Kapsula bakteri tidak berwarna sehingga untuk mengetahui ada tidaknya kapsula bakteri perlu dilakukan pewarnaan khusus (Dwidjoseputro, 2005) Lapisan kapsul cukup tebal sehingga sulit diwarnai, oleh karena itu diperlukan suatu pewarnaan khusus. Salah satu cara pewarnaan kapsula menurut Raebiger yaitu dengan menggunakan pewarna larutan formol-gentian violet Raebiger atau kristal violet. Satu lagi cara untuk perwarnaan kapsula bakteri adalah dengan pewarnaan negatif (pewarnaan tidak langsung ). Pada pewarnaan negatif latarbelakangnya diwarnai zat warna negatif sedangkan bakterinya diwarnai dengan zat warna basa. Kapsula tidak menyerap warna sehingga terlihat lapisan terang yang tembus dengan latar belakang yang berwarna (Waluyo, Lud: 2007). Lapisan lendir dari kapsul terdiri atas karbohidrat dan pada beberapa spesies tertentu, lendir itu juga mengandung unsur N atau P. Lendir bukan suatu bagian integral dari sel, melainkan suatu hasil pertukaran zat. Lendir memberikan perlindungan terhadap kekeringan, seakan-akan merupakan suatu benteng untuk bertahan. Kapsula merupakan gudang cadangan makanan (Pelczar: 2007).
Prinsip Pewarnaan Spora
Dinding spora bersifat impermeabel, tetapi zat-zat warna dapat diserap kedalamnya dengan jalan memanaskan preparat. Sifat impermeabel ini mencegah dekolorisasi spora oleh alkohol bila diperlakukan dalam waktu yang sama seperti pada dekolorisasi sel-sel vegetatif (Irianto, 2006). Lapisan luar spora merupakan penahan yang baik terhadap bahan kimia, sehingga spora sukar untuk diwarnai. Spora bakteri dapat diwarnai dengan dipanaskan. Pemanasan menyebabkan lapisan luar spora mengembang, sehingga zat warna dapat masuk (Lay, 1994). Spora ini muncul apabila bakteri berada di lingkukan yang sangat ekstrim misalnya dalam keadaan panas.
