Kemampuan MD dalam Simulasi

Sebuah simulasi dinamika molekul memerlukan definisi fungsi potensial, atau deskripsi
istilah dimana partikel dalam simulasi akan berinteraksi. Dalam kimia dan biologi ini
biasanya disebut sebagai medan ligan dan bahan fisika sebagai potensial interatomik.
Potensial dapat didefinisikan di berbagai tingkatan akurasi fisik yang paling umum digunakan
dalam kimia didasarkan pada mekanika molekul dan mewujudkan perlakuan klasik pada
interaksi partikel-partikel yang dapat mereproduksi perubahan struktural dan konformasi
tetapi biasanya tidak dapat mereproduksi reaksi kimia.
Pengurangan dari deskripsi kuantum sepenuhnya untuk potensi klasik memerlukan dua
pendekatan utama. Yang pertama adalah pendekatan Born-Oppenheimer, yang menyatakan
bahwa dinamika elektron sangat cepat sehingga mereka dapat dianggap bereaksi instan untuk
gerakan inti mereka. Akibatnya, mereka dapat diperlakukan secara terpisah. Yang kedua
adalah perlakukan inti, yang jauh lebih berat daripada elektron, sebagai partikel titik yang
mengikuti dinamika Newton klasik. Dalam dinamika molekul klasik efek dari elektron
diperkirakan sebagai permukaan energi potensial tunggal, biasanya mewakili keadaan dasar.
Ketika tingkat yang lebih halus detail yang diperlukan, potensial berdasarkan mekanika
kuantum yang digunakan; beberapa teknik mencoba untuk membuat klasik/kuantum
potensial hibrida di mana sebagian besar sistem diperlakukan klasik tapi daerah kecil
diperlakukan sebagai sistem kuantum, biasanya mengalami transformasi kimia.

Potensial Berpasangan versus Potensial Kelompok

Fungsi potensial yang mewakili energi tidak berikatan dirumuskan sebagai jumlah lebih
interaksi antara partikel dari sistem. Pilihan yang paling sederhana, yang digunakan di
kebanyakan medan ligan (fisika), adalah " potensial berpasangan", dimana total energi
potensial dapat dihitung dari jumlah kontribusi energi antara atom berpasangan. Contoh
seperti potensial berpasangan adalah potensial yang tidak berikatan Lennard-Jones digunakan
untuk menghitung kekuatan gaya van der Waals.
Contoh lain adalah Born (ionik) model kisi ionik. Istilah pertama dalam persamaan
berikutnya adalah hukum Coulomb untuk sepasang ion, istilah kedua adalah tolakan jarak
pendek dijelaskan oleh prinsip eksklusi Pauli dan istilah terakhir adalah istilah interaksi
dispersi. Biasanya, simulasi hanya mencakup jangka dipolar, meskipun kadang-kadang istilah
quadrupolar disertakan juga. (Biasanya dikenal sebagai model potensial Buckingham).
Dalam potensial kelompok, energi potensial termasuk efek dari tiga atau lebih partikel
berinteraksi satu sama lain. Dalam simulasi dengan potensi berpasangan, interaksi serantak
dalam sistem juga ada, tapi mereka hanya terjadi melalui hal berpasangan. Dalam potensial,
potensial kelompok energi potensial tidak dapat ditemukan dengan jumlah pasang atom yang
lebih, sebagai interaksi ini dihitung secara eksplisit sebagai kombinasi dari istilah tingkat
tinggi. Dalam pandangan statistik, ketergantungan antara variabel tidak bisa secara umum
dinyatakan hanya menggunakan produk berpasangan dari derajat kebebasan. Misalnya,
potensi Tersoff, yang pada awalnya digunakan untuk mensimulasikan karbon, silikon dan
germanium dan sejak itu telah digunakan untuk berbagai bahan lainnya, melibatkan sejumlah

lebih dari kelompok tiga atom, dengan sudut antara atom menjadi merupakan faktor penting
dalam potensi. Contoh lain adalah metode penempelan-atom (EAM) dan Tight-Binding
Second Moment Approximation (TBSMA), dimana kerapatan elektron dari daerah atom
dihitung dari jumlah kontribusi dari sekitar atom, dan kontribusi energi potensial ini
kemudian fungsi dari jumlah ini.