DOSSIER PEDAGOGIQUE

Groupe communication du groupe Swiss-Prot

Institut Suisse de Bioinformatique

SOMMAIRE
Informations pratiques

Linstitut Suisse de Bioinformatique

Introduction lexposition

Quelques notions de biologie

Une cellule, des gnes et des protines
De quoi sommes-nous faits ?
Glossaire

5
5
6
7

La bioquoi ?
La bioinformatique. Un alli indispensable
La bioinformatique sert
En savoir plus avec quelques exemples doutils bioinformatiques

9
9
9
10

Au fil des chromosomes

Les thmes de lexposition

12
12

Les textes de lexposition

Squenage du gnome humain et bioinformatique

14
14

Chromosomes 1, 22, 11, 7, 3 et 14

Gnralits sur les gnes et les protines

19

Chromosomes 5, 21, 2, 6 et 20

Au fil du temps

24

Chromosomes 15, 16 et 8

Larbre de la vie

27

Chromosomes 12, 4 et 17

Au sujet des maladies gntiques

31

Chromosomes 13, 10 et 19

La mort cellulaire programme

34

Chromosome 18

Homme / Femme : XX ou XY

35

Chromosome X / Y

Lart et la bioinformatique

37

Chromosome 9

Note :
Ce dossier pdagogique sadresse aux enseignants des classes de 9me anne et plus.
Ce document propose une base la prparation dune visite de lexposition. Des
informations peuvent en tre extraites pour des lves de 8me anne.

INFORMATIONS PRATIQUES
A Genve Du 1er au 30 septembre 2008
O ?

Conservatoire et Jardin Botaniques, Terre de Pregny

Chemin de lImpratrice 1
1292 Chambsy-Genve
Tl. 022 418 51 00
www.ville-ge.ch/cjb

Quand ?

Tous les jours

8h 19h30

Comment ?

Transports publics :
Bus 1, 11 ou 28, arrt Jardin botanique
Trams 13 et 15, arrts Sismondi ou Nations
Trains rgionaux, arrt Genve-Scheron

Entre libre

A Lausanne - Du 6 au 19 octobre 2008

O ?

Place de Milan
Entre lAvenue Dapples et lAvenue de Cour
A ct du Jardin Botanique
Lausanne
www.lausanne.ch

Quand ?

Tous les jours

Pas de fermeture

Comment ?

Transports publics :
Bus 1, arrts Dapples ou Beauregard

Entre libre

Contact
Institut Suisse de Bioinformatique
CMU, 1 rue Michel Servet
1211 Genve 4
Tl. 022 379 50 50
Fax. 022 379 58 58
Email : sp_com@isb-sib.ch
www.prolune.org
www.isb-sib.ch
Informations pour des visites guides - gratuites : sp_com@isb-sib.ch

LINSTITUT SUISSE DE BIOINFORMATIQUE

LInstitut Suisse de Bioinformatique (ISB) est un institut acadmique but non
lucratif fdrant vingt-cinq groupes. La recherche, la formation et loffre de services
la communaut scientifique acadmique et prive - en Suisse et dans le monde - sont
ses activits principales. Les groupes de lInstitut rassemblent plus de 250 personnes
et sont rpartis entre cinq grandes villes suisses : Ble, Berne, Genve, Lausanne et
Zurich.
2008 est lanne du 10me anniversaire de linstitut. Cest dans le cadre de cet
vnement que linstitut a conu lexposition grand public Chromosome Walk, au fil
du gnome humain.

Quelles sont ses activits ?

- Dveloppement dalgorithmes et doutils bioinformatiques
- Cration et maintien de banques de donnes
- Modlisation de la structure 3D des protines
- Etude de lvolution des gnes et des gnomes
- Etude de lvolution gntique des populations et des espces
- Etude de la rgulation de lexpression des gnes
- Etude des gnes impliqus dans des maladies ou des processus biologiques
particuliers
- Modlisation des systmes biologiques

Quels services offre-t-il ?

LISB offre la communaut scientifique des banques de donnes, des logiciels et
dimportantes ressources de calculs informatiques, ainsi quun support aux activits
des chercheurs en sciences de la vie dans les Hautes Ecoles de Suisse.

Quelles formations dispense-t-il ?

LISB coordonne et dispense une formation en bioinformatique dans diffrentes
universits suisses (Bachelor et Master). Il organise galement une cole doctorale et
divers cours post-gradus en Suisse et dans le monde.

INTRODUCTION A LEXPOSITION
Protine ? Code gntique ? ADN ? Gne ?
a vous dit quelque chose ?
Voil des mots qui nous sont familiers. Dans les sries tlvises lassassin est
dmasqu par le biais de ses empreintes gntiques, la cosmtique clame les bienfaits
de lADN pour nos peaux vieillissantes et la publicit vante les protines contenues
dans tel ou tel aliment. Mais savons-nous vraiment ce que ces termes signifient ?
Cest grce notre ADN et nos protines que nous respirons. Cest grce eux que
nous marchons et que nous sentons. Cest aussi grce eux que nous parlons, que
nous voyons et que nous entendons. Sans ADN ni protines, rien de tout cela ne serait
possible. Sans ce monde infiniment petit, la vie ne pourrait se construire. Et lorsquil
va moins bien, il peut parfois nous nuire. Un gne dficient peut nous condamner.
Une protine mal forme peut nous handicaper.
Lexposition en plein air Chromosome Walk, au fil du gnome humain propose de
faire dcouvrir ce monde minuscule gouvern par des molcules invisibles nos
yeux: lADN et les protines. En vous conviant une promenade au cur de nos
chromosomes, elle tente de lever le voile sur certains mcanismes de la vie.
Vous entrez dans lexposition comme dans le noyau dune cellule, o 23 ballons
gants en forme de chromosomes vous accueillent. Ainsi, de chromosome en
chromosome, vous partez la dcouverte du gnome humain. Pourquoi naissons-nous
garon ou fille ? A quoi tient notre apptit ? Qui sont nos anctres ? Pourquoi avonsnous besoin de vitamine C? Pourquoi parlons-nous ? Autant de questions auxquelles
peuvent rpondre nos chromosomes. Des rponses qui ne slaborent plus aujourdhui
sans recourir des outils qui se sont dvelopps avec les ordinateurs on bascule
dans le monde de la bioinformatique. Lexposition Chromosome Walk, au fil du
gnome humain vous invite galement dcouvrir cette discipline rcente et encore
mconnue, aux multiples facettes et en pleine expansion.

QUELQUES NOTIONS DE BIOLOGIE

Une cellule, des gnes et des protines
Tout tre vivant est compos de cellules comme une maison est faite de briques. La
cellule constitue lunit de base de tout organisme, des bactries aux tres humains en
passant par les plantes et les champignons.
Chaque tre humain est compos de quelque 100'000 milliards de cellules. Issues de
la fcondation dun ovocyte par un spermatozode, toutes nos cellules lexception
des cellules sexuelles portent 23 paires de chromosomes 23 provenant de notre pre
et autant de notre mre. Ensembles ils forment notre gnome, que les cellules abritent
dans leur noyau.
Compact dans les chromosomes, notre ADN est comparable un texte long de 3
milliards de lettres et crit uniquement avec les lettres A, T, G et C symboles des
molcules qui forment lADN. Cest ce qui constitue notre identit biologique et le
patrimoine gntique que nous transmettons nos enfants. Dans ce texte sont cachs
les gnes ncessaires au dveloppement, au bon fonctionnement et la reproduction
de nos cellules.
Les gnes si essentiels la vie ne forment tonnamment quune infime partie de notre
ADN seulement 5%. Pourtant, ce sont eux qui dcident du devenir de nos cellules.
En effet, bien que partageant une mme origine, nos cellules se spcialisent au cours
du dveloppement embryonnaire pour devenir les unes les cellules du cur, les autres
les cellules du cerveau ou encore dautres les cellules de lintestin. Elles ne vont pas
tout simplement pas utiliser les mmes gnes hrits de nos parents.
Quest donc un gne ? Une recette pour fabriquer entre autres une/des protine(s). Les
tres humains ont quelque 21'000 gnes lorigine de plusieurs centaines de milliers
de protines diffrentes qui ont chacune un rle spcifique. Une premire est
implique dans la coagulation du sang alors quune deuxime transporte loxygne.
Une troisime protine intervient dans la digestion tandis quune quatrime transmet
un signal nerveux. En un mot, les protines sont les ouvrires de nos cellules.

De quoi sommes-nous faits ?

Glossaire
Acide amin
Unit de base des protines. Les molcules dacides amins sont au nombre de 20.
ADN
Chacun de nos chromosomes est fait dune trs longue molcule dADN qui est ellemme une succession de 4 petites molcules connues sous le nom de A, C, G et T.
L'ADN a une structure caractristique et aujourdhui bien connue de tous : deux brins
qui s'enroulent pour former une double hlice.
ARN
Dans sa composition, lARN ressemble lADN. Mais contrairement lADN dont le
rle principal est de porter les gnes et dassurer leur transmission aux gnrations
futures, lARN a de multiples fonctions. Entre autres, il participe la fabrication des
protines.
Bases
Ce sont les molcules qui entrent dans la composition de lADN. Elles sont au
nombre de 4 : ladnine (A), la thymine (T), la guanine (G) et la cytosine (C).
Bioinformatique
Discipline qui dveloppe des outils informatiques dans le but de visualiser, stocker et
analyser les donnes biologiques.
Cellule
La cellule est la plus petite unit ncessaire la constitution dun tre vivant. Nous
sommes faits de quelque 100'000 milliards de cellules. Nos cellules ont un noyau dans
lequel est abrit notre gnome.
Chromosome
Les chromosomes sont faits dADN et portent les gnes. Nous en possdons 23
paires. Dans chaque paire un exemplaire provient de notre pre et lautre de notre
mre. Toutes nos cellules contiennent les mmes chromosomes et donc le mme
ADN.
Code gntique
Comme un dictionnaire qui nous aide traduire les mots dune langue trangre, le
code gntique permet dans chaque cellule de passer du langage de lADN celui des
protines.
Gne
Les gnes sont rpartis sur l'ensemble de nos chromosomes. Un gne est un morceau
dADN. A la manire dune recette, il donne les instructions pour fabriquer un ARN
ou une protine. On estime aujourd'hui 21'000 le nombre de gnes codant des
protines.
Gnome humain
Le gnome est lensemble de lADN prsent dans le noyau de nos cellules. Il
correspond lensemble de nos chromosomes.
7

Protine
Sur la base des informations contenues dans les gnes, nos cellules produisent chaque
jour des milliers de protines qui assurent des tches aussi varies que la digestion des
graisses ou le transport de loxygne.
Squenage
Le squenage regroupe des techniques de laboratoire qui dterminent la squence
dun gne ou dune protine.
Squence
La squence dun gne est lordre dans lequel senchanent les molcules A, T, G et
C. La squence dune protine est lordre dans lequel senchanent les acides amins
qui la composent.

LA BIOQUOI ?
La bioinformatique. Un alli indispensable
Cette science rcente cre des outils informatiques pour ltude des sciences de la vie.
Aujourdhui, la quantit des donnes biologiques accumules dans les laboratoires
explose. De ce fait, elles ne peuvent plus tre analyses la main comme autrefois
et la bioinformatique est devenue lallie indispensable des chercheurs.
En dveloppant notamment des logiciels, des banques de donnes et des procds de
calculs informatiques, la bioinformatique offre aux chercheurs des outils pour
analyser, stocker et visualiser les donnes biologiques quil obtient en laboratoire et
dont linterprtation mnera de nouvelles connaissances.

La bioinformatique sert
-

Mettre de lordre dans lamoncellement des donnes biologiques en crant des

banques de donnes

Analyser et comprendre les mcanismes de la vie en concevant des

programmes bioinformatiques

Elaborer des concepts qui peuvent soutenir et aiguiller la recherche

acqurir une vision nouvelle et plus globale des sciences de la vie

Modliser des phnomnes biologiques comme par exemple la coagulation du

sang ou la synthse dune protine

Suggrer des prdictions sur la base de comparaison, telles que la fonction

d'une protine ou l'implication d'un gne dans une maladie

Crer de nouvelles synergies entre des scientifiques dhorizons diffrents pour

comprendre les mcanismes du vivant

Soutenir la recherche exprimentale en laboratoire comme par exemple la

recherche biomdicale pour le dveloppement de nouveaux mdicaments et de
nouvelles thrapies

En savoir plus
avec quelques exemples doutils bioinformatiques
"Fiche signaltique" consacre linsuline humaine dans la banque de
donnes

UniProtKB/Swiss-Prot

Cette banque de donnes

regroupe des informations
sur les protines. Des
bactries aux mammifres,
en passant par les plantes,
plus de 11'000 espces
vivantes sont reprsentes
et prs de 400'000 "fiches
signaltiques" de protines
sont mises la disposition
des chercheurs du monde
entier.
Uniprot

Exemples dinformations
rpertories : la fonction dune protine, sa taille, sa localisation dans un type
cellulaire et ses modifications lorigine dventuelles maladies.
Schma des voies de synthse et de dgradation du glucose dans la
banque de donnes Encyclopdie de Gnes et de Gnomes de Kyoto

Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

Cette banque de donnes

illustre et rcapitule les
nombreuses
tapes
de
processus
biologiques
fondamentaux, comme par
exemple la coagulation du
sang ou lvolution du
glucose
dans
notre
organisme.

10

Comparaison de squences de plusieurs dizaines de gnes

Des
programmes
dalignement

TCoffee ou MUSCLE par

exemple permettent de
comparer
plusieurs
squences de gnes une
une, lettre par lettre
pour ainsi dire, en les
plaant les unes sous les
autres afin de mettre en
vidence
les
Institut Suisse de Bioinfomatique
ressemblances et les
dissemblances. Ce genre de comparaison aide, entre autres, tablir des arbres de la
vie.
arbre de la vie

En comparant des gnes ou

des protines de diffrentes
espces, on peut tablir la
gnalogie
de
ces
espces. La construction
dun arbre de la vie permet
de comprendre les liens de
parent qui les unissent
ainsi que leur volution au
cours du temps.
Cet arbre est construit avec
le programme iTOL.

Wikipedia

Image dune exprience de laboratoire analyse avec le logiciel Melanie

Dans cette exprience, les

protines
apparaissent
comme des taches noires
dintensit variable. Le
programme Melanie permet
danalyser
les
images
obtenues et de les comparer
entre elles. Ces expriences
permettent, par exemple, de
comprendre
linfluence
dun mdicament sur la
production de protines
dans un tissu et destimer
ses effets secondaires.
Melanie / ImageMasterTM 2D Platinum software

11

AU FIL DES CHROMOSOMES

Les thmes de lexposition
Lexposition sarticule autour des 23 paires de chromosomes humains symboliss
chacun par un panneau. Lensemble des thmes tente de couvrir diffrents aspects de
la biologie en illustrant le rle de certains gnes et protines dans notre organisme.
Chaque panneau voque galement quelques outils bioinformatiques utiliss pour
comprendre les processus biologiques exposs.
Thme biologie / Thme bioinformatique

Introduction

De quoi sommes-nous fait ?

p.6

Notions de biologie

La bioquoi ?

p.9

Dfinition de la bioinformatique

Chromosome 1

Lodysse du gnome humain

p.14

Historique du squenage du gnome humain

Impact de la bioinformatique

Chromosome 2

Le colosse des protines

p.22

La plus grande protine humaine

Le portrait-robot dune protine

Chromosome 3

Aux limites de la bioinformatique

p.17

Rgulation de lapptit
Ce que la bioinformatique ne sait pas prdire

Chromosome 4

Gne, dis-moi qui tu es et je te dirai do tu viens

p.28

Histoire de lapparition de la lactation

Comprendre lvolution de gnes au cours du temps

Chromosome 5

Gne o es-tu ?

p.19

Dfinitions du gne, de la protine et du code gntique

Comment identifier un gne dans le gnome

Chromosome 6

Linvisible en mouvement

p.22

Les protines et lADN bougent

Concevoir des mdicaments daprs la forme dune protine

Chromosome 7

Un gne pour le dire

p.17

Un gne indispensable la parole

Un outil essentiel : recherche de squences de gnes ou
de protines similaires

Chromosome 8

Une orange a vous dit ?

p.26

Lorigine de notre dpendance la vitamine C

Visualiser les tapes de fabrication de la vitamine C

Chromosome 9

Lart et la bioinformatique

p.37

La bioinformatique comme source dinspiration artistique

12

Chromosome 10

Gnethique

p.33

Nous ne sommes pas tous sensibles un mme mdicament

Dpistage gntique de ces diffrences et questions thiques

Chromosome 11

Du papyrus linternet

p.16

Historique des banques de donnes et de leurs supports

Chromosome 12

Lhistoire de la vie

p.27

Comment tablir les liens de parent entre diffrentes espces

Chromosome 13

Le chromosome du septime ciel ?

p.31

Comment ressentons-nous le bonheur

A la recherche des effets secondaires dun mdicament

Chromosome 14

Les mtiers de la bioinformatique

p.18

Exemples de mtiers et formations

Chromosome 15

Tas de beaux yeux, tu sais

p.24

Lorigine gntique des yeux bleus

Chromosome 16

Ces gnes, vestiges du pass

p.25

Notre perception des phromones

Reprer des gnes inactifs dans le gnome

Chromosome 17

La bioinformatique pour lire le pass

p.29

Ce que nous racontent le tyrannosaure et le poulet

Identifier une protine partir dun fossile

Chromosome 18

Etre ou ne pas tre

p.34

La mort cellulaire programme

Visualiser des rseaux dinteraction de protines

Chromosome 19

Notre sang 7h59

p.32

Nos cellules sont spcialises

Analyser les protines contenues dans un tissu

Chromosome 20

Le prion, une protine aux deux visages

p.23

Comment le prion sain devient malade

Modliser la forme dune protine

Chromosome 21

Les protines : nos ouvrires

p.20

Le rle des protines

Identifier la fonction dune protine

Chromosome 22

Mon gnome, ton gnome, son gnome

Et aprs ?

p.15

Les perspectives de la bioinformatique et de la recherche

Chromosome X / Y

Homme ou femme une affaire dangle

p.35

Les paires sexuelles XX et XY

Modliser la structure de protines et de lADN

13

TEXTES DE LEXPOSITION
Squenage du gnome humain et bioinformatique
Historique et perspectives du squenage du gnome humain chromosomes 1 et 22.
Outils cls de la bioinformatique chromosomes 11 et 7.
Limites de la bioinformatique chromosome 3.

Chromosome 1 Lodysse du gnome humain

LHistoire de lHomme raconte avec un alphabet de 4 lettres
Imaginez un trs long texte crit avec seulement 4 lettres : A, T, G et C. Voil
comment est construit notre ADN. Trois milliards de ces lettres rpartis sur 23
chromosomes senchanent pour former notre gnome. Cest ce qui constitue notre
identit biologique et le patrimoine gntique que nous transmettons nos enfants.
Dans ce texte se cachent les gnes ncessaires au dveloppement, au bon
fonctionnement et la reproduction de nos cellules. En un mot : ils sont ncessaires
la vie. Etablir la succession de chacune des lettres pour en dcrypter le message, voil
le but du squenage du gnome humain.
Historique
1975 Mise au point des techniques de squenage de lADN.
1998

Dbut du squenage par un consortium public international. En parallle, une

socit prive, Celera Genomics, se lance dans la mme aventure.

2000

Annonce officielle de la premire bauche du gnome humain.

2001

Publication de lbauche du gnome humain par le consortium public et par

Celera Genomics qui avouera avoir utilis des donnes du consortium public
pour avancer plus vite

2003

Annonce officielle de la fin du squenage du gnome humain gratuitement

accessible sur internet. Le rsultat est de trs bonne qualit malgr quelques
coquilles invitables.

2008

Les gnomes de prs de 4000 organismes virus, bactries, champignons,

plantes, mammifres, sont squencs ou en cours de squenage. Grce
aux progrs techniques, il faut maintenant moins de 3 mois pour squencer le
gnome dun individu !

Le squenage du gnome humain a t un chantier titanesque, parfois qualifi de

projet Apollo de la biologie. Il a mobilis prs de 3000 personnes dans une
vingtaine de centres de squenage et de centres de bioinformatique pendant 15 ans.
Il a cot 2.7 milliards de dollars!
Pourquoi squencer le gnome humain ?
Comprendre les instructions contenues dans notre gnome permettra non seulement
de lever un pan du voile sur le miracle de la vie, mais aussi de prdire des maladies et
de concevoir de nouveaux mdicaments. Actuellement nous ne sommes quau dbut
de son interprtation.
14

Rle de la bioinformatique
Les techniques actuelles de squenage ne permettent de dterminer que 35 400
lettres la fois. Or le gnome humain en compte 3 milliards. Afin de reconstituer le
texte complet, ces squences courtes doivent tre mises bout bout et ce nest pas une
mince affaire ! Il faut pour cela des outils bioinformatiques extrmement performants.
Une fois assembles ces squences ont t stockes dans des banques de donnes,
puis diffuses grce internet.

Chromosome 22 - Mon gnome, ton gnome, son gnome Et aprs ?

Le gnome humain a t squenc. La nouvelle est tombe comme si nous venions de
percer le mystre de notre vie dhumains. Et pourtant, nous ne savons encore que peu
de choses. Seuls environ 5% du gnome humain contient des gnes. Cest la partie la
mieux tudie du gnome et il faudra encore des dcennies de recherches
exprimentale et bioinformatique pour bien la comprendre. Et quen est-il des 95%
restants ? Cette partie majeure du gnome a longtemps t qualifie dADN poubelle.
Mais il se pourrait quelle nous rserve encore bien des surprises
Un seul gnome humain ?
On parle du gnome humain comme sil ny en avait quun seul pour tous. Mais ce
nest pas vrai. Chacun a son gnome lui. Unique. Il y aurait plus de 2.5 millions de
diffrences entre votre gnome et celui de votre voisin ! Ou celui de vos parents ! LE
gnome humain dont on a tant entendu parler est en fait le gnome dun humain qui
na jamais exist. Il est le rsultat dune mosaque de bouts de gnomes appartenant
plusieurs individus diffrents.
Mon gnome, sil vous plat
Squencer le gnome humain a t un projet titanesque qui a dur plusieurs annes
et cot des millions de dollars. Il sest accompagn de progrs techniques
foudroyants, dans le domaine exprimental comme dans le domaine de la
bioinformatique. Actuellement, il existe plusieurs projets de squenage de gnome
individuel. Et bientt le squenage de votre propre gnome ne cotera plus quune
centaine de dollars et pourra tre ralis en quelques mois.
Du gnome au protome
Aujourdhui il existe des outils bioinformatiques qui prdisent la position des gnes
sur le gnome. Puis, de ces gnes sont prdites des protines. Cependant prdiction
nest pas raison et il faut vrifier lexistence de ces protines en laboratoire. Cest le
projet du Protome humain. Toutefois, il ny a pas un seul mais une multitude de
protomes humains, selon le tissu mais aussi de mutiples autres facteurs tels les
conditions ambiantes, la prise de mdicament ou lheure par exemple. Cest aussi un
travail titanesque. De ce fait, linitiative dtablir tous ces protomes repose sur des
collaborations lchelle internationale.
Et aprs ?
Les progrs raliss ces dernires annes dans les sciences de la vie ont t
considrables, et ils continuent ltre. Cependant, en recherche, chaque rponse
gnre plthore de nouvelles questions. Si une protine existe, quelle est sa fonction ?

15

Comment agit-elle ? O se trouve-t-elle dans notre corps ? Comment interagit-elle

avec dautres protines ? Est-elle implique dans une maladie ? Si oui, comment ?
Voil autant de dfis relever pour les chercheurs au laboratoire comme ceux devant
leurs ordinateurs.

Chromosome 11 - Du papyrus linternet

Banques de donnes : les balbutiements
De tout temps, lhomme a cherch classer ses connaissances, puis les concentrer
dans des encyclopdies. Ainsi sont nes les banques de donnes, celles qui
rpertorient les diffrentes espces de plantes comme celles qui rassemblent les
squences de protines.
Avant lordinateur
La toute premire squence de protine a t lucide au dbut des annes 1950. Il
sagissait de celle de linsuline. Il faudra ensuite 15 ans pour obtenir une soixantaine
de squences supplmentaires qui ont toutes t rpertories dans la premire banque
de donnes de squences de protines : un livre intitul "Atlas of Protein Sequence
and Structure" paru en 1965.
et aujourdhui
Ds larrive de lordinateur la fin des annes 1970, les donnes biologiques ont pu
tre stockes sur des supports bien moins encombrants que des livres. Dabord
conserves sur des bandes magntiques, elles ont ensuite t gardes sur des
disquettes, puis sur des CD pour tre finalement hberges sur des serveurs. Grce
lavnement de linternet dans les annes 1990, des rseaux se sont mis en place
travers le monde et les banques de donnes sont devenues accessibles aux quatre
coins du globe.
Le boom des sciences de la vie
En parallle de lessor de linternet, les stratgies et les techniques de laboratoire ont
considrablement volu. Pour accompagner laccumulation continue de rsultats, le
nombre de banques de donnes dans le domaine des sciences de la vie a littralement
explos. Et elles se comptent aujourdhui par milliers.
Le choix du partage
Pour favoriser la diffusion de ces donnes dans le monde entier et faire ainsi
progresser la recherche le plus rapidement possible, les sciences de la vie ont fait le
choix de rendre les rsultats publics. La grande majorit des banques de donnes
offrent donc un accs gratuit.
Bonus
On savait depuis les annes 1880 quune protine tait compose dacides amins.
Ltude de linsuline a dmontr quune protine est en fait une succession dacides
amins comme un collier est une succession de perles. Cest une dcouverte majeure !
Entre 1950 et 1965, les scientifiques ont squenc une soixantaine de protines.
Aujourdhui, les nouvelles approches leur permettent den dchiffrer plus de 5'000 par
jour et ce nombre ne cesse de crotre !

16

Chromosome 7 Un gne pour le dire

Il ny a que les hommes qui savent faire des phrases. Avec des mots, une grammaire
et une syntaxe. Et cest bien pour cette raison-l quon recherche depuis de
nombreuses annes LE gne du langage qui aurait donn aux hommes ce que les
autres animaux nont pas : la parole.
Le langage hrit
Au dbut des annes 1990, on dcouvre une famille qui, de gnration en gnration,
prsente les mmes troubles du langage : la difficult former des mots mais aussi
une difficult apprhender la grammaire et crire. Les scientifiques ont alors la
preuve quil y a une composante gntique du langage. Laquelle ?
Un gne du langage
Il ny aura jamais une unique composante responsable du langage. Cest un processus
bien trop complexe. Mais on a dcouvert lexistence dun gne, appel FOXP2, qui y
contribue. Ce gne nest pourtant pas particulier aux humains. Nous le trouvons dans
de nombreuses autres espces aussi, comme par exemple chez les singes, les oiseaux
et les reptiles.
Chercher les points communs pour mieux comprendre les diffrences
Comment savons-nous que ce gne existe dans tant despces diffrentes ? Un outil
bioinformatique devenu incontournable pour les chercheurs et qui sappelle BLAST
pour Basic Local Alignment Search Tool permet de comparer rapidement des gnes
ou des protines despces diffrentes. De cette manire, on a pu observer que des
espces aussi loignes que les bactries et lhomme possdent des gnes similaires!
Un gne communicatif
BLAST nous a donc dmontr que FOXP2 nexiste pas que chez les humains ; le
langage doit alors dpendre dautres facteurs. Quoiquil en soit, FOXP2 semble avoir
un rle important dans la communication pour tous. Chez les oiseaux par exemple, il
est exprim lors de lapprentissage de nouveaux chants, et son expression varie si
loiseau mle chante pour son propre plaisir ou pour sduire

Chromosome 3 Aux limites de la bioinformatique

Lune des forces de la bioinformatique est de prdire. En particulier, lexistence dun
gne sur un chromosome comme la structure dune protine peuvent tre rvles
grce des programmes. Mais la bioinformatique a aussi ses limites.
Ce quelle ne peut pas prdire un exemple
On a longtemps pens quun gne tait lorigine dune seule protine. Puis en
laboratoire, on a dcouvert quen ralit un gne pouvait tre lorigine de plusieurs
protines. Voil un des phnomnes que la bioinformatique peine encore prdire. La
Nature se rvlera toujours plus complexe que ce que nous pouvons imaginer
Le cas de ghrline et dobestatine
Cest le cas du gne qui est lorigine de deux petites protines : la ghrline et
lobestatine. Aucun programme bioinformatique navait prdit leur existence ! Alors

17

que la bioinformatique dtecte une seule protine, le laboratoire dcouvre que cette
protine est coupe en deux plus petites protines qui, elles, vont agir.

Une histoire dapptit

La ghrline et lobestatine sont impliques dans le contrle de notre apptit. La
premire nous avertit quand nous avons faim alors que la deuxime nous signale que
nous avons suffisamment mang. Ces sensations nous paraissent si naturelles que
nous les tenons pour acquises. Et pourtant il est important que notre organisme sache
faire la diffrence entre faim et plus faim.
Quand lapptit se drgle
Si pour une raison ou une autre lquilibre ghrline/obestatine est rompu, notre
organisme tend vers lobsit ou au contraire lanorexie. Toutefois, nos sensations de
faim ou de satit ne sont pas seulement guides par ces deux protines. Elles sont
aussi rgies par nos motions et nos habitudes alimentaires. Cest un systme
sophistiqu qui tient de nombreux facteurs, tant physiologiques que psychologiques
ou culturels.
Bonus
Une des premires descriptions de lobsit et lide dune possible intervention
chirurgicale datent du 3me sicle aprs JC. !

Chromosome 14 - Les mtiers de la bioinformatique

Trois destins pour une mme passion
Lun est informaticien et sintresse au dchiffrage du gnome du chimpanz.
Il crit des programmes pour identifier des gnes dans lADN. Son ambition
est de comprendre un jour pourquoi un animal si proche de lhomme du point
de vue gntique est malgr tout si diffrent !

Lautre travaille dans la modlisation de nouveaux mdicaments. Devant son

ordinateur, il a russi concevoir la structure dune molcule qui pourrait
interagir avec un virus et ainsi empcher linfection virale.

La dernire est biologiste et passionne dinformatique. Elle a choisi de mettre

ses comptences en programmation au service de ses collgues qui travaillent
en laboratoire. Grce aux logiciels quelle conoit sur mesure, les rsultats
dexpriences trs complexes peuvent tre rapidement analyss, compars et
stocks.

Bioinformaticien : la recette
Ingrdients :
- un bouquet de connaissances en biologie
- une bonne dose de comptences en programmation informatique
- un zeste de mathmatique,
18

- une pince de statistiques,

- un soupon dexprience en laboratoire (facultatif)
Assaisonnement : selon les gots personnels du candidat et les opportunits qui lui
sont offertes.
Il y a autant de profils de bioinformaticiens que de domaines en bioinformatique.
Dans la plupart des cas, les bioinformaticiens ont suivi un parcours universitaire
alliant plusieurs disciplines. Aujourdhui, la bioinformatique est considre comme
une branche universitaire part entire, enseigne comme telle au niveau master et
doctorat, et non plus comme un simple complment la biologie.
Et aprs ?
La bioinformatique touche tous les domaines des sciences de la vie. Elle intervient
de nombreux niveaux dans la recherche, et ses applications sont utilises
quotidiennement par les scientifiques. Une formation en bioinformatique ouvre des
portes aussi bien dans la voie acadmique que dans le secteur des entreprises prives.
Voil une discipline encore rcente avec des opportunits professionnelles tonnantes
et diversifies.

Gnralits sur les gnes et les protines

Dfinitions du gne et de la protine chromosomes 5, 21 et 2
Le mouvement des protines chromosome 6
Forme et changement de forme dune protine chromosome 20

Chromosome 5 Gneo es-tu ?

LADN, comme les gnes quil porte, est la base de la Vie. Il ny a pas un seul
organisme vivant qui nen possde pas. Ainsi, mieux on connatra lADN mais aussi
les gnes dans leur plus petit dtail mieux on saura comment la vie se construit.
La brique du gne
Notre patrimoine gntique est constitu par de longues molcules dADN qui
forment nos chromosomes. Si nous arrivions voir un bout dADN sous le
microscope, nous verrions quil est une simple succession de quatre molcules
diffrentes : ladnine, la thymine, la cytosine et la guanine ou A, T, C et G. Nous
avons alors un texte de 3 milliards de caractres bas sur un alphabet de 4 lettres, dans
lequel sont cachs tous nos gnes. Mais comment le lire et le comprendre ?
Du gne la protine
Un gne a un dbut et une fin. Entre ces deux extrmits est crite une recette pour
produire une protine. Une protine est, elle, une succession de molcules appeles
acides amins qui sont au nombre de vingt, reprsents eux aussi par des lettres.
Passer du gne la protine est comme passer du chinois au russe. Il faut un
traducteur. Cest ce quon appelle le code gntique.

19

Un code pour tous

Le code gntique est tonnamment simple. A 3 lettres successives dADN
correspond 1 des vingt acides amins dune protine. De cette manire, une squence
dADN est traduite en une squence de protine. Cest donc en lisant nos gnes que
nos cellules fabriquent les protines. Et ce code est le mme pour une bactrie, un
escargot, une tulipe, un hippopotame et lhomme.

E G F L S
D
A
V
R
S
K
N

Y
C
W
L
P

H
Q
M I R
Le code gntique

Le gne clat
Les choses sont rarement aussi simples Nos gnes ne constitueraient quune partie
minime 3% 5% de notre ADN. Autant chercher une aiguille dans une botte de
foin ! Par ailleurs, non seulement les gnes sont disperss mais ils sont aussi
frquemment discontinus Il faut alors trouver les bons morceaux puis les assembler
pour que leur lecture soit correcte.
Le gne prdit
Cest pourquoi on a imagin et conu des programmes bioinformatiques capables de
prdire le dbut dun gne, comme sa fin, et ce quil y a entre deux. Ces programmes
sont encore loin de donner des rsultats parfaits mais offrent de prcieuses indications
aux biologistes.
Bonus
Le gnome humain. Notre patrimoine gntique est un texte de 3'000'000000 de A,
C, G et T, qui a t aujourdhui dchiffr. Cest ce quon appelle le gnome humain.
On y a dcouvert environ 21'000 gnes qui sont la base de toutes les protines de
notre corps.

Chromosome 21 Les protines : nos ouvrires

Une protine. Une fonction.
Nous sommes faits de plusieurs centaines de milliers de protines diffrentes qui ont
chacune un rle spcifique. Une premire est implique dans la coagulation du sang
alors quune deuxime transporte loxygne. Une troisime protine participe
20

lamplification du son dans notre oreille interne alors quune quatrime transmet un
signal nerveux. Elles coupent, elles collent, elles transportent, elles transmettent, elles
produisent de lnergieet elles interagissent entre elles. Comment peut-on connatre
la fonction dune protine ?
La protine dissque
Si lon pouvait dissquer une protine, on y dcouvrirait un certain nombre de
domaines bien dlimits. A limage dune bote outils dans laquelle on trouverait un
marteau, des pinces et un tournevis, une protine est aussi faite de modules dont lun
se lie une autre protine, un autre coupe des morceaux dADN ou dont un autre
encore assemble des acides amins. Et la combinaison de plusieurs modules
dtermine la fonction globale dune protine.
Les outils dune protine
Deux botes outils sont rarement identiques. Lune contient deux tournevis, un
marteau et trois pinces alors quune autre contient trois tournevis, un marteau et une
lime. Tout dpend de l'ouvrier qui en fait usage. Il en va de mme pour les protines.
Deux protines dont le travail est diffrent peuvent trs bien possder des outils
similaires alors que dautres sont plus spcifiques.
Comparez les modules dune protine implique dans la coagulation du sang et une
autre implique dans la rgnration des cellules du foie.

Ces deux protines aux fonctions trs diffrentes ont pourtant toutes les deux en
commun le module
dont la proprit est de bloquer lactivit dautres protines. Par
ailleurs, il se trouve que ce mme module est prsent dans la protine APP implique
dans la formation de plaques amylodes dans le cerveau de patients souffrant de la
maladie dAlzheimer.
De la bote outils louvrier
Le contenu dune bote outils peut suggrer le mtier de louvrier qui lutilise. De
mme, la connaissance des diffrents modules qui constituent une protine peut aussi
suggrer sa fonction. Favoriser et exploiter cette connaissance est un des rles de la
bioinformatique. Les modules composant les protines sont rpertoris dans des
banques de donnes spcialises. Par la suite, lanalyse bioinformatique dune
protine permet de les identifier et peut, alors, suggrer une fonction globale pour la
protinequil va falloir, bien sr, tester en laboratoire.
Bonus
Nous avons tous entendu parler de trisomie 21. Appele aussi le syndrome de
Down, cette affection touche un nouveau-n sur 800. Une personne souffrant de
trisomie 21 a trois copies du chromosome 21 dans chacune de ses cellules, au lieu de
deux. Cest une erreur de la nature, qui se produit ds les premiers instants de la vie.
21

Le fait davoir un chromosome supplmentaire provoquera la production excessive de

protines que lon trouve sur le chromosome 21. Ce dsquilibre serait la cause des
traits caractristiques de personnes atteintes de ce syndrome, comme par exemple un
retard mental, une langue paisse et une taille infrieure la normale.

Chromosome 2 Le colosse des protines

Nos protines ont des tailles trs varies. Comme chez les hommes, elles se situent
entre deux extrmes : les lilliputiennes et les gantes. Le chromosome 2 porte le gne
de la plus grande protine. Ce colosse se nomme titine. En moyenne une protine se
compose de 300 acides amins, et la titine en contient 34'350 ! Autant comparer le
poids dun lphant celui dun homme !
Un crash informatique !
La dimension gigantesque de la titine a donn du fil retordre aux bioinformaticiens.
Pourquoi ? Lorsquon a voulu en dresser une sorte de portrait-robot, les programmes
informatiques existants - conus pour analyser des protines de taille standard taient incapables de grer une aussi grande protine. Et lorsquon introduisait la
titine dans ces programmes, ils se plantaient tout simplement !
Un portrait-robot pour une protine ?
A quoi peut bien servir le portrait-robot dune protine ? Il donne une ide du rle que
pourrait avoir une protine dans lorganisme. Comme tout portrait-robot, celui d'une
protine est hypothtique et doit tre vrifi par le chercheur en laboratoire.
Un exemple ?
Le portrait-robot donne une estimation du poids dune protine et de sa dure de vie
dans une cellule. Il peut aussi prdire sa forme, prsumer de son interaction avec
dautres protines ou encore identifier des rgions uniques comme des rgions qui se
rptent. Tous ces indices sont capitaux pour orienter le chercheur dans ses travaux.
Dans le cas de la titine, ces programmes ont dtermin une rgion qui se rpte pas
moins de 132 fois ! Cette rgion a une fonction prcise : elle "saccroche" dautres
protines essentielles la contraction musculaire.
Longue vie aux muscles !
Tandis que nous courons ou sautons, la titine uvre au cur des cellules musculaires.
Tout en longueur et trs flexible, elle maintient larchitecture des cellules musculaires,
soumises rude preuve par les contractions et tirements rpts.

Chromosome 6 Linvisible en mouvement

La vie est en perptuel mouvement. Linfiniment petit aussi. Des cellules se dplacent
ou se transforment. LADN senroule ou se plie. Et les protines vont et viennent, se
rencontrent, se reconnaissent et se sparent. Sans mouvement, elles ne pourraient pas
transporter loxygne, produire de lnergie ou encore aller la rencontre dun virus
ou dune cellule malade.

22

Des protines animes

Comment capturer les imperceptibles mouvements des protines ? Les techniques de
laboratoire ne permettent pas actuellement de les filmer. On ne peut que se les
imaginer. La bioinformatique offre des mthodes de calcul et de visualisation qui
estiment les mouvements thoriques de protines. Ces programmes tiennent compte
des contraintes lies entre autres la forme de la protine, un peu comme un crateur
de films danimation qui imagine les dplacements dun personnage sur la base de sa
morphologie et du terrain.
Rencontre dune cellule immunitaire et dune cellule cancreuse.
Lorsque les deux cellules se rapprochent progressivement lune de lautre, leur
contact stablit par lintermdiaire de protines qui, elles aussi, bougent pour
pouvoir interagir. La cellule cancreuse porte sa surface une protine qui prsente
un petit fragment tel une signature (fil rouge). En se liant la protine loge la
surface de la cellule immunitaire, la cellule cancreuse annonce sa prsence et devient
ds lors une cellule dtruire.

Protine la
surface dune
cellule immunitaire

Protine la
surface dune
cellule cancreuse

Institut Suisse de Bioinformatique

Concevoir des mdicaments

Etudier la forme et les mouvements dune protine permet de concevoir des molcules
et de les faonner de manire ce quelles interagissent parfaitement avec elle. Si la
protine est implique dans une maladie, de telles molcules peuvent devenir des
mdicaments. Ces mthodes ouvrent de nouvelles perspectives dans llaboration de
mdicaments ou de vaccins pour lutter entre autres contre le cancer.

Chromosome 20 Le prion, une protine aux deux visages

Il est une protine qui peut transmettre une maladie : le prion. Cette dcouverte
branle un concept scientifique vieux de plus de 100 ans. Et pour cause ! Les
microbes avaient jusqualors le monopole de linfection. Tandis que les virus et les
bactries provoquent une maladie en se multipliant dans notre corps, le prion, lui, rend
malade en changeant de forme.

23

Cedric Govaerts,
Ph.D. and Fred E.
Cohen, M.D., D.Phil.,
Department of
Cellular & Molecular
Pharmacology,
University of
California San
Francisco.

Protine prion sain

Protine prion infectieux

Pour des raisons encore inconnues, le prion peut devenir infectieux en changeant de
forme et de caractre limage du Dr Jekyll qui se transforme en M. Hyde.
Cest en forant les prions sains adopter la forme infectieuse que le prion anormal
contamine un organisme. Voil un agent infectieux dun genre nouveau. Alors que le
prion anormal nest ni un virus ni une bactrie, il se transmet pourtant dun individu
lautre et dune espce lautre. Cest une dcouverte rvolutionnaire !
La protine prion anormale est lorigine, chez lhomme, dune forme de la maladie
de Creutzfeldt-Jakob plus connue sous le nom de maladie de la vache folle.
La forme saine de la protine prion est en chacun de nous. Notre corps, et en
particulier notre cerveau, la fabrique tout au long de notre vie.
Nul ne sait quel rle joue le prion sain dans notre organisme.

Au fil du temps
Les gnes voluent au cours du temps. Certains senrichissent de mutations qui seront
conserves ou non par lvolution et qui peuvent se manifester par des effets
particuliers chromosome 15.
Dautres, au contraire, steignent et ne seront plus traduits en protines, ce qui a
galement des consquences sur le fonctionnement des organismes chromosomes 16
et 8.

Chromosome 15 Tas de beaux yeux, tu sais

Aucun doute possible, nous ne ressemblons pas notre voisin. Pourtant nos ADN sont
aussi semblables que deux gouttes deau. Nous partageons en effet plus de 99,9% de
ressemblances dun point de vue gntique, ce qui fait de chacun de nous un tre
humain. Il reste peine 0,1% pour nous distinguer les uns des autres, ce qui
reprsente malgr tout prs de 2'500'000 diffrences au niveau molculaire !
Le bleu est unique
Parmi ces 2'500'000 disparits il en est une, et une seule, qui explique la couleur bleue
des yeux. Il aura fallu attendre 2008 pour que des chercheurs la mettent en vidence.
Ils ont tudi une grande famille danoise compose dun pre aux yeux bruns, dune

24

mre aux yeux bleus, de 17 enfants et 20 petits-enfants. Le changement dune unique

molcule dans le gne HERC2 explique la couleur azur dans la famille. Fait plus
surprenant encore, cette mme diffrence est partage par la grande majorit des
individus aux yeux bleus dorigine europenne.
Yeux bruns

ATGTCAAGTTCTGCACGCTATCATCA
CCAGTTTCATTTGAGCATTAAGTGTCAAGTTCTGCACGCTATCATCA
CCAGTTTCATTTGAGCATTAA

Yeux bleus

Le bleu dans lHistoire

Cet tonnant changement serait apparu en Europe la priode nolithique, il y a 6'000
10'000 ans, lors de la grande migration des premiers agriculteurs de la mer Noire
vers lEurope du Nord. Les yeux bleus auraient donc pass lpreuve du temps et
franchi des millnaires. Pour quelle raison ? Toute modification de notre ADN qui est
conserve au fil du temps doit prsenter un avantage pour notre espce. Pourquoi
alors garder les yeux bleus ? Pour inspirer la clbre rplique de Jean Gabin ?...La
question demeure.
Bonus
La couleur bleue des yeux est associe une production plus faible de mlanine, lun
des pigments responsables de la couleur des yeux, des cheveux et de la peau.
Ltude gntique de la pigmentation chez les hommes permet de reconstituer les
grandes migrations humaines au cours des millnaires.
La police scientifique pourrait bien un jour dterminer si un suspect a les yeux bleus
ou non daprs ses traces dADN trouves sur le lieu du crime.

Chromosome 16 Ces gnes, vestiges du pass

Des gnes chous
Dans une socit o la productivit est de mise, savez-vous que nous possdons des
gnes qui a priori ne servent plus rien ? Ils sont l dans notre gnome, tels des
paves choues sur une plage. Tout comme des navires naufrags, ils sont la
mmoire dun autre temps. Et si aujourdhui ce ne sont plus que des gnes inactifs, ils
nous donnent malgr tout de prcieux renseignements sur le pass de lespce
humaine.
Traquer les gnes inactifs
Comment repre-t-on ces gnes fossiles ? Il est possible de les traquer dans notre
gnome en comparant notre ADN avec celui dune autre espce, la souris par
exemple. La rgle est simple : si le mme gne fonctionne chez la souris et nest de
toute vidence plus actif chez lhomme, il sagit dun gne fossile chez lhomme. De
cette manire, on a pu mettre en vidence que la grande majorit des gnes impliqus
dans la perception des phromones chez les mammifres sont inactifs chez lhomme.
Ils ne sont que le souvenir dune poque lointaine o nos anctres recouraient ces
messages chimiques pour communiquer entre eux comme le font aujourdhui de
nombreux animaux.

25

Sentir notre prochain

Sommes-nous vraiment devenus insensibles aux phromones ? Non. Non seulement
nous en mettons - dans la salive et diverses scrtions - mais de plus nous y
ragissons. Comment les percevons-nous ? Dans notre nez, nous conservons le
vestige dun minuscule organe, sige de la perception des phromones chez de
nombreux animaux, mais qui semble inactif chez lhomme. Le mystre reste entier
Sous influence ?
Chez les humains, leffet le plus connu des phromones est la synchronisation des
cycles menstruels de femmes vivant en communaut. Les phromones influenceraient
aussi nos relations sociales. Elles seraient importantes dans ltablissement des
premiers liens entre la mre et son nouveau-n et stimuleraient lapptit du nourrisson
au moment de la tte.
Un zeste de sduction ?
Il existe aujourdhui des parfums et des dodorants enrichis de phromones dont les
fabricants vantent les vertus sductrices et mme aphrodisiaques. Pourtant les effets
des phromones sur notre dsir et notre comportement sexuel sont loin dtre
prouvs

Chromosome 8 Une orangea vous dit ?

Une histoire de marins
Qui ne sest pas vu offrir un jus dorange ou de pamplemousse pour son petit
djeuner ? Do nous vient cette tradition ? Nous la devons un mdecin clair qui,
en 1747, distribue des oranges des marins et constate les bienfaits sur ceux atteints
de scorbut. Aujourdhui, nous savons que le scorbut est une maladie due un manque
de vitamine C. La dose journalire qui nous est recommande quivaut deux
oranges. La vitamine C est indispensable au bon fonctionnement de notre organisme.
En effet, elle prvient le vieillissement et participe la synthse de collagne qui,
entre autres, maintient la structure de nos tissus.
Une protine qui nous a laiss tomber
Complter notre rgime par des aliments riches en vitamine C nous semble naturel.
Pourtant, la large majorit des mammifres laborent eux-mmes leur propre vitamine
C, comme la souris et le chien. Comment avons-nous perdu cette facult ? Parce que
nous ne produisons plus la protine responsable de sa fabrication : Gulo. Le coupable
est une mutation apparue chez lhomme il y a environ 40 millions dannes. Gulo est
inactive galement dans dautres espces, tels que le chimpanz, le cochon dInde ou
encore certaines chauve-souris qui, comme nous, doivent pallier ce manque par leur
alimentation.
Un chemin complexe
Lensemble des processus qui mnent la synthse de la vitamine C est complexe.
Des outils bioinformatiques les cartes mtaboliques donnent une vision complte
et globale des diffrentes tapes de sa production. Les comparaisons entre espces
deviennent possibles et mettent en lumire des diffrences comme celles qui existent
entre la souris et nous par exemple.

26

Larbre de la vie
La comparaison des gnes et des protines de diffrentes espces nous en dit long sur
lhistoire des tres humains et nous renseignent galement sur les liens de parent qui
unissent tous les tres vivant sur la Terre chromosomes 12, 4 et 17.

Chromosome 12 Lhistoire de la vie

Une grande famille
10 100 millions despces peuplent notre plante. Les insectes, les oiseaux, les
plantes, les hommes et toutes les autres espces descendraient danctres communs et
auraient volu grce la slection naturelle. Cest la thorie que proposa Charles
Darwin en 1859 dans son livre De lorigine des espces. Longtemps controverse
mais aujourdhui reconnue, la thorie de lvolution est la base des liens de parent
tablis entre toutes les espces.
Larbre de la vie
Pour dfinir ces liens de parent, les biologistes recherchent ce qui rapproche les
espces mais aussi ce qui les distingue, comme lorsquon observe un petit-fils et son
grand-pre. A limage dun arbre gnalogique, ils rcapitulent aussi ces liens de
parent dans un arbre : larbre de la vie.
A lpoque de Darwin, on commena par comparer les espces sur la base de leur
morphologie la prsence de poils ou dcailles, le nombre de pattes ou, pour les
plantes, la position des feuilles sur une tige, par exemple.
Homo sapiens

Eucaryotes
Bactries

Archaea

LUCA

LUCA
Last Universal
Common
Ancestor est
lhypothtique
anctre commun
toutes les espces
vivantes. Il aurait
vcu il y a 3 4
milliards dannes
et naurait t
compos que
dune seule
cellule.

Wikipedia

27

De par lavance des connaissances en biologie et grce au dchiffrage des gnomes

despces diffrentes, on sait aujourdhui estimer le degr de parent entre les espces
en lisant dans leurs gnes et leurs protines. Et dsormais la puissance de calcul des
ordinateurs ainsi que des mthodes danalyse bioinformatiques plus performantes
permettent de comparer simultanment un grand nombre de gnes, ou de protines,
partags par de nombreuses espces, des bactries lhomme.
Des protines universelles
Toutes les espces vivant sur Terre partagent quelque chose de trs intime: les
ribosomes. Les protines qui les composent sont essentielles la vie puisquelles sont
elles-mmes impliques dans la fabrication de toutes les protines dun organisme.
Glossaire
Bactries et Archaea
Ce sont des organismes constitus dune seule cellule et dont lADN nest pas
enferm dans un noyau. On les appelle les procaryotes. A la diffrence des bactries,
les archobactries vivent gnralement dans des conditions extrmes (forte acidit,
haute temprature,).
Eucaryotes
Ce sont des organismes dont les cellules possdent un noyau abritant lADN. Cest le
cas des animaux dont les humains, des plantes et des champignons.

Chromosome 4 Gne, dis-moi qui tu es et je te dirai do tu viens

Histoire dufs et de lait
Lhomme nourrit son nouveau-n avec du lait maternel. Le crocodile pond des ufs
dans lesquels ses petits auront trouv tout ce quil leur fallait pour se dvelopper. Et
lornithorynque saccommodera des deux systmes en pondant des ufs puis en
offrant du lait sa progniture. Comment sest fait le passage de la ponte des ufs
la lactation ? Et quand ? Dailleurs, les animaux sont-ils plutt passs de luf au lait
maternel ? Ou du lait luf ? Comment fouiller dans le pass des espces pour le
savoir ? Tant de questions, dont les rponses se cachentdans les gnes.
Gneraconte-moi une histoire
Si nous voulons lever le voile sur le mystre de lhistoire de la lactation et celle de la
ponte, il faut choisir des gnes essentiels lune et lautre. Le lait maternel contient
la protine casine en grande quantit. Le gne de la casine va alors se trouver dans
des espces qui produisent du lait maternel. Les ufs sont, eux, riches en une autre
protine : la vitellognine. Le gne de la vitellognine est donc prsent dans les
espces qui pondent des ufs. En choisissant dtudier les gnes de ces deux
protines, les chercheurs peuvent alors comparer leurs destins et esquisser leur
parcours dans le temps. Comment ?
Le destin dun gne
Si un gne est utile pour une espce, il sera peu modifi avec le temps car il doit
prserver sa fonction. Au contraire, un gne moins prcieux pour la survie dune
espce peut alors accumuler des modifications jusqu ce que, dans le cas extrme, le
gne devienne inutile et, en quelque sorte, meurt. Ainsi, ltude de ltat des gnes de

28

la casine et de la vitellognine dans diffrentes espces nous dira comment les

vnements se sont succds, et chez qui.
Le gne lu
Tout un pan de la bioinformatique sattache dcrypter lhistoire des gnes. Les
chercheurs ont ainsi compar les gnes de la casine et de la vitellognine dans
diffrentes espces. Et quont-ils dcouvert ?
-

que le gne de la casine est apparu il y a environ 300 millions dannes

chez lanctre des mammifres
et quen parallle, le gne de la vitellognine sest progressivement teint chez
les mammifres.

La casine : protine tout faire

La casine est lorigine des premiers plastiques arrivs sur le march la fin du
19me sicle et connus sous le nom de galalithe. Aujourdhui, grce ses proprits de
liant, la casine est encore employe dans les produits cosmtiques, les colles, les
peintures, les encres et les textiles.

Chromosome 17 La bioinformatique pour lire dans le pass

Depuis le 19e sicle, les palontologues font parler les fossiles pour mieux connatre
lvolution des espces. Les biologistes ont dmontr plus rcemment que les gnes et
les protines peuvent tre tout aussi bavards. Et si on peut trouver un gne ou une
protine dans un fossile, cest encore mieux. Mais extrmement rare. En effet, les
parties organiques dun animal en voie de fossilisation peuvent persister durant
quelques milliers dannes avant dtre remplaces par du minral. Mais gure plus.

29

Une survivante
Quelle ne fut pas alors la surprise de chercheurs amricains de dcouvrir, en 2007,
une protine presque intacte parmi les ossements fossiliss dun tyrannosaure vieux
de 68 millions dannes ! Cette protine se trouvait enfouie dans un os,
miraculeusement protge des svices du temps. Mais de quelle protine sagissait-il ?
Mais laquelle ?
Layant trouve dans de los, les scientifiques ont fait lhypothse que la protine tait
vraisemblablement du collagne, une des composantes majeures de los. En
laboratoire, ils ont pu dterminer sa squence. Puis, grce des outils
bioinformatiques, ils lont compare des millions dautres prsentes dans des
banques de donnes. Ils ont pu ainsi confirmer leur hypothse de dpart: la protine
extraite des os du tyrannosaure est bel et bien du collagne.
Qui descend du tyrannosaure ?
Trouver du collagne dans un os mme celui dun tyrannosaure est peu
surprenant. Par contre, les scientifiques ont maintenant du collagne vieux de 68
millions dannes quils peuvent comparer du collagne de milliers dautres espces
contemporaines. Dans quel but? Pour trouver les liens de parent du tyrannosaure
ou les dinosaures dans leur globalit avec les autres espces.
Cest le poulet !
Le rsultat ? Le collagne du tyrannosaure ressemble beaucoup celui du poulet ! Les
oiseaux et les tyrannosaures appartiendraient donc la mme famille ? En fait, on
sen doutait. De telles hypothses avaient dj t lances suite des comparaisons
bases sur lanatomie. Mais aujourdhui, les scientifiques ont une confirmation
gntique.

disparu

Dinosaure plumes
disparu

Anctre commun
plumes

Le chanon manquant ?
En 2008, des gologues franais rapportent la dcouverte de plumes fossilises
vieilles de quelque 100 millions dannes. Ces plumes ne sont pas celles dun oiseau
mais auraient pu appartenir un dinosaure bipdelanctre vritable des oiseaux ?

30

Au sujet des maladies gntiques

Adapter un traitement thrapeutique et connatre les protines fabriques dans un tissu
chromosomes 13 et 19.
Dpistage gntique et questions thiques chromosome 10.

Chromosome 13 Le chromosome du septime ciel ?

Quand on aime
Pour beaucoup, le chocolat fournit de petits instants de bonheur quon aime ritrer.
Pourquoi ? Parce quil dclenche en nous une ribambelle de ractions chimiques qui
disent notre cerveau : jaime Savoir que nos motions dpendent aussi de la
chimie enlve cette part de magie au bonheur mais, sans elle, le bonheur nexisterait
pas parce quon ne saurait ni le ressentir, ni sen souvenir
La molcule du bonheur
Et quest-ce qui nous fait ressentir ce bonheur ? Entre autres, une petite molcule
nomme la srotonine. La srotonine relaye la sensation de volupt au cerveau en se
liant une protine rceptrice. Mais elle nagit pas seulement aprs que nous ayons
got un pralin. Non. Elle se trouve aussi implique dans bien dautres vnements :
le sommeil, lapptit, la perception de la douleur et notre comportement sexuel. Qui
tous participent de prs ou de loin notre bonheur
et parfois du mal-tre
La srotonine nest pas seule nous communiquer le bonheur. Cest une affaire qui
dpend de bien dautres facteurs aussi. Et si ce systme labor vient dfaillir, il
peut tre lorigine de maladies, comme une dpression par exemple. On peut alors
proposer au patient de prendre des antidpresseurs dans lespoir de rtablir la recette
du bonheur.
Le revers de la mdaille
Mais les choses sont rarement aussi simples. Un antidpresseur peut restaurer un
certain quilibre dhumeur mais il peut aussi, comme tout mdicament, provoquer
des dsquilibres ailleurs. Cest le royaume des effets secondaires provoqus par les
mdicaments. Le bon mdicament naffectera que peu un autre processus
biologique ; le mauvais peut au contraire faire des dgts.
A la recherche du mdicament idal
Il est alors important de tester tous les effets dun mdicament avant de lautoriser la
vente. Un bon mdicament sera efficace lorsquil ninduit que peu deffets
secondaires. Comment lvaluer ? De nombreux tests de laboratoire existent. L'un
d'entre eux va rechercher l'effet du mdicament sur d'autres protines. Aujourdhui,
grce un solide support informatique, on peut comparer la production de protines
par une cellule, sans mdicament puis en prsence dun mdicament. Et lon retiendra
le mdicament qui perturbera, idalement, le moins la production dautres protines,
autrement dit on ne retiendra que celui qui aura le moins deffets secondaires.

31

Pourquoi le chocolat ?
Le chocolat noir contient bel et bien des substances stimulantes et mme
aphrodisiaques. Et s'il sait si bien nous sduire, c'est peut-tre aussi parce qu'il est
riche en tryptophane, une molcule ncessaire la synthse de la srotonine.

Chromosome 19 Notre sang 7h59

La cellule spcialise
Au tout dbut de la vie, la toute premire cellule se divise en deux copies parfaitement
identiques qui se divisent en deux copies elles aussi identiques et ainsi de suite. Et
pourtant, lune va devenir une cellule du systme nerveux. Une autre deviendra une
cellule du sang. Et une troisime sera une cellule du muscle. Bien que ces cellules
contiennent toutes les mmes gnes, un certain stade embryonnaire elles vont se
spcialiser en nutilisant que les gnes dont elles ont besoin. Cest lune des
merveilles de la Nature.
La cellule sur commande
Dune part nos cellules sont spcialises, dautre part, elles sactivent diffremment
selon le moment de la journe. Aprs un bon repas, les cellules de notre intestin vont
fabriquer des protines qui sont impliques dans la digestion. A la tombe du jour, des
cellules du cerveau vont produire des protines impliques dans le sommeil. Et si,
dans laprs-midi, on a linfortune dattraper le virus de la grippe, des cellules du
systme immunitaire vont sactiver pour entraver linfection.
La cellule avant, pendant et aprs
Comment les chercheurs peuvent-ils savoir ce que font les cellules dun tissu une
certaine heure de la journe ? En tudiant les protines prsentes dans ce tissu ce
moment-l. Cest le domaine de la protomique. Cette approche permet non
seulement didentifier des protines mais aussi de comparer leur production aprs la
prise dun mdicament, par exemple, ou en fonction dun rgime alimentaire ou
encore au cours du cycle jour-nuit.
Une carte gographique des protines
Un chercheur a donc les outils pour observer les protines produites dans notre sang
7h59 par exemplemais aussi une semaine dintervalle aprs un traitement.
Lesquels? En laboratoire, on sait sparer les protines selon leur taille et leur charge
lectrique sur une plaque glatineuse. Cest la technique de llectrophorse
bidimensionnelle. Cette sparation effectue, le chercheur peut explorer une
constellation de taches qui reprsentent chacune une protine spcifique. Cette
constellation est alors scanne puis analyse laide de programmes bioinformatiques
qui permettent dattribuer le nom dune protine chaque tache par comparaison avec
dautres constellations dj connues.

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SWISS-2DPAGE Database

Chromosome 10 Gnethique
Emilie souffre de dpression depuis plusieurs mois. Son mdecin lui a prescrit un
mdicament, mais rien ny fait. Il lui propose alors de faire un test gntique.
Pourquoi ? Afin de mieux adapter le traitement.
Le mdicament : une substance trangre
Lantidpresseur que prend Emilie est reconnu par son corps comme une substance
trangre qui doit tre dtruite. Cest la protine CYP2C19 qui sen charge. Cette
protine est produite par chacun dentre nous. Seulement voil, dun individu
lautre, elle nest pas tout fait la mme.
Prescription par ttonnements
Ces diffrences dans la protine sont responsables de la vitesse de destruction plus ou
moins rapide du mdicament. Si la protine CYP2C19 dEmilie dgrade le
mdicament trop rapidement, ce dernier naura pas le temps dagir. Il faudra alors
prescrire une dose plus leve. Si au contraire la protine agit plus lentement, le
mdicament restera trop longtemps dans lorganisme, ce qui pourrait provoquer des
effets secondaires indsirables et il faudra prescrire une dose plus faible.

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La prescription personnalise
Cest l quintervient le test gntique.
LADN dEmilie est prlev dans sa
bouche puis soumis une analyse par
puce ADN . Cette technique permet
de dterminer les variations de son gne
CYP2C19. Chaque variation apparat
comme un point plus ou moins lumineux
sur une grille carre de moins dun
centimtre de ct. Les milliers de points
obtenus sont scanns grce un
microscope et analyss par le biais de
programmes bioinformatiques. Selon les
rsultats, le mdecin dEmilie pourra en
dduire la dose de mdicament prescrire.

Avec laimable autorisation de Affymetrix UK Ltd.

La puce ADN dEmilie

Et lthique dans tout a ?

Dans le cas dEmilie, la connaissance de son gne CYP2C19 a permis son mdecin
de lui proposer un traitement adapt. Quen est-il des autres gnes ? Nous savons
aujourdhui que certains gnes sont associs des maladies comme, par exemple,
certains cancers. La connaissance de ces gnes pourrait permettre le dpistage de la
maladie et ventuellement une intervention avant son apparition.
Ces nouvelles applications de la gntique offrent ainsi un immense espoir mais
soulvent aussi nombre de questions juridiques, thiques, conomiques et mme
psychologiques. De telles questions sont centrales dans notre rflexion sur lvolution
de la mdecine et devraient faire lobjet de dbat de socit.
Veut-on tout savoir sur notre code gntique personnel?
Qui a le droit d'accs nos donnes gntiques?
Faut-il imposer des limites la mdecine?
Comment annoncer le risque d'une maladie?
Et qui?
Est-il bon de tout prvoir?

La mort cellulaire programme

Chromosome 18 Etre ou ne pas tre
La vie en socit a ses contraintes. Qui le sait mieux que nos cellules ? Chacune est
oblige de cohabiter avec quelque 100'000 milliards de ses congnres et quelquefois
de disparatre pour le bien commun.
De la patte palme la main
Regardez votre main et ses cinq doigts. Et alors ? pensez-vous. Savez-vous quau
cours de notre vie embryonnaire, votre main tait palme ? Puis suite la disparition
des cellules qui liaient nos doigts, elle est devenue celle que nous utilisons. Ce
phnomne de mort cellulaire programme persiste toute notre vie. Ainsi tout au long

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de notre existence, des cellules vont se supprimer pour assurer le bon fonctionnement
de nos organes et garantir notre bonne sant.
Une mort orchestre
La mort cellulaire programme est un processus qui nest pas laiss au hasard et qui
est rigoureusement contrl par des protines. Certaines mnent les cellules vers la
mort tandis que dautres les protgent.
Un bal de protines
Mais les choses ne sont pas si simples. Ces protines de vie et de mort communiquent
les unes avec les autres, interagissent entre elles et sinfluencent. Dans
lenchevtrement de ces interactions qui se font et se dfont, quelques-unes ont un
rle de pivot entre la vie et la mort. Ainsi la protine Bcl2 protge les cellules. Mais
sa rencontre avec dautres protines, qui interagissent elles-mmes avec encore
dautres protines, va entraner la mort cellulaire.
Le bal informatis
Comment rendre compte de ces
interactions multiples et bien
souvent tout aussi inextricables que
celles qui tissent un rseau
internet ? La bioinformatique peut
aider grandement dabord en
stockant tous les rsultats dcoulant
de techniques de laboratoire puis en
proposant une visualisation de
lensemble des interactions entre
protines dune mme cellule ou
dun mme tissu. De telles
reprsentations
aident
les
chercheurs comprendre des
processus biologiques et comment
diverses protines y participent.

Database of Interacting Proteins

Rseau dinteractions de la protine Bcl2,

reprsente au centre et en rouge, avec dautres
protines

Homme / Femme : XX ou XY
Chromosome X / Y Homme ou femmeune affaire dangle
Un petit cart pour un grand contraste
Nous savons tous faire la diffrence entre un homme ou une femme. Et pourtant,
lchelle molculaire, la diffrence entre le petit garon et la petite fille est minime.
Tellement minime, quun changement dangle peut tre lorigine dune confusion
sexuelle.
XX ou XY
En rgle gnrale, chez les mammifres, ce qui distingue le mle de la femelle se
rduit lexistence de deux chromosomes : le chromosome X et le chromosome Y.

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Chez les humains, les femmes portent dans leurs cellules la paire XX alors que les
hommes portent la paire XY.
Une protine qui fait la diffrence
Que porte le chromosome Y pour faire dun ovule fcond un petit garon ? Un gne
tonnant appel SRY. Lapparition de la protine SRY lors du dveloppement
embryonnaire suffit pour dclencher le programme qui va former les testicules un
trait bien caractristique du petit garon.
Le sexe contrari
Que fait la protine SRY ? Elle se lie lADN et le recourbe de sorte former un
angle de 70 80. Cet angle est important pour la suite du dveloppement
embryonnaire. Si une modification de la protine lempche se lier lADN ou
perturbe langle de courbure de lADN lembryon destin tre un petit
garondevient une petite fille. Et cette petite fille a des ovaires mais porte en elle la
paire de chromosomes XY...

La protine SRY (en rouge) se

lie lADN (en gris) et le
recourbe de sorte former un
angle de 70 80.
Institut Suisse de Bioinformatique

Une querre molculaire

Quel instrument scientifique saurait mesurer langle que produit la protine SRY en se
liant lADN ? Aucun. Du moins de nos jours. Alors, pour connatre la structure de la
protine SRY lorsquelle se lie lADN, il faut recourir une approche exprimentale
en laboratoire qui peut donner la position de chaque atome dans la protine. Ces
positions qui se chiffrent par milliers sont alors stockes dans des banques de
donnes. Et grce des programmes informatiques performants, on peut alors
visualiser la structure tridimensionnelle dune protine.
Bonus
Il y a quelque 300 millions dannes, les chromosomes X et Y se ressemblaient. Mais
au fil du temps, le chromosome Y a perdu des bouts alors que le chromosome X a
acquis de nouveaux gnes. Aujourdhui, le chromosome Y est environ 6 fois plus petit
que le chromosome X.

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La bioinformatique dans lart

Chromosome 9 LArt et la Bioinformatique
Llgance dvoile
Les artistes ont toujours su sinspirer de la science. Et lart a ceci de singulier quil
peut ramener la science une chelle humaine en dvoilant, par exemple, la beaut et
llgance du monde minuscule qui nous compose.
Des programmes dtourns
Avec les nouveaux progrs biotechnologiques, une nouvelle gnration dartistes est
ne. En particulier celle qui sinspire doutils bioinformatiques pour crer sur le thme
des protines et de lADN.
La protine sculpte
Les protines sont des entits si
petites qu ce jour aucun dispositif
scientifique na su nous les rvler.
Du moins, dans leur intimit. Aucun
instrument na pu prendre une
protine en photo pour nous en
dvoiler les courbes, la texture ou la
forme. Alors on a recours des
mthodes indirectes pour imaginer
son architecture. En loccurrence,
partir de la composition dune
protine, la bioinformatique sait en
suggrer la forme. Et, en sinspirant
des mmes programmes, un artiste
peut aussi la sculpter.

Avec laimable autorisation de Julian Voss-Andreae, Steel Jellyfish (Green

Fluorescent Protein), 2006

Le gnome tiss
LADN est une succession de quatre molcules qui se lient les unes aux autres pour
former une combinaison dfinie. Imaginez que pour chacune des quatre molcules on
choisisse un fil de soie de couleur diffrente. On peut alors traduire lADN en un
enchevtrement de fils de soie. Et par l-mme, tisser un bout dADN, un gne et
mme un gnome
La musique des protines
La succession des acides amins constitue le langage dune protine. Et tout langage
est susceptible dtre traduitmme en musique. Si, chaque acide amin, on
attribue une note, une protine se transforme alors en partition de musique faisant
chanter une mlodie qui lui est propre.

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