Kanalis analis berasal dari proktoderm yang merupakan invaginasi ectoderm, sedangkan rectum berasal dari entoderm. Karena perbedaan asal anus dan rectum ini, maka perdarahan, persarafan, serta penyaliran vena dan limfnya berbeda juga, demikian pula epitel yang menutupinya. Rectum dilapisi oleh mukosa glanduler usus sedangkan kanalis analis oleh anoderm yang merupakan lanjutan epitel berlapis gepeng kulit luar. Tidak ada yang disebut mukosa anus. Daerah batas rectum dan kanalis analis ditandai dengan perubahan jenis epitel. Kanalis analis dan kulit luar sekitarnya kaya akan persarafan sensoris somatik dan peka terhadap rangsangan nyeri, sedangkan mukosa rectum mempunyai persarafan autonom dan tidak peka terhadap nyeri. Nyeri bukanlah gejala awal pengidap karsinoma rectum, sementara fisura anus nyeri sekali. Daerah vena di atas garis anorektum mengalir melalui system porta, sedangkan yang berasal dari anus dialirkan ke system kava melalui cabang vena iliaka.