1. Pengaruh pH pada denaturasi asam nukleat Jawaban : Jika pH terlalu rendah maka asam nukleat baik DNA maupun RNA akan mengalami denaturasi karena akan terhidrolisis sempurna menjadi komponenkomponen penyusunnya. Sedangkan apabila pH terlalu tinggi maka akan mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik dan interaksi hidrofobik antara pasangan basa. Dimana perubahan tersebut akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hydrogen yang menyebabkan spesifitas antara pasangan-pasangan basa menjadi tidak stabil yang pada akhirnya menyebabkan rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama pula terjadi pada RNA. 2. Pengaruh ionic strength pada proses denaturasi asam nukleat Jawaban : Semakin tinggi ionic strength semakin tinggi pula Tm. Yang menyebabkan semakin dibutuhkannya energy panas (suhu) yang lebih tinggi untuk memutuskan ikatan hydrogen antara pasangan basa nitrogen pada DNA. Sehingga dapat diketahui bahwa semakin tinggi ionic strength maka semakin dibutuhkan pula suhu yang tinggi untuk mendenaturasi DNA.