Oleh :
Zainul Alim
061513143008
061513143118
Tutuk Wahyuningtyas
061513143069
Ulvi Hudriyah
061513143052
A. LATAR BELAKANG
Kualitas mikrobiologi susu segar dan produk susu terutama ditentukan oleh tingkat
awal dan komposisi populasi bakteri yang ada dalam susu segar. Peraturan perundangundangan nasional dan internasional saat ini sudah memiliki aturan per batas susu sapi
segar dari segi kualitas mikrobiologi yang diterima sebagai "total" jumlah bakteri per ml
dalam tangki di peternakan dan pada tingkat silo susu, pada 105 ml, masing-masing,
ketika sampel susu biakan di piring standar Count Agar (PCA) selama 3 hari pada suhu
30 C di bawah kondisi aerobik tingkat bakteri ini sesuai dengan rata-rata geometrik
berjalan selama dua - periode bulan, dengan setidaknya dua sampel per bulan
Untuk menjaga kualitas mikrobiologis susu segar yang dihasilkan di sebuah
peternakan, undang-undang saat di negara maju membutuhkan penyimpanan bahan baku
susu pada suhu 6 C atau kurang (biasanya pada 2 sampai 4 C) segera setelah
pemerahan. Dinginnya rantai penyimpanan susu segar dan transportasi bergantung pada
transfer susu dari peternakan tangki bulk ke tangki pada transfer truk ke silo susu di mana
susu akan diproses lebih lanjut. Selama penyimpanan dingin pada suhu 4 C, "total"
jumlah bakteri susu mentah sapi segar dapat dijaga konstan selama kurang lebih dua hari,
setelah itu psychrotrophs (didefinisikan sebagai orang mikroba mampu tumbuh pada 7
C), yang terutama pseudomonas , meningkat pesat dan akan datang penduduk dominan di
antara mikroba baku susu .Numerous telah meneliti efek dari penyimpanan dingin pada
komposisi komunitas mikroba menggunakan pendekatan berbasis budidaya tradisional
atau molekul metode berdasarkan ekstraksi DNA langsung dari sampel susu.
Menggunakan budidaya - berbasis metode, kami sebelumnya mengamati bahwa
pembilasan terus menerus dengan gas N2 murni menunjukkan beberapa potensi untuk
mengurangi usia jarahan bakteri dari susu segar di laboratorium dan di skala pilot plant
karena pertumbuhan mesophiles, psychrotrophs, lipase dan protease produsen terhambat ,
tapi anaerob, bakteri asam laktat, atau bakteri entero tidak disukai. Dengan demikian,
pengobatan tersebut bisa memberikan kemungkinan untuk menjaga kualitas mikrobiologi
dan sifat organoleptik susu segar, dan juga bisa berfungsi untuk memperpanjang waktu
dingin penyimpanan susu segar sebelum pengolahan susu. Namun sejauh ini, hanya
budidaya - berbasis pendekatan telah digunakan untuk menyelidiki konsekuensi dari
pengobatan N2 pada keragaman bakteri, yang tidak memungkinkan untuk kesimpulan
yang bisa ditarik tentang efek pengobatan pada keragaman bakteri secara keseluruhan.
Akibatnya, tujuan dari penelitian ini adalah untuk menggambarkan keragaman bakteri
dari sampel susu sapi segar menggunakan pendekatan barcode molekul langsung tanpa
2
budidaya sebelum dan untuk menyelidiki apakah pembilasan terus menerus gas N2 dari
penyimpanan
beberapa penelitian telah menunjukkan, DNA - berbasis pendekatan mungkin bias seperti
DNA dapat bertahan selama beberapa waktu bahkan setelah bakteri bawaan telah
meninggal. Kami menggunakan rRNA sebagai target untuk menganalisis komposisi
komunitas bakteri. Lebih jauh, bagi banyak bakteri isi rRNA juga terkait dengan aktivitas
mereka, yang mungkin merupakan parameter tambahan penting ketika dampak pada susu
pembusukan dipertimbangkan.
B. RUMUSAN MASALAH
1. Bagaimana flusing gas N2 dapat mengatasi hilangnya keanekaragaman bakteri dan
menghambat psychotropic pseudomonas selama penyimpanan dingin susu sapi segar?
C. TUJUAN MAKALAH
1. Untuk mengetahui flusing gas N2 dapat mengatasi hilangnya keanekaragaman
bakteri dan menghambat psychotropic pseudomonas selama penyimpanan dingin susu
sapi segar.
D. MANFAAT MAKALAH
1. Agar mengetahui flusing gas N2 dapat mengatasi hilangnya keanekaragaman bakteri
dan menghambat psychotropic pseudomonas selama penyimpanan dingin susu sapi
segar?
BAB 2
MATERIAL DAN METODE
meter yang telah terpasang 0,2-m filter steril. Gas N2 yang digunakan adalah N2 murni
99,999%. Tingkat aliran yang digunakan yaitu 120 ml/menit. headspace labu sekitar 120 ml
secara terus menerus akan dibersihkan dengan N 2 segar. Gas N2 steril yang telah melewati
filter steril akan masuk ke masing-masing labu dimana yang mengandung 100 ml susu segar.
Suasana murni adalah atmosfer dari N2 steril yang masuk dan akan dikeluarkan melalui outlet
tube. Susu segaryang tidak diberi perlakuan (sampel C) diletakkan di kondisi yang sama
dengan dipasang inlet dan outlet tube yang telah terpasang filter steril 0,2-m. ketiga labu
diletakkan pada multi-place magnetic stirrer dan sebagian terendam pada waterbath yang
didinginkan oleh 99,5% ethanol sebagai cooling agent. Susu segarpada setiap labu diaduk
dengan kecepatan 220 rpm.
dilakukan untuk memastikan tidak ada DNA bakteri dan sintesis cDNA dari ektrak RNA
dapat berjalan dengan baik.
Amplicon Next-generating sequencing (NGS) ditunjukkan pada Miseq Illumina. Primer
universal eubacterial 27f dan 357r melindungi daerah hipervariable V1 dan V2 dari gen 16S
rRNA untuk mencocokkan ideks primer Illumina. Squensing PCR terdiri atas proses
denaturasi awal 98oC 5 menit, diikuti dengan 25 siklus denaturasi 98 oC 10 detik, annealing
60oC 30 detik, elongation 72oC 30 detik dan final extention 72oC 5 menit. Setiap 25l
mengandung 1x NebNext High Fidelity Mastermix (New England biolabs, germany), 0,5
mM primer dan 1 ng template DNA. Produk dari PCR akan di visualisasikan dengan
menggunakan jel agarose 1%. Setelah mengukur ukuran fragmen dan konsentrasi dengan
menggunakan Bioanalyzer 2100 (agilent, Germany) indeks PCR dilakukan dengan ketentutan
sbagai berikut : 98oC selama 5 menit, diikuti oleh 8 siklus dari 98C selama 10 detik, 55C
selama 30 detik dan 72C selama 30 detik, dan ekstensi akhir pada 72C selama 5 menit.
Setiap 25-l mengandung 1x NebNext High Fidelity Mastermix (New England biolabs,
germany), indek primer 1 (N7xx) dan indek primer 2 (S5xx). Semua sampel dimurnikan
menggunakan AMPure beads XP (Beckman Coulter, Germany), divalidasi dengan
Bioanalyzer 2100 device on a High-Sensitivity DNA chip (Agilent,Germany) dan dihitung
menggunakan Quant-iT Pico Green dsDNA Assay Kit (Invitrogen, Germany). Setelah itu
data dikumpulkan untuk selanjutnya dilakukan squencing.
Pseudomonas, kekerabatan
maksimum di hitung dari hasil squensing yang hampir sama pada ARB dengan default
setting.
BAB 3
HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1 HASIL
3.1.1 Analisis berdasarkan biakan bakteri dari susu sapi segar
Jumlah bakteri awal pada agar PCA diperkirakan berjumlah 104 cfu/ml (4 log-unit)
untuk semua sampel susu segar (L1, L2, dan L3). Untuk agar kontrol, pertumbuhan
terjadi melewati batas waktu seperti yang diharapkan. Untuk L1 dan L2 jumlah bakteri
belebih 106cfu/ml (6 log-unit) setelah 4 hari di pendingin. Tetapi pada L3 masih dibawah
5.5 log-unit pada hari ke-3.Setelah 6-7 hari jumlah bakteri antara 8 dan 9 log-unit dan
6
sampel yang disimpan dingin hanya menunjukkan 128 OUT (37.9%) dengan susu segar
awal.
Penyimpanan dingin yang dikombinasi dengan pengaliran gas N 2 mengurangi jumlah
OTU setelah 3-4 hari dan 6-7 hari, masing-masing 999 dan 651 OUT yang masih dapat
terdeteksi setara dengan berkurang hanya 28,2% dan 53,2%. Setelah hari ke 6-7 sampel
masih menunjukkan 287 OUT (44,1%) dibandingkan susu segar awal.
terdeteksi.
Dalam
sampel
baku
susu
awal,
Flavobacteriaceae,
dan
Acinetobacter
hingga
99,8% dari
jelas
didominasi
Pseudomonadaceae
Pseudomonadaceae
dan
dan
74,3-91,1% dari
relative 5-10% pada susu yang hanya disimpan dingin. Sebaliknya, hasil sampel dari
penyimpanan dingin dan dialiri gas N2 dengan satu pengecualian (L2N4)(<1%) lebih
tinggi kelimpahan (sekitar 20%) dibandingkan dengan kontrol yang sesuai mereka,
dan setara dengan tingkat awal mereka (L10, L20 dan L30)
3.2 PEMBAHASAN
Susu segarmengandung banyak mikroba, terutama bakteri yang mungkin merugikan
dan berkaitan dengan kesehatan manusia. Sampel susu segaryang digunakan dalam penelitian
ini memiliki kualitas mikrobiologi yang baik dengan hasil perhitungan awal 10 4 cfu/ml. Dari
hasil awal pembiakan menunjukkan bahwa pertumbuhan bakteri pada susu segarterhambat
pada suhu 60C oleh flushing gas N2. Seperti penelitian sebelumnya.
Data kami, yang diperoleh dari 16S rRNA berkode bakteri, dikonfirmasi hasil dari
penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa susu yang disimpan dalam freezer memicu
perubahan populasi bakteri. Flushing
bakteri yang berbeda dibandingkan dengan kontrol. Dan keseragaman bakteri secara
menyeluruh menurun pada sampel yang mendapatkan perlakuan freezing dan flushing gas N2.
Dibandingkan dengan yang hanya dilakukan freezing.Terutama rare taxa menunjukkan angka
yang lebih baik dengan flushing gas N2 dibandingkan dengan susu yang dibekukan saja.
Mengingat bahwa sampel susu segarawal telah dibekukan selama dua hari di berbagai
tanki farm sebelum pengumpulan dan bahwa tiga sampel susu segarmewakili campuran susu
yang diproduksi di bulan yang berbeda, memiliki nilai keragaman relatif kelompok utama
sangat konsisten (Tabel S1). Sampel susu segarawal didominasi oleh urutan rRNA terkait
10
taksa,
terutama
bakteri
milik
Firmicutes
seperti
Jeotgalicoccus,
genus
ini
diketahui
terbentuk
dari
beberapa
gen
antibiotik,
isolat
KESIMPULAN
Data kami menunjukkan bahwa keragaman bakteri lebih baik diawetkan dalam susu
segardengan tambahan flusing menggunakan gas N2 dibandingkan dengan ruangan dingin
dengan suhu 66 C. Penelitian yang mengungkapkan bahwa tidak adanya patogen pada
manusia, milk spoiler, atau anaerob jelas sangat disukai pada perlakuan flushing N2
menunjukkan potensi lebih tinggi untuk flushing gas N2 sebagai pengobatan tambahan untuk
menjaga kualitas dan keamanan selama susu segar penyimpanan dingin dan rantai
transportasi.
Dari hasil pengamatan sebelumnya, berdasarkan metode culture-dependent,penelitian
ini menegaskan bahwa flushing gas N2 dipengaruhi oleh pseudomonas, namun jenis
penyimpanan tidak mengubah pola keragaman genus ini. Dalam semua sampel, OTUs terkait
dengan pseudomonas spesies veronii yang dominan. Beberapa kelompok anaeroob, bakteri
usus besar yang khas dan juga kelompok bakteri utama yang ditemukan di awal sampel susu
segar, namun mereka sensitif pada kondisi penyimpanan dingin.
Data ini sangat menjanjikan karena para produsen susu mendapat keragaman bakteri
baik yang lebih tinggi dalam produk mereka, dan hasil yang disajikan di sini memungkinkan
untuk perpanjangan waktu penyimpanan dinginsusu segartanpa adanya dampak negatif pada
kualitas mikrobiologi.
13
DAFTAR PUSTAKA
Gislene B.O, Luciana F, Rosa H.L, McIntosi D (2015). Psychrotrophic bacteria in milk: How
much do we really know?. Brazilian Journal of Microbiology. 46, 2, 313-321
Gschwendtner S, Alatossava T, Kublik S, Fuka MM, Schloter M, Munsch-Alatossava P
(2016)
Munsch-Alatossava P, Gursoy O, Alatossava T. Potential of nitrogen gas (N2) to control
psychrotrophsand mesophiles in raw milk. Microbiol Res. 2010; 165: 122132. doi:
10.1016/j.micres.2009.02.002PMID: 19398315
Munsch-Alatossava P,QuintynR,De Man I,AlatossavaTandGauchiJ-P (2016) Efficiencyof N2
Gas Flushing Compared to the Lactoperoxidase System at Controlling Bacterial
Growth in Bovine Raw Milk Stored at Mild Temperatures. Front. Microbiol.7:839. doi:
10.3389/fmicb.2016.00839
N2 Gas Flushing Alleviates the Loss of Bacterial Diversity and Inhibits Psychrotrophic
Pseudomonas during the Cold Storage of Bovine Raw Milk. PLoS ONE 11(1):
e0146015. doi:10.1371/journal. pone.0146015
14
15