REGULASI EKSPRESI GEN PADA EUKARIOT

RESUME
Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah
Genetika II
Yang dibina oleh:
Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M. Pd dan Andik Wijayanto, SSi, MSi.
Oleh:
Kelompok 4/Off G
Anindya Nirmala Permata (140342603635)
Dewi Maspufah (140342601290)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
September 2016

Amoeba tidak sama membingungkan dengan E.coli. fenotip dari tumbuhan jagung
sangat berbeda dari fenotip tumbuhan oak. Manusia biasanya sangat mudah dibedakan
kecuali kembar identik. Fenotip yang berbeda dihasilkan dari gen yang berbeda dan bentuk
gen yang berbeda (alel yang berbeda) dalam genom dari variasi organisme dan individu.
Perkembangan dan perbedaan sel dihasilkan dari aksi dari gen regulatorge. Produk utama dari
gen regulator telah menunjukkan transkripsi aktivator yang berikatan dengan promotor atau
sequence regulator yang lain dari struktur gen yang diregulasi. house keeping gen seperti
mengkode ribosom RNAs, protein ribosomal, dan transfer RNAs terungkap pada beberapa
waktu dalam semua sel. Ekspresi gen adalah diregulasi, dan regulasi dikoordinasikan dari
jalur utama ekspresi gen terutama responsible untuk diversi sel fenotip yang membuka
selama perkembangan dari tumbuhan tingkat tinggi atau hewan.
Diferensiasi Sel Dalam Eukariotik Tingkat Tinggi
Selama perkembangan dari eukariotik tingkat tinggi sel satu, zigot memberikan
kenaikan dengan sel mitosis untuk mengatur secara luas tipe sel (pada hewan, sel kulit, sel
syaraf, sel tulang, sel darah dan seterusnya) dengan perbedaan morfologi dan komposisi
molekul. Tipe sel yang berbeda memberikan beberapa fungsi metabolisme yang spesifik.
Contohnya, sel darah merah sangat dikhususkan untuk sintesis dan menyimpan hemoglobin.
90% lebih dari molekul protein disintesis dalam sel darah merah selama masa aktifitas
biosintesis maksimal. Pada amfibi nukleus dari sel yang berbeda dapat ditransplantasi
menjadi enucleated telur (telur dari nukleus yang asli telah tergeser) dan menunjukkan
sebenarnya perkembangan dari embrio normal.
Selama perkembangan tumbuhan komplek atau hewan, ekspresi gen telah ditunjukkan
diregulasi pada contoh yang berbeda mungkin semua penting pada tahap transkripsi, proses
pre-mRNA, transport mRNA, stability mRNA, translasi, postransalasi, proses protein,
stability protein, dan fungsi enzim.
Beberapa proses perkembangan pada eukariot tingkat tinggi dikontrol melalui
preprogrammed circuits dari ekspresi gen. Produk dari satu atau lebih dari fungsi gen yaitu
menghentikan transkripsi dari set pertama pada gen atau memulai transkripsi dari set kedua
dari gen. Pada eukariot, hormon-hormon dapat merangsang ekspresi sekelompok gen. Selain
itu, gen-gen regulatori juga dilibatkan dalam pengontrolan pola-pola diferensiasi. Dalam
beberapa kasus, elemen-elemen regulatori disebut enhancers dan silencers yang
mengatur ekspresi gen dari promoter terdekatnya.

Mengendalikan Genetik Perkembangan Drosophila

Perkembangan Drosophila dikontrol oleh gen regulator yang berperan pada untaian
spesifik untuk menentukan bentuk atau pola yang berbeda dari ekspresi gen pada daerah yang
berbeda di sel telur yang telah dibuahi, kemudian berkembang menjadi embrio, kemudian selsel yang berbeda pada blastula, dan sebagainya hingga morfologi yang lengkap dari lalat
buah dewasa dihasilkan. Walaupun ratusan dari gen mungkin diekspresikan pada sebuah
neuron, yang tidak diekspresikan pada sel-sel mata, lengan, atau sayap, perbedaan yang luas
dalam bentuk ekspresi gen pada sel-sel yang berbeda tidak terjadi seluruhnya dalam sekali
kejadian. Pada Drosophila, kebanyakan kunci dari regulator gen ini telah diidentifikasi, dan
sekitar setengahnya diketahui mengkode protein transacting yang mengatur transkripsi gen
lainnya, seringkali termasuk kunci gen regulator selanjutnya pada aliran regulator
morfogenetik. Perkembangan dari Drosophila dimulai sebelum pembuahan dari telur dengan
gradient molekular menjadi telur dewasa. Perkembangan selanjutnya setelah pembuahan
dengan pola spesifik dari ekspresi gen dalam tingkat variasi dari perkembangan embrio.
Embriogenesis pertama terjadi sangat cepat tanpa pertumbuhan sel. Besar telur pada awalnya
mengandung dua nukleus haploid, jantan dan betina pronuklei. Mereka selanjutnya fusi dan
menghasilkan nukleus diploid dari zigot. Selanjutnya membagi menjadi 9 bagian sel tunggal
yang besar yang disebut sinsitium mengandung 512 nukleus.nukleus bermigrasi pada
permukaan telur pada tingkat ini dan tambahan empat daerah tambahan. Membran sel lalu
membentuk disekitar nukleus untuk menghasilkan blastula yang mengandung 4000 sel.
Imaginal Disks dan Determinasi
Persiapan metamorfosis serangga telah digunakan selama embriogenesis awal. Sel-sel
blastoderm Drosophila berdiferensiasi menjadi dua jenis sel. 1) Sesuatu yang akan tumbuh
dan berkembang menjadi jaringan larva. 2) Sesuatu yang akan berkembang menjadi berbagai
jaringan dan organ pada lalat buah dewasa. Beberapa Kelompok dari sel yang tidak
berdiferensiasi membentuk struktur yang disebut imaginal discs. Semuanya membentuk 17
imaginal discs, masing-masing akan berkembang menjadi suatu organ yang lebih spesifik
dari lalat dewasa. Yang mencakup keping antena, mata, sayap, halter, tiga pasang kaki yang
berbeda dan sebagainya.
Transkripsi kromosom Lampbrush pada Oosit Amphibi

Pembuahan telur yang telah matang oleh sperma akan merangsang peningkatan
sintesis protein, yang diikuti pembelahan nukleus

dan pembelahan sel pada tahap

pembelahan awal pada embriogenesis. Semua komponen dibutuhkan untuk sintesis protein
selama embriogenesis pertama sebelum telur dibuahi. transkripsi gen dalam membentuk
molekul m-RNA atau pre-mRNA harus disimpan dalam telur dalam keadaan dormansi.
Sebagian besar kromosom lampbrush dalam keadaan yang sangat terkondensasi dan
secara transkripsi merupakan bentuk inaktif sehingga disebut daerah aksial dari kromosom.
Segmen tertentu dari DNA pada masing masing kromosom lampbrush, nampak sebagai
gembungan lateral yang melebar. Masing masing gembungan terdiri atas molekul
molekul sentral DNA yang dikelilingi matriks RNA dan protein yang baru disintesis.
Gen gen hasil transkripsi yang disintesis selama oogenesis harus disimpan dalam
keadaan inaktif tetapi tetap dalam bentuk yang stabil hingga terjadinya proses pembuahan.
Transkripsi gen particular dan gen product yang lain harus dibatasi dalam daerah khusus dari
sitoplasma telur selama oogenesis.
Amplifikasi Gen RNAr pada Oosit Amphibi
Meskipun laju inisiasi sintesis protein mengikuti fertilisasi, akan tetapi tidak terjadi
sintesis RNAr pada embrio amphibi hingga tahap gastrula. Besarnya telur dari amfibi
mengandung sangat banyak ribosom sekitar 10 12 per telur yang masak. D. Brown dan I.
Dawid menunjukkan bahwa nukleus dari oosit X. laevis mengandung ratusan nukleolus,
masing masing mengandung molekul DNA sirkuler yang membawa gandaan berulang
secara dua-dua dari gen rRNA. Setelah dibentuk, ekstrachromosomal molekul DNA nampak
bereplikasi dengan mekanisme rolling circle.
Replikasi selektif gen-gen rRNA dalam oosit merupakan contoh pengetahuan terbaik
dari tipe amplifikasi gen spesifik. Saat sejumlah besar protein spesifik diperlukan, seperti
pada kasus hemoglobin dalam sel darah merah, amplifikasi dapat diselesaikan pada tahap
translasi; masing masing molekul mRNA dapat ditranslasi beberapa kali. Hal ini merupakan
suatu hal yang tidak mungkin ketika produk gen yang diperlukan yaitu molekul RNA.
Populasi Transkripsi Gen Berbeda dalam Tipe Sel yang Berbeda
Pada eukariot tingkat tinggi, hanya sebagian kecil proporsi dari genom yang
direpresentasikan diantara molekul mRNA dalam suatu tipe sel tertentu. RNA ditambahkan

ke reaksi hibridisasi dalam jumlah yang banyak (relatif terhadap konsentrasi DNA) sehingga
sekuen DNA berkomplementer dengan sekuen sekuen yang representatif dalam populasi
RNA dan akan membentuk hibrid DNA RNA.
Pada eksperimen hibridisasi penjenuhan RNA-DNA, pengukuran sel pertama
dilakukan terhadap jumlah RNA yang berlabel radioaktif dari suatu tipe sel yang
berhibridisasi terhadap DNA genomik dengan ada/tidak ada kompetisi RNA radioaktif dari
tipe sel yang kedua. Apabila dua sel secara keseluruhan mengandung populasi RNA yang
berbeda (non-overlapping), maka sejumlah RNA yang berlabel akan berhibridisasi dengan
DNA, baik itu dengan ada/tidak adanya kompetisi RNA. Jika dua populasi RNA saling
overlap, maka sejumlah RNA yang terlabeli hibridisasi akan mengalami penurunan proporsi
terhadap tingkat overlap. Penelitian hibridisasi competitif RNA-DNA dari indikasi tipe ini
menunjukkan sekuen RNA dalam populasi RNA mengambil dari jaringan yang berbeda atau
tipe sel yang berbeda perbedaannya yaitu antara 10 hingga 100%.
Histon yang sama biasanya ada dalam cromatin dari variasi tipe sel yang berbeda.
Banyak ilmuan yang percaya bahwa histon tidak memiliki fungsi seperti repressor spesifik
atau aktivator dari transkripsi.
Mekanisme Regulasi Transkripsi Pada Eukariota Tingkat Tinggi
Pada E. coli, holoenzim RNA polymerase (dengan factor sigma) mengandung semua
informasi yang dibutuhkan untuk berlangsungnya inisiasi transkripsi sebagai sinyal promoter.
RNA polymerase II pada eukariot yang mentranskripsi kebanyakan gen nuclear pengkode
protein tidak dapat menginisiasi transkripsi secara invitro tanpa adanya empat accesori
protein tambahan (factor umum transkripsi).
Kebanyakan Unit Transkripsi Eukariot Adalah Monogenik
Set gen yang ditranskripsi pada tipe sel yang yang berbeda dalam eukariot tingkat
tinggi dan ekspresi gen yang berbeda pada tiap jaringan dikendalikan oleh protein transacting yang dikode oleh gen regulasi yang ada pada sequence selama diferensiasi.
Mekanisme regulasi pada tahap transkripsi penting dalam diferensiasi sel. Pada eukariot
tingkat tinggi, operon jarang muncul bahkan tidak ada. Hal ini berbeda dengan eukariot
tingkat rendah yang masih bergantung sepenuhnya dengan system operon. Sebagian besar
mRNAs eukariot tingkat tinggi merupakan monogenic dimana mengandung sequence
pengkode satu gen structural.
Enhancher dan Silencer Mengatur Transkripsi pada Eukariotik

Gen eukariotik diregulasi elemen promoter yang terletak diujung (5) dari tempat
inisiasi transkripsi dengan pola yang mirip dengan regulasi gen prokariotik. Dalam
penambahan untuk promoter terdekat, banyak gen eukariotik juga diregulasi oleh elemenelemen cis-acting yang disebut enhancher dan silencer. Seperti kesan namanya Enhancher
meningkatkan transkripsi dan silencer menurunkan transkripsi gen-gen yang diregulasi. Dasar
utama dari enhancers yang membedakannya dengan promoter adalah sebagai berikut:
1) Enhancher dapat bekerja pada jarak yang relative jauh, yaitu lebih dari beberapa ribu
pasang nukleotida dari gen yang diregulasi.
2) Enhancer adalah orientasi yang bebas, mereka dapat berfungsi dengan salah satu
orientasi, baik itu normal atau bolak-balik.
3) Enhancer adalah posisi yang bebas, mereka dapat berfungsi dengan baik pada posisi
ujung (5) atau ujung (3) dari gen /ada dalam intron gen.
Pengetahuan yang jauh lebih penting dari enhancer adalah adanya dalam minimicrosom
dari virus simian 40 (SV40), yaitu sebuah virus dari monyet yang telah diselidiki dalam
cultur sel. SV40 enhancer mengandung dua ulangan 72 pasang basa, dan penghapusan dari
kedua pengulangannya merupakan aktifitas enhancer dalam penghapusan. Jika satu dari dua
pengulangan itu berubah karena delesi atau insersi atau inversi, enhancer masih fungsional.
Enhancer ini juga dapat berpindah lokasi pada minikromosom tanpa kehilangan fungsinya.
Saat enhancer SV40 secara in vitro diletakkan pada gen -globin manusia, akan
meningkatkan tingkat transkripsi gen. Secara in vivo insersi dari enhancer dalam beberapa
ribu pasang nukelutida dari gen struktural dapat meningkatkan kecepatan transkripsi sampai
100 kali lipat.
Enhancer berada dalam intron dalam komplek heavy-chain gen. Pada genom ayam berada
diantara -hemoglobin gen dan -hemoglobin gen, dia menstimulasi transkripsi dari -globin
selama perkembangan embrionik, dan pada -globin saat dewasa.
Regulasi Tahap Transkripsi Oleh methylasi DNA
Pada kebanyakan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan , DNA sering dimodifikasi setelah
adanya sintesis
methylisitosin.

oleh enzim yang menkonversi banyak basa sitosin menjadi basa 5-

Gugus metil pada 5-karbon pirimidin dapat menempati posisi terbuka dalam lekukan
besar molekul DNA, dengan demikian mereka memiliki peranan yang potrensial pada
interaksi antara DNA dengan protein spesifik. Hal yang menunjukkan bahwa metilasi
mengendalikan regulasi ekspresi gen pada eukariot, yaitu.
1) Tingkat ekspresi gen dipengarui oleh tingkat metilasi yang terjadi. Metilasi rendah maka
ekspresi gen tinggi.
2) Beberapa pola metilasi adalah spesifik jaringan.
3) 5-azasitidine (analog basa) yang tidak dapat dimetilasi setelah bergabung dengan DNA,
menyebabkan ekspresi gen pada jaringan tidak muncul.

90 % metilasi DNA eukariot terjadi pada sequence dinucleotide CG dan sekuen ini
merupakan dimetil simetri.
Apakah Z-DNA Ikut berperan dalam sebuah regulasi?
Menurut watson-crick b-form dari DNA merupakan double helix yang mengunting
kekanan. Sedangkan, penemuan yang terbaru memperlihatkan adanya double helix yang
mengunting kekiri yang disebut dengan Z-DNA dan pola zig zag nya terbentuk dari molekul
gula-fosfat.

Pada keadaan normal Z-form dari pergantian purin dengan pirimidin sekuen DNA
hanya terjadi saat konsentrasi garamnya tinggi. Ketika beberapa basa pada sekuen Z-form
yang potensial mengandung metil maka comformasi Z yang stabil yaitu pada saat konsentrasi
garam rendah. Ketika alternative purin-pirimidin dilengkapi dengan histone, sequence
tersebut tidak akan mengalami transisi dari B-form menjadi Z-form. Pada observasi yang lain
menunjukkan bahwa sekuen Z-DNA akan stabil dengan spesifik Z-DNA yang berikatan
dengan protein dan sekuen Z-DNA tidak bisa ditemukan dalam nukleousom.

Nama : Dewi Maspufah

Nim

: 140342601290

Off

: g-gw

Pertanyaan :
1. Bagaimana membedakan antara enhancer dengan promoter?
Jawab :
a. Enhancher dapat bekerja pada jarak yang relative jauh, yaitu lebih dari beberapa ribu
pasang nukleotida dari gen yang diregulasi.
b. Enhancer adalah orientasi yang bebas, mereka dapat berfungsi dengan salah satu
orientasi, baik itu normal atau bolak-balik.
c. Enhancer adalah posisi yang bebas, mereka dapat berfungsi dengan baik pada posisi
ujung (5) atau ujung (3) dari gen /ada dalam intron gen.
2. Bagaimana pengaruh tingkat konsentrasi garam terhadap Z-form?
Jawab:
Pada keadaan normal Z-form dari pergantian purin dengan pirimidin sekuen DNA
hanya terjadi saat konsentrasi garamnya tinggi. Ketika beberapa basa pada sekuen Zform yang potensial mengandung metil maka comformasi Z yang stabil yaitu pada
saat konsentrasi garam rendah.