Anda di halaman 1dari 5

II.

TINJAUAN PUSTAKA
A. Filogenetika
Filogenetika digambarkan sebagai klasifikasi secara taksonomi dari
suatu organisme berdasarkan pada sejarah evolusi yaitu filogeninya mereka
dan merupakan bagian integral dari ilmu pengetahuan yang sistematik yang
mempunyai tujuan untuk menentukan filogeni dari organisme berdasarkan
pada karakteristiknya. Analisis filogenetika dari keluarga sekuen nukleotida
atau asam amino adalah analisis untuk menentukan bagaimana keluarga
tersebut diturunkan selama proses evolusi. Hubungan evolusi diantara sekuen
digambarkan dengan menempatkan sekuen sebagai cabang luar dari sebuah
pohon. Hubungan cabang pada bagian dalam pohon merefleksikan tingkat
dimana sekuen yang berbeda saling berhubungan. Dua sekuen yang sangat
mirip akan terletak sebagai neighboring outside dari cabang-cabang dan
berhubungan dalam cabang umum (Common branch). Terdapat beberapa
metode untuk mengkonstruksi pohon filogenetika dari data molekuler
diantaranya yaitu, Maximum parsimony, Distance dan Maximum likehoood
(Dharmayanti, 2011).
Analisis filogenetik suatu spesies dapat dilakukan pada karakter
morfologi dan gen-gen yang berada di dalam dan di luar tubuh dengan sekuen
DNA mitokondria. Penggunaan sekuen DNA mitokondria memperjelas
hubungan spesies secara evolusi yang kabur akibat variasi morfologi. Sekuen
DNA mitokondria memperlihatkan variasi DNA suatu populasi, perubahan
breeding suatu individu dan isolasi terhadap populasi tersebut. Suatu populasi

yang memiliki tingkat kedekekatan hubungan kekerabatan yang tinggi


mempunyai banyak persamaan morfologi, genetik dan dipengaruhi oleh
keadaan lingkungan (Twindiko, 2013).
B. Metode Neighbor-Joining
Analisis filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ),
dimana kalkulasi matrik jarak genetik dengan model Kimura-2 parameter
yang diimplementasikan pada pairwise distance calculation dalam program
Mega (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) software Versi 5.
Kepercayaan statistik dari dua metoda dievaluasi menggunakan tes bootstrap
dengan 1000 ulangan. Konstruksi pohon filogeni ini menggunakan sekuen
nukleotida. Pohon filogenetik merupakan grafik yang menunjukkan hubungan
kekerabatan (geneologi) antar taksa. Grafik terdiri dari sejumlah nodus dan
cabang. Nodus yang terbentuk mewakili unit taksonomi, sedangkan cabang
mewakili hubungan antar unit yang menggambarkan keturunan dengan
leluhur. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik juga akan membentuk
percabangan utama yang sering disebut clade (Zein, 2012).
C. Molekuler Kronometer/ Penanda Filogenetik
Primer 16S rDNA adalah subunit ribosom yang dapat digunakan
sebagai penanda, pembeda dan sebagai evolutionary marker pada bakteri. Gen
16S rDNA merupakan pilihan karena gen tersebut terdapat pada semua
prokariota dan memiliki sekuen konservatif serta sekuen lainnya yang sangat
bervariasi pada tiap spesiesnya. Molekul ini bersifat ubikuitus dengan fungsi

yang identik pada seluruh organisme. Molekul ini juga dapat berubah sesuai
jarak evolusinya, sehingga dapat digunakan sebagai kronometer evolusi yang
baik. Molekul 16S rDNA memiliki beberapa daerah dengan urutan basa yang
relatif konservatif dan beberapa daerah yang urutan basanya variatif.
Perbandingan urutan basa yang konservatif berguna untuk mengkostruksi
pohon filogenetik universal karena mengalami perubahan relatif lambat dan
mencerminkan kronologi evolusi bumi. Sebaliknya, urutan basa yang besifat
variatif dapat digunakan untuk melacak keragaman dan menempatkan galurgalur dalam satu spesies (Kristiyani, 2011).
D. Tahap-Tahap Analisis Filogenetika
Analisis filogenetika molekuler memiliki tiga tahapan penting, yaitu
sequence alignment, rekonstruksi pohon filogenetika, dan evaluasi pohon
filogenetika dengan uji statistik. Tujuan utama dari tahap ini adalah untuk
menentukan apakah satu sekuen DNA atau protein adalah homolog dengan
yang lainnya. Alignment yang melibatkan dua sekuen yang homolog disebut
pairwise alignment, sedangkan yang melibatkan banyak sekuen yang homolog
disebut multiple alignment. Salah satu program komputer yang digunakan
untuk membantu proses alignment, misalnya ClustalX. Metode dalam
membangun suatu pohon filogenetika dengan menggunakan karakter
molekuler, sikuen DNA misalnya, dibagi menjadi empat kelompok utama,
yaitu distance method (DM), likelihood method (LM), Bayesian method (BM),
dan parsimony method (PM). Prinsip DM adalah jumlah perbedaan nukleotida
antara dua sikuen DNA menunjukkan jarak evolusi yang terjadi. Jarak evolusi

dihitung untuk semua pasang sikuen DNA dan sebuah pohon filogenetika
direkonstruksi dari jarak atau perbedaan pasangan basa nukleotida tersebut
dengan menggunakan kriteria least square, minimum evolution, neighbor
joining, dan distance measure. Evaluasi pohon filogenetika berkaitan dengan
uji reliabilitas dari sebuah pohon dan uji topologi antara dua atau lebih pohon
yang berbeda berdasarkan set data yang sama (Hidayat, 2006).

DAFTAR PUSTAKA
Dharmayanti, N.L.P.I., 2011, Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi
Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi, J. Wartazoa, 21(1), 1-5
Hidayat, T., dan Pancoro, A., 2006, Sistematika dan Filogenetika Molekuler,
SITH-IPB, Bogor.
Kristiyani, dan Dwi, S., 2011, Keragaman Bakteri dan Identifikasi Isolat
Pendegradasi Protein pada Bakteri Filosfer Ageratum CONYZOIDES L.,
J., UPI, 1(1), 1-9
Twindiko, A.F.S., Wijayanti, D.P., dan Ambariyanto, 2013, Studi Filogenetik Ikan
Karang Genus Pseudochromis dan Pictichromis di Daerah Perairan IndoPasifik, J. Buletin Oseanografi Marina, II(1), 28-36
Zein, M.S.A., dan Fitriana, Y.S., 2012, Teknik Molekuler untuk Identifikasi
Spesies Ordo Cetartiodactyla Menggunakan DNA Barcode, J. Zoo
Indonesia, 21(2), 1-8