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07/10/2016

ESTRUCTURA Y FUNCION DE
MACROMOLECULAS BIOLOGICAS
PROTEINAS

Dr. Jos Martnez Oyanedel, (jmartine@udec.cl)


Departamento de Bioqumica y Biologa Molecular

DEFINICIONES
Las protenas son compuestos orgnicos complejos, cuya
estructura bsica es una cadena de aminocidos.
Las protenas son polmeros lneales constitudos por
unidades monomricas llamadas aminocidos.
Las protenas son biomleculas formadas bsicamente por
carbono, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno. Pueden adems
contener azufre y en algunos tipos de protenas, fsforo,
hierro, magnesio y cobre entre otros elementos.
Las protenas poseen un amplio rango de grupos funcionales.
(alcoholes, tioles, tioteres, cidos carboxlicos, carboxiamidas y
una variedad de grupos bsicos).
Hemoglobina Humana : C2818H4380N764O790S12 M w :61987 Da

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AMINOACIDOS

AMINOACIDOS
!!! En una clula hay mas de 300 tipos de aminocidos !!!!!

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FUNCIONES DE LOS AMINOACIDOS


Intermediarios metablicos:
- citrulina y ornitina en ciclo de la urea
Neurotransmisores:
- (precursores de) serotonina, dopamina, epinefrina,
- glutamato y aspartato (excitatorios)
- glicina, taurina y (GABA) cido -amino butrico (inhibitorios)
Hormona tirodea
- Tiroxina
Almacenamiento de energa
- Creatina

Sntesis de purinas y pirimidinas


Formar todas las protenas

ALFA AMINOACIDOS

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ENANTIOMEROS DE AMINOACIDOS

L-ALFA
ALFA--AMINOACIDOS

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AA de la serie D:
En los peptidoglicanos
de la pared celular
de bacterias,
En pptidos cclicos,
ionoforos de cationes, actan
como antibiticos,
Pptidos de venenos de
moluscos marinos,
conopeptidos.

D-AAS EN ANTIBITICOS NATURALES


D-ASP Y D-GLU en BACITRACINA, MICOBACILINA
D-CYS en MALFORMINA
D-LEU en CIRCULINA
D-PHE en FUNGISPORINA, POLYMIXINA, TIROCIDINA
D-ALA, D-LEU, D-VAL en GRAMICIDINA
D-ALA, D-LEU, D-VAL en ACTINOMICINA, VALINOMICINA

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AMINOACIDOS NATURALES O CODIFICADOS GENETICAMENTE

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AMINOACIDOS NATURALES O CODIFICADOS GENETICAMENTE

AMINOACIDOS NATURALES O CODIFICADOS GENETICAMENTE

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AMINOACIDOS NATURALES O CODIFICADOS GENETICAMENTE

AMINOACIDOS NATURALES O CODIFICADOS GENETICAMENTE

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AMINOACIDOS NATURALES O CODIFICADOS GENETICAMENTE

AMINOACIDOS ESPECIALES

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SELENOCISTEINA

Formato Deshidrogenasa E.coli

Metil-Transferasa de M.barkeri

PYRROL-LISINA

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CODIGO GENETICO

AMINOACIDOS MODIFICADOS

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Las Protenas estn constituidas por:


L-a-aminoacidos
L-a-iminoacidos
a-aminoacidos
L-a-aminoacidos modificados

AMINOACIDOS

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DISOCIACION EN AMINOACIDOS

ECUACION DE HENDERSON HASELBALCH

HA

H+ + A-

pH = pKa + log [A-]/[HA]


Si [A] es 100%, todo esta disociado

pH = pKa + log 100/0,0001


pH = pKa + 2
Si [HA] es 100%, todo esta asociado
pH = pKa + log 0,001/100
pH = pKa 2
Si [HA] es 50% y [A] es 50%, en el punto de media equivalencia
pH = pKa

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TITULACION DE AMINOACIDOS

pH = pKa + 2

pH = pKa

pH = pKa - 2

DISOCIACION DE CADENAS LATERALES DE AMINOACIDOS

GRUPOS ACIDOS
CARGA NETA CERO
CARGA NETA
NEGATIVA
GRUPOS BASICOS
CARGA NETA
POSITIVA
CARGA NETA CERO

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TITULACION DE AMINOACIDOS

ACIDO ASPARTICO
pKa COOH 2.0
pKa COOH 3.6
pKa NH3+ 9.6

(+1)

HOOC-CH2-CH-COOH

(0)
HOOC-CH2-CH-COO-

NH3+

NH3+

(0)
HOOC-CH2-CH-COO-

(-1)
-OOC-CH

NH3+

NH3+

(-1)
-OOC-CH

2-CH-COO

NH3+

pH = pKa + log [A]/[HA]

2-CH-COO

(-2)
-OOC-CH

2-CH-COO

NH2

log [A]/[HA] = +2 para 100% A


-2 para 100% HA

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CALCULO DEL PUNTO ISOELECTRICO


pI = es el pH al cual la molcula se encuentra elctricamente neutra,
es decir hay un balance de sus cargas positivas y negativas. La
molcula presenta carga elctrica neta ( o total) cero. No migra en
un campo elctrico y presenta su mnima solubilidad.

Donde,
m numero de protones neutralizados desde carga neta positiva a
carga neta cero.
n numero de protones neutralizados desde carga neta cero a carga
neta negativa
pKa+ pKa del grupo cuya deprotonacin lleva la molcula
desde carga neta positiva a carga neta cero.
pKa- pKa del grupo cuya deprotonacin lleva la molcula
desde carga neta cero a carga neta negativa

pH > pI Molcula carga neta negativa


pH = pI Molcula carga neta cero
pH < pI Molcula carga neta positiva

pI

carga neta positiva

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carga neta negativa

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UTILIDAD DE LA DISOCIABILIDAD DE LOS AMINOACIDOS

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ENLACE POLIPEPTIDICO

CADENA POLIPEPTIDICA

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CADENA POLIPEPTIDICA

Ala Glu Gly Lys


AEGK

CALCULO DEL PUNTO ISOELECTRICO


pI = es el pH al cual la molcula se encuentra elctricamente neutra,
es decir hay un balance de sus cargas positivas y negativas. La
molcula presenta carga elctrica neta ( o total) cero. No migra en
un campo elctrico y presenta su mnima solubilidad.

pH > pI Molcula carga neta negativa


pH = pI Molcula carga neta cero
pH < pI Molcula carga neta positiva

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FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-ASP-VAL-MET-CYS-HIS-GLN-LEU-ASN-ARG-GLY

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-ASP-VAL-MET-CYS-HIS-GLN-LEU-ASN-ARG-GLY

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-ASP-VAL-MET-CYS-HIS-GLN-LEU-ASN-ARG-GLY

NH3--------------------------------------------------------------------------------COOH

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +
OH
COOH COOH
SH
RH +
NH COOH

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FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COOH

COOH

SH

RH +

NH2+ COOH

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COOH

COOH

SH

RH +

NH2-+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COOH

COO-

SH

RH +

NH2+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COO-

COO-

SH

RH +

NH2+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COO-

COO-

SH

NH2+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COO-

COO-

S-

NH2+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH2

NH3 +

OH

COO-

COO-

S-

NH2+ COO-

Los grupos que determinan la carga neta de una protena (pptido)


son:
Cadenas laterales de grupos cidos : ASP, GLU, TYR, CYS
Cadenas laterales de grupos bsicos: LYS, ARG, HIS
C-Terminal
N-Terminal

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POLIPEPTIDOS
Existen pptidos con importantes actividad biolgica:
Oxitocina

(9, Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly)

Vasopresina (9, Cys-Tyr-Phe


Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg
Arg--Gly)

Bradiquinina (9, Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg)


Encefalina (5 , Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu Tyr-Gly-Gly-Phe-Met)
Factor liberador de tirotropina, TRH (3)
Glucagn (29)

CADENA POLIPEPTIDICA

OLIGOPEPTIDO: POLIMERO DE HASTA 8-10 RESIDUOS


OLIGOPEPTIDO
POLIPEPTIDO: POLIMERO DE MAS DE 10 RESIDUOS
POLIPEPTIDO
PROTENA: POLIPEPTIDO DE MASA MOLECULAR MAYOR A 5000
PROTENA

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COMPOSICION AMINOACIDICA DE ALGUNAS PROTEINAS

CROMATOGRAFA DE INTERCAMBIO IONICO DE AMINOACIDOS


Hidrlisis qumica:
Protena + HCl 6M, 100 C, 24 hs Aminocidos

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ANALISIS DE SECUENCIAS
1. Comparacin con otras secuencias para determinar
similitudes y establecer si dos protenas pertenecen a una
misma familia
2. Comparacin de secuencia de la misma protena de
diferentes especies para obtiene informacin sobre evolucin
3. Bsqueda de repeticiones
4. Bsqueda de secuencias de sealizacin y de
modificaciones postraduccionales
5. Anlisis para la preparacin de anticuerpos
6. Anlisis para la preparacin de sondas

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