Anda di halaman 1dari 6

LAPORAN PRAKTIKUM KI-3261

METABOLISME DAN INFORMASI GENETIKA


Percobaan 2

Uji Aktivitas Suksinat Dehidrogenase

Oleh:
Nama

: Archie Alfitro S D

NIM

: 10511052

Kel

:1

Asisten

: Nelson Gasperz (20512021)

Tanggal praktikum

: Kamis, 20 Februari 2014

Tanggal pengumpulan

: Kamis, 27 Februari 2014

Program Studi Kimia


Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Institut Teknologi Bandung
2014

Percobaan 2
Uji Aktivitas Suksinat Dehidrogenase
I.

Tujuan Percobaan
Menentukan aktivitas enzim suksinat dehydrogenase dengan melihat pengaruh
terhadap perbedaan substrat dan suhu.

II.

Teori Dasar
Enzim merupakan molekul biokatalisis yang banyak memberikan manfaat dan banyak
digunakan pada reaksi yang terjadi pada makhluk hidup. Enzim sendiri dapat
diklasifikasikan kedalam beberapa kelompok, antara lain; Hidrolase, Isomerase,
Ligase atau Polimerase, Liase, Oxidoreductase, dan Transferase. Hidrolase merupakan
kelompok enzim yang berguna untuk menghidrolisis substrat dari suatu enzim, salah
contohnya adalah enzim lipase. Isomerase merupakan kelompok enzim yang
digunakan untuk menyusun kembali suatu senyawa kedalam bentuk isomernya.
Selanjutnya adalah enzim ligase atau polymerase yang secara keseluruhan kelompok
enzim ini berguna untuk menggabungkan 2 senyawa atau lebih. Kemudian enzim
ligase merupakan enzim untuk memecah suatu senyawa yang kompleks menjadi lebih
sederhana tanpa menggunakan air. Oxidoreduktase merupakan kelompok enzim yang
berguna untuk mengkatalisis reaksi yang merupakan reaksi redoks. Enzim terakhir
adalah transferase, merupakan kelompok enzim yang berguna untuk memindahkan
suatu gugus dari molekul ke molekul yang lain. Pada percobaan ini digunakan enzim
suksinat dehydrogenase yamg merupakan enzim yang digunakan sebagai katalis dari
reaksi enzim untuk mengkatalisis reaksi oksidasi reversible, asam suksinat menjadi
asam fumarat. Struktur yang dimiliki oleh enzim ini dapat dilihat sebagai berikut;
Dari
enzim

suksinat dehydrogenase memiliki koenzim FAD yang kan direduksi menjadi FADH 2.
Gugus pengikatan dari suksinat dibentuk oleh ikatan hidrogen yang terjadi dari residu

Thr254, His 354 dan Arg 399 yang terjadi saat FAD memberikan electron ke gugus
2Fe-2S. KM dari enzim ini adalah 10-3 sedangkan Vmax 100 nmol/min/mg protein.
Gugus pengikatan dari FAD pada enzim ini untuk diubah manjadi FADH 2 yaitu
terbentuk dari residu; His207 dari subunit SdhB, Ser27 dan Arg31 dari subunit SdhC,
terakhir Tyr83 dari subunit SdhD yang menstabilkan FAD, sementara residu Pro160,
Trp163, Trp164, dan Ile209 dari subunit SdhB serta Ser27 dan Ile28 dari subunit
SdhC membuat interaksi hidrofobik yang sesuai untuk menstabilkan gugus siklik.
Mekanisme reaksi yang terjadi saat menggunakan enzim ini sebagai berikut

Mekanisme diatas masih merupakan tahap awal dari dari oksidasi suksinat menjadi
fumarat melalui reaksi E-2.
III.

Alat dan Bahan


- Alat

Bahan

Gelas Kimia

Homogenat Hati Sapi

Tabung Thurnberg

Metilen Biru (MB)

Stopwatch

Buffer Posfat pH 7,0

Water bath 37oC

Na-Suksinat
Na-Malonat
Parafin
Vaselin

IV.

Skema Kerja
Disiapkan 3 tabung thurnberg, dan diberi label A, B dan C

Tabung A

Tabung B

0,5 mL MB
0,5 mL MB
0,5 mL Air
0,5 mL Na-suksinat
5mL Buffer pH 7,0 5mL Buffer pH 7,0

Tabung C
0,5 mL MB
0,5 mL Na- suksinat
5mL Buffer pH 7,0

Tabung A dan B diisikan homogenate dingin ke dalam stoppernya, sedangkan tabung


C diisikan dengan homogenate panas
Ditambah dengan 5 tetes parafin dan bagian dalam tutupnya dioles dengan vaselin
Ditutup, tanpa tercampurnya homogenate dengan larutan didalam tabung
Ketiga tabung divakumkan dengan pompa selama 3 menit dan di putar tutup 180o
Ketiga tabung diinkubasi di waterbath 37oC selama 3 menit
Dicampurkan isinya dan dihitung waktu reduksi MB dengan tetap diinkubasi
V.

Diulang dengan komposisi yang ditambahkan 0,5 mL Na-Malona,t dicatat waktunya


Data pengamatan
Larutan C + Na-Malonat
Larutan
B
Na-suksinat
Larutan awal
10
menit
25 menit

Larutan A+Na-Malonat
Larutan C, homogenate panas
Larutan B+Na-Malonat
52 menit
44 menit
35 menit
VI.
Pembahasan
Pada percobaan kali ini kita bertujuan untuk mengetahui aktivitas dari enzim suksinat
dehydrogenase dalam mengoksidasi suksinat menjadi fumarat. Dibuat dalam beberapa
keadaan yang berbeda, dengan tabung A yang tidak menggunakan Na-suksinat, kemudian B
dengan menggunakan suksinat, yang terakhir tabung C dengan homogenate hati sapi yang
sudah dipanaskan. Perbedaan ini ditinjau dari keberadaan dari Na-suksinat dan keberadaan

homogenate hati sapi tersebut. Na-suksinat sendiri merupakan substrat dari enzim suksinat
dehydrogenase. Enzim suksinat dehydrogenase ini didapatkan dari homogenate hati sapi,
hati sapi dipilih karena didalam hati terdapat banyak enzim yang digunakan oleh suatu
makhluk hidup untuk melakukan metabolismenya dengan benar. Maka dari dengan
menggunakan homogenate hati sapi, enzim yang akan dihasilkan lebih banyak. Tujuan dari
hati sapi ini harus homogen agar semua enzim yang dapat diekstrak dari hati sapi dapat
keluar dan merata. Selain itu digunakannya air yaitu untuk melarutkan senyawa-senyawa
yang akan dicampurkan. Metilen biru sebagai indikator dari telah terjadinya pengoksidasian
suksinat menjadi fumarat oleh enzim yang digunakan, yaitu enzim suksinat dehydrogenase.
Mekanismenya adalah mealui reaksi redoks sederhana saja, metilen biru akan tereduksi
menjadi berwarna putih, dan suksinat akan teroksidasi. Namun dilakukan teknik
menggunakan tabung thurnberg karena dapat menghindari kontak dari larutan yang sudah
kita campurkan dengan udara bebas terutama O2. Metilen biru sendiri dapat dengan mudah
kembali lagi menjadi warna biru karena teroksidasi oleh O 2. Untuk menghindari kontak
udara bebas dengan larutan dilakukan dengan beberapa cara, khususnya pada percobaaan
kali ini digunakan tiga cara yang berbeda, antara lain; menggunakan paraffin pada
permukaan atas larutan. Hal ini dapat mencegah kontak udara karena paraffin sendiri
memiliki massa jenis yang lebih ringan dari pada air sehingga akan terbagi menjadi 2 fasa
yang sangat tipis antara campuran larutan yang sudah dibuat dengan lapisan paraffin, dan
paraffin akan terletak diatas dan kontak langsung dengan udara bebas yang terperangkap
didala tabung thurnberg. Udara bebas yang terperangkap ini diisap dengan menggunakan
pompa vakum, atau respirator air, sehingga bebas dari udara bebas. Kemudian, yang
terakhir diolesi dengan vaselin, hal ini bukan hanya bertujuan untuk melicinkan tutup saat
dibuka, tetapi juga membuat sekat, atau rongga udara yang masih bisa dilewati menjadi
tertutup dan membuat tabung thurnberg ini kedap udara.
Hasil percobaan yang didapatkan adalah, untuk tabung A dikarenakan tidak terdapat
Na-Suksinat, yang merupakan substrat dari enzim suksinat dehydrogenase, mnyaaka enzim
tidak akan bekerja sama sekali, dan akibat tidak terjadi hal yang signifikan dengan tabung
A. Untuk tabung B terjadi aktivitas enzim yang baik selama 25 menit. Kemudian untuk
tabung C yang menggunakan suksinat saja, ternyata terjadi aktivitas enzim yang cukup baik
yaitu selama 44 menit. Padahal omogenat hati saoi yang digunakan sudah dipanaskan, dan
seharusnya tidak terjadi aktivitas enzim yang terlihat. Karena dengan menggunakan panas,
enzim-enzim yang terkandung didalam homogenat hati sudah terdenaturasi. Kemudian
untuk tabung B dan tabung C yang menggunakan Na-Malonat terlihat bahwa tidak terjadi

perubahan seperti saat digunakan Na-suksinat. Hal ini menunjukan bahwa Na- malonat
dapat menghambat kerja dari enzim suksinat dehydrogenase, dengan kata lain na-malonat
adalah inhibitor dari enzim ini. Jenis inhibisi yang dilakukan adalah inhibitor kompetitif,
karena tidak hanya membuat enzim bekerja secara lambat namun juga mengakbiatkan
enzim tidak bisa lagi mengkonversi substrat menjadi produk. Kemudian segala jenis
komposisi tabung ini diinkubasi dalam waterbath pada suhu 37 oC. Suhu ini digunakan
karena merupakan suhu optimum dari tubuh kita yang didalam terjadi proses metabolism
dari siklus asam sitrat yang juga menggunakan enzim suksinat dehydrogenase. Sehingga
diharapkan kerja enzim yang dilakukan diluar tubuh ini tetap optimal.
VII.

Kesimpulan

Enzim suksinat dehydrogenase memiliki aktivitas enzim yang baik dalam suhu 37 oC.
Enzim ini memiliki substrat suksinat dan memiliki inhibitor Malonat karena strukturnya
yang mirip. Kemudian dengan pemanasan yang dilakukan terlebih dahulu pada enzim
mengakibatkan enzim sebagian atau seluruhnya terdenaturasi.
VIII. Daftar pustaka
http://www.ruf.rice.edu/~bioslabs/studies/mitochondria/mitokrebs.html (diakses pada tanggal
26 februari 2014, pada pukul 16.56)
http://en.wikipedia.org/wiki/Succinate_dehydrogenase (diakses pada tanggal 26 februari
2014, pada pukul 17.12)
http://www.jbc.org/content/250/18/7114.full.pdf (diakses pada tanggal 26 februari 2014, pada
pukul 17.57)
http://proteopedia.org/wiki/index.php/Succinate_Dehydrogenase (diakses pada tanggal 26
februari 2014, pada pukul 22.43)
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/rules.html (diakses pada tanggal 26 februari
2014, pada pukul 23.17)