Tutorial 8

Disain Primer
Dalam rangka pengembangan teknik diagnosis infeksi cacing tambang, Anda bermaksud
membuat prosedur baru diagnosis berbasis PCR. Untuk keperluan ini gen yang akan dijadikan
target adalah NADH6. Perangkat lunak yang digunakan adalah PerlPrimer.
1. Query dan simpan sekuen mitochondria Necator americanus dan Ancylostoma duodenale.
2. Catat posisi gen ND6 (NADH Dehidrogenase subunit 6) pada masing genome.
3. Ambil dan simpan sebagian genome mitochondria dengan +/- 100 basa di hulu dan hilir gen
ND6.
4. Lakukan alignment kedua sekuen tersebut
5. Tentukan sekuen konsensusnya.
6. Upload sekuen konsensus tersebut ke PerlPrimer.
7. Tentukan primer terbaik untuk amplifikasi gen ND6 cacing tambang berdasarkan kriteria T m,
% GC, Dimer/hairpin.