Kepaniteraan Klinik

Referat

Bagian/SMF Forensik dan Medikolegal

Agustus 2016

RSU Bahteramas Sulawesi Tenggara

PEMERIKSAAN DNA UNTUK IDENTIFIKASI PERSONAL

Venny Kumala Sari Yahya, S.Ked

K1A2 10 061

Pembimbing :
Kompol dr. Mauluddin M. S.Sos, S.H, M.H, M.Kes, Sp.F

Bagian/SMF Ilmu Kedokteran Forensik dan Medikolegal

Rumah Sakit Umum Bahteramas Sulawesi Tenggara
Fakultas Kedokteran Universitas Halu Oleo
Kendari - Sultra
2016

BAB I
PENDAHULUAN

Asam deoksiribonukleat , lebih dikenal dengan DNA ( deoxyribonucleic acid ) adalah

sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap
organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel. Secara garis besar, peran
DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik, yang berarti DNA menyimpan
blueprint bagi segala aktifitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme.
Saat ini, pemeriksaan DNA memegang peranan penting dalam identifikasi personal.
Dasar ilmiah dari pemeriksaan ini ialah bahwa setiap individu kecuali kembar identik,
mempunyai DNA yang berbeda dan unik. Teknik identifikasi personal dengan menggunakan
DNA tersebut dikembangkan sejak 1970 sejak ditemukannya enzim restriksi yang dapat
memotong DNA menjadi beberapa fragmen pasang basa pada titik yang dikehendaki.
Pada tragedi WTC, kasus bom Bali, dan pemboman JW Marriot beberapa tahun lalu,
semua korban yang meninggal harus dilakukan autopsi, untuk menentukan jenis perlukaan
dan kekerasan penyebabnya, pencarian penyebab dan mekanisme kematian, saat kematian
dan

yang

tak

kalah

pentingnya

adalah

identifikasi

korban.

Identifikasi DNA sangat diperlukan untuk pelacakan korban meninggal, yang beberapa
diantaranya diperkirakan pelaku bom bunuh diri. Pada kasus kasus semacam ini hal penting
yang harus dilakukan adalah pemeriksaan terhadap korban meninggal secara kedokteran
forensik. Korban pemboman secara kedokteran forensik dicirikan oleh adanya perlukaan
akibat ledakan, luka bakar, keracunan CO dan luka akibat serpihan yang mengenai tubuh.
Autopsi forensik penting secara legal, karena akan memberikan alat bukti tindak pidana
berupa alat bukti surat (visum et repertum) dan keterangan ahli dan akan memberikan
keyakinan pada hakim. Atas dasar kedua hal tersebut, ditambah bukti-bukti lain maka hakim

akan dapat secara mantap menjatuhkan vonis pada tersangka pelakunya secara adil,
berdasarkan pasal 183 KUHAP.

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

A.

Deoxyribonucleic Acid (DNA)

Asam deoksiribonukleat , lebih dikenal dengan DNA ( deoxyribonucleic acid )
adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering
setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel. Secara garis
besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik, yang berarti DNA
menyimpan blueprint bagi segala aktifitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme.
Di antar perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenis virus (dan virus tidak
termasuk organisme) seperti HIV (Human Immunodeficiency Virus).
Pemeriksaan DNA adalah metode untuk mengidentifikasi fragmen-fragmen dari
DNA itu sendiri. Pemeriksaan DNA dilakukan untuk dua tujuan, yaitu:
1. Tujuan pribadi, seperti penentuan perwalian anak atau penentuan orangtua dari anak.
2. Tujuan hukum, yang meliputi masalah forensik seperti identifikasi korban yang telah
hancur, sehingga untuk mengenali identitasnya diperlukan kecocokan antara DNA
korban dengan terduga keluarga korban ataupun untuk pembuktian kejahatan semisal
1.

dalam kasus pemerkosaan atau pembunuhan.

Struktur DNA
DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus
fosfat, gula deoksiribosa dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA yang terdiri
dari tiga komponen tersebut dinamakan nukleotida. DNA terdiri dari DNA inti, atau
yang dikenal dengan nDNA dan DNA mitokondria, atau yang dikenal dengan
mtDNA.
a. Struktur DNA inti
DNA inti merupakan dasar dari informasi genetik setiap individu. DNA
adalah komponen yang sangat penting, terkandung dalam setiap sel berinti
makhluk hidup. Karakteristik genetik akan diwariskan pada keturunannya. DNA
manusia memiliki 46 kromosom, tiap kromosom mengandung kira-kira 550 gen.

DNA tersebut terletak di inti sel sehingga disebut sebagai nuclear DNA (nDNA).
Selanjutnya nDNA lebih dikenal sebagai DNA saja. Selain genom yang terletak di
inti, manusia memiliki DNA lain yang terdapat dalam mitokondria.
Sejarah perkembangan pengetahuan manusia tentang DNA dimulai pada
tahun 1944, saat Oswald Avery mengemukakan DNA sebagai the vehicle of
generational transference of heritable traits. Pada tahun 1953, James Watson
dan Francis Crick menggambarkan struktur molekul DNA sebagai double helix.
Strutur DNA digambarkan sebagai double-helix yaitu dua utas rangkaian
polinukleotida yang saling membelit satu sama lain. Rangkaian tersebut terdiri
atas: deoxyribosa, fosfat, dan pasangan basa. Gugus gula dan fosfat membentuk
rangka utas DNA. Setiap gugus gula juga berkaitan dengan satu dari 4 basa, yaitu
adenin, guanin, cytosin, dan timin. Pada DNA utas ganda, pasangan basa akan
mengikat kedua utas. Adenin selalu berpasangan dengan timin, sedangkan guanin
selalu bepasangan dengan cytosin. Pada setiap individu, rangka gugus gula dan
fosfat adalah sama, namun terdapat variasi pada pasangan basa yang menjadi
dasar karakteristik DNA yang berbeda pada masing-masing individu.
Struktur DNA yang double-helix dipertahankan oleh adanya ikatan kovalen
antara gugus gula dan fosfat, ikatan hidrogen pada pasangan basa, serta ikatan
kovalen antara gugus gula dan basa.

b. Struktur DNA mitokondrial

Selain genom yang terletak di inti, manusia memiliki DNA lain yang
terdapat dalam sitoplasma yaitu terletak di dalam mitokondria. Jumlah DNA
mitokondrial (mtDNA) biasanya kurang dari 0,1 % dari semua DNA sel yang

terdapat di dalam organel mitokondria. mtDNA merupakan molekul yang amat

kecil dibandingkan dengan kromosom inti. Mitokondria memiliki sistem genetik
yang berbeda dengan sistem genetik inti dan terdapat pada bagian matrik
mitokondria. Setiap mitokondria memiliki dua sampai enam copy mtDNA.
DNA mitokondria (mtDNA) merupakan DNA beruntai ganda
berbentuk lingkaran tertutup yang telah diketahui urutan nukelotidanya secara
lengkap. mtDNA yang berukuran 16.569 pb ( pasang basa ), padat gen dan hampir
tidak punya intron mengandung 37 gen yang menyandi 13 polipeptida yang
menyusun rantai respirasi, 22 tRNA dan 2 tRNA yang diperlukan untuk proses
sintesis protein mitokondria. Di samping itu terdapat pula suatu daerah kontrol
yang tidak menyandi protein ( non coding region ) yang disebut sebagai
displacement loop ( D-loop ) sepanjang 1122 pb. D-loop merupakan daerah
kontrol utama ekspresi mtDNA, selain berfungsi sebagai leading strand
replication serta promotor utama untuk transkripsi.
mtDNA terdiri atas 2 untai molekul yang saling berbentuk heliks yaitu
untai H (heavy), kaya akan nukleotida G dan untai L (Light), kaya akan nukleotida
C. Komposisi nukleotida untai L adalah 24,7 % T, 30,9 % A (55,6% AT ) dan 31,2
% C, 13,1% G ( 44,3 % GC ).
Pada untai H mengkode gen-gen : 12S rRNA; 16S rRNA; tRNA untuk
asam amino fenilalanin, valin, leusin, (UUR), isoleusin, metionin, triptofan, asam
aspartat, lisin, glisin, histidin, serin (AGY), leusin (CUN), treonin, sitokrom b; dan
kompleks 1 (NADH ubiquinon oksidoreduktase (ND)) subunit 1,2,3,4L dan 5.
Pada untai L mengkode gen-gen tRNA untuk asam amino glutamin, alanin,
asparagin, sistein, tirosin, serin (UCN), asam glutamat, prolin, dan kompleks 1
subunit 6.

mtDNA memiliki laju mutasi yang jauh lebih tinggi (5-10 kali)
dibandingkan dengan nDNA sehingga memiliki kemampuan diskriminasi yang
tinggi. Hal ini disebabkan mtDNA memiliki mekanisme respirasi yang terbatas,
tidak mempunyai protein histon sebagai pelindung dan memiliki kandungan
radikal bebas yang tinggi.
Karakteristik
Ukuran
Kopi/sel
Struktur
Penurunan
Rekombinasi
Laju mutasi
Sekuens
B.

DNA inti
3 milyar pb
2
Linier, dikemas dalam kromosom
Paternal dan Maternal
Ya
Rendah
Human Genome Project (2002)

DNA mitokondria
16.569 pb
Bisa > 1000
Sirkuler
Maternal
Tidak
5-10 kali inti
Anderson et al 1981

Identifikasi personal
Identifikasi forensik merupakan upaya yang dilakukan dengan tujuan membantu
penyidik untuk menentukan identitas seseorang. Identifikasi personal sering merupakan
suatu masalah dalam suatu kasus perdata maupun pidana.
Identifikasi personal dapat berarti upaya pembedaan individu satu dengan individu
lainnya atau upaya untuk menentukan kepemilikan bagian tubuh, cairan tubuh atau
bagian-bagian tubuh lain baik yang masih bagus atau yang sudah rusak bahkan yang
sudah hancur sekalipun terhadap si empunya.
Identifikasi personal pada dasarnya dapat dibedakan menjadi 2 yaitu identifikasi
personal dengan metode konvensional dan metode modern, identifikasi personal secara
konvensional dikenal beberapa cara yaitu :
1. Metode visual, yaitu dengan memperhatikan korban secara cermat, terutama wajah,
dapat dilakukan oleh orang yang mengenali korban
2. Pakaian, pencatatan yang teliti atas pakaian, bahan yang dipakai, mode serta adanya
tulisan di pakaian, seperti : merk, penjahit, dan lain sebagainya

3. Perhiasan, dapat berupa anting-anting, kalung, gelang serta cincin yang ada pada
tubuh korban, khususnya bila ada perhiasan-perhiasan tersebut terdapat inisialnya
4. Dokumen, dapat berupa Kartu Tanda Penduduk (KTP), Surat Ijin Mengemudi (SIM),
paspor, kartu golongan darah, tanda pembayaran dan lain sebagainya
5. Medis, yaitu pemeriksaan fisik secara keseluruhan yang meliputi bentuk tubuh, tinggi
dan berat badan, jenis kelamin, cacat tubuh, atau ciri fisik tertentu, seperti tatoo,
jaringan parut dan sebagainya
6. Gigi, bentuk gigi dan bentuk rahang merupakan ciri khusus dari seseorang,
sedemikian khususnya sehingga dapat dikatakan tidak ada gigi atau rahang yang
identik pada dua orang yang berbeda, bahkan pada kembar identik sekalipun
7. Tulang, yaitu pemeriksaan tulang pada sisa tubuh yang sangat membusuk atau telah
membusuk sempurna sehingga hanya tersisa tulang belulang. Pemeriksaan dapat
menentukan jenis kelamin seseorang, perkiraan ras, usia, tinggi badan, dan berat
badan serta cedera tulang yang dialami orang tersebut.
8. Sidik Jari, dapat dikatakan juga bahwa tidak ada 2 orang yang mempunyai sidik jari
yang sama, walaupun kedua orang tersebut kembar identik, sehingga sidik jari
mempunyai nilai yang sangat tinggi untuk penentuan identitas seseorang
9. Serologis, penentuan golongan darah yang diambil baik dari tubuh korban atau
pelaku, maupun bercak darah yang terdapat di tempat kejadian perkara
10. Eksklusi, metode ini pada umumnya hanya dipakai pada kasus dimana banyak tedapat
korban (kecelakaan massal), seperti ledakan pesawat, tabrakan kereta api dan lain-lain
Identifikasi personal dengan cara modern ialah dengan menggunakan kode-kode
genetik (DNA) seseorang. Dasar ilmiah dari pemeriksaan ini ialah bahwa setiap individu
kecuali kembar identik, mempunyai DNA yang berbeda dan unik. Teknik identifikasi
personal dengan menggunakan DNA tersebut dikembangkan sejak 1970 sejak
ditemukannya enzim restriksi yang dapat memotong DNA menjadi beberapa fragmen
pasang basa pada titik yang dikehendaki, fragmen tersebut kemudian diperiksa dengan
menggunakan teknnik elektroforesis gel. Gambaran pita DNA sampel kemudia

dibandingkan dengan marker (DNA yang sudah diketahui ukuran pasang basanya) dan
probe ( template radioisotop yang telah diketahui urutan basanya)
Pada tahun 1985, ditemukan teknik identifikasi personal yang dikenal sebagai DNA
fingerprinting. Istilah DNA fingerprinting tersebut digunakan karena DNA setiap individu
adalah unik dan khas, sebagaimana sidik jari untuk identifikasi personal, istilah DNA
typing atau identifikasi DNA sebenarnya merupakan istilah yang lebih tepat dibandingkan
DNA fingerprinting atau DNA profiling, akan tetapi istilah tersebut sama saja dan
penggunaan istilah tersebut bervariasi tergantung pada preferensi seseorang.
Identitas seseorang dipastikan bila paling sedikit dua metode yang digunakan
memberikan hasil positif (tidak meragukan).
a.

Sumber sampel pemeriksaan 1,2

Pemeriksaan DNA dapat diambil dari sampel manapun, yang penting sel
tersebut memiliki inti sel. Yang paling banyak digunakan adalah darah, namun bisa
juga dari cairan sperma, tulang, rambut, air liur, urin, usapan mulut pada pipi bagian
dalam, kuku, kotoran manusia. Untuk kasus kasus forensik, sampel biologis apa saja
yang ditemukan di tempat kejadian perkara ( TKP ) dapat dijadikan sampel tes DNA.
Tentunya pemeriksaan DNA ini harus memiliki sampel pembanding, yakni dari
keluarga korban, terutama dari orangtua korban. Sumber sampel DNA :
1. Darah
Sel darah merah yang matang kehilangan nukleusnya, dan hampir seluruh sel
darah merah yang bersirkulasi tidak memiliki nukleus dan DNA. Sedangkan sel
darah putih memelihara nukleus mereka sepanjang kehidupannya. Sel darah
putih merupakan sumber primer DNA pada cairan dan darah keringnya.
2. Air liur
Air liur dapat ditemukan pada puntung rokok, amplop, permen karet dan objek
lainnya dan dapat diperiksa dengan PCR / analisis DNA. Air liur terdiri dari
materi seluler sehingga dapat dicari dengan analisis DNA. Proses PCR
kemudian menjadi pilihan untuk menentukan tipe genetik kaqrena hanya sedikit

sel yang dibutuhkan untuk analisis. Usap dari rongga mulut terutama dari daerah
bukal memberikan lebih dari cukup sel dan DNA untuk ahli serologi untuk
melakukan DNA typing.
3. Rambut
Jika di TKP ditemukan satu helai rambut maka bisa dijadikan sampel untuk
pemeriksaan DNA inti asal ada akarnya. Namun untuk DNA mintokondria tidak
harus ada akar, cukup potongan rambut karena pada ujung rambut terdapat DNA
mitokondria sedangkan pada akar rambut terdapat DNA inti sel. RFLP / DNA
merupakan tipe umum dari analisis DNA, dan dapat dilakukan jika terdapat
jaringan yang cukup. Analisis RFLP/ DNA sudah dapat dilakukan dengan
sampel kurang dari 100 ng DNA. Sedangkan sehelai rambut dapat mengandung
100 500 ng DNA. Saat ini beberapa teknik PCR yang telah digunakan,
memberikan hasil yang memuaskan hanya dengan menggunakan akar rambut
dan sedikit jaringan.
4. Tulang dan gigi
Tulang dan gigi dapat digunakan untuk mengidentifikasi seseorang oleh
antropolog forensik. Dengan menggunakan analisis PCR dan mtDNA, pulpa
gigi dan sumsum tulang dapat memberikan hasil baik untuk identifikasi genetik
kepada penyidik. Materi tulang dan gigi dapat digunakan untuk identifikasi
beberapa tahun setelah terjadi pembusukan jaringan lunak.
5. Feses
Feses telah digunakan untuk pemeriksaan DNA sejak dulu. Meskipun saat itu
dianggap hanya memiliki nilai bukti yang kecil. Namun seiring dengan
perkembangan metode biologis yang semakin sensitif, anggapan tersebut sudah
mengalami perubahan. Baru baru ini beberapa penyelidik melaporkan bahwa
ternyata sel dan sepihan sel ditemukan dalam jumlah besar pada sampel ini.
6. Kuku
Kuku telah mulai diselidiki sebagai sumber jaringan untuk pemeriksaan DNA.
Hasil awal menunjukkan bahwa dengan PCR, analisis DNA telah berhasil

dilakukan pada jaringan atau kulit yang melekat pada potongan kuku dan pada
serpihan kuku dari TKP. Kuku adalah jaringan sama seperti rambut, bahkan
kenyataannya mereka memiliki banyak sifat dan isi kandungan yang sama.
7. Sperma
Untuk kasus pemerkosaan pengambilan sampel yang diutamakan adalah kepala
spermatozoa yang terdapat DNA inti sel di dalamnya.

b. Teknik forensik yang digunakan untuk identifikasi DNA

1. Penanda Genetik berdasar sekuens berulang
a. VNTR (Variable Number of Tandem Repeat)/RFLP ( Restriction Fragment
Length Polymorphism)
Merupakan teknik analisa DNA forensik yang pertama. Pada teknik ini
DNA secara kimiawi dipotong menjadi beberapa fragmen, diletakan pada gel
yang mengandung arus listrik sehingga DNA (yang bermuatan negatif) akan
bergerak ke arah muatan positif berdasaaarkan ukuran atau pasang basa DNA.
Kemudian DNA ditransfer pada membran nylon dan ditambahkan probe DNA
radioaktif yang akan terikat pada sequence DNA yang sesuai. Sebuah film XRay diletakan pada membran. Pada saat film diproses maka akan tampak pola
band/ pita yang disebut sebagai autoradiogram atau autorad.
Kelebihan :
1. Jumlah allele per lokus yang besar dan dikombinasikan dengan
beberapa lokus memiliki kemampuan diskriminasi yang tinggi
2. Jumlah allele yang besar efektif dalam menyelesaikan masalah bila

terdapat DNA yang bercampur

3. Database yang luas dari beberapa populasi mempermudah perhitungan
Limitasi :
1. Perbedaan yang sedikit antara allele yang berdekatan memerlukan
2.
3.
4.
5.

perhitungan statistic yang rumit

Jumlah lokus yang sudah tervalidasi terbatas
Diperlukan DNA berkualitas baik dalam jumlah besar
Pita tunggal biasanya menyebabkan keambiguan
Process memakan banyak waktu, terutama bila menggunakan probe
radioactive bahkan memerlukan waktu beberapa minggu

b. STR (Variable Number Short of Tandem Repeats)

Metode ini menggunakan marker yang pendek, mengulang pola allele
pada segmen mikrovarian antara 3-7 pasang basa.

Kelebihan :
1. Dapat digunakan sampel yang rusak
2. Dapat dianalisis dengan jumlah DNA yang sedikit karena PCR dapat
dilakukan
3. Potensi dari jumlah lokus sangat besar dan menjadi penting ketika

saudara atau kerabat terlibat

4. Proses yang cepat dapat selesai dalam satu atau 2 hari
5. Sistem ini bekerja secara automatis
6. Kit telah tersedia dan dapat dikerjakan tanpa peralatanyang mahal
Limitasi :
1. Memiliki kekuatan diskriminasi yang lebih lemah dari VNTR
2. Kemungkinan terjadinya kontaminasi DNA lebih besar karena adanya
proses amplifikasi
3. Terkadang peralatan yang digunakan relatif mahal dan dengan yang
4.

standar walaupun baik tetapi terbatas

Stutter bands dan tinggi puncak yang tidak seimbang mungkin

terjadi dan menyebabkan interpretasi menjadi lebih sulit.

c. Pentanucleotide Repeats
Prinsipnya sama dengan STRs tetapi hanya menggunakan panjang dari 5
basa

Kelebihan :
1. Secara umum kelebihannya sama dengan STRs, sebagai tambahan :
2. Amplifikasi yang lebih bersih dengan artefak yang lebih sedikit dan
interpretasi lebih tepat karena rendahnya persentase stutter band
artifacts.
3. Beberapa lokus pentanucleotide menunjukan heterozigositas yang
tinggi tanpa jumlah microvariant yang signifikan
4. DNA berulang yang lebih panjang dan rendahnya microvariant
menyediakan keleluasaan dalam teknik pemisahan

5. Studi

pre-eliminasi

mengindikasikan

beberapa

pengulangan

pentanucleotide bisa meningkatkan kemampuan menentukan ras dari

pemilik sampel DNA

Limitasi :
1. Secara umum limitasi sama dengan STRs
2. Hal ini jarang pada genome bila dibandingkan dengan pengulangan

DNA lain yang lebih pendek

2. Genetic Markers Based on Nucleotide Site Polymorphisms 10, 11, 12, 13, 14
1. SNP (Single nucleotide polymorphisms)
Single

nucleotide

polymorphisms

(SNPs)

mendeteksi

perubahan-

perubahan pada basa tunggal dari DNA, ada berjuta-juta basa tunggal per
individu, sehingga kesempatan untuk perkembangan hampir tidak terhingga,
dan sekarang digunakan secara luas untuk pembelajaran medical genetics dan
human evolution. Dalam bidang forensik sendiri contohnya adalah HLADQA1 sering digunakan untuk membuktikan bahwa seseorang tersangka tidak
bersalah bila DNAnya tidak cocok, seseorang korban salah tuduh memiliki
kesempatan sebesar 95 % perse untuk dibuktikan tidak bersalah dan dengan
menggabungkannya dengan 5 lokus lainnya dalam sistem polimarker
kesempatan untuk dinyatakan tidak bersalah bisa sampai 99.9 %

Kelebihan:
1. Banyak berada dalam genom mamalia
2. Banyak cara untuk deteksi SNP tersedia
3. Amplifikasi dari allele mudah didapatkan
Limitasi :
1. Kebanyakan SNP bi-allele, walaupun tempat dengan 3 allele secara
individut memiliki nilai diskriminasi terbatas
2. Jumlah allele yang sedikit menyulitkan analisispada sampel yang
sudah tercampur

2. HLA-DQA1

Aplikasis PCR pertama kali di bidang forensik menggunakan SSO

(sequence specific oligonucleotide), teknik untuk menganalisa polimorfisme
nukleotida tunggal pada HLA-DQA1 (awal dikenal dengan DQ-) lokus
terletak pada kromosom 6 (6p21.3) dan sering digunakan sebagai tes
penyaring untuk secara cepat menyingkirkan tersangka yang tidak bersalah.

3. Polymarker (PM)
Tes ini menggunakan 5 lokus yaitu (LDLR, GYPA, HBGG, D7S8,dan
GC), yang ditambahkan pada primer HLA-DQA1, 3 lokus memiliki 2 allele
yang dapat dibedakan oleh 2 probes dan 2 lokus dengan 3 allele, sehingga
dalam satu PCR dan satu hibridisasi dengan 2 probe yang tetap, DQA1 dan
PM strip, genotypenya dari keenam lokus dapat ditentukan

Kelebihan :
1. Metodenya cepat dan mudah dan hasilnya dapat diinterpretasi secara
visual, tidak memerlukan alat setelah dilakukan amplifikasi dengan
PCR
2. Familiar dan telah sangat luas digunakan
3. Menggunakan metode PCR, sehingga mampu menganalisis sampel

yang sedikit atau sudah rusak

Limitasi :
1. Karena jumlah allele dan lokus yang dikembangkan sedikit, sistem
sekarang ini kurang memiliki kemampuan diskriminasi seperti VNTR
dan STR
2. Jumlah allele yang terbatas dalam satu lokus menyebabkan identifikasi
pada DNA yang bercampur lebih sulit dibandingkan pada metode
VNTR dan STR

4. Alu Sequences (Insertion Polymorphisms)

Studi

dari

genetik

pada

populasi

manusia

dan

forensik

telah

memungkinkan dilakukan analisis sejumlah marker mitokondria dan inti yang

berbeda-beda. Insersi dari elemen-elemen genetik yang mobile ke dalam
genome merepresentasikan suatu sumber alternatif untuk studi keragaman
genom manusia yang mana kondisi pendahulu dari setiap polimorfisme
diketahui dan allele individual adalah identik karena diturunkan. Alu family of
short interspersed elements(SINEs), tersebar dalam genome primata dan kelas
elemen mobile paling banyak yang ada dalam genome manusia. Elemen Alu
beramplifikasi sebagai sebuah famili sekuens DNA yang berulang dalam 65
juta tahun terakhir dari evaluasi primata dan telah dipikirkan untuk menyebar
ke genome melalui RNA-mediated transposition process (retroposition).
Sekuens Alu telah menyebar ke genome manusia dalam suatu proses yang terus
berlangsung selama periode waktu evolusi yang berbeda berakibat terjadi
ekspansi subfamili pengulangan Alu pada tingkar umur-umur genetik yang
berbeda. Subfamili sekuens Alu yang belakangan ini ditemukan dinamakan Y,
Ya5, Ya8, dan Yb8. Banyak dari insersi Alu Muda (Ya5/8 and Yb8) baru
diketahui bahwa mereka polimorfik baik ada ataupun tidak ada dalam populasi
manusia.

Kelebihan :
1. Mudah dikerjakan dan cepat dengan menggunakan PCR
2. Mempunyai struktur yang stabil yang jarang mengalami delesi
3. Adanya elemen Alu menunjukan identitas secara keturunan
4. Dapat digunakan untuk melacak hubungan di dalam populasi
5. Beberapa dari lokus ini memiliki allele yang spesifik pada populasi dan
memiliki frekuensi allele yang berbeda pada populasi yang berbeda

3. Systems With Sex-Specific Transmission

1. Mitochondrial DNA (mtDNA)
Merupakan tipe PCR yang menggunakan primer dari area d-loop mtDNA,
terutama untuk mengidentifikasi korban perang atau sampel yang sangat
sedikit, sudah lama dan mengalami degradasi. Juga dipakai pada kasus untuk
mengetahui hubungan kekerabatan terutama dari garis ibu, karena mtDNA
hanya diturunkan dari garis ibu.
Kelebihan:
1. Dapat menggunakan sampel dalam jumlah yang sangat sedikit
2. Molekul mtDNA yang kecil tidak terdegradasi secepat nDNA
3. Berguna untuk melacak garis keturunan keluarga
4. Memiliki kemampuan diskriminasi yang besar
Limitasi :
1. Tidak dapat digunakan untuk diferensiasi jika terhubung dalam garis
darah ibu
2. Kemampuan diskriminasi sistem ini terbatas tergantung dari database
yang ada
3. Heteroplasmi ( adanya lebih dari satu tipe mitochondria dalam sel
tunggal atau individu) dapat menyulitkan analisis

2. Y Chromosome Markers
Y chromosome diturunkan dari ayah kepada semua anak laki-lakinya
sehingga DNA pada kromosom Y dapat digunakan untuk mencari keturunan
dari garis keturunan pria dan biasanya digunakan untuk kasus-kasus kejahatan
seksual

Kelebihan :
1. Digunakan untuk melacak hubungan keluarga secara garis ayah
2. Dapat digunakan untuk mengukur hubungan antar individu dalam
suatu kondisi asal geografis yang umum
Limitasi :
1. Kemampuan diskriminasi tergantung pada ukuran database yang ada

3. Separation, Detection, and Amplification of DNA

a. Gel Electrophoresis
Gel electrophoresis merupakan metode pemisahan fragmen DNA
berdasarkan panjang DNA. Prinsip dari gel electrophoresis mengadaptasi
dari proses electophoresis yaitu pergerakkan DNA ke kutub positif ketika
di letakkan pada medan listrik. Kecepatan migrasi DNA melalui pores
tergantung pada ukuran dari pore dari medium dan voltage dari
electrophoresis. DNA dengan molekul kecil akan bergerak lebih cepat
dibandingkan dengan yang bermolekul lebih besar. Molekul DNA
kemudian dipisahkan berdasarkan panjangnya.
Media umum dari gel electrophoresis adalah strach dan sekarang
terdapat media baru berupa agarosa dan polyacrylamin yang berbentuk
cairan dan dapat disimpan dalam bentuk gelatin padat sebelum digunakan.
Electrophoresis gel agarose secara umum digunakan dengan VNTR dan
Southern hybridization analysis sedangkan polyacrylamide gel umumnya
digunakan dengan STRs dan pentanucleotide repeats.Ini dikarenakan gel
agarosa lebih efektif untuk pemisahan DNA dengan molekul lebih besar
(100 sampai 10000 basa) yang dihasilakan dari analisis restriksi)
sedangkan polyacrylamide lebih efektif pada molekul yang lebih kecil (50
sampai 500 basa) yang dihasilkan dengan amplifikasi.
4. Southern Hybridization
Dinamakan dari penemunya yaitu E.M Southern pada tahun 1975.
Pemecahan genom DNA sampel pada manusia dengan restriksi endonuklease
akan menghasilkan fragmen DNA dalam jumlah yang besar. Beberapa
fragmen DNA lebih panjang dibandingkan yang lainnya. Pencampuran dengan
gel electrophoresis akan menghasilkan gradasi fragmen di dalam gel
berdasarkan ukuran, dibedakan berdasarkan panjangnya. Untuk membedakan
ada atau tidaknya fragmen tertentu, seperti alel spesifik dari lokus VNTR,

fragmen DNA yang telah dipisahkan dari sampel didenaturasi, dipisahkan

menjadi kedua pita komponennya, biasanya dengan memberi alkali dan
melewatkan ke membran selulosa atau nilon. Label diberikan pada posisi dari
alel tertentu. Label dari radioaktif atau enzim yang dapat mengubah substrat
menjadi hasil yang lebih terang. Bagaimanapun, energi yang terbentuk dapat
ditangkap pada film untuk menampilkan posisi dari tiap alel. Ukuran dari alel
dapat dibandingkan dengan ukuran standar untuk membantu proses ini.

5. Polymerase Chain Reaction (PCR)

PCR merupakan suatu metode sistesis DNA secara in vitro. Prinsipnya
sama dengan sistesis DNA secara in vivo (kloning), tetapi menggunakan 2
buah primer yang masing-masing komplementer terhadap kedua untaian DNA
yang berlawanan. Dengan PCR satu molekul DNA dapat diperbanyak atau
diamplifikasi sehingga diperoleh hasil akhir berupa sebuah fragmen DNA
dengan ukuran tertentu yang dapat diamati dengan jelas dalam elektroforesis
gel agarosa. PCR merupakan metode yang cepat untuk memperbanyak saru
segmen DNA, sangat selektif, sehingga tidak diperlukan langkap pemurnian
DNA sebelumnya. Hasil amplifikasi 106-108 kali lebih banyak bila
dibandingkan dengan konsentrasi awalnya.
Teknik PCR sangat sensitif dan dapat menganalisis sampel DNA hingga
satu nanogram ( 1 nanogram =1/1.000.000.000 gram), akan tetapi sampel
forensik untuk hasil optimal ialah 2-8 nanogram.
PCR mirip dengan proses biologi replikasi DNA, tetapi terbatas pada
sequence DNA tertentu. Pada proses PCR dilakukan denaturalisasi sampel
DNA ke dalam strand yang terpisah dari individu. Dua DNA primer digunakan
untuk menghibridisasi dua strand DNA

yang cocok pada sisi yang

berlawanan. Pada akhirnya terbentuk dua kopi dari potongan DNA yang
diinginkan.
Pengulangan

denaturasi,

hibridisasi,

dan

ekstensi

menghasilkan

peningkatan jumlah kopi DNA yang diinginkan secara eksponensial.

Denaturasi umumnya dilakukan dengan cara pemanasan, menggunakan enzim
replikasi yang tahan terhadap uhu tinggi (Taq DNA polymerase). Proses ini
akan menghasilkan jutaan kelipatan kopi dalam 2 jam atau kurang.
6. Reverse Dot Blot
Reverse dot blot prosedur merupakan metode deteksi yang secara primer
digunakan untuk mengidentifikasi SNPs dalam DNA yang diamplifikasi. DNA
probes ditempelkan pada membran. Selama amplifikasi, label biotin
digabungkan ke dalam allel-allel yang diamplifikasi. DNA yang diamplifikasi
didenaturasi dan di hibridisasi dengan probes yang tidak mobile. Hibridisasi
hanya terjadi untuk probes yang cocok dengan DNA sequence. Satu probe
yang tidak mobile diletakan pada sisi tertentu dari membran dan digunakan
untuk mendeteksi masing-masing sequence varian. Mengikuti hibridisasi dari
denatured PCR product, konjugat enzim streptavidin akan berikatan dengan
biotin-labeled PCR product yang dihibridisai ke immobilized probes. Substrat
chromogenic ditambahkan dalam keadaan mengandung hybridized DNA
sequence dan corresponding streptavidin enzyme, subtrat diubah kedalam
presipitat berwarna biru pada membran, kemudian dilakukan identifikasi dari
sequence yang cocok. Strips dari membran munkin mengandung multipel dots
yang masing-masing mempunyai kemampuan untuk menganalisis ada atau
tidaknya satu basa pada sequence.
7. Capillary Electrophoresis (CE)
CE dan slab gel electrophoresis memrupakan teknik standar untuk
pemisahan dan analisisdari fragmen DNA. Pada aplikasi DNA , CE berarti

pemisahan dengan electrophoresis yang dilakukan dalam capillary yang

berdiameter kecil ( tabung panjang yang dibuat dari silica dengan diameter
internal tabung sebesar 50 mikron )
yang diisi dengan medium sieving. Medium sieving merupakan medium
khusus yang dibuat untuk memisahkan DNA fragmen dalam ukuran standar.
Dibandingkan dengan slab electrophoresis , CE memiliki kelebihan berupa
waktu analisis yang lebih cepat untuk sampel dalam jumlah kecil dan
meningkatkan automation. sistem CE sekarang yang umumnya untuk analisis
dari sistem STRs menggunakan satu cappilary dn dapat secara otomatis
menganalisism satu sampel setiap 30 menit.
8. Miniaturization and Chip Technologies
Pendekatan fotolitografi dan teknik chemical ething mirip dengan cara
pembuatan chip microelektronik. Akan tetapi, microchannel etched untuk chip
ini digunakan untuk memindahkan material sampel seperti darah atau DNA
yang dimurnikan. Selain itu, transpor cairan reagen, seperti yang digunakan
untuk melakukan banyak manipulasi sentral untuk analisis DNA cara lama,
membuat proses ini dapat dilakukan dalam skala lebih kecil.
Dimensi umum untuk microchannel adalah dalamnya 10 mikron dan
lebarnya 10-100 mikron. Material pendukung dapat berupa gelas, silikon, atau
plastik. Daripada menggunakan pompa seperti pada instrumen yang lebih
besar, pergerakan cairan dilakukan dengan gaya elektrokinetik dicetuskan
dengan memberi aliran listrik kecil pada regio chip tertentu. Hal ini memberi
pengukuran yang lebih akurt dan pergerakan yang lebih baik dari cairan.
Prosedur standar seperti menggunakan pipet, mencampur, dan memisahkan
dapat digantikan dengan proses ini.
Formulasi yang lebih komplex dari teknik ini menghasilkan versi
diperkecil dari prosedur umum seperti persiapan sampel, PCR, capillary

electrophoresi, dan deteksi serta analisis fragmen STR. Hardwiring design

chip menentukan sifat natural dari tahapan analisis yang harus dilakukan, dan
piranti lunak atau programya membuat dapat dilakukan variasi teknik
pencampuran dan pemisahan. Keuntungan dari pendekatan ini adalah waktu
yang diperlukan untuk pemanasan, pendinginan dan transfer sampel serta
materi reagen lebih singkat, materi reagen yang diperlukan lebih sedikit akan
memberikan keuntungan berupa biaya yang lebih murah, lebih aman dan
bahan yang dibuang lebih sedikit.
54
9. Mass Spectrometry
Mass spectrometry terdiri dari beberapa langkah yang digunakan untuk
mengukur molekul DNA secara akurat. Langkah-langkah tersebut adalah
a. Sejumlah kecil produk DNA amplifikasi PCR dihasilkan dan diletakkan
pada permukaan substrat, biasanya dengan menggunakan konfigurasi yang
sudah disusun
b. Produk kecil disiapkan untuk analisis oleh co-cristallization dengan
matriks organik.
c. Produknya diukur secara akurat,dan tahap ini dikatakan lengkap apabila
molekul matriks diobsorbsi oleh laser iradiasi sehingga terjadi volatilisasi
dan ionisasi spontan dari matriks dan fragmen DNA. Untuk menentukan
berat molekul dapat dilakukan pengukuran dari time of flight (TOF) yang
proporsional dengan massa dalam mass spectometer. Proses ini disebut
sebagai matrix-assited laser desorption atau ionzation timeof flight mass
spectrometry

(MALDI-TOF-MS).MALDI-TOF-MS

memudahkan

pengguna untuk mendapatkan hasil yan cepat, melakukan STR typing

dalam beberapa detik persampel termasuk analisis computerized. Hasil
dari ukuran mass dari fragmen DNA sangat akurat dan typing dapat
dicapai tanpa membutuhkan allelic ladder. DNA diukur secara dan tidak

membutuhkan label roadioaktif maupun florosensi. Menghilangkan

manipulasi tangan dapat menghasilkan ketidaktepatan, sampel biasanya
disiapkan dengan menggunakan sistem robotic dan pengumpulan data
dilakukan secara automatisasi. Sistem ini mampu memproses seribu
sampel perhari. Disamping keuntungan di atas, terdapat beberapa masalah
dengan teknologi ini yaitu sensitivitas dan resolusi dari mass spectrometry
menghilang ketika ukuran dari fragmen DNA atau kandungan garam
sampel yang terlalu tinggi. Untuk mengurangi kandungan garam dari
sampel dilakukan mikrodialisis.

4. Pemeriksaan DNA untuk identifikasi personal

a. DNA inti untuk identifikasi personal
Meskipun gen terdapat pada kromsosm di inti sel, hanya sejumlah kecil
fraksi DNA yang membentuk gen. Hanya 2,5 3,3 % DNA manusia yang
mempunyai fungsi. DNA tersebut adalah DNA coding, yang berfungsi
membentuk enzim dan protein. DNA coding tersebut sangat penting untuk
analisa genetik klinik, karena mutasi pada DNA coding tersebut akan
menimbulkan kelainan genetika.
Sebagian besar ( 95 % ) DNA pada kromosom manusia tidak mempunyai
fungsi yang jelas. DNA tersebut adalah DNA non coding atau intron, DNA
yang tidak mengkode atau tidak membentuk protein. Area DNA non coding
terdiri dari sequence ( urutan ) basa tandem, yang diturunkan dari kedua orang
tua. Urutan tandem tersebut membentuk sidik jari ( fingerprint ) DNA yang
unik pada tiap individu kecuali pada kembar identik, karena jumlah repeated
(ulangan) sequence bervariasi pada tiap individu. Urutan pasang basa DNA

non coding tersebut disebut sebagai variable number tandem repeats

( VNTR ).
Untuk keperluan di bidang forensik, maka analisa DNA menggunakan
metode RFLP. Teknologi idetifikasi DNA standar yang digunakan semula
adalah RFLP, namun sejak tahun 1997 laboratorium forensik di Kanada dan
Eropa telah menggunakan metode identifikasi forensik short tandem repeat
(STR) atau analisis genom. Teknik STR ditetapkan menjadi pilihan pertama
untuk analisis bercak dan investigasi kriminal di Eropa.
Pemeriksaan

yang

sering

digunakan

untuk

pemeriksaan

nuklear

DNA( nDNA) adalah sampel darah, karena teknik ekstraksi nDNA paling
mudah dan memiliki tingkat keberhasilan paling tinggi, sampel pemeriksaan
nDNA yang lain adalah dari akar rambut, kuku, jaringan tubuh, sperma dan air
liur. Sampel yang jarang digunakan adalah urin karena DNA yang dapat
diekstraksikan dari urin sangat sedikit.
Pemeriksaan dari sampel urin jarang dilakukan karena nDNA sulit
teridentifikasi pada sampel yang sedikit atau sampe yang telah mengalami
degradasi atau denaturasi protein hal ini dikarenakan hanya terdapat 2 copy
nDNA pada setiap inti sel, sehingga nDNA sulit teridentifikasi pada sampel
yang sangat sedikit.
b. DNA mitokondrial untuk identifikasi personal
Selain nDNA yang seringkali lebih dikenal dengan DNA, pada tahun 1981
ditemukan mitokondria DNA (mtDNA) yaitu DNA yang terdapat pada
sitoplasma mitokondria, merupakan molekul yang berbentuk melingkar,
double helix dan berukuran 16569 pasang basa. DNA mitokondria mengkode
2 rRNA, 22 tRNA dan 13 protein yang berfungsi dalam rantai respirasi, setiap

sel memiliki 1000-10000 copy sehingga dapat ditemukan pada sampel yang
sangat sedikit.
Salah satu keunikan mtDNA yaitu memilki tingkat polimorfisme yang
tinggi, dapat digunakan untuk mengetahui antar individu atau hubungan
maternal. Pada daerah D-loop terdapat 2 daerah hipervariabel dimana derajat
keragaman daerah tersebut antar individu yang tidak memilki hubungan
kekerabatan cukup tinggi. Oleh karenanya, dalam penentuan identitas
seseorang dapat hanya menggunakan D-loop saja. Apabila tidak terdapat
mutasi baru pada mtDNA maka urutan mtDNA individu-individu yang
mempunyai hubungan kekeluargaan secara maternal seperti saudara kandung
laki-laki dan perempuan atau ibu dan anak perempuan akan tepat sama. Hal ini
sangat mempermudah dalam penyelidikan kasus-kasus orang hilang dan
keperluan forensik. Pada kedokteran forensik untuk mengetahui adanya variasi
basa atau polimorfisme pada mtDNA biasanya dilakukan terlebih dahulu
penggandaan DNA dengan menggunakan teknik PCR Untuk daerah D-loop,
pendekatan yang dilakukan adalah dengan melipatgandakan satu fragmen
DNA.
Penelitian penelitian untuk mengidentifikasi korban perang, sampel
yang sangat sedikit, sampel lama dan mengalami degradasi cenderung
menggunakan analisis mtDNA daripada nDNA. Hal ini disebabkan di dalam
satu sel terdapat ratusan hingga ribuan mitokondria dan masing masing
mitokondria mempunyai beberapa kopi mtDNA, sehingga setiap sel dapat
memiliki seribu hingga sepuluh ribu kopi mtDNA. Sedangkan dalam satu sel
hanya terdapat sebuah inti sel yang mengandung 21 kromosom, yaitu 1 set
paternal dan 1 set maternal, yang masing masing terdiri dari 23 kromosom.

Walaupun nDNA mempunyai jumlah basa yang lebih banyak daripada

mtDNA, tetapi dalam mtDNA terdapat jumlah kopi yang jauhlebih banyak
dari nDNA. Oleh karenanya karakteristik mtDNA ini berguna bagi sampel
dengan jumlah DNA yang sangat sedikit, seperti sampel sampel

yang

diambil dari kasus kriminalitas, yaitu rambut, tulang, gigi, dan cairan tubuh.

c. Perbedaan antara pemeriksaan DNA inti dan DNA mitokondria

DNA inti ditemukan dalam nukleus dari sel dan terdiri dari 46 kromosom,
yang sering disebut kode genetik. Setiap manusia mewarisi setengah DNA inti
dari ibu dan setengah lagi dari ayah.
DNA mitokondria ditemukan dalam mitokondria, organel sel

yang

menghasilkan energi. Mitokondria mempunyai kode genetik komplit sendiri,

tidak sama dengan DNA inti. DNA mitokondria didapatkan dari ibu.
Tes dengan DNA inti banyak digunakan untuk penelitian genom manusia,
untuk mencari penyakit yang berhubungan dengan kromosom tertetu, untuk
membandingkan DNA dari 2/lebih individu seperti untuk tes paternal, dan
untuk membandingkan DNA dari tempat kejadian perkara dengan tersangka.
Tes DNA inti harus dibuat lebih spesifik, karena DNA inti terdiri dari banyak
gen.
DNA mitokondria lebih terbatas, karena mempunyai lebih sedikit gen.
Biasa dignakan untuk mencari penyakit yang berhubungan dengan
mitokondria, dan membandingkan keturunan dari garis ibu.
DNA mitokondria berbeda dari DNA inti dalam hal lokasi, jumlahnya
dalam sel, cara diwariskan, dan potongannya. Dalam sel bisa terdapat ratusan
mitokondria yang satunya mengandung beberapa kopi dari DNA mitokondria.

Karena itu DNA mitokondria berguna dalam situasi dimana jumlah sampel
sangat terbatas. Sumber pemeriksaan yang cocok untuk tes DNA mitokondria
biasanya dari rambut tanpa jaringan, tulang, dan gigi.
DNA mitokondria hanya didapat dari ibu, karena itu akan sama persis pada
individu yang terkait secara maternal (diluar adanya mutasi), seperti kakak dan
adik atau ibu dan anak. Akan tetapi, tes DNA mitokondria akan menjadi
terbatas apabila membedakan 2/lebih individu yang berasal dari 1 garis ibu.

BAB III
PENUTUP
KESIMPULAN
Proses identifikasi dapat menggunakan berbagai macam cara, baik secara
konvensional maupun modern. Setiap cara tersebut memiliki keunggulan dan kelebihannya
masing-masing, baik dari segi kemampuan melakukan diskriminasi, biaya yang diperlukan,
kemudahan dalam dilakukan, tersedianya alat dan sumber daya manusia yang mengolahnya
dan bahan atau sumber didapatkannya sampel.
Salah satu teknik identifikasi yang saat ini banyak digunakan di seluruh dunia adalah
identifikasi dengan penggunaan sampel DNA. DNA menjadi pilihan karena memiliki
kemampuan mendiskriminasi atau identifikasi yang besar sehingga terjadinya kesalahan
dalam proses identifikasi dapat diminimalisir sekecil mungkin. Tentu saja perkembangan
DNA ini tidak luput karena kemajuan teknologi di bidang teknik pengisolasian DNA,
ampifikasi DNA dan kemajuan dalam pemahaman tentang DNA yang lebih berkembang,
termasuk di dalamnya penemuan dan kegunaan dari DNA mitokondria dan kromoson Y,
sehingga dengan bahan dasar DNA tetap dapat dilakukan teknik-teknik yang berbeda pula.
Baik teknik identifikasi maupun isolasi dan amplifikasi DNA memiliki kelebihan dan
keterbatasan dalam pelaksanaannya, sehingga tugas seorang dokter atau dokter ahli forensik
adalah memilih teknik yang terbaik dalam penggunaanya di dalam suatu kasus yang
memerlukan identifikasi personal dengan penggunaan DNA.