Ensamblaje de la secuencia genmica

Como ya hemos mencionado anteriormente, los

pequeos fragmentos secuenciados al presentar
regiones solapantes se van a poder ir ensamblando
para dar lugar finalmente a la estructura
(secuencia) del genoma completo. El primer nivel
de ensamblaje de la secuencia seran los contigs.
Un contig es una secuencia contigua y solapante de
DNA generada por reemsamblaje de fragmentos
pequeos de DNA secuenciados, es decir, un contig
se obtienen por unin de fragmentos contiguos.
El siguiente nivel de ensamblaje que tendramos
seran los scaffolds, los cuales se obtienen por
ensamblaje de varios contigs. Como se puede
observar en la imagen no siempre se puede llegar a
construir un scaffold completamente ensamblado, puesto que muchas veces hay algn "gap"
fruto de la ausencia de parte de la secuencia (la cual es necesaria para poder ensamblar el
scaffold).
Cabe destacar que en el caso de la secuenciacin jerrquica, este ensamblaje se apoya en la
presencia de mapas fsicos y/o genticos realizados previamente y que facilitan en gran
medida el ensamblaje completo del genoma secuenciado.