Anda di halaman 1dari 197
Seediscussions,stats,andauthorprofilesforthispublicationat: https://www.researchgate.net/publication/287818243 Resolusi

Seediscussions,stats,andauthorprofilesforthispublicationat:https://www.researchgate.net/publication/287818243

Article·December2013

CITATIONS

0

1author:

in Indonesia Article ·December2013 CITATIONS 0 1author: SuyadiSuyadi IndonesianInstituteofSciences 13 PUBLICATIONS

13 PUBLICATIONS 73 CITATIONS

READS

348

Availablefrom:SuyadiSuyadi

Retrievedon:25September2016

Jurnal Biologi Indonesia 9(2): 2013

Jurnal Biologi Indonesia diterbitkan oleh Perhimpunan Biologi Indonesia. Jurnal ini memuat hasil penelitian ataupun kajian yang berkaitan dengan masalah biologi yang diterbitkan secara berkala dua kali setahun (Juni dan Desember).

Editor Ketua Prof. Dr. Ibnu Maryanto Anggota Prof. Dr. I Made Sudiana Dr. Deby Arifiani Dr. Izu Andry Fijridiyanto

Dewan Editor Ilmiah

Dr. Abinawanto, F MIPA UI Dr. Achmad Farajalah, FMIPA IPB Dr. Ambariyanto, F. Perikanan dan Kelautan UNDIP Dr. Aswin Usup F. Pertanian Universitas Palangkaraya Dr. Didik Widiyatmoko, PK Tumbuhan, Kebun Raya Cibodas-LIPI Dr. Dwi Nugroho Wibowo, F. Biologi UNSOED Dr. Parikesit, F. MIPA UNPAD Prof. Dr. Mohd.Tajuddin Abdullah, Universiti Malaysia Sarawak Malaysia Assoc. Prof. Monica Suleiman, Universiti Malaysia Sabah, Malaysia Dr. Srihadi Agungpriyono, PAVet(K), F. Kedokteran Hewan IPB Y. Surjadi MSc, Pusat Penelitian ICABIOGRAD Drs. Suharjono, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Dr. Tri Widianto, Pusat Penelitian Limnologi-LIPI Dr. Witjaksono Pusat Penelitian Biologi-LIPI

Sekretariat Eko Sulistyadi MSi, Dewi Citra Murniati MSi, Hetty Irawati PU, S.Kom Alamat d/a Pusat Penelitian Biologi - LIPI Jl. Ir. H. Juanda No. 18, Bogor 16002 , Telp. (021) 8765056 Fax. (021) 8765068 Email : jbi@bogor.net; ibnu_mar@yahoo.com; eko_bio33@yahoo.co.id; hetttyipu@yahoo.com Website : http://biologi.or.id

Jurnal Biologi Indonesia telah diakreditasi ulang berdasarkan SK Kepala LIPI 742/ E/2012 tanggal 7 Agustus 2012, Akreditasi:No. 460/AU2/P2MI-LIPI/08/2012.

Jurnal Biologi Indonesia 9(2): 2013

Jurnal Biologi Indonesia 9(2): 2013 Perhimpunan Biologi Indonesia . Bekerja sama dengan PUSLIT BIOLOGI-LIPI 3
Jurnal Biologi Indonesia 9(2): 2013 Perhimpunan Biologi Indonesia . Bekerja sama dengan PUSLIT BIOLOGI-LIPI 3

Perhimpunan Biologi Indonesia.

Bekerja sama dengan

PUSLIT BIOLOGI-LIPI

Jurnal Biologi Indonesia 9 (2): 2013

,

Jurnal Biologi Indonesia 9(2): 2013

KATA PENGANTAR

Jurnal Biologi Indonesia yang diterbitkan oleh PERHIMPUNAN BIOLOGI INDONESIA bekerjasama dengan PUSLIT BIOLOGI-LIPI. Edisi Volume 9 No. 2 tahun 2013 memuat 15 artikel lengkap dan satu artikel tulisan pendek. Penulis pada edisi ini sangat beragam yaitu dari Balai Besar Penelitian Vete

riner, Departemen Pertanian, Balai Penelitian dan Pengembangan Tanaman Obat dan Obat Tradisional. Badan Litbang Kesehatan, Kementerian Kesehatan, Balai Penelitian Pemulihan dan Konservasi Sumber Daya Ikan, Kementerian Perikanan dan Kelautan, Pusat Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Bogor-LIPI, Puslit Bioteknologi- LIPI, Departemen Teknologi Pangan, Fakultas Teknologi Pangan, Institut Pertanian Bogor, Pusat Penelitian Biolo- gi LIPI; Fakultas Kehutanan, Institut Pertanian Bogor, Balai Konservasi Biota Laut-LIPI

Jurnal Biologi Indonesia 9 (2): 2013

DAFTAR ISI

Jurnal Biologi Indonesia 9(2): 2013

 

Halaman

Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Detection of Infectious Bronchitis Antibody in Chickens using Local Isolate of PTS III

159

Risa Indriani & NLP Indi Dharmayanti Karakterisasi Genetik Tempuyung (Sonchus arvensis L.) Berdasarkan Penanda Molekuler

Iyan Robiansyah & Danang W. Purnomo

167

Sequence-Related Amplified Polymorphism Dyah Subositi & Rohmat Mujahid Karakteristik Populasi Labi-labi Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770) yang Tertangkap di

175

Sumatera Selatan Agus Arifin Sentosa, Danu Wijaya & Astri Suryandari Pengaruh Jalan Terhadap Keragaman Jenis Tumbuhan Bawah dan Habitatnya di Koridor

183

Taman Nasional Gunung Halimun Salak, Jawa Barat

Isolat Bakteri Indigenous Penghasil Milk-Clotting Protease untuk Fermentasi Keju

199

Nanik Rahmani, Yana Nurita Sari, Nurheni Sri Palupi & Yopi Preferensi Ekologis Jenis-Jenis Tumbuhan Dominan di Gunung Endut, Banten

209

E.N. Sambas, C. Kusmana, L.B. Prasetyo & T. Partomihardjo Pertumbuhan dan Produksi Jagung Pulut Lokal Sulawesi Selatan yang Ditanam di Polibag

219

Pada Berbagai Kombinasi Perlakuan Pupuk Organik Titi Juhaeti, N Hidayati & M Rahmansyah Kajian Pemilihan Jenis Tumbuhan Untuk Restorasi Hutan Berdasarkan Beberapa Parameter

233

Fotosintesis Tinia Leyli Shofia Ahmad, Dede Setiadi, & Didik Widyatmoko Kajian Pemberian Pakan Alternatif terhadap Konsumsi, Kecernaan, dan Efisiensi Penggunaan

245

Pakan pada Jelarang Paha Putih (Ratufa Affinis Raffles, 1821) Wartika Rosa Farida & Siti Nuramaliati Prijono Keragaman genetik beberapa aksesi Jagung dari Nusa Tenggara Timur bagian berdasarkan profil Inter Short Sequence Repeat (ISSR) Kusumadewi Sri Yulita & BP Naiola

255

Palem di Taman Nasional Bukit Baka-Bukit Raya, Kalimantan Barat

265

Himmah Rustiami Biotransformasi 2E-6E-Farnesol oleh Jamur Endofit Botryosphaeria sp. CA2C-3 yang

283

Diisolasi dari Temu Hitam (Curcuma aeruginosa ROXB.) Andria Agusta Penggunaan Ruang oleh Beruang Madu di Areal Konservasi IUPHHK-HTI PT. RAPP

289

Estate Meranti Nur Anita Gusnia, Agus Priyono Kartono, & Harnios Arief Vocalizations of Microhyla achatina Tschudi, 1838 (Anura: Microhylidae) from the foot hills of Mount Salak, West Java Hellen Kurniati

301

Jurnal Biologi Indonesia 9 (2): 2013

 

Halaman

Sifat Fisik dan Kimia Daging Landak Jawa (Hystrix javanica F. Cuvier, 1823) yang Diberi

311

Tambahan Pakan konsentrat Wartika Rosa Farida TULISAN PENDEK

327

Resolusi Kerancuan Perkiraan Luas dan Laju Deforestasi Hutan Mangrove di Indonesia

Suyadi

Jurnal Biologi Indonesia 9(2): 2013

UCAPAN TERIMA KASIH

Jurnal Biologi Indonesia mengucapkan terima kasih dan penghargaan kepada para pakar yang telah turut sebagai penelaah dalam Volume 9, No 2, Juni2013:

Dr. Arjan Boonman , University of Tel Aviv, Israel Dr. Sri Sulandari Pusat Penelitian Biologi-LIPI Ir. Drs.Eko Harsono MSi, Puslit Limnologi-LIPI Dr. Yuyu Suryasari Poerba, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Dr. Tatik Kusniati Pusat Penelitian Biologi-LIPI Ir.Mumpuni, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Awal Riyanto, Pusat penelitian Biologi-LIPI Drs Nunuk Widyastuti MSi, Pusat penelitian Biologi-LIPI Dr.Laode Alhamd, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Dr. Edi Mirmanto, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Dr. Sarjiya Antonius, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Dr. Dwi Astuti, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Dr. Yopi. Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI Dr. Dedi Darnaedi, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Dr. Atik Retnowati, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Ir. Titi Juhaeti MSi. Pusat Penelitian Biologi-LIPI Ir. SyamsulArifin Zein MSi, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Drh. Dewi Ratih PhD, APV. Fakultas Kedokteran Hewan IPBBIOLOGI

,

Jurnal Biologi Indonesia 9 (2): 2013

Jurnal Biologi Indonesia 9(2): 159-166 (2013)

Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Detection of Infectious Bronchitis Antibody in Chickens using Local Isolate of PTS III (Enzyme-linked immunosorbent assay untuk mendeteksi antibodi infectious bronchitis pada ayam dengan isolat local)

Risa Indriani & NLP Indi Dharmayanti

Institute Centre Research of Veterinary, Jl. RE Martadinata no 30, Bogor 6114. E-mail: risain52@yahoo.com

Memasukan: September 2012, Diterima: April 2013

ABSTRACT An indirect enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was developed for screening of antibody to avian infec- tious bronchitis (IBV). Antigen was prepared from whole virus of infectious bronchitis local isolate PTS-III serotype. Optimum dilution with minimum background for antigen concentration, rabbit anti-chicken conjugate and sera in developed ELISA were determined 0.4μg/well, 1:2000 and 1:100, respectively. Correlation optical densities (OD) were compared with a standard commercial ELISA (R2=0.933). The developed ELISA has a better sensitivity to he- magglutination inhibition (HI) test. The developed local isolate ELISA can be used to detect antibody against infec- tious bronchitis virus and it is suitable for sample screening at the diagnostic laboratories.

Keywords: ELISA, antibody, chicken, IB PTS-III local isolate

ABSTRAK Pengembangan Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) untuk mendeteksi antibodi virus infectious bronchitis (IB) pada ayam. Antigen ELISA IB disiapkan dari virus IB serotipe isolat lokal PTS-III. Pengenceran optimal pada konsentrasi antigen, konjugat rabbit anti-chicken, dan serum dengan background minimum dalam uji ELISA adalah 0.4μg, 1:2000 and 1:100 secara berurutan. Optical density (OD) dari serum IB positif pada uji ELISA yang dikem- bangkan dan ELISA standard mempunyai tingkat korelasi yang tinggi (R2=0.933). ELISA yang dikembangkan mempunyai tingkat sensitifitas lebih baik terhadap uji hemagglutination inhibition (HI). Uji ELISA IB serotipe isolat lokal PTS-III dapat digunakan untuk screening sampel dalam laboratorium diagnostik.

Kata Kunci: ELISA, antibodi, ayam, IB isolat lokal PTS-III

INRODUCTION

Infectious Bronchitis virus (IBV) infects the respiratory tract, kidneys or oviduct of chick- en of all ages causing retarded growth, mortality, reduced egg production and inferior egg shell quality (King & Cavanagh 1991). The virus be- long to family of Coronaviridae. Corona viruses are enveloped, pleiomorphic, with a mean diame- ter of approximately 120 nm, club-shaped surface projections -the heavily glycosylate spike (S) gly- coprotein. IBVs contain four structural proteins. The S1 and S2 glycoproteins, from the spike or peplomer (S) located at surface of virion. In the

peplomer S, the S2 glycoprotein forms the stalk and is anchored in the membrane, whereas the S1 forms the outer bulbous part of the peplomer. The membrane (M) glycoprotein is embedded in the viral lipid bilayer and is only partially (10%) exposed on surface of virion. The nucleocapsid (N) protein is located inside the virion, associated with viral RNA (Cavanagh 1983a,b,c). The role of the S1 glycoprotein in induction of humoral anti- body responses, and it induces virus neutralizing (VN) and haemagglutination inhibiting (HI) an- tibodies (Cavanagh et al. 1984, Koch et al. 1990; Kant et al. 1992). The S1 glycoprotein has been considered to be the most likely inducer of pro-

Indriani & Dharmayanti

tection (Cavanagh et al. 1986, Ignjatovic & Galli 1995) and cross-ractive epitopes are the most like- ly to be involved in protection. The S2 glycopro- tein carries epitop which induce cross-reactive antibodies (Kusters et al. 1989; Lenstra et al. 1989; Koch et al. 1990). Immunity to IBV has most often been assessed using traditional serolog- ical assay; however, the enzyme-linked immuno- sorbent assay (ELISA) is used on a more frequent basis to measure IBV antibodies (Case et al.1982). The technique initially developed by Engvall & Perlmann (1971) and has been widely used. The use of ELISA offers a number of advantages com- pared with traditional serological assays, including increase sensitivity and simplicity of automation (Garcia & Bankowski 1981). The cross reactivity of the IB ELISA with several strains of the virus and detection antibodies against other serotypes (Zellen &Thorsen 1986 ; De Wit 2000) support the idea that ELISA is a promising tool for sero- logical studies, especially for use in evaluating the efficacy of vaccination regimens and monitoring the immune status of birds in a flock (Cavanagh & Naqi 2003; Wing et al. 2002). Indirect ELISAs were adapted and standardized for detecting anti- bodies against whole virus, and S1, S2 and N pro- tein of IBV (Ignjatovic & Galli 1995; Wing et al. 2002) and compared with other serological test (De Wit et al. 1997; Perrotta et al. 1988; Thater et al. 1987). This paper describes study of indirect ELISA for detection of antibody against IBV by using local isolate virus (PTS-III), which its according to the virus circulating in the field.

MATERIAL AND METHODS

The local isolate IBV of PTS III as de- scribed by Darminto (1992) was propagated in specific pathogenic free emberyonated chicken eggs at day 10 (Biofarma, Indonesia) by infecting the virus to allantoic fluid then incubated at 37 0 C

for 72 hours. A thousand ml allantoic fluid was harvested and clarified at 8000g for 30 minutes then EID 50 was calculated. It was inactivated

0.05% β-PL and centrifuged at 90.000g for 90 minute in a sorvall AT- 629 (32ml) at 4 0 C. The pooled result was pelleted in TEN buffer (150

mM NaCl, 10mM Tris-hydrochloride, and 1mM

EDTA, pH 7.4) and analyzed for protein content by using Spectrophotometer/Nano Drop Tecnolo

-gies ND-1000 base on Bradford’s method. The

solution was finally divided into several aliquots and frozen at 70 0 C.

Serum IBV was prepared from 20 of spe-

cific pathogenic free chickens that reared under

controlled conditions in the isolator (BSL-3) and vaccinated day 10 with live H120 (vaccine com- mercial), day 44 with inactivated oil-emulsion vaccine PTS-III (BBALITVET) and day 57 chal- lenge with 10 7 EID 50 of the same virus. The chick- ens were bled at day 10, 24, 34, 44, 57, 70, 78 and 89 of age. A group of specific pathogenic free chicken were reared as negative control and bled at the same time. Ortho-phenylene diamine (OPD) (Sigma P.23938) was used. Horeseradish peroxidase con- jugated rabbit anti-chicken IgG (Sigma A.9046) was used. Antigen was diluted at concentrations 4 mg/ml, 2 mg/ml and 1 mg/ml in carbonate buff- er. Known positive IBV and negative sera was diluted at 1:100, 1:200 and 1:500 in dilution buffer. Conjugate was diluted at 1: 1000, 1:2000, 1:3000 and 1:4000. Six replicated reaction were done. The color of reaction was obtained from Ortho-phenylene diamine. The Optical density were measured at 450 nm using an automatic ELISA reader (Multiskan EX, Thermo Lybsys- tems) and the signal-to noise (S/N) ratio at the same dilution were evaluated. The ELISA procedure was standardized on the method developed by Case et al (1982) with

Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Detection of Infectious Bronchitis Antibody

some modification. IBV local isolate PTS-III of

deviation (STDEV) as cut-off value of the ELISA.

antigen was assay at concentrations 0.4 μg/50 μl/

The specificity of the developed ELISA was

well

in carbonate buffer (0.1M NaCO3 , 0.02%

calculated as the percentage of negative in unvac-

NaN3, pH 9.6). Flat bottomed micro plates (Nunc) were coated antigen at same time. After

cinated group and the sensitivity was calculated as percentage of positives in vaccinated group. The

incubate at 4 0 C for one night, the wells were washed using washing buffer (0.15M NaCl, 2.5

result of serum obtain by the Elisa (local isolate PTS-III) were compared with those obtained by a

mM

KCL, 1.5 mM NaH 2 PO 4 H 2 O , 9.0 mM

commercial kit (IDEXX).

Na 2 HPO 4 and 0.05% Tween 20, pH 7.4) with soaking for 5 minutes at room temperature in

Infectious Bronchitis antigen which tested by using ELISA was evaluated to determine anti-

each

time and trapped out onto absorbent paper.

gen binding reaction and non specific antibodies

Fifty

μl blocking buffer (0.15M NaCl, 2.5 mM

against other respiratory viral diseases (Infectious

KCL, 1.5 mM NaH 2 PO 4 H 2 O, 9.0 mM

Laryngotrachitis).

Na 2 HPO 4, 1mM EDTA, 0.5% Casein, and 0.05 % Tween 20, pH7.4) was added to each well. The

HI test which conducted by M41 antigen (kindly provided by BPMSOH), was used for the

plate

was washed after incubation at 37 0 C for 120

preparation of haemagglutinating antigen as de-

minutes. Serum samples were prepared by diluting 1:100 in phosphate buffer saline (0.15M NaCl, 2.5 mM KCL, 1.5 mM NaH 2 PO 4 H 2 O ,

scribed by King and Hopkins (1983) and Alexan- der et al (1983).

9.0 mM Na 2 HPO 4, 1mM EDTA, 0.1% Casein, and 0.05 % Tween 20, pH7.4 ) then 50 μl was

RESULTS

added to each well. The plate was washed after incubation at 37 0 C for 60 minute. Horseradish peroxidase conjugated rabbit anti-chicken IgG was prepared by diluting 1:2000 μl of conjugate buffer (0.5M NaCl, 2.5 mM KCL, 1.5 mM NaH 2 PO 4 H 2 O, 9.0mM Na 2 HPO 4, 1mM EDTA, 0.1% Casein, and 0.05 % Tween 20, pH7.4 )

Antigen, serum and conjugate dilution The protein content of prepared antigen of IBV local isolate PTS-III was 8.8 mg/ml base on Bradford’s method (Spectrophotometer/Nano Drop Tecnologies ND-1000). We obtained mini- mal nonspecific binding at 8 mg protein /well. According to titration result by 0,4 μg/well anti-

then

50 μl was added to each well. The plate was

gen (dilution 1:1000/well), 1:100 chicken serum

washed after incubation at 37 0 C for 60 minute. A hundred μl of substrate (0.04% OPD, 0.04% H2O2, 0.2M NaHPO4, 0.1 M Citric acid, pH5) was added and incubated at room temperature for 45 minute then stopped by 1M H 2 SO 4 . Optical

dilution and 1:2000 conjugate HRPO in S/N ratio which showed expensiveness of conjugate, was chosen. Optical density of ELISA value for positive sera was 6 times greater to negative sera (Figure 1.).

density of each serum was determined by using ELISA reader. Cut-off value of the ELISA was determined by using optical density (OD) serum from unvac- cinated group (as negative control). The average value of OD serum was added three of standard

Cross-reaction with other respiratory viral in- fection Non specific antibody reaction other res- piratory disease (ILT) in local isolate ELISA IB test the average value OD was 0.144, with STDV

0.090

0.054

0.054

0.154

0.766

0.052

0.052

0.052

0.053

0.055

0.052

0.052

0.917

0.877

0.868

0.239

Indriani & Dharmayanti

0.022, while the antigen control was 0.101 to 0.002 STDV (Tabel 1.)

Optical density of the local isolate ELISA Optical density obtained by local isolate PTS-III and commercial ELISAs were measured from 180 specific pathogenic free chickens sera and 140 specific pathogenic free chickens sera infected IBV (Table 2)

The HI titer (log2) of the positive sera were 0.19, 3.45, 4.05, 3.95, 6.35, 8.3, 8.45, and 8.6 respectively. In non-vaccinated group, HI titer at first and the end of test period were 2.05 and 2.1 respectively. The peak titer in vaccinated group was recorded at day 44 or after 34 days post vac- cinated with H120 live vaccine and the titer in- creased at day 57 (after 2 weeks booster vaccinat-

Optical density ELISA
Optical density ELISA

Antigen content

Figure 1. Optimum dilution of antigen, sera and conjugate

Tabel 1. Idetification reaction of non specific other respiratory virus (ILT)

IBV Antigen ELISA

Control Antigen

? negative sera

?

IB sera

?

ILT sera

Mean OD

STDV

Mean OD

STDV

16

0.162

0.001

0.155

0.101

 

16

0.993

0.005

0.144

0.002

 

10

0.144

0.022

0.101

0.002

Table 2. The result of 140 positive and 180 negative sera tested for IB antibody using local isolate PTS-III and commercial ELISAs

Specific pathogenic free chicken sera

Spesific pathogenic free chicken

 

infected IBV

 

sera

Optical

10

24

34

44

57

70

78

89

density

$

#

#

#

##

*

*

*

10

24

34

44

57

70

78

89

local isolate

0.144

0.313

0.504

0.521

0.880

0.904

0.933

0.930

0.142

0.146

0.141

0.162

0.135

0.135

0.131

0.135

Elisa

Standard

commercial

Elisa

# = days chicken age after live vaccine, ## = days chicken after booster kill vaccine,

*= days chicken age after challenge , $= days before vaccinated

Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Detection of Infectious Bronchitis Antibody

ed). Also the titer was increased rapidly after chal- lenge in ELISAs. Correlation between the local isolate ELISA test and standard commercial ELI- SA was very high (R2=0.933) in vaccinated and challenged chicken sera, while at the unvaccinated chicken sera has no correlation (R2=0.010)

Cut off optical density of the ELISA The cut off for the standardized ELISA test was determined as mean of negative sera plus thrice of the standard deviation 0.201 [0.141+ (3x0.020)] (Figure 2.)

Specificity and Sensitivity of the local isolate ELISA Sensitivity and specificity were evaluated using sample positive (S/P) ratio (Table 2). Per- centage of sensitivity local isolate PTS-III ELISA

was slightly higher than hemaglutination inhibi- tion test, i.e. 96.42% and 90% respectively. While percentage of specificity between local iso- late PTS-III ELISA and hemaglutination inhibi- tion test were 100%.

DISCUSSION

Protective immunity to avian infectious bronchitis is not reflected by humoral antibodies, as shown by Davelaar & Kouwenhoven (1980). Nevertheless, monitoring antibodies after vaccina- tion is a valuable procedure for indicating that responses have occurred. The local isolate ELISA test for measuring antibody level against IBV was developed in this study. The test was standardized in term of reagent to obtain the significant S/N ratio. ELISA test has been developed to monitor

Optical density
Optical density
ELISA test has been developed to monitor Optical density Number of sera Figure 2. The cut

Number of sera

Figure 2. The cut off for standardized ELISA of local isolate PTS-III

Table 4. Sensitivity and specificity the ELISA local isolate PTS-III dan HI

 

SPF chicken

SPF chicken

ELISA reaction

 

Chicken Sera

infected IBV

uninfected

Precentation

Local isolate IB Elisa

 

Positive

135 (a)

0 (b)

Sensitivity 96,42%

 

Negative

5 ( c)

180 (d)

Specificity 100%

Hemaglutination Inhibition (HI) test

 

Positive

126 (a)

0 (b)

Sensitivity 90%

 

Negative

14 ( c)

180 (d)

Specificity 100%

Sensitivity =

(a)

;

Specificity = (d)

(BALDOCK 1988)

 

(a)+(c)

(d)+(b)

Indriani & Dharmayanti

antibody respond to vaccination against IB (Monreal et al. 1985, Mockett and Darbyshire 1981, Soula &Moreau 1981). Case et al. (1982) optimized the parameter of ELISA for detecting antibody against IBV. They obtained minimal nonspecific binding and very high sensitivity us- ing purified IB as antigen 50 ng protein /well and final NaCl concentration 1.0M in buffer. In this study it was obtained minimal nonspecific bind- ing at 0.4 μg protein/well. According to titration result base on 0.4 μg protein/well at 1:2000 con- jugate showed similar significant difference in S/N ratio, and cheaper conjugate was chosen. To elim- inate non specific binding in the local isolate -III ELISA, we used blocking buffer (0,15M NaCl, 2,5 mM KCL, 1,5 mM KH 2 PO 4 , 9,0 mM NaHPO 4, 0.5% Casein, and 0.05 % Tween 20, pH7.4) after coated antigen. The local isolate ELI- SA indicated low to moderate level after live vac- cination and moderate to relatively high level of antibody IB after injection of inactivated vaccine as well as commercial one. This data was agreed with HI results. In non-vaccinated group OD was lower then that the cut off (0.201) in the local isolate ELISA. Also, the titer of HI test which negative in this group parallel with the ELISAs results. The OD of the ELISAs and HI titer in- creased slowly following live H120 vaccination and more following oil vaccine injection. The sensitivity of local isolate PTS-III ELI- SA was slightly higher than hemaglutination inhi- bition test, i.e. 96.42% and 91,42% respectively. The results showed specificity was equal 100% between local isolate PTS-III ELISA and hemag- lutination inhibition test. Some researcher demonstrated the high sensitivity of the ELISA and correlation of results obtained from the HI test in chicken sera infected intratarcheally with IB strain M41 (Mockett & Darbyshire 1981; Soula & Moreau 1981). The result of antibodies titration showed

that the developed local isolate PTS-III

could be reliable, repeatable and more sensitive for monitoring of vaccination schedules and for detection of early rising of antibodies against IB rapidly.

ELISA

CONCLUSION

This study concluded that local isolate IB PTS III ELISA could be reliable, repeatable and sensitive for monitoring of vaccination schedules and detection of early rising of antibodies against IB rapidly.

AKNOWLEDGMENTS

This research was supported by funds from a researcher budget of BBALITVET DIPA in 2012. We thank Heri Hoerudin and Apipudin, and all collaborators helped for implementation of this study

REFERENCES

Alexander, DJ., WH. Allan, PM. Biggs, CD. Bracewell. JH. Darbyshire, PS. Dawson, AH. Harris. FTW. Jordan, I. Macpherson, JB. McFerran, CJ. Randall, O. Swarbrick, & GP. Wilding. 1983. A satandard tech- nique for haemagglutination inhibition test for antibodies to avian infectious bronchitis virus. Vet. Rec. 113:64 Baldock, FC. 1988 . Epidemiological evaluation of immunological test. Elisa technology in diagnosis and research. JCU, Townsville, Aus- tralia. 90-95. Cavanagh, D. 1983a. Coronavirus IBV glycopoly- peptides: size of their polypeptide moieties and nature of their oligosaccharides. J. Gen. Vir. 64: 1187-1191. Cavanagh, D. (1983b) Coronavirus IBV: further

Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Detection of Infectious Bronchitis Antibody

evidence that the surface projections are asso- ciated with two glycopolypeptides. J. Gen. Vir. 64: 1787-1791. Cavanagh, D . (1983c) Coronavirus IBV: struc- tural characterization of the spike protein. J. Gen. Vir. 64: 2577-2583. Cavanagh, D., JH. Darbyshire, P. DAVIS, & RW. Peter. 1984. Induction of humoral neu- tralizing and haemagglutination-inhibiting antibody by the spike protein of avian infec- tious bronchitis virus. Avian Path. 13: 573-

583.

Cavanagh, D., PJ. Davis, JH. Darbyshire, & RW. Peters. 1986. coronavirus IBV: virus retaining spike glycopolypeptide S2 but not S1 is unable to induce virus-neutralizing or haemagglutination-inhibiting antibody, or induce chicken tracheal protection. J. Gen. Vir. 67: 1435-1442 Case, JT., AA. Ardans, DC. Bolton, & BJ. Reyn- olds. 1982. Optimization of parameter for detecting antibodies against infectious bron- chitis virus using an enzimed-linkes Im- munosorbent Assay: Temporal respon to vaccination and challenge with live virus. Avian Diseases 27:196-210 Davelaar, PG. & Kouwenhoven, B. 1980. Vac- cination of DOC broiler against infectious bronchitis by eye drop application or coarse droplet spray and the effect of revaccination by spray. Avian Pathology 9:499-510 Darminto. 1992. Characterization of subtype In- fectious Bronchitis virus local isolate. J. Pen- yakit Hewan 24: 78-81 De Wit, JJ., DR. Mekkes, B. Kouwenhoven, & JHM. Verheijden.1997. Sensitivity and spec- ificity of serological tests for infectious bron- chitis virus antibodies in broilers. Avian Path. 26:105-118. De Wit, JJ.(2000). Detection of infectious bron-

chitis virus. Avian Pathology 29:71-93.

Engvall, E., & P. Parlmann. (1971). Enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) quan- titative assay of immunoglobulin G. Immun.

8:871-874.

Garcia, Z., &. RA. Bankowski. 1981. Compara- tion of a tissue-culture virus-netraliz ation test and the enzyme-linked immunosorbent assay for measurement of antibodies to infec- tious bronchitia. Avian Diseases 25:121-130. Ignjatovic, J., & L. Galli. 1995. Immune respon to structural protein of avian infectious bron- chitis virus. Avian Path. 24:313-332 Kusters, JG., EJ. Jager, JA. Lenstra, G. Koch, WPA. Posthumus, RH. Meloen, & BAM. Van der Zeist. 1989. Analysis of an immu- nodominant region of infectious bronchitis virus. J. Immun. 143: 2692-2698. Kant, A., G. Koch, DJ. van Roozelaar, JG. Kusters, FAJ. Poelwijk, & BMA. van der Zeijst, G. Koch, L. Hartog, A. Kant, & DJ. van Roozelaar. 1990. Antigenic domains on the peplomer protein of avian infectious bronchitis virus: correlation with biological functions. J. Gen. Vir.71: 1929-1935. Kant, A., G. Koch, DJ. van Roozelaar, JG. Kusters, FAJ. Poelwijk, & BMA. van Der Zeijst 1992 Location of antigenic sites de- fined by neutralizing monoclonal antibodies on the S1 avian infectious bronchitis virus glycopolypeptide. J. Gen. Vir., 73, 591-596. King, DJ., & SR. Hopkins 1983. Evaluation of the hemaggutination-inhibition test for measuring the response of chickens to avian infectious bronchitis virus vaccination, Avian Diseases 27:100-112 King, DJ. & D. Cavanagh. 1991. Infectious bron- chitis, in: BW. Calnek, HJ. Barnes, CW. Beard,WM. Reid & HW. Yoder (Eds) Dis- eases of Poultry, 9th edn, pp. 471-484 Koch,G., L. Hartog, A. Kant & DJ. van Roozelaar. 1990. Antigenic domains on the

Indriani & Dharmayanti

peplomer protein of avain influenza bronchi- tis virus: correlation with biological fungtion. J. Gen. Vir. 71: 1929-1935. Lenstra, JA., JG. Kusters, G. Koch. & BAM. van Der Zeijst. 1989 Antigenicity of the peplomer protein of infectious bronchitis virus. Mol. Immun. 26: 7-15. Monreal, G., HJ. Baure & Wiegman. 1985. Comparasion of the enzyme-Linked Im- munosorbent Assay (ELISA). Hemagglutina- tion inhibition test and agar gel precipitation test for detection of antibodies to avian in- fectious bronchitis virus. Avian Path. 14:421

-434.

Mockett,APA., & JH. Darbyshire. 1981. Co- mapration studies with an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for antibodies to avian infectious bronchitis virus. Avian Pathology 10:1-10. Perrotta, C. C. Furtek, RA. Wilson, BS. Cowen & RJ. Eckroade. 1988. A standardization enzyme-linked immunosorbent assay for in- fectious bronchitis virus: Comparison with hemagglutination-inhibition and virus-

neutralization assays for measuring protective antibody levels in chickens. Avian Diseases

32:451-460.

Soula, A. & Y. Moreau. (1981). Antigen require- ments and specificity of a microplate enzyme -linked immunosorbent assay (ELISA) for detecting infectious bronchitis viral antibod- ies in chicken serum. Archives Vir. 67:283-

295

Thater, SG., P. Villegas. & OJ. Fletcher. (1987).

Comparison of two commercial enzyme- Linked Immunosorbent Assay and conven- tional methods for avian serology. Avian Dis- eases 31:120-124. Zellen, GK., &. J. Thorsen. (1986). Standardiza- tion and application of the Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for infectious bron- chitis. Avian Diseases 30:695-698. Wing, CH., CC. HONG, & JCH. SEAK. (2002). An ELISA for antibodies against infectious bronchitis virus using an S1 spike polypeptide. Vet. Micro. 85:333-342.

Jurnal Biologi Indonesia 9 (2): 167-174 (2013)

Karakterisasi Genetik Tempuyung (Sonchus arvensis L.) Berdasarkan Penanda Molekuler Sequence-Related Amplified Polymorphism (Genetic Characterization of Tempuyung (Sonchus arvensis L.) Based on Sequence-Related Amplified Polymorphism Molecular Markers)

Dyah Subositi * & Rohmat Mujahid

Balai Penelitian dan Pengembangan Tanaman Obat dan Obat Tradisional.

Badan Litbang Kesehatan,

Kementerian Kesehatan RI. Jl. Raya Lawu, Tawangmangu, Karanganyar, Jawa Tengah, Tel.: (0271) 697010,

Fax.: (0271) 697451, E-mail: dyah.subositi@gmail.com

Memasukkan: Februari 2013, Diterima: April 2013

ABSTRACT Tempuyung (Sonchus arvensis L.) is known as an important medicinal plant used as a diuretics and antihypertensives. This plant is widely distributed in Indonesia. Genetic diversity of tempuyung is important information as a database for further research especially in medicinal plant standardization. The objective of this study was to analyse genetic characterization of tempuyung based on SRAP (Sequence-related amplified polymorphism) molecular markers. Thirteen samples were collected from 8 different locations and amplified using 5 primer SRAP combinations. Similarity matrix was calculated using Dice coefficient. Unweighted Pair Group Method Using Arithmetic Mean (UPGMA) cluster analysis was performed to develop a dendrogram. The result indicates that there was a genetic variation among tempuyung accessions and divided into 4 clusters with similarity index of 0,7719. Citeureup and Turen3 accessions were the most closely similar with similarity index of 0,8936. In conclusion, SRAP markers may serve as an efficient and effective tools to analyze the genetic diversity among tempuyung accessions.

Keywords: genetic characterization, tempuyung (Sonchus arvensis L.), SRAP

ABSTRAK Tempuyung (Sonchus arvensis L.) banyak dimanfaatkan sebagai tumbuhan obat untuk menurunkan tekanan darah tinggi dan peluruh air seni. Tempuyung mudah dan banyak dijumpai di berbagai tempat di Indonesia. Keragaman genetik tempuyung merupakan informasi penting sebagai data base untuk penelitian lebih lanjut terutama mendukung standarisasi tumbuhan obat. Penelitian ini bertujuan untuk karakterisasi genetik tempuyung menggunakan penanda molekular SRAP (Sequence-related amplified polymorphism). Sebanyak 13 aksesi tempuyung yang dikoleksi dari 8 lokasi digunakan sebagai sampel dan diamplifikasi menggunakan 5 pasang kombinasi primer SRAP. Indeks similaritas dihitung menggunakan rumus indeks similaritas Dice kemudian disusun analisis klaster dan konstruksi dendogram dilakukan dengan menggunakan metode Unweighted Pair Grup Method Using Aritmetic Method (UPGMA). Hasil penelitian menunjukkan adanya variasi genetik antar aksesi tempuyung dan terbagi menjadi 4 klaster pada indeks similaritas 0,7719. Aksesi Citeurep dan aksesi Turen 3 mempunyai hubungan kemiripan yang terdekat pada indeks similaritas 0,8936.Penanda molekular SRAP merupakan teknik efektif dan efisien untuk karakterisasi genetik antar aksesi tempuyung.

Kata Kunci: Karakterisasi genetik, tempuyung (Sonchus arvensis L.), SRAP

PENDAHULUAN

Tempuyung (Sonchus arvensis L.) merupa- kan tumbuhan anggota familia Asteraceae dan banyak ditemukan di Sumatera, Jawa, Bali,

Sulawesi dan Papua. Tumbuhan tersebut dapat tumbuh di tempat dengan ketinggian 50-2400 m dpl dan banyak dijumpai di sekitar persawahan, tepi jalan, dan tebing (Backer & van den Brink 1965). Tempuyung banyak digunakan untuk

Subositi & Mujahid.

mengobati asma, batuk, beberapa keluhan sakit pada dada, menenangkan saraf, anti radang, peluruh air seni dan menurunkan tekanan darah tinggi. Tempuyung juga dilaporkan berfungsi sebagai insektisida. Flavonol, glikosida flavonol, monoasil galaktosilgliserol, seskuiterpen lakton, dan asam kuinat berhasil diisolasi dari tanaman ini (Xiang & Yu 2010). Keanekaragaman genetik pada suatu spesies sangat penting digunakan untuk menggambarkan daya adaptasi, seleksi genotip dan untuk merakit varietas baru, sidik jari genetik, serta manajemen plasma nutfah. Karakter morfologi merupakan karakter yang banyak digunakan untuk sebagai langkah awal untuk identifikasi dan analisis keanekaragaman genetik, karena karakter ini mudah diamati. Karakter morfologi mempunyai keterbatasan yaitu membutuhkan waktu penga- matan yang lama dan membutuhkan ketelitian dan kemampuan dalam mencandra saat di lapangan serta mudah terpengaruh oleh kondisi lingkungan (Fu et al. 2008; Meng et al. 2011). Perkembangan teknik penanda molekular memungkinkan untuk menganalisis genom secara langsung dan akurat sehingga dapat meminima- lisasi kesalahan akibat faktor lingkungan. Berbagai macam teknik penanda molekular juga telah banyak digunakan untuk karakterisasi dan identifikasi varietas pada tumbuhan (Abdelmigid 2012). Penanda molekular tersebut antara lain Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified Fragment Length Polmorphism (AFLP), Mikrosatelit atau Simple Sequence Repeats (SSRs) dan Inter Simple Sequence Repeats (ISSRs) (Muthusamy et al. 2008). Sequence-related amplified polymorphism (SRAP) merupakan penanda molekular yang ditemukan lebih akhir dibandingkan penanda molekular lainnya seperti RFLP, AFLP, RAPD, SSR dan ISSR. SRAP mengkombinasikan

kemudahan teknik RAPD dan hasil yang mempunyai keakuratan tinggi seperti AFLP serta mampu mendeteksi polimorfisme di coding sequence yang umumnya terdapat di genom kultivar dan mempunyai tingkat mutasi yang relatif rendah (Keyfi & Beiki 2012; Zeng et al. 2012). Penanda molekular telah banyak digunakan untuk berbagai tujuan anatara lain yaitu untuk identifikasi kultivar (Jianfeng et al. 2012), analisis keragaman genetik dan hubungan kemiripan plasma nutfah (Alghamdi et al. 2012), identifikasi dan karakterisasi genetik F1 hibrid (Zhang et al. 2012). Tujuan penelitian ini adalah karakterisasi genetik aksesi tempuyung berdasar- kan penanda molekular SRAP untuk mendukung standarisasi tumbuhan obat.

BAHAN DAN CARA KERJA

Koleksi sampel tempuyung dilakukan pada bulan Februari-Agustus 2012, wilayah pengum- pulan sampel meliputi provinsi Jawa Timur, Jawa Tengah, Daerah Istimewa Yogyakarta, Jawa Barat, Nusa Tenggara Barat dan Sumatera Barat. Sebanyak 52 aksesi tempuyung berhasil dikoleksi kemudian diamati pola spektrum FTIR (Fourier transformed infrared spectrophotometer) dan analisis hasil menggunakan PCA (Principal Component Analysis). Sebanyak 13 aksesi yang berbeda secara profil FTIR serta lokasi tumbuh dipilih sebagai sampel untuk analisis karakterisasi genetik (Tabel 1). Sebanyak 0,1 gram daun muda tempuyung disimpan pada freezer -80°C kemudian diisolasi menggunakan protokol dan kit isolasi DNA (Sigma GenElute Plant Genomic DNA Miniprep Kit). Hasil isolasi DNA genom tempuyung diencerkan 1000X dan diukur absorbansi pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm (l 260/ 280) menggunakan spektrofotometer untuk menentukan kemurnian dan konsentrasi DNA.

Karakterisasi Genetik Tempuyung (Sonchus arvensis L.)

Tabel 1. Daftar aksesi tempuyung yang digunakan untuk karakterisasi genetik

No

No

Koleksi

Nama Aksesi

Asal

Keterangan

1

2

Turen-2

Turen, Malang Turen, Malang Purwokerto Tawangmangu, Karanganyar Gunung Kidul Materia Medika, Malang Mataram Citereup, Bandung Tawangmangu, Karanganyar Tawangmangu, Karanganyar Tawangmangu, Karanganyar Tawangmangu, Karanganyar Tawangmangu, Karanganyar

Liar

2

3

Turen-3

Liar

3

15

Purwokerto

Liar

4

25

Kalisoro

Liar

5

27

Patuk

Liar

6

34

Materia Medika

Budidaya

7

36

Mataram

Liar

8

37

Citereup

Liar

9

47

B2P2TO-OT (1)

Budidaya

10

48

B2P2TO-OT (2)

Budidaya

11

49

B2P2TO-OT (3) B2P2TO-OT (4) B2P2TO-OT (campuran untuk QC)

Budidaya

12

50

Budidaya

13

52

Budidaya

Amplifikasi DNA aksesi tempuyung menggunakan 5 kombinasi primer SRAP yaitu ME1-EM2, ME1-EM3, ME2-EM1, ME3-EM2 dan ME4-EM3 (Tabel 2). Protokol SRAP berdasarkan Li & Quiros (2001) dengan modifi- kasi pada komposisi/campuran untuk reaksi PCR dan waktu elongasi terakhir. Sebanyak 3 μl template (25 ng DNA genom), 0,6 μl primer reverse dan 0,6 μl primer forward, 13 μl PCR Mix, kemudian ditambah distillated water sampai volume 25 μl. Campuran tersebut dimasukkan dalam Thermocycler (BioRad) dengan program sebagai berikut: pre-denaturasi 94°C selama 5 menit, kemudian siklus pertama sebanyak 5 siklus terdiri atas fase denaturasi 94°C selama 1 menit, fase penempelan pada suhu 35°C selama 1 menit dan fase elongasi/pemanjangan pada suhu 72°C selama 1 menit, selanjutnya diikuti oleh siklus kedua sebanyak 35 siklus terdiri atas fase denaturasi pada suhu 94°C selama 1 menit, fase penempelan pada suhu 50°C selama 1 menit dan fase elongasi pada suhu 72°C selama 1 menit. Reaksi PCR diakhiri fase elongasi pada suhu 72°C selama 8 menit dan 4°C sebagai holding temperature.

Produk amplifikasi dicek menggunakan elektroforesis gel agarosa 2% yang telah diberi SYBR safe green pada 80 volt selama 100 menit. Visualisasi hasil elektroforesis menggunakan sinar UV pada alat Gel Documentation System (BioRad). Data diperoleh dari hasil visualisasi frag- men DNA tiap aksesi tempuyung pada kombinasi primer SRAP yang berbeda. Bila terdapat fragmen diberikan skor 1 dan bila tidak terdapat fragmen diberi skor 0. Indeks similaritas dihitung menggu- nakan rumus indeks similaritas Dice kemudian disusun analisis kelompok (cluster analysis) dan konstruksi dendogram dilakukan dengan menggunakan metode Unweighted Pair Grup Method Using Aritmetic Method (UPGMA). Data tersebut diolah menggunakan program komputer (software) NTSYS ver 2.02.

HASIL

Sebanyak 48 fragmen DNA dihasilkan dari amplifikasi menggunakan 5 kombinasi primer SRAP dengan jumlah ≥ 2 fragmen DNA tiap primer (Tabel 3). Kombinasi primer ME2-EM1

Subositi & Mujahid.

Tabel 2. Primer SRAP untuk analisis variasi genetik tempuyung

No

Nama Primer

Sekuen

1

ME1

5’ TGAGTCCAAACCGGATA 3’ 5’ TGAGTCCAAACCGGAGC 3’ 5’ TGAGTCCAAACCGGAAT 3’ 5’ TGAGTCCAAACCGGACC 3’ 3’ GACTGCGTACGAATTAAT 5’ 3’ GACTGCGTACGAATTTGC 5’ 3’ GACTGCGTACGAATTGAC 5’

2

ME2

3

ME3

4

ME4

5

EM1

6

EM2

7

EM3

menghasilkan jumlah fragmen paling banyak yaitu 17 fragmen, sedangkan primer ME1-EM3 menghasilkan fragmen paling sedikit yaitu 2 fragmen. Ukuran fragmen DNA yang dihasilkan dari kombinasi primer ME1-EM2 berkisar antara 130-1050 bp, primer ME1-EM3 menghasilkan fragmen 160-250 bp, primer ME2-EM1 mengha- silkan fragmen 40-1.620 bp, primer ME3-EM2 menghasilkan fragmen 20-1.000 bp, sedangkan kombinasi primer ME4-EM3 menghasilkan fragmen 50-450 bp. Polimorfisme tertinggi dihasilkan amplifi- kasi menggunakan pasangan primer ME2-EM1 yaitu 94,1%, polimorfisme terendah 50% bila diamplifikasi menggunakan pasangan primer ME1-EM3, sedangkan polimorfisme rata-rata yaitu 77,1% (Tabel 3). Lima kombinasi primer SRAP menghasil- kan fragmen DNA dengan polimorfisme rata-rata yang cukup tinggi (77,1%) dan 4 kombinasi primer menghasilkan beberapa fragmen spesifik

kombinasi primer ME3-EM2, sedangkan kombinasi primer ME1 dan EM2 menghasilkan fragmen spesifik dengan ukuran sekitar 205 dan 300 bp pada aksesi Kalisoro dan fragmen spesifik berukuran 130 dan 500 bp pada aksesi B2P2TO- OT (Campuran) (Gambar 1). Dendogram (Gambar 2) menunjukkan 13 aksesi tempuyung terbagi menjadi 4 klaster. Indeks kemiripan genetik 13 aksesi tempuyung berkisar 74,93%-89,36%. Klaster I terdiri dari aksesi Citeurep, aksei Turen 2 dan aksesi Mataram, Klaster II terdiri dari aksesi Materia Medika Malang, aksesi B2P2TO-OT campuran, aksesi B2P2TO-OT 1, aksesi B2P2TO-OT 2, aksesi B2P2TO-OT 4, dan aksesi B2P2TO-OT 3, klaster III hanya beranggotakan aksesi Purwokerto, sedangkan klaster IV terdiri dari aksesi Turen-3, aksesi Patuk dan aksesi Kalisoro. Aksesi Citeurep dan aksesi Turen 3 mempunyai hubungan kemiripan yang terdekat dengan nilai indeks kesamaan/kemiripan sebesar 89,36% atau

tetapi kombinasi primer ME1-EM3 tidak dapat

0,8936.

menghasilkan fragmen spesifik pada aksesi tertentu. Kombinasi primer ME4-EM3 mengha-

PEMBAHASAN

silkan fragmen spesifik untuk aksesi B2P2TO-OT (4) pada ukuran sekitar 80 bp, sedangkan primer ME2-EM1 menghasilkan primer spesifik untuk aksesi Materia Medika Malang pada ukuran sekitar 1620 bp dan fragmen spesifik ukuran sekitar 1140 bp pada aksesi Mataram. Aksesi Turen-2 mempunyai fragmen spesifik ukuran sekitar 200 bp jika diamplifikasi menggunakan

Lima kombinasi primer SRAP mengha- silkan fragmen dan tingkat polimorfisme yang cukup tinggi (77,1%), hal tersebut menunjukkan bahwa kombinasi primer SRAP terutama primer ME1-EM2, ME2-EM1 dan ME3-EM2 efektif digunakan untuk karakterisasi genetik tempuyung karena menghasilkan fragmen DNA banyak dan

Karakterisasi Genetik Tempuyung (Sonchus arvensis L.)

Tabel 3. Total fragmen DNA hasil amplifikasi dengan menggunakan 5 primer SRAP dan prosentase fragmen polimorfik pada 13 aksesi tempuyung.

No

Kombinasi Primer

Total fragmen

Fragmen

Prosentase

teramplifikasi

Monomorfik

Polimorfik (%)

1 ME1 : 5’ TGAGTCCAAACCGGATA 3’ EM2 : 3’ GACTGCGTACGAATTTGC
2 ME1 : 5’ TGAGTCCAAACCGGATA 3’ EM3 : 3’ GACTGCGTACGAATTGAC ME2 : 5’ TGAGTCCAAACCGGAGC 3’

 

5

11

3

72,7

5

2

1

50

3 EM1 : 3’ GACTGCGTACGAATTAAT 4 ME3 : 5’ TGAGTCCAAACCGGAAT 3’

EM2 : 3’ GACTGCGTACGAATTTGC 5 ME4 : 5’ TGAGTCCAAACCGGACC 3’ EM3 : 3’ GACTGCGTACGAATTGAC

5

5

17

11

 

1

3

94,1

72,7

5

7

3

57,1

 

Total

48

11

 

Rata-rata

77,1

L

37

36

34

2

3

15

25

27

47

48

49

50

52

L

   

L

37

36

34

2

3

15

25

27

47

48

49

50

52

L

3.000 bp 1.000 bp 500 bp 500 bp 300 bp 100 bp 205 bp 130
3.000
bp
1.000
bp
500
bp
500 bp
300 bp
100
bp
205 bp
130 bp
A
3.000 bp 1.000 bp 500 bp 100 bp
3.000 bp
1.000 bp
500 bp
100 bp
200 bp B
200 bp
B

Gambar 1. Fragmen DNA Tempuyung hasil amplifikasi dengan menggunakan primer SRAP (A: kombinasi primer ME1-EM2 dan B: kombinasi primer ME3-EM2)

polimorfisme tinggi. Variasi prosentase polimorfis -me menggambarkan perbedaan genetik antar dan di dalam populasi dan atau genotip yang diteliti serta kombinasi primer SRAP yang digunakan selain itu primer yang menghasilkan polimorfisme fragmen tinggi lebih efisien untuk studi keragaman genetik dan untuk membedakan antar genotip (Abdelmigid 2012; Alghamdi 2012). Adanya fragmen spesifik yang terdapat pada beberapa aksesi jika diamplifikasi menggu- nakan kombinasi primer SRAP tertentu dapat digunakan sebagai penanda untuk karakterisasi ataupun identifikasi aksesi tersebut. Kusumadewi dkk. (2010) menyatakan bahwa pita-pita DNA yang unik dan dijumpai pada populasi tertentu

dapat dijadikan sebagai marka identifikasi, akan tetapi perlu dilakukan penelitian lebih lanjut terkait dengan jenis penanda molekular dan jumlah sampel yang digunakan. Primer SRAP terdiri dari primer forward yang mengamplifikasi daerah ekson dan primer reverse mengamplifikasi daerah intron dan daerah yang mempunyai promoter. Polimorfisme yang teramati berasal dari variasi panjang ekson, intron, promoter dan spacer baik antar individu maupun antar spesies (Li & Quiros 2001). Menurut Noormohammadi et al. (2011) adanya fragmen/lokus spesifik pada beberapa kultivar atau aksesi menunjukkan terjadinya insersi/ delesi di DNA pada genotip dimana hal tersebut berguna untuk perencanaan

Subositi & Mujahid.

hibridisasi. Primer SRAP mempunyai desain unik sehingga teknik tersebut lebih reprodusibel, stabil, lebih sederhana dibandingkan dengan teknik molekular lainnya. Penanda molekular SRAP mampu menunjukkan adanya keragaman genetik diantara 13 aksesi tempuyung pada indeks kemiripan berkisar 74,93%-89,36%. Hal tersebut mengin- dikasikan keragaman genetik yang sempit antar aksesi tempuyung. Klaster II (Gambar 2) menun- jukkan anggota klaster terdiri dari sebagian besar aksesi berasal dari B2P2TO-OT Tawangmangu. Hal tersebut menunjukkan bahwa penanda molekular SRAP mampu mengelompokkan beberapa aksesi-aksesi menjadi satu klaster berda- sarkan lokasi asal sampel atau tempat tumbuh yang sama. Menurut Shafie et al. (2011) tingkat kemiripan yang tinggi berkorelasi dengan kondisi tempat tumbuh yang sama atau mirip. Lima aksesi B2P2TO-OT menjadi satu klaster kemungkinan disebabkan berasal dari tetua yang sama, dibudidayakan dalam jangka waktu lama dan tumbuh pada kondisi lingkungan yang sama. Al-Rawashdeh (2011) menyatakan bahwa

kemiripan atau kesamaan aksesi kemungkinan karena mempunyai tetua yang sama. Hasil yang sama terjadi pada karakterisasi genetik kultivar alfalfa menggunakan penanda molekular SRAP, terdapat klaster yang beranggotakan kultivar alfalfa berdasarkan kemiripan kondisi lingkungan asal (Yuan et al. 2011). Seluruh anggota klaster II merupakan aksesi yang telah dibudidayakan yaitu di B2P2TO-OT Tawangmangu dan di Materia Medika Malang, hal tersebut menunjukkan bahwa penanda molekular SRAP mampu menge- lompokkan aksesi berdasarkan karakter budidaya. Seehalak et al. (2006) menyatakan variasi genetik yang sempit antar aksesi yang telah dibudidayakan kemungkinan disebabkan karena dibudidayakan dalam jangka waktu yang lama sehingga aksesi telah beradaptasi dengan kondisi agroklimat. Penanda molekular SRAP merupakan pe- nanda paling kuat untuk analisis keanekaragaman genetik pada kultivar rumput Bucholoe dactyloides dibandingkan dengan penanda molekular SSR, ISSR dan RAPD (Budak et al. 2004). Penanda molekular SRAP mampu menujukkan adanya variasi genetik yang sempit antar aksesi

Citeurep Turen-2 Mataram Materiamedika B2P2TO-OT(QC) B2P2TO-OT(1) B2P2TO-OT(2) B2P2TO-OT(4) B2P2TO-OT(3)
Citeurep
Turen-2
Mataram
Materiamedika
B2P2TO-OT(QC)
B2P2TO-OT(1)
B2P2TO-OT(2)
B2P2TO-OT(4)
B2P2TO-OT(3)
Purwokerto
Turen-3
Patuk
Kalisoro
0.70
0.75
0.80
0.85
0.90
Koefisien

Gambar 2. Dendogram 13 aksesi tempuyung berdasarkan penanda molekular SRAP

tempuyung. Variasi genetik tersebut kemung- kinan disebabkan adanya perbedaan budidaya dan tetua aksesi tempuyung. Informasi tersebut merupakan salah satu data untuk mendukung standarisasi tempuyung sebagai bahan baku serta penelitian lebih lanjut pengembangan aksesi tempuyung. Penanda molekular SRAP dapat digunakan untuk identifikasi secara molekular pada tempuyung.

UCAPAN TERIMA KASIH

Penelitian ini ini adalah salah satu bagian penelitian yang dibiayai dari DIPA Tahun 2012 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Tum- buhan Obat dan Obat Tradisional (B2P2TO- OT), Badan Litbang Kesehatan.

DAFTAR PUSTAKA

Abdelmigid, HM. 2012. Efficiency of random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeats (ISSR) markers for genotype fingerprinting and genetic diversity studies in canola (Brassica napus). Afri. J. Biotech. 11(24): 6409-6419. Al-Rawashdeh, IM. 2011. Genetic Variability in a Medicinal Plant Artemisia judaica using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers. Inter. J. Agri. Ecol. 13:279

-282.

Alghamdi, SS., SA. Al-Faifi, HM. Migdadi, MA. Khan, EH. El-Harty, & MH. Ammar. 2012. Molecular Diversity Assessment Using Sequence Related Amplified Poly-morphism (SRAP) Markers in Vicia faba L. Int. J. Mol. Sci. 13: 16457-16471. Backer, CA. & RCB. van den Brink. 1968. Flora of Java (spermatophytes only) Vol. 2. Walters Nordoff, NY Groningen, The Netherlands.

Karakterisasi Genetik Tempuyung (Sonchus arvensis L.)

Budak, H., RC. Shearman, I. Parmaksiz, RE. Gaussoin, TP. Riordan, & I. Dweikat. 2004. Molecular characterization of buf-falograss germplasm using sequence-related amplified polymorphism markers. Theor. Appl. Genet. 108: 328-334. Fu, XP., GG. Ning, LP. Gao, & MZ. Bao. 2008. Genetic diversity of Dianthus accessions as assessed using two molecular marker systems (SRAPs and ISSRs) and morpho-logical traits. Sci. Horticult. 117: 263– 270. Jianfeng, H., Q. Yonghua, M. Hingxia, Z. Chunyang, Y. Zixing, & H. Guibing. 2012. Molecular marker analysis of ‘Shatangju’ and ‘Wuzishatangju’ mandarin (Citrus reticulata Blanco). Afri. J. Biotech. 11(89):15501-

15509.

Keyfi, F., & AH. Beiki. 2012. Exploitation of random amplified polymorphic DNA (RAPD) and sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers for genetic diversity of saffron collection. J. Med. Plants Res. 6(14): 2761-2768. Kusumadewi, Y., YS. Purba, & T. Partomihardjo.

2010. Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] dari Provinsi Riau Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic DNA. J. Biol. Indonesia 6(2): 173-183. Li, G., & CF. Quiros. 2001. Sequence–related amplified polymorphism (SRAP), a new marker system based on a simple PCR reaction: Its application to mapping and gene tagging in Brassica. Theor. Appl. Genet. 103: 455-461. Meng, L., HX. Yang, PC. Mao, HW. Gao, & FD. Sun. 2011. Genetic diversity analysis of Arrhenatherum elatius germplasm with inter- simple sequence repeat (ISSR) markers. Afri. J. Biotech. 10(44): 8729-8736.

Subositi & Mujahid.

Muthusamy, S., S. Kanagarajan, & S. Ponnusamy. 2008. Efficiency of RAPD and ISSR Markers System in Genetic Variation of Rice Bean (Vigna umbellata) Landraces. Elec. J. Biotech. 11(3): 1-10. Noormohammadi, Z., F. Shojaei-Jesvaghani, M. Sheidai, F. Farahani, & O. Alishah. 2011. Inter simple sequence repeats (ISSR) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) analyses of genetic diversity in Mehr cotton cultivar and its crossing progenies. Afri. J. Biotech. 10(56): 11839-11847. Seehalak, W., N. Tomooka, A. Waranyuwat, P. Thipyapong, P. Laosuwan, A. Kaga, & DA. Vaughan. 2006. Genetic diversity of the Vigna germplasm from Thailand and neighbouring regions revealed by AFLP analysis. Gen. Res. Crop Evo. 53(5): 1043-

1059.

Shafie, SB., SMZ. Hasan, AM. Zain, & RM. Shah. 2011. RAPD and ISSR markers for comparative analysis of genetic diversity in wormwood capillary (Artemisia capillaris)

from Negeri Sembilan, Malaysia. J. Med. Plants Rese. 5(18): 4426-4437.

Xiang, ZXIA., & LJ.Yu. 2010. Steroids and Phenols from Sonchus arvensis. Chin. J. Nat.

Med . 8(4): 267-269. Yuan, Q., J. Gao, Z. Gui, Y. Wang, S. Wang, X. Zhao, B. Xia, & XL. Li. 2011. Genetic relationships among alfalfa gemplasms resistant to common leaf spot and selected Chinese cultivars assessed by sequence- related amplified polymorphism (SARP) markers. Afri. J. Biotech. 10(59): 12527-

12534.

Zhang, F., YY. Ge, WY. Wang, XL. Shen, & XY. Yu. 2012. Assessing genetic divergence in interspecific hybrids of Aechmea gomosepala and A. recurvata var. recurvata using inflorescence characteristics and sequence- related amplified polymorphism markers. Genet. Mol. Res. 11 (4): 4169-4178. Zeng, B., GZ. Wang, FY. Zuo, ZH. Chen, & XQ. Zhang. 2012. Genetic diversity analysis of cocksfoot (Dactylis glomerata L.) accessions with sequence-related amplified polymorphism (SRAP) and inter-simple

sequence repeat (ISSR) markers. Afri. J. Biotech. 11(67):13075-13084.

Jurnal Biologi Indonesia 9(2) 175-182 (2013)

Karakteristik Populasi Labi-labi Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770) yang Tertangkap di Sumatera Selatan (Population Characteristics of the Asiatic Softshell Turtle Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770) Harvested in South Sumatera)

Agus Arifin Sentosa, Danu Wijaya & Astri Suryandari

Balai Penelitian Pemulihan dan Konservasi Sumber Daya Ikan, Jl. Cilalawi No. 01 Jatiluhur, Purwakarta 41152; E-mail: agusarifinsentosa7@gmail.com

Memasukan: Januari 2013, Diterima: April 2013

ABSTRACT The Asiatic softshell turtle Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770) is one of the reptile commodities included in CITES Appendix II with vulnerable status according to IUCN. The species has been harvesting, especially for export purpose in South Sumatera. The reseach was aimed to know the population characteristics of the Asiatic softshell turtle harvested in South Sumatera. The study was carried out based on enumerators approach from July to Desember 2012 in South Sumatera. The data enumeration also has been collected from the 1 st collectors. Data analysis included the size distribution of carapace curve length (CCL), carapace curve width (CCW), body weight, sex ratio, age structure, CCL-weight relationship and von Bertalanffy growth parameters. The results showed that there were recorded 306 individuals of A. cartilaginea (92% adult) with sex ratio male and female is 42:58. Its has carapace curve length range from 10 to 75.5 cm, carapace curve width 9 to 59.5 cm and body weight 0.02 to 40 kg. A. cartilaginea growth pattern was negatively allometric (b = 2.727). The von Bertalanffy growth formula of A. cartilaginea in South Sumatera was PLK(t) = 78,75{1-exp[-0,18(t-(-0,72)]} cm.

Keywords: Amyda cartilaginea, population characteristics, South Sumatera

ABSTRAK

Labi-labi Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770) merupakan salah komoditi reptilia yang dikategorikan ada dalam CITES Appendiks II dengan status IUCN vulnerable. Jenis ini telah digunakan sebagai komoditi ekspor dari Su- matera Selatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik populasi labi-labi yang dipanen dari Su- matera Selatan. Kajian yang digunakan dalam penelitian ini menggunakan pendekatan yang didasarkan pada hasil penangkapan dari pengumpul selama bulan Juli-Desember 2012 di Sumatera Selatan. Data yang dikumpulkan ada- lah nisbah kelamin, struktur umur, bobot badan panjang lengkung karapas (PLK) dan lebar lengkung karapas (LLK), rasio panjang lengkung karpas dengan bobot badan, dan pola pertumbuhan von Bertalanffy. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tercatat ada 306 individu yang digunakan dalam analisis ini yang terdiri dari A. cartilaginea (92% dewasa) dengan nisbah kelamin 42:58. Panjang lengkung karapas 10-75,5 cm, lebar karapas 9-59,5 cm dan bobot badan 0,02-40 kg dengan pola pertumbuhan negative (b=2,727). Formula pertumbuhan von Bertalanffy di Sumatera Selatan adalah PLK(t) = 78,75{1-exp[-0,18(t-(-0,72)]} cm

Kata Kunci: Amyda cartilaginea, karakteristik populasi, Sumatera Selatan

PENDAHULUAN

Labi-labi Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770) merupakan jenis kura-kura air tawar dari famili Trionychidae, ordo Testudines yang menyebar luas di Asia Tenggara (Iskandar 2000; van Dijk 2000). Penyebaran A. cartilaginea di

Indonesia dijumpai di Kalimantan, Sumatera, Jawa, Bali, dan Lombok (Auliya 2007; Iverson 1992). Menurut Iskandar (2000), labi-labi ini umumnya dijumpai di daerah yang tenang dan berarus lambat. Labi-labi, merupakan salah satu satwa air yang masuk ke dalam komoditas perikanan. Labi-

Sentosa, dkk.

labi jenis tersebut di Indonesia telah dimanfaatkan untuk kepentingan konsumsi dan sebagai peliharaan (Kusrini et al. 2009). Pemanfaatan labi -labi di Indonesia sudah berlangsung lama mengingat hewan tersebut termasuk satwa liar yang tidak dilindungi oleh peraturan di Indonesia. Walaupun demikian, secara interna- sional, spesies tersebut telah masuk ke dalam Appendix II CITES dan dikategorikan vulnerable (rentan) pada Red Data Book IUCN. Salah satu daerah penyebaran labi-labi yang telah diketahui adalah di Sumatera Selatan (Kasmiruddin 1998; Oktaviani & Samedi 2008). Secara umum, wilayah Sumatera Selatan merupakan daerah potensi labi-labi mengingat 93,05% wilayahnya merupakan bagian dari daerah aliran sungai, termasuk di dalamnya daerah rawa. Menurut Oktaviani et al. (2008), topografi wilayah Sumatera Selatan dengan 25% daerah rawa yang mempunyai karakteristik berarus lambat dengan dasar lumpur atau gambut merupakan habitat bagi A. cartilaginea. Pemanenan labi-labi di Sumatera Selatan yang cukup tinggi mendorong perlunya informasi mengenai aspek biologi populasi labi-labi di daerah tersebut. Penilaian Non Detrimental Findings (NDF) terhadap pemanfaatan A. cartilaginea di Sumatera Selatan mengindikasikan bahwa populasi spesies tersebut di alam dalam kondisi terancam kerusakan atau punah (Oktaviani & Samedi 2008). Informasi ilmiah terkait keberadaan A. cartilaginea di Sumatera Selatan masih relatif terbatas, beberapa diantaranya telah dipublikasi- kan oleh Kasmiruddin (1998), Oktaviani & Samedi (2008), Oktaviani et al. (2008) dan Mumpuni & Riyanto (2010). Penelitian lanjutan mengenai beberapa aspek biologi populasi labi- labi di Sumatera Selatan masih diperlukan dalam rangka monitoring populasi dan melengkapi serta menyediakan informasi terkini terkait keberadaan

labi-labi di provinsi tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik populasi labi-labi (A. cartilaginea) yang tertangkap di Sumatera Selatan. Karakteristik populasi tersebut meliputi sebaran ukuran labi-labi hasil tangkapan, nisbah kelamin, struktur umur, pola pertumbuhan dan persamaan pertumbuhan von Bertalanffy. Hasil penelitian diharapkan dapat bermanfaat dalam rangka penyediaan data dan informasi ilmiah untuk mendukung pengelolaan dan penetapan status perlindungan labi-labi di Indonesia, khususnya di Sumatera Selatan.

BAHAN DAN CARA KERJA

Penelitian dilakukan di Kota Palembang, Kabupaten Ogan Komering Ilir dan Kabupaten Musi Banyuasin Provinsi Sumatera Selatan pada bulan Juli, Oktober dan Desember 2012 (Gambar 1). Pemantauan populasi labi-labi dilakukan dengan pendekatan kunjungan kepada para pengumpul di tingkat pertama (Riyanto & Mumpuni 2003) yang ditentukan secara snowball sampling berdasarkan informasi dari pengumpul besar di Palembang. Pengertian pengumpul tingkat pertama adalah pengumpul labi-labi yang menerima hasil tangkapan labi-labi dari alam secara langsung dari penangkap. Survei lapangan berupa peninjauan habitat labi-labi biasa tertangkap juga dilakukan untuk memperoleh gambaran kondisi habitat labi-labi secara umum. Obyek penelitian adalah labi-labi dari spesies Amyda cartilaginea dengan identifikasi mengacu kepada Ernst & Barbour (1989) dan Iskandar (2000). Data ukuran A. cartilaginea diperoleh dari pengumpul pertama yang kemudian berperan sebagai enumerator pencatat data tangkapan labi-labi. Enumerator tersebut telah dilatih untuk mencatat data ukuran labi-labi yang tertangkap pada log book yang telah disediakan (Oktaviani & Samedi 2008).

Karakteristik Populasi Labi-Labi Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770)

Populasi Labi-Labi Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770) Gambar 1. Lokasi penelitian di Sumatera Selatan Penapisan

Gambar 1. Lokasi penelitian di Sumatera Selatan

Penapisan dan pensejajaran tingkat penumpul sebagai sumber data telah dilakukan dalam upaya untuk menghindari pengukuran/perhitungan ganda (Mumpuni & Riyanto 2010). Oleh karena itu, enumerator yang ditunjuk hanya pada tingkat pengumpul pertama yang saling independen. Setiap individu labi-labi diukur oleh enu- merator segera pada saat kedatangan labi-labi dari penangkap/penjual ke pengumpul. Enumerator tersebut mencatat data hasil tangkapan labi-labi selama bulan Juli hingga Desember 2012. Data yang terkumpul oleh enumerator akan divalidasi terlebih dahulu sebelum digunakan dalam analisis untuk menghindari kesalahan pencatatan. Parameter yang dicatat dalam format log book enumerator adalah data morfologi, jenis ke- lamin dan asal lokasi tangkap labi-labi. Penguku- ran morfologi dilakukan dengan metoda curveline menurut Nuitja (1992), meliputi pengukuran panjang lengkung karapas (PLK) dan lebar lengkung karapas (LLK) menggunakan pita ukuran dengan ketelitian 1 mm serta berat tubuh labi-labi menggunakan timbangan komersial. PLK diukur mulai anterior hingga posterior pada bagian tengah karapas sedangkan LLK diukur dari sisi kiri ke kanan pada bagian tengah karapas (Oktaviani et al. 2008). Penguku- ran tersebut dilakukan terhadap keseluruhan hasil tangkapan labi-labi. Semua ukuran PLK dan LLK dicatat mengingat pengumpul tingkat pertama

menerima hasil tangkapan labi-labi untuk semua ukuran tanpa seleksi sebelumnya. Jenis kelamin labi-labi ditentukan dengan membandingkan panjang dan bentuk ekor. Betina umumnya memiliki ekor yang pendek dan gempal, sementara jantan memiliki ekor yang lebih panjang dan ramping (Ernst & Barbour

1989).

Data morfologi yang diperoleh kemudian dianalisis dengan statistik deskriptif meliputi rerata (μ) dan simpangan baku (σ) dan distribusi frekuensi. Perbedaan dimorfisme antar jenis kelamin dilakukan uji t dimana sebelumnya sebaran data tersebut berdistribusi normal (Oktaviani et al. 2008). Analisis nisbah kelamin dilakukan untuk mengetahui proporsi jantan betinanya. Analisis hubungan PLK-berat dilakukan untuk mengetahui pola pertumbuhan labi-labi (Oktaviani et al. 2008) menggunakan rumus:

W = a (PLK) b dimana W adalah berat labi-labi (gram), PLK adalah panjang lengkung karapas (cm) serta a dan b adalah konstanta. Nilai b yang diperoleh diuji ketepatannya terhadap nilai b = 3 menggunakan uji-t dengan tingkat kepercayaan 95% (Effendie

2002)

Penentuan struktur umur didasarkan pada hasil pengukuran PLK labi-labi. Klasifikasi struk- tur umur disajikan pada Tabel 1. Data panjang lengkung karapas yang diperoleh dari pengukuran langsung. Data enumerator dikelompokkan da- lam suatu tabel distribusi frekuensi panjang untuk mengetahui parameter pertumbuhan labi-labi yang dianalisis menggunakan model pertumbu- han von Bertalanffy (Macale et al. 2009; Effendie 2002) dengan rumus:

PLK(t) = PLK {1-exp[-k(t-t o )]} Metode penentuan panjang lengkung karapas asimtot (PLK∞) dan koefisien pertum- buhan (k) diduga menggunakan metode She-

Sentosa, dkk.

pherd yang terdapat pada paket perangkat lunak FiSAT II untuk memaksimalkan nilai non parametriknya (Gayanilo et al. 2005). Umur teoritis (t o ) diduga menggunakan persamaan empiris Pauly (1983) dengan rumus:

log –(t o )= -0,3922-0,2752 log PLK - 1,038 log k

HASIL

Morfologi dan Sebaran Ukuran Data hasil pengukuran morfologi dan sebaran ukuran labi-labi disajikan pada Tabel 2 dan Gambar 2. Secara umum, nilai rerata PLK, LLK dan berat labi-labi jantan relatif lebih besar dibandingkan betina. Sebaran ukuran PLK labi- labi jantan cenderung lebih besar dibandingkan betina, namun sebaran LLK cenderung sama. Secara umum, labi-labi paling banyak tertangkap pada kisaran panjang 30 – 40 cm, baik PLK maupun LLK. Sebaran berat tubuh labi-labi jantan dan betina cenderung memiliki pola yang hampir sama dimana modus ukuran berat berada pada kisaran 0–5 kg.

Nisbah Kelamin dan Struktur Umur Berdasarkan hasil pengamatan terhadap 306 ekor sampel labi-labi didapatkan nisbah kelamin jantan dan betina adalah 1:1,37 atau 42,16% jantan dan 57,84% betina. Walaupun individu betina lebih banyak tertangkap diban- dingkan jantan, namun kedua jenis kelamin labi- labi tersebut memiliki peluang tertangkap yang sama. Struktur umur sampel labi-labi yang berhasil diamati didominasi oleh labi-labi dewasa.

Tabel 1. Struktur umur A. cartilaginea berdasarkan hasil pengukuran PLK (Kusrini et al. 2007)

Kelas Umur

PLK

Struktur Umur

I

= 5,9 cm

Tukik (hatchling)

II

6 – 19,9 cm

Remaja

III

20 – 24,9 cm

Dewasa muda

IV

= 25 cm

Dewasa

Pola Pertumbuhan Hubungan panjang lengkung karapas dan berat labi-labi disajikan pada Tabel 3. Berdasarkan uji t terhadap nilai b = 3 diketahui bahwa nilai b jantan dan betina tidak sama dengan 3 (P<0,05) sehingga dikatakan bahwa pola pertumbuhan labi-labi tersebut bersifat allometrik. Perhitungan untuk labi-labi jantan dan gabungan keduanya menunjukkan pola allometrik negatif (b<3) dimana pertambahan panjang lengkung karapas lebih cepat dari

pertambahan beratnya, sedangkan labi-labi betina menunjukkan pola allometrik positif (b>3) dimana pertambahan PLK lebih lambat dari pertambahan beratnya (Effendie 2002). Pola pertumbuhan tersebut relatif sama dengan penelitian Oktaviani et al. (2008) yang menyebutkan bahwa pola pertumbuhan labi-labi

di Sumatera Selatan bersifat allometrik negatif

(b<3). Kondisi tersebut diduga terkait dengan kelimpahan makanan, genetik, dan kondisi lingkungan. Pendugaan parameter pertumbuhan von Bertalanffy untuk A. cartilaginea dengan metode ELEFAN I pada paket program FiSAT menun- jukkan nilai panjang lengkung karapas asimtot (PLK∞) sebesar 78,75 cm, koefisien pertum- buhan (k) sebesar 0,18 tahun -1 dan t 0 sebesar -

0,72 tahun dengan indek performansi pertumbu-

han (growth performance index/Φ) berkisar antara

2,7 – 4,7 dengan persamaan sebagai berikut:

PLK(t) = 78,75{1-exp[-0,18(t-(-0,72)]} Profil pertumbuhan von Bertalanffy A. cartilaginea di Sumatera Selatan disajikan pada Gambar 4.

PEMBAHASAN

Secara umum, labi-labi yang tertangkap di Sumatera Selatan memiliki ukuran yang

bervariasi, namun secara umum terdapat ukuran

Karakteristik Populasi Labi-Labi Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770)

yang dominan tertangkap. Modus ukuran tersebut diduga merupakan labi-labi yang siap untuk ditangkap. Peluang labi-labi jantan dan betina untuk tertangkap adalah sama karena eksploitasi labi-labi oleh penangkap tidak mempertimbangkan jenis kelamin. Penangkapan labi-labi di Sumatera Selatan tidak ada seleksi hasil tangkapan berdasarkan ukurannya, sehingga peluang semua ukuran labi-labi untuk tertangkap adalah sama sehingga sebaran ukuran tangkapan tersebut dianggap dapat mencerminkan kondisi populasi di alam (Mumpuni & Riyanto 2010). Secara statistik, uji t pada karakter morfologi labi-labi PLK dan berat menunjukkan ada perbedaan antara morfologi jantan dan betina (P<0,05), namun untuk karakter LLK relatif tidak berbeda nyata (P>0,05). Hal tersebut menunjuk- kan adanya dimorfisme seksual. Menurut Oktaviani et al. (2008), penentuan individu jantan dan betina juga dapat dilihat lebih jelas dari perbedaan bentuk dan ukuran ekornya pada individu dewasa yang mempunyai PLK ≥ 25 cm. Berdasarkan hubungan PLK dengan berat diketahui bahwa labi-labi betina cenderung

Tabel 2. Morfologi A. cartilaginea yang terukur di Sumatera Selatan

JANTAN

PLK (cm)

LLK (cm)

Berat (kg)

Jumlah (ekor)

129

Min

13

12

0,4

Max

75,5

59,5

40

Rerata

38,34

30,31

8,17

Std

10,923

8,053

6,478

BETINA

PLK (cm)

LLK (cm)

Berat (kg)

Jumlah (ekor)

177

Min

10

9

0,02

Max

67

59

28

Rerata

34,97

29,25

5,87

Std

8,124

6,536

3,942

memiliki pertumbuhan berat yang lebih cepat. Hal tersebut diduga terkait dengan metabolisme dan pola reproduksi dimana labi-labi betina mengandung telur setelah dibuahi oleh pejantan (Iskandar 2000). Pendugaan parameter kurvatur PLK∞, k dan t o bagi labi-labi dilakukan dengan asumsi bahwa pertumbuhan organisme akan mencapai suatu batas ukuran tertentu dan sampel yang diperoleh dari pengumpul dianggap sebagai sampel acak. Hal yang mendasari penggunaan model pertumbuhan von Bertalanffy bagi spesies A. cartilaginea adalah penelitian Macale et al. (2009) yang menduga pertumbuhan kura-kura Mesir (Testudo kleinmanni). Nilai PLK∞ labi-labi di Sumatera Selatan sebesar 78,75 cm dan nilai tersebut lebih rendah dari yang dilaporkan oleh Lim & Das (1999) yang mencapai 83 cm. Iskandar (2000) menyebutkan bahwa diameter punggung labi-labi dapat mencapai 100 cm, meskipun umumnya hanya hingga 60 cm saja. Perbedaan nilai tersebut diduga terkait dengan perbedaan habitat. Laju eksploitasi yang semakin meningkat juga diduga akan menurunkan nilai panjang asimtot karena hewan tidak memiliki kesempatan untuk tumbuh

(Effendie 2002).

A. cartilaginea betina banyak tertangkap di Sumatera Selatan. Hasil penelitian tersebut sama dengan penelitian Lilly (2010) di Ketapang, Kalimantan Barat dimana labi-labi betina lebih banyak tertangkap dibandingkan jantan. Namun, yang perlu diperhatikan adalah ancaman terhadap

pertumbuhan populasi labi-labi mengingat labi-

labi betina memiliki potensi reproduksi yang lebih tinggi (Iskandar 2000). Nisbah kelamin labi-labi betina yang lebih besar dibandingkan jantan di alam menunjukkan kondisi populasi yang baik karena labi-labi betina berperan dalam menghasilkan telur yang akan meregenerasi kelas

Sentosa, dkk.

Sentosa, dkk. Gambar 2. Sebaran ukuran PLK, LLK dan berat A. cartilaginea di Sumatera Selatan umur
Sentosa, dkk. Gambar 2. Sebaran ukuran PLK, LLK dan berat A. cartilaginea di Sumatera Selatan umur
Sentosa, dkk. Gambar 2. Sebaran ukuran PLK, LLK dan berat A. cartilaginea di Sumatera Selatan umur

Gambar 2. Sebaran ukuran PLK, LLK dan berat A. cartilaginea di Sumatera Selatan

umur selanjutnya. Struktur umur contoh labi-labi yang berhasil diamati didominasi oleh labi-labi berumur dewasa. Hal tersebut diduga terkait dengan ukuran berat labi-labi dewasa yang lebih besar dibandingkan dengan yang muda sehingga lebih menguntungkan mengingat harga labi-labi ditentukan berdasarkan beratnya. Kondisi tersebut serupa dengan penelitian Lilly (2010) dimana hasil tangkapan A. cartilaginea di Kabupaten Sambas dan Ketapang, Kalimantan Barat didominasi oleh kelas umur dewasa. A. cartilaginea telah masuk dalam CITES dengan ketentuan batasan ukuran yang diper- bolehkan untuk dipanen adalah untuk individu dengan berat hidup < 5 kg dan > 15 kg mengingat ukuran tersebut adalah ukuran produktif bagi labi -labi (Mardiastuti 2008). antara diduga masih produktif dan pelarangan penangkapan dilakukan

untuk menjaga stoknya di alam. Hasil pengama- tan menunjukkan bahwa 59% labi-labi jantan dan 47% labi-labi betina banyak tertangkap pada ukuran berat 5 – 15 kg. Hal tersebut menunjuk- kan ketidakpatuhan terhadap aturan yang berlaku dan isu IUU (Illegal, Unreported, Unregulated) pada pemanfaatan labi-labi di Sumatera Selatan masih tetap berlangsung. Oktaviani & Samedi (2008) mengindika- sikan adanya ancaman terhadap populasi A. cartilaginea. Ancaman tersebut semakin meningkat apabila labi-labi yang tertangkap sedang bertelur atau mempunyai daya reproduksi yang tinggi. Labi-labi betina dewasa memiliki peranan penting dalam proses reproduksi sehingga jika eksploitasi terhadap labi-labi berlangsung tanpa kendali, maka kelestarian populasinya akan terganggu atau bahkan menuju kepunahan.

Karakteristik Populasi Labi-Labi Amyda cartilaginea (Boddaert, 1770)

Tabel 3. Hubungan PLK dan berat A. cartilaginea di Sumatera Selatan

No.

Jenis Kelamin

PLK vs W

 

R 2

n (ekor)

Pola Pertumbuhan

1 Jantan

W =

0,300

PLK 2,748

0,955

129

allometrik negatif

2 Betina

W =

0,043

PLK 3,283

0,920

177

allometrik positif

3 Gabungan

W = 0,363

PLK 2,727

0,868

308

allometrik negatif

PLK 2 , 7 2 7 0,868 308 allometrik negatif Gambar 3. Nisbah kelamin (a) dan

Gambar 3. Nisbah kelamin (a) dan struktur umur (b) A. cartilaginea di Sumatera Selatan

dan struktur umur (b) A. cartilaginea di Sumatera Selatan Gambar 4. Profil pertumbuhan von Bertalanffy A.

Gambar 4. Profil pertumbuhan von Bertalanffy A. cartilaginea di Sumatera Selatan

Selain ancaman eksploitasi, habitat labi-labi di alam yang mulai rusak juga turut berperan da- lam menekan populasi A. cartilaginea di alam. Peninjauan habitat menunjukkan banyak habitat labi-labi yang beralih fungsi menjadi lahan perke- bunan sawit. Kondisi tersebut hampir sama dengan habitat kura-kura baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) yang juga banyak beralih fungsi menjadi habitat perkebunan cokelat yang menyebabkan populasi baning tersebut menjadi menurun (Riyanto et al. 2010).

KESIMPULAN DAN SARAN

Labi-labi (Amyda cartilaginea) di Sumatera Selatan tertangkap pada setiap kelas ukuran dan

sebagian besar termasuk dalam kategori betina dewasa produktif dengan pola pertumbuhan yang bersifat alometrik negatif. Nilai PLK∞ labi-labi cenderung lebih kecil dibandingkan informasi sebelumnya. Hal ini menunjukkan populasi labi- labi di Sumatera Selatan berpotensi teramcam keberadaannya akibat eksploitasi berlebihan atau perubahan habitat, sehingga upaya pengawasan perdagangan lebih ketat dan penentuan daerah perlindungan bagi labi-labi agar populasinya tetap terjaga.

UCAPAN TERIMA KASIH

Ucapan terima kasih ditujukan kepada Ir. Mumpuni dan Dian Oktaviani, S.Si., M.Si atas saran dan masukan selama penelitian ini. Terima kasih juga disampaikan kepada rekan-rekan di Balai Penelitian Perikanan Perairan Umum (BPPPU) Palembang, Balai Konservasi Sumber Daya Alam (BKSDA) Provinsi Sumatera Selatan, para enumerator dan seluruh pihak yang telah membantu tim selama di lapangan. Penelitian ini didanai oleh DIPA Balai Penelitian Pemulihan dan Konservasi Sumber Daya Ikan (BP2KSI) Jati- luhur, Purwakarta Tahun Anggaran 2012.

DAFTAR PUSTAKA

Auliya, M. 2007. An Identification Guide to the Tortoise and Freshwater Turtles of Brunei Darussalam, Indonesia, Malaysia, Papua New Guinea, Philippines, Singapore and Timor Leste. TRAFFIC Southeast Asia. Petaling Jaya. Malaysia. 98 p.

Sentosa, dkk.

Effendie, MI. 2002. Biologi Perikanan. Yayasan Pustaka Nusatama. Yogyakarta. 163 p. Ernst, CH. & RW. Barbour. 1989. Turtle of the World. Smithsonian Intitution Press. Washington DC and London: 96–110. Gayanilo, FCJr., P, Sparre & D. Pauly. 2005. FAO-ICLARM Stock Assessment Tools II (FiSAT II). Revised version. User's Guide. FAO Computerized Information Series (Fisheries). No. 8, Revised version. FAO Rome. 168 p. Iskandar, DT. 2000. Kura-Kura dan Buaya Indo- nesia dan Papua Nugini dengan Catatan Mengenai Jenis-Jenis di Asia Tenggara. PAL Media Citra. Bandung. 191 p.

Iverson, JB. 1992. A Revised Checklist with Distribution Maps of the Turtles of the World. Privately printed. Richmond. Indiana. 363

p.

Kasmiruddin. 1998. Morfologi dan Keragaman Genetik Labi-Labi, Amyda cartilaginea (Testudines: Trionychidae) dari Bengkulu dan Palembang. [Tesis]. Bogor: Institut Pertanian Bogor. 61 p. Kusrini, MD., A. Mardiastuti, B. Darmawan, Mediyansyah & A. Muin. 2009. Laporan Sementara Survei Pemanenan dan Perdaga- ngan Labi-Labi di Kalimantan Timur. NATURE Harmony. Bogor. 43 p. Lilly, L. 2012. Karakteristik Populasi Panenan (Amyda cartilaginea) di Kabupaten Sambas dan Kabupaten Ketapang Kalimantan Barat. [Tesis]. Bogor: IPB. 50 p. Lim, BL. & I. Das. 1999. Turtles of Borneo and Peninsular Malaysia. Natural History Publications (Borneo), Sdn. Bhd. Kota Kinabalu. 151 p. Macale, D., M. Scalici & A. Venchi. Growth, Mortality and Longevity of the Egyptian Tortoise Testudo kleinmanni Lortet, 1883.

Israel J. Ecol. & Evol. 55: 133 – 147.

Mardiastuti, A. 2008. Harvest Sustainability of Asiatic Softshell Turtle Amyda cartilaginea in Indonesia. Director General of Forest Pro- tection and Nature Conservation Republic of Indonesia as CITES Management Authority Indonesia. 13 p. Mumpuni & A. Riyanto. 2010. Harvest, Population and Natural History of Shoft- Shelll Turtle (Amyda cartilaginea) in South Sumatera, Jambi and Riau Provinces, Indonesia. A Report to APEKLI. Research Center for Biology, Indonesian Institute of

Sciences (LIPI). 26 p. Nuitja, INS. 1992. Biologi dan Ekologi Pelestarian Penyu Laut. IPB Press. Bogor. 128 p. Oktaviani, D., N. Andayani, MD. Kusrini & D. Nugroho. 2008. Identifikasi dan Distribusi Jenis Labi-Labi (Famili: Trionychidae) di Sumatera Selatan. J. Penel. Perikanan Indo.

14 (2): 145 – 157.

Oktaviani, D. & Samedi. 2008. Status Peman- faatan Labi-Labi (Famili: Trionychidae) di Sumatera Selatan. J. Penel. Perikanan Indo.

14 (2): 159 – 171.

Pauly, D. 1983. Some Simple Methods for the As- sessment of Tropical Fish Stocks. FAO Fish- eries Technical Paper (254): 52 p. Riyanto, A. & Mumpuni. 2003. Metoda Survei dan Pemantauan Populasi Satwa: Kura- Kura. Bidang Zoologi. Pusat Penelitian Biologi. Lembaga Ilmu Pengetahuan Indo- nesia, Cibinong. 24 p. Riyanto, A., S. Soemarno & A. Farajallah. 2010. Laju Kehilangan dan Kondisi Terkini Hab- itat Baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) di Semenanjung Santigi, Sulawesi Tengah, Indonesia. J.Biol. Indonesia 6 (2):185– 194. van Dijk, PP. 2000. The Status of Turtles in Asia. Chelonian Research Monograph 2: 15–23 p.

Jurnal Biologi Indonesia 9(2): 183-197 (2013)

Pengaruh Jalan Terhadap Keragaman Jenis Tumbuhan Bawah dan Habitatnya di Koridor Taman Nasional Gunung Halimun Salak, Jawa Barat (Effects of road on understory plant diversity and its habitat in corridor of Halimun Salak National Park, West Java)

Iyan Robiansyah & Danang W. Purnomo

Pusat Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Bogor-LIPI Jl.Ir.H. Juanda 13 Bogor 16003, Email: iyanrobiansyah@yahoo.com , dnabdz@yahoo.com

Memasukkan: Februari 2013, Diterima: April 2013

ABSTRACT

The road across the forest can cause the diversity exchange in the forest ecosystem. Distribution of the exotic species caused by the road are the main factor affecting the extinction of the native plants. The forest corridor in Halimun Salak National Park is separated by the road which is connecting five villages in surroundings. The aims of the re- search were to determine the response of diversity and abundance of the understory plants to the road existence, to obtain the effect of the road to the habitat condition, and to identify the exotic plants and its relation to the road. Vegetations were observed by transect sampling system, 5 transects of 150 m length were placed in forest corridor side along the road. In each transect, there were 12 sampling plots (1m x 1m) placed in distance (from the road): 0, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 45, 60, 90, 120, and 150 m from the road. The distance of each transect was approximately

100 m and each transect were placed in the corridor area having forest buffer about 100 m distance. There were 117

plant species including 9 exotic species. Plant community analysis using Squared Euclidean Distance (SED) showed that road side area to 5 m in distance showed the different composition of the understory plant to inside the forest. Exotic plants and grass dominated in the area close to the road. Canopy cover in the road side to 10 meter to the forest was relatively opened than inside the forest. Plant diversity analysis on both of all species and local species using Canonical Correspondence Analysis (CCA) showed that species diversity of understory plants was not significantly affected by the distance from the road. Nevertheless, distance from the road was a main factor influencing the exotic species, while distance of 0 m showed the highest exotic plants diversity.

Keywords: Corridor, exotic plant, Halimun Salak National Park, road, squared euclidean distance, understory plant

ABSTRAK Jalan yang melintas di dalam hutan dapat mempengaruhi perubahan keanekaragaman tumbuhan pada ekosistem hutan. Penyebaran jenis tumbuhan eksotis sebagai dampak adanya jalan turut menyebabkan terjadinya kepunahan tumbuhan lokal. Koridor di Taman Nasional Gunung Halimun Salak (TNGHS) terbelah oleh jalan yang menghub- ungkan 5 desa di sekitarnya. Tujuan dari kegiatan ini adalah untuk memeriksa respon keanekaragaman dan kelim- pahan tumbuhan bawah terhadap jalan, mengamati pengaruh jalan terhadap kondisi habitat, dan mengetahui jenis- jenis tumbuhan eksotis dan hubungannya dengan keberadaan jalan. Vegetasi diamati menggunakan sistem sampling

transek, dimana 5 transek sepanjang 150 m ditempatkan pada tepi koridor di sepanjang jalan. Setiap transek dibuat 12 plot (1m x 1m) yang ditempatkan di sepanjang jalan pada jarak: 0, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 45, 60, 90, 120, dan

150 m dari jalan. Masing-masing transek dibuat dengan jarak antar transek 100 m dan diletakkan pada tempat di-

mana terdapat minimal 100 m hutan penyangga. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa terdapat 117 jenis tum- buhan dan 9 jenis diantaranya adalah jenis eksotis. Hasil analisis komunitas tumbuhan menggunakan Squared Eu- clidean Distance (SED) menunjukkan bahwa daerah pinggir jalan sampai dengan jarak 5 m memiliki komunitas tumbuhan yang berbeda dengan komunitas yang terdapat di dalam hutan. Jenis tumbuhan eksotis dan rumput- rumputan lebih dominan di daerah dekat jalan. Tutupan kanopi di pinggir jalan sampai jarak 10 m relatif rendah dari pada tutupan kanopi di dalam hutan. Hasil analisis keragaman tumbuhan terhadap semua jenis dan terhadap jenis lokal saja menggunakan Canonical Correspondence Analysis (CCA) menunjukkan bahwa kekayaan jenis tidak bervariasi secara signifikan tehadap jarak. Walaupun demikian, jarak dari jalan merupakan faktor yang signifikan mempengaruhi kekayaan jenis tumbuhan eksotis; jarak 0 m memiliki keanekaragaman jenis eksotis paling tinggi dibandingkan jarak lainnya.

Kata kunci: Koridor, jenis eksotis, TNGHS, jalan, squared euclidean distance, tumbuhan bawah

Robiansyah & Purnomo

PENDAHULUAN

Jalan adalah sarana yang sangat dibutuhkan oleh manusia, yang digunakan setiap hari dan terdapat di setiap lingkungan yang dihuni manu- sia. Jalan seringkali juga mempengaruhi keseim- bangan ekosistem alami dengan beberapa cara, yaitu kerusakan ekosistem yang terjadi ketika pembangunan jalan, tewasnya hewan karena bertabrakan dengan kendaraan, berubahnya perilaku hewan, berubahnya kondisi fisik lingkungan, berubahnya komposisi kimia habitat, bertambahnya perubahan habitat oleh manusia, dan menyebarnya jenis tumbuhan eksotik (Trombulak & Frissell 2000). Penyebaran jenis tumbuhan eksotik memi- liki pengaruh yang paling besar terhadap keanekaragaman tumbuhan. Penyebarannya dianggap sebagai faktor terbesar kedua penyebab kepunahan tumbuhan di dunia, setelah kerusakan dan alih fungsi kawasan (Huston 1994; Wilcove et al. 1998; Pimentel dkk. 2000; Levine et al. 2003). Jalan dapat menjadi sarana penyebaran tumbuhan eksotik dengan cara menyediakan koridor (Tyser & Worley 1992) dan habitat yang sesuai untuk invasi, yaitu berupa tingginya tingkat gangguan, tanah yang kaya hara (Trombulak & Frissell 2000) dan tangkapan sinar matahari (Parendes & Jones 2000; Watkins et al. 2003). Taman Nasional Gunung Halimun Salak (TNGHS) memiliki ekosistem hutan hujan tropis pegunungan terluas di Pulau Jawa (GHSNPMP- JICA 2007a). Selain sebagai kawasan tangkapan air, TNGHS juga merupakan habitat bagi bebera- pa flora dan fauna unik dan langka. TNGHS memiliki setidaknya 500 jenis tumbuhan, yang tergolong ke dalam 266 marga dan 93 suku (Wiriadinata 1997). Tercatat sekitar 244 jenis burung, 27 jenis di antaranya adalah jenis en- demik, dan 61 jenis mamalia termasuk jenis lang-

ka antara lain macan tutul jawa (Panthera pardus

melas), owa jawa (Hylobates moloch), surili (Presbytis aygula), lutung budeng (Trachypithecus auratus), dan juga ajag (Cuon alpinus) (Prawira- dilaga dkk. 2002; Hartono dkk. 2007). TNGHS terdiri dari dua ekosistem utama, yaitu ekosistem Gunung Halimun dan Gunung Salak. Keduanya dihubungkan oleh sebuah kori-

dor yang berfungsi sebagai tempat terjadi aliran genetik. Secara administratif, koridor ini terletak

di dua kabupaten, yaitu Kabupaten Bogor dan

Sukabumi. Total jumlah penduduk di dalam ka- wasan koridor pada tahun 2004 adalah 19.714 jiwa dengan rata-rata laju pertumbuhan pendu- duk 2.64% per tahun. Tingginya jumlah penduduk di dalam koridor taman nasional menuntut adanya jalan sebagai jalur transportasi bagi warganya. Hingga tahun 2004, total panjang jalan yang terdapat di dalam koridor adalah seki-

tar 98 km. Pengaruh keberadaan jalan terutama penyebaran jenis tumbuhan eksotik terhadap keanekaragaman tumbuhan di dalam koridor secara spesifik belum diteliti hingga saat ini. Pada

tahun 1998 dilakukan kajian vegetasi di kawasan koridor TNGHS oleh Endangered Species Team GHSNPMP-JICA dan ditemukan 280 jenis vegetasi berasal dari 197 suku (GHSNPMP-JICA 2007b). Tim ini menemukan dua jenis eksotik dan berpotensi invasif, yaitu Maesopsis manii dan Calliandra calothyrsus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh jalan terhadap keanekaragaman tumbu- han bawah di koridor TNGHS dengan indicator penelitian yang dilihat adalah:1) respon keaneka- ragaman dan kelimpahan tumbuhan bawah koridor TNGHS terhadap jalan, 2) pengaruh jalan terhadap kondisi habitat di koridor TNGHS, dan 3) mengetahui jenis-jenis tumbu- han eksotik di koridor TNGHS.

Pengaruh Jalan Terhadap Keragaman Jenis Tumbuhan Bawah dan Habitatnya

BAHAN DAN CARA KERJA

Penelitian ini dilakukan di koridor TNGHS yang memiliki luas 4.206,18 ha dan termasuk dalam 5 wilayah administrasi desa, yaitu Desa Purasari dan Purwabakti yang berada di Ka- bupaten Bogor serta Desa Cihamerang, Cipeu- teuy dan Kabandungan yang terletak di Kabupat- en Sukabumi. Kelima desa ini dihubungkan oleh jaringan jalan sepanjang sekitar 98 km atau sekitar 0.70% total luas kawasan koridor. Kondisi jalan pada umumnya berupa tanah yang dilapisi batu sungai dengan beberapa bagian dilapisi dengan aspal. Pada penelitian ini, jalan yang dievaluasi pengaruhnya terhadap tumbuhan bawah adalah jalan utama yang melintasi Desa Cipeuteuy (Gambar 1). Kondisi tutupan hutan pada koridor saat ini hanya tersisa di wilayah Desa Cipeuteuy, sedangkan sebagian besar telah beru-bah menjadi lahan pertanian dan perkebunan. Tipe penutupan lahan di dalam koridor didominasi oleh semak belukar (32,29%), hutan sekunder (18,05%) dan hutan primer (6,38%). Sisanya merupakan campuran dari perkebunan,

primer (6,38%). Sisanya merupakan campuran dari perkebunan, Gambar 1. Lokasi Penelitian di Koridor TNGHS perkampungan,

Gambar 1. Lokasi Penelitian di Koridor TNGHS

perkampungan, sawah, kolam, sungai dan per- tambangan. Pada hutan primer, jenis-jenis tum- buhan yang banyak dijumpai antara lain Puspa (Schima wallichii), kimerak (Weinmannia blumei), paku siuer (Cyathea junghuniana), Quercus gemelliflora, Castanopsis argentea, Cryptocarya mentek dan Litsea robusta. Sebanyak 5 transek sepanjang 150 m ditempatkan di hutan sepanjang jalan yang melintasi di kawasan koridor TNGHS. Masing- masing transek dibuat dengan jarak minimum antar transek 100 m dan diletakkan pada tempat dimana terdapat minimal 100 m hutan penyang-

ga pada kedua sisi jalan untuk menghindari edge

effects dari pembabatan hutan, celah kanopi yang besar atau jalan lainnya. Pada tiap transek, petak 1

m x 1 m dibuat pada setiap jarak berikut (dari

jalan): 0, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 45, 60, 90, 120, dan 150 m. Persentase tutupan kanopi dari jenis tumbuhan bawah, tinggi kurang dari 1 m, dicatat

di setiap petak. Juga diamati beberapa faktor ling-

kungan seperti ketebalan serasah, kemiringan la- han, tunggul, serasah, dan tutupan tanah (bare ground). Squared Euclidean Distance (SED) yang dihitung dari rataan kelimpahan jenis di lima desa digunakan untuk membandingkan perbedaan komposisi jenis antara dua jarak yang berdekatan (Jongman dkk. 1995) dan untuk mengamati pe- rubahan komunitas tumbuhan antara jenis tum- buhan di jalan dan jenis tumbuhan di dalam hu- tan. SED dihitung dengan menggunakan formula sebagai berikut:

SED dihitung dengan menggunakan formula sebagai berikut: Dimana i adalah individu pada masing- masing jenis, S

Dimana i adalah individu pada masing- masing jenis, S adalah jumlah total jenis, X adalah rataan dari kelimpahan jenis, A dan B adalah dua jarak petak yang berdekatan dan p adalah jumlah total petak sampling. Untuk melihat apakah ada komunitas khas dari tumbuhan bawah yang terdapat di lokasi

Robiansyah & Purnomo

penelitian dan faktor-faktor lingkungan yang mempengaruhinya, pada data jenis tumbuhan bawah dan faktor lingkungan dianalisis dengan Canonical Correspondence Analysis (CCA) CANO- CO. Untuk melihat pengaruh jalan terhadap kon- disi habitat, dihitung rataan dari setiap faktor lingkungan yang diukur kemudian memplotkann- ya terhadap jarak. Kekayaan jenis dan Shannon- Wiener Diversity Index (H) dianalisis dengan atau tanpa tumbuhan eksotik. Untuk melihat pengaruh jarak dari jalan terhadap kekayaan jenis dan H dihitung dengan Analysis of Variance (ANOVA). Selain itu, Uji Student-Newman-Keuls (SNK) juga digunakan untuk melihat hubungan antara kekayaan jenis tumbuhan dan H terhadap jarak dari jalan.

HASIL

Dari total 60 petak yang diamati, ditemukan 117 jenis tumbuhan yang berasal dari 55 suku (Lampiran 1). Sebanyak 9 jenis diketahui merupakan tumbuhan eksotik, yaitu Ageratum conyzoides (L.) L. (Compositae), Austroeupatori- um inulifolium (Kunth) R.M.King & H.Rob. (Compositae), Clidemia hirta (L.) D. Don (Melastomataceae), Emilia sonchifolia (L.) DC. ex DC (Compositae), Nephelium lappaceum L. (Sapindaceae), Nephrolepis falcata (Cav.) C. Chr (Davalliaceae), Oxalis corniculata L. (Oxali- daceae), Paspalum conjugatum P.J.Bergius (Poaceae) dan Polygala paniculata L. (Polyga- laceae). Semua jenis eksotik ini ditemukan dalam rentang 5 m dari jalan, kecuali pada jenis C. hirta dan N. falcata yang ditemukan hingga jarak 150 m dari jalan. Nilai SED menunjukkan tingginya perbe- daan komposisi tumbuhan antara jarak 0 dan 5 m (Gambar 2). Nilai perbedaan pada jarak ini paling tinggi dibandingkan dengan kelas jarak lainnya yang menunjukkan adanya pergeseran komunitas

tumbuhan antara 0 dan 5 m, perbedaan ini tidak ditemukan pada kelas jarak lainnya. Terdapat tiga faktor lingkungan dalam CCA yang secara nyata mempengaruhi variasi di dalam data penyebaran jenis tumbuhan, yaitu tutupan serasah (F=1,64; P=0,005), jarak plot (F=1,60; P=0,003) dan kemiringan tanah (F=1,53; P=0,003). Gambar 3 menunjukkan bah- wa sedikit sekali perbedaan antara kelompok- kelompok tumbuhan (eksotik, rumput-rumputan, herba, semak, liana dan pohon; lihat Lampiran 1 untuk pengelompokkan tumbuhan). Setiap ke- lompok tumbuhan menyebar dan saling tumpang tindih yang menandakan tidak adanya kelompok tumbuhan yang spesifik di lokasi penelitian. Wa- laupun demikian, beberapa jenis tumbuhan eksotik, yaitu A. inulifolium, C. hirta, E. sonchifo- lia dan P. conjugatum, berkorelasi negatif dengan jarak petak. Sementara tutupan serasah dan kemiringan tanah pada A. conyzoides, N. lappace- um, O. corniculata dan P. paniculata. Selain itu, sebagian jenis rumput-rumputan lebih menyukai berada di pinggir jalan yang memiliki tutupan serasah dan kemiringan tanah yang rendah. Tidak ada pola yang jelas untuk semua faktor lingkungan dengan jarak jalan, kecuali pa-

semua faktor lingkungan dengan jarak jalan, kecuali pa- Gambar 2 .Perubahan nilai Squared Euclidean Distance (SED)

Gambar 2.Perubahan nilai Squared Euclidean Distance (SED) terhadap jarak dari jalan menuju hutan. Nilai SED dan variasi (2 x standard deviation) tertinggi ditemukan dekat dengan jalan

Pengaruh Jalan Terhadap Keragaman Jenis Tumbuhan Bawah dan Habitatnya

Jalan Terhadap Keragaman Jenis Tumbuhan Bawah dan Habitatnya Gambar 3 . Canonical Correspondence Analysis (CCA) dari

Gambar 3. Canonical Correspondence Analysis (CCA) dari jenis tumbuhan dan variabel lingkungan. Hanya faktor lingkungan yang signifikan dengan jenis tumbuhan, berupa jarak petak, tutupan serasah dan kemiringan tanah.

da tutupan tanah (Spearman R 2 =0,32; P=0,014)

dan kemiringan (Spearman R 2 =0,34; P=0,008)

yang secara nyata berkorelasi positif (Gambar 4). Tutupan tanah tertinggi terdapat pada jarak 150

m dari jalan, sedangkan yang terendah terdapat

pada jarak 15 m, yang disebabkan oleh tingginya tutupan serasah yang mencapai hingga sekitar 70%. Lokasi di pinggir jalan merupakan tempat yang paling datar dibandingkan dengan lokasi lainnya. Semakin masuk ke dalam hutan, lokasi menjadi semakin berbukit dan berlereng terjal. Variasi rataan tutupan serasah, tutupan kanopi dan ketebalan serasah tidak terlalu berbeda di se- tiap jarak, secara berturut-turut berkisar antara 50 -70%, 40-80% dan 2-4 cm. Walaupun demikian, tutupan kanopi dipinggir jalan sampai jarak 10 m relatif rendah daripada tutupan kanopi di dalam hutan, kecuali pada jarak 45 m. Tutupan tunggul hanya terdapat pada jarak 10 m, 30 m dan 150 m dengan rataan yang cukup kecil, berkisar antara 1 hingga 5%. Kekayaan jenis tidak bervariasi secara sig- nifikan tehadap jarak pada 117 jenis dan pada jenis tumbuhan lokal (Gambar 5). Walaupun demikian, ketika jenis eksotik dipisahkan dari

analisis, penurunan jumlah jenis yang paling besar terjadi di dekat jalan (0 m). Untuk nilai H, jarak tidak berpengaruh secara nyata ketika semua jenis diikutsertakan dalam analisis (Gambar 5). Ketika jenis eksotik dipisahkan, jarak lebih mendekati nilai signifikan dalam mempengaruhi H (F=1,89; P=0,064). Hasil uji SNK menunjukan bahwa H pada 0 m merupakan yang paling rendah dan se- baliknya pada jarak 120 m, sedangkan untuk ja- rak lainnya tidak ada perbedaan yang nyata. Jarak dari jalan merupakan faktor yang signifikan mempengaruhi kekayaan jenis tum- buhan eksotik (F=4,28; P=0,000) dan rumput- rumputan (F=4,99; P=0,000). Hasil uji SNK menunjukkan bahwa kekayaan jenis eksotik dan rumput pada 0 m tertinggi dibandingkan dengan jarak lainnya, sedangkan untuk jarak lainnya tidak ada perbedaan yang signifikan (Gambar 5).

PEMBAHASAN

Daerah di pinggir jalan sampai dengan ja- rak 5 m mendukung komunitas tumbuhan yang berbeda dengan komunitas yang terdapat di lokasi dalam hutan. Jenis tumbuhan eksotik dan rumput

Robiansyah & Purnomo

Robiansyah & Purnomo Gambar 4 . Persentase perubahan tutupan serasah, tunggul, tanah, kanopi, ketebalan serasah, dan

Gambar 4. Persentase perubahan tutupan serasah, tunggul, tanah, kanopi, ketebalan serasah, dan kemiringan tanah terhadap jarak dari jalan di koridor TNGHS. Garis vertikal merupakan standar deviasi.

-rumputan lebih dominan di daerah dekat jalan. Penelitian lain juga menunjukkan hasil yang sama dimana edge effects menyebabkan pergeseran pada komunitas tumbuhan (Ranney dkk. 1981; Luken dkk. 1991; Baker & Dillon 2000; Watkins dkk. 2003). Daerah pinggir jalan memiliki tutupan kanopi yang lebih rendah yang memungkinkan cahaya matahari mencapai dasar hutan. Hal ini dapat menjadi salah satu faktor yang menyebab- kan komposisi tumbuhan di pinggir jalan berbeda dengan di dalam hutan. Parendes & Jones (2000) menemukan lebih banyak jenis tumbuhan eksotik di daerah pinggir jalan dengan intensitas cahaya tinggi.

Kehadiran jenis eksotik berhubungan erat dengan daerah yang memiliki gangguan yang tinggi (Hobbs & Huenneke 1992; Tyser & Wor- ley 1992; McIntyre & Lavorel 1994; Brosofske et

Gambar 5. Perubahan pada kekayaan jenis total, kekayaan jenis lokal, kekayaan jenis rumput, Shannon-Wiener Diversity Index (H) dan H tumbuhan lokal terhadap jarak dari jalan di koridor TNGHS. Garis vertikal merupakan standar deviasi.

al. 1999). Tingkat gangguan dalam kaitannya dengan keberadaan tumbuhan eksotik pada penelitian ini tidak dapat teridentifikasi. Indikator gangguan pada suatu daerah seperti tutupan serasah, tanah, dan ketebalan serasah pada penelitian ini tidak berbeda secara nyata dari pinggir jalan sampai ke dalam hutan. Untuk bisa melihat tingkat gangguan di sepanjang jalan di- perlukan pengukuran faktor lingkungan lainnya, seperti suhu, kelembaban, bulk density dan kan- dungan materi organik tanah (Olander et al.

1998).

Dalam penelitian ini, jalan yang membagi koridor TNGHS merubah keanekaragaman tum- buhan lokal dan eksotik, tapi tidak untuk kekayaan jenis. Daerah pinggir jalan berasosiasi dengan berkurangnya keanekaragaman tumbuhan lokal dan bertambahnya keanekaragaman jenis

Pengaruh Jalan Terhadap Keragaman Jenis Tumbuhan Bawah dan Habitatnya

tumbuhan eksotik dan rumput-rumputan. Hasil penelitian ini berbeda dengan penelitian edge effects lainnya yang umumnya menemukan penambahan kekayaan jenis tumbuhan di dekat pinggir jalan (Gysel 1951; Brothers & Spingarn 1992; Euskirchen et al. 2001). Hasil yang di- peroleh menunjukkan bahwa keanekagaman jenis eksotik bertambah di dekat jalan dan kekayaan jenis lokal berkurang, meskipun kekayaan jenis total tidak berubah di dekat jalan. Hal ini sesuai dengan hipotesis gangguan intermediet (inter- mediate-disturbance hypothesis), yaitu suatu kondisi dimana kekayaan jenis tertinggi berada pada tem- pat yang memiliki frekuensi dan kepelikan gangguan pada tingkat menengah (Campbell 2004). Kondisi ini terjadi karena tingkat gangguan di jalan relatif ekstrim dan terus- menerus dibandingkan dengan gangguan yang ditimbulkan oleh penebangan pohon atau aktifi- tas lainnya. Jalan dapat berperan sebagai saluran penyebaran tumbuhan (Wace 1977; Tyser & Worley 1992), dan tumbuhan eksotik dapat menambah jangkauan distribusinya dengan cara menyebar di sepanjang jalan (Schowalter 1988; Wilcox & Murphy 1989; Tyser & Worley 1992). Pada penelitian ini, tumbuhan eksotik ditemukan paling banyak di pinggir jalan dimana intensitas cahaya relatif lebih tinggi dan gangguan pada tanah lebih intensif. Hal ini menandakan bahwa tumbuhan eksotik dapat menyebar masuk ke da- lam hutan karena diawali dengan adanya gangguan berupa pembukaan hutan. Apabila gangguan terjadi di dalam hutan, pinggir jalan mungkin akan menjadi sumber tumbuhan eksotik dan memfasilitasi kolonisasi dalam hutan. Sebagai contoh, Parendes & Jones (2000) yang melakukan penelitian di Oregon, USA menemu- kan bahwa jenis eksotik tersebar di sepanjang jalan dan lokasi di sekitarnya yang telah terjadi penebangan (area dengan gangguan tinggi).

Walaupun kendaraan dapat menjadi media yang penting bagi penyebaran tumbuhan di sepanjang jalan (Wace 1977; Schmidt 1998), koridor yang berupa kanopi terbuka dapat juga berperan dalam penyebaran dengan masuknya pergerakan dan penetrasi angin. Koridor ini dapat menjadi jalur bagi jenis eksotik untuk menginvasi daerah dalam hutan. Pada penelitian ini, terdapat dua jenis tumbuhan eksotik yang tersebar hingga jarak 150 m dari jalan, walaupun dalam jumlah dan frekuensi yang lebih rendah. Ketika jauh dari jalan, penyebaran tumbuhan eksotik ini dapat disebarkan oleh hewan liar, angin, air, atau aktivi- tas manusia. Penelitian ini mengindikasikan bahwa jalan memberikan pengaruh terhadap keanekaragaman tumbuhan bawah melalui dua tahap. Pertama, melalui pembentukan zona yang sangat di- pengaruhi oleh jenis eksotik, yaitu mulai dari pinggir jalan sampai jarak 5 m dari jalan. Kedua, melalui perubahan faktor lingkungan berupa ber- tambahnya intensitas cahaya matahari. Kondisi ini tidak terbatas sampai jarak 5 m saja, tetapi mencapai hingga ke dalam hutan. Untuk mengendalikan penyebaran jenis eksotik dan menghindari biaya tinggi untuk merestorasi hutan secara keseluruhan, berdasarkan penelitian ini, pengelola kawasan koridor TNGS hendaknya mempertimbangkan beberapa hal da- lam pengelolaan kawasan, yaitu: 1) meminimalisir kepadatan jalan di kawasan koridor 2) menghin- dari pembangunan jalan baru di daerah dengan kawasan hutan yang masih utuh 3) mengontrol jumlah kendaraan yang melewati jalan, dan 4) membatasi aktifitas manusia di hutan.

KESIMPULAN

Kawasan koridor TNGHS memiliki 117 jenis tumbuhan bawah dan 9 jenis diantaranya adalah jenis eksotik. Daerah pinggir jalan sampai

Robiansyah & Purnomo

dengan jarak 5 m memiliki komunitas tumbuhan yang berbeda dengan komunitas yang terdapat di dalam hutan. Jenis tumbuhan eksotik dan rumput -rumputan lebih dominan di daerah dekat jalan, sementara tutupan kanopi di pinggir jalan sampai jarak 10 m relatif rendah daripada tutupan kanopi di daerah interior hutan. Kekayaan jenis tidak bervariasi secara signifikan terhadap jarak, namun jarak dari jalan merupakan faktor yang signifikan mempengaruhi kekayaan jenis tumbuhan eksotik; jarak 0 m memiliki keanekaragaman jenis eksotik paling tinggi dibandingkan jarak lainnya.

UCAPAN TERIMA KASIH

Terima kasih kepada segenap tim survey:

Sopian (KRB) dan Pak Amir (TNGHS) atas partisipasi dan kerjasamanya dalam mendukung penelitian ini. Apresiasi tinggi kepada pengelola TNGHS, khususnya Pak Nur dan Mas Koko atas dukungan dan segala kemudahan yang diberikan.

DAFTAR PUSTAKA

Baker, WL. & GK. Dillon. 2000. Plant and vege- tation response to edge in the southern Rocky Mountains. In R.L. Knight et al., editors. Forest fragmentation in the southern Rocky Mountains.University Press of Colora- do, Boulder. 221-225 Brosofske, KD., J. Chen, TR. Crow & SC. Saun- ders. 1999. Vegetation responses to land- scape structure at multiple scales across a northern Wisconsin, USA, pine barrens

landscape. Plant Ecol. 143:203–218. Brothers, TS. & A. Spingarn. 1992. Forest frag- mentation and alien plant invasion of central Indiana old-growth forests. Cons. Biol. 6:91–

100.

Campbell, NA. 2004. Biologi. Alih Bahasa: Was-

men Manalu. Editor: Amalia Safitri. Erlang- ga, Jakarta. Pp.501. Euskirchen, ES., J. Chen & R. Bi. 2001. Effects of edges on plant communities in a managed landscape in northern Wisconsin. Forest Ecol.

Manag.148:93–108.

GHSNPMP-JICA. 2007a. Gunung Halimun Sa- lak National Park, the misty mountains of Halimun Salak. Gunung Halimun Salak Na- tional Park, Kabandungan. GHSNPMP-JICA. 2007b. Ecological Study Halimun-Salak Corridor Mount Halimun- Salak National Park. Gunung Halimun Salak National Park, Kabandungan. Gysel, WL. 1951. Borders and openings of beech- maple woodlands in southern Michigan. J. Forest. 49:13–19. Hartono, TH., H. Kobayashi, H. Widjaya & M. Suparmo. 2007. Taman Nasional Gunung Halimun - Salak. Edisi revisi. JICA – BTNGHS–Puslit Biologi LIPI–PHKA. Hobbs, RJ., & LF. Huenneke. 1992. Disturb- ance, diversity, and invasion: implications for conservation. Cons. Biol. 6:324–337. Huston, MA.1994. Biological Diversity: The Coex- istence of Species on Changing Landscape. Cambridge University Press, Cambridge. Jongman, RHG., CJF. Ter Braak & OFR. Van Tongeren. 1995. Data analysis in commu- nity and landscape ecology. Cambridge University Press, Cambridge, United King- dom. Levine, JM., M. Vila, CM. D’Antonio, JS. Dukes, K. Grigulis & S. Lavorel. 2003. Mechanisms underlying the impacts of exot- ic plant invasions. Proc. Roy. Soc. Lond. 270:

775-781.

Luken, JO., AC. Andrew & DG. Baker. 1991. Forest edges associated with power-line corri- dors and implications for corridor siting.

Pengaruh Jalan Terhadap Keragaman Jenis Tumbuhan Bawah dan Habitatnya

Landscape Urban Plan. 20:315–324. McIntyre, S. & S. Lavorel. 1994. Predicting rich- ness of native, rare, and exotic plants in re- sponse to habitat and disturbance variables across a variegated landscape. Cons. Biol.

8:521–531.

Olander, LP., FN. Scatena & WL. Silver. 1998. Impacts of disturbance initiated by road con- struction in a subtropical cloud forest in the Luquillo Experimental Forest, Puerto Rico. Forest Ecol. Manag. 109:33-49. Parendes, LA. & JA. Jones. 2000. Role of light availability and dispersal in exotic plant inva- sion along roads and streams in the H.J.Andrews Experimental Forest, Oregon. Cons. Biol. 14:64–75. Pimentel, D., L. Lach, R. Zuniga & D. Morrison. 2000. Environmental and economic costs of non-indigenous species in the United States. Bioscience, 50: 53-65. Prawiradilaga, DM., S. Wijamukti & A. Mar- kamah. 2002. Buku Panduan Identifikasi Burung Pegunungan di Jawa: Taman Nasion- al Gunung Halimun. Biodiversity Conserva- tion Project. LIPI–JICA–PHKA. 106p. Ranney, JW., MC. Bruner & JB. Leenson. 1981. The importance of edges in the structure and dynamics of forest islands. Pages 67–95 in P.L. Burgess & D.M. Sharp, editors. Forest island dynamics in a man-dominated land- scape. Springer-Verlag, New York. Schmidt, W. 1998. Plant dispersal by motor cars. Vegetatio, 80:147–152. Schowalter, TD. 1988. Forest pest management:

a synopsis. North-west Envir. J. 4:313–318. Trombulak, SC. & CA. Frissell. 2000. Review of ecological effects of roads on terrestrial and aquatic communities. Cons. Biol. 14:18–30. Tyser, RW. & CA. Worley. 1992. Alien flora in grasslands adjacent to roads and trail corri- dors in Glacier National Park, Montana (U.S.A.). Cons. Biol. 6:251–262. Wace, NM. 1977. Assessment of dispersal of plant species: the Carbone flora in Canberra. Proceedings of the Ecological Society of Austral- ia, 10:167–186. Watkins, RZ., J. Chen, J. Pickens & KD. Brosof- ske. 2003. Effects of Forest Roads on Under- story Plants in a Managed Hardwood Land- scape. Cons. Biol. 17:411–419. Wilcove, DS., D. Rothstein, J. Dubow, A. Phil- lips & E. Losos. 1998. Quantifying threats to imperiled species in the United States. Bioscience, 48: 607-615. Wilcox, BA. & DD. Murphy. 1989. Migration control of purple loosestrife (Lythrium sali- caria L.) along highway corridors. Envir. Manag. 13:365–370. Wiriadinata, H. 1997. Floristic study of Gunung Halimun National Park.in M. Yoneda, H. Simbolon, & J. Sugardjito. (eds.) Research and Conservation of Biodiversity in Indonesia. Vol. II: The inventory of natural resources in Gunung Halimun National Park. JICA – LIPI – PHPA. Pp. 7–13.

Robiansyah & Purnomo

Lampiran 1. Jenis-jenis Tumbuhan yang Ditemukan di Koridor TNGHS

No

Nama ilmiah

Nama Lokal

Suku

Habitus

Distribusi

Status

Pustaka

1

Ageratum conyzoides (L.) L.

Jukut bau

Compositae

Herba

Amerika tropis

Eksotik,

http://www.issg.org; Kohli et al. 2006

 

invasif

2

Allantodia aspera (Blume) Ching (Blume) Milde

Ki Kawat

Woodsiaceae

Herba

Asia Tenggara

Asli

http://flora.huh.harvard.e

 

du

3

Alocasia sp.

Sente, alokasia

Araceae

Herba

Asia tropis

Asli

http://zipcodezoo.com

4

Alpinia scabra (Blume) Náves

Ela

Zingiberaceae

Herba

Thailand hingga

Asli

http://www.catalogueoflif

 

Malesia Barat

e.org

5

Alpinia sp.

Laja hutan

Zingiberaceae

Herba

Asia tropis dan sub tropis, Australia, dan Kepulauan Pasifik

Asli

Flora of Cina Vol. 24 Page 333

6

Amischotolype mollissima

Ki sepet