Captulo 9

Pgina 319.
Las protenas y su sntesis
Preguntas clave
- Cmo se relacionan las secuencias de un gen y su protena?
- Por qu se dice que el cdigo gentico no se solapa y es
degenerado?
- Cul es la evidencia que sugiere que el RNA ribosmico, y no las
protenas ribosmica, llevan a cabo los pasos claves en la
traduccin?
- Qu es el procesamiento postraduccional y por qu es importante
para la funcin proteica?
Esquema
9.1 Estructura de las protenas.
9.2 Colinealidad de gen y protena
9.3 El cdigo gentico
9.4 tRNA: el adaptador
9.5 Ribosomas
9.6 El proteoma
En el discurso de un congreso en 1969, William Stewart, cirujano general
de los Estados Unidos, dijo Es tiempo de cerrar el libro de las
enfermedades infecciosas. Se acab la guerra contra la pestilencia. En esa
poca, su anuncio de victoria no fue un alarde insensato. En las dos dcadas
anteriores, se haban eliminado prcticamente tres de las enfermedades que
1

fueron plagas de la humanidad por siglos, la polio, la viruela y la

tuberculosis. Un factor importante que contribuy a la erradicacin de
algunas enfermedades infecciosas fue el descubrimiento y el uso
generalizado de los antibiticos, un grupo diverso de compuestos qumicos
que matan patgenos bacterianos especficos sin daar al animal
hospedador. Los antibiticos como la penicilina, la tetraciclina, la
ampicilina y el cloranfenicol, por nombrar algunos, salvaron cientos de
millones de vidas.
Desafortunadamente, el anuncio de victoria de William Stewart en la
batalla contra las enfermedades infecciosas fue prematuro. El uso excesivo
de los antibiticos en todo el mundo estimul la evolucin de cepas
bacterianas resistentes. Por ejemplo, cada ao, ms de 2 millones de
pacientes en los hospitales de los Estados Unidos adquieren una infeccin
que es resistente al antibitico y como resultado mueren ms de 90.000
personas. Cmo se desarroll la resistencia tan rpidamente? Sern
nuevamente las enfermedades infecciosas una causa de mortalidad
humana? Sern capaces los cientficos de emplear su comprensin de los
mecanismos de resistencia para desarrollar antibiticos ms duraderos?
Para responder a estas preguntas, los cientficos focalizaron su
atencin en la mquina celular que es el blanco de los antibiticos. Ms de
la mitad de todos los antibiticos de uso general atacan al ribosoma
bacteriano, que es el sitio de la sntesis de protenas de los procariotas. En
este captulo, aprender los increbles descubrimientos que los cientficos
han realizado con el empleo de una tcnica llamada cristalografa de rayos
X para visualizar los RNA ribosmicos y las ms de 100 protenas que
conforman la subunidad mayor y menor del ribosoma bacteriano. Aunque
los ribosomas de los procariotas y de los eucariotas son similares, hay
sutiles diferencias entre ellos, que hacen posible que los ribosomas
bacterianos sean el blanco de accin de los antibiticos mientras que a los
2

ribosomas eucariticos no les afectan. Empleando cristalografa de rayos X,

los cientficos han visualizado la unin de los antibiticos al ribosoma
(Figura 9-1). A partir de estos estudios, se han determinado qu mutaciones
en el rRNA y/o en las protenas ribosmicas bacterianas son las
responsables de la resistencia a los antibiticos. Con el conocimiento de los
puntos de contacto entre ciertos antibiticos y el ribosoma, los diseadores
de frmacos estn intentando disear una nueva generacin de antibiticos
que, por ejemplo, sean capaces de unirse a distintos sitios que se
encuentren cercanos espacialmente. La lgica de este diseo est en que la
resistencia tardara ms en llegar porque se necesitara que ocurrieran dos
mutaciones, que es un hecho muy poco probable incluso en las bacterias.
Los captulos 7 y 8 describieron cmo se copia el DNA de una
generacin a la siguiente y cmo se sintetiza el RNA a partir de una regin
especfica del DNA. Se puede pensar que estos dos procesos forman parte
de dos etapas en la transferencia de la informacin: la replicacin (la
sntesis de DNA) y la transcripcin (la sntesis de una copia de RNA de
una parte del DNA). En este captulo, aprender el estadio final de la
transferencia de la informacin: la traduccin (la sntesis de un polipptido
dirigida por la secuencia del RNA).
Como se ha visto en el Captulo 8, el RNA transcrito de los genes se
clasifica en RNA mensajero (mRNA) y RNA funcional. En este captulo,
ver el destino de las dos clases de RNA. La gran mayora de genes
codifica mRNA cuya funcin es la de servir de intermediario en la sntesis
de la protena que es el producto final. Por el contrario, recuerde que los
RNA funcionales son activos como RNA, y nunca se traducen a protenas.
Las principales clases de RNA funcional son los protagonistas principales
en la sntesis de protenas, incluyendo el RNA de transferencia y el RNA
ribosmico.

 RNA de transferencia (tRNA) son molculas adaptadoras que

traducen el codn de tres nucletidos del mRNA al aminocido
correspondiente, que es transportado por el tRNA al ribosoma
para el proceso de traduccin. Los tRNAs son componentes
generales de la mquina de traduccin; una molcula de tRNA
puede transportar el aminocido al ribosoma para traducir
cualquier mRNA.
RNA ribosmico (rRNA) es el componente principal de los
ribosomas, que son complejos macromoleculares que ensamblan
los aminocidos para formar la protena cuya secuencia est
codificada en el mRNA. Los ribosomas estn compuestos por
varios tipos de rRNA y decenas de distintas protenas. Como los
tRNA, los ribosomas tienen una funcin generalista, en el sentido
que traducen mRNA de cualquier gen que codifique protenas.
Aunque la mayora de los genes codifican mRNA, los RNA
funcionales constituyen la fraccin mayor del RNA total de la clula. En
una clula eucaritica tpica que est dividindose en forma activa, el
rRNA y el tRNA constituye casi el 95% del RNA total, mientras que el
mRNA restante es el 5%. Existen dos factores que explican la abundancia
de los RNA funcionales. Primero, son mucho ms estables que los mRNA,
y as estas molculas permanecen intactas por ms tiempo. Segundo, la
transcripcin de genes de rRNA y tRNA constituye ms de la mitad de la
transcripcin total en las clulas eucariticas activas y casi el 80% de la
transcripcin en levaduras.
Los componentes de la mquina de traduccin y el proceso en s son
similares en procariotas y eucariotas. El rasgo principal que los distingue es
el lugar de la clula donde ocurre la transcripcin y la traduccin: en los
4

procariotas ambos procesos ocurren en el mismo compartimiento celular,

mientras que en los eucariotas estn separados fsicamente. Despus de un
extenso procesamiento, el mRNA eucaritico se exporta del ncleo para la
traduccin en los ribosomas que se localizan en el citoplasma. Por el
contrario, la transcripcin y la traduccin en los procariotas se encuentran
acopladas: la traduccin de un RNA comienza en su extremo 5 mientras el
resto del mRNA est an siendo sintetizado.

9.1 Estructura de las protenas

Despus que un transcrito primario se procesa completamente y se
convierte en una molcula de mRNA maduro, puede tener lugar la
traduccin a protena. Antes de considerar cmo se construyen las
protenas, se necesita entender cmo es su estructura.
Las protenas son los principales determinantes de la forma y la
funcin biolgica. Estas molculas influyen directamente sobre la forma, el
color, el tamao, el comportamiento y la fisiologa de
(Fin de pgina 327)
(Principio de pgina 328)
los organismos. Debido a que la funcin de los genes es codificar protenas,
entender la naturaleza de las protenas es esencial para entender la accin
gnica.
Una protena es un polmero compuesto de monmeros llamados
aminocidos. En otras palabras, una protena es una cadena de
aminocidos, que se suele llamar polipptido, porque a los aminocidos se
les denominaba pptidos. La frmula general de los aminocidos es

H
H2N-C-COOH
R
Todos tienen una cadena lateral, o grupo R (reactivo). Existen 20
aminocidos conocidos en las protenas, y cada uno lleva un grupo R
diferente que le da su propiedad nica. El grupo R puede ser desde un
tomo de hidrgeno (como en el aminocido glicina) a un anillo complejo
(como en el triptfano). En las protenas, los aminocidos estn ligados por
enlaces covalentes llamados enlaces peptdicos, formados por la unin
entre el extremo amino (NH2) de un aminocido con el extremo carboxilo
(COOH) de otro aminocido. Durante la reaccin se forma una molcula de
agua (Figura 9-2). Por la manera en la que se forma un enlace peptdico,
una molcula de polipptidos siempre tiene un extremo amino y un
extremo carboxilo, como se muestra en la Figura 9-2a.
Las protenas tienen una estructura compleja con cuatro niveles de
organizacin, ilustrados en la Figura 9-3. La secuencia lineal de
aminocidos en un polipptido constituye la estructura primaria de la
protena. Regiones locales de la cadena polipeptdica se pliegan en formas
especficas, que se denomina la estructura secundaria de una protena.
Cada forma surge de fuerzas de unin entre los aminocidos que se
encuentran cercanos en la secuencia lineal. Estas fuerzas incluyen diversos
tipos de enlaces dbiles, especialmente los puentes de hidrgeno, las
interacciones electrostticas y las fuerzas de van der Waals. Las estructuras
secundarias ms comunes son la -hlice y la estructura en hoja plegada.
Diferentes protenas muestran una u otra estructura, aunque algunas
6

presentan ambas. La estructura terciaria se produce por el plegamiento de

la estructura secundaria. Algunas protenas presentan

estructura

cuaternaria, porque estn compuestas de dos o ms polipptidos plegados,

llamados subunidades, mantenidos por uniones dbiles. La estructura
cuaternaria puede establecerse entre distintos tipos de polipptidos, que
conforman un heterodmero si est formada por dos subunidades, o un
homodmero si son polipptidos idnticos. La hemoglobina es un ejemplo
de heterotetrmero, una protena de cuatro subunidades, compuesta por dos
copias de dos polipptidos diferentes, que se muestran en verde y morado
en la Figura 9-3d.
Muchas protenas son estructuras compactas, llamadas protenas
globulares. Las enzimas y los anticuerpos se encuentran entre las protenas
globulares mejor caracterizadas. Las protenas con forma lineal, llamadas
fibrosas, son componentes importantes de estructuras como la piel, el pelo
y los tendones.
La forma es lo ms importante de una protena porque es su forma
especfica la que permite su especificidad para realizar un determinado
trabajo en la clula. La forma de una protena est determinada por la
secuencia primaria de aminocidos y por las condiciones en la clula que
promueven el plegamiento y las uniones necesarias para alcanzar
estructuras de niveles superiores. El plegamiento de las protenas en su
conformacin correcta se discutir al final de este captulo. La secuencia de
aminocidos tambin determina qu tipo de grupo R est presente en una
posicin especfica y
(Fin de pgina 322)
(Inicio de pgina 323)
est disponible para unirse a otros componentes celulares. Los sitios activos
de las enzimas son un buen ejemplo de la interaccin precisa de grupos R.
7

Cada enzima tiene un bolsillo llamado centro activo en el que pueden

adaptarse los sustratos. Dentro del centro activo, los grupos R de ciertos
aminocidos se posicionan estratgicamente para interactuar con un
sustrato y catalizar una reaccin qumica especfica.
Hasta el presente no se conoce bien cules son las reglas por las que
una estructura primaria adopta estructuras de nivel superior. Sin embargo, a
partir del conocimiento de la estructura primaria de una protena, se puede
predecir la funcin de regiones especficas. Por ejemplo, algunas
secuencias de protenas caractersticas son el punto de contacto con los
fosfolpidos de la membrana que posicionan una protena en la membrana.
Otras secuencias caractersticas actan para unir protenas al DNA. Las
secuencias de aminocidos o pliegues proteicos conservados que estn
asociados con funciones particulares se denominan dominios. Una protena
puede contener uno o ms dominios separados.

9.2 Colinealidad de los genes y las protenas

La hiptesis de Beadle y Batum de un gen un polipptido (vase el
Captulo 6) fue la fuente de la primera comprensin excitante acerca de las
funciones de los genes: los genes son de alguna manera los responsables de
las funciones enzimticas, y aparentemente cada gen controla una enzima.
Esta hiptesis aport un concepto unificador en biologa, porque construy
un puente entre los conceptos y las tcnicas de investigacin de la gentica
y la bioqumica. Cuando en 1953 se dedujo la estructura del DNA, pareca
probable que existiera una correspondencia lineal entre la secuencia de
nucletidos y la secuencia de aminocidos en las protenas, como las
enzimas.

Sin

embargo,

no

fue

hasta

1963

que

se

demostr

experimentalmente la colinealidad. En ese ao, Charles Yanofsky de la

Universidad de Stanford diriga uno de los dos grupos de investigacin que

demostraron la correspondencia lineal entre los nucletidos del DNA y los

aminocidos de las protenas.
Yanofsky demostr la relacin entre genes alterados y protenas
alteradas a travs del estudio de la enzima triptfano sintetasa y su gen.
Esta enzima es un heterotetrmero compuesto por dos subunidades y dos
, que cataliza la conversin del indol glicerol fosfato en triptfano.
Indol-3-glicerol fosfato
subunidad
gliceraldehdo-3-fosfato
indol
serina
subunidad
Triptofano
Yanofsky identific 16 alelos mutantes del gen trpA de E.coli, cuyo alelo
salvaje codifica para la subunidad de la enzima. Los 16 alelos mutantes
producan formas inactivas de la enzima. Yanofsky cartografi la posicin
del sitio mutante de cada alelo. En 1963, an no se haba inventado la
secuenciacin del DNA, pero los sitios mutantes podan cartografiarse por
los mtodos de anlisis de recombinacin, descriptos en el Captulo 4.
A travs del anlisis bioqumico de la protena TrpA, Yanofsky
demostr que cada una de las 16 mutaciones resultaba en la sustitucin de
un aminocido en diferentes posiciones de la protena. Ms an, demostr
que el sitio mutacional en el mapa gnico del gen trpA apareca en el
mismo orden que el correspondiente aminocido alterado en la cadena
polipeptdica (Figura 9-4). Adems la distancia entre los sitios mutados,
medida como frecuencia de recombinacin, mostraba una correlacin con
(Fin de pgina 324)
9

(Principio de pgina 325)

la distancia entre el aminocido alterado en la correspondiente protena
mutante. De esta manera, Yanofsky demostr la colinealidad, o sea la
correspondencia entre la secuencia lineal de un gen y la del polipptido.
Posteriormente, estos resultados fueron aplicados a mutaciones en otras
protenas de manera general.
Mensaje: La secuencia lineal de nucletidos en un gen determina la
secuencia lineal de aminocidos en una protena.

9.3 El cdigo gentico

Si los genes son segmentos de DNA y si las cadenas de DNA son una serie
de nucletidos, entonces la secuencia de nucletidos debe determinar de
alguna manera la secuencia de aminocidos en la protena. Cmo hace la
secuencia del DNA para dictar la secuencia de protenas? De inmediato nos
viene a la cabeza la analoga con un cdigo; la simple lgica nos dice que,
si los nucletidos son las letras en el cdigo, entonces la combinacin de
letras puede formar las palabras que representan los diferentes
aminocidos. Primero, se debe preguntar cmo se lee el cdigo, y si es o no
solapado. Entonces, se debe preguntar cuntas letras del mRNA pueden
componer una palabra, o codn, y qu codn o codones representan a cada
aminocido. La historia que se describir a continuacin se relaciona con el
desciframiento del cdigo gentico.
Cdigo solapado versus no solapado
La Figura 9-5 muestra la diferencia entre un cdigo solapado y uno que no
lo es. El ejemplo muestra un cdigo con grupos de tres letras o tripletes.
Para un cdigo no solapado, los aminocidos consecutivos se especifican
10

por un cdigo de palabras consecutivas (codones), como se muestra en la

parte inferior de la Figura 9-5. Sin embargo, para un cdigo solapado, los
aminocidos consecutivos estn especificados por codones que tienen
algunas bases consecutivas en comn; por ejemplo, las ltimas dos bases
de un codn pueden ser tambin las dos primeras del siguiente codn. Los
codones solapados se muestran en la parte superior de la Figura 9-5. De
esta manera, para la secuencia AUUGCUCAG en un cdigo no solapado,
habra tres tripletes que codifican para los tres primeros aminocidos
respectivamente, AUU, GCU y CAG. Sin embargo, en un cdigo solapado,
los tripletes AUU, UUG y UGC codifican para los tres primeros
aminocidos si solapan dos bases, como se muestra en la Figura 9-5.
En el ao 1961, ya estaba claro que el cdigo no era solapado. Los
anlisis de protenas alteradas por una mutacin mostraron que slo se
cambia un nico aminocido en una regin de la protena. Este resultado es
lo que predice un cdigo no solapado.
(Fin de pgina 325)
(Principio de pgina 326)
Como se observa en la Figura 9-5, un cdigo solapado predice que el
cambio de una base alterar al menos a tres aminocidos, localizados en
posiciones adyacentes de una protena.
Nmero de letras en el codn
Si una molcula de mRNA se lee de un extremo al otro, slo se puede
colocar una de las cuatro bases diferentes, A, U, G y C en cada posicin.
De esta manera, si las palabras que codifican aminocidos fueran de una
sola letra, habra slo cuatro palabras posibles. Este vocabulario no puede
ser el cdigo gentico, porque debera tener al menos una palabra para cada
11

uno de los 20 aminocidos que se encuentran comnmente en las protenas

celulares. Si las palabras tuvieran dos letras de longitud, entonces las
posibilidades seran 4 x 4 = 16, de manera que slo habra 16 palabras; por
ejemplo, AU, CU, o CC. Este vocabulario todava no sera lo
suficientemente largo.
Si las palabras tienen tres letras de longitud, entonces las
posibilidades seran 4 x 4 x 4 = 64 palabras posibles, por ejemplo, AUU,
GCG, o UGC. Este vocabulario provee ms palabras de las necesarias para
describir los aminocidos; entonces podemos concluir que las palabras del
cdigo deben consistir al menos de tres nucletidos. Sin embargo, si todas
las palabras son tripletes, entonces las posibles palabras resultantes estn
en un exceso considerable respecto a las 20 necesarias para nombrar a los
aminocidos comunes. Ms adelante, en este captulo, se volver a este
exceso de codones.
El uso de supresores para demostrar un cdigo de tripletes
Una prueba convincente de que un codn tiene tres letras de longitud, y no
ms de tres, proviene de un elegante experimento gentico presentado por
primera vez en 1961 por Francis Crick, Sydney Brenner y sus
colaboradores. Este experimento emple mutantes del locus rII del fago T4.
El empleo de mutaciones de rII en anlisis de recombinacin se discuti en
el Captulo 5. El fago T4 es capaz de crecer en dos cepas diferentes de E.
coli, denominadas B y K. Sin embargo, las mutaciones en el gen rII,
cambian el espectro de hospedadores del fago: los fagos mutantes todava
pueden crecer en un hospedador de la cepa B , pero no pueden hacerlo en
un hospedador K. Las mutaciones que causan este fenotipo rII se indujeron
empleando una sustancia qumica denominada proflavina, que se supone
que acta por la adicin o delecin de un simple par de nucletidos en el
DNA. (Esta suposicin se basa en evidencia experimental que no se
12

presentar aqu). El siguiente ejemplo ilustra la accin de la proflavina

sobre la doble hlice del DNA.
-ATCTAGTCTInsercin

-TAGATCAGA-

-ATCTGTCT-TAGACAGADelecin

-ATCTGTT-TAGACAA-

Crick y sus colaboradores trabajaron con una mutacin particular inducida

por la proflavina, llamada FCO; y descubrieron reversiones de la
mutacin al estado salvaje, que eran capaces de crecer en la cepa K de E.
coli. El anlisis gentico de estas placas revel que los revertientes no
eran idnticos a los salvajes verdaderos. De hecho, las reversiones que
descubrieron se deban a la presencia de una segunda mutacin en un sitio
diferente al que causa FCO, aunque en el mismo gen.

Reversin
mutacin FCO

mutacin FCO

placas mutantes rII

Supresor de la mutacin

placas doble mutantes tipo salvaje

(Fin de pgina 326)

(Principio de pgina 327)

13

Esta segunda mutacin suprimi la expresin mutante del original FCO.

Recuerde del Captulo 6 que una mutacin supresora contrarresta o suprime
los efectos de otra mutacin.
Cmo se puede explicar este resultado? Si suponemos que el gen se
lee slo desde un extremo, entonces la adicin original o la delecin
inducida por la proflavina podra resultar en una mutacin porque
interrumpe el mecanismo normal de lectura que establece el grupo de bases
que deben leerse leen como palabras. Por ejemplo, si cada tres bases en el
mRNA resultante constituye una palabra, entonces se podra establecer el
marco de lectura agrupando las tres primeras bases del extremo como la
primera palabra, las siguientes tres como la segunda palabra, y as en
adelante. En este caso, la adicin o delecin de un par de nucletidos
simple inducida por la proflavina podra desplazar el marco de lectura en el
mRNA a partir del punto correspondiente, causando la lectura errnea de
todas las palabras siguientes. Una mutacin de desplazamiento del marco
de lectura podra reducir gran parte del mensaje gentico a un galimatas.
Sin embargo, se podra reestablecer el marco de lectura apropiado por la
insercin o delecin compensatoria en otro punto, lo que producira un
trecho corto ilegible entre las dos mutaciones. Considere el siguiente
ejemplo en el que se emplean palabras inglesas de tres letras para
representar los codones:
LEO VIO POR FIN ESE DIA SIN LUZ
Delecin de la P: LEO VIO ORF INE SED IAS INL UZ
Insercin de A: LEO VIO ORA FIN ESE DIA SIN LUZ

14

La insercin suprime el efecto de la delecin restaurando la mayor

parte del sentido de la frase. La insercin, por s misma, tambin
interrumpe la frase:
LEO VIO POR AFI NES EDI ASI NLU Z
Si suponemos que el mutante FCO est causado por una insercin de
un par de nucletidos simple, entonces la segunda mutacin (supresora)
podra ser una delecin, porque slo una delecin restaurara el marco de
lectura del mensaje resultante (una segunda insercin no corregira el
marco de lectura). En los siguientes diagramas, se emplea una cadena de
nucletidos hipottica para representar al RNA por simplicidad. Se supone
que las palabras del cdigo son de tres letras de longitud y que se leen en
una direccin (de izquierda a derecha).
1. Mensaje del tipo salvaje
CAU CAU CAU CAU CAU
2. Mensaje rIIa: las palabras despus de la adicin estn cambiadas (X) por
una mutacin que altera el marco de lectura, mientras que las palabras
marcadas con () no se ven afectadas.
Adicin
CAU ACA UCA UCA UCA U

3. Mensaje rIIa, rIIb: Pocas palabras son errneas, pero se restaura el marco
de lectura en las ltimas palabras

15

Delecin
CAU ACA UCU CAU CAU

(Fin de pgina 327)

(Inicio de pgina 328)
Las pocas palabras errneas que hay en el genotipo del supresor que
recuperaron Crick y sus asociados, explicaran por qu los revertientes
(los fenotipos supresores) no son exactamente iguales a los fenotipos
salvajes verdaderos.
Se parti de la suposicin que la mutacin original que cambia el
marco de lectura fue una insercin, pero la explicacin es igualmente
vlida si se supone que la mutacin original FCO es una delecin y el
supresor es una insercin, como podra verificar por s mismo. Resulta muy
interesante que las combinaciones de tres inserciones o de tres deleciones
acten de manera conjunta para restaurar el fenotipo salvaje. Estas
observaciones aportaron la primera evidencia experimental de que una
palabra en el cdigo gentico consiste de tres nucletidos sucesivos, o sea
de un triplete. El motivo es que slo las tres adiciones o las tres deleciones
dentro de un gen restauran automticamente el marco de lectura en el
mRNA si las palabras son tripletes.
Degeneracin del cdigo gentico
Ya se ha visto que un codn de tres letras, con cuatro letras que se pueden
elegir para cada posicin, puede producir 4 x 4 x 4 = 64 palabras. Si slo se
necesitan 20 palabras para los 20 aminocidos comunes, cmo se usan, de
usarse, las otras palabras? El trabajo de Crick sugiri que el cdigo
gentico es degenerado, o sea, que cada uno de los 64 tripletes debe tener

16

algn significado dentro del cdigo, por lo que algunos aminocidos deben
estar especificados por al menos dos o ms tripletes diferentes.
El razonamiento es el siguiente: Si se emplearan slo 20 tripletes,
otros 44 careceran de sentido y no codificaran ningn aminocido. En este
caso, se espera que la mayora de las mutaciones que alteran el marco de
lectura produzcan palabras sin sentido, que interrumpiran el proceso de la
construccin de la protena, y la supresin de las mutaciones que cambian
el marco de lectura se daran, en caso de producirse, raramente. Sin
embargo, si todos los tripletes especifican para algn aminocido, las
palabras cambiadas podran resultar simplemente en la insercin de un
aminocido incorrecto en la protena. Crick pens que muchos
aminocidos, si no todos, tienen varios nombres diferentes en el cdigo de
pares de bases; y esta hiptesis fue confirmada bioqumicamente.
Mensaje: La discusin hasta ahora demuestra que
1. El cdigo gentico no es solapado.
2. Tres bases codifican un aminocido. Estos tripletes se denominan
codones.
3. El cdigo se lee desde un punto de partida fijo y contina hasta el final
de la secuencia codificadora. Se sabe que el cdigo se lee de manera
secuencial porque una simple mutacin de desplazamiento del marco de
lectura en cualquier sitio de la secuencia codificadora altera el alineamiento
del codn para el resto de la secuencia.
4. El cdigo es degenerado ya que algunos aminocidos estn especificados
por ms de un codn.
Descifrando el cdigo
El desciframiento del cdigo gentico, o sea la determinacin del
aminocido especfico para cada triplete, fue uno de los avances genticos
17

ms espectaculares de los ltimos 50 aos. Cuando las tcnicas

experimentales necesarias se hallaron disponibles, el cdigo gentico se
descifr rpidamente.
El descubrimiento de cmo producir mRNA sinttico fue un gran
paso adelante. Si se mezclan los nucletidos de RNA con una enzima
especial (polinucletido fosforilasa) la reaccin produce una cadena simple
de RNA. A diferencia de la transcripcin, no se necesita molde de DNA
para esta sntesis, de manera que los nucletidos se incorporan al azar. La
capacidad de sintetizar RNA ofreci la perspectiva apasionante de crear
secuencias de mRNA especficas y as ver que aminocidos podran
especificar. El primer mensajero sinttico se obtuvo mezclando nucletidos
de uracilo
(Fin de pgina 328)
(Principio de pgina 329)
con la enzima que sintetizaba el RNA, que produjo .UUUU.(poli-U).
En 1961, Marshall Nirenberg y Heinrich Matthaei mezclaron in vitro, un
mRNA de poli-U con la mquina de sntesis de protenas de E. coli, y
observaron la formacin de una protena. El entusiasmo principal se centr
en la secuencia de aminocidos de esta protena, que result ser un
polipptido de fenilalanina; de manera que el triplete UUU debe codificar
para fenilalanina:
-UUU UUU UUU UUU UUU UUU UUU- Phe - Phe - Phe - Phe- Phe - Phe - Phe
Nirenberg gan el Premio Nobel por este descubrimiento.
Despus, se sintetiz mRNA que contena dos tipos de nucletidos
en grupos repetitivos. Por ejemplo, el mRNA sinttico que porta la
18

secuencia (AGA)n, es una secuencia larga de AGAAGAAGAAGAAGA,

que se emple para iniciar la sntesis polipeptdica in vitro (en un tubo de
ensayo que tambin contena un extracto celular con todos los componentes
necesarios para la traduccin). La secuencia polipeptdica resultante se
observ a partir de una variedad de estos ensayos, con el uso de diferentes
tripletes que residan en otros RNA sintticos. Realizando este tipo de
ensayos se verificaron muchas palabras del cdigo. (Este experimento se
detalla en el Problema 33 al final de este captulo. Para resolverlo, puede
colocarse en el lugar de H. Gobind Khorana, que recibi el Premio Nobel
por dirigir estos experimentos).
Otras

estrategias

experimentales

permitieron

asignar

cada

aminocido a uno o ms codones. Recuerde que se propuso que el cdigo

es degenerado, lo que significa que algunos aminocidos tienen ms de un
codn asignado. La degeneracin del cdigo se puede observar claramente
en la Figura 9-6, donde se dan los codones y los aminocidos que
especifican. Prcticamente todos los organismos de la Tierra usan el mismo
cdigo gentico. Hay algunas pocas excepciones en las que un pequeo
nmero de codones tiene diferentes significados, por ejemplo en los
genomas mitocondriales.
Codones stop
Habr notado que en la Figura 9-6 hay algunos codones que no especifican
ningn aminocido; son codones de terminacin, o de stop. Pueden
homologarse con seales de puntuacin en el mensaje codificado en el
DNA.
Uno de los primeros indicios de la existencia de codones stop
provino del trabajo de Brenner con el fago T4 en 1965. Brenner analiz
ciertas mutaciones (m1-m6) en un gen nico que controla las protenas de la
cabeza del fago; y descubri que las protenas de cada mutante tenan una
19

cadena polipeptdica ms corta que la del tipo salvaje. Brenner examin los
extremos de las protenas acortadas y los compar con la protena salvaje.
Para cada mutante, registr el aminocido siguiente al que debera haberse
insertado para continuar con la cadena salvaje. Los aminocidos para las
seis mutaciones fueron glutamina, lisina, cido glutmico, tirosina,
triptofano, y serina. Estos resultados no presentan de manera inmediata un
patrn obvio, pero Brenner dedujo brillantemente que ciertos codones de
cada uno de estos aminocidos son similares. Especficamente, cada uno de
estos codones puede mutar a UAG por un cambio simple en un nucletido
del DNA. Brenner postul que UAG es un codn stop (terminacin), una
seal de que la protena est completa para el mecanismo de la traduccin.
(Fin de pgina 329)
(Principio de pgina 330)
UAG fue el primer codn stop descifrado; y se denomin codn
mbar. Los mutantes que son defectuosos debido a la presencia de un
codn mbar anormal se denominan mutantes mbar. Los otros dos
codones de parada son UGA y UAA. Por analoga con el codn mbar, a
UGA se lo denomin codn palo y codn ocre a UAA. Los mutantes que
son defectuosos debido a la presencia de un codn anormal, palo u ocre,
se denominan mutantes palo y ocre, respectivamente. Los codones stop a
menudo se llaman codones sin sentido porque no designan a ningn
aminocido.
Adems de una protena de la cabeza ms corta, el fago mutante de
Brenner tena otro rasgo interesante: la presencia de una mutacin
supresora (su-) en el cromosoma del hospedador podra causar que el fago
desarrollase la protena de la cabeza de tamao normal (salvaje) a pesar de
llevar la mutacin m. Se volver a considerar a los codones stop y a sus
supresores despus de haber tratado el proceso de la sntesis de protenas.
20

9.4 tRNA: el adaptador

Despus de conocer que la secuencia de aminocidos de una protena est
determinada por los codones o tripletes de mRNA, los cientficos
comenzaron a preguntarse cmo se lleva a cabo este proceso. Un primer
modelo, rpidamente descartado por ingenuo y
(Fin de la pgina 330)
(Principio de pgina 331)
poco probable, propuso que los codones del mRNA podran plegarse y
formar 20 cavidades distintas que permitieran la unin del aminocido
especfico directamente y en el orden correcto. Sin embargo, en 1958 Crick
reconoci que:
Una hiptesis natural sera que el aminocido sea transportado al
molde por una molcula adaptadora, y que el adaptador sea la pieza
que verdaderamente encaja en el RNA. En su forma ms simple (esta
hiptesis) se podran requerir veinte adaptadores, uno para cada
aminocido.
Crick especul acerca del adaptador proponiendo que debera
contener nucletidos que lo capaciten para unirse al molde de RNA por las
mismas reglas de apareamiento de bases que se descubrieron en el DNA.
Ms an, se requerira una enzima para unir cada adaptador a su
aminocido correspondiente.
Ahora se sabe que la hiptesis de Crick del adaptador era en gran
parte correcta. Los aminocidos estn unidos al adaptador (recuerde que el
adaptador constituye una clase especial de RNA estable denominado RNA
de transferencia). Cada aminocido se encuentra sujeto a un tRNA
21

especfico, que los lleva al ribosoma, que es el complejo molecular que

enlazar los aminocidos a los polipptidos que estn creciendo.
Traduccin del codn por el tRNA
La estructura del tRNA encierra el secreto de la especificidad entre un
codn del mRNA y el aminocido que designa. La molcula de una sola
cadena de tRNA tiene una estructura en forma de hoja de trbol que
consiste de cuatro tallos de doble hlice y de tres bucles de cadena simple
(Figura 9-7a). Al bucle del medio de cada tRNA se lo denomina bucle del
anticodn, porque lleva el triplete de nucletidos denominado anticodn.
Esta secuencia es complementaria al codn que determina el aminocido
transportado por el tRNA. El anticodn en el tRNA y el codn en el mRNA
se unen por especificidad de apareamiento de bases RNA a RNA. (De
nuevo, vemos el principio de complementariedad de cidos nucleicos que
trabaja en este caso en la unin de dos RNA diferentes). Debido a que los
codones en el mRNA se leen en direccin 5 -> 3, los anticodones estn
orientados y escritos en la direccin 3 -> 5, como muestra la Figura 9-7a.
La enzima aminoacil-tRNA sintetasa une los aminocidos al tRNA,
y hay 20 de estas enzimas en la clula, una para cada uno de los 20
aminocidos. Al tRNA con un aminocido unido se lo denomina cargado.
Cada aminocido tiene una sintetasa especfica que lo une slo a aquellos
tRNA que reconocen los codones del aminocido particular. Para catalizar
esta reaccin, la sintetasa tiene dos sitios de unin, uno para el aminocido
y el otro para su correspondiente tRNA (Figura 9-8). El aminocido se une
al extremo 3 de su tRNA; en el las Figuras 9-7a y 9-8 se muestra el
ejemplo del aminocido alanina.
La estructura aplanada de la hoja de trbol que se muestra en la
Figura 9-7a no es la conformacin normal de las molculas de tRNA; que
suele ser una forma de L plegada similar a la hoja de trbol, como se
22

muestra en la Figura 9-7b. La estructura tridimensional del tRNA fue

determinada utilizando cristalografa de rayos X. Desde la poca en que se
emple para deducir la estructura de doble hlice del DNA, esta tcnica ha
ido perfeccionndose de manera que ahora se puede utilizar para
determinar la estructura de macromolculas muy complejas como el
ribosoma. Aunque los tRNAs difieren en su secuencia primaria de
nucletidos, todos ellos se pliegan prcticamente en la misma
conformacin de L, excepto para diferencias en el bucle del anticodn y en
el extremo aminoacdico. Su estructura similar se puede observar
fcilmente en la Figura 9-9, que muestra a dos tRNA diferentes
superpuestos. La conservacin de la estructura nos dice que la forma es
importante para la funcin que desempea el tRNA.
Qu ocurrira si un aminocido incorrecto se uniera covalentemente
al tRNA? Un experimento convincente respondi esta pregunta. El
experimento emple el tRNA especfico de cistena, el cisteinil-tRNA
(tRNACys), cargado con cistena, de manera que ste aminocido fue
unido al tRNA. Al tRNA cargado
(Fin de pgina 331)
(inicio de pgina 332)
se lo trat con hidruro de nquel, que convierte la cistena en otro
aminocido, la alanina, sin que afecte al tRNACys al que an se encuentra
ligado:
hidruro de nquel
cistena-tRNACys

alanina-tRNACys

La protena sintetizada con este tRNA hbrido tena alanina en los lugares
donde debera haber cistena. El experimento demostr que el aminocido
es analfabeto, se insertan en la posicin adecuada debido a que el
23

adaptador del tRNA reconoce al codn e inserta su aminocido

apropiadamente. Por lo tanto, la unin del aminocido correcto a su tRNA
cognado es un paso crtico que asegura que la protena sea sintetizada
correctamente. Si se une el aminocido incorrecto, no hay manera de
prevenir que sea incorporado en la cadena de protena que se est
sintetizando.
Revisin de la degeneracin
Como puede observarse en la Figura 9-6, el nmero de codones de un solo
aminocido vara, desde un codn (UGG para el triptofano) hasta seis
(UCC, UCU, UCA, UCG, AGC, o AGU para la serina). No est del todo
claro an por qu el cdigo gentico tiene esta variacin, pero hay dos
hechos a tener en cuenta:
1. La mayora de los aminocidos pueden ser llevados al ribosoma por
diversos tipos alternativos de tRNA. Cada tipo tiene un anticodn diferente
que se empareja con un codn distinto en el mRNA.
2. Ciertas especies de tRNA cargados pueden llevar sus aminocidos
especficos a cualesquiera de varios codones relacionados. Estos tRNA
reconocen y se unen a varios codones alternativos, no slo al que tiene la
secuencia complementaria, a travs de una especie de emparejamiento
dbil en el extremo 3 del codn y el 5 del anticodn. Este tipo de
apareamiento dbil se denomina tambaleo.
El tambaleo es una situacin en la que el tercer nucletido del
anticodn (en el extremo 5) puede formar dos alineamientos (Figura 9-10).
El tercer nucletido puede formar puentes de hidrgeno tanto con su
nucletido complementario normal de la tercera posicin del codn como
con un nucletido diferente en esta posicin. Las reglas del tambaleo

24

(Fin de pgina 332)

(Principio de pgina 333)
dictan qu nucletidos pueden o no pueden formar puentes de hidrgeno
con nucletidos alternativos a travs del tambaleo (Tabla 9-1). En la Tabla
9-1, la letra I simboliza inosina, una de las bases raras que suele
encontrarse en el anticodn del tRNA.
La Tabla 9-2 enumera todos los codones para la serina y muestra
cmo se pueden emparejar con tres tRNA diferentes (tRNA Ser1, tRNASer2 y
tRNASer3). Algunos organismos poseen una especie adicional de tRNA, que
puede representarse con tRNASer4, que tiene un anticodn idntico a uno de
los tres anticodones mostrados en la Tabla 9-2, pero difiere en su secuencia
de nucletidos en otra parte de la molcula. Estos cuatro tRNA se
denominan tRNA isoaceptores, porque aceptan el mismo aminocido a
pesar de que los transcriben diferentes genes de tRNA.

25

Mensaje: Se dice que el cdigo gentico es degenerado porque, en muchos

casos, ms de un codn se asigna a un nico aminocido; adems, distintos
codones pueden emparejarse con ms de un anticodn (tambaleo).

9.5 Los Ribosomas

La sntesis de protenas tiene lugar cuando el tRNA y el mRNA se asocian
con los ribosomas. La tarea de los tRNA y de los ribosomas es traducir la
secuencia de codones del mRNA en la secuencia de aminocidos de la
protena. El trmino maquina biolgica ya se ha empleado en los captulos
precedentes para caracterizar complejos de subunidades mltiples que
realizan funciones celulares especficas. El replisoma, por ejemplo, es una
maquina biolgica que puede replicar el DNA con precisin y velocidad. El
sitio de la sntesis de protenas, el ribosoma, es una de las ms grandes y
complejas mquinas que se han descrito hasta ahora. Se complejidad se
debe al hecho que tiene que realizar varios trabajos con precisin y
velocidad. Por esta razn, es mejor pensar en el ribosoma como una fbrica
con muchas mquinas que actan concertadamente. Se ver ahora cmo
est organizada esta fbrica para realizar sus mltiples funciones.
En todos los organismos, el ribosoma est compuesto por dos
subunidades, una pequea y una mayor, formadas por RNA (llamado RNA
ribosmico o rRNA) y protenas. Cada subunidad est compuesta por uno
de tres tipos de rRNA y unas 50 protenas. Las subunidades ribosmicas
estuvieron originalmente caracterizadas por su tasa de sedimentacin
cuando se centrifugaban en una ultracentrfuga, as que sus nombres
derivan de su coeficiente de sedimentacin en unidades de Svedberg (S),
que indican el tamao molecular. En los procariotas, las subunidades
pequea y grande se denominan 30S y 50S, respectivamente, y entre ellas
se asocian para formar una partcula de 70S (Figura 9-11a). Los homlogos
26

eucariotas se denominan 40S y 60S, y conforman el ribosoma de 80S

(Figura 9-11b). Aunque los ribosomas eucariotas son mayores debido a sus
componentes son mayores y ms numerosos, los componentes y los pasos
en la sntesis de protenas son muy similares en conjunto. Las similitudes
indican claramente que la traduccin es un proceso antiguo que se origin
en un ancestro comn de eucariotas y procariotas.
(Fin de pgina 333)
(Principio de pgina 334)
Cuando se estudiaron los ribosomas por primera vez, sorprendi el hecho
que las dos terceras partes de su masa fuera RNA y slo la tercera parte
fuera protena. Por dcadas, se consider que la funcin del rRNA era la de
servir de andamio o de marco adecuado necesario para el correcto
ensamblaje de las protenas ribosmicas. Este papel pareca lgico porque
el rRNA se pliega por apareamiento de bases intramolecular en una
estructura secundaria estable (Figura 9-12). Segn este modelo, las
protenas ribosmicas eran las nicas responsables de realizar los pasos
importantes de la sntesis de protenas. Este punto de vista ha cambiado con
el descubrimiento de los RNA catalticos en los aos 80 (vase captulo 8).
Como se ver, los cientficos ahora piensan que el rRNA, asistido por las
protenas ribosmicas, lleva a cabo los pasos ms importantes de la sntesis
de protenas.
Caractersticas de los ribosomas
Los ribosomas se unen a los otros jugadores importantes en la sntesis de
protenas, el tRNA y el mRNA, para traducir la secuencia de nucletidos de
un mRNA a la secuencia de aminocidos de una protena. El tRNA y el
mRNA se sitan en el ribosoma de manera que los codones del mRNA
pueden interactuar con los anticodones de los tRNA. Los sitios claves de
27

interaccin se ilustran en la Figura 9-13. El sitio de unin para el mRNA

est completamente dentro de la subunidad menor, mientras que para el
tRNA hay tres sitios de unin. Cada tRNA unido hace de puente entre la
subunidad 30S y la 50S, con su extremo del anticodn en 30S, y su
extremo aminoacil (que lleva
(Fin de pgina 334)
(Principio de pgina 335)
el aminocido) en 50S. En el sitio A (de aminoacil) se coloca un aminoaciltRNA entrante, cuyo anticodn se empareja con el codn que ya se
encuentra en el sitio A de la subunidad 30S. Conforme se avanza en la
direccin 5 del mRNA, el siguiente codn interacta con el anticodn del
tRNA del sitio P (por peptidil) de la subunidad 30S. El tRNA del sitio P
sujeta la cadena peptdica en crecimiento, parte de la cual se ajusta a una
estructura en forma de tnel de la subunidad 50S. El sitio E (de exit, salida
en ingls) contiene un tRNA desacilado (que ya no contiene aminocido)
que est preparado para liberarse del ribosoma. Todava no est del todo
claro si las interacciones codn-anticodn tambin tienen lugar entre el
mRNA y el tRNA en el sitio E.
Hay dos regiones adicionales en el ribosoma que son crticas para la
sntesis proteica. El centro decodificador de la unidad 30S asegura que
slo los tRNAs que lleven el anticodn que aparea con el codn (llamado
tRNA cognado) sean aceptados en el sitio A. El tRNA cognado se asocia
con el centro peptidiltransferasa de la subunidad 50S donde se cataliza la
formacin del enlace peptdico. Recientemente, muchos laboratorios,
especialmente el de Thomas Steitz, emplearon cristalografa de rayos X
para resolver a nivel atmico la estructura del ribosoma asociado a los
tRNAs. Los resultados de estos elegantes estudios muestran claramente que
ambos centros estn compuestos completamente de regiones de rRNA; los
28

contactos importantes que se realizan en estos centros son los contactos

tRNA-rRNA. La formacin del enlace peptdico se cree que est catalizada
por un centro activo del RNA ribosmico y que las protenas solo lo
asisten. En otras palabras, la subunidad mayor del ribosoma acta como
una gran ribozima que cataliza la formacin del enlace peptdico.
Qu hacen los genetistas hoy en da?

Se han realizado estudios estructurales similares examinando la subunidad

mayor de los ribosomas formando complejos con distintos antibiticos.
Estos estudios revelaron el punto de contacto entre el antibitico y el
ribosoma. Por ejemplo, los macrlidos son una familia de compuestos
estructuralmente

similar

que

incluyen

los

populares

antibiticos

eritromicina y Zitromax. Estos antibiticos inhiben la sntesis de protenas

bloqueando el ribosoma sobre el mRNA. Parece que realizan esta tarea
bloqueando el tnel de salida desde donde emerge la cadena polipeptdica
naciente de la subunidad mayor (vase Figura 9-1). Curiosamente, la
bacteria patognica que ha desarrollado resistencia a alguno de estos
antibiticos parece tener mutaciones en los ribosomas que hacen que el
tnel de salida sea mayor. As, el conocimiento de cmo se unen los
antibiticos al ribosoma ayuda a los cientficos a entender cmo trabaja el
ribosoma y cmo disear nuevos antibiticos que puedan ser activos
(Fin de pgina 335)
(Principio de pgina 336)
en contra de los mutantes resistentes. El procedimiento que utiliza la
informacin bsica acerca de la mquina molecular para desarrollar nuevos
antibiticos y otras medicinas se denomina diseo de frmacos basados
en la estructura.

29

Iniciacin, elongacin y terminacin de la traduccin

El proceso de la traduccin se puede dividir en tres fases: iniciacin,
elongacin y terminacin. Dejando de lado al ribosoma, el mRNA y el
tRNA, se requieren protenas adicionales para llevar a cabo de manera
exitosa cada fase. Debido a que ciertos pasos de la iniciacin difieren
significativamente entre procariotas y eucariotas, se describe la iniciacin
separadamente para cada grupo. Las fases de elongacin y terminacin se
describirn principalmente como sucede en bacterias, ya que en stas se
han realizado muchos estudios recientes de la traduccin.
Iniciacin de la traduccin La principal tarea de la iniciacin es colocar el
primer aminoacil-tRNA en el sitio P del ribosoma y, de esta manera,
establecer el marco de lectura correcto del mRNA. En la mayora de los
procariotas y en todos los eucariotas, el primer aminocido de cualquier
protena recin sintetizada es la metionina, especificado por el codn AUG.
No lo inserta el tRNAMet, si no un tRNA especial llamado iniciador, que se
simboliza como tRNAMeti. En las bacterias, se aade el grupo formil a la
metionina mientras el aminocido se une al iniciador, formando Nformilmetionina. (El grupo formil en la N-formilmetionina se elimina
despus).
Cmo sabe la mquina de la traduccin dnde debe comenzar? En
otras palabras, como se selecciona el sitio de iniciacin AUG entre los
muchos codones AUG de una molcula de mRNA? Recuerde que, tanto en
procariotas como en eucariotas, el mRNA tiene un extremo 5 que no se
traduce (5-UTR), que consiste en una secuencia localizada entre el sitio de
iniciacin de la transcripcin y el sitio de inicio de la traduccin. Como se
ver ms adelante, la secuencia de nucletidos del 5-UTR adyacente al
iniciador AUG es crtica para la unin del ribosoma en los procariotas, pero
no as en los eucariotas.
30

La iniciacin en los procariotas. Los codones de iniciacin estn

precedidos por unas secuencias especiales llamadas secuencias ShineDalgarno, que aparean con el extremo 3 de un rRNA, llamado rRNA 16S,
en la subunidad 30S del ribosoma. Este apareamiento posiciona de manera
correcta al codn iniciador en el sitio P donde se unir el tRNA iniciador
(Figura 9-14). El mRNA puede aparear slo con la subunidad 30S que se
encuentra disociada del resto del ribosoma. Observe de nuevo que el rRNA
juega un papel clave al asegurar que el ribosoma est en el sitio correcto
para iniciar la traduccin.
Se requieren tres protenas, IF1, IF2 y IF3 (por factor de iniciacin,
en ingls initiation factor) para la iniciacin correcta (Figura 9-15). La IF3
es necesaria para mantener disociada a la subunidad 30S de la subunidad
50S, mientras que la IF1 y IF2 actan asegurando que slo el tRNA
iniciador constituya el complejo de iniciacin. El ribosoma completo 70S
se forma por la asociacin de la subunidad grande 50S con el complejo de
iniciacin y la liberacin de los factores de iniciacin.
Debido a que los procariotas carecen de compartimento nuclear que
separa la transcripcin de la traduccin, el complejo de iniciacin es capaz
de formarse en la secuencia Shine-Dalgarno cercano al extremo 5 del RNA
que an se est transcribiendo. As, la traduccin puede comenzar en el
RNA procariota antes que se complete la transcripcin.
La iniciacin en los eucariotas. La transcripcin y la traduccin tienen
lugar en compartimentos separados de las clulas eucariotas. Como se
discuti en el Captulo 8, el mRNA eucaritico se transcribe y se procesa
en el ncleo antes de exportarse al citoplasma para la traduccin.
(Fin de pgina 336)
(Principio de pgina 337)
31

Al llegar al citoplasma, el mRNA est cubierto generalmente por protenas,

y algunas regiones pueden formar dobles hlices debido al apareamiento
intramolecular de bases. Estas regiones de estructura secundaria deben
eliminarse para exponer al codn iniciador AUG. La eliminacin la realizan
los factores de iniciacin eucariticos llamados eIF4A, B y G, que se
asocian con la caperuza del extremo 5 que se encuentra en la mayora de
los mRNA eucariticos, con la subunidad 40S y con el tRNA iniciador para
formar el complejo de iniciacin. Una vez en su lugar, el complejo se
mueve en la direccin 5 a 3 y se desenrollan las regiones de las bases
apareadas (Figura 9-16). Al mismo tiempo,
(Fin de pgina 337)
(Principio de pgina 338)
se explora a la secuencia expuesta en busca de un codn AUG donde la
traduccin pueda comenzar. Despus que el codn se encuentra
correctamente alineado con el tRNA iniciador, el complejo de iniciacin se
une a la subunidad 60S para formar el ribosoma. Como en los procariotas,
los factores de iniciacin eucariticos se disocian del ribosoma antes que se
inicie la fase de la elongacin.
Elongacin Durante el proceso de la elongacin es cuando el ribosoma
ms se asemeja a una fbrica. El mRNA acta como un maestro de obras,
especificando el sitio de entrega del tRNA cognado, cada uno con su
aminocido cargado. Cada aminocido se aade a la cadena polipeptdica
creciente mientras que el tRNA desacilado se recicla por la adicin de otro
aminocido. La Figura 9-17 nuestra en detalle los pasos de la elongacin.
Dos factores proteicos llamados factores de elongacin TU (EF-TU) y
factor de elongacin G (EF-G) asisten el proceso de la elongacin.

32

Como se ha descrito anteriormente en este captulo, un aminoaciltRNA se forma por unin covalente de un aminocido del extremo 3 de un
tRNA que contiene el correspondiente anticodn. Antes que los aminoaciltRNAs puedan emplearse en la sntesis de protenas, deben asociarse al
factor proteico EF-TU para formar un complejo ternario compuesto por el
tRNA, el aminocido y el EF-TU. El ciclo de elongacin comienza con un
tRNA iniciador y su aminocido unido, la metionina, en el sitio P y con el
sitio A listo para aceptar al complejo ternario (vase la Figura 9-17). El
reconocimiento del codn-anticodn en el centro decodificador la
subunidad pequea determina cul de los 20 complejos ternarios diferentes
se acepta
(Fin de pgina 338)
(Principio de pgina 339)
(vase la Figura 9-13b). Cuando se realiza el ajuste correcto, cambia la
forma del ribosoma, el EF-TU abandona el complejo ternario y los dos
extremos aminoacil se yuxtaponen en el centro peptidiltransferasa de la
subunidad mayor (vase la Figura 9-13b). All, se forma un enlace
peptdico con la transferencia de la metionina del sitio P al aminocido del
sitio A. En este punto, el segundo factor proteico, EF-G, juega su papel. El
factor EF-G encaja en el sitio A, y su entrada en este sitio desplaza el tRNA
de los sitios A y P a los sitios P y E, respectivamente, y mueve el mRNA a
travs del ribosoma de manera que el siguiente codn se posiciona en el
sitio A (vase la Figura 9-17). Cuando el EF-G deja el ribosoma, el sitio A
se encuentra abierto para aceptar al siguiente complejo ternario.
En los ciclos sucesivos, el sitio A se rellena con un nuevo complejo
ternario a medida que el tRNA desacilado deja al sitio E. A medida que la
elongacin progresa, se incrementa el nmero de aminocidos del peptidil-

33

tRNA (en el sitio P). Al final, el extremo amino terminal del polipptido
creciente emerge del tnel de la subunidad 50S y sale del ribosoma.
Terminacin El ciclo contina hasta que el codn del sitio A es uno de los
tres codones stop: UGA, UAA o UAG. Recuerde que no hay ningn tRNA
que reconozca a estos codones. Sin embargo, unas protenas llamadas
factores de liberacin (RF1, RF2 y RF3 en las bacterias) reconocen los
codones stop (Figura 9-18). En las bacterias, el RF1 reconoce a los codones
UAA o UAG, mientras que RF2 reconoce a UAA o UGA; y ambos son
asistidos por RF3. La interaccin entre los factores de liberacin 1 y 2 y el
sitio A difiere de la que tiene con el complejo ternario en dos formas
importantes. La primera, es que las protenas RF reconocen a los codones
stop, y no lo reconoce un anticodn. La segunda, es que los factores de
liberacin encajan en el sitio A de la subunidad 30S, pero no participan en
la formacin del enlace peptdico. Sin embargo, dentro del centro
polipeptidiltransferasa entra una molcula de agua, y su presencia lleva a la
liberacin del polipptido del tRNA del sitio P. Las subunidades
ribosomales se separan, y la subunidad 30S est lista para formar un nuevo
complejo de iniciacin.
Mensaje: La traduccin se lleva a cabo en ribosomas que se desplazan a lo
largo del mRNA en direccin 5 -> 3. Un conjunto de molculas de tRNA
llevan los aminocidos a los ribosomas, y sus anticodones se unen al
mRNA expuesto en el ribosoma. El aminocido entrante se une
covalentemente al extremo amino de la cadena polipeptdica creciente en el
ribosoma.
Mutaciones supresoras sin sentido

34

Es interesante considerar ahora los supresores de las mutaciones sin

sentido definidas por Brenner y sus colaboradores. Recuerde que las
mutaciones en el fago llamadas mbar reemplazaban a los codones salvajes
con codones stop, pero las mutaciones supresoras en el hospedador
contrarrestaban los efectos de la mutacin mbar. Podemos ahora decir ms
especficamente dnde se localiza la mutacin supresora y cmo trabaja.
Muchos de estos supresores son mutaciones en los genes que codifican los
tRNA de manera que un tRNA se vuelve capaz de reconocer un codn stop
en el mRNA. As, un aminocido se inserta en respuesta al codn stop y la
traduccin contina pasando ese triplete. En la Figura 9-19, la mutacin
mbar reemplaza al codn salvaje con el codn sin sentido UAG de
terminacin de la cadena. Por si mismo, el codn UAG podra causar que la
protena terminara prematuramente en su posicin. La mutacin supresora
en este caso produce un tRNATyr con un anticodn que reconoce al codn
stop mutante UAG. El mutante suprimido contiene tirosina en esa posicin
de la protena.
Podra el tRNA producido por una mutacin supresora tambin
unirse a las seales de terminacin normales de los extremos de las
protenas? Podra la presencia de una mutacin supresora prevenir as la
terminacin normal de las protenas? Muchas seales de terminacin
naturales constan
(Fin de la pgina 339)
(Principio de la pgina 340)
de dos seales de terminacin consecutivas. Por la competencia con los
factores de liberacin, la probabilidad de supresin en dos codones
consecutivos es pequea. Como consecuencia, muy pocas copias proteicas
llevan muchos aminocidos que resultan de la traduccin que va ms all
del codn stop natural.
35

9.3 El proteoma
El Captulo 8 comenz con una discusin del nmero de genes en el
genoma humano y cmo ese nmero (cercano a 25 000) es mucho menor al
nmero de protenas en una clula humana (ms de 100 000). Ahora que
est familiarizado con la forma en que la informacin que est codificada
en el DNA se transcribe a RNA y cmo el RNA se traduce a protenas, es
un buen momento para revisar este tema y mirar de una manera ms
cercana a la fuente de la diversificacin de las protenas. Primero, se
revisar unos viejos trminos y se aadirn unos ms que sern tiles en la
discusin. Ya conoce que el genoma el es conjunto completo de material
gentico en un complemento cromosmico. Tambin ver en el Captulo 13
que el transcriptoma es la coleccin completa de secuencias transcritas del
genoma (incluyendo los mRNA y los ncRNA). Otro trmino es el
proteoma, que fue brevemente introducido en el Captulo 8, pero que aqu
se define como el conjunto completo de las protenas que se pueden
expresar por el material gentico de un organismo. En el resto del captulo,
ver cmo el proteoma est enriquecido por dos procesos celulares: el
empalme alternativo del pre-mRNA y la modificacin postraduccional de
las protenas.
El empalme alternativo genera isoformas proteicas
Recuerde que el empalme alternativo del pre-mRNA permite que un gen
codifique ms de una protena. Las protenas estn formadas por dominios
funcionales que a menudo se codifican en diferentes exones. As, el
empalme alternativo de un pre-mRNA puede llevar a la sntesis de
mltiples protenas (llamadas isoformas) con diferentes combinaciones de
dominios funcionales. Este concepto viene ilustrado por FGFR2, un gen
humano que codifica el receptor al que se unen a los factores de
36

crecimiento del fibroblasto y entonces transduce una seal dentro de la

clula (Figura 9-20). La protena FGFR2 est formada por diversos
dominios que incluyen un dominio extracelular de unin a ligando. El
empalme alternativo produce dos isoformas que difieren en sus dominios
extracelulares. Debido a estas diferencias, cada isoforma se une a diferentes
factores de crecimiento. Para muchos genes que son empalmados
alternativamente, existen distintas isoformas en diferentes tejidos.
Eventos postraduccionales
Cuando se liberan del ribosoma la mayora de las protenas recin
sintetizadas son incapaces de funcionar. Este hecho puede ser sorprendente
para los que creen que la secuencia de protenas codificada en el DNA y
sus transcritos
(Fin de pgina 340)
(Inicio de pgina 341)
son lo nico necesario para explicar cmo trabajan los organismos. Como
ver en esta seccin y en los siguientes captulos de este libro, la secuencia
del DNA es slo una parte de la historia. En este caso, todas las protenas
recin sintetizadas necesitan plegarse correctamente y los aminocidos de
algunas protenas necesitan ser modificados qumicamente. Debido a que el
plegamiento proteico y la modificacin tienen lugar despus de la sntesis
de la protena, se denominan sucesos postraduccionales.
El plegamiento de la protena dentro de la clula. El suceso
postraduccional ms importante es el plegamiento de la protena recin
sintetizada en su forma tridimensional correcta. Una protena que se pliega
correctamente adopta su conformacin nativa, en contraste con una
protena que no est plegada o que lo hace de manera incorrecta que se
37

denomina no nativa. Como se ha visto al principio del captulo, las

protenas presentan una extraordinaria variedad de estructuras. Las distintas
estructuras de las protenas son esenciales para su actividad enzimtica,
para su capacidad de unirse al DNA, o para cumplir con sus funciones en la
clula. Aunque desde 1950 se conoca que la estructura tridimensional de
las protenas est determinada por su secuencia de aminocidos, tambin se
conoca que el ambiente acuoso dentro de la clula no favorece el
plegamiento correcto de la mayora de las protenas. Dado que las protenas
se encuentran en la clula plegadas de forma correcta, ha habido una
pregunta que permaneci sin respuesta durante largo tiempo, y es cmo se
pliega de manera correcta la protena?
Parece ser que las protenas nacientes se pliegan correctamente con
ayuda de las chaperonas, una clase de protenas descubiertas en todos los
organismos desde bacterias hasta plantas y humanos. Una familia de
chaperonas, llamadas las chaperoninas GroE, forman un gran complejo de
mltiples subunidades llamado la mquinas de plegamiento chaperoninas.
Aunque an se desconoce el mecanismo preciso, se cree que las protenas
recin sintetizadas, que se encuentran sin plegar, entran en una cmara en la
mquina de plegamiento que proporciona un microambiente elctricamente
neutro dentro del cual las protenas pueden adoptar su conformacin nativa.
(Fin de pgina 341)
(Principio de pgina 342)
Modificacin postraduccional de las cadenas laterales de los
aminocidos
Las protenas son polmeros formados por cualquiera de los 20 tipos
diferentes de aminocidos. Sin embargo, el anlisis bioqumico de muchas
protenas revel que existe una variedad de molculas que pueden
enlazarse covalentemente a las cadenas laterales de aminocidos. Se
38

conocen ms de 300 modificaciones postraduccionales de las cadenas

laterales de aminocidos. Seguidamente se analizarn dos de las
modificaciones ms comunes, la fosforilacin y la ubiquitinizacin.
La fosforilacin: Las enzimas llamadas quinasas unen grupos fosfato a los
grupos hidroxilo de los aminocidos serina, treonina y tirosina, mientras
que las enzimas llamadas fosfatasas eliminan los grupos fosfato. La adicin
y extraccin de estos grupos cargados negativamente, por lo general,
cambia la conformacin de las protenas y funcionan como un interruptor
reversible para controlar una variedad de sucesos celulares que incluyen la
actividad enzimtica, las interacciones entre protenas y las interacciones
de las protenas con el DNA (Figura 9-21).
Una medida de la importancia de la fosforilacin de las protenas es
el nmero de genes que codifican actividad quinasa en el genoma. An en
un organismo tan simple como la levadura hay cientos de genes quinasa,
mientras que la planta Arabidopsis thaliana tiene ms de 1000. Otra
medida del significado de la fosforilacin proteica es que la mayora de las
interacciones entre protenas que tienen lugar en una clula tpica estn
reguladas por la fosforilacin. Los anlisis recientes de las interacciones
entre protenas del proteoma indican que la mayora de las protenas
funcionan interactuando con otras protenas. El interactoma es el nombre
que se le da al conjunto completo de interacciones entre protenas. Una
forma de de visualizar la red de interacciones protena-protena se muestra
en la Figura 9-22. Como puede verse, el interactoma del gusano C. elegans
est compuesto de cientos, quizs miles, de interacciones entre protenas.
Sin embargo, el nmero de interacciones representadas en la Figura 9-22
constituye slo una minscula fraccin de las interacciones que tienen
lugar
(Fin de pgina 342)
39

(Principio de pgina 343)

en todas las clulas de todos los organismos. Cul es el significado
biolgico de estas interacciones? En este captulo y en los anteriores, se ha
visto que las interacciones entre protenas son esenciales en el
funcionamiento de las grandes mquinas biolgicas como son el replisoma,
el empalmosoma y el ribosoma.
Ubiquitinacin:

Sorprendentemente,

una

de

las

modificaciones

postraduccionales ms comunes no es tan simple como la adicin de un

grupo fosfato. En cambio no es tan sutil el proceso de ubiquitinacin, que
consiste en la adicin de cadenas de mltiples copias de una protena
llamada ubiquitina en el -amino de los residuos de lisina de una protena,
para as marcar la protena para que sea degradada por una proteasa
llamada 26S proteosoma (Figura 9-23). La ubiquitina contiene 76
aminocidos, se encuentra slo en los eucariotas, y est sumamente
conservada entre plantas y animales. Existen dos clases de protenas que la
ubiquitinacin marca para su destruccin: las protenas de vida corta, como
los reguladores del ciclo celular, y las protenas que estn daadas o
mutadas.
Destino de las protenas En los eucariotas, todas las protenas se sintetizan
en los ribosomas del citoplasma. Sin embargo, algunas de estas protenas
terminarn en el ncleo, otras en la mitocondria y algunas otras sern
ancladas en la membrana o secretadas fuera de la clula. Cmo saben
estas protenas a donde deben ir? La respuesta a este problema
aparentemente complejo es ahora bastante simple: una protena recin
sintetizada contiene secuencias cortas que dirigen a las protenas al lugar
correcto o al compartimiento celular que le corresponde. Por ejemplo, una
40

protena de membrana recin sintetizada o una protena destinada a un

orgnulo tienen en su extremo amino terminal un pptido corto que le
dirige, denominado secuencia seal. Para las protenas de membrana, este
grupo de 15 a 25 aminocidos dirige las protenas hacia los canales de la
membrana del retculo endoplasmtico, donde una peptidasa escinde la
secuencia seal (Figura 9-24). Desde el retculo endoplasmtico, la protena
se dirige a su destino final. Existe un fenmeno similar para ciertas
protenas bacterianas que se secretan.
Las protenas destinadas al ncleo incluyen a las polimerasas de
RNA y de DNA, y a los factores de transcripcin discutidos en los
Captulos 7 y 8. Las secuencias de aminocidos incrustadas en el interior de
las protenas que rodean al ncleo son necesarias para el transporte de las
protenas desde el citoplasma hacia el ncleo. Las protenas receptoras
citoplasmticas reconocen a las secuencias de localizacin nuclear (NLS,
del ingls, nuclear localization sequences), y transportan la protena recin
sintetizada a travs de los poros nucleares, que se encuentran en la
membrana. Estos poros permiten que las molculas grandes atraviesen la
membrana tanto hacia adentro como hacia fuera. Una protena que
normalmente no se encuentra en el ncleo ser transportada a su interior si
se le aade una NLS.
Por qu se escinden las secuencias seales mientras llegan a su
destino, mientras que una NLS, localizada en el interior de la protena,
permanece despus que la protena ya haya entrado en el ncleo? Una
posible explicacin sera que, en la desintegracin nuclear que acompaa a
la mitosis (vase el Captulo 2), las protenas localizadas en el ncleo
podran encontrarse en el citoplasma, y si contienen un NLS, podran luego
recolocarse en el ncleo de una clula hija cuando acabe la mitosis.

41

Mensaje: La mayora de las protenas eucariticas son inactivas a menos

que sean modificadas despus de la traduccin. Algunos eventos
postraduccionales, como la fosforilacin o la ubiquitinacin, modifican a
los grupos de las cadenas laterales de aminocidos, promoviendo su
activacin

degradacin,

respectivamente.

Otros

mecanismos

postraduccionales reconocen seales de aminocidos en una secuencia

proteica y dirigen a las protenas a los lugares sonde se requiere su
actividad dentro o fuera de la clula.

Resumen
Este captulo ha tratado de la traduccin de la informacin codificada en la
secuencia de nucletidos de un mRNA a la secuencia de aminocidos de
una protena. Nuestras protenas, ms que otras macromolculas,
determinan lo que somos o no somos. Son las enzimas responsables del
metabolismo celular, incluyendo la sntesis de DNA y RNA, y son los
factores de regulacin requeridos para la expresin del programa gentico.
La versatilidad de las protenas como molculas biolgicas se manifiesta en
la diversidad de formas que pueden adoptar. Ms an, an despus de ser
sintetizadas, pueden modificarse en una variedad de formas por la adicin
de molculas que pueden alterar su funcin.
Dado el papel central de las protenas en la vida, no es sorprendente
que el cdigo gentico y la maquinaria de traduccin se encuentre
sumamente conservada desde las bacterias hasta los humanos. Los
principales componentes de la traduccin son tres clases de RNA: tRNA,
mRNA y rRNA. La exactitud de la traduccin depende del ligamiento
enzimtico de un aminocido con su tRNA cognado, generando una
molcula de tRNA cargada. Como adaptadores, los tRNA son molculas
clave en la traduccin. Por el contrario, el enorme ribosoma es la fbrica,

42

donde se encuentran el mRNA, los tRNA cargados y los otros factores

proteicos para la sntesis de las protenas.
La decisin clave en la traduccin es dnde se inicia sta. En los
procariotas, el complejo de iniciacin se ensambla sobre el mRNA en la
secuencia de Shine-Dalgarno, ubicada precisamente aguas arriba del codn
de iniciacin AUG. El complejo de iniciacin en los eucariotas se ensambla
a la caperuza del extremo 5 del mRNA y se mueve en direccin 3 hasta
que se reconoce el codn de iniciacin. La fase ms larga de la traduccin
es el ciclo de elongacin; en esta fase, el ribosoma se desplaza a lo largo
del mRNA, dejando ver el siguiente codn que interactuar con su tRNA
cognado y cargado de manera que el aminocido cargado en el tRNA pueda
ser aadido a la cadena polipeptdica creciente. Este ciclo contina hasta
que se encuentra un codn stop. Los factores de liberacin facilitan la
terminacin de la traduccin.
Hace unos pocos aos que nuevas tcnicas de imagen han revelado
las interacciones del ribosoma a nivel atmico. Con estos nuevos ojos, se
sabe ahora que el ribosoma es una mquina increblemente dinmica que
cambia la forma en respuesta a los contactos realizados con los tRNAs y
con las protenas. Ms an, las imgenes de resolucin atmica revelaron
que el RNA ribosmico, y no las protenas ribosmicas, est ntimamente
relacionado con los centros funcionales del ribosoma.
El proteoma es el conjunto completo de protenas que puede
expresarse a partir del material gentico de un organismo. Mientras que un
eucariota multicelular tpico tiene cerca de 20 000 genes, el proteoma tpico
es probablemente de 10 a 50 veces mayor. Esta diferencia es, en parte, el
resultado de las modificaciones postraduccionales como la fosforilacin y
la ubiquitinacin, que influyen sobre la actividad y estabilidad de las
protenas.

43

Trminos claves
aminocido (pgina 322)
aminoacyl-tRNA sintetasa (pgina 331)
anticodn (pgina 331)
centro decodificador (pgina 335)
centro peptidiltransferasa (pgina 335)
cdigo degenerado (pgina 328)
codn (pgina 325)
colinealidad (pgina 325)
diseo de frmacos basados en la estructura (pgina 336)
dominio (pgina 324)
estructura cuaternaria (pgina 322)
estructura primaria (pgina 322)
estructura secundaria (pgina 322)
estructura terciaria (pgina 322)
extremo amino (pgina 322)
extremo carboxilo (pgina 322)
factor de iniciacin (pgina 336)
factor de liberacin, (RF) (pgina 339)
iniciador (pgina 336)
interactoma (pgina 342)
isoforma (pgina 340)
polipptido (pgina 322)
protena fibrosa (pgina 322)
protena globular (pgina 322)
proteoma (pgina 340)
ribosoma (pgina 321)
RNA de transferencia (tRNA) (pgina 321)
RNA ribosmico (rRNA) (pgina 321)
44

secuencia de localizacin nuclear, NLS (pgina 343)

secuencia de Shine-Dalgarno (pgina 336)
secuencia seal (pgina 343)
sitio A (pgina 335)
sitio activo (pgina 324)
sitio E (pgina 335)
sitio P (pgina 335)
subunidad (pgina 322)
tambaleo (pgina 332)
triplete (pgina 325)
tRNA cargado (pgina 331)
tRNA isoaceptor (pgina 333)
ubiquitina (pgina 343)
ubiquitinizacin (pgina 343)

45

PROBLEMAS RESUELTOS:
1. Utilizando el diccionario de codones de la Figura 9-6, indique cmo se
vera afectada la traduccin por la adicin de una adenina al principio de la
siguiente secuencia:
A
-CGA-UCG-GAA-CCA-CGU-GAU-AAG-CAU-Arg - Ser - Glu Pro Arg Asp Lys - HisSolucin
Con la adicin de una A al principio de la secuencia, el marco de lectura se
desplaza y los aminocidos especificados por la secuencia cambian, como
se muestra aqu. (Observe que aparecen dos codones sin sentido, que
provocan la terminacin de la cadena).
-ACG-AUG-GCA-ACC-ACG-UGA-UAA-GCA
- Thr Ile Gly - Thr Thr Stop -Stop
2. La insercin de un solo nucletido seguida de la delecin de un solo
nucletido a unos 20 nucletidos de distancia en el DNA provoca cambios
en la secuencia proteica de:
HisThrGluAspTrpLeuHisGlnAsp
a
HisAspArgGlyLeuAlaThrSerAsp
Qu nucletido se ha insertado y cul se ha delecionado? Cules seran
las secuencias del mRNA original y las del nuevo mRNA? (Pista: consulte
la Figura 9-6).
46

Solucin
A partir de la secuencia proteica original podemos inferir la secuencia del
mRNA (con las consiguientes ambigedades del cdigo degenerado):
HisThrGluAspTrpLeuHisGlnAsp
CAU/CACC/U/A/GGA/GGAU/CUGGCUC/U/A/G/UUA/G
CAU/CCAA/GGAU/C
Debido a que la insercin de un solo nucletido provoca el cambio de la
secuencia proteica a partir del primer aminocido (His), se puede inferir
que el codn que cifra Thr debe haber cambiado a un codn que cifra Asp.
Este cambio debe haberse producido por la adicin de una G justo delante
del codn que cifra treonina (sealada con un recuadro), provocando un
desplazamiento del marco de lectura, como se indica a continuacin:
CAU/C GACC/U/A/G/GAA/GGAU/CUGGC/UU
C/U/A/G/CU/CCAGAU/C
-G/A
HisAspArgGlyLeuAlaThrSerAsp
Adems, debe haberse producido una delecin de una A o una G en la
ltima posicin del penltimo codn original (indicado con una flecha),
para explicar que el ltimo codn vuelva a cifrar Asp. A partir de la
secuencia original de la protena se puede inferir la secuencia del mRNA,
aunque con varias ambigedades. Sin embargo, la secuencia de la protena
resultante del desplazamiento del marco de lectura permite resolver la
47

mayora de estas ambigedades. Los nucletidos que deben aparecer en la

secuencia original en estas posiciones estn sealados con un crculo. Slo
en algunos casos se mantiene la ambigedad.
PROBLEMAS BSICOS
1.a. Empleando la tabla de equivalencia de codones de la Figura 9-26 y
complete la siguiente tabla. Suponga que la lectura se realiza de izquierda a
derecha y que las columnas representan los alineamientos de la
transcripcin y de la traduccin.
C

Doble hlice de DNA

T G A
U

C A
Trp

Transcrito de mRNA
G C A Anticodn apropiado del tRNA
Aminocido incorporado a

la

protena
1.b. Marque los extremos 5 y 3 del DNA y el RNA, as como los extremos
amino y carboxilo de la protena.
2. Considere el siguiente segmento de DNA:
5 GCTTCCCAA 3
3 CGAAGGGTT 5
Suponga que la cadena superior es el molde empleado por la RNA
polimerasa.
a. Escriba el RNA transcrito.
b. Marque los extremos 5 y 3.

48

c. Escriba la cadena de aminocidos correspondiente.

d. Marque los extremos amino y carboxilo terminal.
3. Un suceso mutacional inserta un par de nucletidos extra en el DNA.
Cul de los siguientes resultados se esperara?
1. No se produce ninguna protena; 2. Se produce una protena con un
aminocido cambiado; 3. Se produce una protena con tres aminocidos
cambiados; 4. Se produce una protena con dos aminocidos cambiados; 5.
Se produce una protena en la que la mayora de los aminocidos despus
del sitio de insercin estn cambiados.
4. Antes de que se conociera la verdadera naturaleza del proceso de
codificacin gentica, se propuso que el mensaje podra leerse en tripletes
solapados. Por ejemplo, la secuencia GCAUC podra leerse como GCA
CAU AUC:
G C A U C

Disee un experimento que le permita poner a prueba esta idea.

5. En un sistema de sntesis in vitro de protenas, la adicin de un mRNA
humano especfico al aparato de traduccin de E. coli (ribosomas, tRNA,
etc) estimula la sntesis de una protena muy parecida a la cifrada en dicho
mRNA. Qu quiere decir este resultado?
6. Qu anticodn predecira para una molcula de tRNA portadora de
isoleucina? Existe ms de una respuesta correcta? Si fuera as, indique las
diferentes respuestas posibles.
49

7. a. En cuntos casos del cdigo gentico sera incapaz de precisar el

aminocido especificado por un codn si slo supiera los dos primeros
nucletidos del codn?
b. En cuntos casos sera incapaz de averiguar los dos primeros
nucletidos de un codn si conociera el aminocido que determina?
8. Deduzca cules pudieron ser los seis codones originales mutados en las
cepas de Brenner que le permitieron inferir la naturaleza del codn mbar
UAG.
9. Si un polinucletido est compuesto por cantidades iguales de las bases
adenina y uracilo, dispuestas al azar, qu proporcin de sus tripletes
determinarn: (a) fenilalanina? (b) isoleucina? (c) leucina? (d) tirosina?
10. Se han sintetizado tres RNA mensajeros distintos, combinando al azar
las bases en las proporciones siguientes: (a) 1U:5C, (b) 1A:1C:4U, (c)
1A:1C:1G:1U. Indique la identidad y proporciones de los aminocidos que
se incorporaran a las protenas sintetizadas in vitro al aadir por separado
cada uno de estos mRNA. (Consulte la Figura 9-6).
11. En el hongo Neurospora, se obtuvieron algunos mutantes que carecan
de actividad para una cierta enzima. Se descubri por cartografa que las
mutaciones podran estar en cualquiera de dos genes que no estn ligados.
Escriba una explicacin posible referida a la estructura cuaternaria de las
protenas.
12. Se descubre un mutante que carece de todas las funciones detectables
para una enzima especfica. Si tiene un anticuerpo marcado que detecta esta
50

protena en una transferencia por Western (vase Captulo 1). Esperara

detectar con el anticuerpo alguna protena en el mutante? Explique.
13. En la transferencia por Western (vase Captulo 1), la enzima
triptofano-sintetasa, generalmente muestra dos bandas de diferente
movilidad en el gel. Algunos mutantes que no presentan actividad
enzimtica, mostraron exactamente el mismo patrn de bandas que el tipo
salvaje. Otros mutantes sin actividad, slo mostraron la banda lenta; y
otros, mostraron slo la banda rpida.
a. Explique los diferentes tipos de mutantes respecto a la estructura de
protenas.
b. Por qu piensa que no hubo mutantes que no mostraban ninguna banda?
14. En el experimento de Crick y Brenner descrito en este captulo, tres
inserciones o tres deleciones restauraban el marco de lectura normal y
la deduccin fue que el cdigo se lea en grupos de tres. Est probada esta
deduccin a partir de los experimentos? Un codn podra estar compuesto
por seis bases, por ejemplo?
15. Un mutante no tiene actividad para la enzima isocitrato-liasa. Este
resultado prueba que la mutacin est en el gen que codifica esta enzima?
16. Un supresor sin sentido corrige un mutante que no crece a un estado
que es casi, pero no exactamente, salvaje (su crecimiento es anormal).
Sugiera una razn posible por la que la reversin no es una correccin
completa.
17. En los genes bacterianos, tan pronto como se produce un transcrito
parcial de mRNA por el sistema de la RNA polimerasa, el ribosoma salta e
51

inicia la traduccin. Esquematice un diagrama de este proceso,

identificando los extremos 5 y 3 del mRNA, los extremos amino y
carboxilo de la protena, la RNA polimerasa y al menos un ribosoma. (Por
qu no podra funcionar este sistema en los eucariotas?).
18. En un haploide, un supresor sin sentido su1 acta sobre la mutacin 1
pero no lo hace sobre la mutacin 2 3 del gen P. su2, un supresor sin
sentido y no ligado funciona en la mutacin 2 de P pero no en la 1 ni en la
3. Explique el patrn de supresin teniendo en cuenta la naturaleza de la
mutacin y de los supresores.
19. Se han desarrollado sistemas de traduccin in vitro en los que se pueden
aadir molculas especficas de RNA al tubo de ensayo que contiene
material celular bacteriano, que incluye todos los componentes necesarios
para la traduccin (ribosomas, tRNAs, aminocidos). Si se aade un
aminocido marcado radiactivamente, cualquier protena traducida ser
detectada y observada en un gel. Si se aade un mRNA eucariota al tubo de
ensayo, se producira una protena radiactiva? Explique.
20. En un sistema de traduccin eucariota (que contiene un extracto celular
de unas clulas eucariticas) comparable con el del problema 19, se podra
producir una protena a partir de mRNA bacteriano? Si no, por qu no?
21. Un sistema de traduccin quimrico que contiene la subunidad mayor
del ribosoma de E. coli y la subunidad menor de las levaduras (un eucariota
unicelular) podra se capaz de funcionar sintetizando una protena?
Explique por qu si o por qu no.
22. Las mutaciones que cambian un nico aminocido en el sitio activo de
52

una enzima dar lugar a la sntesis de una enzima inactiva en cantidades

iguales que la salvaje. En qu otras regiones de la protena se podra
cambiar un aminocido y obtenerse el mismo resultado?
23. Qu evidencias soportan la visin de que el rRNA es el componente
ms importante del ribosoma, ms que las protenas ribosmicas?
24. Explique por qu los antibiticos, como la eritromicina y el Zytromax,
que se unen a la subunidad mayor del ribosoma, no nos causa dao.
25. Por qu los organismos multicelulares necesitan tener cientos de genes
que codifican para quinasas?
26. Nuestro sistema inmune produce muchas protenas diferentes que nos
protegen de las infecciones bacterianas y virales. Las compaas de
Biotecnologa deben producir grandes cantidades de esas protenas
inmunolgicas para ensayos humanos y para venderlas finalmente a la
poblacin. Con este fin, sus cientficos disean cultivos celulares
bacterianos o humanos para expresar estas protenas inmunes. Explique por
qu las protenas aisladas de cultivos bacterianos a menudo son inactivas,
mientras que las mismas protenas aisladas de cultivos celulares humanos
son activas (funcionales)?
PROBLEMAS PARA PENSAR
27. La insercin de un solo nucletido y la delecin de otro nucletido a 15
nucletidos de distancia en el DNA provoca el siguiente cambio en la
secuencia proteica
LysSerProSerLeuAsnAlaAlaLys
53

a
LysValHisHisLeuMetAlaAlaLys
a. Cales seran las secuencias del mRNA original y del nuevo mRNA?
(Utilice la Figura 9-6).
b. Qu nucletido se ha insertado y cul se ha delecionado?
(El Problema 27 se ha tomado de W.D. Stansfield, Theory and Problems of
Genetics. McGraw-Hill, 1969.)
28. Suponga que est estudiando un gen de E. coli que determina cierta
protena. Parte de su secuencia es:
AlaProTrpSerGluLysCysHis
Obtiene una serie de mutantes de este gen que carecen de la actividad
enzimtica correspondiente. Al aislar las protenas mutantes, encuentra las
siguientes secuencias:
Mutante 1:
AlaProTrpArgGluLysCysHis
Mutante 2:
AlaPro
Mutante 3:
AlaProGlyValLysAsnCysHis
Mutante 4:
AlaProTrpPhePheThrCysHis
Cul es la base molecular de cada mutacin? Cul es la secuencia del
DNA que determina esta parte de la protena?
29. Se conocen supresores de las mutaciones por cambio en el marco de
lectura. Proponga un mecanismo que explique cmo actan.
54

30. Considere el gen que especifica la estructura de la hemoglobina.

Ordene los hechos siguientes en el orden cronolgico ms probable.
a. Aparicin de anemia.
b. Alteracin de la conformacin del sitio de unin del oxgeno.
c. Aparicin de un codn incorrecto en el mRNA de la hemoglobina.
d. El vulo recibe una dosis alta de radiacin.
e. Aparece un codn incorrecto en el DNA del gen de la hemoglobina.
f. Una mujer (que trabaja como tcnica de rayos X) entra accidentalmente
en una habitacin donde est funcionando un generador de rayos X.
g. Muere un nio.
h. La capacidad de transporte de oxgeno del organismo se ve gravemente
afectada.
i. El anticodn del tRNA se alinea con un codn mutado y se incorpora un
aminocido errneo.
j. Se produce el cambio de un par de nucletidos del DNA del gen de la
hemoglobina.
31. A partir de un cultivo de tejido de hmster, se asla un mutante celular
por su resistencia a -amanitina (un compuesto venenoso extrado de un
hongo). Mediante electroforesis, observamos que el mutante ha sufrido una
alteracin en la polimerasa de RNA; slo una de las bandas electroforticas
aparece en una posicin distinta a la de la polimerasa salvaje. Se supone
que las clulas son diploides. Qu podra decir este experimento sobre la
posibilidad de detectar mutaciones recesivas en dichas clulas?
32. Una molcula de DNA de cadena doble, cuya secuencia se muestra a
continuacin, produce in vivo un polipptido de cinco aminocidos de
longitud.
55

TAC ATG ATC ATT TCA CGG AAT TTC TAG CAT GTA
ATG TAC TAG TAA AGT GCC TTA AAG ATC GTA CAT
a. Cul de los dos cadenas del DNA es la que se transcribe y en qu
sentido?
b. Marque los extremos 5 y 3 de cada cadena.
c. Si se produce una inversin entre el segundo triplete desde el extremo
izquierdo y el tercer triplete desde el extremo derecho, y la cadena que se
transcribe es la misma, qu longitud tendr el polipptido resultante?
d. Suponga que la molcula original est intacta y que la transcripcin
utiliza la cadena inferior y se mueve de izquierda a derecha. Indique la
secuencia de bases, y seale los extremos 5 y 3 del anticodn que inserta
el cuarto aminocido del polipptido en crecimiento. Cul es este
aminocido?
33. Una de las tcnicas empleadas para descifrar el cdigo gentico fue la
sntesis de polipptidos in vitro, a partir de mRNA con secuencias
repetidas,

por

ejemplo,

(AGA)n,

que

puede

escribirse

como

AGAAGAAGAAGAAGA...... En ocasiones, el polipptido sintetizado

estaba compuesto por un solo aminocido (un homopolmero), y en otros
casos por ms de uno (heteropolmero), dependiendo de la secuencia
repetitiva que se usara. Adems, a veces se producan diferentes
polipptidos a partir de un mismo mRNA, lo que sugera que la sntesis de
protenas en el sistema in vitro no comenzaba siempre en el nucletido del
extremo del mensajero. Por ejemplo, a partir de (AGA)n podran
sintetizarse tres polipptidos: el homopolmero aa1 (abreviado aa1-aa1), el
homopolmero aa2 (abreviado aa2-aa2) y el homopolmero aa3 (abreviado
aa3-aa3). Probablemente, estos polipptidos diferentes derivan de la
iniciacin de la traduccin en posiciones distintas de la secuencia:
AGA AGA AGA AGA . . .
56

GAA GAA GAA GAA . . .

AAG AAG AAG AAG . . .
En la siguiente tabla se muestran los resultados reales obtenidos en un
experimento realizado por Khorana.
mRNA
sinttico

Polipptido(s) sintetizados

(UC)n

(Ser-Leu)

(UG)n

(Val-Cys)

(AC)n

(Thr-His)

(AG)n

(Arg-Glu)

(UUC)n

(Ser-Ser) y (Leu-Leu) y (Phe-Phe)

(UUG)n

(Leu-Leu) y (Val-Val) y (Cys-Cys)

(AAG)n (Arg-Arg) y (Lys-Lys) y (Glu-Glu)

(CAA)n (Thr-Thr) y (Asn-Asn) y (Gln-Gln)
(UAC)n (Thr-Thr) y (Leu-Leu) y (Tyr-Tyr)
(AUC)n (Ile-Ile) y (Ser-Ser) y (His-His)
(GUA)n (Ser-Ser) y (Val-Val)
(GAU)n (Asp-Asp) y (Met-Met)
(UAUC)n (Tyr-Leu-Ser-Ile)
(UUAC)n (Leu-Leu-Thr-Tyr)
(GAUA)n Ninguno
(GUAA)n Ninguno
[Nota: el orden en el que aparecen los polipptidos o los aminocidos en la
tabla no es significativo excepto en el caso de (UAUC)n y (UUAC)n].
a. Por qu (GUA)n y (GAU)n determinan cada uno slo dos
homopolipptidos?
b. Por qu (GAUA)n y (GUAA)n no dan lugar a la sntesis de
polipptidos?
c. Asigne un aminocido a cada triplete de la siguiente lista. Tenga en
57

cuenta que suelen haber varios codones para un solo aminocido y que las
primeras dos letras de un codn son las importantes (mientras que la tercera
letra slo es ocasionalmente relevante). Recuerde tambin que algunos
codones muy distintos pueden cifrar el mismo aminocido. Intente resolver
la pregunta sin consultar la Figura 9-6.
AUG GAU UUG AAC
GUG UUC UUA CAA
GUU CUC AUC AGA
GUA CUU UAU GAG
UGU CUA UAC GAA
CAC UCU ACU UAG
ACA AGU AAG UGA
La resolucin de este problema exige cierta lgica combinada con el
mtodo de prueba y error. No se desanime: Khorana recibi el premio
Nobel por resolverlo. Buena suerte!
(El problema 33 est tomado de J. Kuspira y G. W. Walker, Genetics
Questions and Problems, McGraw-Hill, 1973.)

EXPLORANDO

LOS

GENOMAS

Una

tutora

bioinformtica en Web.
Descubriendo dominios conservados
Las secuencias de protenas conservadas son manifestaciones de la
conservacin de los residuos de aminocidos necesarios para su estructura,
regulacin o funcin cataltica. A menudo, los grupos de residuos pueden
identificarse como pertenecientes a un patrn o marca de un tipo particular
de enzima o dominio de regulacin. En la tutora de Genmica en
www.whfreeman.com/iga9e,

descubrir

cmo

encontrar

dominios

conservados en un complejo proteico.

58

Determinando la estructura proteica

La funcin proteica depende de la estructura tridimensional, que a su vez
depende de la secuencia primaria de la protena. La estructura proteica se
determina experimentalmente por cristalografa de rayos X o por
resonancia magntica nuclear. En ausencia de informacin experimental
directa, existen programas potentes que se emplean para intentar ajustar los
datos de la secuencia primaria de aminocidos al modelo tridimensional.
Escoja uno en el seminario de Genmica en www.whfreeman.com/iga9e.

59

FIGURAS CAPTULO 9
Pgina 319:
Pie de Figura:
La imagen muestra en resolucin atmica, la superficie de un ribosoma de
la bacteria Haloarcula marismortuori, deducida por cristalografa de rayos
X. La parte del ribosoma que consiste de RNA se muestra en azul; la que
consiste de protenas se muestra en morado. Las estructuras en blanco, rojo
y amarillo del centro son los tRNA en los sitios de unin E, P y A; su tallo
aceptor desaparece dentro de una hendidura del ribosoma.
(Tomada de P. Nossen, J. Hensen, N Ban, P.B. Moore, y T.A. Steiz, The
structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis Science
289, 200, 920-930, Fig 10A en p. 926)
Pgina 320
FIGURA 9-1
Ttulo: La unin del antibitico al ribosoma previene la traduccin.
Pie de Figura:
El antibitico eritromicina (en rojo) bloquea el tnel desde el que emergen
las protenas recin sintetizadas del ribosoma. La imagen es una vista
superior de la subunidad 50S del ribosoma de la bacteria Deinococcus
radiodurans. Los RNA ribosomales se muestran en azul, y las protenas
ribosomales en amarillo. (Dr. Joerg Harms, MPI for Molecular Genetics,
Berln, Alemania)
Pgina 322
FIGURA 9-2
Ttulo: El enlace peptdico

60

Pie de Figura:
a) Un polipptido se forma por la extraccin de agua entre los aminocidos
para formar un enlace peptdico. Cada aa indica un aminocido. R1, R2 y R3
representan a los grupos R (cadenas laterales) que distinguen los
aminocidos.
b) El enlace peptdico es una unidad rgida y plana con los grupos R
proyectados hacia fuera del esqueleto C-N. Se muestran las distancias
estndar de los enlaces en Angstroms. (b) De L. Stryer, Bioqumica, 4 ta
edicin. Copyright 1995 por Lubert Stryer).

Pgina 323
FIGURA 9-3
Ttulo: Niveles de estructura de una protena
Pie de Figura:
Una protena tiene cuatro niveles de estructura. a) Estructura primaria. b)
Estructura secundaria. Los polipptidos pueden formar una estructura
helicoidal (una -hlice) o una estructura en zig-zag (una -hoja plegada).
Las hojas plegadas tienen dos segmentos dispuestos con la polaridad
opuesta, como est indicado por la flecha. c) Estructura terciaria. El grupo
hemo es una estructura en anillo no proteica con un in de hierro en el
centro. d) Estructura cuaternaria ilustrada por la hemoglobina, que est
compuesta por cuatro subunidades proteicas: dos subunidades y dos .
Pgina 325
FIGURA 9-4
Ttulo: El gen y la estructura proteica son colineales.
Pie de Figura:

61

Las mutaciones en trpA son colineales con los cambios en los aminocidos.
Aunque el orden de las mutaciones en el mapa del gen y las posiciones de
los aminocidos son las mismas, las posiciones relativas difieren porque el
mapa gnico deriva de las frecuencias de recombinacin, que no son
uniformes a lo largo del gen. (De Yanofsky, Gene Structure and Protein
Structure. Copyright 1967 por Scientific American. Todos los derechos
reservados)
Pgina 325
FIGURA 9-5
Ttulo: Cdigo gentico solapado versus no solapado.
Pie de Figura:
Un cdigo gentico solapado y no solapado traduciran de manera distinta
una secuencia de aminocidos. El ejemplo utiliza un codn con tres
nucletidos en el RNA (un cdigo de tripletes). En un cdigo solapado,
cada nucletido ocupa una posicin en mltiples codones. En esta figura, el
tercer nucletido en el RNA, la U, se encuentra en tres codones. En un
cdigo no solapado, una protena se traduce leyendo los nucletidos
secuencialmente en grupos de tres. Un nucletido se encuentra en un nico
codn. En este ejemplo, la tercera U en el RNA est solamente en el primer
codn.
.
Pgina 329
FIGURA 9-6
Ttulo: El cdigo gentico
Pie de Figura:
El cdigo gentico designa el aminocido especificado por cada codn.

62

Pgina 330
FIGURA 9-7
Ttulo: La estructura del RNA de transferencia
Pie de Figura:
a) La estructura del tRNA de alanina en levaduras. El anticodn del tRNA
se une a su codn complementario en el mRNA.
b) Diagrama de la estructura tridimensional del tRNA de la fenilalanina en
levaduras. Las abreviaturas , mG, m2G y UH2 se refieren a las bases
modificadas pseudouridina, metilguanosina, dimetilguanosina, metilinosina
y dihidrouridina, respectivamente.
(a) De S. Arnott, The structure of Transfer RNA, Prog. Biophys. Mol.
Biol. 22, 1971, 186; b) de L. Stryer, Bioqumica, 4 ta edicin. Copyright
1995 por Lubert Stryer. La parte b est basada en un dibujo de Sung-Hou
Kim).
Pgina 331
FIGURA 9-8
Ttulo: Una aminoacil-tRNA sintetasa une un aminocido a su tRNA.
Pie de Figura:
Cada aminoacil-tRNA sintetasa tiene bolsillos de unin para un aminocido
especfico y su tRNA cognado, esto quiere decir, que un aminocido se une
covalentemente al tRNA con el correspondiente anticodn.
Pgina 331
FIGURA 9-9
Ttulo: Dos tRNA superpuestos
Pie de Figura:
El tRNA de levaduras para glutamina (en azul) plegado en su estructura
tridimensional correcta casi solapa completamente con el tRNA de
63

levaduras para fenilalanina (rojo), excepto en la horquilla del anticodn y el

extremo aminoacil. (De M.A. Rould, J.J. Perona, D. Soll, y T.A. Steitz,
Structure of E. coli Glutaminyl-tRNA sinthetase complexed with tRNA
(Gln) and ATP at 2.8 A resolution. Science 246, 1989, 1135-1142).
Pgina 332
FIGURA 9-10
Ttulo: El tambaleo permite al tRNA reconocer a dos codones
Pie de Figura:
En la tercera posicin del anticodn (extremo 5), la G puede colocarse en
cualquiera de las dos posiciones de tambaleo, siendo capaz de emparejarse
con la U o la C. Esta capacidad permite que una nica especie de tRNA
lleve un aminocido (en este caso, serina) pero pueda reconocer dos
codones en el mRNA (UCU y UCC).
Pgina 334
FIGURA 9-11
Ttulo: Molculas de protenas y de RNA forman las dos subunidades del
ribosoma.
Pie de Figura:
Un ribosoma contiene una subunidad grande y una pequea. Cada
subunidad contiene rRNA de distintas longitudes y un conjunto de
protenas. Hay dos molculas de rRNA principales en todos los ribosomas.
Los ribosomas procariticos tambin contienen un rRNA de 120 bases de
longitud que sedimenta a 5S, mientras que los ribosomas eucariticos
tienen dos rRNA pequeos: una molcula similar al 5S de los procariotas y
una molcula 5.8S de 160 bases de longitud.
Pgina 334
64

FIGURA 9-12
Ttulo: El rRNA se pliega por emparejamiento intramolecular de bases.
Pie de Figura:
La estructura plegada del RNA ribosmico procaritico 16S de la
subunidad pequea del ribosoma.

Pgina 335
FIGURA 9-13
Ttulo: Sitios claves de interaccin en el ribosoma
Pie de Figura:
Sitios claves de interaccin en un ribosoma en la fase de elongacin de la
traduccin. a) Modelo por ordenador de la estructura tridimensional del
ribosoma incluyendo el mRNA, los tRNAs y la cadena polipeptdica
creciente conforme emerge de la subunidad mayor del ribosoma. B) Un
modelo esquemtico del ribosoma durante la elongacin. Ver texto para los
detalles. ((a) De J. Frank, Bioassays 23, 2001, 725-732, Fig. 2.)
Pgina 336
FIGURA 9-14
Ttulo: Secuencia de Shine-Dalgarno
Pie de Figura:
En las bacterias, la complementariedad de bases entre el extremo 3 del
rRNA de la subunidad menor del ribosoma y la secuencia de
Shine-Dalgarno del mRNA posiciona al ribosoma para la iniciacin
correcta de la traduccin, aguas abajo en el codn AUG.
Pgina 337
FIGURA 9-15
65

Ttulo: Iniciacin de la traduccin en los procariotas

Pie de Figura:
Los factores de iniciacin asisten el ensamblaje del ribosoma en el sitio de
inicio de la traduccin y entonces se disocian antes de la traduccin. (De J.
Berg, J. Tymoczko, y L. Stryer. Biochemistry, 5th ed. Copyright 2002 por
W.H. Freeman and Company)
Pgina 337
FIGURA 9-16
Ttulo: Iniciacin de la traduccin en los eucariotas
Pie de Figura:
El complejo de iniciacin se forma en el extremo 5 del mRNA y rastrea en
la direccin 3 el codn de iniciacin. El reconocimiento del codn de
iniciacin dispara el ensamblaje del ribosoma completo y la disociacin de
los factores de iniciacin (no se muestra). La hidrlisis del ATP provee la
energa para conducir el proceso de bsqueda. (De J. Berg, J. Tymoczko, y
L. Stryer. Biochemistry, 5th ed. Copyright 2002 por W.H. Freeman and
Company)

Pgina 338
FIGURA 9-17
Ttulo: Pasos de la elongacin en la traduccin
Pie de Figura:
Un complejo ternario que consiste de un aminoacil-tRNA unido a un factor
EF-Tu se une al sitio A. Cuando un aminocido se ha unido a la cadena
polipeptdica creciente, un factor EF-G se une al sitio A mientras el tRNA y
los codones del mRNA se arrastran al interior del sitio E y el sitio P. Vase
el texto para mayor detalle.
66

WWW.ANIMATED.ART Los tres pasos de la traduccin.

Pgina 339
FIGURA 9-18
Ttulo: Terminacin de la traduccin
Pie de Figura:
La traduccin se termina cuando los factores de liberacin reconocen los
codones stop en el sitio A del ribosoma. (De H. Lodish et al., Molecular
Cell Biology, 5th ed. Copyright 2004 por W. H. Freeman and Company)
Pgina 340
FIGURA 9-19
Ttulo: Un supresor contrarresta los efectos de una mutacin sin sentido
Pie de Figura:
Un supresor permite que la traduccin contine cuando una mutacin la
habra detenido. a) Terminacin de la traduccin. Aqu, el aparato de la
traduccin no puede rebasar un codn sin sentido (UAG en este caso),
porque ningn tRNA reconoce el triplete UAG. Por lo tanto, la sntesis
proteica acaba, con la siguiente liberacin del fragmento polipeptdico. Los
factores de liberacin no se muestran aqu. b) Las consecuencias
moleculares de una mutacin que altera al anticodn de un tRNA de
tirosina. Este tRNA puede leer ahora el codn UAG. c) La supresin del
codn UAG por el tRNA alterado, que ahora permite la elongacin. (De D.
Watson, J. Tooze and D.T. Kurtz, Recombinant DNA: A short course.
Copyright 1983 por H. Freeman and Company)
Pgina 341
FIGURA 9-20

67

Ttulo: El corte y empalme alternativo produce isoformas proteicas

distintas pero relacionadas.
Pie de Figura:
Mensajeros de RNA producidos por corte y empalme alternativo del premRNA del gen humano FGFR2 que codifica dos isoformas proteicas que
se unen a ligandos distintos (los factores de crecimiento)
Pgina 342
FIGURA 9-21
Ttulo: Fosforilacin y desfosforilacin de las protenas.
Pie de Figura:
Las protenas pueden activarse a travs de la unin enzimtica de grupos
fosfato a los grupos laterales de sus aminocidos e inactivarse por la
eliminacin de los grupos fosfato.
Pgina 342
FIGURA 9-22
Ttulo: Todas las interacciones de protenas en un organismo componen el
interactoma.
Pie de Figura:
Las protenas (representadas por crculos) interactan con otras protenas
(conectadas por lneas) para formar grandes o pequeos complejos
proteicos. Este interactoma est tomado de C. elegans. (Adaptado de S. Li
et al. A map of the ineractome Network of the metazoan C. elegans.
Science 303, 2004, 540-543)
Pgina 343
FIGURA 9-23
Ttulo: La ubiquitinacin dirige una protena hacia la degradacin.
68

Pie de Figura:
Los pasos principales en la degradacin de las protenas mediados por
ubiquitina. La ubiquitina primero se conjuga con otra protena, y ambas
protenas conjugadas son degradadas por el proteosoma. La ubiquitina y los
oligopptidos se reciclan.
Pgina 343
FIGURA 9-24
Ttulo: La secuencia seal dirige la secrecin de la protena
Pie de Figura:
Las protenas destinadas a ser secretadas de la clula tienen una secuencia
aminoterminal que es rica en residuos hidrofbicos. Esta seal se une a las
protenas de membrana del retculo endoplasmtico (RE) que arrastra de la
protena restante a travs de la bicapa lipdica. Durante este proceso, la
secuencia seal se escinde de la protena por una enzima llamada peptidasa
de seal (no se muestra). Una vez dentro del retculo endoplasmtico, la
protena se dirige a la membrana celular, desde la que se excreta.

69

Tablas
Tabla 9-1
Apareamientos de codn y anticodn permitidos por la regla del
tambaleo
Extremo 5 del anticodn

Extremo 3 del codn

CU

G solo

U solo

A G

U, C A

Tabla 9-2
Diferentes tRNA pueden servir codones a la serina
tRNA
tRNASer1
tRNASer2
tRNASer3

Anticodn
ACG + Tambaleo
AGU + Tambaleo
UCG + Tambaleo

Codn
UCC, UCU
UCA, UCG
AGC, AGU

70

PARCHEADO
Pgina 320
FIGURA 9-1
Ttulo: La unin del antibitico al ribosoma previene la traduccin

Pgina 322
FIGURA 9-2
1. El enlace peptdico
2. Extremo amino
3. Extremo carboxilo
4. 5. 6. Enlace peptdico
WWW. ANIMATED ART Traduccin: formacin del enlace peptdico
Pgina 323
FIGURA 9-3
1. Niveles de estructura de una protena
2. a) Estructura primaria
3. Extremo amino
4. Extremo carboxilo
5. b) Estructura secundaria
6. Puentes de hidrgeno entre los aminocidos en diferentes sitios de la
cadena
7. -hlice
8. -hoja plegada
9. c) Estructura terciaria
10. d) Estructura Cuaternaria
11. Hemo
12. Polipptido
71

13. Grupo hemo.

Pgina 325
FIGURA 9-4
1. El gen y la estructura proteica son colineales.
2. Gen
3. Posicin de la mutacin.
4. Protena +H3N COO5. Aminocidos tipo salvaje
6. Aminocidos alterados
7. Lys Phe Glu
8. Tyr Leu Thr Gly Gly Gly Ser Gln
9. Stop Leu Val Gln Met
10. Cys Arg Ile Arg Glu Val Cys Asp Leu Stop
Pgina 325
FIGURA 9-5
1. Cdigo gentico solapado versus no solapado.
2. Cdigo solapado
3. Punto de inicio
4. Codn
5. Cdigo no solapado.
Pgina 329
FIGURA 9-6
1. El cdigo gentico
2. Primera letra
3. Segunda letra
72

4. Tercera letra
(Stop)
Pgina 330
FIGURA 9-7
1. La estructura del RNA de transferencia
2. 7 Sitio de unin al aminocido
3.y 6. Horquilla del anticodn
4. Codn para la alanina
5. Anticodn
8. Horquilla DHU
9. Horquilla TC

Pgina 331
FIGURA 9-8
1. Una aminoacil-tRNA sintetasa une un aminocido a su tRNA.
2. Sitio de unin al tRNAAla
3. Aminoacil-tRNA sintetasa especfica para alanina.
4. Sitio de unin para la alanina.
Pgina 331
FIGURA 9-9
1. Dos tRNA superpuestos
2. Anticodn.
Pgina 332
FIGURA 9-10
1. El tambaleo permite al tRNA reconocer a dos codones
2. horquilla del anticodn del tRNA
73

3. Posicin de tambaleo
4. Codn
5. mRNA
6. Anticodn

Pgina 334
FIGURA 9-11
1. Molculas de protenas y de RNA forman las dos subunidades del
ribosoma.
2. a) procariotas
3. Ribosoma 70S
4. b) Eucariotas
5. Ribosoma 80S
6. Subunidad ribosmica 50S
7. Subunidad ribosmica 30S
8. Subunidad ribosmica 60S
9. Subunidad ribosmica 40S
10. 23S rRNA
11. 28S rRNA
12. 5S rRNA
13. 16S rRNA
14. 5.8S rRNA
15. 18S rRNA
16. 5S rRNA
17. 31 protenas
18. 21 protenas
19. 49 protenas
20. 33 protenas
74

Pgina 334
FIGURA 9-12
1. El rRNA se pliega por apareamiento intramolecular de bases.
Pgina 335
FIGURA 9-13
1. Sitios claves de interaccin en el ribosoma
2. a) Modelo por ordenador
3. Polipptido
4. b) Modelo esquemtico
5. tRNA desacilado liberado del sitio E
6. Cadena polipeptdica creciente.
7. Centro peptidiltransferasa
8. Centro decodificador
9. Movimiento del ribosoma
10. mRNA
Pgina 336
FIGURA 9-14
1. Secuencia de Shine-Dalgarno
2. 30S
3. Secuencia de Shine-Dalgarno
4. Codn de iniciacin
5. mRNA
6. rRNA 16S
Pgina 337
FIGURA 9-15
75

1. Iniciacin de la traduccin en los procariotas

2. Subunidad de 30S del ribosoma
3. Factores de iniciacin
4. IF2-fMet-tRNAf + mRNA
5. IF3
6. fMet
7. mRNA
8. Complejo de iniciacin 30S
9. Subunidad 50S
10. IF1 + IF2
11. fMet
12. Complejo de iniciacin 70S
Pgina 337
FIGURA 9-16
1. Iniciacin de la traduccin en los eucariotas
2. Caperuza
3. mRNA
4. Factores de iniciacin + GTP Met-tRNAi subunidad 40S
5. Subunidad 40S con los componentes de iniciacin
6. ATP
7. ADP + Pi
8. Met
9. Subunidad 60S
10. Factores de iniciacin
11. Met
12. Complejo de iniciacin 80S
Pgina 338
76

FIGURA 9-17
1. Pasos de la elongacin en la traduccin
2. Complejo ternario
3. y 4.

EF-Tu

5. y 8.

El aminoacil-tRNA se une al sitio A

6. Se forma el enlace peptdico

7. Translocacin
9. El tRNA del sitio E lo abandona
WWW.ANIMATED.ART Los tres pasos de la traduccin.
Pgina 339
FIGURA 9-18
1. Terminacin de la traduccin
2. Escisin del peptidil-tRNA
3. RF1
4. RF1
Pgina 340
FIGURA 9-19
1. Un supresor contrarresta los efectos de una mutacin sin sentido
2. La mutacin sin sentido rodns.
3. a) La mutacin mbar introduce el codn stop UAG. La traduccin se
detiene.
4. b) El anticodn del tRNA tirosina cambia a AUC.
5. El supresor tRNA sin sentido
6. c) El anticodn del tRNA tirosina lee al codn UAG. La traduccin
contina.
7. Supresin sin sentido del alelo rodns.

77

Pgina 341
FIGURA 9-20
1. El corte y empalme alternativo produce isoformas proteicas distintas
pero relacionadas.
2. Gen FGFR2
3. Exones
4. Corte y empalme alternativo
5. mRNA
6. Ligandos: FGF10 FGF7
7. Ligandos FGF2 FGF9 FGF4 FGF8 FGF6
8. Exterior
Membrana celular
9. Citoplasma
10. Receptor 2 del factor de crecimiento del fibroblasto (FGFR2) Primera
isoforma
11. Receptor 2 del factor de crecimiento del fibroblasto (PGFR2) Segunda
isoforma
Pgina 342
FIGURA 9-21
1. Fosforilacin y desfosforilacin de las protenas.
2. Seal de entrada
3. Enzima inactiva
4. Fosfatasa
5. Seal de salida
6. Enzima activa
7. Quinasa ATP ADP
Pgina 342
78

FIGURA 9-22
1. Todas las interacciones de protenas en un organismo componen el
interactoma.
Pgina 343
FIGURA 9-23
1. La ubiquitinacin dirige una protena hacia la degradacin.
2. la cadena de ubiquitina es degradada.
3. La cadena de ubiquitina se elimina.
4. Oligopptidos
5. La ubiquitina se une a diferentes protenas
6. Degradacin
7. Protena ubiquitinizada
8. Proteosoma 26S.
Pgina 343
FIGURA 9-24
1. La secuencia seal dirige la secrecin de la protena
2. Lumen del RE
3. Secuencia seal
4. Citosol
5. Membrana del RE.

79