las protenas
Jerarqua estructural de
las protenas
David Arboledas Brihuega
Qumico
Sapere aude
in memoriam
A veces los acontecimientos se arremolinan a nuestro alrededor sin
poder evitarlos en modo alguno. Mientras comenzaba a preparar este libro
sobrevino la muerte de mi to. Era ya esperada, pero cuando llega, un enorme
vaco queda en el corazn. Las personas que conocemos siempre dejan una
huella en l; algunas imborrables. Hoy, 16 de junio de 2010, con lgrimas en los
ojos y un profundo dolor, no puedo sino recordar todo lo que emocionalmente
debo a mi to, Pedro Salas Morante. Fue mi padrino y estuvo en todos los
acontecimientos importantes de mi vida: la defensa de mi tesis de licenciatura,
all por abril de 1997, donde comenz a gestarse la idea de escribir algo
como esta monografa; mi boda, ms cercana en el tiempo, y el nacimiento
de mis hijas, hace tres aos. Hoy, por tanto, por el respeto que me mereca,
por su enorme valor y entereza hasta el final y con el profundo desconsuelo
que siento, no puedo ms que agradecerle su ejemplo durante los treinta y
siete aos en los que hemos compartido viaje y legar al futuro su nombre y su
recuerdo; no puedo ms que dedicarle pstumamente esta obra. Nunca podr
olvidarte. Descansa en paz, to.
David Arboledas Brihuega
NDICE
Introduccin.....................................................................................13
Captulo 1. Aminocidos.................................................................15
1.1 Caractersticas.........................................................................15
1.2 Clasificacin............................................................................18
1.2.1 Cadenas laterales apolares..............................................18
1.2.2 Cadenas laterales polares sin carga................................19
1.2.3 Cadenas laterales polares con carga...............................19
1.3 Nomenclatura..........................................................................20
1.4 Actividad ptica........................................................................20
1.4.1 Clasificacin operacional..................................................21
1.4.2 Proyecciones de Fischer..................................................21
1.4.3 Sistema de Cahn, Ingold y Prelog....................................23
1.5 Aminocidos modificados........................................................25
Captulo 2. Estructura primaria......................................................27
2.1 Composicin de aminocidos..................................................27
2.2 Cuantificacin de aminocidos................................................30
2.3 Identificacin del aminocido N-terminal.................................32
Captulo 5. Dominios.......................................................................79
5.1 Dominios estructurales y funcionales......................................81
5.2 Clasificacin estructural...........................................................82
5.3 Los dominios como unidades evolutivas.................................84
5.4 Los dominios son unidades autnomas de plegamiento........87
5.5 Dinmica de dominios.............................................................89
5.6 Identificacin de dominios.......................................................91
Captulo 6. Estructura terciaria......................................................93
6.1 Secuencia de aminocidos y estructura terciaria....................96
6.2 Las protenas se pliegan en un proceso en varias etapas......98
6.2.1 El postulado de Anfinsen y la paradoja de Levinthal........99
6.2.2 Intermediarios del plegamiento proteico.........................100
6.2.3 Modelos clsicos de plegamiento...................................101
6.2.4 Paisaje y embudo de plegamientos................................105
6.3 Plegamiento in vivo...............................................................107
6.4 Modelos estructurales terciarios comunes............................109
6.5 Plegamiento y desnaturalizacin........................................... 110
6.5.1 Mtodos directos............................................................ 112
6.5.2 Mtodos indirectos......................................................... 113
Captulo 7. Estructura cuaternaria............................................... 115
7.1 Interacciones entre subunidades.......................................... 116
7.2 Simetra de las protenas....................................................... 117
7.2.1 Simetra cclica............................................................... 118
7.2.2 Simetra didrica............................................................. 119
7.2.3 Simetra icosadrica....................................................... 119
7.2.4 Simetra helicoidal..........................................................120
7.3 Determinacin del nmero de subunidades..........................121
7.4 Clasificacin de protenas oligomricas................................122
7.5 Existen lmites al tamao de las protenas............................123
7.6 Las protenas forman complejos supramoleculares..............123
Captulo 8. Clasificacin de las protenas..................................125
8.1 Por su composicin...............................................................125
introduccin
Las protenas naturales son polmeros lineales de -l-aminocidos.
Desempean una gran cantidad de funciones: estructurales, como el colgeno;
transportadoras, como la hemoglobina o los citocromos; adems de aquellas
funciones catalticas que ejecutan las enzimas y que resultan esenciales en la
homeostasis del metabolismo.
En una protena podemos distinguir varios niveles de organizacin. Una
estructura primaria, que hace referencia a la secuencia de aminocidos en la
cadena polipeptdica y en la que se incluyen todos los enlaces covalentes entre
los diversos residuos: los enlaces peptdicos y los puentes disulfuro.
Una estructura secundaria, que se refiere a las disposiciones regulares
en el espacio de residuos adyacentes en la cadena polipeptdica. Ciertas
secuencias de aminocidos favorecen las hlices o las cadenas , as como
giros que conectan unas estructuras regulares con otras. Algunos elementos
con estructura secundaria forman agregados regulares consecutivos que
determinan un nivel de organizacin superior, que denominamos estructura
supersecundaria o motivos. Algunos de estos se combinan, generalmente,
para formar compactas estructuras globulares que llamamos dominios.
Dominios con secuencias de aminocidos homlogas en diferentes protenas
tienen casi invariablemente la misma estructura terciaria. Un dominio se define,
entonces, como una parte de una cadena polipeptdica que puede plegarse
independientemente en una estructura terciaria estable. Los dominios pueden
ser tambin unidades de funcin independientes dentro de la estructura de las
protenas.
13
14
1Captulo 1
aminocidos
Las protenas son biomolculas polimricas lineales constituidas por
-l-aminocidos. Se encuentran tanto en clulas animales como en vegetales
y se pliegan en una estructura tridimensional caracterstica que les confiere una
enorme variedad de funciones. Actan como componentes estructurales y como
receptores moleculares; algunas participan en la replicacin, transcripcin y traduccin de la informacin gentica; otras forman parte de la primera lnea de defensa de nuestro sistema o transportan el oxgeno a todas nuestras clulas. Entre
todas las protenas, quiz, son las enzimas las ms importantes, pues regulan
todo el metabolismo y son piezas esenciales en todos los aspectos bioqumicos.
Todos estos papeles pueden clasificarse, en ltimo trmino, como
estructurales o funcionales.
1.1 caractersticas
Los aminocidos, como indica su nombre, son molculas orgnicas
que contienen un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (COOH). Como
hemos dicho, los aminocidos proteicos son -aminocidos, es decir, que
estn formados por un carbono alfa unido a un grupo amino, a otro carboxilo,
a un hidrgeno y a una cadena lateral R con la que forma su cuarto enlace
covalente (Figura 1.1 A). Normalmente en la naturaleza solo est presente
uno de los dos enantimeros de la mayora de los compuestos biolgicos
15
Jerarqua
estructural de las protenas
16JERARQUAESTRUCTURALDELASPROTENAS
16JERARQUAESTRUCTURALDELASPROTENAS
ECU
ECU
unen
al alCC. (B)
Todos
los
aminocidos
que
aparecen
en
las
protenas
naturales
se
se
unen
.
(B)
Todos
los
aminocidos
que
aparecen
en
las
protenas
naturales
se
presentan como enantimeros L, salvo para la glicina, que es aquiral.
, salvopara
paralalaglicina,
glicina,que
queesesaquiral.
aquiral.
presentancomo
comoenantimeros
enantimerosl,Lsalvo
presentan
Los aminocidos y las protenas que forman poseen por tanto unas
Losaminocidos
aminocidos yy las
las protenas
protenas que
que forman poseen
poseen por
unas
Los
por tanto
tanto
unas
marcadas
propiedades cido-bsicas.
Todosforman
los -aminocidos
presentan
marcadas propiedades cido-bsicas. Todos los -aminocidos presentan
marcadas
Todos los -aminocidos
al menos propiedades
dos grupos cido-bsicas.
funcionales cido-bsicos,
tres los que presentan
tienen unaal
al menos dos grupos funcionales cido-bsicos, tres los que tienen una
menos
grupos
funcionales cido-bsicos, tres los que tienen una cadena
cadenados
lateral
ionizable.
cadena lateral ionizable.
lateral ionizable.
A pH bajos los grupos amino y carboxilo de un aminocido estn muy
A pH bajos los grupos amino y carboxilo de un aminocido
estn muy
+
A
protonados,
por lolosque
su forma
+H3N-CHR-COOH.
A pH bajos
grupos
aminopredominante
y carboxilo deser
un aminocido
estn muy
H N-CHR-COOH.
A
protonados,
por lo que
su forma
predominante
ser
+ 3
protonados, por lo que su forma predominante ser H3N-CHR-COOH. A
16
Aminocidos
CAPTULO1.AMINOCIDOS17
CAPTULO1.AMINOCIDOS17
ECU
ECU
+COO
sean
de
la
Ala
iguales;
lo
mismo
debe
ocurrir
lasocurrir
concentraciones
+
H3HN-CHR-COO
de la Ala son iguales; lo mismo con
debe
ocurrircon
conlaslas
3N-CHR-COO de la Ala son iguales; lo mismo debe
9,71
de
las formas zwitterinica
y zwitterinica
aninica
H2N-CHR-COO
para
un pH de
para
concentraciones
dede
laslas
formas
y aninica
H2HN-CHR-COO
concentraciones
formas
zwitterinica
y aninica
2N-CHR-COO para
(Figura
1.3).
un
pHpH
dede
9,71
(Figura
1.3).
un
9,71
(Figura
1.3).
Figura
Curva
dedetitulacin
de la laalanina.
Los
con
Figura1.3.
1.3.Curva
Curva
titulacin
alanina.
Losaminocidos
aminocidos
concadenas
cadenas
Figura
1.3.
decarga
titulacin
de lade
alanina.
Los
aminocidos
con cadenas
apolares
apolares
y polares
sin
sese
ionizan
de
manera
similar.
y polares
sinionizan
carga
manera
similar.
yapolares
polares sin
carga se
deionizan
manerade
similar.
ElEl
punto
isoelctrico,
pI,pI,
debe
dede
ser, por
tanto:
punto
isoelctrico,
debe
por
tanto:
El punto
isoelctrico,
pI, debe
ser, ser,
por tanto:
pIpI
pKpK
pK 2
1 1 pK
2
22
17
Jerarqua
estructural de las protenas
18JERARQUAESTRUCTURALDELASPROTENAS
ECU
1.2
1.2clasificacin
CLASIFICACIN
1.2.1Cadenas
Cadenaslaterales
laterales
apolares
1.2.1
apolares
acuerdo
concriterio
este de
criterio
de clasificacin
tenemos
nueve
DeDe
acuerdo
con este
clasificacin
tenemos nueve
aminocidos
aminocidos
con cadenas
apolares.
El deesmenor
tamao
lacuya
glicina
(Gly,
con
cadenas apolares.
El de menor
tamao
la glicina
(Gly,es
G),
cadena
G), cuya
lateral
es un La
tomo
de hidrgeno.
La alanina
A),
lateral
es uncadena
tomo de
hidrgeno.
alanina
(Ala, A), valina
(Val, V), (Ala,
leucina
valina
(Val,
V),
leucina
(Leu,
L)
e
isoleucina
(Ile,
I)
poseen
cadenas
(Leu, L) e isoleucina (Ile, I) poseen cadenas alifticas de diferentes longitudes.
alifticas de diferentes longitudes. La metionina (Met, M) presenta un
La metionina (Met, M) presenta un tomo de azufre en su cadena. La prolina
tomo de azufre en su cadena. La prolina (Pro, P), con una cadena cclica,
(Pro, P), con una cadena cclica, destaca por sus restricciones conformacionales.
destaca por sus restricciones conformacionales. La fenilalanina (Phe, F),
La fenilalanina (Phe, F), con su radical bencilo y el triptfano (Trp, W), con su
con su radical bencilo y el triptfano (Trp, W), con su cadena indlica, son
cadena
indlica,deson
aminocidos
de(Figura
cadena1.4).
aromtica (Figura 1.4).
aminocidos
cadena
aromtica
Figura 1.4. Frmulas y smbolos de los aminocidos con cadena lateral apolar.
Figura
1.4. Frmulas
y smbolos
de los
conpara
cadena
apolar. Se
Se recogen
las frmulas
y smbolos
de aminocidos
una y tres letras
los -lateral
L-aminocidos
de
recogen
frmulas
y smbolos
de una y tres letras para los -l-aminocidos de cadena
cadenalas
apolar
en su
forma neutra.
apolar en su forma neutra.
18
ECU
CAPTULO1.AMINOCIDOS19
ECU
CAPTULO1.AMINOCIDOS19
Aminocidos
1.2.2 Cadenas
Cadenaslaterales
lateralespolares
polaressin
sincarga
carga
1.2.2
1.2.2
Cadenas
laterales
polares
sin
carga
Eneste
estegrupo
grupotenemos
tenemosseis
seisaminocidos.
aminocidos.La
Laasparagina
asparagina
(Asn,N)N)y yla
En
(Asn,
la glutamina
(Gln,
Q) presentan
cadenas
laterales
amida.
La serina
(Ser,
glutamina
Q) presentan
cadenas
laterales
amida.
La serina
(Ser,
y la
En (Gln,
este grupo
tenemos
seis aminocidos.
La asparagina
(Asn,S)N)
y
S)
y
la
treonina
(Thr,T)
poseen
grupos
hidroxilo.
La
tirosina
(Tyr,
Y)
posee
treonina
(Thr,T)(Gln,
poseen
grupos hidroxilo.
Lalaterales
tirosina amida.
(Tyr, Y)La
posee
un anillo
la glutamina
Q) presentan
cadenas
serina
(Ser,
un anillo
fenlico
junto aaromticos
los gruposdearomticos
de es
la responsable
Phe y Trp es
fenlico
junto(Thr,T)
aque,
los grupos
la Phe
Trp,
de
S) y la que,
treonina
poseen grupos hidroxilo.
Laytirosina
(Tyr, Y) posee
responsable
de casi todaenlalaabsorbancia
enlalafluorescencia
regin UV y mostrada
la fluorescencia
casi
toda
la
absorbancia
regin
UV
y
por las
un anillo fenlico que, junto a los grupos aromticos de la Phe y Trp
es
mostrada por las protenas. La cistena (Cys, C) presenta un grupo tilico
protenas.
La cistena
(Cys,laC)absorbancia
presenta unen
grupo
tilicoUV
queylelapermite
formar
responsable
de casi toda
la regin
fluorescencia
que le permite formar puentes disulfuro con cadenas laterales de otras Cys
puentes
disulfuro
cadenasLa
laterales
de(Cys,
otras C)
Cyspresenta
(Figura 1.5).
mostrada
por lascon
protenas.
cistena
un grupo tilico
(Figura 1.5).
que le permite formar puentes disulfuro con cadenas laterales de otras Cys
(Figura 1.5).
Figura
de los
aminocidos
con cadena
polar polar
sin carga.
Figura1.5.
1.5.Frmulas
Frmulasy smbolos
y smbolos
de los
aminocidos
con cadena
sin
Se
recogen
las
frmulas
y
smbolos
de
una
y
tres
letras
para
los
l-aminocidos de
carga. Se recogen las frmulas y smbolos de una y tres letras para los -Lcadena
carga
enpolar
forma
neutra.
Figurapolar
1.5. sin
Frmulas
ysusmbolos
de
aminocidos
aminocidos
de
cadena
sin carga
en los
su forma
neutra. con cadena polar sin
carga. Se recogen las frmulas y smbolos de una y tres letras para los -Laminocidos de cadena polar sin carga en su forma neutra.
Figura 1.6. Frmulas y smbolos de los aminocidos con cadena polar cargada.
Figura 1.6. Frmulas y smbolos de los aminocidos con cadena polar cargada.
Figura 1.6. Frmulas y smbolos de los aminocidos con cadena polar cargada.
19
Jerarqua
estructural de las protenas
20JERARQUAESTRUCTURALDELASPROTENAS
ECU
1.3
1.3nomenclatura
NOMENCLATURA
En las figuras 1.4, 1.5 y 1.6 se han indicado las abreviaturas de tres y
las figuras 1.4, 1.5
y 1.6
se aminocidos
han indicado que
las abreviaturas
deen
tres
una letraEn
correspondientes
a los
veinte
se encuentran
lasy
una
letra
correspondientes
a
los
veinte
aminocidos
que
se
encuentran
en
protenas naturales. Es importante memorizarlos, pues en todos los tratados
las protenas naturales. Es importante memorizarlos, pues en todos los
o publicaciones de bioqumica se recoger una u otra forma de referirse a los
tratados o publicaciones de bioqumica se recoger una u otra forma de
distintos residuos. El cdigo de una letra se usa ms a menudo para comparar
referirse a los distintos residuos. El cdigo de una letra se usa ms a
secuencias de aminocidos de diferentes protenas.
menudo para comparar secuencias de aminocidos de diferentes protenas.
EsMencionar,
necesario asimismo,
mencionar,que
asimismo,
muchas
veceslos
aparecern
muchas que
veces
aparecern
smbolos
Asx,
que
hacen
referencia
tanto
a
Glu
o
Gln
en
el primer
los
smbolos
Glx
y
Glx y Asx, que hacen referencia tanto a Glu o Gln en el primer caso,
como
caso,
en el segundo.
a la propia
experiencia
Asp como
o AsnAsp
en oelAsn
segundo.
Esto se Esto
debesea debe
la propia
experiencia
en el
enlaboratorio,
el laboratorio,
como
indicaremos
en captulo
el captulo
siguiente,
durante
puespues
como
indicaremos
en el
siguiente,
durante
el
elproceso
procesode
dehidrlisis
hidrlisisde
de protenas
protenas lala Asn
Asn yy la
la Gln
Gln se
se oxidan
oxidan aa Asp
Asp yy Glu,
Glu,
respectivamente;
respectivamente;por
porloloque
queaapriori
priorino
nopodemos
podemos saber
saber si
si un
un residuo
residuo de
de Asp
Asp
detectado
Asn.
detectadoera
erarealmente
realmenteAsp
Aspo oproviene
provienededeuna
una
Asn.
En
En los
los polipptidos,
polipptidos, los
los nombres
nombres de
de los
los residuos
residuos se
se nombran
reemplazando
reemplazandoelelsufijo
sufijo-ina
-inade
desu
sunombre
nombrepor
por -il.
-il. Las
Las cadenas
cadenas se
se describen
empezando
aa
la la
izquierda
y
empezandopor
porelelextremo
extremoamino,
amino,o oN-terminal,
N-terminal,que
quequedar
quedar
izquierda
se sigue
el orden
al extremo
carboxilo,
o C-terminal.
Este
sey sigue
el orden
hastahasta
llegarllegar
al extremo
carboxilo,
o C-terminal.
Este ltimo
ltimo se
residuo
se nombra
su aminocido
de(Figura
origen 1.7).
(Figura 1.7).
residuo
nombra
como sucomo
aminocido
de origen