Limbah yang dihasilkan dari industri Bakpia Kemusuk 033 ini antara lain:
Air bekas mencuci dan merendam kacang hijau
Kulit ari kacang hijau
Dengan limbah tersebut, industri Bakpia Kemusuk 033 tidak memerlukan
pengelolaan limbah yang rumit atau khusus. Limbah kulit ari dibuang dengan bantuan petugas kebersihan setempat. Sedangkan air limbah, baik bekas mencuci dan merendam kacang hijau, maupun air kotor lain yang termasuk dalam proses produksi seperti air mencuci peralatan memasak, serta air untuk membersihkan penggiling dan pencampur bahan baku, dibuang melalui saluran pipa pralon yang dibuat secara khusus di tempat produksi bakpia. Pipa tersebut bermuara ke sarana pembuangan air limbah masyarakat. Selama ini tidak ada kendala dalam pembuangan limbah, selain itu tidak timbul bahaya atau pencemaran bermakna karena limbah yang dihasilkan tidak berbeda dengan limbah rumah tangga pada umumnya, serta tidak mengandung bahan berbahaya bagi lingkungan.