Anda di halaman 1dari 9

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang


Keberlangsungan alih informasi hayati mendasari adanya perbedaan dan persamaan
sifat diantara individu organisme. Perkembangan bioteknologi semakin pesat masa kini,
terutama dinegara-negara maju, dalam memasuki abad ke-20, ditemukan penemuanpenemuan baru mengenai biologi molekuler. Perkembangan genetika ini dimulai sejak
perkembangan bioteknologi berkembang, hal ini dengan di temukannya teknologi DNA
rekombinan, dimana dengan teknologi ini dimungkinkan perolehan suatu produk dengan sifat
tertentu dan dalam jumlah besar dengan waktu yang tergolong cepat, dibanding produksi
dengan cara lama(konvensional). Penerapan bioteknologi di bidang pangan dengan
menggunakan teknologi DNA rekombinan menghasilkan tanaman dan produk unggul karena
mengandung zat gizi yang berkualitas tinggi dibandingkan tanaman biasa, serta lebih tahan
terhadap hama penyakit dan tekanan lingkungan
Seiring berkembangnya ilmu pengetahuan, munculah ilmu yang mempelajari mengenai
pembentukan kombinasi materi genetik yang baru dengan cara penyisipan molekul DNA.
Teknologi DNA rekombinan sendiri memiliki beberapa mafaat. Upaya untuk mendapatkan
suatu produk yang diinginkan melalui teknologi DNA rekombinan juga melibatkan beberapa
tahapan tertentu.
Berangkat dari uraian diatas, oleh sebab itu dilakukan penyusunan makalah mengenai aplikasi
DNA rekombinan khususnya dalam bidang pertanian agar mahasiswa lebih memahami
mengenai aplikasi DNA rekombinan tersebut dalam ranah pertanian.

1.2 Tujuan Penulisan


Adapun tujuan penulisan makalah ini adalah untuk mengetahui mengenai DNA
rekombinan, serta aplikasi dari DNA rekombinan di dalam bidang pertanian.

1 | DNA Rekombinan bidang Pertanian

BAB II
PEMBAHASAN
Rekayasa genetika dimulai sejak Mendel menemukan faktor yang diturunkan. Ketika
Oswald Avery (1944) menemukan fakta bahwa DNA membawa materi genetik, makin banyak
penelitian yang dilakukan terhadap DNA. Ilmu terapan ini dapat dianggap sebagai cabang
biologi maupun sebagai ilmu-ilmu rekayasa (keteknikan). Dapat dianggap, awal mulanya
adalah dari usaha-usaha yang dilakukan untuk menyingkap material yang diwariskan dari satu
generasi ke generasi yang lain. Ketika orang mengetahui bahwa kromosom adalah material
yang membawa bahan terwariskan itu (disebut gen) maka itulah awal mula ilmu
ini. Rekayasa genetika dapat diartikan sebagai kegiatan manipulasi gen untuk mendapatkan
produk baru dengan cara membuat DNA rekombinan melalui penyisipan gen (Listanto,2011).
DNA rekombinan atau rDNA merupakan suatu bentuk DNA buatan yang dibuat
dengan cara merekombinasi atau menggabungkan dua atau lebih untaian benang DNA yang
dalam keadaan normal tidak berpasangan atau terjadi bersama. Pada ranah biologi molekuler,
modifikasi genetik dilakukan dengan memasukkan DNA yang relevan ke dalam DNA
organisme yang hidup misalnya pada plasmid bakteri, untuk menyandikan suatu sifat khusus
tertentu seperti antibiotik dan sifat lain. ( Anonim, 2016).
Adapun bagian penting yang selalu digunakan dalam rekayasa genetika yaitu sebagai

berikut(Witarto, 2005):
1.

Enzim seluler/Cellular Enzymes

Enzim yang dipakai dalam memanipulasi DNA diantaranya adalah :


a.

enzim Endonuklease, yaitu enzim yang mengenali batas-batas sekuen nukleotida spesifik

dan berfungsi dalam proses restriction atau pemotongan bahan-bahan genetik. Penggunaan
enzim ini yang paling umum antara lain pada sekuen palindromik. Enzim ini dibentuk dari
bakteri yang dibuat sedemikian rupa sehingga dapat menahan penyusupan DNA, seperti
genom bacteriophage.
b.

DNA polimerisasi, yaitu enzim yang biasa dipakai untuk meng-copy DNA. Enzim ini

mengsintesis DNA dari sel induknya dan membentuk DNA yang sama persis ke sel induk
barunya. Enzim ini juga bisa didapatkan dari berbagai jenis organisme, yang tidak
mengherankan, karena semua organisme pasti harus meng-copy DNA mereka.
2 | DNA Rekombinan bidang Pertanian

c.

RNA polimerisasi yaitu enzim yang berfungsi untuk membaca sekuen DNA dan

mengsintesis molekul RNA komplementer. Seperti halnya DNA polimerisasi, RNA


polimerisasi juga banyak ditemukan di banyak organisme karena semua organisme harus
merekam gen mereka.
d. DNA ligase merupakan suatu enzim yang berfungsi untuk menyambungkan suatu bahan
genetik dengan bahan genetik yang lain. Contohnya saja, enzim DNA ligase ini dapat
bergabung dengan DNA atau RNA dan membentuk ikatan phosphodiester baru antara DNA
atau RNA yang satu dengan lainnya.
e.

Reverse transcriptases adalah enzim yang berfungsi membentuk blue-print dari molekul

RNA membentuk cDNA (DNA komplementer). Enzim ini dibuat dari virus RNA yang
mengubah genom RNA mereka menjadi DNA ketika mereka menginfeksi inangnya. Enzim
ini biasa dipakai ketika bertemu dengan gen eukariotik yang biasanya terpisah-pisah menjadi
potongan kecil dan dipisahkan oleh introns dalam kromosom.
2. Vektor natural/ Natural Vectors
Sebagai salah satu cara untuk memanipulasi DNA di luar sel, para ilmuwan dalam
bioteknologi harus bisa membuat suatu tempat yang keadaannya stabil dan cocok dengan
tempat DNA yang dimanipulasi. Sekali lagi, alam telah memberikan solusi dari masalah ini.
Vektor disini bisa diartikan sebagai alat yang membawa DNA ke dalam sel induk barunya.
Agar suatu metode dalam rekayasa genetika dianggap berhasil, di dalam vektor, DNA hasil
rekombinan seharusnya benar-benar hanya dibawa setelah sebelumnya DNA rekombinan
digabungkan dengan DNA vektor melalui enzim ligase. Namun di dalam vektor, DNA
rekombinan tidak termutasi lagi membentuk DNA dengan sifat baru. Contoh dari vektor
natural dari alam adalah plasmid dan virus atau bacteriophage.

Adapun teknik pembuatan DNA rekombinan adalah sebagai berikut:


1. Isolasi DNA yang diawali dengan melakukan perusakan serta penghilangan dinding
sel. Dalam proses ini dapat dilakukan secara mekanis ataupun dengan cara
enzimatis. Setelah perusakan sel telah dilakukan, langkah selanjutnya adalah pelisisan
sel hal ini dapat dilakukan dengan menggunakan buffer nonosmotik, serta deterjen
yang kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil sulfat (SDS). Remukan sel
yang diakibatkan oleh lisisnya sel dibuang dengan melakukan sentrifugasi sehingga
3 | DNA Rekombinan bidang Pertanian

bias dibedakan antara bagian yang rusak serta organel target yang pada akhirnya
didapatlkan DNA yang nantinya dilakukan pemurnian dengan penambahan amonium
asetat dan alcohol.
2. Pemotongan molekul DNA, baik genomik maupun plasmid dilakukan dengan enzim
restriksi. Ada dua macam enzim restriksi yaieu enzim restriksi tipe I dan enzim
restriksi tipe II. Enzim restriksi tipe II mempunyai sifat-sifat umum yang penting
sebagai berikut:
a.

mengenali urutan tertentu sepanjang empat hingga tujuh pasang basa di

dalam molekul DNA.


b.
memotong kedua untai molekul DNA di tempat tertentu pada atau di dekat
tempat pengenalannya.
c.
menghasilkan fragmen-fragmen DNA dengan berbagai ukuran dan urutan basa.
Berdasarkan tempat hasil pemotongan, fragmen-fragmen DNA memiliki dua macam
ujung yaitu:
Ujung lengket (sticky end) atau ujung kohesif, terjadi jika tempat pemotongan pada
kedua untai DNA terpisah sejauh beberapa pasang basa, sehingga menghasilkan
fragmen-fragmen dengan ujung 5 yang runcing karena masing-masing untai
tunggalnya menjadi tidak sama panjang. Dua fragmen DNA dengan ujung yang
runcing akan mudah disambungkan satu sama lain.
Ujung tumpul (blunt end), terjadi jika tempat pemotongan DNA pada posisi yang
sama. Kedua fragmen hasil pemotongannya akan mempunyai ujung 5 yang
tumpul karena masing-masing untai tunggalnya sama panjangnya. Penyatuan dua
fragmen DNA ujung tumpul sulit dilakukan sehingga memerlukan perlakuan
tambahan, misalnya pemberian molekul linker, molekul adaptor, atau penambahan
enzim deoksinukleotidil transferase.
3. Tahap selanjutnya adalah penyambungan molekul DNA. Ada tiga cara yang dapat
digunakan untuk meligasi fragmen-fragmen DNA secara in vitro. Pertama, ligasi
menggunakan enzim DNA ligase dari bakteri. Kedua, ligasi menggunakan DNA
ligase dari sel-sel E. coli yang telah diinfeksi dengan bakteriofag T4 atau lazim
disebut sebagai enzim T4 ligase. Ketiga yaitu pemberian enzim deoksinukleotidil
transferase untuk menyintesis untai tunggal homopolimerik 3. Suhu optimum bagi
aktivitas DNA ligase sebenarnya 37C. Akan tetapi, pada suhu ini ikatan hidrogen
yang secara alami terbentuk di antara ujung-ujung lengket akan menjadi tidak stabil
dan kerusakan akibat panas akan terjadi pada tempat ikatan tersebut. Oleh karena itu,
4 | DNA Rekombinan bidang Pertanian

ligasi biasanya dilakukan pada suhu antara 4 dan 15C dengan waktu inkubasi
(reaksi) yang diperpanjang (sering kali hingga semalam).
4. Setelah tahap penyambungan molekul DNA, dilakukan analisis terhadap hasil
pemotongan DNA genomik dan DNA vektor serta analisis hasil ligasi molekulmolekul DNA tersebut. menggunakan teknik elektroforesis. Jika hasil elektroforesis
menunjukkan bahwa fragmen-fragmen DNA genomik telah terligasi dengan baik
pada DNA vektor sehingga terbentuk molekul DNA rekombinan, campuran reaksi
ligasi dimasukkan ke dalam sel inang agar dapat diperbanyak dengan cepat.
Tahap memasukkan campuran reaksi ligasi ke dalam sel inang dinamakan
transformasi karena sel inang diharapkan akan mengalami perubahan sifat tertentu
setelah dimasuki molekul DNA rekombinan.
5. Tahap selanjutnya adalah seleksi transforman dan seleksi rekombinan. Oleh karena
DNA yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya DNA rekombinan, maka
kita harus melakukan seleksi untuk memilih sel inang transforman yang membawa
DNA rekombinan. Selanjutnya, di antara sel-sel transforman yang membawa DNA
rekombinan masih harus dilakukan seleksi untuk mendapatkan sel yang DNA
rekombinannya membawa fragmen sisipan atau gen yang diinginkan.
Pada dasarnya ada tiga kemungkinan yang dapat terjadi setelah transformasi
dilakukan, yaitu:
1.
2.
3.

Sel inang tidak dimasuki DNA apa pun atau berarti transformasi gagal.
Sel inang dimasuki vektor religasi atau berarti ligasi gagal, dan
Sel inang dimasuki vektor rekombinan dengan/tanpa fragmen sisipan atau gen

yang diinginkan.
Seleksi sel rekombinan yang membawa fragmen yang diinginkan dilakukan
dengan mencari fragmen tersebut menggunakan fragmen pelacak (probe), yang
pembuatannya dilakukan secara in vitro menggunakan teknik reaksi polimerisasi berantai
atau polymerase chain reaction (PCR). Pelacakan fragmen yang diinginkan antara lain
dapat dilakukan melalui cara yang dinamakan hibridisasi koloni (Tjahjoleksono, 2009).

Transfer DNA atau perpindahan DNA ke dalam bakteri dapat melalui tiga cara yaitu:
1. Transformasi : transfer DNA yang umumnya berasal dari satu sel bakteri ke dalam sel
yang berbeda. Prosesnya adalah ketika sebuah sel bakteri pecah atau lisis maka DNA sirkular
akan terlepas ke lingkungan. Efisiensi transformasi bergantung pada kompetensi sel.

5 | DNA Rekombinan bidang Pertanian

2.

Konjugasi : merupakan pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung

melalui kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel bakteri yang
berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.
3. Transduksi : transfer materi genetik dari satu bakteri ke bakteri lainnya dengan
menggunakan virus bakteri sebagai vektor. Transfer ini menggunakan prinsip dasar dari galur
donor yang menyediakan DNA bagi galur resipien. Perbedaan utamanya dengan transfer
DNA lainnya adalah DNA ditransfer melalui perantaraan bakteriofag (Ilham,2009).

Aplikasi teknologi DNA rekombinan di bidang pertanian berkembang pesat dengan


dimungkinkannya transfer gen asing ke dalam tanaman dengan bantuan bakteri
Agrobacterium tumefaciens. Melalui cara ini telah berhasil diperoleh sejumlah tanaman
transgenik seperti tomat dan tembakau dengan sifat-sifat yang diinginkan, misalnya
perlambatan kematangan buah dan resistensi terhadap hama dan penyakit tertentu. Manfaat
DNA Rekombinan antara lain untuk (Anonim,2016)
1.Pemuliaan Tanaman
Prinsip pemuliaan tanaman, baik yang modern melalui penyinaran untuk menghasilkan
mutasi maupun pemuliaan tradisional sejak zaman dahulu, adalah sama, yaitu dengan
pertukaran materi genetik. Baik seleksi tanaman secara konvensional maupun rekayasa
genetika, keduanya memanipulasi struktur genetika tanaman guna mendapatkan kombinasi
sifat keturunan yang diinginkan.
2.Varietas baru
Para ahli genetika melakukan pemasukkan gen-gen spesifik tunggal ke dalam varietasvarietas tanaman yang bermanfaat. Hal ini akan meliputi dua langkah pokok. Pertama,
memperoleh gen-gen tertentu dalam bentuk murni dan dalam jumlah yang berguna. Kedua,
menciptakan cara-cara untuk memasukkan gen-gen tersebut ke kromosom-kromosom
tanaman, sehingga mereka dapat berfungsi.
3. Mengganti pemakaian pupuk nitrogen yang banyak dipergunakan tapi mahal harganya,
oleh fiksasi nitrogen secara alamiah. Bakteri tanah Rhizobium sp dapat mengadakan infeksi
ke dalam akar dari tanaman family Leguminosae. Infeksi ini menghasilkan bintil akar dan

6 | DNA Rekombinan bidang Pertanian

bakteri yang terdapat di dalamnya dapat mengikat zat lemas bebas dari udara untuk di
ubahnya menjadi nitrogen yang dapat diambil dan digunakan oleh tanaman tersebut.
4. Teknik rekayasa genetika mengusahakan tanaman-tanaman (terutama yang mempunyai arti
ekonomi) yang tidak begitu pekah terhadap penyakit yang disebabkan oleh bakteri, jamur dan
cacing.

5.Mengusahakan tanaman-tanaman yang mampu menghasilkan peptisida sendiri.


6. Toleran terhadap zat kimia tertentu (tahan herbisida).
7. Dapat mengambil nitrogen sendiri dari udara (gen dari bakteri pemfiksasi nitrogen
disisipkan ke tanaman sehingga tanaman dapat memfiksasi nitrogen udara sendiri).
8.Dapat menyesuaikan diri terhadap lingkungan buruk (kekeringan, cuaca dingin, dan tanah
dengan kandungan garam tinggi)

BAB III
PENUTUP
3.1. Kesimpulan
Berdasarkan pembahasan pada makalah ini maka dapat ditarik beberapa kesimpulan
sebagai berikut :

7 | DNA Rekombinan bidang Pertanian

1.

DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan suatu

sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA yang
sudah ada dengan cara enzimatik atau kimiawi.
2. Komponen yang terlibat dalam Dna rekombinasi yaitu Enzim restriksi untuk
memotong DNA, DNA polymerase, enzim ligase, enzim DNA ligase, Vektor untuk
menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup, Transposon, Pustaka genom,
Enzim transkripsi balik, Pelacak DNA atau RNA
3. Tahapan-tahapan teknologi DNA rekombinan adalah isolasi DNA kromosom yang
akan diklon, pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai
ukuran, isolasi DNA vektor, penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk
menghasilkan molekul DNA rekombinan, transformasi sel inang menggunakan molekul
DNA rekombinan, reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan analisis DNA
rekombinan.
3.2. Saran
Makalah ini masih jauh dari kesempurnaannya dan informasinya pun terbatas. Oleh karena
itu, penyusun menyarankan agar pembaca mencari literature lain yang membahas mengenai
judul dari makalah ini.

DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2016. DNA Rekombinan. https://id.wikipedia.org/wiki/DNA_rekombinan.Diakses


pada tanggal 15 Mei 2016. Pukul 14:25 WIB.
Anonim. 2016. Rekayasa Genetika. https://fendimanusiacacing.wordpress.com. Diakses pada
tanggal 15 Mei 2016. Pukul 14:35 WIB.
Ilham. 2009. DNA rekombinan.http://ilham-gantz.blogspot.com . Di akses pada tanggal 15
Pukul 14:50 WIB
8 | DNA Rekombinan bidang Pertanian

Listanto,Edi. 2011. Sains dan Teknologi.http://listantoedy.wordpress.com. Diakses tanggal 15


Mei 2016. Pukul 15:15 WIB
Tjahjoleksono, Aris. 2009. DNA Rekombinan. http://web.ipb.ac.id/ . 15 Mei 2016. Pukul
14:00 WIB
Witarto, A.B., 2005. Inspirator Kemajuan Iptek. Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.
http://www.beritaiptek.com . Diakses tanggal 15 Mei 2016. Pukul 13:30 WIB

9 | DNA Rekombinan bidang Pertanian