EL MUNDO VIVO
Bacterias
Arqueas
Eucariotas
Virus
BIOMOLCULAS
Grupos funcionales
de las biomolculas orgnicas
Clases principales de biomolculas
pequeas
PROCESOS BIOQuMICOS
Reacciones bioqumicas
Energa
Metabolismo
Orden biolgico
La clula viva. Los seres vivos estn formados por una o varias clulas. Las estructuras complejas
de las clulas vivas consiguen que stas realicen funciones como la generacin de energia,
el crecimiento y la reproduccin.
La vida ha
INTRODUCCiN
podido concebir. La estructura de la clula es el caso en cuestin. Las clulas no son las bolsas
demo~trado
de protoplasma que los cientfficos imaginaron hace alrededor de un siglo. sino que son estructurolmente complejos y dinmicas. La historio de cmo se ha adquirido el conocimiento actual
sobre los procesos vivos, con sus miradas de grficos retorcidos, rivaliza con cualquier obro de
ficcin detectivesca. Los cientficos que trobajan paro entender la realidad fsica del mundo
natural con frecuencia quedan sorprendidos de lo sofisticados que son incluso los organismos
ms sencillos. Este capitulo y los siguientes se centran en los mecanismos bsicos que sustentan la vida descubiertos hasta el momento.
CAF'TU LO U N O
Introduccin a la Bioqumica
1.0. Introduccin
:3
FIGURA , - ,
Sistema orgnico
(digestivo)
rgano
(hgado)
Organismo
(humano)
Tejido
(sinusoide
heptico)
Clula
(hepatocito)
Orgnulo
(ncleo)
Molcula
(DNA)
tomo
(carbono)
4. La vida se fundamenta en la informacin. La organizacin requiere informacin. Los seres vivos pueden considerarse como sistemas procesadores de
informacin, ya que el mantenimiento de su integridad estructural y de los
procesos metablicos requiere la gestin adecuada del conjunto enorme de
molculas interaccionantes dentro de las clulas, y entre las clulas y las
generaciones de futuras clulas. La informacin biolgica est en fonna de
mensajes codificados que son inherentes a la estructura tridimensional singular de las biomolculas. La informacin gentica, que se almacena en las
secuencias lineales de nucletidos en el cido nucleico cido desoxirribonucleico (DNA), denominadas genes, especifica a su vez la secuencia lineal de
CAPTULO UNO
Introduccin a la Bioqumica
aminocidos de las protenas y de qu forma y cundo se sintetizan esas protenas. Las protelas realizan su funcin interaccionando con otras molculas. La
estIl.lctllJa tridimensional singular de cada clase de protena permite su unin y
su interaccin con una clase especfica de molculas, con una forma complementaria precisa. Durante el proceso de unin se transfiere la informacin. Por
ejemplo, la unin de la insulina, una protena que libera el pncreas de los
vertebrados, a las molculas receptoras de insulina en la superficie de determinadas clulas es una seal que inicia la captura de la molcula nutriente glucosa. Asimismo, el transpolte de los aminocidos es sensible a la insulina.
S. La vida se adapta y evoluciona. Toda la vida sobre la Tierra tiene un origen
comn, y las formas nuevas surgen a partir de otras formas. Cuando un organismo individual en una poblacin se autorreproduce, las modificaciones del DNA
inducidas por las agresiones y los errores que tienen lugar cuando se copian las
molculas de DNA pueden dar lugar a mutaciones o cambios de la secuencia.
La mayora de las mutaciones son silenciosas; es decir, o bien las repara la clula
o no tienen efecto sobre el funcionamiento del organismo. Sin embargo, algunas
son nocivas y sirven para limitar el xito reproductor de los descendientes. En
ocasiones poco frecuentes, las mutaciones pueden contribuir a aumentar la capacidad del organismo para sobrevivir, para adaptarse a circunstancias nuevas y
para reproducirse. La plincipal fuerza impulsora de este proceso es la capacidad de explotar las fuentes de energa. Los individuos que poseen caractersticas que les permiten explotar mejor una fuente energtica especfica dentro de
su hbitat pueden tener una ventaja competiti va cuando los recursos son limitados. A lo largo de muchas generaciones la interdependencia de los cambios
ambientales y de la variacin gentica puede dar lugar a la acumulacin de
caractersticas favorables y, finalmente, a formas de vida muy diferentes.
C O NC E P TO S CLAVE
1.1
Las ciencias biolgicas estn experimentando en el momento actual una revolucin creada por la aplicacin de las tcnicas bioqumicas y la gentica. Las tecnologas
generadas por esta ciencia relativamente nueva -la biologa molecular- han proporcionado un conocimiento inimaginable sobre el funcionamiento de los seres vivos. En
la actuaJjdad, es habitual la identificacin de genes especficos y el segu miento de sus
efectos en los seres vivos. Este enfoque nuevo ya ha proporcionado una avalancha de
informacin que ha transformado disciplinas tan diversas como la agricultura, la arqueologa, la botnica, la biologa del desarrollo, la ecologa, la ciencia forense, la
medici na, la farmacologa y la nutricin. La capacidad de los futuros cientficos para
utilizar el volumen completo de conocimientos nuevos y crecientes comienza con el
aprendizaje de los principios bsicos de la bioqumica. Este captulo presenta una
visin general de la bioqumica y una introduccin a los conceptos fundamentales de
esta disciplina cientfica. Tras una revisin breve de la diversidad de la vida, comenzamos nuestro anlisis de la bioqumica con una introduccin a la estI1lctura y funcin
de las principales biomolculas. A continuacin se consideran los procesos bioqumicos ms impoltantes. El captulo concluye con una visin general del procesamiento
de la informacin gentica y una introduccin breve a los conceptos bsicos de la
bioqumica experimental moderna. A lo largo de este captulo y en el resto del libro,
expl icamos la relacin tan estrecha que existe entre los procesos bsicos de los seres
vivos, la estructura de los compuestos bioqumicos, las miles de reacciones bioqumicas de los organismos, y la herencia gentica. El entendimiento de cualquiera de estos
temas est ligado de forma inseparable al entendimiento de los dems.
Los clculos sobre el nmero de especies vivas actuales van desde varios millones a
decenas de millones. Todas estn formadas por clulas procariotas o eucariotas.
La mayora de los organismos son procariotas; es decir, sus clulas carecen de ncleo (pro = antes, karyon = ncleo o meollo). Los eucariotas (en = verdade-
ro) estn formados por un nmero de clulas relativamente grande y de gran complejidad que poseen un ncleo, que es un compartimiento rodeado por una membrana que contiene el material gentico.
Los procariotas no slo son las formas ms antiguas de vida sobre la Tierra, sino
que desde hace unos 3800 millones hasta alrededor de 1800 millones de aos, fueron
las nicas formas de vida. Hasta los aos 1980 se pensaba que los procariotas constaban slo de las bacterias. El anlisis de las secuencias de nucletidos del cido
ribonucleico (RNA), una clase de cido nucleico que participa en la sntesis de protenas, ha demostrado que existen dos grupos de procariotas bastante distintos: bacterias y arqueas. Su apariencia externa es semejante, pero las diferencias de las
propiedades moleculares de las bacterias y las arqueas son ms pronunciadas que las
diferencias con las de los eucariotas. Los procariotas unicelulares son los seres vivos
ms pequeos. No obstante, su biomasa combinada es 10 veces mayor que la de los
organismos eucariotas ms grandes (animales, vegetales, hongos y protistas unicelulares). Los procariotas virtualmente ocupan cada nicho de la Tierra. Adems de en el
aire, el suelo y el agua, varias especies procariotas viven sobre la piel y en el tubo
digestivo de los animales, dentro de los manantiales calientes y a varios kilmetros
de profundidad dentro de la corteza de la Tierra.
Las pruebas moleculares sobre las relaciones evolutivas de las especies vivas
son lo suficientemente convincentes para que muchos cientficos clasifiquen actualmente a todos los seres vivos en tres dominios: bacterias, arqueas y eucariotas
(Fig. 1-2). Cada dominio se considera brevemente. Posteriormente, se presenta una
introduccin a los virus, entidades genticas que se encuentran en la frontera entre lo
vivo y lo inanimado.
F"II3URA 1-2
Animales
Hongos
Flagelados
Halfilos
EUC
Termfilos
Cianobacterias
Bacterias
hetertrofas
IOTA
CAPTULO UNO
Introduccin a la Bioqumica
Bacterias
Las bacterias son tan diversas en sus hbitat yen sus capacidades nutritivas que slo
pueden realizarse sobre ellas afirmaciones generales. Como grupo, las bacterias son
especialmente conocidas por su diversidad bioqumica. Varias especies poseen caractersticas que las permiten explotar virtualmente cada fuente de energa, nutriente
y entorno concebible. Por ejemplo, algunas especies bacterianas pueden utilizar la
energa luminosa para convertir el CO 2 en molculas orgnicas. Otras utilizan la
energa que extraen de las molculas inorgnicas u orgnicas.
Algunas especies bacterianas poseen una reputacin bien merecida como productoras de enfermedades (p. ej., clera, tuberculosis, sfilis y ttanos). Sin embargo,
la gran mayora desempea funciones vitales en el mantenimiento de la vida sobre la
tierra. Se requiere la actividad de muchas clases de bacterias para reciclar nutrientes
como el carbono, el nitrgeno y el azufre. Por ejemplo, la bacteria Rhizobium transforma el nitrgeno molecular inerte (N 2 ) en amonaco (NH J ), que luego puede ser
asimilado por otros organismos como las plantas leguminosas. Una de las funciones
ms importantes de las bacterias es la descomposicin, un proceso que libera nutrientes de los organismos muertos, para que puedan utilizarlos los vivos.
Muchas especies bacterianas son de gran inters prctico para el ser humano. Los
alimentos como el yogur, el queso, el pan cido y el sauerkraut se fabrican con la
colaboracin de determinadas bactelias. Otras clases de bacterias, como los actinomicetos, producen antibiticos que se utilizan para curar las infecciones bacterianas. Las
bacterias han sido especialmente valiosas en la investigacin bioqumica. Debido a su
rpido crecimiento ya su cultivo relativamente fcil, determinadas especies (especialmente Escherichia coli) han sido fundamentales en la investigacin de la mayora de
los procesos bioqumicos bsicos. La informacin adquirida en los estudios sobre los
microorganismos patgenos se ha utilizado en medicina para aliviar y prevenir el
sufrimiento humano. Ms recientemente, los biotecnlogos han utilizado el rpido
crecimiento bacteriano y su flexibi lidad metablica para insertar en las clulas bacterianas genes que codifican hormonas, vacunas y otros productos de uso humano.
Arqueas
Las arqueas slo se reconocieron como grupo diferenciado de organismos en 1977,
ao en que Cad Woese analiz molculas especficas de cido nucleico. La comparacin de las propiedades moleculares de las arqueas con las de las bacterias y los
eucariotas ha demostrado que las arqueas estn en muchos aspectos ms cerca de los
eucariotas que de las bacterias de apariencia simi lar. Por ejemplo, el sistema de
sntesis de protenas de las arqueas es ms parecido al de los eucariotas.
Una caracteIstica destacada de la mayora de las arqueas es su capacidad para
ocupar y hasta mejorar en todos los hbitat. Denominadas frecuentemente extremfilas, algunas especies de arqueas pueden vivir en circunstancias que fcilmente destruiran a la mayora de las formas vivas. Aunque otras clases de organismos (p. ej.,
determinadas bacterias, algas y hongos) pueden vivir en condiciones extremas, las
arqueas se encuentran entre las especies ms extremfiJas. Los extremfilos se clasifican de acuerdo con las condiciones especiales en las que viven: temperaturas muy
altas o muy bajas, concentraciones salinas elevadas, presin elevada. Las investigaciones de las arqueas extremfilas tambin han permitido conocimientos singulares
sobre las adaptaciones de la estructura biomolecular a las condiciones extremas,
adems de proporcionar un conocimiento considerable de la historia de la vida sobre
la Tierra (vase el recuadro de inters especial 2-1). Los esfuerzos investigadores de
los bioqumicos y los biotecnlogos se han centrado en las extremozimas, que son
enzimas (catalizadores proteicos) que operan en condiciones nocivas. Entre los ejemplos de las aplicaciones industriales de este trabajo estn las enzimas que se utilizan en
el procesamiento de los alimentos y los detergentes de lavandeIa. Junto con muchas
especies bacterianas, las arqueas han demostrado su utilidad en la biorreparacin,
proceso en el que se utilizan los organismos para degradar o eliminar los contaminantes de los lugares de desechos txicos y los vertidos de petrleo.
Eucariotas
El tercer dominio de los seres vi vos, los eucariotas, est constituido por el resto de
las especies de la Tierra (Fig. 1-3). Aunque la presencia o ausencia de un ncleo es
la diferencia ms notable entre los procariotas y los eucariotas, existen otras distinciones significativas:
Biodiversidad
La Tierra est poblada por muchos millones
de especies que habitan todos los nichos
del planeta. Sin embargo, la mayora de
las especies son demasiado pequeas para
poder ser vistas por el ojo humano. En esta
figura, slo se indican los representantes
de Jos grandes eucariotas multiceJulares,
los ms conocidos por el ser humano.
CAPTULO UNO
Introduccin a la Bioqumica
Virus
CONCEPTO S C L AVE 1. 2
Los virus no son seres vivos, aunque pueden desorganizar los procesos dentro de los
seres vivos por medio de reacciones bioqumicas. Formados por DNA o RNA envuelto en una protena o una membrana, los virus son agentes infecciosos que se
autorreproducen insertando su informacin gentica en clulas hospedadoras susceptibles. Los genes vricos pueden permanecer durmientes en el DNA de la clula
durante perodos de tiempo largos o pueden empezar inmediatamente a dirigir la
produccin de cantidades masivas de cido nucleico y componentes proteicos que se
ensamblan en nuevas partculas del virus. Una vez ha empezado una infeccin vrica
manifiesta, la clula est, en efecto, secuestrada. Los genes del virus emplean la
maquinaria de la clula para su propio uso. Como consecuencia de la infeccin
vrica, las clulas pueden daarse o destruirse.
Los virus son parsitos intracelulares que infectan a casi todas las clases de
organismos. Sio embargo, cada tipo de virus normalmente slo infecta a una especie
o a unas pocas especies semejantes. Con frecuencia las infecciones vricas producen
enfermedades. Entre las enfermedades infecciosas bumanas producidas por virus se
encuentran el sndrome de inmunodeficiencia adquirida (SIDA), la polio, la rabia,
varios tipos de hepatitis y el resfriado comn. Las enfermedades animales y vegetales producidas por virus causan un dao inmenso a la agricultura. Sin embargo, los
virus hacen algo ms que producir enfermedades. Pueden ser tambin agentes de
modificaciones genticas. En ocasiones, cuando se producen viroides (partculas
vricas) nuevos, stos incorporan de forma inadvertida parte del material gentico de
la clula hospedadora. A continuacin, esta informacin se transmite a una clula
hospedadora nueva. En circunstancias poco habituales se transfiere a una especie
diferente. Este proceso, que se denomina transduccin, es una fuente de variacin
gentica que impulsa los cambios evolutivos.
Los bioqumicos han utilizado a los virus como herramientas en sus investigaciones de numerosos procesos vivos. Por ejemplo, las investigaciones de los bacterifagos (virus que infectan a las bacterias) han aportado un conocimiento inestimable sobre los mecanismos genticos bsicos. En las investigaciones sobre los
detalles de la expresin del procesamiento de la informacin gentica y otros aspectos del metabolismo celular se han utilizado virus animales. Actualmente, se est
utilizando la capacidad de los virus para infectar a determinadas cl ulas humanas
como mecanismo en los protocolos de la genoterapia.
1.2. BIOMO L C U L A S
Los seres vivos estn formados por miles de clases diferentes de molculas inorgn.icas y orgnicas. El agua, una molcula inorgnica, puede constituir entre el 50 y el
95 % del contenido en peso de una clula, y los iones como el sodio (Na+), el potasio
(K+), el magnesio (Mg 2+) y el calcio (Ca 2+) pueden representar otro 1 %. Casi todas
las dems clases de molculas orgnicas estn formadas principalmente por seis
elementos: carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno, fsforo y azufre, y contienen
cantidades mnimas de determinados elementos metlicos y otros no metlicos. Es
notable el hecho de que los tomos de cada uno de los elementos ms comunes que
se encuentran en los seres vivos puedan formar fcilmente enlaces covalentes estables. En los enlaces covalentes, los tomos estn unidos al compartir los electrones
que completan los orbitales ms externos de cada tomo.
La capacidad de los tomos de carbono para formar cuatro enlaces covalentes
sencillos fuertes, bien con otros tomos de carbono o con tomos de otros elementos,
posibilita la notable complejidad estructural y la diversidad de las molculas orgnicas. Las molculas orgnicas con muchos tomos de carbono pueden dar lugar a
formas complicadas, como largas estructuras lineales o cadenas ramificadas y anillos.
H-C-H
H-C-C-H
Metano
H
1
H
1
H
1
H
1
H
1
H C/
2
H-C-C-C-C-C-C-H
Etano
FIE3U RA 1 ~ 4
CH 2
~CH
1
H2 C"-.... /CH 2
CH 2
Hexano
Ciclohexano
CUADRO 1 - 1
Significado
Alcohol
R-OH
Hid roxilo
Carbonilo
Carbonilo
Carboxilo
Amino
o
II
Aldehdo
R-C-H
O
II
Cetona
R-C-R'
O
II
cidos
R-C-OH
Aminlls
O
1
II
Amidas
R-C-NH 2
Amido
Tioles
R-SH
Tiol
O
II
steres
R-C--O-R
ster
Doble enlacc
RCH=CHR
Alqueno
10
CAPTULO UNO
Introduccin a la Bioqumica
o
a
11
H N-CH-C-OH
2
1
R
Existen 20 aminocidos a estndar en las protenas. Algunos aminocidos estndar tienen funciones singulares en los seres vivos. Por ejemplo, la glicina y el cido
glutmico actan como neurotransmisores en los animales. (Los neurotransmisores son molculas sealizadoras liberadas por las clulas nerviosas). Las protenas
contienen tambin aminocidos no estndar que son versiones modificadas de los
aminocidos estndar. La estructura y funcin de las molculas proteicas con frecuencia se altera por la conversin de determinados residuos de aminocidos en
CUADRO 1-2
Polmero
Aminocidos
Protenas
Funciones generales
Catlisis y elementos estructurales
Hidratos de carbono
cidos grasos
N.A.
Nucle6lidos
ONA
RNA
Informaci6n gentica
Sntesis de protenas
Azcares
1 1
F"leURA 1-5
o
11
H N-CH-C-OH
2
CH - C - H
1
CH 3
Glutamina
Valina
Lisina
o
11
H N-CH-C-OH
2
11
H N-CH-C-OH
11
H N-CH-C-OH
2
H
Glicina
CH 2
1
OH
Fenilalanina
Serina
derivados fosforilados, hidroxilados o de otro tipo. (El trmino residuo indica una
biomolcula pequea que se ha incorporado a una macromolcula, p. ej., los residuos
de aminocido de una protena.) Por ejemplo, en el colgeno, la protena del tejido
conjuntivo, un gran nmero de los residuos de prolina estn hidroxilados. Muchos de
los aminocidos naturales no son aminocidos a. Entre los ejemplos ms notables se
encuentra la fl-alanina, precursor de la vitamina cido pantotnico, y el cido y-ami nobutrico (GABA), un neurotransmisor que se encuentra en el cerebro (Fig. 1-6).
Las molculas de aminocido se utilizan principalmente para la sntesis de largos polmeros complejos denominados polipptidos. Los polipptidos cortos, con
una longitud inferior a SO aminocidos, se denominan pptidos. A los polipptidos
ms largos se les suele denominar protenas. Los polipptidos desempean una gran
variedad de funciones en los seres vivos. Entre los ejemplos de molculas formadas
por polipptidos se encuentran las protenas de transpOlte, las protenas estructurales
y las enzimas.
Los aminocidos individuales estn unidos en pptidos (Fig. 1-7) Y poJipptidos
mediante el enlace peptdico, un enlace amida que se forma en una clase de reaccin de sustitucin nuclefila (pg. 17) con participacin de un grupo carbonilo, que
se produce entre el grupo amino de un aminocido y el grupo carboxilo de otro. El
carcter parcial de doble enlace del enlace peptdico da lugar a una disposicin en el
plano de los tomos HN-CO que da a las molculas polipeptdicas una estabilidad
~-Alanina
H2 N-CH 2 -CH 2 -
11
CH 2 -C-OH
GASA
F"leURA 1-6
F"leURA 1-7
11
11
11
HC
21
11
11
HN-C-C-N-C-C-N-C-C-N-C-C-N-C-C-OH
2
00
HH
HH
HH
H I::
c~
12
CAPTULO UNO
Introduccin a la Bioqumica
F"II3URA 1 - B
Estructura polipeptdica
Al plegarse el polipptido en su estructura
tridimensional singular, los grupos R ms
hidrfobos (esferas amarillas) quedan enterrados en el intelior lejos del agua. Los
grupos hidrfilos normalmente se encuentran
en la superficie.
Desplegada
Plegada
1.2. Biomolculas
c=o
H-C-OH
c=o
H-C-OH
1
HO-C-H
HO-C-H
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
13
FIGURA 1-9
c=o
c=o
H-C-OH
CH 2
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
Glucosa
(una aldohexosa)
Fructosa
(una cetohexosa)
Ribosa
(una aldopentosa)
2-Desoxirribosa
(una aldopentosa)
Algunas biomolculas contienen componentes hidrocarbonados. Los nucletidos, los bloques de construccin de los cidos nucleicos, contienen los azcares
ribosa o desoxinibosa. Determinadas protenas contienen tambin hidratos de carbono. Las glucoprotenas y los glucolpidos se encuentran en la superficie externa de
las membranas celulares de los organismos multicelulares, donde desempean funciones decisivas en las interacciones entre las clulas.
Los cidos grasos son cidos monocarboxlicos que generalmente contienen un nmero par de tomos de carbono. En algunos organismos
actan como fuentes de energa. Los cidos grasos estn representados por la frmula qurrilca R -COOH, en la que R es un grupo alquilo que contiene tomos de
carbono e hidrgeno. Existen dos tipos de cidos grasos: cidos grasos saturados,
que no contienen dobles enlaces carbono-carbono, y cidos grasos insaturados, que
poseen uno o varios dobles enlaces (Fig. 1-10). En condiciones fisiolgicas el grupo
carboxilo de los cidos grasos se encuentra en el estado ionizado, R -COO-. Por
ejemplo, el cido graso saturado de 16 carbonos, denominado cido palmtico, se
encuentra como palrriltato, CH3(CH2)14COO-. Aunque el grupo carboxilo cargado
tiene afinidad por el agua, las largas cadenas hidrocarbonadas apolares hacen a la
mayora de los cidos grasos insolubles en agua.
Los cidos grasos slo se encuentran como molculas independientes (libres) en
los seres vivos en cantidades mnimas. La mayora se encuentra como componente
de varias clases de molculas lipdicas (Fig. 1-11). Los lpidos son un grupo diverso
de sustancias solubles en disolventes orgnicos, como el cloroformo o la acetona, e
insolubles en agua. Por ejemplo, los triacilgliceroles (grasas y aceites) son steres
que contienen glicerol (un alcohol de tres carbonos con tres grupos hidroxilo) y tres
cidos grasos. Deterrrilnadas molculas de lpidos anlogos a los triacilgliceroles,
que se denominan fosfoglicridos. contienen dos cidos grasos. En estas molculas
CICOS BRASOS
FIBURA 1 - 10
11
OH
14
Introduccin a la Bioqumica
CAPTULO UNO
F"IGU RA 1 - 1 1
C-O-CH
O
11
11
CH -O-C-R
11
1 2
R/
R(
11
CH 2 -
11
O
O-C- R3
CH,-O-C-R
1 2
C-O-CH
I
CH
-1-
-1-
1I
CH 2 -
O - CH 2 CH 2
0(a) Triacilglicerol
CH
CH 3
(b) Fosfatidilcolina
el tercer grupo hidroxilo del glicerol est acoplado con fosfato, el cual a su vez est
urudo a pequeos compuestos polares como la colina. Los fosfoglicridos son componentes estructurales importantes de las membranas celulares.
NUCLETIDOB y CIDOS NUCLEICCS Los nucletidos contienen
tres componentes: un azcar de cinco carbonos (bien ribosa o desoxirribosa), una
base nitrogenada, y uno o varios grupos fosfato (Fig, 1-12), Las bases de los nucletidos son anillos aromticos heterocclicos con varios sustituyen tes. Hay dos clases
de bases: las purinas biciclicas y las pirimidinas monocclicas (Fig. 1-13).
F"IGU RA 1 - 12
Adenina
Cada nucle6tido contiene una base nitrogenada (en este caso, adenina), un azcar
pentosa (ribosa), y uno o varios fosfatos.
Este nucle6tido es la adenosina nifosfato.
1I
11
- O-PI
-O
O-
11
PI
-O
O-
P-O-CH
1
I 2
-O
Ribosa
OH
F""I G U RA 1-1 3
OH
H"-.,. /H
N
Bases nitrogenadas
(a) Purinas y (b) pirimidinas.
H-{r~
N
(a)
O
H
'y 'v/
\J-"A
N
/H
Adenina (A)
Guanina (G)
H
H
: ti
O
N
1
(b)
Timina (T)
Uracilo (U)
1.2. Biomolculas
15
(b)
F"I [3 U RA 1 - 1 4
DNA
(a) Vista esquemtica del DNA. Los esqueletos azcar-fosfato de la doble hlice estn rerresentados por cintas coloreadas. Las bases unidas
al azcar desoxirribosa estn en el interior de la hlice. (b) Vista ampliada de dos pares de bases. Obsrvese que las dos cadenas de DNA
van en direcciones opuestas definidas por los grupos 5' y 3' de la desoxirribosa. Las bases en las cadenas opuestas forman pares debido
a los enlaces de hidrgeno. La citosina siempre se aparea con la guanina y la timina siempre se aparea con la adenina.
16
CAPTULO UNO
Introduccin a la Bioqumica
2. RNA. El RNA es un polinucletido que se diferencia del DNA en que contiene el azcar ribosa en lugar de desoxirribosa, y la base uracilo en lugar de
timina. En el RNA, como en el DNA, los nucletidos estn unidos por enlaces fosfodister. A diferencia de la doble hlice del DNA. el RNA es de
cadena sencilla. Las molculas de RNA se doblan en estructuras tridimensionales creadas por las regiones locales de apareamiento complementaJio de
bases. Durante un proceso complejo, la doble hlice del DNA se desenrolla
parcialmente y se sintetizan las molculas de RNA utilizando una cadena de
DNA como molde. Existen tres clases principales de RNA: RNA mensajero
(mRNA), RNA ribosmico (rRNA) y RNA de transferencia (tRNA). Cada
secuencia singular o molcula de mRNA posee la informacin que codifica
directamente la secuencia de aminocidos de un polipptido especifico. Los
ribosomas, que son estructuras supramoleculares grandes y complejas formadas por rRNA y molculas proteicas, convierten la secuencia de bases del
mRNA en la secuencia de aminocidos de un polipptido. Las molculas de
RNA de transferencia actan como adaptadoras durante la sntesis de protenas. Cada clase de molcula de tRNA se une a un aminocido especifico.
Cada polipptido se constmye al traducirse en cada ribosoma la informacin
de la secuencia de bases del mRNA por el apareamiento de bases entre las
molculas de mRNA y tRNA. Al aproximarse los aminocidos se forman los
enlaces peptidicos.
Todas las caractersticas de los seres vivos -su organizacin compleja y su capacidad para crecer y reproducirse- son el resultado de procesos bioqumicos coordinados y finalistas. El metabolismo, la suma total de estos procesos, es posible por el
flujo de energa y nutrientes y por los miles de reacciones bioqumicas, cada una de
ellas catalizada por una enzima especifica. Las funciones primarias del metabolismo
son: (1) la adquisicin y utilizacin de energa, (2) la sntesis de molculas necesarias para la estructura y el funcionamiento de las clulas (es decir, protenas, hidratos
de carbono, lpidos y cidos nucleicos), (3) el crecimiento y desarrollo, y (4) la
eliminacin de los productos de desecho. Los procesos metablicos requieren cantidades significativas de energa til. Esta seccin comienza con una revisin de las
principales clases de reacciones qumicas y las caractersticas esenciales de ICls estrategias que generan energa que se observCln en los seres vivos, y posteriormente se
delinean brevemente los procesos metablicos y los medios por los cuales los seres
vivos mClntienen sistemCls ordenados.
Reacciones bioqumicas
A primera vista las miles de reacciones que tienen lugar en las clulas parecen ser
extremadamente complejas. Sin embargo, varias caractersticas del metabolismo
nos permiten simplificar en gran medida este cuadro:
l. Aunque el nmero de reacciones es muy grande, el nmero de clases de reacciones es relativamente pequeo.
2. Las reacciones bioqumicas tienen mecanismos sencillos propios de las reClCciones orgnicas (es decir, L1nCl enzima normalmente slo hClce una cosa).
3. Son relativamente pocas las reacciones de importancia central en Bioqumica
(es decir, aquellas que se utilizan en la produccin de energa y ICl sntesis y
degradacin de los principales componentes celuIClres).
Entre las clases de reaccin ms comunes que se encuentran en los procesos
bioqumicos se encuentran las siguientes: O) sustitucin nuclefila, (2) eliminacin,
(3) adicin, (4) isomerizacin, (5) oxidacin-reduccin. Cada una se describir de
forma breve.
17
A:
..
B-0x
A-B
X:
H. O
- - . . A-e -
1I
OH
R'OH
11
La digestin de muchas molculas del alimento implica una hidrlisis. Por ejemplo,
las protenas se degradan en el estmago en una reaccin catalizada por cido. Otro
ejemplo importante es la fragmentacin del enlace fosfato del ATP (Fig. 1-16). La
energa que se obtiene durante esta reaccin se utiliza para impulsar muchos procesos celulares.
CH,ii~
Lo\
~
OH
\!
HO
FIGURA 1 - 15
iJy\
H~ Jl r
-O-~---.C'O-~-O-~-O-CH
OH
-O
N
O
-O
-O
OH
Glucosa
Adenosina trifosfato
OH
~:,op~)
HO
OH
11
11
-O-P-O-P-O-CH
1
-O
-O
OH
Glucosa-6-fosfato
OH
Adenosina difosfato
OH
OH
Introduccin a la Bioqumica
CAPTULO UNO
lB
FIGURA 1 - 16
Reaccin de hidrlisis
La hidrlisis del ATP se utiliza para impulsar
una sorprendente diversidad de reacciones
bioqumicas que requieren energa.
11
11
11
- O - P - O - P - O - P - O - CH
1
-O
-O
-O
Adenosina trifosfato
OH
OH
1
o
11
11
-O
-O
11
- O - P - O - P - O - CH
-O-P-O-H
Energa
-O
Adenosina difosfato
Fosfato inorgnico
OH
OH
REACCIONES CE ELIMINACiN
En las reacciones de eliminacin,
cuando se eliminan los tomos de una molcula se forma un doble enlace.
--+
H-C-C-H
1
H-C=C-H
FIGURA 1 - 1 7
Reaccin de eliminacin
Cuando se deshidrata el 2-fosfoglicerato
se forma un doble enlace.
COO1
COO-
O
11
H?O
-----.~
11
H-C
2-Fosfoglicerato
O
11
C-O-P-O-
H-C-O-P-OH-C-OH 0-
0-
Fosfoenolpiruvato
19
H-C=C-H
A-S
H-C-C-H
1
dacin-reduccin
1. Se produce una oxidacin cuando una molcula gana oxgeno o pierde hidrgeno:
CH 3 C -OH
11
O
cido actico
Alcohol etlico
2. Se produce una reduccin cuando una molcula pierde oxgeno o gana hidrgeno:
CH 3 C -OH
11
O
cido actico
Alcohol etlico
"/
C-O-
C
11
FI [3 U RA 1 - 1 S
11
Reaccin de adicin
Cuando se aade agua a una molcula que
contiene un doble enlace, como el fumarato,
se produce un alcohol.
C-O-
11
-----II~~
HO -
C -H
1
H-C-H
........ H
1
C
~\
C-O-
0-
Fumarato
11
O
Malato
CAPTULO UNO
20
F"I a
u RA
1- 1 9
R-C-C-H
Reaccin de isomerizacin
CONCEPTOS CLAVE,.4
Introduccin a la Bioquimica
11
R-C-C-H
11
Aldosa
Celosa
En las reacciones biolgicas redox, los electrones se transfieren a acepto res electrnicos como el nucletido NAD+/NADH (dinucletido de nicotinamida y adenina
en su forma oxidada/reducida).
Energa
Se define la energa como la capacidad paTa realizar trabajo, es decir, mover la
materia. A diferencia de las mguinas fablicadas por el hombre, que generan y utilizan la energa en condiciones duras con temperaturas, presiones y corrientes elctricas elevadas, las mquinas moleculares relativamente frgiles de los seres vivos
deben utilizar mecanismos ms sutiles. Las clulas generan la mayoa de su energa
utilizando reacciones redox en las que se transfieren electrones desde una molcula
oxidable a una molcula con deficiencia de electrones. En estas reacciones, los electrones con frecuencia se eliminan o aaden en forma de tomos de hidrgeno (Ho) o
iones hidruro (H-). Cuanto ms reducida est una molcula, es decir, cuantos ms
tomos de hidrgeno posee, ms energa contiene. Por ejemplo, los cidos grasos
contienen proporcionalmente ms tomos de hidrgeno que los azcares y por lo
tanto rinden con la oxidacin ms energa que las mo.Iculas de azcar. Cuando se
oxidan los cidos grasos y los azcares, sus tomos de hidrgeno se eliminan por las
coenzimas redox FAD (dinucletido de flavina y adenina) o NAD+, respectivamente. (Las coenzimas son molculas pequeas que operan asociadas con las enzimas y
sirven como transportadoras de grupos moleculares pequeos o, en este caso, electTones.) Los productos reducidos de este proceso (FADH o NADH, respectivamente) pueden luego transferir los electrones a otro aceptor electrnico.
Siempre gue se transfiere un electrn se pierde energa. Las clulas poseen mecanismos complejos para explotar este fenmeno, de forma que parte de la energa liberada puede capturarse para el trabajo celular. La caractestica ms destacada de la
generacin de energa en la mayora de las clulas es la ruta de transpone electrnico,
una serie de molculas transportadoras de electrones ligadas y embebidas en la membrana. Durante un proceso regulado, se libera la energa al transferirse los electrones
desde una molcula transportadora de electrones a otra. Durante varias de estas reacciones redox, la energa que se libera es suficiente para impulsar la sntesis de ATP, la
molcula transportadora de energa que suministra directamente la energa que se utiliza
para mantener la gran organizacin de las estructuras celulares y las funciones celulares.
A pesar de sus muchas semejanzas, los distintos seres vivos difieren en las estrategias precisas que emplean para adquirir la energa de su entorno. Los auttrofos
son organismos que transforman la energa del sol (fotoauttrofos) o diversas sustancias qumicas (quimioauttrofos) en energa de enlace qumico. Los hetertrofos obtienen energa degradando molculas de alimento ya formadas como nica
fuente de energa. Algunos procariotas y un pequeo nmero de plantas (p. ej., la
planta carnvora que digiere los insectos capturados) son fotohetertrofos, es decir,
utilizan como fuentes de energa tanto la luz como las biomolculas orgnicas.
La fuente ltima de la energa que utilizan la mayora de las fOlIDas de vida sobre
la TielTa es el Sol. Los organismos fotosintetizadores como los vegetales, determinados procariotas y las algas, captan la energa luminosa y la utilizan para transformar el
dixido de carbono (C0 2) en azcares y otras biomoJculas. Entre los procariotas hay
especies quimitrofas que no obtienen energa del sol. Situadas en lugares exticos,
como los manantiales calientes o enterradas en los estratos rocosos, obtienen la ener-
2 1
Metabolismo
El metabolismo, la suma de todas las reacciones catalizadas por enzimas de un ser
vivo, es una actividad coordinada y dinmica. Muchas de estas reacciones estn
organizadas en rutas. Cada ruta bioqumica est formada por varias reacciones que
se producen secuencialmente, es decir, el producto de una reaccin es el reactante de
la reaccin siguiente. Existen dos clases principales de rutas bioqumicas: anablicas y catablicas. En las rutas anablicas o de biosntesis, se sintetizan grandes
molculas complejas a pm1ir de precursores ms pequeos. Los bloques de construccin (aminocidos, azcares y cidos grasos) producidos o adquiridos del alimento
se incorporan en molculas grandes ms complejas. Dado que la biosntesis aumenta
el orden y la complejidad, las rutas anablicas requieren un aporte de energa. Entre
los ejemplos de procesos anablicos se encuentran la sntesis de poi isacridos y
protenas a partir de azcares y aminocidos, respectivamente. Durante las rutas
catablicas se degradan molculas grandes complejas a productos ms pequeos y
sencillos. Algunas rutas catablicas liberan energa. Una fraccin de esta energa se
captura y se utiliza para impu Isar las reacciones anablicas.
En la Figura 1-20 se explica la relacin entre los procesos anablicos y catablicos. Al degradarse las molculas nutrientes, la energa y el poder reductor se conservan en las molculas de ATP y NADH, respectivamente. Los procesos de biosntesis
utilizan metabolitos del catabolismo, ATP sintetizado y NADPH (dinucletido de
nicotinamida y adenina fosfato reducido, una fuente de poder reductor, es decir,
electrones de energa elevada), para crear estructuras y funciones complejas.
CONCEPTOS CLAVE 1 . 6
Orden biolgico
La unidad coherente que se observa en todos los seres vivos comporta la integracin
funcional de millones de molculas. En otras palabras, la vida es una complejidad muy
organizada. A pesar de la abundante diversidad de procesos vivos que contribuyen a
generar y mantener el orden biolgico, la mayola puede clasificarse en las siguientes
categoras: (1) sntesis de biomolcuJas, (2) transporte de iones y molculas a travs de
las membranas celulares, (3) produccin de fuerza y movimiento, y (4) eliminacin de
desechos metablicos y otras sustancias txicas. Cada una ser considerada brevemente.
Nutrientes
FIGURA 1-20
Sustratos de biosntesis
Mantenimiento
y crecimiento
Anabolismo y catabolismo
En los organismos que utilizan oxgeno
para generar energa, las rutas catabl icas
tr'ansforman los nutrientes en molculas
pequeas que son materiales de partida. La
energa (ATP) y el poder reductor (NADPH)
que impulsan las reacciones de biosntesis
se generan durante los procesos catablicos
al convertirse determinadas molculas nutrientes en productos de desecho como
el dix.ido de cal'bono y el agua.
22
CAPTULO UNO
Introduccin a la Bioqumica
Las membranas
celulares regulan el paso de iones y molculas de un compartimiento a otro. Por
ejemplo, la membrana plasmtica (la membrana externa de la clula) es una barrera
selectiva. Es responsable del transporte de determinadas sustancias, como los nutrientes, desde un entorno relativamente desorganizado al interior celular, ms ordenado. De manera semejante se transportan los iones y las molculas dentro y fuera
de los orgnulos durante los procesos bioqumicos. Por ejemplo, los cidos grasos se
transportan dentro de un orgnulo denominado mitocondria de forma que puedan
degradarse para generar energa.
La mayor parte del trabajo del transporte en una clula se realiza por protenas
unidas a la membrana. Cuando se transportan las sustancias en contra de un gradiente (es decir, desde un lugar de concentracin baja a un lugar de concentracin elevada) se requiere energa. Este proceso se denomina transporte activo. Por ejemplo,
la bomba Na+-K+, un complejo proteico de la membrana plasmtica, es responsable
del mantenimiento de un gradiente inico a travs de la membrana celular. Este
gradiente inico proporciona la energa necesaria para muchos procesos de transporte activo y el potencial de reposo de membrana de las clulas excitables (clulas
nerviosas y musculares). La bomba Na+-K+ utiliza al menos un tercio de la energa
disponible para bombear Na+ fuera de la clula y K+ dentro de la clula. Por cada
molcula de ATP hidrolizada, se bombean tres iones Na+ fuera de la clula y se
bombean dos iones K+ al interior de la clula.
urea (que se describe en el Captulo 15), que utilizan muchos animales para eliminar el
NH 3 , transforma esta sustancia muy daina en urea, una molcula menos txica.
Las clulas contienen tambin una gran variedad de molculas orgnicas complejas que deben eliminarse. Las clulas vegetales resuelven este problema transportando estas molculas a una vacuola, donde se degradan o se almacenan. Sin embargo, los animales deben utilizar mecanismos de eliminacin que dependen de la
hidrosolubilidad (p. ej., la formacin de orina por el rin). Las sustancias hidrfobas como las hormonas esteroideas, que no pueden degradarse a molculas ms
sencillas, se convierten durante una serie de reacciones en derivados hidrosolubles.
Este mecanismo tambin se utiliza para solubilizar algunas molculas orgnicas
como los frmacos y los contaminantes ambientales.
23
CONCEPTOS CLAVE 1 . 7
El dogma central
En la mayor parte de las circunstancias la
informacin gentica fluye desde el DNA (a)
al RNA (b) y a la protena (c). El DNA
almacena la informacin que dirige su propia
sntesis y la de las molculas de RNA que
pa11icipan en la sntesis de protenas. Una
excepcin importante del dogma central
es la capacidad de un grupo pequeo de
virus, denominados retro virus, que sintetizan
DNA utilizando un RNA molde.
(e) Protena
(a) DNA
(b) RNA
24
FIGURA 1-22
CAPTULO UNO
Introduccin a la Bioqumica
Paso 1: Transcripcin
Citoplasma
RNA polimerasa
I
I
I
I
Paso 2: Traduccin
RNA de transferencia
con un aminocido
Citoplasma
Cadena
polipepldica
Anticodn
RNA mensajero
Codones
---7
RNA" + I + pp
Introduccin
CONCEPTOS
VE 1.B
26
CAPTULO UNO
Introduccin a la Bioqumica
RESUMEN
l. La Bioqumica se puede definir como el estudio de las bases moleculares de la vida. Los bioqumicos han contribuido a los siguientes conocimientos sobre la vida: (l) la vida es compleja y
dinmica, (2) la vida est organizada y automantenida, (3) la vida
es celular, (4) la vida se basa en la informacin, y (5) la vida se
adapta y evoluciona.
2. Las pruebas moleculares con respecto a las relaciones evolutivas
de las especies vivas son lo suficientemente convincentes, por lo
que muchos cientficos clasifican en la actualidad a los seres vivos en tres dominios: bacterias, arqueas y eucariotas.
3. Todo lo vivo est formado por clulas procariotas o clulas eucariotas. Las procariotas, que comprenden las bacterias y las arqueas, carecen de un orgnulo rodeado por una membrana denominado ncleo. Las eucariotas comprenden todas las especies
restantes. Estas clulas contienen un ncleo y estructuras complejas que no se observan en las procariotas.
4. Muchos organismos eucariotas son multicelulares. Los organismos multicelulares poseen varias ventajas sobre los unicelulares.
Entre ellas se encuentran (1) la provisin de un ambiente relativamente estable para la mayora de las clulas del organismo, (2) la
capacidad de mayor complejidad en la forma del organismo y su
funcin, y (3) la capacidad para explotar los recursos ambientales
ms eficazmente de lo que pueden hacerlo los organismos unicelulares individuales.
5. Las clulas animales y vegetales contienen miles de molculas.
El agua constituye entre el 50 y el 90 % del contenido en peso de
una clula, y los iones como el Na+, K+ y Ca 2+ pueden representar
otro 1 %. Casi todas las otras clases de biomolculas son orgnicas. Las propiedades del elemento carbono son responsables de la
enorme variedad de molculas orgnicas. Las propiedades quimicas de las molculas orgnicas estn determinadas por las disposiciones especficas de tomos, que se denominan grupos funcionales. Se producen diferentes familias de molculas orgnicas
cuando los tomos de hidrgeno en las molculas hidrocarbonadas se sustituyen por grupos funcionales. La mayora de las biomolculas contiene ms de un grupo funcional.
6. Muchas de las biomolculas que se encuentran en las clulas son relativamente pequeas, con pesos moleculares inferiores a 1000 D.
LECTURAS RECOMENDADAS
Goodsell, D.S., The Machinery oi Lije, Springer-Verlag, New York,
1993.
Lewis, R., Lije, 3." ed., WCBlMcGraw-Hill, Dubuque, Iowa, 1998.
Mader, S., Biology, 6." ed., WCBlMcGraw-Hill, Dubuque, Iowa,
1998.
Raven, P.H. and Johnson, G.B., Biology, 5.' ed., McGraw-Hill, Dubuque, Iowa, 1999.
Tudge, c., The Variety oi Lije: A Survey and a Celebra/ion oi ALL /he
Creatures /ha/ Have Ever Lived, Oxford University Press, New
York, 2000.
PALABRAS CLAVE
cido graso, 13
cido nucleico, 14
agente oxidante, 19
agente reductor, 19
aminocido, 11
anticodn, 25
arqueas, 5
auttrofo, 20
azcar, 12
bacterias, 5
biomolcula,2
biorreparacin, 6
clula eucariota, 4
clula procariota, 4
codn, 25
electrfilo, 17
eliminacin, 18
energa, 20
enlace peptdico, 11
enzima, 2
eucariota, 5
expresin gnica, 25
extremfilo, 6
extremozima, 6
fotoauttrofo, 20
fotohetertrofo, 20
gen, 3
grupo de salida, 17
grupo funcional, 9
hetertrofo, 20
hidratacin, 19
hidrocarburo, 9
Preguntas de revisin
hidrfilo, 11
hidrfobo, 9
hidrlisis, 17
homeostasis, 2
insaturado, 13
isomerizacin, 19
lpido, 13
macromolcula, 2
metabolismo, 2
monosacrido, 12
mutacin, 4
neurotransmisor, 11
nuclefilo, 17
nucletido, 14
orgoulo, 7
oxidacin-reduccin (redox), 19
oxidar, 19
pptido, 11
pirimidina, 15
27
ruta anablica, 21
ruta catablica, 21
saturado, 13
sustitucin nuclefila, 17
traduccin, 24
transcripcin, 23
transduccin, 8
translocacin, 25
transporte activo, 22
polipptido, 11
polisacrido, 12
protena, 11
purioa, 15
quimioauttrofo, 20
quimiohetertrofo, 20
reaccin de adicin, 19
reducciooismo, 25
reducir, 19
PREE3UNTAB DE REVISiN
l. Describa los conocimientos que la investigacin bioqumica ha
proporcionado sobre la vida y los procesos vivos.
2. Existen tres dominios en los seres vivos. Cules son~ Qu
caractersticas singulares poseen los organismos de cada dominio~
11
11
d.
e.
f.
g.
h.
transporte activo
grupo de salida
eliminacin
isomerizacin
sustitucin nuclefila
1. agente reductor
J. agente oxidante
7. D dos funciones para cada una de las molculas siguientes:
a. cidos grasos
b. azcares
c. nucletidos
8. Cules son las funciones del DNA y del RNA ~
9. Cmo obtienen las clulas energa de los enlaces qumicos?
NH 2
a.
b.
12. Qu ventajas tienen los organismos multicelulares sobre los organismos unicelulares?
13. Asigne cada uno de los compuestos siguientes a una de las clases
principales de biomolculas:
c.
d.
e.
f.
g.
h.
a.
b.
encuentran~
O
11
CH 3 -
c.
(CH 2 )g -
CH 2 - C -
OH
CAPTU LO U N O
28
Introduccin a la Bioqumica
17. D un ejemplo de cada uno de los procesos de reaccin sigu ien tes:
a. sustitucin nuclefila
b. eliminacin
c. oxidacin-reduccin
d . adicin
18. D una lista de varios iones importantes que se encuentran en los
seres vivos.
o
11
-O-P-O-CH
1
O
2
-O
OH
OH
d.
PREGUNTAS DE RAZONAR
l. Se ha considerado a las reacciones bioqumicas como versiones
exticas de las reacciones orgnicas. Puede sugerir algunos problemas con esta suposicin?
2 Con frecuencia se supone que los procesos bioqumicos en los
procariotas y los eucariotas son bsicamente semejantes. Es una
suposicin adecuada?
3. La mayor paI1e de lo que se conoce sobre los procesos bioqumicos es el resultado directo de la investigacin con organismos
procariotas. Sin embargo, la mayora de los organismos son eucariotas. Puede sugerir algunas razones por las que se han realizado tantos esfuerzos utilizando procariotas? Por qu no se utilizan
directamente los eucariotas?
4. Los enlaces sencillos carbono-nitrgeno so n de rotacin libre; sin
embargo, los enlaces amida carbono-nitrgeno son mucho ms
rgidos. Por qu? Qu efecto tiene esta propiedad de los enlaces amida sobre las formas que pueden asumir las protenas?
n
CH
N~H
o . . H - N 0 ;~
H
H{ l-H'" J
N--{
'yN
N"
2-am ino-6-metoxipurina