I.

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

Tanaman cabai yang dibudidayakan di Indonesia dikelompokkan menjadi

dua yaitu cabai besar (Capsicum annuum L.) dan cabai rawit (Capsicum
frutescens L.). Cabai besar dicirikan dengan buah yang menggantung sedangkan
cabai rawit dicirikan dengan buah yang tegak (tidak menggantung) (Semangun,
1991). Cabai menjadi komoditi hortikultura unggulan yang banyak dikonsumsi
masyarakat dikarenakan rasa pedas yang dimilikinya sebagai pelengkap dalam
cita rasa masakan. Rasa pedas yang ditimbulkan akibat kandungan capsaicinnya
(Sherly et al., 2010 dalam Sukada et al., 2014).
Hasil panen buah cabai beberapa tahun terakhir mengalami penurunan
yang disebabkan oleh serangan patogen penyebab penyakit. Virus merupakan
patogen yang dijumpai disetiap areal pertanaman yang menyebabkan penyakit
daun kuning keriting pada tanaman cabai. Hingga tahun 2014 dilaporkan ada
beberapa jenis virus yang menginfeksi tanaman cabai bahkan beberapa virus
berasosiasi bersamaan sehingga menimbulkan variasi gejala akibat adanya infeksi.
Sukada et al. (2014) mengemukakan bahwa gejala menguning yang ditemukan
pada tanaman cabai disebabkan oleh kelompok Begomovirus, gejala mosaik
disebabkan oleh asosiasi virus CMV, ChiVMV dan TMV sedangkan gejala
klorosis disebabkan oleh kelompok Palerovirus.
Hasil survei yang dilakukan oleh Pusat Pengembangan dan Penelitian
Sayuran Asia (AVRDC) menunjukkan bahwa virus merupakan patogen yang
banyak menyerang cabai di daerah tropik (Green dan Kallo, 1994). Virus yang
1

pernah dilaporkan menyerang tanaman cabai adalah Cucumber Mosaic Virus

(CMV), Chilli Veinal Mottle Virus (ChiVMV), Tobacco Mosaic Virus (TMV),
Potato Virus Y (PVY), Potato Virus X (PVX), Tobacco Etch Virus (TEC),
Tobacco Ringspot Virus (TRSV) (Semangun, 2000). Beberapa virus juga telah
dilaporkan berasosiasi bersamaan (sinergi) dalam menginfeksi tanaman cabai.
Trisno (2010) mengemukakan bahwa ditemukan empat jenis virus dari tanaman
cabai yang menunjukkan gejala kuning keriting dan cupping yaitu Begomovirus,
CMV, ChiVMV dan Pepper Mild Mottle Virus (PMMV). Begomovirus merupakan
virus yang paling dominan karena dijumpai disemua lokasi pengambilan sampel
di Sumatera Barat. Sukada et al. (2014) melaporkan bahwa ditemukannya CMV,
ChiVMV dan TMV berasosiasi bersamaan dari tanaman cabai yang menunjukkan
gejala mosaik pada tanaman cabai dari Kecamatan Payangan, Bali.
Gejala penyakit yang ditemukan sangat mempengaruhi hasil panen
tanaman cabai akibat adanya infeksi virus. Tanaman cabai sehat mampu
mengasilkan buah 16 ton/ha. Sedangkan hasil panen dari tanaman yang
menunjukkan gejala klorosis sebesar 8.42 ton/ha. dari tanaman yang menunjukkan
gejala kuning sebesar 3.07 ton/ha dan hasil panen buah cabai dari tanaman yang
menunjukkan gejala mosaik hanya 2.52 ton/ha. Kehilangan hasil tertinggi
ditunjukkan pada tanaman cabai yang menunjukkan gejala mosaik yang mencapai
84.25%. Sedangkan kehilangan hasil akibat gejala kuning adalah 80.82% dan
klorosis 47.40%. Tingginya kehilangan hasil pada tanaman dengan gejala mosaik

dikarenakan bahwa gejala mosaik diinduksi oleh beberapa jenis virus yaitu CMV,
TMV dan ChiVMV (Sukada et al., 2014).
Penyakit utama yang disebabkan oleh virus pada tanaman cabai
menimbulkan gejala mosaik dan kuning. Dibeberapa sentra pertanaman cabai di
Jawa Barat, Jawa Tengah dan Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) ditemukan
gejala yang unik seperti tulang daun menebal, tepi daun menggulung ke atas dan
helaian daun bewarna kuning cerah (Sulandari et al., 2006). Jamsari et al. (2008)
menemukan gejala belang, mosaik, daun menguning, tulang daun menebal dan
terjadinya malformasi pada tanaman cabai yang terserang penyakit. Trisno (2010)
juga menemukan gejala yang kompleks seperti mosaik, kuning, keriting, cupping,
daun kecil-kecil, tulang daun menebal dan tanaman menjadi kerdil pada tanaman
cabai di Sumatera Barat. Di daerah sentra pertanaman cabai Desa Kerta Payangan,
Bali ditemukan gejala mosaik, kuning dan klorosis yang ditimbulkan akibat
serangan virus (Sukada et al., 2014).
Adanya variasi gejala yang ditemukan di lapangan dipengaruhi oleh
beberapa faktor seperti konsentrasi virus, faktor lingkungan dan faktor genetik
tanaman (Matthews, 1992). Sebelumnya juga telah dikemukankan bahwa variasi
gejala yang ditimbulkan dikarenakan adanya strains virus yang berbeda,
pengolahan dan perawatan areal pertanaman serta kondisi lingkungan (Polston
dan Anderson, 1997). Jamsari et al. (2008) menjelaskan bahwa gejala penyakit
yang disebabkan oleh virus di lapangan sulit dibedakan karena gejala yang
muncul hampir sama. Sering juga dijumpai serangan beberapa virus secara
bersamaan sehingga sulit dibedakan antara yang satu dan lainnya.
3

Variasi gejala juga sangat dipengaruhi oleh umur tanaman saat diserang,
pola tanam dan penggunaan mulsa plastik. Tanaman dengan pola tumpang sari
dengan tanaman jagung, buncis, kacang panjang dan lain-lain akan memiliki
tingkat serangan yang lebih ringan dibandingkan dengan tanaman dengan pola
monokultur. Begitu juga dengan tanaman yang ditanam menggunkan mulsa
plastik sebagai penutup lahan akan memiliki tingkat serangan yang lebih ringan
dibandingkan lahan yang ditanami tanpa mulsa plastik. Tanaman yang terserang
sejak tanaman masih muda (vegetatif) akan lebih merugikan petani dibandingkan
tanaman yang terserang ketika telah masuk pada fase generatif (Sudiono et al.,
2005).
Perbedaan kondisi geografis areal pertanaman sangat mempengaruhi
perkembangan gejala penyakit di lapangan. Tanaman cabai yang ditanam di
dataran rendah, dataran menengah dan dataran tinggi akan menunjukkan
kompleksitas

gejala

yang

berbeda.

Perbedaan

ketinggian

tempat

akan

menyebabkan perbedaan faktor lingkungan seperti suhu, curah hujan dan

kelembaban. Ketiga faktor ini akan mempengaruhi adaptasi tanaman, penyebaran
dan perkembangan vektor virus, ekosistem di areal pertanaman serta jenis
tanaman tumpang sari yang tepat. Perbedaan kondisi geografis areal pertanaman
cabai akan sangat mempengaruhi perkembangan gejala penyakit. Trisno (2010)
mengemukakan bahwa lokasi pertanaman cabai di dataran tinggi memiliki variasi
gejala yang lebih kompleks dibandingkan lokasi dataran menengah dan dataran
rendah.

Perbedaan ketinggian tempat lokasi pertanaman cabai mempengaruhi

perkembangan gejala penyakit di lapangan menjadi latar belakang untuk
melakukan penelitian dengan judul Karakterisasi Virus Penyebab Penyakit
Tanaman Cabai (Capsicum sp.) Pada Tiga Kondisi Geografis untuk mempelajari
karakter virus yang menyerang tanaman cabai di dataran rendah, dataran
menengah dan dataran tinggi serta faktor lingkungan yang mempengaruhi
perkembangan gejala di lapangan sebagai salah satu langkah awal dalam
penyusunan strategi pengendalian penyakit.
Pengujian keberadaan virus penyebab penyakit dilakukan dengan
menggunakan teknik Polymerase Chains Reaction (PCR). Teknik ini banyak
digunakan untuk mendeteksi virus secara cepat dan akurat (Rojas et al., 1993).
Pengujian keragaman virus yang menyerang tanaman cabai dilakukan dengan
metode yang sama menggunakan primer spesifik masing-masing virus. Sedangkan
pengujian keragaman genetik virus dengan membandingkan urutan asam nukleat
dari salah satu komponen genetik penyususn virus menggunakan teknik
sekuensing, Analisis sekuens akan menunjukkan kekerabatan dan hubungan
masing-masing strains.
1.2 Rumusan Masalah
Gejala yang ditimbulkan akibat adanya infeksi virus pada tanaman cabai
dipengaruhi oleh banyak faktor seperti perbedaan strains virus, pengolahan dan
perawatan lingkungan serta kondisi lingkungan. Beragamnya gejala yang
ditimbulkan akibat adanya infeksi virus pada tanaman cabai maka dirumuskan
beberapa permasalahan yang akan dijawab dalam penelitian ini :
5

1. Apakah penyakit yang disebabkan oleh virus pada tanaman cabai memiliki
karakteristik

gejala

yang

berbeda

berdasarkan

kondisi

geografis

pembudidayaan yang berbeda.

2. Apakah keragaman genetik Begomovirus yang menyerang tanaman cabai
berbeda berdasarkan kondisi geografis pembudidayaan yang berbeda.
3. Apakan keragaman virus (adanya infeksi campuran beberapa virus secara
bersamaan) yang menyerang tanaman cabai berbeda berdasarkan kondisi
geografis pembudidayaan yang berbeda
1.3 Keaslian Penelitian
Penelitian mengenai karakterisasi virus penyebab penyakit pada
tanaman cabai (Capsicum sp.) dari beberapa kondisi geografis sangat
diperlukan sebagai salah satu penentu langkah awal pengendalian virus
tersebut. Hingga saat ini, penelitian mengenai karakterisasi virus penyebab
penyakit pada tanaman cabai terus dikembangkan dari tiga kondisi geografis
areal pembudidayaan di Yogyakarta, Jawa Tengah dan Jawa Timur.
1.4 Tujuan Penelitian
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk :
1. Mempelajari karakteristik gejala penyakit yang disebabkan oleh virus pada
pertanaman cabai pada tiga kondisi geografis pembudidayaan yang
berbeda.
2. Mengetahui keragaman genetik Begomovirus yang menyerang tanaman
cabai di tiga kondisi geografis pembudidayaan yang berbeda.

3. Mengetahuai adanya infeksi campuran (variasi virus yang menginfeksi)

pada tanaman cabai di tiga kondisi geografis pembudidayaan yang
berbeda.
1.5 Manfaat Penelitian
Manfaat dari penelitian ini adalah dengan didapatkannya karakteristik gejala
penyakit yang disebabkan oleh virus pada tanaman cabai pada tiga kondisi
geografis pembudidayaan yang berbeda serta keragaman virus dan keragaman
genetik Begomovirus yang menginfeksi tanaman cabai pada masing-masing
lokasi, dapat dijadikan sebagai acuan dalam penentuan strategi pencegahan dan
pengendalian yang tepat, sehingga dapat mengurangi resiko kerusakan dan
kehilangan hasil panen yang ditimbulkan.