Andre Dena Renaldy

3113039
Catatan taksonomi : Tempat untuk DNA - DNA Reassosiasi dan 16s rRNA Analisis
Urutan dalam Definition Spesies Hadir dalam Bakteriologi
E. STACKEBRANDT1 dan B. M. GOEBEL2
DSM - Dleutsche Mikrooiganisrnen dan koleksi Budaya Sel, 38124 Braunschweig, Jerman,1
dan Departemen Mikrobiologi , University of Queensland, Brisbane 4072, Queensland,
Australia2
Karena badan alami "spesies" tidak dapat diakui sebagai kelompok strain yang
secara genetik benar terpisah dari tetangga filogenetik, sebuah pendekatan pragmatis
diambil untuk menentukan spesies dengan pendekatan polifasik (LG Wayne, DJ
Brenner, RR Colwell, PAD Grimont, 0. Kandler, MI Krichevsky, LH Moore, WEC
Moore, RGE Murray, E. Stackebrandt, MP Starr, dan HG Triiper, Int. J. Syst.
Bacteriol. 37463-464, 1987), di mana nilai DNA reassociation dari sekitar 70%
memainkan peran yang dominan. Dengan berdirinya analisis urutan cepat 16s rRNA
dan pengakuan dari potensinya untuk menentukan posisi filogenetik dari organisme
prokariotik, peran 16s rRNA kesamaan dalam definisi spesies hadir dalam bakteriologi
perlu diklarifikasi. Studi banding jelas mengungkapkan keterbatasan analisis urutan
gen dilestarikan ini dan produk gen dalam penentuan hubungan pada tingkat regangan
yang eksperimen reassociation DNA-DNA masih merupakan metode yang unggul.
Sejak hari ini struktur utama 16s rRNA lebih mudah untuk menentukan dari
hibridisasi antara untai DNA, kekuatan analisis urutan adalah untuk mengenali tingkat
di mana studi DNA pasangan perlu dilakukan, yang tentunya berlaku untuk kesamaan
dari 97% dan lebih tinggi.
Cohn (8, 9) adalah di antara yang

sebagian

besar

buatan.

jajaran

digunakan

untuk

pertama untuk menjawab pertanyaan tentang

taksonomi

apakah bakteri, seperti hewan dan tumbuhan,

menggambarkan

dapat diatur dalam taksa yang berbeda.

diadopsi

Namun, pertanyaan apakah bentuk genera

organisme yang lebih sangat berkembang,

dan spesies bentuk yang "alami" genera dan

seseorang dapat berasumsi bahwa adanya

spesies dibiarkan terbuka untuk peneliti masa

hubungan alami antara anggota mereka

depan. Cohn dianggap bentuk genera sebagai

tersirat-bahkan ketika Cohn menekankan

entitas

karakter buatan dari sistem klasifikasi.

alam,

tetapi

spesies

dianggap

yang

Sejak

dari

bakteri
yang

bentuk

taksa

digunakan

untuk

Hampir 100 tahun kemudian, pada

Cowan (10) diminta untuk menunjukkan

awal taksonomi mikroba molekul, S. T.

bahwa "ada banyak ide tentang spesies

Cowan (10) diakui tiga arti untuk spesies

karena ada ahli biologi, dan banyak ahli

jangka: kategori, kelompok taksonomi, dan

biologi

konsep.

bahwa

hidupnya bekerja." Upaya dari taksonomis

spesies tersebut adalah peringkat taksonomi

bekerja secara paralel dengan definisi yang

di bawah peringkat genus dalam sistem

berbeda,

hirarkis. Kegunaan bekerja dengan konsep

"nomenspecies," dan "taxospecies," dapat

spesies tidak dibantah oleh Cowan, tapi ia

dianggap

mengingatkan pengguna bahwa spesies tidak

ketidakmampuan untuk mengintegrasikan

ada dan tidak mewakili entitas alami.

kriteria subyektif yang dipilih. The batasan

Definisi

sebagai

dari spesies sebagai kelompok taksonomi

"kelompok kawin silang atau berpotensi

ditentukan dalam hal karakter anggota

kawin silang populasi alami yang reproduktif

konstituen (10) memperhitungkan keinginan

terisolasi dari kelompok lain seperti" (17)

ahli taksonomi untuk melihat konsep spesies

tidak bisa saat diterapkan pada prokariota.

masing-masing diverifikasi.

Kategori

menunjukkan

zoologi

dari

spesies

Bahkan setelah penelitian yang luas, tingkat

telah

berubah

idenya

seperti

selama

"genospecies,"

sebagai

refleksi

dari

Dengan kedatangan analisis phenetic

seksualitas hampir tidak dikenal, dan isolasi

numerik

dan

teknik

reproduksi strain bakteri mungkin dapat

taksonomi

dikecualikan.

keterkaitan spesies dapat ditentukan secara

bakteri,

molekuler
yang

antar

dalam
dan

Ketidakmampuan untuk menentukan

objektif. Terutama, studi pasangan asam

spesies atau untuk menemukan konsep

nukleat pada seluruh genom atau gen yang

spesies

berbagai

dipilih membentuk dasar untuk perbandingan

sistem reproduksi dan negara dinamis bahan

antara spesies. Baru-baru ini, analisis urutan

biologis. Jika spesies istilah digunakan untuk

gen telah diterapkan. Metode ini telah

mengekspresikan keanggotaan organisme di

dikonfirmasi, pada tingkat informasi genetik,

peringkat taksonomi, mikrobiologi harus

asumsi

setuju untuk beberapa pedoman untuk

diharapkan bahwa alam "spesies" entitas

memberikan stabilitas, reproduktifitas, dan

tidak dapat diakui sebagai kelompok strain

koherensi dalam taksonomi.

yang secara genetik terisolasi dari tetangga

terpadu

Masa

mencerminkan

lalu

telah

menunjukkan

sebelumnya

menyatakan

dan

filogenetik nya. hibridisasi DNA diakui

kesulitan dalam memasok definisi bahwa

sebagai

mayoritas ahli taksonomi akan menganggap

penjelasan hubungan antara taksa terkait

sebagai konsensus. Menyadari hal

erat, seperti strain dan spesies. Demikian

ini,

metode

yang

superior

untuk

pula, potensi analisis urutan gen coding

menerapkan

untuk rRNA (rRNA studi cistron kesamaan

(baik phenetic struktural dan filogenetik

menggantikan) dan protein tertentu untuk

[evolusi])

menyimpulkan

mengusulkan

evolusi

taksa

melalui

pendekatan
ketika

kemotaksonomi

menyimpulkan

tingkat

atau

hirarki.

Ada

miliaran tahun didokumentasikan dengan

kesepakatan umum bahwa spesies itu adalah

baik (24). Munculnya analisis urutan 16s

"satu-satunya unit taksonomi yang dapat

rRNA dan, dengan beberapa pembatasan,

didefinisikan

reassociation

karena,

asam

nukleat

telah

dalam

dalam

istilah

filogenetik"

prakteknya,

DNA

memungkinkan penentuan apakah taksa yang

reassociation mendekati standar urutan dan

filogenetis homogen dan jika tidak, di mana

merupakan prosedur yang berlaku terbaik

strain kesalahan klasifikasi milik dalam

pada saat ini. Definisi filogenetik spesies

sistem hirarkis. Meskipun informasi yang

umumnya akan mencakup strain dengan ". . .

diperoleh dari penerapan metode ini telah

. , Sekitar 70% atau lebih besar keterkaitan

menunjukkan spesies tertentu yang harus

DNA-DNA dan dengan 5C atau kurang

filogenetis terisolasi, ini mungkin hanya

Tm,"dan" karakteristik fenotipik harus setuju

mewakili keterbatasan saat urutan database

dengan definisi ini. . ., ".

kami, yang langsung digabungkan dengan

Dasar pemikiran untuk menggunakan

ketidakmampuan kita untuk mendeteksi dan

reassociation DNA sebagai standar emas

menyelidiki berbagai keragaman bakteri.

untuk delineasi spesies berasal dari hasil

Munculnya

pendekatan

molekuler

berbagai penelitian, di mana tingkat tinggi

telah menyebabkan pembentukan beberapa

ditemukan korelasi antara kesamaan DNA

aliran dalam sistematika bakteri, misalnya,

dan kemotaksonomi, genomik, serologi, dan

penjelasan hubungan filogenetik, penelitian

kesamaan

deskriptif

informasi

didasarkan pada temuan asli yang DNA untai

filogenetis dan fenotip berdasarkan, studi

tunggal dari dua strain yang berbeda akan

lingkungan bertujuan mengungkapkan taksa

reassociate

mikroba tak berbudaya, dan pengembangan

membentuk

hibrid

metodologi diagnostik. Dalam upaya untuk

mengandung

kurang

membangun dasar umum untuk ini aliran

mispairing (22). Pengukuran lebih besar dari

terpisah, Panitia Ad Hoc pada Rekonsiliasi

70% kesamaan DNA berkorelasi dengan

Pendekatan

(23)

perbedaan kurang dari beberapa persen

menerbitkan daftar rekomendasi taksonomi

dalam stabilitas termal kopel terbentuk

dengan harapan merangsang diskusi tentang

selama reassociation (12). Ad Hoc Komite

topik ini. Panitia mengakui pentingnya

rekomendasi dianggap perbedaan stabilitas

menggabungkan

bakteri

Sistematika

phenetic

sampai

numerik.

batas

Studi

ini

terukur

dan

DNA

jika

untai

dari

15%

basis

termal dari 5C atau kurang akan diperlukan

mempengaruhi satu dari karakter yang

untuk menunjukkan hubungan di tingkat

digunakan dalam karakterisasi fenotipik dari

spesies. Hal ini berdasarkan hasil dari

spesies, nilai-nilai kesamaan DNA akan

ratusan percobaan menggunakan beberapa

kemungkinan besar tidak berubah sampai

format hibridisasi (18). Thermal kestabilan

batas

telah terbukti menurunkan 1-2,2% untuk

memperhitungkan kemungkinan bahwa ada

setiap persen mispairing (6, 22). Meskipun

tingkat

estimasi

amplifikasi gen, mutasi, dan pertukaran

tersebut

menggunakan

dibuat

mispairings

dengan

eksperimental

terukur.
tinggi

materi

Definisi
penataan

genetik

spesies
ulang

selama

ini

genetik,
rentang

diperkenalkan pada fragmen DNA hanya

nonpredictable taksa. Apa nilai ambang 70%

singkat, satu tetap bisa membantah bahwa

tidak memperhitungkan kemungkinan bahwa

organisme

atau

tempo dan modus perubahan berbeda dalam

kesamaan DNA yang lebih besar juga akan

strain prokariotik yang berbeda. Urutan

memiliki

analisis makromolekul dilestarikan telah

yang
minimal

memiliki
96%

70%
DNA

urutan

identitas. Mengingat jumlah pangkalan di

menunjukkan

genom Escherichia coli menjadi 5 X 10 6,

berevolusi isochronically. Apakah efek ini,

perbedaan 2%, atau 105 nukleotida, dapat

bagaimanapun,

menjelaskan

signifikan

reassociation DNA dan apakah hal itu

dalam fenotipe yang diamati antara strain

mempengaruhi nilai reassociation urutan

dari spesies ini. Namun demikian, meskipun

DNA yang sangat mirip tidak diketahui.

perbedaan

yang

penataan ulang genom disebabkan oleh

bahwa
dapat

prokariota
diukur

tidak
dengan

Rekomendasi dari Komite Ad Hoc

perpindahan horisontal gen dan adanya unsur

untuk

bergerak, terdeteksi oleh pola pembatasan

kesamaan dalam batasan spesies bakteri

endonuklease bakteri, pembatasan panjang

diterima dengan baik karena didasarkan pada

fragmen polymorphism, ribotyping, dan

sejumlah besar pengalaman sebelumnya dan

DNA polimorfik acak diperkuat, struktur

hasil eksperimen. Potensi pendekatan ini

utama dari sebagian besar gen yang paling

terbukti baik dan telah diakui selama lebih

mungkin tidak terlibat . Spesies seperti yang

dari 15 tahun (12, 21). Berbagai format

didefinisikan saat ini dalam mikrobiologi

hibridisasi

telah

adalah membangun lebih stabil karena itu

mengukur

keterkaitan

didefinisikan oleh pendekatan polifasik.

hibridisasi, dan kongruensi baik ada di antara

Mengubah peta fisik tidak akan nyata

format ini (setidaknya di antara spesies yang

mempengaruhi

hybridizes

sangat terkait dan strain). Pada tahun 1987,

DNA, dan bahkan jika perubahan genetik

melaporkan sekitar 60% dari semua spesies

sejauh

mana

terus

menerapkan

studi

dikembangkan
DNA

DNA

untuk
dengan

baru digambarkan dalam genera yang ada

dan akurasi mereka dapat diuji; dan ada

atau

tampaknya

diakui

International

sebagai

sinonim

Journal

of

dalam

Systematic

tidak

ketersediaan

ada

batasan

untuk

ketika

kita

urutan

Bacteriology meliputi studi reassociation

mempertimbangkan

aplikasi

gabungan

DNA, 10% dari spesies baru (terutama

teknologi PCR, kloning, dan sekuensing.

spiroplasmas) digambarkan atas dasar uji

Namun, informasi urutan lebih menjadi

serologis , dan 30% dari spesies baru

tersedia, jelas bahwa kekuatan resolusi 16s

digambarkan dengan baik pendekatan ini.

rRNA urutan terbatas ketika organisme yang

Pada tahun 1993, nilai yang sesuai adalah 75,

terkait erat sedang diperiksa (1, 2, 11).

8, dan 3%, masing-masing. Namun, sisanya

Tabel 1. Berbagai derajat homologi di

14% dari deskripsi spesies untuk 1993 berisi

membentang dari 200 nukleotida di

informasi menyimpulkan posisi filogenetik

sepanjang struktur utama pasang 16s

secara eksklusif atas dasar analisis 16s

rRNA dari organisme dengan derajat

rRNA-rRNA

yang berbeda dari keterkaitan

Melalui pengembangan yang sangat

cepat 16s rRNA protokol sequencing dan
berikutnya

database

yang

besar,

16s rRNA homologi (%) antara:

Streptomyces

Posisi

ambofaciens
dan

telah

Streptomyces

menjadi jelas bahwa peran analisis urutan

violaceoruber
98.8

dalam batasan spesies harus dibicarakan

secara terbuka dan didefinisikan. Entah
analisis urutan dapat mengganti komponen
DNA hibridisasi di delineasi spesies, atau

Overall
0-200
201-400
401-600
601-800
801-1000
1001-1200
1201-1400

96.3
98.4
100.0
99.0
100.0
98.9
99.5

mycobacterium

aeromicrobium

phlei dan

erythraeum dan

mycobacterium

rhodococcus

tuberculosis

fascians

96.4

90.9

94.1
97.8
93.1
97.9
100.0
92.8
100.0

80.7
94.6
94.6
85.7
94.0
90.0
94.0

Nilai terendah dicetak tebal.

dapat bertindak sebagai parameter tambahan.

Dalam kedua contoh, akan diperlukan untuk

Struktur utama dari rRNA 16s sangat

mengidentifikasi apakah 16s threshold nilai

kekal, dan spesies memiliki 70% atau

homologi

akan

kesamaan DNA yang lebih besar biasanya

memungkinkan pengakuan ambigu taksa

memiliki lebih dari 97% urut identitas. Ini

pada tingkat spesies. Alasan untuk diskusi

3% atau 45-nukleotida perbedaan tidak

meliputi pertanyaan-pertanyaan ini jelas:

merata tersebar di sepanjang struktur primer

taksonomis melakukan analisis urutan akan

dari molekul tetapi terkonsentrasi terutama di

segera melebihi jumlah orang mengukur

daerah-daerah hypervariable tertentu. Orang

reassociation DNA karena potensi analisis

bisa

tersebut untuk menentukan berbagai jajaran

perbedaan ini dapat digunakan sebagai

rRNA

ada

yang

taksonomi; urutan memiliki dasar rasional

berargumen

bahwa

perbedaan-

ukuran jarak filogenetik antara strain dan

evolusi. Bahkan dengan urutan lengkap,

bahwa untuk penentuan tingkat keterkaitan,

standairdization

analisis urutan bisa dibatasi ke daerah ini

dissimilarities untuk penggambaran spesies

untuk tingkat dekat ini hubungan. Beberapa

di seluruh rentang jalur utama keturunan dari

argumen berbicara menentang kesimpulan

domainsArchaea dan Bakteri tampaknya

ini.

tidak

tidak layak. kemajuan evolusioner baru-baru

hypervariable

ini, terungkap dalam DNA primer-struktur

substansial (20), dan oleh kelalaian orang

divergen dan perubahan fenotipe, terjadi

akan kehilangan informasi yang sudah

pada tingkat yang berbeda dalam baris yang

rendah dalam jumlah dari sudut pandang

berbeda dari keturunan tapi mungkin tidak

statistik. Kedua, posisi daerah hypervariable

ditampilkan secara langsung pada tingkat

adalah takson spesifik dan harus ditentukan

gen rRNA konservatif. Kalibrasi 16s rRNA

untuk organisme baru dengan analisis urutan

jam dari simbion terkait erat kutu daun

molekul lengkap. analisis urutan dari 1.540

mengungkapkan

nukleotida telah menjadi cepat dan murah,

substitusi tetap per 100 juta tahun (14, 15),

dan hanya urutan lengkap memungkinkan

yang berada dalam kisaran yang sama (1%

perbandingan filogenetik terpercaya dengan

substitusi per 60 juta tahun tetap) dihitung

database yang tersedia dari urutan lengkap

untuk

atau hampir lengkap. urutan sangat singkat

Tampaknya masuk akal bahwa dalam zaman

memiliki pengaruh negatif pada stabilitas

ini kemajuan yang signifikan dapat-dibuat

pohon

dalam spesiasi spesies prokariotik, Sangat

Pertama,

terkonsentrasi

jumlah
di

filogenetik,

perbedaan

daerah

dan

jika

karena

berbagai

dari

kesamaan

sekitar

bakteri

sampai

simbion

dianalisis kebutuhan harus dibatasi untuk

pembentukan 16s rRNA katalogisasi, rentang

hanya beberapa ratus, thLen daerah harus

SAB, nilai-nilai yang diindikasikan untuk

dipilih dengan hati-hati untuk mendapatkan

setiap tingkat taksonomi dalam kelompok

yang sama tingkat kesamaan dengan yang

bakteri metanogen (5). Pangkat spesies

diperoleh dari analisis urutan penuh (Tabel

ditunjukkan oleh berbagai SAB, nilai-nilai

1). Ketiga, beberapa perubahan yang sangat

0,55-0,65, yang sesuai dengan 16s rRNA

mungkin menumpuk di daerah hypervariable

homologi

tentu akan mengaburkan silsilah molekul

Ketidakmampuan

dengan mensimulasikan identitas palsu dan

mencerminkan keragaman sejati spesies

masking

metanogen diakui, dan itu tidak dilanjutkan.

sebenarnya

peristiwa

lama

(16).

menarik

sekitar

tak

4%

keterbatasan anggaran jumlah nukleotida

jumlah

bahwa

atau

90-94%
upaya

ini

setelah

(24).
untuk

DNA-DNA reassociation

Gambar 1. Perbandingan 16s rRNA homologi dan nilai-nilai reassociation DNADNA. Simbol dan referensi untuk data adalah sebagai berikut: x, metode filter membran (1);
#, Metode suku renaturasi (3), 1, metode suku renaturasi (4), 2, metode suku renaturasi (13);
3, metode suku renaturasi (19); 0, metode nuklease S1 (21). bar menunjukkan nilai ambang
batas DNA untuk delineasi spesies.
Plot

korelasi

parameter

signifikan lebih rendah dari 70%, yang

filogenetik DNA kesamaan dan 16s rRNA

mengindikasikan bahwa mereka mewakili

homologi tidak linier (Gambar. 1). Hal ini

spesies individu. Spesies istilah rRNA

jelas bahwa setiap metode yang kuat di

kompleks dan rRNA superspecies telah

daerah-daerah

mana

diusulkan untuk organisme yang memiliki

metode lain gagal andal menggambarkan

hampir identik 16s rRNA urutan dan yang

hubungan. analisis urutan 16s rRNA unggul

tidak mungkin menjadi spesies yang sama

dari tingkat domain (mulai dari sekitar 55%

dengan kriteria hibridisasi DNA-DNA juga

homologi) untuk moderat terkait spesies,

(11). Ini mungkin benar untuk benar-benar

yaitu, di bawah 97,5% kesamaan. Di atas

identik 16s rRNA urutan, namun jumlah

nilai ini, nilai-nilai DNA reassociation baik

contoh kecil. Fakta bahwa nilai-nilai DNA

bisa rendah atau setinggi 100%. Beberapa

reassociation mungkin serendah 25% pada

kelompok organisme telah diidentifikasi

rRNA nilai kesamaan 99,8% menunjukkan

yang berbagi hampir identik 16s rRNA

bahwa kekuatan resolusi hibridisasi DNA

urutan tapi di mana DNA hibridisasi secara

secara signifikan lebih tinggi dari analisis

dari

dua

hubungan

di

urutan (1) dan hibridisasi DNA tetap metode

bukanlah

yang

menggantikan reassociation DNA untuk

optimal

untuk

mengukur

tingkat

metode

yang

penggambaran

terkait. Namun, menarik bahwa di urutan

hubungan antar-spesies. Akhirnya gen atau

nilai homologi bawah sekitar 97,5%, tidak

gen klaster akan ditemukan yang, kecuali

mungkin bahwa dua organisme memiliki

untuk karakter yang sangat konservatif,

lebih dari 60 sampai 70% DNA kesamaan

berbagi

dan karenanya bahwa mereka terkait di

filogenetik dengan 16s spesies rRNA besar

tingkat spesies.

dan yang aplikasi untuk analisis filogenetik

Identifikasi

dan

manfaat

pengukuran

dari

penanda

dapat

mencakup rentang yang sama bahwa DNA

diandalkan dari strain tetap tugas yang paling

reassociation tidak hari ini. Analisis 16s

penting dalam taksonomi. Isolat yang dapat

rRNA adalah tambahan yang paling berharga

diidentifikasi secara positif menjadi bagian

untuk

dari sistem klasifikasi. Organisme tidak

bakteri, dan untuk tingkat spesies itu sangat

diklasifikasikan

karena

membantu dalam memutuskan apakah DNA

karakter

untuk

rendah

cepat

dan

untuk

keterkaitan antara organisme yang sangat

semua

spesies

tepat

pertandingan

polifasik

klasifikasi

spesies

reassociation melelahkan perlu dilakukan.

dijelaskan dan posisi filogenetik yang unik

Menurut kompilasi tersedia data, organisme

perlu diperiksa kembali untuk mendapatkan

yang memiliki kurang dari 97,0% homologi

karakter takson-spesifik. Hanya kemudian

urutan tidak akan reassociate untuk lebih dari

isolat

dalam

60%, tidak peduli metode yang hibridisasi

sistem. Kisaran metode untuk melakukan

diterapkan. nilai ambang rRNA ini harus

tugas

telah

lebih rendah untuk menjaga fleksibilitas

signifikan

melalui

dalam rekomendasi untuk definisi filogenetik

Melalui

spesies

ini

ditugaskan

identifikasi

diperpanjang

tempatnya

dan

secara

setiap

pendekatan

klasifikasi

pengenalan

teknik

molekuler.

penerapan

teknologi

PCR,

otomatis,

elektroforesis

sekuensing

parameter

reassociation

DNA. Pada akhirnya itu adalah ada atau

dan

tidak adanya fenotipe koherensi antara strain

oligonukleotida menyelidik, kecepatan di

yang harus menjadi faktor penentu apakah

mana analisis molekuler dapat dilakukan

untuk menggambarkan spesies sama sekali

hati. Dibandingkan dengan metode ini,

dan apakah untuk menggambarkan spesies di

beberapa format DNA hibridisasi dengan

60% atau di tingkat kemiripan 80% DNA-

karakter

DNA.

noncumulative

lapangan,

dengan

mereka

dan

ketergantungan pada beberapa parameter

fisika muncul usang. Namun demikian, bukti
kuat bahwa urutan analisis 16s rRNA

Daftar Pustaka

6. Bautz, E. K. F., and F. A. Bautz.

1964.

1. Amann, R. I., C. Lin, R. Key, L.

The

influence

noncomplementary

bases

on

of
the

Montgomery, and D. A. Stahl.

stability of ordered polynucleotides.

1992. Diversity among Fibrobacter

Proc. Natl. Acad. Sci. USA 52:1476-

strains:

1481.

towards

phylogenetic

classification. Syst. Appl. Microbiol.

1523-31.

Ibrahim, and E. Stackebrandt.

2. Ash, C., J. A. E. Farrow, M.

Dorsch, E. Stackebrandt, and M.
D.

Collins.

analysis

7. Brenner, D. J., A. G. Steigerwalt, A.

of

1991.

Comparative

Bacillus

anthracis,

Unpublished data.
8. Cohn, F. 1872. Untersuchungen uber
Bacterien. Beitr. Biol. Pfl. Heft 2
1:127-224.

Bacillus cereus, and related species

9. Cohn, F. 1876. Untersuchungen iiber

on the basis of reverse transcriptase

Bacterien IV. Beitr. Biol. Pfl. Heft

sequencing of 16s rRNA. Int. J. Syst.

2:249-277.

Bacteriol. 41:343-346.

10. Cowan, S. T. 1968. A dictionary of

3. Baess, I. 1982. Deoxyribonucleic

acid relatedness among species of

microbial taxonomic usage. Oliver

and Boyd, Edinburgh.

rapidly growing mycobacteria. Acta

11. Fox, G. E., J. D. Wisotzkey, and P.

Pathol. Microbiol. Immunol. Scand.

Jurtshuk, Jr. 1992. How close is

Sect. B 90:371-375.

close: 16s rRNA sequence identity

4. Baess, I. 1983. Deoxyribonucleic

may not be sufficient to guarantee

acid relationships between different

species

serovars of Mycobactenurn avium,

Bacteriol. 42166-170.

Mycobactenum intracellulare and

12. Johnson,

identity.
J.

Int.

L.

J.

Syst.

1985.

DNA

Mycobactenurn scrofulaceum. Acta

reassociation and RNA hybridization

Pathol. Microbiol. Immunol. Scand.

of bacterial nucleic acids. Methods

Sect. B 91:201-203.

Microbiol. 28:33-74.

5. Balch, W. E., G. E. Fox, L. J.

13. Ludwig, W., G. Mittenhuber, and

Magrum, C. R. Woese, and R. S.

C. G. Friedrich. 1993. Transfer of

Wolfe.

Thiosphaera

1979.

Methanogens:

pantotropha

to

reevaluation of a unique biological

Paracoccus denitiificans. Int. J. Syst.

group. Microbiol. Rev. 43:260-296.

Bacteriol. 43:363-367.

14. Moran, N., and P. Baumann. 1994.

Phylogenetics
inherited

of

cytoplasmically

microorganisms

of

arthropods. Trends Ecol. Evol.

20. Stackebrandt, E., W. Liesack, and

D. Witt. 1992. Ribosomal RNA and
rRNA

sequence

analyses.

Gene

115255260.

15. Moran, N. A., M. A. Munson, P.

21. Steigerwalt, A. G., G. R. Fanning,

Baumann, and H. Ishikawa. 1993.

M. A. Fife-Ashbury, and D. J.

A molecular clock in endosymbiotic

Brenner. 1976. DNA relatedness

bacteria is calibrated using the insect

among species of Enterobacter and

hosts. Proc. R. SOC. London Ser. B

Serratia. Can. J. Microbiol. 22:121-

253:167-171.

137.

16. Ochman, H., and A. C. Wilson.

22. Ullmann, J. S., and B. J. McCarthy.

1987. Evolution in bacteria: evidence

1973.

for a universal substitution rate in

mismatched

cellular genomes. J. Mol. Evol. 2674-

thermal stability of DNA duplexes.

86.

Biochim. Biophys. Acta 294:416-

17. Ravin, A. W. 1963. Experimental

approaches to the study of bacterial
phylogeny. Am. Nat. 97:307-325.
18. Schleifer,

K.

base

pairs

between
and the

424.
23. Wayne, L. G., D. J. Brenner, R. R.
Colwell, P. A. D. Grimont, 0.
Kandler, M. I. Krichevsky, L. H.

Molecular

Moore, W. E. C. Moore, R. G. E.

systematics of prokaryotes. Annu.

Murray, E. Stackebrandt, M. P.

Rev. Microbiol. 37:143-187.

Starr, and H. G. Triiper. 1987.

1983.

and

relationship

E.

Stackebrandt.

H.,

The

19. Spaeth, G. 1989. herpriifung der

Report of the Ad Hoc Committee on

taxonomischen Stellung von Bacillus

Reconciliation

anthracis

DNA

Bacterial Systematics. Int. J. Syst.

Ph.D.

Bacteriol. 37:463-464.

mit

Hybridisierungs

Hilfe

der

Technik.

thesis. University Giessen, Giessen,

Germany.

24. Woese,

C.

of Approaches

R.

1987.

to

Bacterial

evolution. Microbiol. Rev. 51:221271. 9: 15-20