELPAPMEAAADSASLERE
64
SVIGASEVVAPQRHPSSPGSSRKRHPEDSDVEMMENDSRKEMTAACYPRRRIINLTSV
LSLQEEINDRGHETLREMLRNHTFVGCVNPQWALAQHQTKLYLLNTTKLSEELFYQIL
IYDFANFGVLRLPEPAPLFDFAMLALDSPESGWTEEDGPKEGLAEYIVEFLKKKAKML
ADYFSVEIDEEGNLIGLPLLIDSYVPPLEGLPIFILRLATEVNWDEEECFESLSKECA
VFYSIRKQYILEESALSGQQSDMPGSPSKPWKWTVEHIIYKAFRSHLLPPKHFTEDGN
VLQLANLPDLCKVFERC"
cgtaatgact
ggtgagtggc
gctcaagctt
tgacctcgcc
aaaggaagga
agactatttc
taagagtcaa
gtatttctca
ttttgtctgc
cgctgcatct
cccactgatc
atgctggcct
cttgcagaat
tctgtggaaa
gtccctaggt
tacatggtat
ttgtcctgtt
cagctgatgc
cctctgatcc
tagacagtcc
acattgttga
ttgatgaggt
tgggacaaaa
tttctccatt
FASTA :
gggacactgaaaccagcaatggtgagtggccgctgcatctcagctgatgctctatatctgaaccgagtttggtctg
acaggctcaagcttcccactgatccctctgatcctgctccttcccaggaaccagcaccactctttgacctcgccat
gctggccttagacagtcctgaaagtggctggacagaggaagatggcccaaaggaaggacttgcagaatacattgtt
gagtttttgaagaagaaagccgagatgcttgcagactatttctctgtggaaattgatgaggtgggtagggtcattt
ggagttaattttcagataagagtcaagtccctaggttgggaca
Primer3 Output
No mispriming library specified
Using 1-based sequence positions
OLIGO
start len
tm
LEFT PRIMER
1
20
59.97
gggacactgaaaccagcaat
RIGHT PRIMER
171
20
60.01
aggactgtctaaggccagca
SEQUENCE SIZE: 347
INCLUDED REGION SIZE: 347
gc%
50.00
any
3.00
3' seq
2.00
55.00
5.00
0.00
PRODUCT SIZE: 171, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
1 gggacactgaaaccagcaatggtgagtggccgctgcatctcagctgatgctctatatctg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
61 aaccgagtttggtctgacaggctcaagcttcccactgatccctctgatcctgctccttcc
121 caggaaccagcaccactctttgacctcgccatgctggccttagacagtcctgaaagtggc
65
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
181 tggacagaggaagatggcccaaaggaaggacttgcagaatacattgttgagtttttgaag
241 aagaaagccgagatgcttgcagactatttctctgtggaaattgatgaggtgggtagggtc
301 atttggagttaattttcagataagagtcaagtccctaggttgggaca
KEYS (in order of precedence):
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
ADDITIONAL OLIGOS
start
len
tm
gc%
any
3' seq
1 LEFT PRIMER
1
20
59.97
50.00 3.00 2.00
gggacactgaaaccagcaat
RIGHT PRIMER
194
20
59.99
55.00 4.00 1.00
tcttcctctgtccagccact
PRODUCT SIZE: 194, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
2 LEFT PRIMER
152
20
60.01
55.00 5.00 3.00
tgctggccttagacagtcct
RIGHT PRIMER
347
20
59.96
55.00 8.00 1.00
tgtcccaacctagggacttg
PRODUCT SIZE: 196, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
3 LEFT PRIMER
175
20
59.99
55.00 4.00 0.00
agtggctggacagaggaaga
RIGHT PRIMER
347
20
59.96
55.00 8.00 1.00
tgtcccaacctagggacttg
PRODUCT SIZE: 173, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
4 LEFT PRIMER
152
20
60.01
55.00 5.00 3.00
tgctggccttagacagtcct
RIGHT PRIMER
259
20
60.10
50.00 4.00 0.00
caagcatctcggctttcttc
PRODUCT SIZE: 108, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
Statistics
con
too
in
in
no
tm
tm high high
high
sid many
tar excl
bad
GC
too
too
any
3'
end
ered
Ns
get
reg
GC% clamp
low high compl compl
stab
ok
Left
2163
0
0
0
0
0
443 1142
0
7
40
531
Right
2179
0
0
0
0
0
667
905
0
1
37
569
Pair Stats:
considered 48, unacceptable product size 34, ok 14
primer3 release 1.1.4
(primer3_results.cgi release 0.4.0)
poly
X
0
0
66
67
Volume
4 mM
0,4 mM
0,4 mM
0,4 mM
0,4 mM
7,5 l
1 l
1 l
3 l
2,5l
68
95o
C
95o
C
05:
00
01:
00
51,5oC
01:
30
40
Siklus
72o
C
72o
C
02:
00
07:
00
8 oC
05:0
0
69
No
.
Sampel
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
AK I
AK II
AK III
AK IV
AK V
AKB I
AKB II
AKB III
AKB IV
AKB V
BK I
BK II
BK III
BK IV
BK V
BBK I
BBK II
BBK III
BBK IV
BBK V
Konsentr
asi DNA
(ng/L)
1,000
7,500
2,500
0,500
15,5
6,000
8,000
19,5
12,0
17,0
28,5
3,500
17,0
4,500
22,0
3,000
8,500
3,500
17,5
2,000
A230
A260
A280
A320
A260/
280
A260/
230
0,008
0,038
0,024
0,023
0,097
0,049
0,050
0,073
0,059
0,068
0,105
0,018
0,079
0,011
0,113
0,016
0,028
0,017
0,083
0,015
0,003
0,020
0,008
0,002
0,047
0,018
0,021
0,051
0,032
0,042
0,073
0,008
0,048
0,009
0,059
0,007
0,021
0,008
0,048
0,006
0,003
0,013
0,006
0,002
0,035
0,014
0,012
0,034
0,021
0,027
0,045
0,003
0,033
0,002
0,038
0,003
0,012
0,003
0,032
0,003
0,001
0,005
0,003
0,001
0,016
0,006
0,005
0,012
0,008
0,008
0,016
0,001
0,014
0,000
0,015
0,001
0,004
0,001
0,013
0,002
1,000
1,875
1,667
1,000
1,632
1,500
2,286
1,773
1,846
1,789
1,966
3,500
1,789
4,500
1,913
3,000
2,215
3,500
1,842
4,000
0,286
0,455
0,238
0,045
0,383
0,279
0,356
0,639
0,471
0,567
0,640
0,412
0,523
0,818
0,449
0,400
0,708
0,438
0,500
0,308
70
Sampel
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
Nama Sampel
AK I
AK II
AK III
AK IV
AK V
AKB I
AKB II
AKB III
AKB IV
AKB V
BK I
BK II
BK III
BK IV
BK V
BBK I
BBK II
BBK III
BBK IV
BBK V
Hasil
71
72
Waktu mulai/akhir
NO.
LABEL
CONTENT/FUNCTION
RNAse A
Proteinase K
9 mL
Genomic Lysis/Binding
Buffer
10 mL
10 mL
73
Waktu mulai/akhir
DATA SAMPEL :
NO.
SAMPEL
TGL PERLAKUAN
NAMA PENELITI
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
CARA KERJA :
NO.
1
DESKRIPSI
25 mg sampel jaringan (difiksasi) + 180 L PureLinkR Genomic
Digestion Buffer + 20 L Proteinase K
CEK
74
10
11
12
13
14
15.
16.
17.
75
19.
20.
Simpan Larutan DNA genome murni pada suhu 40C atau -200C
Waktu mulai/akhir
Analisis Gen
: .......................................................
76
Mesin PCR
: .....................................................
1X
REAKSI
(L)
4X
REAKSI
(L)
8X
REAKSI
(L)
7,5
40,0
40,0
15 M Forward Primer (1
M final concentration)
1,0
4,0
8,0
15 M Reverse Primer (1
M final concentration)
1,0
4,0
8,0
4,5
18,0
36,0
DNA template
(a) 1,0
(a) 1,0
(a) 1,0
Total Volume
15,0
DENATURASI
ANNEALING
EKSTENSI
POSTEKSTENSI
SUHU
(oC)
95 C
95 C
51,5 C
72 C
72 C
WAKTU
05:00
01:00
01:30
02:00
07:00
HASIL ELEKTROFORESIS :
77
: .1 %
Kondisi running
NO.
NO.
SAMPEL
AMPLIKON
SIZE (bp)
VISUALISASI
AMPLIKON
(+/-)
KETERANGAN
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
NIM
: G1A012091
Judul Skripsi : Deteksi Gen MLH-1 pada Ekson 16 Jaringan Fiksatif Formalin Tikus
Putih (Rattus norvegicus) Galur Wistar: Studi Karsinogenesis
Kolorektal Akibat Paparan Asap Kretek
78
79
A. Data Pribadi
1. Nama
: Dyah Kencana Sinangling
2. Tempat, Tanggal Lahir : Cirebon, 5 Agustus 1994
3. Jenis Kelamin
: Perempuan
4. Agama
: Islam
5. Kewarganegaraan
: Indonesia
6. Alamat
: Jalan Syech Lemahabang/117, Kab. Cirebon
7. No. HP
: 081395791788
8. Email
: dsinangling@yahoo.com
B. Riwayat Pendidikan
2000-2006
: SD Negeri 2 Lemahabang Kab. Cirebon
2006-2009
: SMP Negeri 1 Cirebon
2009-2012
: SMA Negeri 1 Cirebon
2012-sekarang
: Pendidikan Dokter, Fakultas Kedokteran
Universitas Jenderal Soedirman
C. Riwayat Organisasi
2012-2013
: Anggota MSEC Fakultas Kedokteran Unsoed
2013-2014
: Koor. Edukasi MSEC Fakultas Kedokteran Unsoed
2012-sekarang
: Anggota HMMK Fakultas Kedokteran Unsoed