BIOLOGI MOLEKULER

LBM 2 SGD 18
STEP 1

Senyawa: Kumpulan beberapa unsur yang memiliki sifat yang disatukan

dengan ikatan-ikatan kimia
Unsur: zat tunggal yang tidak dapat diuraikan menjadi zat lain yang lebih
sederhana
Senyawa Organik : senyawa yang mengandung C dan H
Senyawa Anorganik: senyawa pada alam yang umumnya menyusun
material benda-benda tak hidup
Biomolekul: senyawa- senyawa organik sederhana pembentuk organisme
hidup dan bersifat khas sebagai produk aktifitas biologis dan polifungsionil
Ekspresi gen: proses penerjemahan informasi genetik
Karbohidrat: senyawa organik yang melimpah di bumi, terbentuk dari
C,H,O nama lainnya hidrat arang
Makromolekul: molekul yang sangat besar
Sintesa protein: proses pembentukan protein dari asam amino yang
dikendalikan dari nukleus oleh DNA
Asam nukleat: suatu polimer nukleutida yang berperan dalam
penyimpanan serta pemindahan informasi genetik yang berhubungan
dngan pewarisan sifat turunan
Lipid: zat yang tidak larut dalam air
Protein: terbentuk dari C,H,O,N, dan sangat penting untuk makhluk hidup
karena komposisinya sangat besar

STEP 2
1. Bagaimana metode untuk memisahkan dan memurnikan biomolekul?
2. Apa perbedaan senyawa organik dan anorganik?
3. Jenis makan apa saja yang mengandung sumber protein, karbohidrat dan
lipid?
4. Apa fungsi dari protein, karbohidrat dalam sel?
5. Apa fungsi dari asam nukleat, lipid dalam sel?
6. Apa saja enzim yang berperan dalam sintesis protein?
7. Bagaimana proses sintesis protein?
8. Apa saja klasifikasi karbohidrat?
9. Apa akibat kekurangan protein?
10.Bagaimana klasifikasi penggolongan protein?
11.Apa saja jenis-jenis asam nukleat dan perbedaannya?
12.Faktor apa saja yang mempengaruhi ekspresi gen?
13.Kesalahan apa saja yang terdapat dalam ekspresi gen?
14.Fungsi air,gas, dan garam mineral dalam aktifitas sel?

STEP 3
1. Bagaimana metode untuk memisahkan dan memurnikan biomolekul?

 Fraksionasi garam: pengendapan

Kromatografi: teknik pemisahan molekul berdasaran pola gerak
Elektroforesis: pemisahan bahan dengan muatan listrik
Ultrasentrifugasi: pemisahan fraksi sub seluler
2. Apa perbedaan senyawa organik dan anorganik?
Ada dan tidak C,H
Organik: terdapat unsur C,contohnya:metana, etana, dll
Anorganik: tidak terdapat unsur C,contohnya: asam carbonat, asam
sulfat
Asalnya
Organik: makhluk hidup dan sintesa
Anorganik: sumber daya mineral
Sifanya
Organik: mudah terbakar
Anorganik: sukar terbakar
3. Jenis makan apa saja yang mengandung sumber protein,
karbohidrat,asam nukeat dan lipid?
Protein: hewani :daging, ikan, telur, susu
nabati: kacang-kacangan
Karbohidrat: roti, gandum, beras, kentang, singkong
Lipid : daging, minyak kelapa, minyak hewani
Asam nukleat: Buah-buahan, sayur
4. Apa fungsi dari protein, karbohidrat dalam sel?
Protein:
1. Struktural: membangun tubuh
2. Fungsional: sebagai enzim, atau hormon untuk anti bodi
Karbohidrat
1. Sebagai sumber energi utama
2. Penyeimbang asam basa dalam tubuh
3. Membantu pencernaan
4. Membentuk struktur sel
5. Apa fungsi dari asam nukleat, lipid dalam sel?
Asam Nukleat:
1. Mengatur biosintesa protein
2. Membawa informasi genetik
3. Sebagai ko enzim dan pembawa energi
4. Memproduksi komponen-komponen komplek dari satu generasi ke
generasi lainnya
Lipid:
1. Sumber energi
2. Pembentukan hormon
3. Pembentukan sel
4. Melindungi organ vital dari goncangan
5. Melindungi dari suhu dingin
6. Sbagai pelumas
7. Sumber asam lemak esensial
8. Sebagai sarana sirkulasi nergi didalam tubuh
6. Apa saja enzim yang berperan dalam sintesis protein?
1. DNA polimerase

2. RNA polimerase
7. Bagaimana proses sintesis protein?
1. Transkripsi
Sintesis molekul RNA dalam DNA template
2. Translasi
Proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada dalam rangkaian
asam amino
8. Apa saja klasifikasi karbohidrat?
1. Monosakarida: karbohidrat sederhana karena molekulnya terdiri dari
beberapa atom C dan tidak dapat diuraiakan dengan cara hodrolisis
(glukosa,fruktosa,galaktosa)
2. Disakarida: karbohidrat yang terbentuk dari 2 molekul monosakarida
yang berikatan melalui gugus OH dengan melepas molekul air
(sukrosa,maltosa,laktosa)
3. Polisakarida: karbohidrat yang terbentuk dari banyak sakarida
(amilum,glikogen,selulosa)
9. Apa akibat kekurangan protein?
Daya tahan tubuh turun
10.Bagaimana klasifikasi penggolongan protein?
11.Apa saja jenis-jenis asam nukleat dan perbedaannya?
12.Faktor apa saja yang mempengaruhi ekspresi gen?
13.Kesalahan apa saja yang terdapat dalam ekspresi gen?
14.Fungsi air,gas, dan garam mineral dalam aktifitas sel?
STEP 4
SEL
BIOMOLEK
UL
ORGANIK
1.
2.
3.
4.

PROTEIN
KARBOHIDRAT
LIPID
ASAM
NUKLEAT

ANORGANIK
1. AIR
2. GAS
3. GARAM
MINERAL

STEP 7
1. Bagaimana metode untuk memisahkan dan memurnikan biomolekul?
TEKNIK-TEKNIK PEMISAHAN
a. Ultrafiltrasi
metode filtrasi yang menggunakan membrane ultrafiltasi yaitu
membrane yang sangat kecil sehingga molekul air, garam dan

molekul berukuran kecil lain yang tidak dibutuhkan akan dapat keluar
melalui membrane sedangkan protein target tidak bisa keluar
b. Dialysis
Metode pemisahan protein degan menggunakan kantong dialysis
yang memiliki sifat membrane permeable dengan ukuran pori sangat
kecil. Prinsip dari metode ini adalah osmosis larutan dari konsentrasi
tinggi ke konsentrasi rendah.
c. Salting out
yaitu teknik pemisahan protein yang didasarkan pada perbedaan
tingkat kelarutan protein pada larutan garam denagn konsentrasi
tertentu
d. Kromatografi kolom
yaitu pemisahan molekul yang didasarkan pada interaksi antara
molekul yang dipisahkan denagn fase diam dan fase gerak metode
ini biasa dapat di bedakan menjadi beberapa macam
1.
berdasarkan muatan (k. penukar ion)
2. ukuran molekul (k. filtrasi gel)
3. kepolaran (hidrofobik)
4. spesifikasi (k. afinitas)
http://www.scribd.com/doc/47915293/pemisahan_dan_pemurnian _zat
Fraksionasi garam yaitu pengendapan ( pengendapan protein dengan
ammonium sulfat )
Sumber : Biokimia Harper, Halaman 2, Edisi 27, Penerbit EGC
2. Apa perbedaan senyawa organik dan anorganik?

Sumber: Krisno, Agus. 2002. Dasar-dasar Ilmu Gizi. Universitas

Muhammadiyah Malang. Malang
H
I
CH4 = H C - H

I
H
NaCl = NaOH + HCL

NaCl + H2O

Sumber : Biokimia Harper, Edisi 27, Penerbit EGC

3. Jenis makan apa saja yang mengandung sumber protein, karbohidrat
dan lipid?
Protein : Susu, Kacang kacangan
Karbohidrat : Gandum, Jagung, Ketela,
Lipid : Lipid : daging, minyak kelapa, minyak hewani
Asam nukleat: Buah-buahan, sayur
Sumber :
http://subandiyono.community.undip.ac.id/files/2010/07/Karbohidrat_dll
.pdf
Protein
Susu

Susu adalah sumber protein terbaik, karena protein dari sumber ini pada umumnya
lebih mudah dicerna dan diserap tubuh. Selain mengandung protein yang sempurna,
susu juga mengandung kalsium dan fosfor sehingga sangat baik bagi anak-anak yang
masih dalam masa pertumbuhan dan ibu menyusui.
Daging dan semua jenis ikan
Sumber lain dari protein yang baik adalah daging dan semua jenis ikan. Selain banyak
mengandung protein, daging juga mengandung banyak zat besi, fosfor, dan vitamin B
kompleks. Namun juga perlu diperhatikan bahwa daging hewan juga mengandung
seperti racun yang harus pisahkan dan dikeluarkan oleh ginjal. Jadi, jika terlalu
berlebihan mengkonsumsi daging bisa memberatkan kerja ginjal dan menyebabkan
masalah kesehatan lainnya.
Kacang-kacangan
Protein juga bisa diperoleh dari sumber nabati. Biji-bijian dan kacang-kacangan
adalah sumber protein nabati terbaik, seperti halnya kacang kedelai termasuk semua
produknya yaitu tempe, tahu ataupun susu kedelai. Namun protein nabati tidak
selengkap seperti halnya protein hewani, sehingga kita tidak bisa mencukupi
kebutuhan protein tubuh kita hanya dengan mengandalkan sumber nabati.
American Journal of Clinical Nutrition

4. Apa fungsi dari protein, karbohidrat dalam sel?

Protein:
Sebagai enzim Hampir semua reaksi biologis dipercepat atau dibantu
oleh enzim. Komponen terbesar enzim adalah protein
Alat Pengangkut dan Alat Penyimpan
Banyak molekul dengan BM kecil serta beberapa ion dapat diangkut atau

dipindahkan oleh protein-protein tertentu. Misalnya hemoglobin

mengangkut eritrosit, 21
mioglobin mengangkut oksigen dalam otot. Ion besi diangkut dalam
plasma darah oleh
transferin .
Pengatur Pergerakan
Gerakan otot terjadi karena adanya dua molekul protein yang saling
bergeseran.
Pergerakan flagela sperma disebabkan oleh protein.
Penunjang Mekanis
Kekuatan dan daya tahan robek kulit dan tulang disebabkan adanya
kolagen,
suatu protein berbentuk bulat panjang dan mudah membentuk serabut.
Pertahanan Tubuh / Imunisasi
Pertahanan tubuh biasanya dalam bentuk antibodi, yaitu suatu protein
khusus
yang dapat mengenal dan menempel atau mengikat benda-benda asing
yang masuk ke
dalam tubuh seperti virus, bakteria, dan sel-sel asing lain. Protein ini
pandai sekali
membedakan benda-benda yang menjadi anggota tubuh dengan bendabenda asing
sumber :
http://file.upi.edu/Direktori/FPTK/JUR._PEND._KESEJAHTERAAN_KELUARGA/1
97807162006042-AI_MAHMUDATUSSA'ADAH/PROTEIN.pdf
5. Apa fungsi dari asam nukleat, lipid dalam sel?

Karbohidrat

Bahan bakar (sumber karbon)

Memperkuat dinding sel
tumbuhan
Menyimpan glukosa untuk
energi
Memperkuat eksoskeleton dan
dinding sel fungi

Protein:
Sebagai enzim Hampir semua reaksi biologis dipercepat atau dibantu
oleh enzim. Komponen terbesar enzim adalah protein
Alat Pengangkut dan Alat Penyimpan
Banyak molekul dengan BM kecil serta beberapa ion dapat diangkut atau
dipindahkan oleh protein-protein tertentu. Misalnya hemoglobin
mengangkut eritrosit, 21
mioglobin mengangkut oksigen dalam otot. Ion besi diangkut dalam
plasma darah oleh
transferin .
Pengatur Pergerakan
Gerakan otot terjadi karena adanya dua molekul protein yang saling
bergeseran.

Pergerakan flagela sperma disebabkan oleh protein.

Penunjang Mekanis
Kekuatan dan daya tahan robek kulit dan tulang disebabkan adanya
kolagen,
suatu protein berbentuk bulat panjang dan mudah membentuk serabut.
Pertahanan Tubuh / Imunisasi
Pertahanan tubuh biasanya dalam bentuk antibodi, yaitu suatu protein
khusus
yang dapat mengenal dan menempel atau mengikat benda-benda asing
yang masuk ke
dalam tubuh seperti virus, bakteria, dan sel-sel asing lain. Protein ini
pandai sekali
membedakan benda-benda yang menjadi anggota tubuh dengan bendabenda asing
sumber :
http://file.upi.edu/Direktori/FPTK/JUR._PEND._KESEJAHTERAAN_KELUARGA/1
97807162006042-AI_MAHMUDATUSSA'ADAH/PROTEIN.pdf
6. Apa saja enzim yang berperan dalam sintesis protein?

RNA polimerase II pada organisme Eukaryotik

Sumber: Campbell. Edisi 8.
7. Bagaimana proses sintesis protein?
a. Transkripsi
1. Inisiasi
Transkripsi dimulai di promoter (urutan DNA spesifik) pada DNA ketika
RNA polimerase menempel pada promoter
2. Elongasi
Proses penambahan asam aminosatu per satu ke rantai peptida yang
sedang terbentuk sehingga untai RNA ini memanjang
3. Terminasi
Terminasi terjadi jika kodon stop dijumpai
b. Translasi
Proses ini melibatkan tRNA, rRNA, mRNA, dan ribosom
1. Inisiasi
mRNA masuk ke ribosom ribosom membaca kodon yang masuk
tRNA membawa antikodon
2. Elongasi
Asam amino ditambahkan dirangkai membentuk dipeptida
3. Terminasi
Terminasi terjadi jika kodon stop dijumpai, polipeptida yang dibentuk
kemudian diproses menjadi protein
Sumber: Murray, Robert K. 2009. Biokomia Harper Edisi 27. EGC: Jakarta
8. Apa saja klasifikasi karbohidrat?

. Monosakarida : terdiri atas 3-6 atom C dan zat ini tidak dapat lagi
dihidrolisis oleh larutan asam dalam air menjadi karbohidrat yang lebih
sederhana. berikut macam-macam monosakarida : dengan ciri utamanya
memiliki jumlah atom C berbeda-beda : triosa (C3), tetrosa (C4), pentosa
(C5), heksosa (C6), heptosa (C7).
Triosa : Gliserosa, Gliseraldehid, Dihidroksi aseton
Tetrosa : threosa, Eritrosa, xylulosa
Pentosa : Lyxosa, Xilosa, Arabinosa, Ribosa, Ribulosa
Hexosa : Galaktosa, Glukosa, Mannosa, fruktosa
Heptosa : Sedoheptulosa
2. Disakarida : senyawanya terbentuk dari 2 molekul monosakarida yg
sejenis atau tidak. Disakarida dapat dihidrolisis oleh larutan asam dalam
air sehingga terurai menjadi 2 molekul monosakarida.
hidrolisis : terdiri dari 2 monosakarida al
sukrosa : glukosa + fruktosa (C 1-2)
maltosa : 2 glukosa (C 1-4)
trehalosa 2 glukosa (C1-1)
Laktosa : glukosa + galaktosa (C1-4)
3. Oligosakarida : senyawa yang terdiri dari gabungan molekul2
monosakarida yang banyak gabungan dari 3 6 monosakarida,misalnya
maltotriosa
4. Polisakarida : senyawa yang terdiri dari gabungan molekul- molekul
monosakarida yang banyak jumlahnya, senyawa ini bisa dihidrolisis
menjadi banyak molekul monosakarida. Polisakarida merupakan jenis
karbohidrat yang terdiri dari lebih 6 monosakarida dengan rantai
lurus/cabang.

Sumber : http://habibana.staff.ub.ac.id/2014/06/30/pengertiankarbohidrat-klasifikasi-karbohidrat-dan-metabolisme-karbohidrat/
9. Apa akibat kekurangan protein?
Akibat kekurangan protein :
- Gangguan pertumbuhan
- Mudah terkena infeksi

- Kwashiorkor (busung lapar)

a.Kwashiokor

Oudema,umumnya seluruh tubuh,terutama pada pada punggung kaki (dorsum pedis )

Wajah membulat dan sembab

Pandangan mata sayu

Rambut tipis, kemerahan seperti warna rambut jagung, mudah dicabut tanpa rasa sakit,rontok

Perubahan status mental, apatis dan rewel

Pembesaran hati

Otot mengecil(hipotrofi), lebih nyata bila diperiksa pada posisi berdiri atau duduk

Kelainan kulit berupa bercak merah muda yang meluas dan berubah warna menjadi coklat
kehitaman dan terkelupas

Sering disertai penyakit infeksi, umumnya akut,anemia dan diare.

- Marasmus dan bisa berujung pada kematian

Tampak sangat kurus,tinggal tulang terbungkus kulit

Wajah seperti orang tua

Kulit keriput,jaringan lemak subkutis sangat sedikit sampai tidak ada

Perut cekung

Sering disertai , penyakit infeksi( umumnya kronis berulang), diare

kronis atau konstipasi/susah buang air.

- Kerontokan rambut (rambut banyak mengandung protein dan keratin)

Daya tahan tubuh turun

Sumber : http://lib.ui.ac.id/file?file=digital/126104-S-5830-Kejadian
%20KEP-Literatur.pdf
10.Bagaimana klasifikasi penggolongan protein?

STRUKTUR
Primer

KRITERIA
1. Adalah suatu sekuens
unik asam aminonya

Sekunder

Tersier

Kuartener

1. Sebagian besar protein

memiliki segmen
segmen dalam rantai
polipeptidanya yang
terkumpar atau terlipat
secara berulang dalam
pola-pola yang
berkontribusi bagi
keseluruhan bentuk
protein tersebut
1. Struktur tumpukan di
atas pola struktur
sekunder
1. Struktur keseluruhan
protein yang merupakan
hasil dari agregasi
subunit-subunit
polipeptida ini.

11.Apa saja jenis-jenis asam nukleat dan perbedaannya?

www.biologi-sel.com/2012/11/konsep-gen-DNA-dan-kromosompart4_3.html.
12.Faktor apa saja yang mempengaruhi ekspresi gen?

Sumber : Ekspresi Gen pada Sel Eukariotik . Eva Sartini Bayu .

Fakultas Pertanian . Universitas Sumatera Utara . 2005
http://repository.usu.ac.id/bitstream/123456789/1099/1/pemuliaan
%20tanaman-eva.pdf
13.Penyimpangan apa saja yang terdapat dalam ekspresi gen?
1. Struktur kromatin, misalnya ketika terjadi perubahan struktur kromatin
sehingga kesalahan dalam modifikasi histon sehingga terjadi metilasi
sehingga tidak dapat melakukan hubungan dengan RNA polimerase dan
transkripsi terganggu.
2. Kontrol epigenik. Epigenik adalah ekspresi gen yang disebabkan oleh
mekanisme selain perubahan sekuens DNA dasar. Apabila terjadi
kesalahan pada pola untuk ekspresi gen dan terjadi modifikasi histon,
metilasi DNA dan hal-hal lainnya maka transkripsi akan terganggu juga.
3. Inisiasi transkripsi, merupakan komponen paling penting karena tanpa
adanya hal ini maka transkripsi tidak akan berlangsung. Inisiasi
transkripsi termasuk enhancer, protein aktivasi dan protein untuk
inhibisi.
4. Proses transpor dan modifikasi, pada proses ini intron harus dibuang
dengan akurat untuk mencegah terbentuknya protein yang berbeda.
5. RNA transpor, berperan dalam membawa asam amino.
6. Stabilitas transkripsi, hasil transkripsi harus mampu untuk bertahan lama
dan menjalankan fungsi mengirimkan kodon ke ribosom dengan baik.
7. Inisiasi translasi, apabila proses inisiasi pada kodon metionin tidak
dilaksanakan dengan baik, maka ekspresi gen akan berbeda
8. RNA kecil dan kontrol terhadap tahapan transkripsi, penelitian terbaru
menunjukkan bahwa RNA kecil berfungsi dalam mengontrol tahapan
dalam transkripsi RNAm dan stabilitas dari RNAm, bahkan perubahan
pada struktur kromatin.
9. Modifikasi pasca-translasi, seperti proses glikosilasi, asetilasi, dll apabila
terganggu akan menyebabkan ekspresi gen dan fungsi seluler yang
berbeda juga.
10.Protein transpor, untuk mengantarkan protein hasil translasi dan hasil
modifikasi pasca-translasi ke tempat yang dituju untuk bekerja.

11.Kontrol terhadap stabilitas protein, ada beberapa protein yang cepat

terdegradasi dan ada beberapa yang sangat stabil. 4
Peters Ann. BMA illustrated medical dictionary: Essential A-Z quick
reference to over 5,000 medical terms. 2nd ed. London: Dorling
Kindersley; 2007
14.Fungsi air,gas, dan garam mineral dalam aktifitas sel?
Fungsi air;
Air merupakan media transpor berbagai zat yang terlarut atau yang
tersuspensi untuk berdifusi atau bergerak dari suatu bagian sel ke bagian
sel yang lain.
Air merupakan media berbagai proses reaksi-reaksi enzimatis yang
berlangsung di dalam sel.
Air digunakan untuk mengabsorbsi panas dan mencegah perubahan
temperatur yang drastis atau mendadak di dalam sel.
air sebagai bahan baku untuk reaksi hidrolisis dan sintesis karbohidat .
misal dalam fotosintesis
Fungsi Garam Mineral :
1. Fungsi osmosis, dalam arti bahwa konsentrasi total garam-garam terlarut
berpengaruh terhadap pelaluan air melintasi membran sel
2. Fungsi yang lebih spesifik, yaitu peran seluler setiap ion terhadap struktur
dan fungsi dari partikel-partikel seluler dan makromolekul.
3. Mengatur tekanan osmotik sedangkan ion-ion garam menentukan struktur
makromolekul.
Contoh : garam fosfat, karbonat, klorida, sulfat dari kalsium, natrium dan
magnesium.
Arifin, Zainal., 2008, Beberapa Unsur Mineral Esensial Mikro Dalam Sistem
Biologi Dan Metode Analisisnya, Jurnal Litbang Pertanian, Vol. 27. Balai Besar
Penelitian Veteriner. Bogor.

SGD 18
Ketua : Septi Ali Sadyan N P
Scriber

: Puspita Widya Adryanti

Anggota:
1. Afifah N A
2. Ahmad Al Furqon
3. Akmil Lana
4. Fathia Kesuma Dewi
5. M Charis Mawardi
6. Monika Fatma Aulianita
7. Nadya Sahnaz
8. Rina Pramono
9. Septiani Ratna H
10.Tomy R Sandriya
11.Verdita Mustika