Anda di halaman 1dari 116

HANDOUT

BIOKIMIA

Rochmy Istikharah, M.Sc., Apt

Program Studi Farmasi


Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Islam Indonesia
2016

HANDOUT

BIOKIMIA

Rochmy Istikharah, M.Sc., Apt

Program Studi Farmasi


Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Islam Indonesia
2016

Ya Allah, sungguh aku memohon kepada-Mu


ilmu yang bermanfaat, rizki yang baik
dan amal yang diterima
HR. Ibnu Majah

Seek (beneficial) knowledge,


because seeking it for the sake of Allah is worship.
And knowing it makes you more God-fearing;
and searching for it is jihad
Teaching it to those who do not know is charity
Reviewing and learning it more is like tasbeeh.
Through knowledge, Allah will be known and worshiped
-Ibn Taymiyyah-

1
UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA
FM-UII-AA-FKA-08.07/R0
Versi

:1

Tanggal Revisi

: 01 September 2015

Revisi

:2

Tanggal Berlaku

: 01 September 2015

PENJABARAN MATA KULIAH ( COURSE OUTLINE )


I.

Identitas Mata Kuliah


Nama Mata Kuliah
Bobot sks
Nomor Mata Kuliah
Semester
Prasyarat
Program studi
Nama Dosen

II.

:
:
:
:
:
:
:

Biokimia
3 SKS
61312317
III
Biologi Sel
Farmasi
Rochmy Istikharah, M.Sc., Apt

Deskripsi Matakuliah
Biokimia merupakan mata kuliah wajib. Mahasiswa diharapkan telah menguasai Biologi Sel,
Kimia Organik serta Anatomi dan Fisiologi Manusia khususnya topik sistem pencernaan dan
sistem pernafasan sehingga dapat mempermudah dalam pemahaman. Biokimia merupakan ilmu
yang mempelajari proses kimiawi sel hidup, khususnya manusia. Sedangkan kesehatan
bergantung pada keseimbangan reaksi-reaksi biokimia dalam tubuh. Oleh karena itu,
penguasaan materi ini akan membantu dalam praktek kefarmasian khususnya dalam hal
pencegahan penyakit atau pengendalian agar penyakit tidak semakin berat dengan cara
menjaga homeostasis tubuh. Sehingga Biokimia juga akan mendukung competitive advantage
Lulusan Sarjana Farmasi di bidang Farmasi Klinik dan Komunitas. Dalam mendukung visi dan
misi program studi dan universitas untuk menghasilkan lulusan yang unggul tidak hanya secara
keilmuan, namun juga keislaman, perkuliahan Biokimia tidak hanya akan memberikan muatan
ilmu pengetahuan, namun juga muatan ajaran Islam yang relevan dengan teori-teori Biokimia
juga diberikan. Selain itu, perkuliahan Biokimia juga ditujukan

untuk mendukung penelitian

berbasis biokimia sebagai upaya untuk penemuan terapi maupun patogenesis suatu penyakit.
Pada perkuliahan ini akan diberikan pengetahuan dasar Biokimia, antara lain konsep dasar
tentang metabolisme, pencernaan dan absorbsi makanan; enzim dan koenzim; perolehan ATP,
transport electron dan fosforilasi oksidatif; metabolisme karbohidrat, lipid dan lipoprotein, asam
amino dan protein serta nukleotida. Mahasiswa juga akan dilatih untuk melakukan review
literature terkait metabolisme yang kemudian dibuat dalam bentuk makalah dan kemudian
mempresentasikannya. Beberapa tugas membuat resume juga akan diberikan kepada
mahasiswa.

1111111111

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA

III.

Peta Konsep (Concept Map)

Gambar 1. Peta Konsep Biokimia

IV.

Tujuan Mata Kuliah


1. Mahasiswa dapat memahami proses normal biokimia dalam tubuh dan aspek klinisnya
2. Mahasiswa dapat memanfaatkan literature dan jurnal terbaru untuk meningkatkan
pengetahuan tentang biokimia dan kasus-kasus terbaru
3. Mahasiswa dapat melatih kemampuan analisis, berfikir kritis serta memecahkan masalah
biokimia yang diberikan melalui literature review, menulis ilmiah, presentasi dan diskusi

3
UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA

V.

Kompetensi dan Indikator Pencapaian


Kompetensi yang ingin dicapai
1. Mahasiswa dapat menjelaskan dengan benar proses normal biokimia dalam tubuh dan aspek
klinisnya yang terdiri dari enzim dan koenzim, perolehan ATP, metabolisme karbohidrat, lipid,
kolesterol, lipoprotein, asam amino, protein dan nukleotida
2. Mahasiswa dapat menganalisis kasus metabolisme dan biokimia penyakit melalui review
literature dengan memanfaatkan internet dan jurnal terbaru kemudian dituangkan ke dalam
tulisan ilmiah secara sistematis dan kritis dan mempresentasikannya
Indikator Pencapaian
1. Mahasiswa dapat menjelaskan proses normal biokimia dalam tubuh dan aspek klinisnya
dengan benar
2. Mahasiswa dapat melakukan review literature yang kemudian dituangkan ke dalam tulisan
ilmiah secara sistematis dan kritis dan dapat melakukan presentasi dan diskusi ilmiah dengan
baik

VI.

Jadwal (Timeline) dan Topik Perkuliahan

No

Pertemuan Ke-

Topik Bahasan dan Sub Topik Bahasan


Pendahuluan
-

Kontrak belajar dan perkuliahan Biokimia

Pendahuluan Biokimia dan relevansi Biokimia dengan ajaran Islam

Pendahuluan tentang Metabolisme

Peranan enzim dalam metabolisme

Pencernaan dan absorbsi makanan

Online exercise: Metabolisme


2

2,3

Enzim dan Koenzim


-

Sifat-sifat umum enzim

Struktur dan mekanisme kerja enzim

Peranan koenzim dalam reaksi enzimatik

Kinetika enzim

Peran enzim dalam klinik

Kasus kinetika enzim dan peran enzim dalam klinis


3

3,4

Transport electron dan fosforilasi oksidatif


-

Mekanisme transport untuk masuk mitokondria

Komposisi dan fungsi kompleks enzim

Oksidasi dan fosforilasi

Sintesis dan regulasi ATP

Kasus fosforilasi oksidatif dalam klinis

3333333333

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA

No

Pertemuan Ke-

5-7

Topik Bahasan dan Sub Topik Bahasan


Perolehan ATP
-

Perolehan ATP dari karbohidrat: Glikolisis dan Oksidasi piruvat

Siklus Asam sitrat

Kasus diabetes mellitus


5

9,10

Ujian Tengah Semester: Topik 1 sampai dengan Perolehan ATP


Metabolisme karbohidrat
-

Pembentukan dan penguraian glikogen

Glukoneogenesis

Lintasan pentosa fosfat

Kasus kontrol glukosa darah


7

11,12

Metabolisme lipid dan lipoprotein


-

Perolehan ATP dari lipid: oksidasi asam lemak dan ketogenesis

Sintesis asam lemak jenuh dan tak jenuh

Sintesis trigliserida

Metabolisme kolesterol dan lipoprotein darah

Kasus obesitas dan metabolisme waktu puasa


8

13,14

Metabolisme asam amino dan protein


-

Fungsi biologis dan jenis asam amino

Siklus urea

Oksidasi kerangka karbon asam amino

Sintesis asam amino

Kasus diet tinggi protein dan metabolisme pada waktu kelaparan


9

15

Metabolisme nukleotida
-

Fungsi biologis nukleotida

Sintesis basa purin dan pirimidin

Degradasi nukleotida

Salvage pathways

Kasus Hyperuricaemia, gout dan orotaciduria


10

VII.

16

Ujian Akhir Semester mulai dari Metabolisme Karbohidrat sampai selesai

Referensi
1. Murray RK, Bender DA, Botham KM, Kennely PJ, Rodwell VW, Weil PA, 2012, Harpers
th

Illustrated Biochemistry 29 Ed., McGraw-Hill Companies, New York


2. Lieberman M and Marks AD, 2012, Marks Basic Medical Biochemistry: A Clinical Approach
th

4 Ed, Lippincott Williams and Wilkins

5
UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA

3. Ferrier DR, 2014, Lippincotts Illustrated Reviews: Biochemistry 6

th

Ed., Lippincott Williams

and Wilkins
4. Koolman J and Roehm KH, 2005, Color Atlas of Biochemistry 2

nd

Ed, Thieme Stuttgart, New

York
5. Gilbert HF, 2000, Basic Concepts in Biochemistry: A Students Survival Guide 2

nd

Ed,

McGraw-Hill, New York


6. Jurnal ilmiah di bidang Biokimia
Referensi untuk studi kasus:
1. The journal of college science teaching
2. The journal of chemical education
3. Biochemistry and molecular biology education
Buku Pegangan untuk Mahasiswa:
Biokimia Harper edisi terbaru (Terjemahan) diterbitkan oleh Penerbit Kedokteran EGC
Website:
Portal perpustakaaan digital untuk mempelajari ilmu biologi: www.biosciednet.org
Alamat lengkap untuk biokimia:
http://www.biosciednet.org/portal/search/browse.php?step=2&nav=main&by=subject&filt
er=&value=Biochemistry&freeResourcesOnly=yes
Pubmed Central untuk akses jurnal gratis di Pubmed: www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

VIII.

Sistem Penilaian
Sistem penilaian yang digunakan adalah penilaian acuan patokan (PAP) dengan

menggunakan standar nilai Universitas Islam Indonesia.


Komponen penilaian yaitu:

IX.

Online exercise

: 10%

Ujian tengah semester : 35%

Diskusi

: 10%

Ujian akhir semester

Tugas

: 10%

: 35%

Strategi Pembelajaran
Sistem pembelajaran Biokimia yang direncanakan akan diterapkan yaitu:
1) Meningkatkan pemanfaatan klasiber untuk pemberian materi perkuliahan, tugas dan kuis
2) Meningkatkan penggunaan teknologi dalam perkuliahan melalui penggunaan dan atau
pembuatan video dan animasi untuk materi perkuliahan
3) Menerapkan metode case-based learning secara cooperative learning group

5555555555

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA

a. Mahasiswa akan dibagi dalam kelompok-kelompok kecil di awal perkuliahan untuk


menyelesaikan kasus yang diberikan. Dalam menyelesaikan kasus tersebut, mahasiswa
dapat melakukan konsultasi dengan dosen dengan memanfaatkan klasiber sehingga
diskusi tidak perlu dilaksanakan melalui tatap muka langsung dan dapat dilakukan dari
tempat dan waktu yang berbeda. Kemudian kasus tersebut didiskusikan di kelas sesuai
jadwal yang telah ditentukan.
Kasus dan jadwal ditentukan berdasarkan topik perkuliahan. Kasus akan dibahas setelah
perkuliahan selesai
b. Dalam diskusi, masing-masing kelompok menyampaikan pendapatnya tentang kasus
yang diselesaikan.
Pembelajaran yang dilaksanakan dengan menggunakan metode case-based learning tidak
hanya untuk meningkatkan pengetahuan mahasiswa, namun juga untuk peningkatan softskill
mahasiswa yang dituntut untuk berperan aktif, baik sebagai presenter maupun sebagai peserta
dalam diskusi kasus tersebut, serta mahasiswa dituntut untuk dapat melakukan penelusuran
literature ilmiah dan membuat review untuk dapat menyelesaikan kasus yang diberikan.

Disahkan oleh

Diperiksa oleh

Disiapkan oleh

Tanggal 09 September 2015

Tanggal 09 September 2015

Tanggal 01 September 2015

Dekan,

Ketua Program Studi,

Dosen Mata Kuliah

Drs. Allwar, M.Sc., Ph.D

Pinus Jumaryatno, M.Phil, PhD, Apt

Rochmy Istikharah, M.Sc., Apt

FM-UII-AA-FKA-08.05/R0

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Versi
Revisi

:1
:1

Tanggal Revisi
Tanggal Berlaku

: 01 September 2015
: 01 September 2015

SATUAN ACARA PERKULIAHAN E-LEARNING


1. Identitas Mata Kuliah
Nama Mata Kuliah
Kode Matakuliah
Kelompok Mata Kuliah
Tipe Mata Kuliah
Bobot Kredit
Semester
Prasyarat
Co-requisite
Fakultas/Program
Dosen
Pertemuan
1
Pertama

Kompetensi Dasar
2
Mahasiswa
memahami manfaat
pembelajaran, ruang
lingkup, dan integrasi
dengan mata kuliah
lain serta dengan
ajaran Islam.
Mahasiswa
memahami konsep
dasar metabolisme
dan perangkatnya
serta proses
pencernaan dan
absorbsi makanan

: BIOKIMIA
: 61312317
: MKK
: Wajib
: 3 SKS
:3
: Biologi Sel
:: MIPA/ Farmasi
: Rochmy Istikharah, M.Sc., Apt.
Topik Bahasan dan
Sub Topik Bahasan

Indikator
Pencapaian

3
Pendahuluan
- Kontrak belajar
- Pendahuluan
Biokimia
- Biokimia dalam
ajaran Islam
- Pencernaan dan
absorbsi makanan
- Pendahuluan tentang
Metabolisme
- Peranan enzim
dalam metabolisme

4
1. Mahasiswa dapat
menjelaskan
manfaat dan ruang
lingkup Biokimia
dengan benar
2. Mahasiswa dapat
menjelaskan
konsep umum
metabolisme dan
perangkatnya
dengan benar

Strategi Pembelajaran Offline


Alokasi
Metode
Media
Waktu
5
Ceramah,
studi kasus
dan diskusi

6
3 x 50 menit

Halaman7 1 dari 6!

7
Laptop,
LCD,
internet

Strategi Pembelajaran Online


Alokasi
Metode
Media
Waktu
8
Information
repository.
Online
exercise

9
-

10
Klasiber

Evaluasi
11
Tanya
jawab dan
diskusi
Log dan
nilai kuis

Referensi
12
Gielbert:
Chapt. 1
Lieberman &
Marks:
Chapt. 1

Pertemuan
1
Kedua

Ketiga

Keempat

Kelima

Kompetensi Dasar

Topik Bahasan dan


Sub Topik Bahasan

Indikator
Pencapaian

Strategi Pembelajaran Offline


Alokasi
Metode
Media
Waktu

2
Mahasiswa
memahami konsep
dasar enzim dan
koenzim dalam
proses metabolisme

3
Enzim dan Koenzim
- Sifat-sifat umum
enzim
- Struktur dan
mekanisme kerja
enzim
- Peranan koenzim
dalam reaksi
enzimatik

4
Mahasiswa dapat
menjelaskan sifat
umum, struktur,
mekanisme kerja dan
peranan koenzim
dalam reaksi
enzimatik dengan
benar

5
Ceramah
dan diskusi

Mahasiswa
memahami konsep
dasar kinetika dan
regulasi enzim, serta
peranannya dalam
klinis

Enzim
- Kinetika & regulasi
enzim
- Peran enzim dalam
klinis
- Diskusi Kinetika
enzim dan Peranan
Enzim dalam
kefarmasian

Mahasiswa dapat
menjelaskan kinetika
dan regulasi enzim
serta peranan enzim
dalam kefarmasian
dengan baik.

Mahasiswa
memahami konsep
transport electron dan
fosforilasi oksidatif

Bioenergetika &
Fosforilasi Oksidatif
- Bioenergetika
- Mekanisme
transport untuk
masuk mitokondria
- Komposisi dan
fungsi kompleks
enzim
Bioenergetika &
Fosforilasi Oksidatif
- Oksidasi dan
fosforilasi
- Sintesis dan
regulasi ATP
Diskusi kasus
fosforilasi oksidatif
dalam klinis

Mahasiswa
memahami konsep
transport electron dan
fosforilasi oksidatif

6
Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

7
Laptop,
LCD,
internet

Casebased
learning
Ceramah
dan diskusi

Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

Laptop,
LCD,
internet

Mahasiswa dapat
menjelaskan proses
transport electron dan
reaksi fosforilasi
oksidatif untuk
memperoleh ATP
dengan benar

Ceramah
dan diskusi

Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

Mahasiswa dapat
menjelaskan proses
transport electron dan
reaksi fosforilasi
oksidatif untuk
memperoleh ATP
dengan benar

Casebased
learning
Ceramah
dan diskusi

Laptop,
LCD,
internet

Strategi Pembelajaran Online


Alokasi
Metode
Media
Waktu
8
Information
repository.
Two way
communic
ation

Information
repository.
Two way
communic
ation

Information
repository.

9
-

10
Klasiber

Klasiber

Klasiber

Evaluasi

Referensi

11
Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

12
Murray et
al: Bab 7

Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

Murray et
al: Bab 8
9

Tanya
jawab dan
diskusi
Log

Murray et
al:Bab 11
12

Lieberman &
Marks:
Bab 8

Lieberman &
Marks:
Bab 9

Lieberman &
Marks:
Bab 19
Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

Halaman8 2 dari 6!

Laptop,
LCD,
internet

Information
repository.

Klasiber

Tanya
jawab dan
diskusi
Log

Murray et
al: Bab
13
Lieberman &
Marks:
Bab 21

Pertemuan
1
Keenam

Ketujuh

Kompetensi Dasar

Indikator
Pencapaian

Strategi Pembelajaran Offline


Alokasi
Metode
Media
Waktu

2
Mahasiswa
memahami konsep
metabolisme
karbohidrat sebagai
sumber energi

3
Metabolisme Karohidrat
- Perolehan ATP dari
karbohidrat:
Glikolisis dan
Oksidasi piruvat
- DIskusi kasus
peranan vitamin B1
dan relevansinya
dengan perolehan
ATP

4
Mahasiswa dapat
menjelaskan
mekanisme glikolisis
dan oksidasi piruvat
dengan benar

5
Casebased
learning,
Ceramah
dan diskusi

6
Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

Mahasiswa
memahami konsep
metabolisme
karbohidrat sebagai
sumber energi

Metabolisme
Karohidrat:
Perolehan ATP
- Siklus Asam sitrat
- Diskusi kasus

Mahasiswa dapat
menjelaskan
mekanisme siklus
asam sitrat dengan
benar

Casebased
learning,
Ceramah
dan diskusi

Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

Kedelapan

Kesembilan

Topik Bahasan dan


Sub Topik Bahasan

Ujian Tengah
Semester:
Topik 1 s.d Perolehan
ATP dari Karbohidrat
Mahasiswa
memahami
metabolisme
karbohidrat di dalam
sel

Metabolisme
karbohidrat
- Pembentukan dan
penguraian glikogen
- Glukoneogenesis
- Lintasan pentosa
fosfat
Diskusi kasus
hipoglikemi pada bayi
dan kontrol glukosa
darah

7
Laptop,
LCD,
internet

Laptop,
LCD,
internet

Strategi Pembelajaran Online


Alokasi
Metode
Media
Waktu
8
Information
repository.
Two way
communic
ation

9
-

Information
repository.
Two way
communic
ation

Information
repository.
Two way
communic
ation

10
Klasiber

Klasiber

Evaluasi

Referensi

11
Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

12
Murray et
al: Bab
18

Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

Murray et
al: Bab
17

Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

Murray et
al: Bab
19 21

Lieberman &
Marks:
Bab 22
Ref 4

Lieberman &
Marks:
Bab 20

120 menit

Mahasiswa dapat
menjelaskan
metabolisme yang
terkait dengan
karbohidrat di dalam
sel tubuh manusia,
antara lain:
glikogenesis dan
glikogenolisis,
glukoneogenesis
serta lintasan pentosa
fosfat dengan benar

Casebased
learning,
Ceramah
dan diskusi

Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

Laptop,
LCD,
internet

Klasiber

Lieberman &
Marks:
Bab 28,
29
Ferrier:
Bab 23,
25

Halaman9 3 dari 6!

Pertemuan
1
Kesepuluh

Kesebelas

Kompetensi Dasar
2
Mahasiswa
memahami konsep
metabolisme lipid
untuk perolehan ATP

Mahasiswa
memahami
metabolisme lipid
untuk sintesis asam
lemak dan trigliserida

Topik Bahasan dan


Sub Topik Bahasan

Indikator
Pencapaian

Strategi Pembelajaran Offline


Alokasi
Metode
Media
Waktu

3
Metabolisme Lipid
- Jenis dan
pembagian asam
lemak
- Perolehan ATP dari
lipid: oksidasi asam
lemak dan
ketogenesis
Diskusi kasus
ketoasidosis pada
diabetes

4
Mahasiswa dapat
menjelaskan
mekanisme oksidasi
asam lemak dan
ketogenesis dengan
benar

5
Casebased
learning,
Ceramah
dan diskusi

6
Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

Metabolisme lipid
- Sintesis asam
lemak jenuh dan tak
jenuh
- Sintesis trigliserida
- Diskusi kasus
obesitas dan
metabolisme waktu
puasa

Mahasiswa dapat
menjelaskan
metabolisme yang
terkait dengan lipid
antara lain: sintesis
asam lemak jenuh
dan tak jenuh,
sintesis trigliserida,
dengan benar

Casebased
learning,
Ceramah
dan diskusi

Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

7
Laptop,
LCD,
internet

Laptop,
LCD,
internet

Strategi Pembelajaran Online


Alokasi
Metode
Media
Waktu
8
Information
repository.
Two way
communic
ation

Information
repository.
Two way
communic
ation

9
-

10
Klasiber

Klasiber

Evaluasi

Referensi

11
Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

12
Murray et
al: Bab
22

Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

Murray et
al: Bab
23

Lieberman &
Marks:
Bab 23

Lieberman &
Marks:
Bab 33
Ferrier:
Bab 26

Keduabelas

Ketigabelas

Mahasiswa
memahami
metabolisme
kolesterol dan
lipoprotein

Metabolisme lipoprotein
- Metabolisme
kolesterol dan
lipoprotein darah

Mahasiswa dapat
menjelaskan
metabolisme
kolesterol dan
lipoprotein dengan
benar

Ceramah
dan diskusi

Mahasiswa
memahami
metabolisme asam
amino dan protein

Metabolisme asam
amino dan protein
- Fungsi biologis dan
jenis asam amino
- Siklus urea

Mahasiswa dapat
menjelaskan siklus
urea dengan benar

Ceramah
dan diskusi

Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

Laptop,
LCD,
internet

Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

Laptop,
LCD,
internet

Information
repository.
Two way
communic
ation

Information
repository.

Klasiber

Klasiber

Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

Murray et
al: Bab
26

Tanya
jawab dan
diskusi
Log

Murray et
al: Bab
28

Lieberman &
Marks:
Bab 34

Lieberman &
Marks:
Bab 38

104 dari 6!
Halaman

Pertemuan
1
Keempat
belas

Kelimabelas

Keenambelas

Kompetensi Dasar
2
Mahasiswa
memahami
metabolisme asam
amino dan protein

Mahasiswa
memahami
metabolisme
nukleotida dan
panyakit karena
terjadi gangguan
metabolisme
nukleotida

Topik Bahasan dan


Sub Topik Bahasan

Indikator
Pencapaian

3
Metabolisme asam
amino dan protein
- Oksidasi kerangka
karbon asam amino
- Sintesis asam
amino
- Diskusi kasus diet
tinggi protein dan
metabolisme waktu
kelaparan

4
Mahasiswa dapat
menjelaskan
metabolisme yang
terkait dengan
protein, antara
oksidasi kerangka
karbon asam amino
dan sintesis asam
amino dengan benar

Metabolisme nukleotida
- Fungsi biologis
nukleotida
- Sintesis basa purin
dan pirimidin
- Degradasi
nukleotida
- Salvage pathways
- Diskusi kasus
Hyperuricaemia,
gout dan
orotaciduria

Mahasiswa dapat
menjelaskan
metabolisme
nukleotida dan dapat
menganalisis kasus
biokimia terkait
gangguan
metabolism
nukleotida dengan
kritis dan benar

Ujian Akhir Semester


mulai dari Metabolisme
Karbohidrat sampai
selesai

Strategi Pembelajaran Offline


Alokasi
Metode
Media
Waktu
5
Casebased
learning,
Ceramah
dan diskusi

6
Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

7
Laptop,
LCD,
internet

Strategi Pembelajaran Online


Alokasi
Metode
Media
Waktu
8
Information
repository.
Two way
communic
ation

9
-

10
Klasiber

Evaluasi
11
Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

Referensi
12
Murray et
al 2: Bab
27, 29
Lieberman &
Marks:
Bab 39
Ferrier:
Bab 27

Casebased
learning
Ceramah
dan diskusi

Diskusi 1 x
50 menit
Perkuliahan
2 x 50 menit

120 menit

115 dari 6!
Halaman

Laptop,
LCD,
internet

Information
repository.
Two way
communic
ation

Klasiber

Tanya
jawab dan
diskusi
Log &
keaktifan
reply

Murray et
al: Bab
32-33
Lieberman &
Marks:
Bab 41

Referensi
nd

1.

Gilbert HF, 2000, Basic Concepts in Biochemistry: A Students Survival Guide 2

Ed, McGraw-Hill, New York

2.

Murray RK, Bender DA, Botham KM, Kennely PJ, Rodwell VW, Weil PA, 2012, Harpers Illustrated Biochemistry 29 Ed., McGraw-Hill

th

Companies, New York


th

3.

Lieberman M and Marks AD, 2012, Marks Basic Medical Biochemistry: A Clinical Approach 4 Ed, Lippincott Williams and Wilkins

4.

Ferrier DR, 2014, Lippincotts Illustrated Reviews: Biochemistry 6 Ed., Lippincott Williams and Wilkins

5.

Jurnal-jurnal Biokimia

th

Disahkan oleh

Diperiksa oleh

Disiapkan oleh

Tanggal 10 September 2015

Tanggal 10 September 2015

Tanggal 01 September 2015

Dekan,

Ketua Program Studi,

Dosen Mata Kuliah

Drs. Allwar, M.Sc., Ph.D

Pinus Jumaryatno, M.Phil., Ph.D., Apt

Rochmy Istikharah, M.Sc., Apt

126 dari 6!
Halaman

UNIVERSITAS ISLAM INDONESIA


Fakultas
Program Studi
Kode Mata Kuliah
Nama Mata Kuliah

FM-UII-AA-FKA-07/R0

: MIPA
: Farmasi
: 61312317
: Biokimia

Pertemuan ke
Handout ke
Jumlah halaman
Mulai berlaku

: 1
: 1
: 4
: 01 Agustus 2016

BIOKIMIA
Rochmy Istikharah
istikharah.r@gmail.com
(subject: Biokimia_klas_NIM)
082112378486
2

Biologi Sel

PERKULIAHAN

Hubungan Biokimia dan Ilmu-ilmu Lain


PERKULIAHAN

Kuliah 150 menit dengan break 10 menit


Patologi

BIOKIMIA
Kimia
Organik 2
Fisiologi
Manusia

Prakt.
Biokimia
Klinik

Review sebelum kuliah dan Summary di akhir kuliah

Studi Kasus di akhir topik

Kimia Klinik
& Diagnos:k
Molekuler

Biologi
Molekuler

MikrobiologiParasitologi

Prakt.
MikrobiologiParasitologi

Prakt.
Biologi
Molekuler

PENILAIAN:
UTS 35% & UAS 35% MCQ type 1 & 1 kasus

Kuis/Online exercise
Online assignment

: 15% -- 18/19 Oktober 2016


: 15%

UNIVERSITAS ISLAM INDONESIA


Fakultas
Program Studi
Kode Mata Kuliah
Nama Mata Kuliah

FM-UII-AA-FKA-07/R0

: MIPA
: Farmasi
: 61312317
: Biokimia

Pertemuan ke
Handout ke
Jumlah halaman
Mulai berlaku

Website

: 1
: 1
: 4
: 01 Agustus 2016

RENCANA
PERKULIAHAN

1. PENDAHULUAN (1x)
1. BIOKIMIA

National library of medicine (www.nlm.nih.gov)

KARBOHIDRAT (1x)

2. ENZIM & KOENZIM (2x)

1. Metabolisme Glikogen
2. Glukoneogenesis dan

1. STRUKTUR DAN AKTIVITAS

ENZIM

journals)
www.freemedicaljournals.com
www.medical-journals.com
www.medscape.com
New England Journal of Medicine (www.nejm.org)
Canadian medical association journal (www.cmaj.ca)

Pengontrolan Glukosa Darah

2. KOENZIM

3. Lintasan Pentosa Fosfat

3. KINETIKA ENZIM
4. REGULASI ENZIM

5. METABOLISME LIPID &

3. PEROLEHAN ATP (3-4x)

LIPOPROTEIN

1. PHOSPHORILASI OKSIDATIF
2. SIKLUS ATP

Google scholar (scholar.google.com)


Mendeley (mendeley.com) free registration

4. METABOLISME

2. METABOLISME

Free journal database & free journals:


Pubmed central (www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/)
Biomed central (www.biomedcentral.com/browse/

3. ATP DARI KARBOHIDRAT


4. ATP DARI LIPID

RENCANA
PERKULIAHAN

1. Sintesis Asam Lemak Jenuh

& Tak Jenuh

2. Sintesis Trigliserida
3. Metabolisme kolesterol &

lipoprotein darah

TOPIK

6. METABOLISME ASAM AMINO & PROTEIN

Perolehan ATP dari


Karbohidrat & Lipid

1. SIKLUS UREA
2. Oksidasi kerangka karbon
3. Sintesis Asam Amino

7. METABOLISME NUKLEOTIDA

Metabolisme
&
perangkatnya

1. Fungsi biologis nukleotida


2. Sintesis basa purin & pirimidin
3. Degradasi nukleotida
4. Salvage pathways
5. Gangguan metabolisme nukleotida
9

Metabolisme:
- Karbohidrat
- Protein & Asam amino
- Lipid & Asam lemak

TO
HOW IN
IVE
SURV ISTRY
HEM
BIOC ??
?

11

Gilbert HF. 2000. Basic


concept in Biochemistry. A
student s survival guide.
2nd Ed. McGraw-Hill, New
York

Metabolisme lain:
- Purin & Pirimidin
- Xenobiotik

10

Know only the things you will need later

Understand the concepts first.


Make notes.
Never use a colored highlighter.
STUDYING AND EXAMS
Organize, understand, condense,
memorize.

Always remember that it is possible


to be a worthwhile human being
regardless of how much
biochemistry you know.
MINIMIZE THE AMOUNT OF
MATERIAL THAT YOU HAVE TO
MEMORIZE.

12

UNIVERSITAS ISLAM INDONESIA


Fakultas
Program Studi
Kode Mata Kuliah
Nama Mata Kuliah

FM-UII-AA-FKA-07/R0

: MIPA
: Farmasi
: 61312317
: Biokimia

Pertemuan ke
Handout ke
Jumlah halaman
Mulai berlaku

: 1
: 1
: 4
: 01 Agustus 2016

DEFINISI

C6H12O6 + 6O2 6CO2


DEFINISI

What is
Biochemistry
???

TUJUAN
BIOKIMIA

ARTI
PENTING

PERAN DI
KEFARMASIAN
13

+ 6H2O + ENERGY

>30 REACTIONS
INVOLVED
WITH DIFFERENT
ENZYME
14

DEFINISI

ARTI
PENTING

15

ARTI
PENTING

16

17

ARTI
PENTING

18

UNIVERSITAS ISLAM INDONESIA


Fakultas
Program Studi
Kode Mata Kuliah
Nama Mata Kuliah

FM-UII-AA-FKA-07/R0

: MIPA
: Farmasi
: 61312317
: Biokimia

Pertemuan ke
Handout ke
Jumlah halaman
Mulai berlaku

Manajemen
Pasien

Preventif
Kompetensi ke-6
Apoteker Indonesia

Mampu
Berkontribusi
Dalam Upaya
Preventif dan
Promotif
Kesehatan
Masyarakat

PERAN DI 19
KEFARMASIAN

: 1
: 1
: 4
: 01 Agustus 2016

Kompetensi ke-1
&2
Apoteker Indon
esia

1.Mampu Melakukan
Praktik Kefarmasian
Secara Profesional
dan Etik
2.Mampu
Menyelesaikan
Masalah Terkait
Dengan Penggunaan
Sediaan Farmasi

PERAN DI 20
KEFARMASIAN

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program(Studi
Kode(Mata(Kuliah
Nama(Mata(Kuliah

FMGUIIGAAGFKAG07/R0(

(:(MIPA
(:(Farmasi(
(:(61312317
(:(Biokimia

(Pertemuan(ke
(Handout(ke
(Jumlah(halaman
(Mulai(berlaku
THE GI SYSTEM

HORMON
HORMON

MOUTH

!
!
BIOKIMIA!

(:(1(
(:(2(
(:(78(
(:(01(September(2015(

FOOD

SUBLINGUAL
AND
SUBMANDIBULAR
SALIVARY GLANDS

BRAIN
PAROTID
SALIVARY GLAN
TRACHEA
VOLUNTARY

PENDAHULUAN:!

INVOLUNTARY

SISTEM!PENCERNAAN!&!
METABOLISME!

LIVER
STOMACH

GALLBLADDER

PANCREAS

SMALL INTESTINE

Rochmy!Istikharah!

LARGE INTESTINE
RECTUM

ANUS

Digestive system, Faal 2010, Arba PR

!
n!& !
io ion
t
s t
ge rp
Di bso
A

THE GI DIAGRAM

Heart
Liver

Mouth

Food and
water

Hepatic
Portal vein

Stomach

Anus

ABSORPTION
Vitamin K
Rectum
Air, Elektrolit
Vitamin
Karbonhidrat Protein
C, D, B2, B12, dll
FLATUS
enzim asam, dll
Mineral
Pembentukan
Lipid

Salivary glands

Gas CO2, Metana, dll

FECES

SECRETION

Small intestine

Aktifitas
BAKTERI

Large intestine

MOTILITY

3"

Digestive system, Faal 2010, Arba PR

Metabolisme???!

Koolman,"
"Color"Atlas"
Of"Biochemistry"
2nd"Ed"(2005)"

4"

Metabolisme???!

metabolismos

Proses/reaksi!kimia!yg!
terjadi!di!dalam!tubuh!
untuk!mempertahankan!
hidup!

Which!one!has!
higher!
metabolism???!

5"

6"

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program(Studi
Kode(Mata(Kuliah
Nama(Mata(Kuliah

FMGUIIGAAGFKAG07/R0(

(:(MIPA
(:(Farmasi(
(:(61312317
(:(Biokimia

(Pertemuan(ke
(Handout(ke
(Jumlah(halaman
(Mulai(berlaku

(:(1(
(:(2(
(:(78(
(:(01(September(2015(

"

7"

8"

"

"

9"

10"

Perangkat!Metabolisme!
ENZIM!
SUBSTRAT!

http://www.wiley.com/college/boyer/0470003790/animations/organs_processes/organs_processes.htm
11"

KoE: Koenzim

KoE"

PRODUK!

~P: Phosphat berenergi tinggi


12"

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,3,
,:,4,
,:,78,
,:,01,September,2015,

ENZYMES

HMPS
2

1. Struktur
Struktur enzim sebagai
protein
Penamaan
Klasifikasi

2. Reaksi kimia
Dasar reaksi tanpa katalis
& dengan katalis

3. Aktivitas
Sisi aktif enzim
Mekanisme reaksi
enzimatik scr umum
Koenzim
Peranan koenzim dlm rx
enzimatik
Jenis koenzim
Contoh-contoh koenzim

3. Aktivitas
Spesifisitas Enzim
Mekanisme Aksi EnzimSubstrat

Peptide
bond

4. Kinetika
Faktor yang
mempengaruhi &
mengatur aktivitas

5. Peran enzim dalam


bidang farmasi
4

57

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

-C-C-C-N-C-N

Basic

-C-

-OH

Tyr

Phe

-C-C-C-C-NH3+

His

Gly

Ala

-H

-C-C-CONH2

Asn N

Gln

Amide

Asp D

Glu

Acidic

-C-COOH

-C-C-COOH

Val

AA

C C
-C

-CH3

Ser

Cys

-C-C Thr
OH

Met M -C-C-S-C

-C-OH

Polar

-C-CONH2

-C-

-C-C C
!!!
N N+

Non-polar

This is NOT a metabolic pathway

Trp W -C-

Arg R
Lys

Amino Acid Map

Aromatic

N+

,:,3,
,:,4,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Hydroxy

Ile

Aliphatic
I

Leu

C
-C-C-C

C -C-SH

C
-C-C-C
Juang RH (2004) BCbasics

Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

C
C
C
HN C-COOH

Pro

Sulfur

Imino,
Circular

-helix
-sheet

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,3,
,:,4,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Human pancreatic amylase


Dr. Anjuman Begum

10

h%
Whic
?%
s
clas

11

12

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,3,
,:,4,
,:,78,
,:,01,September,2015,

h%
Whic n?%
io
react

Which%reaction?%
13

14

digit%pertama%%:%kelas%
digit%kedua%%%%%:%sub%kelas%
digit%ketiga%%%%%:%subsubkelas%
digit%keempat%:%spesik%enzim%

EC Number (Enzyme Commision)

http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
15

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/

16

Nama$t.d$2$bagian$:%
I%:%substrat%%%%%%%%%%%%%
II%:%tipe%reaksi%yg%dikatalis,%akhiran%<ase%
Informasi%tambahan%ada%di%dalam%
kurung%[%%]%%

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/

17

18

10

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,3,
,:,4,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Tanpa katalis

Prinsip

Dengan katalis
Chemical%reactions%need%
an%initial%input%of%energy%
=%THE$ACTIVATION$
ENERGY$

During this part of the reaction the molecules are said to be in a


transition state.

Substrate
19

Transition state

Product

20

The Nature of Enzyme Catalysis

APA PERAN ENZIM


DALAM REAKSI
KIMIA???

Enzyme provides a catalytic surface


This surface stabilizes transition state
Transformed transition state to product
B
A
A

Catalytic surface
Juang RH (2004) BCbasics

Enzyme Stabilizes Transition State


Energy change

Chemical reactions with enzyme

EST

S
ES

EP

Energy decreases (under catalysis)

Energy required (no catalysis)

ST

Reaction direction
T = Transition state

Whats the difference?


Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.166

Enzyme controlled reactions proceed 108 to 1011 times faster


than corresponding non-enzymic reactions.

24

11

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,3,
,:,4,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Active Site Is a Deep Buried Pocket

Chemical reactions with enzyme

Why energy required to reach transition state


is lower in the active site?

How does enzyme increase rate of reaction?

It is a magic pocket
Enzymes*can*increase*the*rate*of*reac=ons*
without*increasing*the*temperature:*

lower,the,acNvaNon,energy.,,
create,a,new,reacNon,pathway,a,short,cut,,

CoE (1)
(4)

(3)
25

(2)

(1) Stabilizes transition


(2) Expels water
(3) Reactive groups
(4) Coenzyme helps
Juang RH (2004) BCbasics

12

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,3,
,:,4,
,:,78,
,:,01,September,2015,

A+B!C+D

27

13

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,3,
,:,4,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Review
The shape and the chemical
environment inside the active
site permits a chemical
reaction to proceed more
easily

Substrate
Transition state

Product

If enzyme just binds substrate


then there will be no further reaction

Enzyme not only recognizes substrate,


but also induces the formation of transition state

29

Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.252

An additional nonprotein molecule that is


needed by some
enzymes to help the
reaction
Tightly bound cofactors
are called prosthetic
groups
Cofactors that are bound
and released easily are
called coenzymes
Many vitamins are
coenzymes

The shape and the chemical


environment inside the active
site permits a chemical
reaction to proceed more
easily

Cofactors

Nitrogenase enzyme with Fe, Mo and ADP cofactors


Jmol from a RCSB PDB file 2007 Steve Cook

30

2007 Paul Billiet ODWS

H.SCHINDELIN, C.KISKER, J.L.SCHLESSMAN, J.B.HOWARD, D.C.REES


STRUCTURE OF ADP X ALF4(-)-STABILIZED NITROGENASE COMPLEX AND ITS

31

IMPLICATIONS FOR SIGNAL TRANSDUCTION; NATURE 387:370 (1997)

14

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,4,
,:,5,
,:,78,
,:,01,September,2015,

SUMMARY
PAR
T

II

A protein with catalytic properties


due to its power of specific
activation

Rochmy Istikharah

33

*Kofaktor

* KOFAKTOR DAN KOSUBSTRAT

Kapan dan mengapa kofaktor diperlukan???

Apa fungsi kofaktor?


35

*Kofaktor dlm katalisis

*Kofaktor

Koenzim

Kofaktor
Gugus
prostetik

Logam

36

Holoenzyme

Kofaktor yg terikat scr kovalen pd enzim disebut


37
gugus prostetik

15

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,4,
,:,5,
,:,78,
,:,01,September,2015,

koenzim

! Enzim aktif

Enzim

! Enzim sudah mengikat koenzim


sejak disintesis (aktif)
Holoenzim

38

COUPLING REACTION

ENZIM-GP1
1

ENZIM-GP2
2

Y
40

41

*Perbedaan Koenzim & Enzim


Perbedaan
Struktur

Koenzim
Non protein

Thd pemanasan Stabil

Enzim
Protein
Labil
(denaturasi)
Enzim ttt butuh
koenzim untuk
aktivitasnya

Aktivitas

Membantu
aktivitas enzim
ttt

Dlm reaksi

Berubah sejalan Di akhir reaksi di


dg perubahan
peroleh kembali
substratnya

* Pembagian Koenzim
Transfer gugus selain
H

ATP & turunannya


o Gula fosfat
o KoA
o Tiamin pirofosfat
o B6 fosfat
o Koenzim folat
o Biotin
o Koenzim kobamid
o Asam lipoat
o

Transfer H (redox)
o
o
o
o

NAD +, NADP+
FMN, FAD
Asam lipoat
Koenzim Q (derivat vit K)

42

16

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah
Sumber
Vitamin

Bentuk
Aktif
(Koenzim)
TPP/TDP

B1
(tiamin)

B2
(riboflavin)

B3
(niasin)
B5
(asam
pantotenat)

FMN
FAD

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Fungsi Koenzim

Sumber
Vitamin

Koenzim dalam reaksi enzimatik yang


mentransfer unit aldehid aktif
1. Dekarbosilasi oksidatif asam keto
Misal : Piruvat asetil KoA
2. Transketolasi, cth: HMPS

Bentuk Aktif
(Koenzim)

B6
(piridoksin)

NAD+
NADP+

Koenzim untuk enzim oksidoreduktase


Bentuk teroksidasi : NAD+, NADP+
Bentuk tereduksi : NADH, NADPH

Komponen:
- KoA
- ACP

Pembawa radikal asil


Fungsi KoA : reaksi oksidasi, misal siklus
asam sitrat, asetilasi obat, Oks asam lemak dll
Fungsi ACP : sintesis asam lemak

Fungsi Koenzim

- Piridoksal fosfat
- Piridoksamin fosfat

Koenzim berbagai enzim pada


metabolisme asam amino

Biotin

Koenzim dari enzim


karboksilase
Biotin merupakan sumber atom
C no 6 pada inti purin

Asam folat

tetrahidrofolat

Pembawa transfer unit 1 karbon


kecuali CO2, misal metil, metilen, metenil,
formil, formimino
H4 Folat merupakan sumber atom C
no 2 dan 8 dalam pembentukan inti purin

B12
(kobalamin)

Metilkobalamin (di
sitosol)
Deoksiadenosilkobalami
n (di mitokondria)

Fungsi Metilkobalamin :
homosistein metionin
(juga dipengaruhi asam folat)
Fungsi Deoksiadenosilkobalamin
Metilmalonil KoA suksinil KoA

Biotin

Koenzim untuk enzim oksidoreduktase


Bentuk Teroksidasi : FMN , FAD
Bentuk Tereduksi : FMNH + H+
FADH + H+

,:,4,
,:,5,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Interaksi*Enzim.substrat*
Key,&,Lock,
Model,

SPESIFISITAS(ENZIM(
Interaksi*enzim9substrat*

Induced*
Fit*Model*

46

47

Induced*3it*model*

Hexokinase

Animation

Hexokinase (a) without (b) with glucose substrate


http://www.biochem.arizona.edu/classes/bioc462/462a/NOTES/ENZYMES/
enzyme_mechanism.html

48

http://www.chem.ucsb.edu/~molvisual/ABLE/induced_fit/index.html

49

http://www.wiley.com/legacy/college/boyer/0470003790/animations/
enzyme_binding/enzyme_binding.htm

17

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,4,
,:,5,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Interaksi*Enzim.substrat*
Key,&,Lock,
Model,

Induced*
Fit*Model*

50

51

4.(Kinetika(Reaksi(
Enzimatik(

ENZIM,

A. KONDISI,REAKSI,YANG*MEMPENGARUHI*
AKTIVITAS*ENZIM/KECEPATAN*REAKSI*

SUBSTRAT,

SUHU,

B. FAKTOR9FAKTOR*YANG*MENGATUR*
AKTIVITAS*ENZIM*
*!*REGULASI/PENGATURAN,REAKSI,

INHIBITOR,
pH,
53*

80
60
40
20
0

Substrate (mmole)

S
+
E

P
(in a fixed period of time)

Product

54*

Increase Substrate Concentration

SUBSTRAT,

KINETIKA(ENZIM:(PENGARUH(SUBSTRAT(

KOENZIM,

Juang RH (2004) BCbasics

18

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Essential of Enzyme Kinetics

Enzyme Kinetics

Steady State Theory

E +P

ES

E +S

,:,4,
,:,5,
,:,78,
,:,01,September,2015,

In steady state, the production and consumption of


the transition state proceed at the same rate. So the
concentration of transition state keeps a constant.

1) Use predefined amount of Enzyme E


2) Substrate in various concentrations S (x axis)
3) Measure Product in fixed Time (P/t) vi (y axis)
4) (x, y) plot get hyperbolic curve, estimate Vmax
5) When y = 1/2 Vmax calculate x ([S])
Vmax

1
vi

vi
1/2

-1
Km

1
Vmax

Double reciprocal 1/S

Km Direct plot S

Juang RH (2004) BCbasics

Enzyme Kinetics
vi=

Vmax
Maximum
velocity

&

Enzyme Kinetics
vi=

Vmax [S]
Km + [S]

Km

Vmax [S]
Km + [S]

Observe vi change under various [S],


resulted plots yield Vmax and Km

Km

Affinity with
substrate

1
vi

Vmax
vi
1/2

y" =*

b,

x" +*

-1
Km

a,

1
Vmax

Double reciprocal 1/S

Km Direct plot S
58

Enzyme Kinetics

y" =*

b,

Juang RH (2004) BCbasics

Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

x" +*

59

Turn Over Numbers of Enzymes

a,

60

Enzymes

Substrate

Catalase

H2O2

Carbonic anhydrase

HCO3

Acetylcholinesterase

Acetylcholine

b-Lactamase

Benzylpenicillin

Fumarase

Fumarate

RecA protein (ATPase)

ATP

kcat (s-1)
40,000,000

400,000
140,000
2,000
800
0.4

The number of product transformed from substrate


by one enzyme molecule in one second
Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.263

19

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,4,
,:,5,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Chymotrypsin Has Distinct kcat / Km to Different Substrates


=

O
R O
H3CCNCCOCH3
H H

ENZIM,

kcat / Km

R=
Glycine

1.3 10-1

Norvaline

CH2CH2CH3

3.6 102

Norleucine

CH2CH2CH2CH3

3.0 103

Phenylalanine CH2

SUBSTRAT,

KOENZIM,

SUHU,

INHIBITOR,
pH,

1.0 105
(M-1 s-1)

63

Adapted from Mathews et al (2000) Biochemistry (3e) p.379

pH,
SUHU,

64*

Q10,:,Koesien,Suhu,

SUHU,

65*

INHIBITOR,

The*factor*by*which*the*
rate*of*a*biologic*process*
increases*for*a*10*C*
increase*in*temperature*

NON#
KOMPETITIF,

KOMPETITIF,

REVERSIBLE,

IRREVERSIBLE*

Q10*=*2*
66*

67*

20

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

INHIBITOR,

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

KOMPETITIF,

INHIBITOR,
I
n
h
i
b
i
t
e
d)

,:,4,
,:,5,
,:,78,
,:,01,September,2015,

REVERSIBLE,

NON#
KOMPETITIF,

68*

4.(Kinetika(Reaksi(
Enzimatik(

69*

IRREVERSIBLE*

B. Pengaturan Enzim
SINTESIS

ALLOSTERIC
REGULATION

DEGRADASI

COVALENT
MODIFICATION

A. KONDISI,REAKSI,YANG*MEMPENGARUHI*
AKTIVITAS*ENZIM/KECEPATAN*REAKSI*
B. FAKTOR9FAKTOR*YANG*MENGATUR*
AKTIVITAS*ENZIM*
*!*REGULASI/PENGATURAN,REAKSI,

B. Pengaturan Enzim

ALLOSTERIC
REGULATION

B. Pengaturan Enzim

71*

ALLOSTERIC
REGULATION

FEEDBACK INHIBITION!
ACTIVE,
SITE,

ALLOSTERIC,
SITE,

FEEDBACK INHIBITION!

E1*

72*

E2*

E3*

73*

21

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

B. Pengaturan Enzim

COVALENT
MODIFICATION

FOSFORILASI

4. Aktivitas Enzim

Key & Lock


Model

Interaksi EnzimSubstrat

Induced Fit
Model

74*

DEFOSFORILASI

,:,4,
,:,5,
,:,78,
,:,01,September,2015,

75

76

INHIBITOR,

ENZIM,
SUBSTRAT,

NON#
KOMPETITIF,

KOENZIM,

SUHU,

KOMPETITIF,

REVERSIBLE,

IRREVERSIBLE*

INHIBITOR,
pH,

77

Faktor@faktor(yg(mengatur(aktivitas(
enzim(
SINTESIS

ALLOSTERIC
REGULATION

DEGRADASI

COVALENT
MODIFICATION

78

22

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,5,
,:,6,
,:,78,
,:,01,September,2015,

PERANAN ENZIM DALAM KLINIK


DIAGNOSIS'

TREATMENT'

ENZIM&
METABOLISME'
OBAT'

Rochmy'Istikharah'

80'

POISONS'
81'

ISOENZIM'(ISOZIM)'
Lactat'Dehydrogenase'

Ex.'Enzim'untuk'
koagulasi'darah'
82'

83'

GENE LDH ! 2 PROTEIN


(LDH-M & LDH-H)

ENZIM utk
DIAGNOSIS

LDH:'PROTEIN'KUARTENER'
(T.D'4'SUBUNIT)'

Lactate Dehydrogenase
In Heart Attack

M & H DISUSUN utk membentuk


ENZIM LDH yg mpy 4 subunit
LDH1 LDH2 LDH3 LDH4 LDH5
84

LDH2&<&LDH1&

DNA'

NORMAL&

LDH2&>&LDH1&
85'

23

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

ENZIM utk
DIAGNOSIS

,:,5,
,:,6,
,:,78,
,:,01,September,2015,

ENZIM utk
DIAGNOSIS

Alanine'aminotransferase/'
Serum'glutamic'pyruvic'transaminase'

Large&amounts&in&the&liver&
Small&amounts&in&the&heart,&muscle&&&kidney&
Alanine'aminotransferase/'
Serum'glutamic'pyruvic'transaminase'

LXalanine'''''''+'''''2Xoxoglutarate''''''''''''='''''''''''''''''''pyruvate''''''''+''''''LXglutamate'

Aspartate'aminotransferase/'
Serum'glutamic'oxaloacetic'transaminase'
http://www.enzymeXdatabase.org/reaction/AminoAcid/261m.html'
86'

87'

ENZIM utk METODE


DIAGNOSIS
*
*
*
Hexokinase*
*****Glucose*+*ATP**
*
*
G6PD*
Glucose**6**Phosphate*+*NADP+
*

TREATMENT'

Glucose**6**Phosphate**+*
ADP*

NADPH + H+,,+**

6CPhosphogluconate*

NADP%&%Nicotinamide%adenine%%dinucleotide%phosphate%(oxidized%form)%is%reduced%%
%
NADPH%&%reduced%form%%absorbs%light%(340%nm)%proportional%to%the%amount%of%
glucose%present%in%rst%reaction
''
'
'
88'

89'

TREATMENT'

TREATMENT'

530&

RELATED&THEORY&
'
COMPETITIVE'INHIBITOR'
COVALENT'MODIFICATION'

Modied'from'CatellaXLawson'et'al'
N'Engl'J'Med'2001;345:1809X17'

CatellaXLawson'et'al'
N'Engl'J'Med'2001;345:1809X17'

91'

24

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

TREATMENT'

www.ncbi.nlm.nih.gov/omim'

,:,5,
,:,6,
,:,78,
,:,01,September,2015,
METABOLISME'
OBAT'

MIM:'
MENDELIAN'
INHERITANCE'
IN'MAN'

92'

93'

SARIN!

POISONS'

propanX2Xyl'methylphosphonouoridate'

END OF ENZYME!

FM& H+&

F&

O& P&

H&
CHOLINESTERASE

CHOLINESTERASE INACTIVE
94'

25

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,5,
,:,7,
,:,78,
,:,01,September,2015,

A&
T
GETIK
R
E
HIDRA
N
O
E
B
R
BIO
A
EK
OLISM
B
A
T
E
M
y
Rochm

Istikha

rah

Glukosa

Occurs
across
Cristae

Glikolisis

Piruvat
Dekarboksilasi

GLYCOLYSIS

Asetil-KoA

Pyruvate

Occurs in
Cytoplasm

Respiratory
Chain

TOPIK
Bioenergetika &
Oksidasi biologis
Rantai transport
elektron
Perolehan ATP dari
karbohidrat
Glikolisis
Dekarboksilasi piruvat
Siklus Asam Sitrat

Metabolisme
karbohidrat
Glukoneogenesis
Metabolisme
glikogen
Hexose
monophosphate
shunt (HMPS)

Rochmy Istikharah

Occurs in
Matrix

Bioenergetika
& Oksidasi Biologis

26

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Bioenergetika ???
Termodinamika Biokimia

,:,5,
,:,7,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Bioenergetika ???
Hukum Termodinamika

Ilmu yg mempelajari perubahan energi yg


tjd selama rx kimia

First law - Energy can be converted from one form


to another, but it cannot be created nor destroyed.
Second law The total entropy
of a system must increase if a
process is to occur spontaneously

Bioenergetika ???
Hukum Termodinamika
G = H T.S
G = E T.S

Bioenergetika ???
Hukum Termodinamika

H= E

G = E T.S
G<0 : Reaksi Eksergonik

G: perubahan energi bebas


S: perubahan entropi
H: perubahan entalpi/panas
E: perubahan total dalam energi internal

Bioenergetika ???
Sumber Energi?

G>0 : Reaksi Endergonik


G=0 : Reaksi setimbang/equilibrium

Adenosine Triphosphate (ATP)

HETEROTROF

Adenine Base

AUTOTROF

3 Phosphates

Ribose Sugar

27

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,5,
,:,7,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Adenosine Triphosphate

ATP

ADP

PROSES OKSIDASI BIOLOGIS

PROSES OKSIDASI BIOLOGIS

PROSES OKSIDASI BIOLOGIS


ENZIM OKSIDOREDUKTASE!

Peningkatan
Potensial
Redoks

KELOMPOK

Semakin tinggi potensial redoks,


semakin mudah menerima elektron (direduksi)

OKSIDASE!
DEHIDROGENASE!
HIDROPEROKSIDASE!
OKSIGENASE!

Harpers Bab 11

28

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,5,
,:,7,
,:,78,
,:,01,September,2015,

MITOCHONDRION

n
Elektro
r
o
p
s
Tran
datif
Rantai forilasi Oksi
& Fos

RANTAI RESPIRASI/
RANTAI TRANSPORT ELEKTRON

RANTAI RESPIRASI/
RANTAI TRANSPORT ELEKTRON

Rantai Transpor Elektron &


Fosforilasi Oksidatif

RANTAI RESPIRASI/
RANTAI TRANSPORT ELEKTRON

Intermembrane
space

SUMBER
EKUIVALEN
PEREDUKSI
(H+ atau )

FADH2
NADH + H+

Membran
dalam

matrix

Komponen utama rantai respirasi disusun


berdasarkan peningkatan potensial redoks

29

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Electron Transport Chain Animation

Electron Transport Chain Animation

Edited from http://www.brookscole.com/chemistry_d/templates/


student_resources/shared_resources/animations/oxidative/
oxidativephosphorylation.html

http://www.science.smith.edu/departments/Biology/Bio231/etc.html

TRANSPORT ELEKTRON
PROSES OKSIDATIF
matriks

,:,5,
,:,7,
,:,78,
,:,01,September,2015,

PROSES TRANSPORT ELEKTRON


Intermembrane
space
Membran
dalam

matrix

Intermembrane
space
H+

H+ H+ H+

H+ +
H

H+ H+
H+ H+

PROSES FOSFORILASI
Intermembrane
space

H+ H

H+ H+

Membran
dalam

matrix

30

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,5,
,:,7,
,:,78,
,:,01,September,2015,

4H+

FADH2

U- + H+

UH

4H+

2H+

U: Contoh
Uncoupler

INHIBITOR
FOSFORILASI
OKSIDATIF

C
o
m
p
l
e
x
V

31

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,5,
,:,7,
,:,78,
,:,01,September,2015,

KASUS
Phenobarbital merupakan activator untuk sitokrom P450 (suatu
enzim yang terlibat dalam metabolisme obat). Warfarin yang
berefek sebagai antikoagulan merupakan salah satu substrat
untuk sitokrom P450.
Pemberian secara bersamaan kedua obat tersebut
(phenobarbital dan warfarin) akan meningkatkan metabolisme
warfarin pada pasien.
a. Apabila phenobarbital diberikan pada pasien, tanpa
penyesuaian dosis untuk warfarin, jelaskan kemungkinan
yang terjadi!
b. Apabila dosis warfarin telah disesuaikan, namun kemudian
pasien menghentikan penggunaan phenobarbital, jelaskan
kemungkinan yang terjadi!

32

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Rochmy Istikharah

ae

sitosol

an

Occurs
across
Cristae

ro
b

GLUKOSA

aerob

GLIKOLISIS

2 ASAM LAKTAT

2 PIRUVAT
2 PIRUVAT

GLYCOLYSIS

DEKARBOKSILASI
2 ASETIL-KoA

Pyruvate

Occurs in
Cytoplasm

mitokondria
2x SIKLUS ASAM SITRAT

Occurs in
Matrix

RANTAI RESPIRASI

aerob

an

ae

ro

GLUKOSA
sitosol

2 ASAM LAKTAT

2 PIRUVAT

Degradation of glucose to pyruvate


The reactions occur in 2 stages, with 10
catalytic steps altogether
http://www.wiley.com/college/fob/quiz/quiz14/14-1.swf
Biokimia Harper

33

!"#$%"#&'&(

!"#$%#&'()*+,-%.*'/#01(23/-(451

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

*1. Fosforilasi glukosa

glukokinase

*3. Fosforilasi F6P

GAP: Glyceraldehyde 3-P


DHAP: Dihydroxyacetone-P

Glyceraldehyde 3-P

Dihydroxyacetone-P
CHO
CHOH
CH2 O P
glyceraldehyde
3-phosphate

Pi NAD+

NADH+H +

glyceraldehyde
3-phosphate
dehydrogenase,
GAPDH

O C O~ P
CHOH
CH2 O P

glycerate
1,3-bisphosphate,
1,3-BPG

35

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

O C O~ P
CHOH
CH2 O P

ADP

ATP

COO
CHOH
CH2 O P

Phosphoglycerate
kinase

glycerate
3-phosphate

glycerate
1,3-bisphosphate

!
FLUORIDE

GLYCOLYSIS THE MOVIE

Glukosa

Jumlah'ATP'yang''
dihasilkan'???'

2 ATP
Fruktosa-1,6-bisfosfat

aerob
Dihidroksiaseton-P

Gliseraldehida-3P
NADH

Gliseraldehida-3P
NADH
2 ATP

2 ATP

PIRUVAT

PIRUVAT

Essential Cell Biology. 3rd Ed. by Alberts et al (2009)

36

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Glukosa

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Jumlah'ATP'yang''
dihasilkan'???'

2 ATP
Fruktosa-1,6-bisfosfat

aerob
Dihidroksiaseton-P

Gliseraldehida-3P
NADH

Gliseraldehida-3P
NADH
2 ATP

2 ATP

PIRUVAT

PIRUVAT

NADH + H+
NAD+

37

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Glukosa

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Jumlah'ATP'yang''
dihasilkan'???'

2 ATP
Fruktosa-1,6-bisfosfat

Dihidroksiaseton-P

Gliseraldehida-3P
NADH

2x 2 ATP

2 ATP

2 ASAM LAKTAT

2x

2 PIRUVAT

GLUCOSE

Pi

38

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

GLIKOLISIS
AEROB

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

*PERBEDAAN???

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

PRODUKSI
ATP

GLIKOLISIS

GLIKOLISIS

red blood cell

GLIKOLISIS
ANAEROB

PRODUKSI
2,3-BPG

39

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

*
ae

an

sitosol

ro

GLUKOSA

aerob

GLIKOLISIS

2 ASAM LAKTAT

2 PIRUVAT
2 PIRUVAT
DEKARBOKSILASI
2 ASETIL-KoA

mitokondria
2x SIKLUS ASAM SITRAT
RANTAI RESPIRASI

Biokimia Harper

*
NAD+

COO-

NADH + H + O

C O + HSCoA

Pyruvate
dehydrogenase
complex

CH3
pyruvate

*HS-CoA
*CoA-SH
*CoA
*KoA
*Koenzim A

H3C C ~SCoA + CO2


Acetyl CoA

*
E1 pyruvate dehydrogenase
Es

E2 dihydrolipoyl transacetylase
E3 dihydrolipoyl dehydrogenase
thiamine pyrophosphate, TPP (VB1)
HSCoA (pantothenic acid)

cofactors

lipoic Acid
NAD+ (VB3)
FAD (VB2)

40

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

PYRUVATE DECARBOXYLATION ANIMATION


Pyruvate

CO2

NADH
+H+

NAD+
CoASH

http://www.brookscole.com/chemistry_d/templates/student_resources/
shared_resources/animations/pdc/pdc.html

ae

an

sitosol

ro
b

GLUKOSA

SIKLUS ASAM SITRAT/SIKLUS KREBS/


SIKLUS ASAM TRIKARBOKSILAT

aerob

GLIKOLISIS

2 ASAM LAKTAT

2 PIRUVAT

Aerob

2 PIRUVAT
DEKARBOKSILASI
2 ASETIL-KoA

Matrix mitokondria

mitokondria

Amfibolisme
2x SIKLUS ASAM SITRAT
RANTAI RESPIRASI
http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1953/krebs-bio.html

1. Sintesis Sitrat
C
C

41

!"#$%&'(')#&

!"#$%#&'()*+,-%.*'/#01(23/-(451

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

2. Reaksi Isomerisasi

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

3. Reaksi Dehidrogenasi & Dekarboksilasi


Isocitrate DH
NAD+

Isositrat
dehidrasi

NADH + H+

CO2

Oksalosuksinat

-ketoglutarat

rehidrasi

Aconitase
Oksalosuksinat

3. Reaksi Dehidrogenasi & Dekarboksilasi

4. Reaksi Dekarboksilasi Oksidatif

Isocitrate DH

Mn++/Mg++

Oksalosuksinat

-KG DH complex

5. Reaksi Fosforilasi level substrat


CoA-SH

Mg++
ADP

ATP
CoA-SH

Hepar

Mg++
GDP

GTP

43

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

6. Reaksi Dehidrogenasi

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

7. Reaksi Hidrasi

Summary of
Krebs Cycle

8. Reaksi Dehidrogenasi

Glukosa

PEROLEHAN ATP DARI


1 MOLEKUL GLUKOSA
???

Glikolisis

Piruvat
Dekarboksilasi

Asetil-KoA
2x

Respiratory
Chain

http://www.wiley.com/college/boyer/0470003790/animations/tca/tca.htm

44

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

DEFISIENSI PANTOTENAT,
RIBOFLAVIN, NIASIN & TIAMIN
MENYEBABKAN RASA LEMAH

F - CH

Mengapa?

Fluorocitrate

Fluoroacetate
Fluoroacetate

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Cis-aconitate

45

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

mitokondria*

GLUKOSA

sitosol*

Fruktosa-1,6-bisfosfat
DHAP

,:,6,
,:,8,
,:,78,
,:,01,September,2015,

2$CO2$
2$CO2$

GAP

GAP

Asetil-KoA
CO2$

PIRUVAT

Asetil-KoA
CO2$

PIRUVAT

PIRUVAT

PIRUVAT
DEKARBOKSILASI

GLIKOLISIS

Perolehan ATP dari Oksidasi Glukosa


Reaksi,

Enzim,

Hasil,

Jumlah,ATP,
per,1,mol,
Glukosa,

Penggunaan*di*awal*oleh*heksokinase*&*
fosfofruktokinase*
Glikolisis*

GlyseraldehidD3P*DH*
Phospoglyserate*kinase*
Piruvate*kinase*

Dekarboksilasi*
piruvat*

PIRUVATE*DH*
Isocitrate*DH*
Alfa*ketoglutarate*DH*

Siklus*asam*sitrat* Succinate*Thiokinase*
Succinate*DH*
Malate*DH*
JUMLAH,ATP,PER,MOL,GLUKOSA,PADA,KONDISI,AEROB,

46

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,7,
,:,9,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Buffer for
regulating
blood glucose
levels

Rochmy Istikharah

10 % of
wet weight
of liver

Store of
glucose as a
fuel for exercise

METABOLISME GLIKOGEN

-(1>4) Linkages
-(1>6) Linkage

STORAGE POLYSACCHARIDES
CH2 OH

CH2 OH

OH

HO

O
OH

CH 2OH

-(1>4) Linkages
HO

CH2 OH

CH2

O
OH

O
OH

O
OH

(1>6) linkage

OH

OH

CH 2 OH
O

OH

OH

O
OH

OH

OH
OH

METABOLISME GLIKOGEN
(1>4) linkage

1"
47

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,7,
,:,9,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Biokimia Harper

Glycogen synthase -1,4

PPi

Glucose

UTP

Glucokinase

Hexokinase

Glucose-6P

Branching enzyme -1,6

1. Phosphoglucomutase
2. Glucose-1P
uridylyltransferase
3. Glucose-6phosphatase

Glycogenin
UDP-glucose

Glucose-1P

UDP
Glycogen

-1,4 Glycogen phosphorylase

Pi

-1,6 Debranching enzyme

METABOLISME GLIKOGEN

1"
48

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,7,
,:,9,
,:,78,
,:,01,September,2015,

2"
49

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,7,
,:,10,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Pentose'Phosphate'Pathway'

HEXOSE&
MONOPHO
SPHATE&
SHUNT&
Rochmy'Istik
harah'

Pentose'Phosphate'Pathway'
3&Glukosa56P&+&6&NADP+&

3'CO2'+'2'Fruktosa;6P'+'
1'Gliseraldehid;3P'+''
6&NADPH&+&6&H+&

1"
50

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,7,
,:,10,
,:,78,
,:,01,September,2015,

1"
51

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

H2O2$is$harmful$for$
erythrocyte%

,:,7,
,:,10,
,:,78,
,:,01,September,2015,

HMPS%
d
ERITR i%
OSIT

Prone$to$lysis$$
anemia%hemolytic%
H2O2$!$H2O$by$$$$$$$$$$
2$glutation$(G8SH)$%
G8S8S8G$!$2$G8SH$by$
NADPH%

HMPS%
d
ERITR i%
OSIT

2"
52

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,7,
,:,10,
,:,78,
,:,01,September,2015,

The importance of pentose


phosphate pathway????

3"
53

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

GLUCONEOGENESIS

Impo

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

rtant

FORMATION OF GLUCOSE FROM


NON-CARBOHYDRATE
SUBSTRATES

GLUCONEOGENESIS

GLUCONEOGENESIS

FORMATION OF GLUCOSE FROM


NON-CARBOHYDRATE
SUBSTRATES

2 Lactate

Amino
acids
2 Glycerol

FORMATION OF GLUCOSE FROM


NON-CARBOHYDRATE
SUBSTRATES

CORI
CYCLE

,:,8,
,:,11,
,:,78,
,:,01,September,2015,

2 PYRUVATE

2 OXALOACETATE

TRIOSE
PHOSPHATES

Amino
acids
Propionate 2
Fructose

GLUCOSE

CORI
CYCLE

LINK BETWEEN
ANAEROB
GLYCOLYSIS IN
EXTRAHEPATIC
CELLS WITH
GLUCONEOGENESIS
IN HEPATOCYTE

1"
54

!"#$%&!"#$%'&!()*+",&-*.+/(0*%1#2'&34556&

!"#$%&'%!'&'()(&

780*9.&"+*)%'&,"+1"1(&:&;,2+(#.,<&

?("@2&"##.A%&*9)*+"1(&%1(3%&
1/"1&)*B(#&C#.0&1/.%(&.C&
;,2+.,2%*%4&
!"#$%&!"#$%'&!()*+",&-*.+/(0*%1#2'&345=>&

*+,-./0-1-.D9E20(%&*9@.,@()&*9&#(;F,"G9;&1/(&%FH%1#"1(&+2+,(%&.C&;,2+.,2%*%&"9)&;,F+.9(.;(9(%*%4&
?("@2&"##.A%&*9)*+"1(&1/(&1/#((&%FH%1#"1(&+2+,(%4&IJK'=JL&M&C#F+1.%(&K'=JH*%3/.%3/"1(N&
O&M&"+G@"1()&H2N&J&M&*9/*H*1()&H2N&+*#+,()&+&M&*9)F+*H,(&(9E20(4&
!"#$%&!"#$%'&!()*+",&-*.+/(0*%1#2'&345==&

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

Liver

CORI
CYCLE

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

Glucose
2 NAD+
2 NADH
6 ~P
2 Pyruvate
2 NADH
2 NAD+
2 Lactate

Blood

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,8,
,:,11,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Cancer Cell
Glucose
2 NAD+
2 NADH
2 ~P
2 Pyruvate
2 NADH
2 NAD+
2 Lactate
8

BLOOD
GLUCOSE
CONTROL

Energy
Sources

BLOOD
GLUCOSE
CONTROL

Ribose
synthesis

Glycoprotein &
Glycolipid
Synthesis

Glucose

BLOOD
GLUCOSE
CONTROL
HOW
???

Glucose
Phosphorylation

Hexokinase

Glucokinase

Glucose-6P
Glucokinase

Hexokinase

Substrate

Glucose

Hexose

Km to glucose

High

Low

Glucose-6P

Inhibited

Activity

High blood
glucose

Physiological
range

Availability

Liver, gut walls,


kidney tubules

Most tissues

2"
55

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

ATP

,:,8,
,:,11,
,:,78,
,:,01,September,2015,

ADP

Glikolisis

Fosfofruktokinase
F-2,6-BP +

Fruktosa-6-fosfat

Fruktosa-1,6-bisfosfat
F-2,6-BP

Fruktosa-1,6-bisfosfatase
Glukoneogenesis
F-2,6-BP :
Fruktosa-2,6-bisfosfat

Pi

H 2O

Rasio Insulin/glukagon ! selama puasa


Glikolisis

ATP

Fosfoenol
piruvat

ADP

Protein kinase A

ADP
ATP

Piruvat kinase
aktif

Piruvat

Piruvat kinase-P
inaktif

Protein fosfatase
Pi

H 2O

Rasio Insulin/glukagon " stl makan tinggi karbohidrat

1"
56

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,8,
,:,11,
,:,78,
,:,01,September,2015,

BLOOD GLUCOSE
CONTROL
Over supply
of glucose
High Blood
Sugar Level
Glucose enters cells in
muscle & other tisues,
then converts glucose
to glycogen for storage

Decreases
blood sugar
level

Promotes release of
insulin

Releases
insulin

Convert glucose
to glycogen
(stored in liver)

BLOOD GLUCOSE
CONTROL
Lack of
glucose
Promotes release of
glucagon

Low Blood
Sugar Level

Raises blood
sugar level

Releases
glucagon
Convert
glycogen to
glucose

2"
57

UNIVERSITAS"ISLAM"INDONESIA"
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

BLOOD GLUCOSE
CONTROL

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,8,
,:,11,
,:,78,
,:,01,September,2015,

INSULIN ON METABOLISM
Promoted by Insulin Inhibited by Insulin

INSULIN

GLUKAGON/
ADRENALIN

Glucose

Glycolysis

Gluconeogenesis

Glycogen

Synthesis

Breakdown

Proteins

Synthesis

Breakdown

Fats

Synthesis

Breakdown

Glucose uptake by
tissues

Gluconeogenesis

Glycolysis
Glycogenenesis

Glycogenolysis

Protein synthesis

Proteolysis

Fatty acid synthesis

Lipolysis
Ketogenesis

REVIEW OF CASE STUDY


How does insulin control blood glucose?
Mechanism of insulin therapy causing hypoglycemia

1"
58

SOAL LATIHAN
PEROLEHAN ATP DAN METABOLISME KARBOHIDRAT

1.

Fungsi!yang!BENAR!dari!glikolisis!yaitu!
A. produksi!ATP!
B. sintesis!glukosa!

2.

Pada!proses!glikolisis,!1!gliseraldehid@3@fosfat!yang!diubah!menjadi!1!piruvat!akan!menghasilkan!!
A. 1!ATP,!1!NADH!
C. 3!ATP,!2!NADH!
B. 2!ATP,!1!NADH!
D. 4!ATP,!2!NADH!

3.

Pernyataan!yang!BENAR!tentang!aspek!glikolisis!yaitu!!
A. reaksi!terjadi!di!matriks!mitokondria!
B. ATP! dibentuk! melalui! fosforilasi!

C. produksi!FADH2!
D. menggunakan!ATP!sebagai!panas!

C. 2!mol!ATP!diperlukan!pada!awal!reaksi!
D. Semua!benar!

oksidative!
4.

5.

Perbedaan!yang!tepat!pada!glikolisis!aerob!dan!anaerob!
!
Perbedaan!
Glikolisis!aerob!
A!
NADH!
Dihasilkan!2!mol!NADH!setiap!1!mol!glukosa!
B!
Lokasi!
Mitokondria!!
C!
Hasil!akhir!
Piruvat!
D!
Semua!poin!A,!B,!C!benar!
!
Produk!akhir!metabolisme!glukosa!di!eritrosit!yaitu!
A. H2O!dan!CO2!
C. Laktat!
B. Piruvat!
D. Glikogen!!

Glikolisis!anaerob!
Tidak!dihasilkan!
Sitosol!!
Laktat!

6.

Pernyataan!berikut!BENAR!untuk!glikolisis!di!eritrosit!
A. Eritrosit!kaya!akan!oksigen!sehingga!glikolisis!selalu!terjadi!secara!aerobic!
B. Eritrosit!mempunyai!enzim!bisfosfogliserat!mutase!sehingga!bisa!memproduksi!2,3@bisfosfogliserat!
pada!jalur!glikolisis!
C. Glikolisis!hanya!akan!menghasilkan!netto!2!ATP!ketika!produksi!2,3@bisfosfogliserat!
D. Semua!benar!

7.

Produk!akhir!oksidasi!glukosa!di!eritrosit!adalah!!
A. asetil@KoA!
B. karbon!dioksida!dan!air!
C. glikogen!

D. laktat!
E. asam!lemak!

8.

Vitamin!yang!TIDAK!digunakan!untuk!sintesis!koenzim!yang!terlibat!dalam!reaksi!dekarboksilasi!piruvat!
A. B1!(tiamin)!
D. B5!(pantotenat)!
B. B2!(niasin)!
E. B6!(piridoksin)!
C. B3!(riboflavin)!

9.

Pernyataan!berikut!BENAR!untuk!dekarboksilasi!piruvat!!
A. Reaksi!pelepasan!CO2!akan!terjadi!pada!enzim!pertama!dan!dibantu!oleh!koenzim!biotin!
B. Enzim!kedua!bertanggungjawab!untuk!menghasilkan!FADH2!
C. Hasil!akhir!reaksi!ini!adalah!asetil@KoA!
D. Reaksi!ini!terjadi!di!sitosol!
E. Semua!benar!

10. Siklus!asam!sitrat!
A. Asam!sitrat!merupakan!senyawa!yang!dibutuhkan!di!awal!reaksi!siklus!ini!dan!akan!menjadi!hasil!
akhir!juga!
+
+
B. Satu!siklus!membutuhkan!3!NAD ,!1!FAD ,!dan!1!GDP!
C. Satu!siklus!sempurna!akan!menghasilkan!setara!dengan!24!ATP!
D. Siklus!asam!sitrat!!
E. Semua!benar!
!

59

!
11. Adanya! ikatan! alfa@1,6! glikosidik! meningkatkan! kelarutan! glikogen! yang! dapat! menyebabkan! kondisi!
yang!berakibat!fatal!(penyakit!gangguan!penyimpanan!glikogen!tipe!iv)!karena!terjadinya!gagal!hepar.!
Pada! pasien! dengan! gangguan! enzim! ini! akan! menyebabkan! produksi! glikogen! yang! berkurang!
kelarutannya!yaitu!!
A. Enzim!pembentuk!cabang!
D. Glikogen!sintase!
B. Enzim!pemutus!cabang!
E. Glikogen!fosforilase!
C. UDP@glukosa!fosforilase!
12. Seorang! pasien! diabetes! menginjeksIkan! insulin! sebelum! waktu! makan! malam,! tetapi! kemudian! ada!
gangguan! dan! tidak! makan.! Pada! tengah! malam,! pasien! tersebut! mengalami! letargi! dan! pingsan.!
Pemberian!senyawa!berikut!ini!dapat!membantu!pasien!tersebut!
A. insulin!
D. trigliserida!
B. epinefrin!
E. asam!lemak!rantai!pendek!
C. normal!saline!
13. Terjadi!peningkatan!kadar!insulin!setelah!makan!akan!menyebabkan!!
A. peningkatan!kadar!asam!lemak!darah!
D. peningkatan!sintesis!glikogen!otot!
B. penurunan!sintesis!trigliserida!adipose!
E. peningkatan!sirkulasi!glucagon!
C. penurunan!produksi!VLDL!
14. NADPH!yang!dihasilkan!dari!reaksi!oksidatif!HMPS!digunakan!untuk!reaksi!berikut!ini!
A. Detoksifikasi,!sintesis!asam!lemak!tetapi!tidak!untuk!menghasilkan!ATP!
B. Detoksifikasi,!perolehan!ATP,!tetapi!tidak!untuk!sintesis!asam!lemak!
C. Sintesis!asam!lemak,!perolehan!ATP,!tetapi!tidak!untuk!detoksifikasi!
D. Perolehan!ATP,!tetapi!tidak!untuk!detoksifikasi!dan!sintesis!asam!lemak!
E. Detoksifikasi,!sintesis!asam!lemak!dan!perolehan!ATP!
15. Pada!kondisi!anaerob,!sel!otot!akan!memperoleh!ATP!dari!1!molekul!glukosa!yang!dipecah!dari!glikogen!
sejumlah!!
!
A. 1!
D. 4!
B. 2!
E. 5!
C. 3!
16. Seorang! pasien! menderita! tumor! pancreas! pada! daerah! sekresi! glucagon! (glucagonoma).! Berikut! ini!
merupakan!akibat!dari!terjadinya!hiperglukagonemia!!
A. Hipoglikemia!
D. Peningkatan! sintesis! protein! otot!
B. Penurunan!lipolysis!
rangka!
E. Penurunan!berat!badan!
C. Peningkatan!glikolisis!hepar!
17. Seorang! bayi! mengalami! hipoglikemia! sejak! waktu! dilahirkan.! Dilakukan! uji! untuk! mengetahui!
penyebab!hipoglikemianya.!Bayi!tersebut!diberikan!injeksi!glucagon!1!jam!setelah!mengkonsumsi!tinggi!
karbohidrat!dan!kadar!glukosa!darahnya!naik!dari!70!mg/dL!menjadi!110!mg/dL.!Namun,!3!jam!setelah!
makan,! kadar! glukosa! darahnya! turun! menjadi! 45! mg/dL.! Injeksi! glucagon! segera! diberikan,! namun!
tidak!terjadi!kenaikan!kadar!glukosa.!Bayi!tersebut!kemudian!segera!diberi!makan.!
Dari!ilustrasi!tersebut,!dapat!disimpulkan!bahwa!!
A. terjadi!penurunan!fungsi!reseptor!glucagon!
B. defisiensi!glukosa!6@fosfatase!(enzim!yang!mengubah!glukosa!6@P!menjadi!glukosa)!
C. defisiensi!enzim!pada!glikogenolisis!
D. terdapat!masalah!pada!gluconeogenesis!
E. tidak!mampu!mensekresikan!insulin!dalam!jumlah!yang!cukup!
18. Seorang!pria!Mediteranian!memperoleh!obat!yang!merupakan!agen!pengoksidasi!kuat.!Obat!tersebut!
dapat! beraksi! di! eritrosit! dan! mengoksidasi! glutation.! Tidak! lama! setelah! pemberian! obat! tersebut,!
pasien! mengalami! anemia! hemolitik,! kondisi! yang! sebelumnya! tidak! pernah! terjadi! pada! pasien!
tersebut.!Mutasi!pada!enzim!apakah!yang!dapat!menyebabkan!kondisi!tersebut?!
A. Glukosa!6@fosfat!dehydrogenase!
D. UDP@glukosa!pirofosforilase!
B. Superoksida!dismutase!
E. Katalase!
C. Glukokinase!

!
!

60

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

METABOLISME
LIPID
I m not fat,
I ve just got a lot of
potential energy!

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

METABOLISME
LIPID
Oksidasi Asam Lemak
Ketogenesis
Sintesis
Sintesis

Asam Lemak
Trigliserida

Rochmy Istikharah

Lipolisis

OVERVIEW

TRIGLISERIDA/
TRIASILGLISEROL

STEROID HORMONES
EICOSANOIDS

Lipase

Gliserol

3 Asam lemak

PHOSPHOLIPIDS
GLYCOLIPIDS
CHOLESTEROL

Monounsaturated
SATURATED
(JENUH)

UNSATURATED
(TAK JENUH)

Polyunsaturated
Eicosanoids

TRIGLISERIDA/
TRIASILGLISEROL

62

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

SATURATED
Fatty Acids
(JENUH)

sifat hidrofob
meningkat

Palmitic
Harper Biokimia

UNSATURATED
(TAK JENUH)

63

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

UNSATURATED
(TAK JENUH)
Kelas

9,12,15 18:3

18:3;9,12,15

All-cis-9,12,15-Octadecatrienoic

-Linolenic 3
15

12

9
8

Jumlah C

Rantai pendek

13

Rantai sedang

4 12

Rantai panjang

12 20

Rantai sangat
panjang
4

sifat hidrofob
meningkat

> 20

C > 4 umumnya terikat protein

Beredar di darah terikat albumin


Masuk ke sel dg membentuk kompleks dg protein
pengikat asam lemak
19

Oksidasi Asam Lemak

TRIASILGLISEROL
LIPOLISIS

ASAM LEMAK

-OKSIDASI

GLISEROL

Dihidroksiaseton-P
GLIKOLISIS

Piruvat

ASETIL-KoA

Alpha
Oxidation

Omega
Oxidation

Glukoneogenesis

KETON BODIES
KETOGENESIS

SIKLUS ASAM SITRAT


RANTAI RESPIRASI

Beta Oxidation

64

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Alpha
Oxidation

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Alpha
Oxidation

Hidroksilasi C

OH

Does not produce any ATP

+ CO2

Alpha
Oxidation

Omega
Oxidation

Hidroksilasi C

Asam dikarboksilat

Substrate:
medium-chain fatty acid

Beta oxidation ! produce shorter chain dicarboxylic acid

Further discussion
after beta oxidation

Phytanic acid

Contoh: Asam adipat (C6); Asam suksinat (C4)

TRIASILGLISEROL
LIPOLISIS

ASAM LEMAK

-OKSIDASI

GLISEROL ! Dihidroksiaseton-P
GLIKOLISIS

Piruvat

ASETIL-KoA

Glukoneogenesis

KETON BODIES
KETOGENESIS

SIKLUS ASAM SITRAT


RANTAI RESPIRASI

65

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Cytosol

ATP

AMP +

CoA + Fatty acid

Outer
membrane
mitochondria

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Acyl-CoA

ACYL-CoA
SYNTHETASE
(THIOKINASE)

intermembrane
space mitochondria

Long chain Fatty acyl-CoA


cant cross inner membrane by itself

Membran !
dalam!

Intermembrane space!

Matrix Mitokondria!

66

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Acyl-CoA

Cytosol
Outer
membrane

Acyl-CoA
Synthetase

Carnitine
acyltransferase I
2

Inter
membrane
space

Acyl-CoA

Acyl-Carnitine
Carnitine

Carnitine
acyltransferase II

Inner
membrane

Acyl-CoA
+

CoA

Acylcarnitine
translocase

4
Matrix

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Acyl-Carnitine
5

Carnitine

CoA + Fatty acid


Acyl-CoA

ATP
AMP +

Acetyl-CoA

67

!"#$%&'(%#)*#+**
,'(-.'(/&*+'((0*'1%&,*
.'$/+$01&2"3%4+5"1#$)6&,7#4&8(6

&

9+/+'#&1#+/&,:;&<3$&'**&!&"=&<'>)&'%"(&%4'"=&?,&@)&,&%'$@3=1A&

B3=C:%4'"=&<'>)&'%"(1&
=++(&%'$="D=+&#$'='1/3$#+$&&
#3&+=#+$&5"#3%43=($"'&&

!"#$"%&&
'%"(&
%)%*+&

,!-,&

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Acyl-CoA Dehydrogenase

Step 1

14

16

12

10

Double bond C2 & C3

Enoyl-CoA Hydratase

Step 2

15

11

13

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Hydration C2 = C3

1
Hydroxyacyl-CoA Dehydrogenase

Step 3

C3-OH to C3 = O

-Ketothiolase

Step 4

Thiolytic cleavage

Acyl-CoA Dehydrogenase

Step 1

Step 2

Enoyl-CoA Hydratase

Double bond C2 & C3

H
H3C

(CH2)n C

H
FAD

O
2

C
H

SCoA

fatty acyl-CoA

Acyl-CoA Dehydrogenase

FADH2
H3C

Hydration C2 = C3

(CH2)n C
H

SCoA

trans-2-enoyl-CoA

H2O

H3C

(CH2)n C

CH2 C

SCoA

OH
H+ + NADH
O

(CH2)n C

CH2 C

NAD+
H3C

SCoA

HSCoA
Step 3

H3C

Hydroxyacyl-CoA Dehydrogenase

(CH2)n C

O
C3-OH to C3 = O
SCoA + CH3 C

Step 4

-Ketothiolase

Thiolytic cleavage

SCoA
O
H3C

(CH2)n C

HSCoA

H3C

CH2 C

SCoA

-ketoacyl-CoA

(CH2)n C

SCoA + CH3 C
SCoA

fatty acyl-CoA
(2 C shorter)

SCoA

acetyl-CoA

-Ketothiolase

69

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Summary of one round of the -oxidation pathway

fatty acyl-CoA
FAD

HS-CoA

NAD+
NADH + H+

acetyl-CoA

FADH2
fatty acyl-CoA

PEROLEHAN
ATP???!

(2 C less)

6810
16
14
12
16
1

NADH + H+ NADH + H+
NADH + H+
+
NADH + H+ NADH + H+
NADH + H+
NADH + H+

7 NADH + H

PEROLEHAN FADH
FADH
ATP???!
2

FADH2

7 FADH2

FADH2

FADH2

FADH2

FADH2

8 Asetil-KoA

70

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

Hasil

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

akhir : asetil-KoA + propionil-KoA

42

71

!"#$%&'(%#)*#+**
,)-'(,.'(/&*+'((0*'1%&-*
!"#$%#&'()*+,-%.*'/#01(23/-(451

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

Additional Enzymes:

Reaksi: Biokimia Harper 27th Ed. Hal 197

catalase

Classic facial dysmorphism of


Zellweger syndrome

Next steps are similar


with beta oxidation

Kulkarni & Pujar. Indian Pediatrics


2003; 40:682

TRIASILGLISEROL
LIPOLISIS

ASAM LEMAK

-OKSIDASI

GLISEROL ! Dihidroksiaseton-P
GLIKOLISIS

Piruvat

ASETIL-KoA

Glukoneogenesis

KETON BODIES
KETOGENESIS

SIKLUS ASAM SITRAT


RANTAI RESPIRASI

73

2/(#3/)/-%-*

!"#$%#&'()*+,-%.*'/#01(23/-(451

67/%##%8"9+7'-*$((
+:(;%/+7%(<+5*%'(

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

75

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

76

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

77

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,9,
,:,12,
,:,78,
,:,01,September,2015,

CONTOH SOAL

78

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,10,
,:,13,
,:,6,
,:,01,September,2015,

Low FAT doesnt mean


you will not get FAT
-oxidation

Sintesis Asam Lemak


& Triasilgliserol
Rochmy Istikharah

Sintesis Asam Lemak


& Triasilgliserol

Storage

Carbohydrate
(main source)
Amino acids
(high protein intake)

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

Beta oksidasi

Sintesis Asam Lemak

Mitokondria

Sitosol

1. Pembentukan ikatan

,:,10,
,:,13,
,:,6,
,:,01,September,2015,

4. Pemutusan ikatan

rangkap

rangkap
Hepar

3. Pelepasan OH

2. Penambahan OH

(-H2O)

pada C3 (+H2O)

Blood

2. Mengubah C=O

3. Mengubah COH

mjd COH

pada C3 menjadi
C=O
4. Tiolisis (lisis oleh

1. Penggabungan

KoA)

asetil-KoA/asil-KoA
6

FACoA: Fatty acyl-CoA

Fatty acid synthase


multienzyme
complex

Acetyl-CoA carboxylase

KaS

ACP: acyl carrier protein

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

7 Malonyl-CoA

ACP

,:,10,
,:,13,
,:,6,
,:,01,September,2015,

Malonyl-CoA

Pan SH

7x

FAS

ACP

Pan SH

KaS

Cys SH

CO2

FAS

KaS

Cys SH

Acetyl-CoA

1. Penggabungan asil-KoA
2. Mengubah C=O mjd COH

Acetyl-CoA

3. Pelepasan OH (-H2O)

asetil-KoA

4. Pemutusan ikatan rangkap


9

NADPH
H + H+

Malonyl-CoA

10

H - OH

OH

Malonyl-CoA

OH H

ACP

ACP

Pan SH

FAS

Pan SH

KaS

Cys SH
2. Mengubah C=O

mjd COH
1. Penggabungan

asetil-KoA
11

FAS

KaS

1. Penggabungan

Cys SH
3. Pelepasan OH (-H2O)
2. Mengubah C=O mjd COH
1. Penggabungan asetil-KoA
12

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

NADPH
H + H+

Malonyl-CoA

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

H
I

ACP

Malonyl-CoA

Pan SH

C4

FAS

KaS

Cys SH

ACP

Pan SH

KaS

Cys SH

FAS

4. Pemutusan ikatan rangkap


3. Pelepasan OH (-H2O)

CO2

C4

I
I

2. Mengubah C=O mjd COH


1. Penggabungan asetil-KoA
13

,:,10,
,:,13,
,:,6,
,:,01,September,2015,

Tahap 1-4
berulang untuk
menambah
panjang rantai
asam lemak

14

Sintesis Trigliserida
Desaturation

Retikulum
endoplasma

C12=C13
C15=C16
15

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,10,
,:,13,
,:,6,
,:,01,September,2015,

Fatty acid synthesis


Food intake

Gliserol-3P

3 Asil-KoA

17

18

ATP

HATI

ADP

Gliserol
Gliserol kinase

HATI

Triasilgliserol

ADIPOSA

Triasilgliserol

VLDL
darah

Gliserol-3P
HATI &
ADIPOSA

Glukosa

DHAP

NAD+

Simpanan
adiposa

NADH+H+

19

20

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,10,
,:,13,
,:,6,
,:,01,September,2015,

Reaksi& di& bawah& ini& menggambarkan& 3& tahap& katabolisme& Lysine& (lintasan& yang& belum& kita& pelajari).&
Perhatikan&dan&jawablah'soal'nomor'29'dan'30.&Fokuskan&perhatian&pada&karbon&nomor&2&dan&3&
&

&
1. Prinsip&mekanisme&reaksi&di&atas&mirip&dengan&lintasan&yang&sudah&dipelajari&di&kelas&yaitu&&
A. Glikolisis&
B. Dekarboksilasi&piruvat&
C. Beta'oksidasi'
D. Omega&oksidasi&

Halaman&1&dari&1&

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

PROTEIN
METABOLISM
Rochmy Istikharah

Ubiquitine-Proteasome
Pathway

Ingested = excreted

Ingested > excreted

A starving Biafran child,


pictured in 1968. Photograph:
Partington/Getty Images

Ingested < excreted

Ubiquitine-Proteasome
Pathway

http://www.hhmi.org/biointeractive/media/proteasome-lg.mov
5

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2004/
animation.html

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

synthesis
breakdown

Proteins are
continuously
being synthesized
& degraded

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

PLP

PLP

PLP: Piridoksal fosfat (disintesis dari vit. B6)


8

In the form of Alanine or Glutamine

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

10

11

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

NH4

1
3

ATP

Urea

ADP

CPSI : Carbamyl Phosphate


Synthase I
OTC : Ornithine
Transcarbamylase
ASS : Arg-Suc synthetase
ASL : Arg-Suc lyase
ARG : Arginase
UREA
ORNT1: Ornithine
transcabamoylase

7
6

12

Piruvat*
Intermediate*
in*TCA*cycle*
Acetyl>CoA*
Acetoacetate*
KETOGENIC

13

GLUCOGENIC

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

14

Any Amino Acids glucogenic & ketogenic?


Any Amino Acids strictly ketogenic?
15

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

Carbohydrate*
or*
Tryglyceride*
Biosynthesis*
Sources*of*
Energy**
The fate of the carbons of
amino acids parallels that of
glucose and fatty acids
16

As amino acids are degraded,


their carbons are converted to

CO2
Ketone*bodies*
or*their*
precursors*
(acetoacetate*
&*acetyl>CoA)**
17

Compounds*that*produce*glucose*
in*the*liver:*
> Pyruvate*
> TCA*cycle*intermediates**
(>ketoglutarate,*succinyl>CoA,*
fumarate,*oxaloacetate)*

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

Related
Diseases
Defect in enzyme related
catabolism of carbon skeletons

18

Related
Diseases

I : Phenylalanin
hydroxylase
II : Dihydrobiopterin
reductase
19

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

20

synthesis
breakdown

21

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

22

1 Nutritionally

"semiessential."
Synthesized at rates
inadequate to support
growth of children.
2 Not

necessary for
protein synthesis, but is
formed during posttranslational
processing of
collagen.
Harper's Illustrated Biochemistry, 28e

a
b

23

These amino acids are called nonessential or dispensable,


terms that refer to dietary requirements.
Although the carbons of cysteine can be derived from glucose,
its sulfur is obtained from the essential amino acid methionine.
Marks Basic medical biochemistry. p684

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

TCA Cycle

TA : Transaminasi ! butuh PLP


GDH: Glutamat dehidrogenase

AST: Aspartate transaminase


25

24

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

FM#UII#AA#FKA#07/R0,

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

ALT: Alanine transaminase


26

synthesis
breakdown

27

The liver is the


only tissue that
has all of the
pathways of
amino acid
synthesis &
degradation

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

UNIVERSITAS*ISLAM*INDONESIA*
Fakultas
Program,Studi
Kode,Mata,Kuliah
Nama,Mata,Kuliah

,:,MIPA
,:,Farmasi,
,:,61312317
,:,Biokimia

In kwashiorkor, adequate carbohydrate


consumption and decreased protein
intake lead to decreased synthesis of
visceral proteins. !
The resulting hypoalbuminemia
contributes to extravascular fluid
accumulation. !
Impaired synthesis of B-lipoprotein
produces a fatty liver.!
28

FM#UII#AA#FKA#07/R0,
,Pertemuan,ke
,Handout,ke
,Jumlah,halaman
,Mulai,berlaku

,:,12,
,:,14,
,:,13,
,:,01,September,2015,

Program Studi Farmasi


Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Islam Indonesia
2016