Prediccin de genes "in slico"

Se basa en la deduccin de la secuencia de aminocidos de una protena codificada en una

cadena de DNA genmico mediante la utilizacin de herramientas bioinformticas. Esta
aproximacin forma parte del anotacin de un genoma y su objetivo principal es la prediccin
de la presencia de un determinado gen en el genoma a anotar que da un producto proteico
caracterstico.
Para la prediccin in slico de genes se utilizan herramientas bioinformticas como el BLAST
utilizando la denominada genmica comparativa (compara la secuencia del genoma a anotar
con una gran base de datos en la que hay gran cantidad de genoma ya secuenciados y
anotados). De esta forma se realizan bsquedas por homologa de secuencia para poder
predecir posibles genes mediante la generacin de marcos de lectura abiertos. Gracias a esta
comparacin por homologa se puede llegar a asignar una posible funcin al gen .
La prediccin de genes en genomas eucariotas y procariotas vara notablemente de un
organismo a otro debido a la diferente estructura del genoma as como a la organizacin de las
secuencias codificantes. En procariotas la anatoma del gen es ms simple; por eso se usan
mtodos distintos de anotacin, optimizados para cada caso.
La prediccin en genomas procariotas es ms simple debido a la ausencia de intrones en los
genes (genes ininterrumpidos) as como la presencia de una alta densidad de genes. La
identificacin de ORF es por tanto muy directa.
La mayora de pautas de lectura
abiertas (ORFs) de un tamao
razonable corresponden a genes.

La prediccin en genoma eucariotas es ms compleja pues: los genes se encuentran

separados por largas regiones intergnicas; las regiones codificantes se encuentran divididas
en exones, separados por regiones no codificantes o intrones; y las seales no estn
totalmente conservadas y no hay un
conocimiento suficiente del proceso biolgico.