Praktikum kultur sel bakteri dengan bioreaktor ini tidak terlepas dari
kesalahan-kesalahan yang baik bersifat teknis mau non teknis yang dilakukan oleh
praktikan ataupun disebabkan oleh alat praktikum yang kondisinya sudah kurang baik.
Kesalahan tersebut mengakibatkan ketidakakuratan dalam data hasil percobaan.
Berikut kesalahan yang terjadi saat praktikum dilakukan:
Adanya ketidakmerataan sel dalam sampel ketika dilakukan OD 600 sehingga akan
mempengaruhi hasil OD600 itu sendiri.
Saat bakteri dibiakkan dalam bioreaktor, seringkali selang penyuplai udara mudah
terlepas dan menyebabkan aerasi tidak berjalan (nilai aerasi menjadi 0). Hal ini
bisa saja mengakibatkan fase stasioner atau pun fase kematian lebih cepat terjadi
dari yang seharusnya. Permasalahan ini dapat diatasi dengan cara memberi
perekat pada selang aerasi agar tidak mudah lepas.
Timbangan digital yang terus berubah membuat datanya menjadi tidak valid.