Proyek Biologi Sel dan Molekul

Program Studi Biologi ITB

2016

Isolasi DNA dan RNA pada Embrio Zebrafish (Danio rerio)

Faris Dinulhaq, Kelompok 7

School of Life Sciences and Technology, Institut Teknologi Bandung (ITB)

Jalan Ganesha No. 10 Bandung 40132 Indonesia
e-mail: faris.dinulhaq@gmail.com

Abstrak Materi genetik dari suatu organisme disimpan dalam suatu makromolekul asam nukleat
berbentuk DNA (deoxyribo nucleic acid) atau RNA (ribonucleic acid). Sekuens informasi yang dikenal
dengan gen berada pada untai panjang DNA suatu organisme. Gen ini mengandung informasi mengenai
jenis dan susunan protein yang harus di produksi suatu sel. oleh karena itu dengan mengetahui ukuran,
panjang, dan urutan sekuens untai DNA kita dapat mengetahui jenis protein dan ukuran yang akan
dihasilkan. Sehingga pada penelitian ini bertujuan untuk menentukan ukuran dari gen aktin pada
organisme model zebrafish (Danio rerio) dengan mengisolasi DNA dan RNAnya. Pada penelitian ini
digunakan embrio Zebrafish untuk sebagai sumber RNA dan DNA. hasil yang diapat kemudian
dilakukan PCR dan Elektroforesis untuk ditentukan ukuran gen aktin. Hasil yang didapat dari analisis
elektrogresis dengan menunjukkan bahwa gen B-aktin memiliki ukuran 232bp.
Kata Kunci: DNA, RNA, Ukuran gen, Aktin, Zebrafish

Pendahuluan

Asam nukleat terdiri 3 penyusun utama yaitu gula pentose, basa nitrogen dan phospat anogranik
dalam seliap monomer penyusunnya yaitu nukleotdia. DNA dan RNA merupakan makro
molekul asam nukleat yang umum terdapat dalam makhluk hidup. Terdapat perbedaan
mendasar antara DNA dan RNA pada suatu sel. secara struktural DNA memiliki gula pentose
dalam bentuk deoksiribosa sedangkan RNA dalam bentuk ribosa. Secara lokasi RNA hampir
terdapat disetiap bagian dalam sel. sementara DNA pada eukaryote hanya terdapt didalam
nukleus. Secara fungsional DNA memiliki peran lebih dalam penyimpanan informasi genetik.
Sedangkan pada ribosom terdapat banyak fungsi yang dapat dilakukan seperti messenger,
enzyme, dan kontrol ekspresi gen (Campbell, 2004).
Zebrafish (Danio rerio) merupakan organisme model percobaan pada banyak penelitian. Hal ini
disebebkan zebrafish memiliki karakter unik yaitu kemampuan dalam beeregenerasi. Tubuh
zebrafishjuga terlogong mudah diamati tahapan pekemabangannya. Hewan ini tergolong
dalam family Cyprinidae dalam ordo Cypriniformes (Froese, 2007). Metode isolasi DNA
maupun RNA pada metode analisis biologi molekuler seperti sequencing, gene profiling, dan
mengetahui fungsi suatu sekuens DNA tertentu. Metode isolasi ini menjadi teknik dasar
dalam biologi forensik. Dimana dengan melakukan isolasi DNA dan analisis lebih lanjut kita
dapat mengetahu pelaku atau korban suatu tindak criminal hanya dari rambut atau percikan
darah yang tersisa dari tempat kejadian.
2

Metodologi
Isolasi RNA Embrio Zebrafish
Sampel embrio zebrafish ditambahkan trizol dan dihomogenasi dengan
menggunakan syringe. Sampel yang telah dikomogenasi kemudian
diinkubasi Selama 5 menit. Sampel hasil inkubasi kemudian ditamabahkan

Isolasi DNA dan RNA pada Embrio Zebrafish (Danio rerio)

kloroform, sampel diinkubasi kembali dalam suhu ruang selama 8 menit.
Sampel kemudian di sentrigufa selama 5 menit dalam kondisi 4oC
12.000g. 3 fasa yang terbentuk dari hasil sentrifuga diambil fasa teratas
(bening), kemudian diberi isopropanol. Isolat kemudian di kocok selama 15
detik kemudian inkubasi dalam es selama 5 menit.
Isolat pada microtube disentrifuga selama 10 menit dalam 4oC 12.000g.
kemudian supernatant dibuang, kemudian ditambahkan etanol 75%.
Sentrifugasi kembali dalam kondisi yang sama dan buang supernatant
hingga didapat pellet putih pada dasar tabung. Pellet yang didapat di
resuspensi dalam RNAse free water. Hasil isolat kemudian dilakukan
reverese transcriptase dengan memasukkan iScript reaction mix, iScript
reverse transcriptase, nuclease free water dan RNA hasil isolasi kedalam
tabung dan dilakukan running pada RT-PCR. Hasil RT-PCR yang didapat
diperbanyak dengan mesin PCR. kemudian hasil yang didapat dari PCR
dielektroforesis dalam gel agarose untuk menentukan ukuran gen aktin.
Isolasi DNA Embrio Zebrafish
Sampel embrio zebrafish ditambahkan trizol dan dihomogenasi dengan
menggunakan syringe. Sampel yang telah dikomogenasi kemudian
diinkubasi Selama 5 menit. Sampel hasil inkubasi kemudian ditamabahkan
kloroform, sampel diinkubasi kembali dalam suhu ruang selama 8 menit.
Sampel kemudian di sentrigufa selama 5 menit dalam kondisi 4oC
12.000g. 3 fasa yang terbentuk dari hasil sentrifuga diambil fasa berwarna
putih (fasa tengah), kemudian diberi isopropanol. Isolat kemudian di kocok
selama 15 detik kemudian inkubasi dalam es selama 5 menit.
Isolat pada microtube disentrifuga selama 10 menit dalam 4oC 12.000g.
kemudian supernatant dibuang, kemudian ditambahkan etanol 75%.
Sentrifugasi kembali dalam kondisi yang sama dan buang supernatant
hingga didapat pellet putih pada dasar tabung. Pellet yang didapat di
resuspensi dalam DNAse free water. Isolat DNA yang didapat diperbanyak
dengan mesin PCR. kemudian hasil yang didapat dari PCR dielektroforesis
dalam gel agarose untuk menentukan ukuran gen aktin.

Isolasi DNA dan RNA pada Embrio Zebrafish (Danio rerio)

Hasil Penelitian dan Pembahasan

Hasil isolasi RNA yang dilakukan dari gen aktin pada embrio zebrafish (Danio
rerio) dan DNA ladder yang digunakan dapat dilihat pada gambar 1.

Gambar 1. (A)Hasil elektroforesis isolasi DNA (B) Referensi DNA ladder yang digunakan
(Thermofischer, 2012)

Dari hasil elektoroforesis yang didapat menunjukkan bahwa band yang didapat
memiliki ukuran yang lebih rendah daripada 250bp. Hal ini terlihat dari
band yang didapat memiliki posisi yang terletak dibawah skala 250bp
pada gene ruler. Hal ini mengindikasikan bahwa gen yang didapat
memiliki berat yang lebih ringan dari 250bp. Sehingga gen aktin yang
didapat memiliki ukuran lebih kecil dari 250bp.
Aktin adalah gen yang mengkode protein aktin dalam sel. aktin merupakan
protein penyusun sitoskeleton yang berperan dalam menjaga bentuk sel
dan beberapa fungsi lain. Gen ini tergolong sebagai gene coding protein
yang artinya produk akhirnya berupa protein. Gen ini memiliki beberapa
nama lain seperti ACTB; bact; actba; bactzf; B-ACTZF; bactin1; wu:fd18f05.
Gen ini terletak dalam kromosom 1 dengan jumlah exon yang tergabung
sebanyak 6. Gen ini homolog dengan gen yang ada pada manusia, kera,
sapi, tikus, ayam, lalat buah, nyamuk, C.elegans, S.cerevisiae, K.lactis,
E.gossypii, S.pombe, M.oryzae, N.crassa, A.thaliana, beras, dan katak
(NCBI, 2016).

Faris Dinulhaq
Dalam melakukan isolasi RNA prinsip kerjanya adalah merusak sel dengan upaya
fisik maupun kimia kemudian memisahkan antara RNA dengan protein dan
DNA. Pemisahan ketiga komponen tersebut dilakukan dengan bantuan
senyawa kimia tertentu maupun upaya fisik dengan sentrifugasi. beberapa
reagen yang digunakan dalam penelitian ini antara lain trizol, kloroform,
isopropanol, etanol 75%, RNAse free water, 10x reaction buffer with MgCl2
DNAse RNAse free water, iScript cDNA synthesis kit Bio-rad, reverse
transcriptase, DreamTaq, Primer reverse dan forward. iScript cDNA
synthesis kit berperan sebagai campuran komponen yang dibutuhkan
dalam melakukan RT-PCR, reverse transcriptase berperan sebagai enzim
pensintesis cDNA dari RNA template, RNAse free water dan DNAse free
water berperan sebagi medium pelarut DNA dan RNA yang tidak
mengandung RNAse maupun DNAse sehingga tidak terjadi kerusakan
sampel yang ingin diisolasi. DreamTaq merupakan enzim yang berperan
dalam elongasi DNA pada proses PCR, primer reverse dan forward juga
berperan dalam menyediakan ujung 3 agar dapat terjadi elongasi pada
proses PCR. 10x reaction buffer with MgCl2 berperan menyediakan
lingkungan yang sesuai untuk proses PCR, dan air deion berperan sebagai
pelarut. Trizol berperan sebagai detergen kuat yang mendenaturasi
protein dan menghancurkan membran pada sel embrio zebrafish.
Kloroform digunakan untuk memisahkan protein, RNA, dan DNA.
Isopropanol dan etanol berperan dalam purifikasi RNA dari pengotorpengotor seperti protein-protein sisa.
2

Kesimpulan
Ukuran gen aktin pada embrio zebrafish (Danio rerio) adalah lebih kecil
dari 250bp berdasarkan percobaan dan sekitar 223bp berdasarkan
literature yang didapat. Sehingga antara literatu dan hasil percobaan
menunjukkan hasil yang koheren.

Referensi

[1] Campbell, N. A., Reece, J. B., Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman, S. A., Minorsky,
P. V., Jackson, R. B. 2004. Biology, 9th Edition. San Francisco: Pearson Education.
[2] Froese, Rainer and Pauly, Daniel, eds. (2007). "Danio rerio" in FishBase. March 2007
version.
[3] NCBI (2016) actb1 actin, beta 1 [Danio rerio (zebrafish)]
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/57934 [diakses pada 13 Oktober 2016]
[4] Thermofischer (2012) Product Information Thermo ScientificGeneRuler 1kb DNA
Ladder, ready-to-use #SM0313
http://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/MAN0013006_GeneRuler_1kb_D
NALadder_RTU_250ug_UG.pdf [diakses pada 13 Oktober 2016]