Anda di halaman 1dari 3

2.2.

Analisis Rekombinan Untuk Studi Evolusi dan Asal-Usul Organisme


Untuk materi ini tidak ada memakai bahan kimia. Data yang digunakan

untuk analisis diberikan dalam bentuk data sekuen hasil modifikasi dari simulasi
hasil persilangan tanaman cabai. Data sekuen diberikan dalam bentuk paket data
pada lampiran modul. Populasi yang digunakan adalah populasi bersegregai F2.
Alat yang digunakan pada materi ini adalah software RDP versi 4, 5, 6
(Marthin et al, 2011). Software ini dapat di download dari website berikut:
http://www.kyazma.nl/index.php/JoinMap/Evaluate/. Kemudian software MEGA
6 yang dapat di download pada website: http://www.megasoftware.net/.
Software

MUSCLE:

http://hiv.lani.gov/content/sequence/FORMATCONVERSION/form.html

atau

pada website http://sequenceconversion.bugaco.com/converter/biology/sequences/

2.2.3

Design Primer Degeneratif untuk Isolasi Gen Berbasis PCR

Untuk materi sama seperti materi sebelumnya yaitu tidak memakai bahan
kimia. Data yang digunakan adalah data sekuen bakteri sebanyak 10 aksesi.
Dimana data sekuen didapatkan dari Gen Bank NCBI.
Alat yang digunakan untuk materi ini adalah situs NCBI untuk mendapatkan
data sekuen bakteri sebanyak 10 aksesi, dan software Clustal W untuk
pensejajaran sekuen-sekuan dari beberapa aksesi bakteri.

3.3.2

Analisis Rekombinan Untuk Studi Evolusi dan Asal-Usul Organisme


Pertama-tama susun data sekuen yang dibagikan dalam struktur format

fasta untuk dianalisis multi alignment dalam word atau txt. Format standar yang
digunakan ditulis dengan format sebagai berikut: >sekuen ID nucleotides sekuens
ID panjang sekuens (nt) lalu diikuti dengan ururtan sekuen yang akan dianalisis.

Selanjutnya lakukan analisis multialignment dengan program MUSCLE


yang terdapat pada website: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/. Setting
uotput format dengan ClustalW. Lalu simpan data hasil clustal. Hasil saving
dapat dicek di directory download yang biasanya diawali dengan kata muscle.
Kemudian lakukan penamaan ulang sesuai yang diinginkan. Konversikan
data format clustalW yang diakhiri dengan ekstensi clw kedalam format fasta,
yang memiliki ekstensi fas. Konversi dapat dilakukan dengan program
converter

yang

terdapat

pada

website:

http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/FORMAT conversion/form.html atau


pada website http://sequenceconversion.bugaco.com/converter/biology/sequence/.
Selanjutnya dilakukan rename dan sudah dapat digunakan untuk analisis
dengan RDP. Pastikan program RDP telah terinstall. Jalankan program RDP
sampai siap, lalu klik menu open dan pilih file berisi set data dalam format fasta
yang sudah disiapkan sebelumnya. Untuk analisis rekomninan, maka klik run dan
program akan melakukan analisis yang disajikan pada sisi kanan.
Untuk melihat kekerabatan dalam bentuk dendogram dapat digunakan
dengan mengklik menu tree. Untuk melihat awal breakpoint dan akhir dari
breakpoint dapat dilihat pada menu recombination info. Prediksi tetua (major
atau minor dapat dilihat denga menggunakan menu tree stelah diklik pada
individu recombinant. Untuk memprediksi seberapa jauh divergensi proses
evolusi dari individu yang dianalisis dapat digunakan program MEGA versi 6
(Tamura, et al., 2013).
Untuk program MEGA 6 digunakan data

yang sudah disimpan

sebelumnya dalam format Fasta. Lalu buka file fasta tersebut, kemudian
dianalisis. Selanjutnya sudah dapat dilakukan analisis untuk menentukan jarak
evolusi dengan menggunakan menu Ancestor ataupun Clock tree. Namun
sebelum

itu

dilakukan,

lakukan

analisis

konstruksi

pylogeny

dengan

menggunakan perhitungan maximum likehood. Isi semua parameter secara benar,


stelah itu compute data maka sistem akan melakukan perhitungan secara otomatis.
Stelah it akan dihasilkan pylogenetic tree dari sampel sekuen yang dianalisis.

Export file dalam format newick menggunakan perintah: export current tree
Newick. File yang dieksport akan memiliki ekstensi nwk
Kemudain jalankan menu ancestor untuk analisis tetua dari sekuen yang
dimilki. Pilih file yang telah disimpan sebelumnya yang memiliki ekstensi nwk.
Akan diperoleh pylogenetic tree dengan skala laju subtitusi nucleotida. Kemudian
lakukan analisis tersebut dengan melakukan modifikasi menggunakan beberapa
parameter yang disediakan oleh program.
Pengamatan

dengan

perhatikan

individu

mana

yang

merupakan

rekombinan, dan mana yang tetua dari rekombinan tersebut. Gambarkan hasil
dendogram kekerabatan dari seluruh individu yang digunakan dalam analisis.

3.3.3

Design Primer Degeneratif untuk Isolasi Gen Berbasis PCR


Pertama-tama buka situs NCBI untuk mendapatkan sekuen bakteri

sebanyak 10 aksesi. Data sekuen yang dpilih boleh data parsial atau data komplek.
Kemudian data yang telah dapat tadi dismpan dalam bentuk fasta.
Selanjutnya buka software ClustalW pilih clustal omega, kemudian pilih
Multiple Sequence Alignment. Kemudian masukkan data sekuen yang telah dalam
format fasta. Lalu klik submit untuk mendapatkan urutan basa nukleotidanya.
Setelah itu tentukan forward dan reverse. Susun primer degenartif secara
manual sesuai panduan yang ada di buku.

Anda mungkin juga menyukai