Bioinformtica, marzo 2014

PRACTICA 5
Alineamiento Mltiple.
1) Obtener la secuencia de la alfa parvalbmina humana y emplearla
como query en un BLASTp con intencin de obtener una coleccin de
secuencias homlogas con diferentes grados de similitud. Se sugiere
excluir secs de Homo sapiens, utilizar alpha parvalbunin como
parmetro de Entrez y aumentar el nmero de secuencias target a
500.
2) A partir del conjunto de hits, elegir 15 secuencias representantes
que cubran aproximadamente el espectro de variacin (pero con E
values < e -8), tengan aproximadamente la misma longitud y
pertenezcan a rdenes taxonmicos distintos. Construir un archivo
fasta con dichas secuencias y guardarlo.
3) Cambiar los nombres de las secuencias del archivo anterior de
manera: alfa_parvalbumina_X , siendo X el nombre de gnero
correspondiente en espaol.
4) Hacer un alineamiento mltiple usando Clustal Omega
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ usando los parmetros por
defecto.
5) Analizar el alineamiento correspondiente Es adecuado? Qu
significa el cdigo de colores?Qu significan los smbolos *, : y .?
6) Repetir el MSA varias veces pidiendo los resultados en formato
Clustal, Pearson y Stockholm. Analizar las diferencias entre dichos
formatos.
7) Buscar la secuencia de la troponina C de conejo (P02586) e incluirla
en el alineamiento mltiple Qu % de similitud tiene con el resto de
las secuencias? A partir del alineamiento podra la troponina estar
relacionada con la parvalbmina? Qu parte de la secuencia est
ms conservada?
8) El archivo hrcJ.txt contiene un conjunto de secuencias en formato
fasta. Intenta realizar alinearlas usando Clustal W
http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html
9) Intntalo en MUSCLE. Si es posible guarda el archivo de alineamiento.
Identifica las secuencias que pudieran estar dando problemas (puede
hacerse a ojo o empleando un editor de alineamientos como Bioedit).
Elimnalas y realiza de nuevo el alineamiento: compara el resultado
con el anterior.
10)
Averigua la funcin especfica de estas protenas.