METABOLISME ASAM NUKLEAT

KULIAH 8

Semua sifat dalam diri manusia akan di wariskan kepada anak dan
generasinya. Unit yang mewariskan sifat ini disebut gen. Gen ini
tersimpan di dalam DNA dan akan diekspresikan dalam bentuk sintesis
protein. Dalam kuliah ini asam nukleat yang disebut adalah berupa DNA
dan RNA.
Sejarah Ditemukannya DNA

Awalnya Frederick Griffith melakukan percobaan dengan bacteri

Streptococcus pneumoniae. Bakteri ini memiliki 2 galur. Galur yang
memiliki kapsul dan bersifat patogen (S) serta galur yang tidak memiliki
kapsul dan non patogenik (R). Sehingga frederick melakukan percobaan
sesuai dengan gambar. Pada gambar (a) tikus disuntikan sel S dan
akhirnya mati. Gambar (b) tikus disuntikkan sel R dan tikus tetap hidup.

Pada sel S di panaskan baru disuntkkan. Dan hasilnya tikus tetap hidup.
Pada gambar (d) lalu frederick mencampurkan sel S yang telah
dipanaskan dengan sel R. Haislnya adalah tikusnya mati. Pada gambar a-d
frederick

berspekulasi

terdapat

materi

yang

mampu

melakukan

transformasi tapi belum tau materi itu apa.

14 tahun kemudian Oswald Avery, Macly McCarty, dan Colin
MacLeod melakukan isolasi pada tiga kandidat ang mereka anggap
sebagai pentransformasi. Yaitu RNA, DNA, dan protein. Avery dan
koleganya melakukan percoban sesuai dengan gambar (e), yaitu dengan
mengisolasi DNA dari sel bakteri yang virulen atau patogen yang sudah
dipanaskan. Lalu DNA tersebut dicampur dengan sel R yang masih hidup,
lalu disuntikkan. Hasilnya adalah tikus mati. Maka dapat disimpulkan
bahwa DNA dapat mentransfer suatu sifat.
Pengenalan
A. Kromosom
Kromosom merupakan benang-benang yang terkondensasi dalam
inti sel dan dia terdiri dari DNA (35% dari kromosom) , RNA, serta
protein. Karena itu kromosom membawa gen dan berfungsi sebagai
unit herediter.
Beberapa mahluk hidup memiliki kromosom RNA saja seperti virus
hepatitis C, dan contoh yang memiliki kromosom berupa DNA
adalah hepatitis B. Sedangkan yang memiliki komponen RNA dan
DNA dalam kromosomnya adalah bakteri Escherichia coli.
B. Gen
Gen merupakan penggalan dari DNA yang memiliki urutan basa
tertentu dan dia memiliki kemampuan untuk mengontrol sifat dari
organisme dengan cara mensintesis protein
C. DNA
Merupakan makro molekul yang terdiri nukleotida. Nukeotida sendiri
terdisi dari serangkaian fosfat, basa nitrogen, dan gula pentosa
(deoksiribosa). Umumnya ditemukan dalam nukleus, tetapi dapat
ditemukan juga di dalam mitokondria dan plastida.
Nukelotida ini memiliki fungsi tersendiri, yaitu :
1. Sebagai monomer dari DNA
2. Sebagai menghasil energim, contohnya ATP

3. Sebagai senyawa antara atau second messenger yang disebut

cAMP
4. Sebagai komponen kofaktor, contohnya NAD, FAD

Penyusunan Asam Nukleat

Asam nukleat terdiri DNA dan
RNA.

Bagan

disamping

merupakan pembentuk asam

nukleat.

Perbedaan

antara

DNNA dan RNA adalah dari

bahan penyusunnya. Apabila
DNA

tersusun

doksiribosa

dari
dan

gula
basa

pirimidinnya berupa Cytosine

dan Timin. Sedangkan pada
RNA gula penyusunnya adalah
Ribosa, dan basa pirimidinnya berupa Cytosine dan Urasil.
a. Struktur Gula Pentosa

Struktur gula pada DNA dan RNA berbeda. Letak perbedaannya

adalah pada gugus atom C no 2nya. Pada DNA gugus C no 2
mengikat H, sedangkan pada RNA (ribosa) gugus atom C no 2 nya
mengikat gugus OH
b. Gugus fosfat
gugus fosfat ini melekat pada atom C no 5. Di dalam DNA, fosfat
sebagai punggung bagi tangga DNA. Dan dari
fosfat ini lah muatan negatif DNA berasal
c. Basa nitrogen

Basa nitrogen dibagi mendajadi 2, purin dan pirimidin. Purin terdiri

atas adenin dan guanin, sedangkan pirimidin terdiri dari cytosine,
urasil, dan timin.

DNA:
Timin (T)
Adenine (A)
Sitosin (C)
Guanin (G)

RNA:
Urasil (U)
Adenin (A)
Cytosin (C)
Guanin (G)

Pirimidin mempunyai struktur cincin tunggal, berikatan ke gula

ribosa pada atom N-1 dari struktur cincinnya. Purin mempunyai
struktur cincin ganda, berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari
struktur cincinnya.

Struktur DNA
Bentuk DNA adalah double helix, yang arah putarannya ke kanan.
Struktur luarnya merupakan
nukleosida (gula pentosa dan
gugus fosfat), sedanga bagian
dalam atau tangganya berupa
basa

nitrogen.

nukletida,

Didalam

terdapat

ikatan

hidrogen yang berguna untuk

menyambungkan

basa

nitrogen. Untuk cytosine dan

guanin memerlukan 3 ikatan
hidrogen,

sedangkan

timin

dan adenin hanya 2 ikatan

hidrogen. Perbedaan kekuatan ikatan pada anak tangga DNA inilah
yang menyebabkan DNA berpilin.
Perpasangan basa nitrgen pada DNA itu sesuai dengan aturan
Chargaff, yaitu perbandingan Cytosine dan Guanin adalah 1:1,
begitu pun dengan perbandingan Adenin dan Timin. Ujung dari DNA
ada yang 5 dan 3. Pada ujung 5 tersebut, gugus gula mengikat gugus
fosfat, sedangkan pada ujung 3, terdapat gugus OH yang terikat pada
atom C gula pentosa.
Pengemasan DNA

DNA

sangatlah

panjang,

sehingga,

dia

perlu

dikumparkan agar dapat berada di dalam sel yang

sangat kecil, sehingga, DNA perlu dikemas. Awalnya
DNA akan terikat bersama suatu protein yang disebut
histon. Karena DNA yang bermuatan negatif dan
histon bermuatan positif, maka mereka saling terikat
(tarik-menarik),
nukleosom.

lalu

Lalu

histon

nukleosom

tadi

dironce

menjadi

terkumpar

dan

tergulung menjadi serat kromatin. Lalu kromatin ini

berkelok sehingga bentuknya semakin besar, dan
selanjutnya

semakin

terkondensasi

saat

pembelahan

sel

menjadi

kromosom

Pada sel autosom terdapar 23 pasang kromosom yang mampu

mensintesi 30.000-100.000 asam amino esensial. Namun tidak
semua bagian dari DNA diekspresikan. Ada bagian yang tidak
diekspresikan yang disebut sebagai intron. Pada pengulanan bagian
DNA juga tidak diekspresikan, tetapi memiliki fungsi :
Jika bagian DNA yg berulang < 10 bp simple sequence
repeated DNA/DNA satelit
DNA mini & mikrosatelit (antara 1-4 bp) untuk sidik
jari/finger print DNA
Perbedaan Genom Prokariot dan Eukariot

Prokariot
1. Ukuran lebih kecil &pendek

Eukariot
1. molekul DNA linear di dalam

2. Satu molekul DNA sirkular

kromosom & genom sirkular

3. Gen tambahan disebut

di mitokondria

plasmid sifat ketahanan

terhadap antibiotik
4. tidak ada intron &
infrequency of repetitive
sequences

Perubahan pada Struktur DNA

Perubahan pada DNA ada yang bersifat destruktif ada yang tidak. Contoh
yang

distruktif

adalah,

apabila

perubahan

pada

DNA

tersebut

mengakibatkan penuaan serta kanker. Sedangan kan perubahan DNA yang

bersifat non destruktif yaitu replikasi DNA. Karena pada tahap ini, DNA akan
tetap kembali menjadi seperti semula (tidak rusak)

Pemindahan informasi genetik dari satu generasi ke generasi berikutnya.

Replikasi sel terjadi pada saat sel akan membelah (fase S pada siklus sel).
Terdapat 3 konsep replikasi DNA, tapi dari semua teori, teori semikonservatif yang paling dianggap benar dan yang paling logis diantara teori
yang lain.
Replikasi semikonservatif : Masing-masing rantai menjadi cetakan
pembentukan DNA baru. Dan arah replikasinya dari 5 ke 3. Sebelum

direplikasi DNA harus dalam keadaan terpisah. Proses pemisahan ini hanya
terjadi pada darah yang mengalmi penggelembungan.
Berikut enzim yang bekerja dalam proses replikasi DNA

Proses Replikasi DNA

A. Leading

strand

(untaian

1. Helikase membuka untaian double helix DNA

2. Single strand binding protein(protein pengikat
menstabilkan untaian cetakan yang terbuka
3. Primase membuat primer agar DNA polimerase

maju)

protein)
III

dapat

melakukan sintesis
4. Untaian maju disintesis dengan arah 5 ke 3 oleh DNA
polimerase III
B. Lagging strand (untaian lambat)

5
5
3

3
5

35

3
5

3
3
5

1. Primase memulai mensintesis primer RNA untuk fragmen Okazaki

pada 3 tempat (anggap yang bagan bawah sebelah kanan a,
bagian tengah b, pojok kiri c)
2. Karena sintesis berjalan dari 5 ke 3, makan DNA polimerase III
hanya dapat mensintesis hingga batas primase depannya.
Contoh sintesis nukleotida dr primer c hingga sampai di primer b
3. Karen tidak dapat bergabung, maka terbentuklah fragmen2 yang
disebut fragmen okazaki
4. Exonuklease menghilangkan primer pada lagging strand
5. DNA polimerase I mengganti primer dengan nukleotida
6. Enzim ligase menyatukan fragmen okazaki
Proses leading dan lagging strand ini terjadi bersama-sama pada
suatu untaian DNA