HASIL

Agen biokontrol secara luas dianggap alami dan tidak mengancam produk, meskipun
penilaian risiko harus jelas dilakukan tentang efeknya pada organisme non-target. Selain itu,
pengetahuan mengenai tingkah laku antagonisnya juga penting. Hasil Trichoderma koningii Tk5201 / CSAU dan T. virens Tvi-4177 / CSAU dalam media PDA dalam pengamatan mikroskop.

Karakterisasi Molekuler
Identifikasi cepat bioagents sangat diperlukan dan penting di Laboratorium patologis untuk
mengambil keputusan bioformulasi untuk dikomersialisasikan.analisis berdasarkan rRNA adalah
metode sentral dalam patologi yang digunakan tidak hanya untuk mengeksplorasi keragaman
mikroba tetapi juga untuk mengidentifikasi strain baru.
DNA genomik diekstraksi dari isolate strain jamur T. koningii Tk-5201 / CSAU dan T. virens
Tvi-4177 / CSAU. Universal ITS1 primer 20F dan ITS4 primer 22R digunakan untuk amplifikasi
urutan fragmen gen 18S rRNA. Dari jumlah 206 dan 635 bp dari sequencing gen 18S rRNA
digunakan untuk identifikasi regangan jamur yang terisolasi. Selanjutnya, urutan gen 18S rRNA
berdasarkan pohon filogenetik menunjukkan hubungan, strain uji Tk-5201 / CSAU dan Tvi4177 / CSAU dan perwakilan yang dipilih dari genus Trichoderma. Hal ini terbukti dari
filogenetik analisis gen 18S rRNA bahwa isolat Tk-5201 / CSAU dan Tvi-4177 / CSAU mewakili
genom dari spesies dalam genus Trichoderma.

Perbandingan uji regangan terhadap urutan dikenal dari SSU dan LSU rRNA.
database rRNA menunjukkan bahwa urutan gen dari isolasi Tk-520CSAU dan Tvi-4177
CSAU memiliki 90% kesamaan urutan (Nilai = 546 bit, yang diharapkan = 0,0) dengan urutan
gen 18S rRNA dari Trichoderma (Genbank Acc.No .: KC800923 dan KC800924). Dengan
demikian, data menunjukkan bahwa isolat Tk-5201 / CSAU dan Tvi-4177 / CSAU adalah anggota
dari genus Trichoderma.
Resolusi Genotipe Filogenetik Trichoderma Sp.
Urutan gen 18S rRNA dari isolat Tk-5201 / CSAU dan Tvi-4177 / CSAU diendapkan di
GenBank dan dialokasikan dalam nomor aksesi KC800923 dan KC800924.
DISKUSI
Analisis Molekuler Menggunakan Ditranskripsi Internal Spacer Wilayah (ITS)
Analisis urutan RNA ribosom (rRNA) telah terdokumentasi dengan baik sebagai sarana
untuk menentukan hubungan filogenetik disemua domain organisme utama. Urutan variabel
dalam subunit kecil (SSU) dan subunit besar (LSU) gen rRNA telah ditemukan sesuai untuk
menilai hubungan subgeneric di banyak eukariota. Salah satunya daerah variabel, wilayah D2
dari LSU, telah digunakan untuk menentukan hubungan filogenetik disejumlah genus jamur
patogen (Logrieco et al,,1995).

Variabilitas genetik dalam 69 isolat bio-kontrol Trichoderma dikumpulkan dari lokasi

geografis yang berbeda dikoleksi dan analisis filogenetiknya dilakukan dengan bantuan data
urutan yang diperoleh dari spacer antar transkripsi 1 (ITS1) wilayah DNA ribosom.
Faktor elongasi 1 melaporkan bahwa lebih dari 50% dari strain berpotensi sebagai bio-control
dikelompokkan dalam Trichoderma bagian Pachybasium.
Pada eukariota, gen yang mengkode RNA ribosom terorganisir dalam susunan

yang

mengandung transkripsi berulang yang melibatkan 16 - 18S, 5.8S dan 23 - 18S rRNA, dua
ditranskripsikan intergenik ITS1 dan ITS2 dan dua urutan spacer eksternal (5 Dan 3 ETS). unit
ini ditranskripsi oleh RNA polimerase I dan dipisahkan oleh spacer intergenik non-transkripsi
(IGS).
Daerah ITS memiliki peranan biologis yang penting dalam pengolahan rRNA. Struktur
dianalisis ITS1 dan ITS2 berisi empat atau tiga lengan heliks. perubahan ukuran dan urutan
wilayah diperbolehkan selama mereka tidak mengganggu
pembentukan struktur RNA sekunder.
Analisis polimorfisme gen Endochitinase dan PCR sidik jari), morfologi, fisiologi, dan
karakteristik koloni membedakan tipe I dan tipe II berbeda jenis. Tipe I sesuai dengan T. viride,
yang anamorphic dari Hypocrea rufa. Tipe II merupakan spesies baru, T. asperellum, , dalam hal
karakteristik molekul k, dekat dengan neotype T. hamatum. Analisis wilayah ITS1-5.8S-ITS2
dari cDNA menunjukkan bahwa perkiraan 600 bp menunjukkan ukuran variasinya.
Trichoderma telah mencapai nilai penting sebagai pengganti pestisida kimia dan karenanya
upaya itu dimaksudkan untuk menguatkan keterkaitan positif dari molekul dan karakter
morfologi. Sebuah strain jamur Trichoderma longibrachiatum 28CP / 7444 diisolasi dari sampel
tanah yang dikumpulkan dari distrik Barabanki dari Uttar Pradesh,India. amplifikasi fragmen gen
28S rRNA dan regangan ditandai dengan menggunakan 28S rRNA urutan gen dengan bantuan
penanda ITS.
Diusulkan bahwa strain T. diidentifikasi longibrachiatum 28CP sebagai jenis strain spesies
dari genus Trichoderma berdasarkan analisis pohon filogenetik bersama-sama dengan pencarian
urutan gen 28S rRNA dalam proyek database ribosom, rRNA subunit kecil dan besar database
subunit rRNA. Urutan itu disimpan di GenBank dengan nomor aksesi JX978541. Dengan
demikian, pendekatan terintegrasi dari morfologi dan penanda molekuler dapat digunakan untuk
mengidentifikasi strain unggul Trichoderma untuk eksploitasi komersial.

Kesimpulan
Sebagian besar spesies Trichoderma secara morfologis sangat mirip dan dianggap sebagai
spesies tunggal untuk bertahun-tahun. Sejak spesies baru ditemukan, sebuah skema taksonomi
konsolidasi diusulkan dan didefinisikan sembilan spesies morfologi metode agregat DNA
membawa kriteria tambahan yang berharga untuk taksonomi Trichoderma yang sedang
digunakan saat ini untuk
studi yang mencakup identifikasi dan klasifikas filogenetik. Strain Trichoderma digunakan
sebagai agen biokontroldapat bertindak dengan cara berikut: a) Menjajah yang tanah dan / atau
bagian tanaman, menempati ruang fisik dan menghindari perbanyakan patogen; b) memproduksi
dinding sel menurunkan enzim terhadap patogen; c) menghasilkan antibiotik yang dapat
membunuh patogen; d) mempromosikan pengembangan tanaman dan e) merangsang mekanisme
pertahanan tanaman. Formulasi antijamur berdasarkan strain Trichoderma membutuhkan protein,
seperti dalam kasus kimia fungisida, proses pendaftaran yang mahal untuk komersialisasi
mereka.