untuk analisis diberikan dalam bentuk data sekuen hasil modifikasi dari simulasi
hasil persilangan tanaman cabai. Data sekuen diberikan dalam bentuk paket data
pada lampiran modul. Populasi yang digunakan adalah populasi bersegregai F2.
Alat yang digunakan pada materi ini adalah software RDP versi 4, 5, 6
(Marthin et al, 2011). Software ini dapat di download dari website berikut:
http://www.kyazma.nl/index.php/JoinMap/Evaluate/. Kemudian software MEGA
6 yang dapat di download pada website: http://www.megasoftware.net/.
Software
MUSCLE:
http://hiv.lani.gov/content/sequence/FORMATCONVERSION/form.html
atau
2.2.3
Untuk materi sama seperti materi sebelumnya yaitu tidak memakai bahan
kimia. Data yang digunakan adalah data sekuen bakteri sebanyak 10 aksesi.
Dimana data sekuen didapatkan dari Gen Bank NCBI.
Alat yang digunakan untuk materi ini adalah situs NCBI untuk mendapatkan
data sekuen bakteri sebanyak 10 aksesi, dan software Clustal W untuk
pensejajaran sekuen-sekuan dari beberapa aksesi bakteri.
3.3.2
fasta untuk dianalisis multi alignment dalam word atau txt. Format standar yang
digunakan ditulis dengan format sebagai berikut: >sekuen ID nucleotides sekuens
ID panjang sekuens (nt) lalu diikuti dengan ururtan sekuen yang akan dianalisis.
yang
terdapat
pada
website:
sebelumnya dalam format Fasta. Lalu buka file fasta tersebut, kemudian
dianalisis. Selanjutnya sudah dapat dilakukan analisis untuk menentukan jarak
evolusi dengan menggunakan menu Ancestor ataupun Clock tree. Namun
sebelum
itu
dilakukan,
lakukan
analisis
konstruksi
pylogeny
dengan
Export file dalam format newick menggunakan perintah: export current tree
Newick. File yang dieksport akan memiliki ekstensi nwk
Kemudain jalankan menu ancestor untuk analisis tetua dari sekuen yang
dimilki. Pilih file yang telah disimpan sebelumnya yang memiliki ekstensi nwk.
Akan diperoleh pylogenetic tree dengan skala laju subtitusi nucleotida. Kemudian
lakukan analisis tersebut dengan melakukan modifikasi menggunakan beberapa
parameter yang disediakan oleh program.
Pengamatan
dengan
perhatikan
individu
mana
yang
merupakan
rekombinan, dan mana yang tetua dari rekombinan tersebut. Gambarkan hasil
dendogram kekerabatan dari seluruh individu yang digunakan dalam analisis.
3.3.3
sebanyak 10 aksesi. Data sekuen yang dpilih boleh data parsial atau data komplek.
Kemudian data yang telah dapat tadi dismpan dalam bentuk fasta.
Selanjutnya buka software ClustalW pilih clustal omega, kemudian pilih
Multiple Sequence Alignment. Kemudian masukkan data sekuen yang telah dalam
format fasta. Lalu klik submit untuk mendapatkan urutan basa nukleotidanya.
Setelah itu tentukan forward dan reverse. Susun primer degenartif secara
manual sesuai panduan yang ada di buku.