(BIO)KIMIA SEL DAN NUTRISI MIKROORGANISME

ASPEK BIOKIMIA SEL MIKROORGANISME

Komposisi yang khas dari suatu sel bakteri terdiri dari 50% C, 20%

O, 14% N, 8% H, 3% P, 1% S, dan sejumlah kecil Mg2+, K+, Na+, Ca2+,

Cl- dan vitamin-vitamin.

Sel hidup merupakan suatu reaktor yang sangat kompleks yang

didalamnya terjadi lebih dari 2000 reaksi.

PROTEIN

Protein merupakan molekul organik terbanyak dalam suatu sel

hidup, yaitu 40% sampai 70% dari berat kering sel. Protein merupakan
polimer besar asam amino dengan BM 6000 sampai ratusan ribu. Protein
yang tersusun atas kurang dari 50 asam amino disebut polipeptida.

BM molekul protein sering diukur menggunakan unit Dalton, yaitu

unit massa yang ekuivalen dengan suatu atom hidrogen.

FUNGSI PROTEIN
Protein memiliki beberapa fungsi biologis:

Protein struktural, seperti glycoprotein, collagen, keratin;

Protein katalis: enzim-enzim

Enzim merupakan jenis protein yang paling besar, yaitu lebih dari 2000

enzim yang sudah sudah diketahui.

Protein transport, seperti hemoglobin, serum albumin;

Protein regulator, hormon (insulin, hormon pertumbuhan);

Protein protektif, seperti antibodi, thrombin.

ASAM AMINO
Komponen pembentuk protein adalah asam amino. Ada 20 jenis asam
amino yang dinamai menurut gugus R, yang berupa:

senyawa alifatik berantai lurus (Glycine, Alanine, Valine, Leucine,

Isoleucine);

senyawa

aromatik

(Histidine,

Phenylalanine,

Tyrosine,

Tryptophan)

senyawa asam imino (Proline);

mengandung S (Cystein, Methioneine);

mengandung OH (Serine, Threonine);

mengandung asam dan amida terkait (Aspartic acid dan

Asparsgine, Glutamic acid dan Glutamine);

mengandung gugus basa (NH2) (Lysine dan Arginine)

Sebagian besar protein di alam adalah asam amino tipe L (levo). Asam
amino tipe D (dekstro) jarang ditemui di alam, hanya ada pada dinding sel
beberapa mikroorganisme dan dalam beberapa antibiotik.
ZWITTERION

Asam amino punya gugus asam (-COOH) dan gugus basa (-NH2).

Gugus asam adalah netral pada pH rendah dan bermuatan negatif pada
pH tinggi.

Pada pH menengah, asam amino mempunyai sekaligus

muatan positif dan negatif, atau berupa senyawa dipolar yang disebut
zwitterion.
TITIK ISOELEKTRIK

Tititk pH dimana protein tidak bermuatan disebut titik isoelektrik,

dimana asam amino tidak bergerak bila dipengaruhi oleh muatan listrik.
Pada titik ini protein tidak larut sehingga mudah untuk diendapkan. Titik
isoelektrik berbeda-beda tergantung kepada gugus R-nya.
CONJUGATED PROTEIN

Protein

yang

memiliki

komponen

organik

atau

anorganik

(prosthetik grup) selain asam amino, disebut sebagai conjugated protein

(protein terkonyugasi). Contohnya adalah hemoglobin yang mengandung
heme group (senyawa kompleks mengandung besi).
KARBOHIDRAT

Karbohidrat yang disintesa melalui fotosintesis, memiliki formula

(CH2O)n, dimana n 3.

Monosakarida adalah karbohidrat terkecil yang mengandung 3-9

atom karbon dalam bentuk aldehid (aldosa) atau keton (ketosa).

Aldoses
Aldotriose

(D-Glyceraldehyde);

Aldotetrose

(D-Erythrose,

Aldopentose

(D-Ribose,

D-Arabinose,

D-Threose);
D-Xylose,

D-Lyxose);

Aldohexose (D-Allose, D-Altrose, D-Glucose, D-Galactose, D-Mannose,

D-Talose, D-Idose)
Ketoses
Ketotriose (Dyhydroxyacetone);
Ketotetrose (D-Erythrulose);
Ketopentose (D-Ribulose, D-Xylulose);
Ketohexose (D-Psicose, D-Fructose, D-Sorbose, D-Togatose).
MONOSAKARIDA
Disakarida dibentuk dengan cara kondensasi dua monosakarida dengan
ikatan glikosidik.

Maltose (kondensasi 2 molekul glucose dengan ikatan -1,4

glycosidic.

Sucrose adalah disakarida -D-glucose dengan -D-Fructose.

Lactose adalah disakarida -D-glucose dengan -D-galactose.

Laktosa ditemukan dalam susu dan whey, sedangkan sucrose gula

yang paling banyak ditemui pada tanaman.

DISAKARIDA
Polisakarida

dibentuk

melalui

kondensasi

monosakrida melalui ikatan glycosidic.

lebih

dari

molekul

Amylose adalah polimer lurus

glucose melalui ikatan -1,4

glycosidic dengan BM antara beberapa ribu sampai 1.5 juta Daltons.

Amilosa tidak larut dalam air dan komponen dari kira-kira 20% pati.

Amylopectin adalah polimer bercabang dari molekul D-glucose.

Pencabangan terjadi pada gugus OH dari carbon ke-1 dari suatu molekul
glukosa dengan gugus OH dari karbon ke-6 molekul glucose yang lain,
yang disebut ikatan -1,6 glycosidic. Amylopectin lebih besar dari amylose
dengan BM 1-2 juta Daltons. Amylopectin larut dalam air.
Glycogen mirip dengan amylopectin dengan pencabangan yang lebih
banyak, yaitu setiap 12 unit glucose. BM glycogen 5 juta Daltons.
Cellulose adalah polimer lurus panjang dari glucose dengan ikatan -1,4.
BM Cellulose antara 50 ribu 1 juta Daltons. Tidak sebagaimana ikatan
-1,4, ikatan -1,4 tahan terhadap hidrolisis enzimatis.
LEMAK DAN STEROID

Lemak adalah senyawa biologis hidrophobik yang tidak larut air

tapi larut dalam pelarut non polar seperti benzene, chloroform dan ether.

Komponen utama lemak adalah asam lemak yang terdiri dari

hydrokarbon (gugus hydrophobic) dan carboxyl (gugus hydrophilic).

CH3-(CH2)n-COOH dimana n antara 12 dengan 20.

Lemak merupakan ester dari asam lemak dan gliserol. Lipoprotein dan
Lipopolisakarida merupakan bentuk lain lemak yang banyak ditemui pada

membran

sel.

Phosphoglyceride memiliki struktur yang sama dengan lemak dimana

salah satu asam lemak digantikan oleh asam phospate.
Bentuk lemak yang lain adalah Poly Hydroxy Alkanoates (PHA),
khususnya Poly Hydroxy Butyrate (PHB) yang merupakan bahan
bioplastik yang ramah lingkungan.
STEROID
Steroid dapat juga diklasifikasikan sebagai lemak.

Contoh steroid

adalah :

Cholesterol (regulator pertumbuhan dan metabolisme pada

konsentasi yang sangat rendah, kira-kira 10-8 M);

Cortisone (antiinflammatory sebagai obat sakit kulit);

Estrogen dan Progesteron (bahan kontraseptif);

ASAM NUKLEAT

Asam nukleat (DNA dan RNA) memainkan peran penting dalam

reproduksi sel.

DNA menyimpan dan meneruskan informasi genetik;

RNA berperan dalam sintesis protein.

ASAM NUKLEAT

Tiga komponen utama asam nukleat adalah asam fosfat, pentosa

(ribose dan deoxyribose) dan basa nitrogen (purine atau pyrimidine). Basa
purine terdiri dari Adenine (A) dan Guanine (G), sedangkan basa
pyrimidine terdri dari Thymine (T), Cytosine (C) dan Uracil (U)
RNA

RNA terdiri dari messenger RNA (mRNA), transfer RNA (tRNA)

dan ribosomal RNA (rRNA).

mRNA disintesis di kromosom dan membawa informasi genetik

dari kromosom ke ribosom untuk sintesis protein tertentu.

tRNA membawa asam amino spesifik dari sitoplasma ke tempat

sintesis protein di ribosom. tRNA mengandung 70-90 nukleotida dan

memiliki BM 23-28 kD.

rRNA yang ada di ribosom merupakan komponen utama (65%)

dari ribosom.
Nukleotida merupakan komponen pembangun DNA dan RNA yang juga
berperan untuk menyimpan energi (ATP, ADP, AMP) senyawa pereduksi
(NAD dan NADP).
ATP adalah alat tukar energi dalam sel dimana proses oksidasi gula dlm
proses katabolisme, menghasilkan energi yang ditangkap dan disimpan
dalam bentuk ATP (energi digunakan untuk merubah ADP menjadi ATP).
Sintesis suatu senyawa yg memerlukan energi (anabolisme) mengambil
energi dari hidrolisis ATP menjadi ADP dan AMP yang melepaskan energi.
NUTRISI SEL MIKROORGANISME

Semua organisme kecuali virus mengandung sejumlah besar air

(kira-kira 80%).

Lebih kurang 50% dari berat kering sel adalah protein, yg sebagian

besar berupa enzim.

Kandungan asam nukleat bervariasi antara 10-20%, kecuali pada

virus yg bisa mencapai 50%.

Kandungan lemak kira-kira 5-15%, kecuali pd mikroba penghasil

PHB yg bisa mencapai 90%.

NUTRISI MIKROBA
Nutrisi yg diperlukan sel mikroba terdiri atas:

Unsur Makro (macronutrients), yaitu unsur C, O, N, H, P, S,

Mg2+ , K+. Bahan-bahan ini diperlukan pd konsentrasi 10-4 M.

Unsur mikro (micronutrients/trace elements), yaitu Mo2+, Zn2+,

Cu2+, Mn2+, Fe2+, Ca2+, Na+, vitamin, hormon pertumbuhan, dan

prekursor metabolic.
MACRONUTRIENTS
Karbon:

Senyawa karbon merupakan sumber energi dan sumber karbon

sel yang utama.

Sumber karbon yang umum dalam bioindustri adalah: molasses

(sukrosa), pati (glukosa, dekstrin), syrup jagung, limbah sulfite dari industri
kertas (glukosa), methanol, ethanol, methane.

KARBON

Sumber karbon yang umum pada kultivasi skala lab adalah

glukosa, sukrosa, dan fruktosa.

Pada kultivasi aerobic, 50% substrate karbon digunakan utk

menjadi bahan

sellular,

50% sisanya menjadi sumber energi.

Pada

kultivasi anaerobic, kurang dari 30% substrate karbon dikonversi menjadi

sel, 70% sisanya menjadi produk (sel atau metabolit).
Oksigen:

Lebih kurang 20% berat kering sel adalah oksigen. Oksigen ada

dalam semua komponen organik sel dan air. Molekul oksigen diperlukan
sbg akseptor electron dlm metabolisme aerobik senyawa karbon. Gas O2
disuplai kedalam bioreaktor dengan aerasi.
Nitrogen:

10-14% dari berat kering sel merupakan Nitrogen.

Sumber N yang utama adalah ammonia, atau garam ammonium

(NH4Cl, (NH4)2SO4, NH4NO3), protein, peptide, asam-asam amino, dan

urea.

Sumber N pada kultivasi lab adalah nitrogen organic seperti yeast

extract dan peptone.

Beberapa seperti Azotobacter sp dan cyanobacteria mengambil N

langsung dari udara dan membentuk ammonium.

Nitrogen digunakan oleh sel sbg elemen pembangun protein dan

asam nukleat.

Tabel 1: Beberapa sumber C dan N yg digunakan oleh bioindustri

Hidrogen:

Kira-kira 8% berat kering sel adalah Hidrogen. Unsur H didapatkan

dari senyawa karbon spt karbohidrat. Bakteri methanogen menggunakan

H sebagai sumber energi.
Phosphat:

Kira-kira 3% berat kering sel adalah P. Phospor ada dalam asam

nukleat dan pd dinding sel bakteri gram positif. P adalah elemen kunci
dalam pengaturan metabolisme sel. Sumber P yang utama adalah garam
fosfat anorganik seperti KH2PO4 dan K2HPO4.
Sulfur:

Lebih kurang 1% berat kering sel adalah S. S ada dalam protein

dan beberapa koenzim. Sumber S yang utama adalah garam sulfat spt
(NH4)2SO4. Sumber S yang lain adalah asam amino yg mengandung S.
Beberapa bakteri autotrop menggunakan S2- dan S0 sbg sumber energi.
Potassium (K):

Potassium adalah kofaktor utk beberapa enzim dan diperlukan

dalam metabolisme karbohidrat. Sumber K yg utama adalah garam

KH2PO4 dan K2HPO4.
Magnesium:

Mg adalah kofaktor utk beberapa enzim, ada pd dinding sel dan

membrane. Ribosome memerlukan ion Mg2+.

Magnesium umumnya

disuplai dalam bentuk garam MgSO4.7H2O atau MgCl.

Tabel 2. Delapan Unsur Makro dan Peranannya
MICRONUTRIENTS

Kekurangan unsur kelumit (trace elements) memperpanjang fase

lag, menurunkan laju pertumbuhan spesifik dan yield produk.

Tiga kategori unsur kelumit:

Unsur kelumit yg paling banyak diperlukan adalah Fe, Zn, dan Mn.

Semua merupakan kofaktor penting.

Unsur kelumit yg diperlukan utk pembentukan produk-produk

spesifik, adalah Cu, Co, Mo, Ca, Na, Cl, Ni, dan Se.

Unsur kelumit yg jarang dibutuhkan, spt B, Al, Si, Cr, V, Sn, Be, F,

Ti, Ga, Ge, Br, Zr, W, Li, I. Bila diperlukan harus pd konsentrasi < 10-6 M
dan toksik pd konsentrasi 10-4 M.
MICRONUTRIENTS

Beberapa ion spt Mg2+, Fe3+, dan PO43-, dapat mengendap

dalam medium. Untuk itu diperlukan bahan penkelat (chelating agent) utk
melarutkannya.

Bahan pengkelat mempunyai ligand (spt karboksil,

amine, mercapto) utk mengikat ion logam utk membentuk senyawa

kompleks yg larut dalam air. Asam sitrat, EDTA, polyphosphate, histidine,
tyrosine, dan cystein merupakan agen pengkelat yg umum digunakan.
Agen pengkelat diperlukan pd konsentrasi rendah (1mM).

Faktor Pertumbuhan (Growth Factor)

Growth factor menstimulasi pertumbuhan dan sintesa metabolit.

Vitamin, asam amino dan hormone merupakan growth factor.

Vitamin

B1(thiamine),

B2(riboflavin),

B6(pyridoxine),

B12

(cyanocobalamine), biotin, folic acid, lipoic acid, p-amino benzoid acid,

dan vitamin K, berfungsi sebagai koenzim.

Vitamin diperlukan pd konsentrasi 10-6 10-12 M.

Beberapa mikroba auxotrophic memerlukan asam amino tertentu

pd konsentrasi 10-6 - 10-13 M.

Hormon insulin adalah hormone umum utk sel hewan dan

cytokinin adalah hormone pertumbuhan tanaman.

MEDIA PERTUMBUHAN

Defined Media ==> mengandung jumlah tertentu senyawa kimia

murni yang komposisinya diketahui. Contoh: glukosa, (NH4)2SO4,

KH2PO4, MgCl2. Hasil kultivasi dapat dikontrol dan reprodusibel.

Complex media ==> mengandung senyawa alami yang komposisi

kimiawinya tidak diketahui dengan pasti. Biasanya juga mengandung

faktor

pertumbuhan,

vitamin,

hormon,

menghasilkan sel yang lebih banyak.

unsur

kelumit

sehingga

Contoh: yeast extract, peptone,

molasses, corn step liquor.

Contoh komposisi tipikal defined media dan complex media:
Complex media yg digunakan pd produksi penicillin