Dalam pekerjaan tol atas laut ini, hal yang penting untuk diperhatikan adalah
feasibility yang terkait dengan laut. Studi-studi yang penting untuk dilakukan sebelum
dilakukan pembangunan jalan tol ini adalah studi mengenai salinitas, kuat arus, biota laut,
kedalaman, pasang surut, dan amdal. Studi salinitas sangat penting mengingat pekerjaan jalan
tol tidak dilakukan diatas permukaan bumi yang berupa daratan, melainkan diatas permukaan
air laut. Kadar garam yang terkandung pada air laut sangat penting untuk diketahui untuk
menjadi pertimbangan penggunaan material bangunan jalan agar dapat bertahan pada kondisi
salinitas yang tinggi. Selain salinitas, kuat arus pada lokasi pembangunan juga menjadi
penting untuk dipelajari untuk menganalisis ketahanan konstruksi yang akan dibangun
nantinya. Dalam hal survei geodesi, kedalaman laut dan pasang surut dapat diamati dan
menjadi bahan pertimbangan dalam penentuan tinggi konstruksi jalan tol di atas air. Hal ini
secara tidak langsung akan mempengaruhi analisis finansial terhadap pembangunan jalan.
Dari segi lingkungan, pembuatan jalan tol tentu akan mempengaruhi kehidupan biota
laut yang ada di bawahnya. Biota laut yang menjaga keseimbangan ekosistem serta menjadi
mata pencaharian penduduk setempat akan menjadi faktor penting yang perlu dianalisis.
Pembangunan jalan tol harus direncanakan dan dibangun dengan tidak merusak, atau paling
tidak meminimalisir kerusakan yang akan timbul ketika konstruksi telah dibangun.
Dari aspek-aspek administrasi dan sumber daya, pembangunan jalan tol harus
memenuhi segala ketentuan yang bersifat administrasi, serta kejelasan alur retribusi oleh
pemerintah daerah agar tidak menjadi konflik di masa mendatang. Pembagian alokasi sumber
daya yang diperoleh untuk pelaksanaan pembangunan juga harus dilakukan secara adil dan
proporsional, sesuai dengan kebutuhan dan kewajiban yang dilakukan oleh pihak-pihak yang
terkait dalam pembangunan jalan.
Pembangunan tol di atas perairan dangkal ini tidaklah mudah, berbagai upaya
dilakukan agar pembangunan dapat dilakukan tepat waktu tanpa mengurangi kualitas.
Berbagai kendala baik teknis dan non teknis dihadapi. Kendala teknis dialami terutama
karena cuaca dan pasang surut air laut yang ekstrim. Namun dengan pengamatan dan
perencanaan yang cermat kendala ini justru akhirnya dimanfaatkan. Pada saat air pasang,
dilakukan distribusi alat berat dan material misalnya sekitar pukul 12 malam atau pukul 11
siang. Sedangkan pada saat surut dilakukan pekerjaan konstruksi. Pasokan material harus
selalu dipastikan agar tidak mengganggu pekerjaan konstruksi.Terdapat sekitar 35.000 tiang
pancang yang diangkut menggunakan truk dari Subang menuju Denpasar. Dengan biaya yang
kurang lebih sama, truk dipilih sebagai sarana distribusi karena dinilai lebih menguntungkan
daripada menggunakan kapal. Satu truk dapat memuat 10 tiang pancang, truk hanya
membutuhkan waktu 7 hari dibandingkan dengan perjalanan kapal setiap kapal dapat selama
2 bulan.
Selain itu, tetap ada kendala sosial seperti kritik dari LSM terkait rusaknya mangrove
di sekitar lokasi pembangunan dan juga terancamnya sumber mata pencaharian kelompok
nelayan Wanasari. Hal itu disebabkan karena proses pembangunannya menyebabkan ikanikan menjauh dan terjadi perubahan arus di laut sekitarnya. Namun pihak pengelola
menanggapi protes tersebut, merupakan kontrol dari masyarakat sehingga bisa lebih berhatihati dalam bekerja. Masalah lingkungan telah tercantum di AMDAL dan masalah kerusakan
mangrove adalah konsekuensi logis yang tidak dapat dihindarkan dalam pembangunan tol
Benoa yang letaknya di atas laut.Dalam mengatasi hal tersebut, secara bertahap ditanam
kembali sebanyak 16.000 batang pohon mangrove untuk menggantikan sekitar 600 batang
mangrove yang rusak disebabkan oleh pembangunan tol.Selain itu ada rencana
menghutankan kembali mangrove.
Terkait masalah terganggunya mata pencaharian para nelayan, maka sebagai jalan
keluar sementara selama proses pembangunan proyek ini, maka warga sekitar utamanya para
nelayan direkrut sebagai pekerja proyek. Selanjutnya dilakukan bantuan pembinaan kepada
para nelayan di sekitar proyek dalam bentuk menyewa perahu nelayan untuk kegiatan
proyek, penangkaran kepiting, pembangunan sarana ibadah, serta bentuk-bentuk
bantuan lainnya.