Uso de homologa

Los programas de prediccin de genes permiten el uso de bsqueda de homologa con

secuencias conocidas para mejorar las predicciones.
Estas homologas las podemos encontrar en:
-

Genes de otras especies

Fragmentos genmicos que sabemos que se transcriben (ESTs o cDNA)
Comparacin de genomas completos

Programas de prediccin de genes

Hay numerosos programas para la prediccin de genes entre los que
destaca el programa GENEID.
Lleva a cabo una prediccin de genes de esta forma:
-

Prediccin seales
Prediccin exones
Prediccin genes: ensamblar los distintos exones una vez
filtrados los intrones y hacer bsquedas frente a bases de
datos (protenas, ESTs) de secuencias que se saben que son
codificantes.

(Estructura jerrquica y secuencial de prediccin de genes: sealesexones-genes)

Fiabilidad de los programas de prediccin de genes
- Necesitamos un conjunto de genes conocidos para validar las
predicciones.
- Sensibilidad: proporcin de genes reales que han sido
- Conceptos bsicos para medir la fiabilidad: predichos.
- Especificidad: proporcin de predicciones que
corresponden con la realidad