Dalam menduga kemampuan ikatan asam nukleat in vivo, pengamatan sangat kuat dan

penting bagi dua alasan pertama, struktur dasar mendorong bahwa sisi ikatan dibuat dari
lembaran beta secara konvensionalyang mungkin model umum bagi interaksi protein DNA dari
tipe lain. Kedua; system prealbumin tiroksin mungkin mendapatkan sejarah namun merupakan
keterangan yang penting untuk mengetahui mode aksi aktivitas biologis dari kompleks tiroksininti reseptor.
Bagian yang mempertemukan geometris DNA terbuat dari komponen lembaran beta
bagian luar yang tidak digunakan dalam pembentukan kanal tiroksin. Benang asli pasangan
lembaran member pasangan berikatan kuat dari lengan yang jaraknya tepat pada bagian yang
melingkar dari heliks DNA (Gambar 6.15). mereka kaya akan asam amino yang polar. Kelipatan
dua simetris dari prealbumin sekali lagi sangat berguna di dalam dua lipatan simetris dari heliks
dan DNA (Gambar 6.16). model yang terinci masih dalam pencarian, tetapi elemen pengamatan
didalam komunikasi antara sisi ikatan hormone dan sisi ikatan dari DNA telah diketengahkan. Itu
adalah Try-116, ditempatkan sehingga gugus peptidanya terlibat di dalam struktur beta dari
tempat hormone dengan gugus hidroksil dapat menjadi ikatan hydrogen pada DNA. Kita dapat
menjelaskan suatu pro-duktifitas penelitian secara ekstrim dari interhaksi ganda dalam system
model ini.

4.3 Reseptor Asetilkholin

Reseptor asetilkholin dalam transmisi infuse saraf melintasi simpangan sinapsis. Molekul
reseptor bertindak sebagai pengikat sisi utama bagian pelepasan asetilkholin selama pemacuan
dalam sinapsis. Pada pengikatan aselkholin reseptor bertindak untuk menaikan premeabilitas ion
dari jaringan postsinapsis (setelah sinapsis). Molekul reseptoryang merupakan sebagian
membrane protein yang tidak larut dalam air yang belum dapat dikristalkan dengan cara biasa.
Stroud dan kawan sekerjanya telah mempersiapkan lembaran tipis yang kaya akan preparat
reseptor yang menunjukan order 2 dimensi. Sampel seperti itu sangat baik untuk penelitian
dengan sinar X maupun penelitian mikroskopik electron. Walaupun pemisahan (resolusi atau
daya pisah) yang diperlukan lebih rendah (pada saat ini lebih kurang 20 ), daripada
mendapatkan Kristal 3 dimensi.
Hasil sinar X menunjukan protein reseptor tersusun asimetrik dalam lemak dua lapis. Dia
menunjukan 55 pada satu tempat (bagian luar) dari mebran yang kira-kira 15 pada tempat
yang lain. Lemak dua lapis mempunyai garis tengah sekitar 40 , ketiga refleksi sinar X
mmembawa informasi tentang organisasi lemak dan protein. Suatu refleksi kuat pada 4,5 ,
digambarkan sebagai rantai hidrokarbon yang caikr. Pada suatu refleksi yang lemah 4,2
menduga sesuatu yang kecil tetapi tak terukur dari sejumlah yang telah terkristalkan. Suatu
refleksi yang kuat pada 5,2 karakteristik sepanjang struktur heliks alfa, sama dengan yang

didapatkan dalam bakteri orodopsi, membrane protein yang lain dipelajari pada saat ini. Heliks
pajangnya lebih kurang 80 dan menjalar tegak lurus pada bidang dua lapis. Seluruh bentuk
dari greseptor asetilkholin pada saat yang dapat dilihat dengan kemampuan daya pisah sekarang
seperti buah manisan bentuk bola dengan memperlihatkan saluran permukaan luar. Bila dikambil
bersama keterangan itu mendrong bahwa reseptor asetilkholin adalah integral dengan protein
membrane. Yang menggunakan bagian akhir dasar membrane ini agak konsisten dengan
peranannya sebagai kanal ionofortik.
5.

INTERAKSI OBAT NUKLEOTIDA

Sobell dan kawan sekerjanya telah mempelajari sejumlah komplek sebagai model interaksi
obat-DNA Kristal dibuat dari obat dengan dinukleotida yang dimodifikasi. Penelitian itu
melibatkan antibiotic aktinomisin dengan dioksiguanosin, dengan kerangka lapisan mutagen 9amino akridin dengan 5-iodostidil (3-5) guanosin, vdan tripanosid etidium bromide dengan 5iodouridili (3-5) adenosine dalam tiap hal obat yang mengandung system aromatic planar yang
lebar dapat tersisipkan diantara basis dinukleotid. Obat-obat ini mungkin mendapatkan aktivitas
sitotoksisnya dan interferensi langsung dengan transkripsi dan reflikasi dari DNA. Maka
umumnya mereka itu menarik dalam kisaran yang luas bagi problema didalam biologi molekuler
maupun dalam farmakologi.
Tiga struktur mempunyai beberapa hal penting yang umum: adanya dua lipatan simetris;
penyisipan teramati sebagai satu model ikatan; ikatan hydrogen dan interaksi penimbunan adalah
penting di dalam tiap-tiap system. Keterangan singkat akan diberikan dibawah.
5.1 Aktinomisin
Komplek kristalin yang mengandung 1 molekul aktinomisin 2 dioksiguanomisin dan 12
molekul air (Gambar 6.17). berinteraksi guanosin dengan rantai siklis pentapolipeptida dari
aktinomisin maupun timbunan pada sisi yang berlawanan dari cincin fenosason. Ikatan hydrogen
berhubungan dengan gugus guanine 2-amino dengan oksigen karbonil dari residu treonin dan
guanine N-3 diikat pada NH dari stereonin yang sama. Kedua deoksiguanosin merupakan anti
konformasi. Satu residu tersusun C3-endo C2 endo C2 ekso dan yang lain adalah C2 dan C3 ekso
stokiometris satu banding dua dari komplek merupakan hasil langsung dari dua lipatan simetris
dari aktinomisin.
5.2 9-Amino Akridin
Unit sel dari kompleks 9-amino akrolin berisi empat akridin, 4-sitidil guanosin dan 24 dari
pasangan basa C-G (Gambar 6.18a). yang kedua adalah posisi asimetris dari akridin dengan
memperhatikan (Gambar 6.18b). Interaksi sistemetris akan menjadi penyisipan normal pada
heliks ganda. Geometric asimetrik akan cendrung bagi untaian tunggal dan mungkin bertanggung
jawab bagi stabilitasasi dari putaran butiran tunggal DNA yang dipikirkan menjadi sumber
kerangka lapisan mutasi.

5.3 Editium Bromid

Sel basis berisi dua iodouridil adenosine, bergandengan bersama oleh pasangan basa
Watson-Crick. Dua molekul editium didapatkan dalam lingkungan yang berbeda, satu
tersisipkan, yang lain tertimbun di antara basa di dalam nukleotid yang terpisah. Editium yang
tersisip dijabarkan sehingga gugus fenil dan etil terletak dalam lubang yang sempit dan heliks
miniature (gambar 6.19). gugus amino pada editium adalah dekat dengan adenosine 0 5
fosfodieter oksigen. Molekul editium yang tertimbun terletak berlawanan arah dengan iodium
atom pada urasil. Gugus amino tidak dekat dengan fosfat dan sebetulnya membentuk ikatan
hydrogen pada molekul air. Terdapat 7o dari heliks ganda tak berputar pada penyisipan editium
bromide. Efek ini diduga untuk melawan tak berputarnya seputar heliks DNA, dengan adanya
editin bromide.
Penelitian ini dikerjakan bersama, maka jelas mendukung hipotesis penyisipan dari
Lerman. Implikasi dari hasil ini dibagi interaksi obat DNA dan RNA telah dibayangkan oleh
Sobell . Teknik grafik komputer telah digunakan untuk pengusulan konsistensi sendiri struktur
polinukleotid sebagai pengembangan dari gagasan ini.

1 Asas Fisikokimia Pada Kerja Obat

Semua molekul obat berantaraksi dengan bahan hayati seperti reseptor lipoprotein, enzim,
biomembran, asam nukleat, atau molekul kecil-kecil. Antaraksi tersebut memicu sederetan
langkah yang akhirnya menghsilkan perubahan faali makroskopik yang merupakan efek obat.
Setelah mempelajari antaraksi primer yang nisbi sederhana antaraksi molekul obat struktur
makromolekul, baru dapat dipahami aktivitas obat pada tingkat sel. Organ tubuh dan seluruh
jasad kita jauh lebih rumit daripada sel tunggal sehingga kita perlu memahami lebih banyak
parameter.
Pengangkutan obat dari tempat pemberiannya ke sisi kerjanya, maupun hubungan obatstimulus, tergantung pada sifat fisik kokimia dan geometri yang sudah menyatu denga struktur
mpolekul obat itu. Kolerasi itu terdapat pula pada sifat fisikokimia makromolekul hayati yang
berantaraksi dengan obat itu. Akan tetapi, pengetahuan kita tentang makromolekul tersebut jauh
tertinggal dibandingkan pengalaman kita dengan senyawa yang lebih kecil. Karena itu, untuk
menghasilkan rancangan obat secara rasional, yakni tujuan akhir kimia medicinal, kita harus
mempelajari sifat kimia dan fisika molekul obat serta sasarannya dan mengkolerasikan semua
sifat molekul itu dengan efek hayati hasil antaraksi obat-reseptor.
1. Peranan dan struktur air

Dasar kehidupan adalah air, yaitu kandungan utama jasad hidup dan semua selnya.
Disamping sebagai pelarut umum atau zat pndispersi, air berperan serta dalam banyak reaksi,
dan kareana itu peranannya lebih besar daripada hanya sebagai medium lembaran: air adalah
senyawa kimia luar biasa yang sangat reaktif. Daya larut, aktivitas permukaan, ikatan
hydrogen, ikatan hidrofob, pengionan, dan berbagai efek konformasi makromolekul
(misalnya pada reseptor obat) semuanya melibatkan air.
1.1 struktur air ruahan
Struktur air adalah akibat sifat fisika molekul H 2O yang luar biasa dank has. Titik lebur,
titik didih, dan kalor penguapan lebih tinggi dibandingkan dengan hibrida unsure sejenis
seperti H2S, H2Se, dan H2Te, atau senyawa isoelektronik seperti HF, CH 4, atau NH3. Ketiga
sifat tersebut merupakan ukuran gaya antarmolekul kuat yang terdapat di antara masingmasing molekul air, yang mencegah Kristal es jatuh berantakan atau molekul meninggalkan
permukaan fase cair dengan mudah waktu dipanaskan. Gaya ini terjadi karena kepolaran air
tinggi yang disebabkan oleh arah sudut iakatan H-O-H, yaitu 104,5 o. Oksigen yang lebih
elektronegatif menarik kuat electron pada ikatan O-H, serta menyebabkan H bermuatan
parsial positif. ( +), sedangkan atom O menjadi bermuatan parsial parsial negative (
-). Karena molekul tidak linier, H 2O mempunyai momen dwikutub. Muatan parsial positif
dan negative pada air yang satu akan menarik secara elektrostatik lawannya pada molekul air
yang nonkovalen seperti itu dapat pula terbentuk antara air dan gugus hidroksil, karbonil,
atau NH, seperti yang akan dibahas.
Dalam es, setiap atom oksigen terikat empat atom hydrogen dengan dua ikatan kovalen
dan dua ikatan hydrogen. Sewaktu es mencair, kira-kira 20% ikatan H ini pecah, tetapi daya
tarik-menarik antara molekul air masih kuat, bahkan juga dalam uap air. Karena itu, air cair
tertata baik pada dasar terbatas: ikatan hydrogen putus dan terbentuk kembali secara spontan,
sambil membangun dan menghancurkan daerah struktur sementara, yang dinamakan
kelompok berkelipatan. Akan tetapi, karena umur-paro setiap ikatan hydrogen hanya
kira=kira 0,1 nanodetik (10-10 detik), adanya kelompok itu hanya mempunyai nilai-statistik;
bahkan ini pun merupakan pertanyaan bagi beberapa penulis yang menganggap air sebagai
polimer sinambung.

1.2 Sifat Melarut Air

Air dapat berantaraksi dengan senyawa terion atau polar dan merusak kisi Kristal
senyawa tersebut. Karena ion terhidrasi yang dihasilkan itu lebih mantap daripada kisi
Kristal tadi, terjadilah pelarutan. Air mempunyai tetapan dielektrik yang sangat tinggi (80
unit Debye lwn. 21 D untuk aseton), yang meniadakan daya tarik elektrostatik ion-ion
sehingga memperlancar hidrasi selanjutnya. Tetapan dielektrik suatu medium dapat
didefinisikan sebagai nisbah antar gaya: gaya yang bekerja antara dua muatan dalam hampa
udara dan gaya antara kedua muatan yang sama dalam medium atau pelarut itu. Menurut
hokum Coloumb,
q1 q2
F= 2
Dr

F adalah gaya, q1 dan q2 muatan, r jarak yang memisahkannya D, yaitu tetapan dielektrik,
merupakan sifat khas medium itu. Karena D terletak dalam penyebutan, maka makin tinggi
tetapan dielektrik, makin lemah antaraksi antara kedua muatan itu.
Gugus fungsi polar pada senyawa organic nonionic seperti aldehida, keton dan amina
(mempunyai pasangan electron bebas) dengan mudah membentuk ikatan hydrogen dengan
air , dan melarut pada jumlah banyak atau sedikit, htergantung pada perbandingan bagian
polar, dan nonpolar dalam molukul itu.
Zat terlarut atau linarut mengubah suatu air karena bungkus hidrat yang terbentuk
disekeliling ion terlarut itu lebih teratur dan karena itu lebih mantap dibandingkan dengan
kelompok berkelipatan pada air bebas. Akibatnya ion-ion adalah pemecah struktur air. Sifat
larutan yang tergantung kadar linarut, berbeda dengan sifat air murni; perbedaan itu terlihat
pada peristiwa seperti penurunan titik beku, peningkatan titik didih, dan peningkatan
tekanan osmotic larutan.
Molekul air tidak dapat menggunakan keempat ikatan hydrogen yang ada jika
bersentuhan dengan molekul hidrofob (takut air). Ketiodak mampuan ini menyebabkan
hilangnya entropi, meningkatnya kepadatan, vdan miningkatnya penataan. Sesuatu yang
dinamakan gunung es-daerah air yang lebih stabil daripada kelompok-berkelipatan dalam
cair-akan terbentuk. Gunung es seperti itu akan terbentuk disekeliling molekul nonpolar
tunggal, dan membentuk senyawa inklusi yang dinamakan clathrate. Jadi, molekul nonpolar
adalah pembentuk struktur air.
Antar aksi antara linarut dengan suatu fase padat-misalnya obat dengan reseptor
lipoprotein-dipengaruhuri juga oleh air. Bungkus nhidrat atau gunung es yang bergabung
dengan sdalah satu fase akan dihancurkan atau dibentuk dalam antaraksi ini, dan sering
dapat menunjang perubahan konformasi pada reseptor obat makromolekul dan akhirnya,
menunjang peristiwa faali.