Anda di halaman 1dari 14

Permodelan Molekuler Interaksi Anestesi Spesifik dan Non-Spesifik

Titik fokus yang sesuai untuk permodelan molekul pada tindakan anestesi
beberapa abad terakhir menjadi menarik. Korelasi awal mengenai potensi anestesi
dengan solubilitas pelarut yang cukup mensugestikan teori tentang tindakan
anestesi pada regio hidrofobik berdasarkan sifat koligatif non-spesifik dari pelarut
tersebut secara relatif. Suatu biologi membran dengan protein yang tertanam dan
melewati phospholipid bilayer memberi gambaran bahwa lapisan fosfolipid dan
gabungan phospholipid bilayer dengan protein yang berada di dalam lapisannya
merupakan target spesifik tindakan anestesi. Bagaimanapun juga, pada saat yang
sama, struktur x-ray pertama anestesi inhalasi, halothane, berikatan dengan suatu
tempat spesifik di mana adenylate kinase muncul. Contoh ikatan spesifik ini
diikuti dengan ikatan spesifik lain antara struktur kristal xenon dan kloroform
dengan suatu tempat spesifik di mioglobin. Titik balik fokus tindakan anestesi
ialah ketika didemonstrasikan bahwa inhibisi anestesi enzim bebas lemak,
luciferase, berkolerasi dengan potensiasi anestesi in vivo. Fokus permodelan
molekuler lebih kepada sruktur kristal anestesi yang berikatan pada bagian
spesifik dari luciferase, oksidase kolesterol dan albumin. Akhir-akhir ini, bilogi
molekuler telah mengungkapkan bahwa residu asam amino yang memberikan
sensitivitas anestesi pada ligan yang terjaga oleh kanal ion terletak pada domain
transmembran. Maka dari itu, kami sekali lagi mempertimbangkan lokasi tindakan
anestesi pada regio membran saraf di mana terdapat interaksi dan kontak intim
antara protein dan lipid.
Bagaimanapun, ekspektasi berbeda untuk kedinamisan molekul anestesi
pada tempat ikatan merupakan aspek penting dalam perubahan fokus dari
tindakan non-spesifik pada lipid menjadi tindakan stereospesifik pada lokasi
protein. Ketika kami pertama kali menggunakan NMR F-19 untuk mengukur laju
pertukaran molekul halothane antara regio aqueouos dan phospholipid bilayer,
kami takjub bahwa laju pertukaran lebih cepat dari 1 ms -1. Lebih dari itu, dengan

menggunakan spin-labelled phospholipid, kami dapat menunjukkan bahwa


penetrasi molekul halothane diperdalam hingga ke sentral lapisan. Perkiraan awal
laju pertukaran diperoleh dari teknik NMR canggih agar domain waktu menjadi
microsecond. Dengan kontras, teknik kristalografi x-ray membutuhkan waktu
paparan sampel menit hingga jam untuk mendapatkan sebuah gambar. Untuk itu,
agar molekul anestesi dapat tergambar sempurna sebagai atom diskret dalam
struktur x-ray, maka atom harus tidak bergerak selama paparan pada resolusi 2.
Hal ini mengimolkasikan bahwa molekul anestesi berada di dalam kesetimbangan
yang cepat dikelilingi oleh pelarut, mereka harus kembali ke koordinat atom yang
sama ketika mereka kembali memasuki lokasi pengikatan.

Gambar 1. Sisi samping dari dua peptida di--heliks yang berdimerisasi untuk
membentuk sebuah berkas empat -heliks. Tulang belakang -heliks terlihat,
disepanjang dengan pengisian methionine 38 (pada ujung), trytophan 15 (tengah),
dan modeluk halotan pada warna abu-abu tua.
Ikatan statis ini memiliki konsekuensi penting untuk permodelan
molekuler: apabila molekul anestesi tetap pada koordinat spesifik, penalti entropik
yang besar pada restriksi posisi ini dapt diatasi dengan kontribusi enthalpic sesuai
yang kemungkinan dapat melebihi dari yang semata-mata berasal dari gaya
dispersi sebuah molekul dalam pelarut inotropik. Harus ada ikatan elektrostatik
eksplisit, ikatan hdrogen atau charge-induced dipoles yang berkontribusi dalam

interaksi anestesi pada lokasi ikatannya. Poin ini ditiinjau oleh Katz dan Simon
dalam analisis potensiasi anestesi gas noble.
Poin motivasi permodelan molekuler ikatan anestesi yaitu bertujuan agar sebuah
agen dapat secara cepat membalikkan keadaan anestesi atau intoksikasi alkohol
dapat menjadi kenyataan. Dalam publikasi terbaru, Beckstead dkk secara hati-hati
menyeleksi

reseptor glisin mutan yang sudah tidak senstif terhadap efek

peningkatan ethanol tetapi tetap sensitif terhadap enflurane, toluene dan


kloroform. Walaupun ethanol (25-200 Mm) tidak memiliki efek tertentu pada
reseptornya sendiri, namun dapat menghambat secara reversible efek peningkatan
enflurane, toluene dan kloroform dalam ragam bergantung konsentrasi. Implikasi
eksperimen ini antara lain (i) hal ini memungkinkan permodelan molekuler suatu
ikatan untuk menentukan suatu agen yang dapat mengembalikan dari keadaan
anestesi atau intoksikasi alkohol; dan (ii) muncul bahwa anestesi yang berbeda
dan alkohol dapat menempati lokasi ikatan yang sama dengn reseptor spesifik
nya.
Hasil ini menunjukkan bahwa permodelan molekuler dapat diaplikasikan
pada lokasi spesifik dan dapat di menggambarkan perbedaan-perbedaan lokasi
ikatan

yang

memungkinkan

beberapa

molekul

untuk

berikatan

tanpa

menimbulkan efek dan mencegah molekul lain mendapatkan efek yang biasa
timbul. Sifat steric dan elektrostatik ikatan anestesi ini memungkinkan mebuat
macam obat yang dapat secara cepat mengembalikan dari keadaan anestesi dan
intoksikasi alkohol. Penulisa ini akan membahas mengenai kemajuan terbaru
dalam hal tersebut, termasuk permodelan anestesi dengan lipid bilayers, yang
disintesis oleh protein 4-heliks grmaicidin A yang telah tertanam dalam
phospholipid bilayer dan domain transmembran saluran ion ligand-gated.
Permodelan molekuler efek anestesi pada phospholipid bilayer
Kami tidak boleh terlalu cepat fokus kepada ikatan protein spesifik karena
terdapat bukti tambahan adanya pengaruh interaksi protein-lipid dalam interaksi

anestesi. Seperti yang telah dibahas sebelumnya, tempat mutasi pada ligan terjaga
kanal ion menunjukkan poin primer tindakan anestesi adalah pada domain
transmembran kanal ini. Maka dari itu, lokasi pengikatan anestesi secara langsung
berbatasa dengan phospholipd bilayer dan memungkinkan bentuk rantai asam
lemak bagian dari batas lokasi. Sebagai tambahan, terdapat banyak bukti
mengenai efek kuat sifat lapisan lemak pada fungsi membran protein intrinsik.
Salah satu contohnya adalah penyusunan kembali rhodopsin bovin pada vesikel
fosfolipid hanya berfungsi ketika panjang rantai asam lemak C-14 atau lebih
besar. Lainnya adalah reseptor asetilkolin nikotinik membutuhkan kolesterol agar
berfungsi dengan baik dan kolesterol berhubungan langsung dengan reseptor.
Peran lemak membran dalam mengontrol perubahan konformasional dalam
protein membran intrinsik akan menjadip penting dalam pergerakan protein
konformasional seperti kanal ion.
Penelitian molekuler dinamis terbaru oleh Sharf dan kolega sesuai dengan
penelitian sebelumnya mengenai F-19 NMR interaksi anestesi dengan lapisan
lemak. Mereka menunjukkan bahwa molekul anestesi didistribusikan melalui
phospholipid bilayer tapi lebih terlokalisasi di dekat kelompok kepala fosfolipid.
Simulasi dinamik molekulernya meneliti distribusi molekul anestesi di dalam
lapisan fosfolipid komplit terdiri dari ratusan molekul fosfolipid molekul yang
terhidrasi pada kedua penampakan dengan ratusan molekul air eksplisit. Lapisan
bilayer terhidrasi ini nantinya ditempatkan pada kotak periodik yang memberi
sifat apabila salah satu molekul air keluar dari kotak periodik, misalkan melalui
direksi x, maka akan digantikan oleh molekul lain yang masuk melalui +x. Kotak
periodik ini memiliki fungsi penting yang memberi kesempatan investigator untuk
mengontrol tekanan absolut dalam sistem dan mengatur temperatur spesifik
(energi termal kinetik) dan angka awal anestesi, fosfolipid dan molekul air.
Tu dan kolega menunjukkan perhitungan konstan temperatur dan tekanan
diamis molekuler pada fase kristal cair (L-) dipalmitoylphosphatidiylcholine
dengan fraksi mole halothane 6,5% (2-3 MAC). Perubahan strktural halus dalam
lapisan lemak terjadi pada keberadaan anestesi, dibandingkan dengan lapisan

lemak murni, seperti bahwa ekspansi lateral kecil disertai dengan kontraksi sedang
dalam ketebalan bilayer telah itemukan. Bagaimanapun juga, peningkatan
keseluruhan volume sistem lebih dapat dibandingkan dengan volume molekuler
yang ditambahkan moekul anestesi, sesuai penelitian sebelumnya. Tidak ada
perubahan signifikan pada konformasi rantai hidrokarbon yang jelas kelihatan.
Perubahan struktural sepakat dengan data NMR yang sesuai terhadap konsentrasi
rendah anestesi. Ditemukan bahwa halothane tidak memiliki ikatan spesifik pada
kelompok lipid atau pada rantai acyl. Tidak ada bukti yang jelas arah orientasi
molekul halothane lebih ke permukaan lipid atau air.
Ikatan molekul anestesi dalam rangkaian 4-heliks
Dukungan eksperimental untuk hipotesis bahwa molekul kecil dapat
berikatan di dalam bentuk kubah antara -heliks telah dilakukan oleh Johansson
dkk. Mereka mendesain suatu kubah ikatan dalam inti hidrofobik rangkaian 4-heliks. Menggantikan inti residu leusin enam dengan alanin menghasilkan kubah
sekitar 171 3 (halothane di kalkulasi volume van der Waals 123 3), yang
meningkatkan afinitas ikatan halothane 4,4 kali lipat. Perubahan struktural pada
rangkaian disebabkan oleh ikatan yang diatur dengan circular dichroism, ESR,
dan spektroskopi sebuah simulasi molekuler dinamik rangkaian ini dalam
phospholipid bilayer didemonstrasikan meningkatkan tempat peningkatan
halothane. Panjang nanodetik lintasan dinamis molekuler dihasilkan untuk tiap
sistem pada suhu ruang (298 K). Efek struktural dan dinamik inklusi halothane
dibandingkan, mengilustrasikan bahwa struktur tetap stabil selama simulasi,
rangkaian 4--heliks memiliki kantung yang sesuai untuk mengakomodasi
halothane, halothane tetap di dalam desain kubah hidrofobik di dekat redisu
tryptophan dengan orientasi yang diutamakan, dan dimensi peptida dibuat
bingung oleh inklusi molekul anestesi.
Peneliti ini kemudian menggunakan modelnya untuk menyelidiki fitur
struktural kavitas pengikatan yang dapat menentukan potensiasi anestesi. Mereka
meunjukkan bahwa substitusi residu methionine pada rangkaian 4--heliks lebih

meningkatkan affinitas ikatan. Sisi rantai methionine yang lebih dapat dipolarisasi
menggantikan leusin, dalam upaya meningkatkan gaya dispersi antara ligan
dengan protein. Varian rangkain heliks yang dihasilkan meningkatkan affinitas
(K(d)=0.200.01 Mm) ikatan halothane, dibandingkan dengan rangkaian yang
mengandung leusin (K(d)=0.690.06 Mm). Labelisasi fotoaffinitas dengan [14C]halothane mengungkapkan labelisasi fotoaffinitas residu tryptophan (W15) pada
kedua peptida, mendukung pandangan bahwa pendinginan fluoresens dengan
ikatan anestesi melaporan kedua ikatan energetik dan lokasi ligan berada pada inti
hidrofobik. Tingkat pertukaran hidrogen amida sama dengan kedua rangkaian,
menunjukkan bahwa perbedaan affinitas ikatan tidak karena stabilitas protein.
Pengikatan haothane pada kedua protein rangkaian 4--heliks menstabilisasi
konformasi lipatan asal. Simulasi molekuler dinamik rangkaian mengilustrasikan
keberadaan inti idrofobik, mengandung edua residu W15. Hasil ini menunjukkan
bahwa, sebagai tambahan defek kemasan, meningkatkan gaya dispersi dapat
menjdi penting dalam menghasilkan afinitas ikatan lokasi anestesi menjadi lebih
tinggi. Sebagai alternatif, efek substitusi methionine pada ikatan dapat
meningkatkan akses ke tempat pengikatan, atau optimisasi allosterik dimensi
kantung ikatan. Pada akhirnya, hasil ini menunjukkan bahwa stabilisasi istimewa
konformasi protein terlipat dapat merepresentasikan mekanisme fundamental
tindakan anestesi inhalasi.
Permodelan molekuler efek halothane pada gramicidin A ditanam dalam
phospholipid bilayer
Tang dan Xu telah menggnakan Xe-129 99 dan F-1974 NMR resolusi tinggi
untuk menggambarkan lingungan dan psosisi molekul anestesi dalam sistem
model gramicidin terrekontitusi pada phospholipid bilayer. Mereka baru-baru ini
menggunakan teknik terakhir untuk menunjukkan bahwa sepasang senyawa
struktural yang mirip, anestesi volatil [1-chloro-1,2,2-trifluorocyclobutane (F3)]
dan non-immobilisasi (non-anestesi) [1,2-dichlorohexafluorocyclobutane (F6)],
berinteraksi berbeda dengan permukaan transmembran gramicidin.

Peneliti ini kemudian menggunakan simulasi molekuler dinaik untuk meneliti


sifat dinamis molekul anestesi dalam siste yang sama. Dalam stimulasi ini, mereka
menggunakan gramicidin A sebagai model untuk kanal ion transmembran. Mereka
menginvestigasi apakah lipid interfasial memiliki peran signifikan dalam
memediasi efe anestesi pada kanal ion. Skala besar, simulasi dinamik molekuler
seluruh atom kanal gramicidin dalam lapisan dimyristoylphophatidylcholine
(DMPC) terhidrasi peuh ditunjukkan daam keberadaan dan munculnya halothane
menggunakan program dinamis molekuler NAMD2 (Universitas Illinois di
Urbana-Champaign, USA) pada supercomputer T3E di Pittsbrg Supercomputing
Centre. Sebuah kanal gramicidin (sebuah dimer end-to-end yang menjangkau
membran) ditempatkan pada sistem DMPC air dan dinamik molekuler
ditunjukkan hingga sistem mencapai suhu seimbang dan tekanan konstan.
Kemudian 10 molekul halothane ditempatkan di lokasi predeterminan berdasarkan
hasil NMR. Setelah keseimbangan tambahan dan minimisasi energi, simulasi
dinamik molekuler paralel dengan atau tanpa halothane dibawa tiap 2.2 ns.
Simulasi ini mengungkapkan rincian intin bagaimana halothane dapat
mempengaruhi kanal gramicidin dan membran lipid. Gambar 2 menunjukkan
distribusi awal molekul membran dalam simulasi dinamis.

Gambar 2. Gambaran sistem simulasi: saluran gramicidin pada membran DMPC


yang terhidrasi penuh dengan 10 molekul halothane pada posisi awalnya. Rantai

lemak DMPC tidak ditunjukkan. Atom fosfor pada kelompok lemak ditandai
dengan bulatan hitam.
Domain transmembran saluran ion ligand-gated sebagai target pemodelan
molekul
Walaupun bagian berikut ini akan berfokus pada efek anestetik pada
saluran ion ligand-gated, ulasan lain pada volume ini menjelaskan bahwa saluran
ini menyediakan suatu tempat untuk pemodelan molekul. Sistem sel yang
dipengaruhi oleh anestetik dan alkohol terlalu banyak untuk disebutkan. Walau
sudah banyak percobaan untuk menemukan satu saluran ion, membran atau enzim
yang paling sensitif, tampak bahwa lebih masuk akal untuk mempertimbangkan
intoksikasi atau anestesia sebagai hasil dari sejumlah berbagai kontribusi.
Perbedaan dari saluran ion dipengaruhi oleh anestetik termasuk saluran kalium,
saluran kalsium (voltase dan ligand-sensitive), reseptor glutamat (NMDA dan
kainate), reseptor P2X(4) novel, reseptor asetilkolin nikotinik (nAChR), saluran
5HT3, saluran GABAA, dan saluran glisin *GlyR1). Aspek penting dari aksi
anestetik termasuk modulasi fungsi protein oleh kinase dan fosfatase, contohnya
adalah efek dari anestetik lokal pada fosforilasi oleh protein kinase C. Penelitian
terbaru menunjukkan efek spesifik dari anestetik dan alkohol pada fosforilasi
target sel penting oleh protein kinase C. Peran ethanol dalam inhibisi
autofosforilasi IGF-I dan reseptor insulin oleh tirosin kinase juga telah diteliti.
Apakah domain transmembran dari saluran ion ligand-gated disusun oleh lima
subunit, yang merupakan sebuah berkas tetramerik dari -heliks?
Pada umumnya, domain transmembran dari protein secara eksperimental
merupakan berkas -heliks dan -barel. Sebuah hipotesis standar menyatakan
motif umum dari superfamili saluran ion ligand-gated (LGIC) adalah sebuah
subunit pentamer, yang setiap subunitnya terdiri dari empat anti-paralel -heliks.
Motif umum dari sebuah saluran ion terdiri dari lima subunit yang tersusun di
sekitar pori sentral didukung dengan kuat oleh serial penelitian oleh Unwin dan

rekan. Usul yang menyatakan bahwa tiga segmen transmembran lainnya pada
setiap unit juga merupakan -heliks jauh lebih kontroversial.
Banyak teknik telah digunakan untuk memprediksi struktur sekunder bagian
transmembran dari LGIC. Karena prediksi konsensus dari struktur sekunder
merupakan hal esensial sebelum membangun model molekul dari pengikatan
putatif pada LGIC, maka Bertaccini dan Trudell membuat sebuah usaha penting
untuk membuat prediksi tersebut menggunakan algoritma modern yang secara
spesifik didesain untuk memprediksi -heliks dalam protein membran (bukan
globular). Urutan asam amino pada LGIC didapatkan dari database protein Entrez
di US National Library of Medicine: (i) Reseptor asetilkolin nikotinik Torpedo
(Torpedo AchR1), (ii) Reseptor asetilkolin nikotinik neuronal manusia 4
(AchR4), (iii) Reseptor asetilkolin nikotinik neuronal manusia 7 (AchR7),
(iv) Reseptor GABA 1 (GABA1), (v) Reseptor glisin 1 manusia (GlyR1)
dan (vi) Reseptor 5-hidroksitriptamin (5HT3). Setiap urutan protein disampaikan
pada setiap 10 algoritma prediksi topologi protein membran. Konsensus dari 60
perhitungan adalah domain transmembran dari superfamili AChR dari saluran ion
ligan-gated terdiri dari subunit yang mengandung empat bundel -heliks.
Sekarang terdapat dukungan eksperimental untuk hasil perhitungan ini.
Baru-baru ini, Methot dan kolega melakukan analisis Fourier Transform Infrared
(FTIR) dari Torpedo AchR. Mereka menyusun kembali Torpedo AchR dalam
sebuah persiapan liposomal dan menunjukkan campuran -heliks dan -sheet
pada semua reseptor. Mereka kemudian mengekspos reseptor pada pembelahan
proteolitik baik eksternal dan internal kepada liposome agar hanya meninggalkan
komponen transmembran dari protein yang melekat pada membran liposomal.
Analisis FTIR berikutnya dengan jelas menunjukkan dominansi karakter -heliks.
Faktanya, petunjuk satu-satunya mengenai karakter -sheet yang ditemukan pada
bagian ini serupa dengan yang dicatat dalam protein lain yang telah terlihat
dengan kristalografi x-ray yang merupakan -heliks seluruhnya.
Model molekul dari saluran ion ligand-gated pada superfamily AChR

Berdasarkan hasil dari prediksi struktur sekunder pada super family AChR,
dibangun sebuah model domain transmembran dari saluran ion GABAR -1
yang homopentamerik. Setiap subunit dibentuk dengan mengikat urutan asam
amino dari GABAR -1 ke struktur kristal berkas empat -heliks yang
ditemukan dalam sitokrom oxidase. Lima sub unit ini membentuk sebuah saluran
ion homopentamerik berdasarkan pada pengikatan TM2 dalam setiap sub unit
kepada struktur kristal dari saluran ion mekanosensitif bakteri (1msl). Saluran ion
ini dipercaya sebagai progenitor primordial untuk mayoritas saluran ion pada
organisme yang lebih kompleks. Saluran ion homopentamerik ini mengandung
lima -heliks yang disusun mengitari pori sentral dengan sebuah supertwist di
sebelah kanan dan bentuk corong yang paling sempit pada permukaan intraseluler.
Struktur tersebut mendukung sifat -heliks dari TM2 pada LGIC dan sejalan
dengan prediksi kami serta dengan teori dari Unwin dan kolega mengenai densitas
elektron pada mikrograf cryoelektron dari reseptor acetilkolin. Walaupun
penelitian terdahulu memprediksi sebuah 'kekusutan' pada residu leusin dalam
saluran ion, kekusutan ini tidak diobservasi pada penelitian NMR terbaru.
Selanjutnya, pengaplikasian dari simulasi annealing melalui dinamika molekul
terkendali (SA/MD) kepada model saluran ion AChR menunjukkan bahwa
kekusutan ini bisa didapatkan dengan distorsi kecil kumulatif pada tulang
belakang dari geometri -heliks kanonik, daripada hilangnya geometri -heliks di
sekitar leusin yang dikonservasi.
Walau hasil model dengan 20 -heliks transmembran memenuhi data
eksperimental yang tersedia, ia sangat diharapkan untuk menguji bagaimana
saluran ion mekanosensitif bakteri akan menjadi cetakan untuk saluran ion
superfamily AChR. Sebuah sarana untuk menguji struktur kuaterner model ini
disediakan oleh publikasi terbaru dari struktur kristal protein yang berikatan
dengan asetilkolin. Protein ini menunjukkan homolog yang tinggi di antara
anggota superfamily AChR, termasuk manusia dan Torpedo AChRs, GABA AR
dan reseptor glisin. Namun, sangat memungkinkan untuk mengkristalisasi protein
ini karena ia hanya mengandung domain ligand-binding ekstraseluler AChR.

Karena hanya domain transmembran yang dibuat menjadi model, maka bila
struktur model kami sudah tepat, seharusnya mudah untuk menempatkan struktur
protein yang berikatan dengan asetilkolin ke dalam model domain transmembran
kami dan dapat dilihat kecocokannya. Uji ini ditunjukkan dalam Gambar 3. Dapat
dilihat bahwa supertwist dari -heliks yang dikelilingi lima pori (TM2 dalam
AchR) dan suar di luar helix membentuk pori corong pada sisi intraseluler yang
cocok dengan struktur domain ligand-binding dalam struktur kristal. Titik ini
secara partikular terlihat pada sisi atas dimana dapat dilihat vestibula terbentuk
oleh protein yang berikatan dengan asetilkolin dan transisi yang mulus ke dalam
lumen saluran ion pada model domain transmembran kami.

Gambar 3. (A) Struktur kristal dari protein yang berikatan dengan asetilkolin
(atas) dan sebuah model domain transmembran dari reseptor GABA alpha 1
(bawah) yang dilihat dari sisi ekstraseluler dari membran. (B) Dua struktur
disandingkan dengan merotasi +90 derajat dan -90 derajat. Uji model pada bagian
bawah untuk mencoba memindahkan struktur kristal dari domain ligand-binding
kepada domain transmembran dan mengamati seberapa cocok model tersebut
pada struktur kristal. (C) Struktur kristal dipindahkan secara vertikal hingga ke
van der Waals berkontak dengan model seperti yang dtunjukkan oleh garis
horisontal yang menandai regio lipid bilayer pada domain transmembran. Gambar
pada (c) digambarkan pada volume yang mengisi ruang (van der Waals). Tempat

dari insersi anestetik dinamakan interface. Dapat dilihat bahwa kecocokan


model, yang berdasarkan pada struktur kristal dari saluran mekanosensitif bakteri
(1msl), dengan struktur kristal dari protein yang berikatan dengan asetilkolin
sangatlah baik.
Dua fitur terbaru ditekankan pada model ini. Pertama, ketika
menyandingkan kedua struktur, menjadi jelas bahwa cis-loop pada sisi bawah
protein yang berikatan dengan asetilkolin berinteraksi dengan loop yang
menghubungkan transmembran -heliks 2 dan 3 pada model domain
transmembran dari LGIC, disebut sebagai 2-3 loop.
Kedua, model komposit mengatakan bahwa kita sebaiknya memodifikasi
pandangan kita mengenai molekul anestetik dapat memasuki sebuah sub unit.
Ketika melihat sebuah model domain transmembran LGIC dalam isolasi, mudah
untuk diasumsikan bahwa molekul kecil ini berpindah langsung dari cairan
ekstraseluler ke dalam kavitas putatif yang dibentuk antara -heliks atau -strands
yang dapat memperbaiki sub unit. Namun dengan domain ligand-binding pada
tempatnya (Gambar 3c), hal ini jelas bahwa jalur masuk secara langsung adalah
tidak mungkin. Karena itu kita harus memikirkan jalur yang menyertakan (1)
difusi di bawah lumen yang berisikan air dari saluran ion, (2) dissolusi dalam
fosfolipid bilayer yang diikuti dengan transfer melalui interfase lipid protein dari
saluran ion atau (3) transfer kepada cincin annular yang terbentuk oleh 4
komponen interface dari ligand-binding dan domain transmembran protein,
fosfolipid bilayer, dan lapisan air interfasial. Menariknya, kemungkinan nomer 3
lah dimana Tang dan Xu menemukan molekul-molekul halotan yang terlokalisasi
pada penelitian mereka.
Studi pemodelan mengarahkan model global tentang bagaimana anestetik
mengikat

kepada

lokasi

non-kompetitif

mempengaruhi fungsi saluran ion

di

reseptor

yang

dapat

Besarnya Kd dari alkohol (100mM) dan anestetik inhalasi (1mM)


membutuhkan energi ikatannya ke tempat aksi yang kecil. Sebagai hasilnya, kita
tidak dapat mengharapkan pengikatan tersebut dapat menyebabkan kecocokan
induksi pada lokasi protein atau bahkan menyediakan reorganisasi dari kavitas
internal. Sebaliknya, molekul-molekul ini berikatan dengan cavitas atau lokasi
yang sudah ada sebelumnya. Lokasi-lokasi ini menjadi identik dengan berkas
empat heliks yang diteliti oleh Johansson dan rekannya. Pengikatan molekul kecil
dapat mempengaruhi fungsi reseptor jika terjadi equilibrium di antara konformasi
dari saluran istirahat dan yang terbuka, stadium desensitasi, dengan pengikatan
ligand kecil yang mengubah equilibrium. Dapat dihipotesiskan bahwa ikatan ligan
dengan kebanyakan konformasi reseptor, tetapi bentuk atau volume dari lokasi
pengikatan berbeda dengan konformasi. Dalam kasus ini, ligan yang diberikan
dapat masuk ke dalam sebuah tempat dalam satu konformasi yang lebih baik
daripada lainnya serta menyediakan stabilisasi konformasi yang lebih baik. Usul
ini mengarahkan kita pada kemungkinan bahwa pada sebuah level molekular,
mutasi langsung pada sebuah tempat dapat mengubah konformasi mana yang akan
distabilkan oleh ligand yang particular. Faktanya, sekarang terdapat beberapa
contoh dimana mutasi tunggal mengubah potensi relatif dari alkohol dan anestetik
inhalasi. Model sebelumnya mengenai tempat pengikatan anestetik dan alhokol
termasuk kavitas internal dalam protein. Tempat-tempat ini sering berada diantara
-heliks transmembran. Tempat pengikatan seperti ini mirip dengan model
interface domain yang dijelaskan oleh Catterall dan kolega untuk pengiaktan
ligan dengan saluran kalsium tipe-L. Cavitas hidrofobik dibaut pada lisosom T4
melalui sebuah mutasi leusin-ke-alanin pada posisi 99 (L99A) merupakan model
pengawal yang baik untuk pengikatan anestetik dan alkohol untuk alasan berikut:
mutasi pada saluran ion ligand-gated secara relatif termasuk konservatif; ia
terutama melibatkan residu asam amino netral; dan mutasi dapat menciptakan atau
memperluas

cavitas

hidrofobik

seperti

pada

lisosom

T4.

Keuntungan

menggunakan kavitas pada lisosom T4 adalah pengikatan molekul kecil, dan


stabilisasi struktur protein, yang telah dipelajari oleh NMR, denaturasi termal,
mikrokalorimetri, difraksi X-ray, fluoresens, dan simulasi dinamik molekular.

Rangkuman
Terdapat proses yang berjalan dengan cepat pada pemodelan molekular
beberapa tahun belakangan ini. Konvergensi dari software yang berkembang
untuk mekanika dan dinamika molekul, teknik untuk substitusi chimeric dan
mutasi di tempat, dan struktur x-ray pertama dari saluran ion transmembran telah
membuatnya menjadi mungkin untuk membangun dan menguji model dari tempat
pengikatan anestetik. Model-model ini telah menjadi petunjuk untuk mutagenesis
dan menjadi titik awal untuk memahami dinamika molekul dari interaksi tempat
anestetik. Saluran ion ligand-gated adalah target untuk anestetik inhalasi dan
alkohol pada sistem saraf pusat. Glisin sensitif-strychinine inhibitor dan reseptor
asam -aminobutirik tipe A secara positif dimodulasi oleh anestetik dan alkohol;
teknik mutagenesis telah mengidentifikasi residu asam amino yang penting untuk
volatil pada anestetik dan alkohol pada reseptor ini. Pertanyaan kunci adalah
apakah mutasi asam amino ini turut mengambil bagian dari tempat pengikatan
alkohol atau anestetik atau apakah ia mempengaruhi stabilitas protein sehingga
menyebabkan molekul anestetik untuk beraksi dengan mekanisme non spesifik.
Tampaknya, pemodelan molekular akan memainkan peran mayor untuk menjawab
pertanyaan-pertanyaan ini.