TEMA 3: COMPOSICIN, ESTRUCTURA Y

PROPIEDADES DE LOS CIDOS NUCLEICOS.

Composicin qumica de los cidos nucleicos.
Los cidos nucleicos (ADN y ARN) estn compuestos por unidades elementales que se
denominan nucletidos que tienen tres componentes: una base nitrogenada, un azcar y
grupos fosfato.

Base nitrogenada
Son anillos orgnicos planares, se pueden dividir en dos tipos: pirimidnicas y pricas.
Las bases pricas consisten en un anillo de seis lados unido a un anillo de cinco lados,
mientras que las pirimidnicas consisten slo en un anillo de seis lados. Tanto unas
como otras contienes tomos de carbono y de nitrgeno formando ese anillo.
Dentro de las pirimidnicas distinguimos tres tipos: citosina, uracilo y timina. Aqu
encontramos la primera diferencia entre el ADN y el ARN; en el ADN aparecen la
citosina y la timina, y en el ARN la timina se reemplaza por el uracilo.
Dentro de las bases pricas encontramos 2 tipos: guanina y adenina.
Las bases nitrogenadas tienen grupos amino (NH2) y grupos cetona (CO).

El azcar.
Los azcares de los cidos nucleicos (llamados pentosas) poseen cinco tomos de
carbono, numerados 1, 2, 3 y as sucesivamente.
Los azcares del ADN y ARN son levemente diferentes en cuanto a su estructura. La
ribosa del ARN posee un grupo hidroxilo unido al tomo de carbono 2, mientras que el
azcar del ADN (desoxirribosa) tiene un tomo de hidrgeno en esa posicin y contiene
un tomo de oxgeno menos.

El grupo fosfato.
Consiste en un tomo de fsforo unido a cuatro tomos de oxgeno. Los grupos fosfato
forman parte de todos los nucletidos y suelen portar una carga negativa que convierte
el ADN en acdico. Siempre se une al tomo de carbono 5 del azcar.
Estructuras y nombres de los nuclesidos y nucletidos del ARN y ADN.
Cuando slo existe unin entre la base nitrogenada y el azcar pasa a denominarse
nuclesido.
RIBONUCLESIDOS: Adenosina, Citidina, Guanosina y uridina.
DESOXIRRIBONUCLESIDOS: Desoxiadenosina, Desoxicitidina, Desoxiguanosina
y Desoxitimidina.
RIBONUCLETIDOS: cido adenlico, cido citidlico, cido guaniclico y cido
uridlico.
DEXOSIRRIBONUCLETIDOS: cido desoxiadenlico, cido dexosicitidlico, cido
desoxiguaniclico y cido desoxitimidnico.

Denominacin alternativa de los nucletidos.

Cadenas de nucltidos.
El ADN est compuesto de muchos nucletidos conectados por enlaces covalentes, que
unen el grupo 5- fosfato de un nucletido con el tomo de carbono 3 del nucletido
siguiente. Estos enlaces fosfodister, son uniones covalentes rellativamente fuertes. En
la formacin de estos enlaces se pierden 2 grupos fosfato.
Oligonucletidos: cadenas de nucletidos de hasta 20 nucletidos. Cuando supera los 20
son polinucletidos.

La regla de equivalencia de bases de Chargaff (1949)

Chargaff llev a cabo su estudio a partir de ADN de diferentes fuentes biolgicas (desde
procariotas hasta eucariotas). Purific el ADN de esas clulas y rompi las cadenas con

un tratamiento con un cido, rompiendo los enlaces fosfodister y obteniendo los

nucletidos.
Utiliza la cromatografa en papel para cuantificar cada nucletido. Una vez separados
los nucletidos, extrae las muestras del papel y las lleva a un espectrofotmetro. A ms
absorcin, ms concentracin; de esta manera deduce cual es la concentracin.

Conclusiones:
-

La cantidad total de nucletidos de pirimidina (T+C) siempre es igual a la

cantidad total de nucletidos de purina.

La cantidad de T siempre es igual a la cantidad de A, y la cantidad de C siempre

es igual a la cantidad de G. Pero la cantidad de A+T no es necesariamente igual
a la cantidad de C+G.

Estructura secundaria del ADN

Anlisis de la estructura tridimensional del ADN mediante difraccin de rayos X sobre
fibras.
Se parte de una disolucin concentrada de ADN, sustancia viscosa que se puede estirar
dando lugar a fibras. Estas fibras de ADN se colocan en el camino de un haz de rayos X
que suministra una mquina de rayos X.
El haz de rayos difractantes se recoge en una pelcula fotogrfica sensible a los rayos X
esa pelcula se revela y, entonces, tenemos una imagen (patrn) de difraccin en la que
distinguimos una serie de manchas, unas ms oscuras que otras.
Esta tcnica nos permite determinar aspectos globales de la molcula (ADN): conocer
su dimetro, conocer la distancia entre nucletidos a lo largo del eje de la molcula, etc.
Sin embargo, esta metodologa no permite asignar posiciones concretas a tomos
especficos porque los enlaces de los tomos tienen la capacidad de rotar libremente en
la molcula.
Por tanto, a partir de los datos se podr obtener una imagen de la estructura secundaria,
aunque con limitaciones.

Apilamiento de las bases (Astbury, 1938)

Astbury es capaz de obtener un primer rasgo de la estructura secundaria. Dice que se da
el fenmeno del apilamiento de bases.
Las bases nitrogenadas se encuentran apiladas unas encimas de las otras.
Este fenmeno se da porque las bases nitrogenadas son muy poco solubles en agua, son
esencialmente hidrofbicas. Slo tienen cierta solubilidad que les confiere los grupo
amino (-NH2) y los grupo ceto (-C=O).
Cuando las molculas son muy hidrofbicas, tienden a asociarse, a agruparse entre s. Y
en este caso, la agrupacin ms termodinmicamente eficaz es que se asocien cara con
cara.

Importancia bilogica: El ADN, para realizar sus funciones principales, necesita un

cierto grado de estiramiento o rigidez.
Astbury tambin concluye que la distancia entre dos nucletidos consecutivos es igual a
034 nm.

El concepto de la hlice en la estructura secundaria del ADN

Signer envi unas muestras de ADN purificado a Wilkins, que ste utiliz para realizar
un experimento en el que es capaz de cristalizar la molcula de ADN. Si es capaz de
obtener cristales, cabe la posibilidad de que la estructura secundaria del ADN fuese una
nica estructura.
Rosalind Franklin (1952), experta cristalgrafa, pudo obtener los mejores patrones de
difraccin de rayos X. La famosa foto 51.

Se observan estructuras cruciformes en la imagen, esto es significante de que debe haber

hlices en la estructura secundaria del ADN.
Los enlaces azcar-fosfato siguen un discurrir helicoidal.
Se confirman los datos de Astbury y se confirma tambin que cada vuelta de hlice
implica 10 bases. Cada vuelta de hlice ocupar 34 nm.

Tambin es capaz de medir el dimetro, se 2 nm o 20 .

Watson & Crick (Cambridge, 1953)
Watson y Crick investigaron la estructura del ADN, pero no buscaron informacin
nueva informacin sino que utilizaron la disponible sobre la qumica del ADN para
construir modelos moleculares. Limitaron el nmero de las posibles estructuras que
poda asumir el ADN para construir modelos moleculares. Limitaron el nmero de las
posibles estructuras que poda asumir el ADN mediante la aplicacin de las leyes de la
qumica estructural. Probaron varias estructuras y construyeron modelos con alambre y
placas metlicas. Sobre la base de esos modelos pudieron observar si una estructura era
compatible con los principios qumicos y las imgenes de rayos X.
La clave para resolver la estructura del ADN surgi cuando Watson se dio cuenta que de
una base de adenina poda unirse a una base de timina y que una base de guanina poda
unirse a una base de citosina. Estos apareamientos explicaban la proporcin de las bases
descubierta por Chargaff. El modelo de Watson y Crick mostr que el ADN consiste en
dos cadenas de nucletidos enrolladas entre s que forman una hlice dextrgira, que
contiene azcares y fosfatos en su exterior y las bases en su interior. En 1953 publicaron
una espectacular descripcin de su modelo en la revista Nature.
Por este descubrimiento se otorg el Premio Nobel de 1962 a Watson y Crick por un
lado y a Wilkins, por el otro. Dado que Rosalind Franklin muri de cncer en 1957, no
se la consider candidata a compartir el premio.

El problema del emparejamiento de bases. Formas tautomricas.

En aquel momento, se afirmaba que algunos de los tomos de hidrgeno de las bases
nitrogenadas no ocupaban posiciones fijas, cambiaban de posicin dando lugar a lo que
se denomina formas tautomricas. Y el problema es que estas formas presentaban
distintas posibilidades de emparejamiento de las bases.
La cuestin se resolvi cuando Donohue observ que las formas se tautomricas se dan,
pero las formas amino y ceto son las formas predominantes.

El modelo de la doble hlice.

Una caracterstica fundamental de la estructura secundaria del ADN es que consiste en
dos cadenas polinucletidicas enrolladas entre s: una doble hlice. Los enlaces azcarfosfato se ubican en la parte externa de la hlice y las bases se apilan en el interior de la
molcula. Las dos cadenas polinucleotdicas corren en direcciones opuestas: son
antiparalelas, lo que significa que el extremo 5 de una cadena se ubica en oposicin al
extremo 3 de la segunda cadena.
Las cadenas se mantienen juntas mediante dos tipos de fuerzas moleculares. Los
puentes de hidrgeno unen las bases de las cadenas opuestas. Estas uniones son
relativamente dbiles en comparacin con las uniones fosfodister covalentes que
conectan el azcar con los grupos fosfato de los nucletidos adyacentes.
La naturaleza de los puentes de hidrgeno impone una limitacin a los tipos de bases
que pueden aparearse. Normalmente la adenina slo se aparea con la timina mediante
dos puentes de hidrgeno y la citosina slo con la guanina mediante tres puentes de
hidrgeno. Dado que se forman tres puentes de hidrgeno entre C y G y slo dos
puentes de hidrgeno entre A y T, el apareamiento C-G es ms fuerte que el par A-T. la
especificidad del apareamiento de las bases implica que, siempre que una A se halle
presente en una cadena, debe haber una T en la posicin respectiva de la otra cadena, y
que siempre que se halle una G en una cadena, debe haber una C en la otra. Por tanto,
las dos cadenas polinucleotdicas de la molcula de ADN no son idnticas sino
complementarias.
La segunda fuerza que mantiene unidas las dos cadenas del ADN es la interaccin entre
los pares de bases apiladas. Estas interacciones por apilamiento contribuyen a
proporcionar estabilidad a la molcula de ADN y no requieren que ninguna base
especfica siga a continuacin de la otra. De este modo la secuencia de bases de la
molcula del ADN puede variar libremente, lo que le permite portar la informacin
gentica.

La forma ms estable que surge de la posicin de las bases es una doble hlice con dos
surcos de distinto tamao distribuidos a lo largo de la espiral: el surco mayor y el surco
menor. La mayor parte de las asociaciones ADN-protenas se realizan en el surco mayor.

Doble hlice dextrgira; tiene la misma estructura que la de un tornillo que se atornilla
en el mismo sentido de las agujas del reloj. El dimetro de la doble hlice es de 20 nm.
La distancia internucletica es de 034 nm. Cada par de bases imprime una rotacin de
+36 grados. La doble hlice contiene alrededor de 10 pb/vuelta, y cada vuelta ocupa una
distancia de 34 nm.
Estructuras secundarias del ADN alternativas al ADN-B.
La estructura tridimensional del ADN descrita por Watson y Crick se denomina
estructura ADN-B. La existencia de esta estructura depende de que la molcula est
rodeada por abundante agua y de que no haya ninguna secuencia de base inusual en el
ADN: estas condiciones suelen hallarse presentes en todas las clulas. La estructura
ADN-B es la configuracin ms estable para una secuencia aleatoria de nucletidos en
condiciones fisiolgicas y casi todas las evidencias permiten suponer que se trata de la
estructura predominante en la clula.
Otra estructura secundaria que puede asumir el ADN es la estructura DNA-A, que se
verifica cuando la cantidad de agua presente es inferior. Esta forma es una hlice alfa
(dextrgira), pero ms corta y ms ancha, y sus bases se inclinan alejndose del eje
principal de la molcula. Hay escasas evidencias de que el ADN-A exista en
condiciones fisiolgicas.

Limitaciones del estudio de Watson y Crick.

Se necesitaban dos tipos de avances para demostrar que el modelo era correcto:
-

La capacidad de poder sintetizar in Vitro ADN con una secuencia

predeterminada y que pudiramos mantener constante.

Poder asignar posiciones concretas a tomos especficos.

Anlisis detallado de la estructura secundaria del ADN.

-

Sntesis de oligonucletidos in Vitro con una secuencia predeterminada (1978).

Anlisis de la estructura secundaria del ADN mediante cristalografa de rayos X.

En 1979, investigadores disean un oligonucletido con secuencia predeterminada de

unos 6 pares de bases en los que se da la alternancia de las bases C y G. Cristalizan ese
oligo y con rayos X analizan su estructura.
El resultado es tan espectacular y revolucionario porque la estructura que se deduce es
una estructura similar al ADN-B en algunas caractersticas bsicas: doble hlice,
cadenas complementarias y antiparalelas, pero observan que el giro de la doble hlice es
levgiro (contrario al movimiento de las agujas del reloj). Adems cuando se mira el
discurrir de los enlaces azcar-fosfato, se observa que los enlaces siguen un patrn de
zigzag que da nombre a esta estructura: ADN-Z.
ADN-Z. Configuraciones Anti y Syn del enlace glucosdico.
Existe otra estructura secundaria radicalmente diferente llamada ADN-Z, que forma una
hlice levgira. En esta forma la columna vertebral de azcar-fosfato zigzaguea hacia
delante y atrs, lo que da origen a su nombre (por zigzag). Estas estructuras pueden
generarse en condiciones fisiolgicas, cuando secuencia de bases especficas (como
segmentos de secuencias alternadas de C y G) se encuentran presentes. El ADN-Z est
formado por partes de algunos genes activos, lo que sugiere que puede desempear
algn papel en la regulacin de la transcripcin gentica.

El zigzag ocurre porque existe una alternancia de los enlaces glucosdicos a lo largo de
la molcula. La configuracin Anti se caracteriza porque rotan la base nitrogenada y el
azcar al mismo tiempo. La configuracin Syn se caracteriza porque cuando va girando
la molcula en el enlace glucosdico, va girando slo la base y se superpone en el plano
del azcar. Esta alternancia es la que se conoce como patrn quebrado.
En la forma ADN-B, la configuracin del enlace glucosdico siempre es Anti.

Caractersticas particulares del ADN-Z,

-

Doble hlice levgira.

El esqueleto azcar-fosfato sigue un curso en zigzag debido a la alternancia de
las configuraciones de los en enlaces glucosdicos (Anti y Syn).
La unidad de repeticin en un dinucletido.
La doble hlice contiene 12 pb/v
Cada dmero imprime una rotacin de -60 grados.
El dimetro de la doble hlice es de 18 nm.
Doble hlice con un solo surco.

ADN-B versus ADN-Z

El ADN- Z es una estructura muy poco estable, por lo que es poco probable que
aparezca en seres vivos.
Cuando hay alternancia C-G, hay una propensin a que aparezca ADN-Z.
Significado biolgico del ADN-Z.
Cuando el gen c-myc se altera, altera el crecimiento celular.
El estudio detallado de los cambios de estructura en la transcripcin del gen, han
demostrado que cuando el gen se va a expresar dando lugar a una molcula de ARN
mensajero; el ADN de las regiones promotoras o reguladoras del gen experimentan una
transicin de ADN-B a ADN-Z. Y cuando cese la transcripcin, el ADN-Z retorna a
ADN-B.
El ADN no es uniforme ni viene fijado, puede haber cambios transitorios.
La estructura secundaria del ADN mayoritaria es el ADN-B, pero la estructura
secundaria no es tan rgida como se pensaba.
Existe microhetereoidad estructural y que el ADN-Z puede transitoriamente y
localmente darse en la molcula del ADN y estas variaciones pueden tener importancia
biolgica en procesos biolgicos.