SECUENCIACIN
Mnica Bullejos
TEMA 6 SECUENCIACIN
OBJETIVOS
-
Conocer el fundamento
secuenciacin por sntesis
de
la
pirosecuenciacin
TEMA 6 SECUENCIACIN
1
1.
SECUENCIACIN ENZIMTICA
2
2.
SECUENCIACIN AUTOMTICA
3.
SECUENCIACIN DE GENOMAS
COMPLETOS
4.
PIROSECUENCIACIN
TEMA 6 SECUENCIACIN
OBJETIVO 1
CONOCER EL FUNDAMENTO DEL MTODO DE
SECUENCIACIN ENZIMTICA
1. SECUENCIACIN ENZIMTICA
FUNDAMENTO
Empleo de dideoxinucletidos (carecen de grupo OH en el
carbono 3 de la pentosa) en la sntesis de una molcula de ADN
DEOXINUCLESIDO TRIFOSFATO
GRUPO NO REACTIVO,
REACTIVO SNT.
SNT BLOQUEADA
1. SECUENCIACIN ENZIMTICA
LA ELONGACIN DE LA CADENA TERMINA CUANDO UN
DIDEOXINUCLETIDO ES INCORPORADO AL ADN
1. SECUENCIACIN ENZIMTICA
REALIZANDO EL ANLISIS
1. SECUENCIACIN ENZIMTICA
1. SECUENCIACIN ENZIMTICA
DETERMINANDO LA LONGITUD DE LOS FRAGMENTOS OBTENIDOS
SE AVERIGUAN LAS POSICIONES OCUPADAS POR G
La longitud de los fragmentos se determina mediante electroforesis en gel de
poliacrilamida seguida de autorradiografa.
GEL DE SECUENCIACIN PARA G
1. SECUENCIACIN ENZIMTICA
LAS CUATRO REACCIONES SE
SEPARAN EN EL MISMO GEL
GEL DE SECUENCIACIN
PARA LAS 4 BASES
Animacion secuenciacion
enzimatica.swf
http://www.dnalc.org/ddnalc/resources/sangerseq.html
Secuenciacion
automatica.swf
Mnica Bullejos Gentica Aplicada TEMA 6 / 10
1. SECUENCIACIN ENZIMTICA
TEMA 6 SECUENCIACIN
OBJETIVO 2
CONOCER MODIFICACIONES REALIZADAS QUE
PERMITEN LLEVARL A CABO LA SECUENCIACIN DE
FORMA AUTOMTICA
2. SECUENCIACIN AUTOMTICA
MEJORAS
- Marcaje radiactivo
- Autorradiografa
- Polimerasa Klenow
Taq
qp
polimerasa ((cycle
y
sequencing)
q
g)
- Cantidad de molde
2. SECUENCIACIN AUTOMTICA
MARCAJE CON FLUOROCROMOS
2. SECUENCIACIN AUTOMTICA
http://www.dnalc.org/ddnalc/resources/cycseq.html
Mnica Bullejos Gentica Aplicada TEMA 6 / 15
2. SECUENCIACIN AUTOMTICA
SECUENCIACIN
FLUORESCENTE
AUTOMTICA
2. SECUENCIACIN AUTOMTICA
2. SECUENCIACIN AUTOMTICA
2. SECUENCIACIN AUTOMTICA
CADA CROMOSOMA
HUMANO TIENE
100.000.000 pb
TOTAL: 3.2 BILLONES pb
CLONE-CONTIG
(NIH)
(CELERA)
- Fragmentar el genoma
- Fragmentar el genoma
- Ordenarlos fsicamente
- Secuenciarlos aleatoriamente
- Ensamblaje informtico
Y AHORA?
Mnica Bullejos Gentica Aplicada TEMA 6 / 25
TEMA 6 SECUENCIACIN
PIROSECUENCIACIN
The Genome
Sequencer FLX from
454 Life Sciences can
sequence 100 million
illi
bases per 8 hour
instrument run or
approximately
pp
y 300
million base pairs
per 24 hour period. At
this rate the human
genome can be
b
sequenced in about
ten days.
http://www.454.com/products-solutions/multimedia-presentations.asp
Mnica Bullejos Gentica Aplicada TEMA 6 / 35
TEMA 6 SECUENCIACIN
OBJETIVOS
-
Conocer el fundamento
secuenciacin por sntesis
de
la
pirosecuenciacin
TEMA 6 SECUENCIACIN
BIBLIOGRAFA
TEMA 6 SECUENCIACIN
TEMA 6 SECUENCIACIN