PERBAIKAN DNA (DNA REPAIR)

PERBAIKAN DNA
DNA bukanlah substansi yang lemah, telah dilengkapi dengan
mekanisme tertentu yang mampu menetralisasi gangguan-gangguan yang
terjadi sehingga tidak membawa efek negatif. Mekanisme yang dimiliki DNA
tersebut adalah mekanisme DNA repair (perbaikan DNA) yang terjadi pada
fase tertentu dalam siklus sel.

Pada fase G1 (Gap 1) terdapat check point yaitu suatu tempat dimana
susunan DNA akan dikoreksi dengan seteliti-telitinya. Apabila ada kesalahan,
sel mempunyai dua pilihan :
Pertama, kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA
repair.
Namun, apabila kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi,
sel memutuskan untuk mengambil pilihan kedua yaitu dimatikan daripada
hidup membawa pengaruh buruk bagi lingkungan sekelilingnya. Saat itulah
keputusan untuk berapoptosis diambil. Sel dengan DNA normal akan
meneruskan perjalanan untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S
(Sintesis), G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).

MEKANISME PERBAIKAN DNA

Ada 3 mekanisme utama:
1.Base excision,
2. Nucleotide excision
3. Mismatch repair.

 Base excision (Pemotongan Basa)

Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deamination atau alkylation. Tempat
kerusakan basa tersebut disebut dengan "abasic site" atau "AP site". Pada
E.coli, enzim DNA glycosylase dapat mengenal AP site dan membuang
basanya. Kemudian AP endonuclease membuang AP site dan nucleotida
sekitarnya. Kekosongan akan diisi dengan bantuan DNA polymerase I dan
DNA ligase.

 Nucleotide excision (pemotongan nukleotida)

Pada E. coli, protein UvrA, UvrB, dan UvrC berperan dalam membuang
nukleotida
( dimer akibat UV light). Kemudian kekosongan akan diisi dengan bantuan
enzim DNA polymerase I dan DNA ligase. Pada yeast, proteins Uvr's dikenal

dengan nama RADxx ("RAD" kependekan dari "radiation"), seperti RAD3,

RAD10 dll

 Mismatch repair (perbaikan yng tidak berpasangan)

Untuk memperbaiki basa yang tidak berpasangan harus diketahui pasangan
basa mana yang salah. Pada E. coli, ini dapat diketahui oleh methylase yang
disebut dengan "Dam methylase", dimana dapat memetilasi adenines yang
terdapat pada urutan (5')GATC . Segera sesudah replikasi DNA, template
strand dimetilasi, tetapi strand yang baru disintesa belum dimetilasi. Jadi
antara template strand dan new strand akan berbeda. .

Dimulai dengan berikatannya protein MutS pada mismatched base pairs.

Kemudian MutL mengaktifkan MutH untuk bergabung bersama pada urutan
GATC. MutH akan membelah strand yang tidak dimetilasi pada tempat
GATC . Selanjutnya, segment dari tempat pembelahan akan dibuang oleh
enzim exonuclease (dengan bantuan enzim helicase II dan SSB proteins).
Bila pembelahannya pada bagian 3' dari kerusakan, akan dipotong oleh
enzim exonuclease I dan bila pada bagian 5' oleh enzim exonuclease VII
atau RecJ untuk mendegradasi single tranded DNA. Kekosongannya akan
diisi dengan bantuan enzim DNA polymerase III dan DNA ligase.

Jarak antara tempat GATC dengan kerusakan bisa mencapai sepanjang 1,000
base pairs
Bagaimanapun juga perbaikan sistem ini mahal dan tidak efisien.