KATA PENGANTAR

Puji dan syukur kehadirat Allah SWT atas limpahan rahmat-Nya sehingga makalah
yang berjudul Protein ini dapat diselesaikan. Penulis mengucapkan terima kasih bagi
berbagai pihak yang juga ikut membantu dalam pembuatan makalah ini dan berbagai sumber
yang telah dipakai sebagai data dan fakta dalam makalah ini.
Penulis sangat menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan kelemahan dalam
penyusunan makalah ini. Tidak semua hal yang dapat penulis deskripsikan dengan sempurna
dalam makalah ini. Penulis melakukannya semaksimal mungkin dengan kemampuan yang
dimiliki, dimana penulis juga memiliki keterbatasan kemampauan.
Oleh karena itu, masukan dan saran dari berbagai pihak yang sifatnya membangun
sangat diharapkan untuk menyempurnakan makalah ini. Penulis akan menerima semua kritik
dan saran tersebut sebagai batu loncatan yang dapat memperbaiki makalah ini di masa yang
akan datang.

Palembang, 06 September 2016

Penulis

DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR................................................................................................... 2
BAB I....................................................................................................................... 4
PENDAHULUAN....................................................................................................... 4
Latar Belakang.................................................................................................... 4
BAB II...................................................................................................................... 5
PEMBAHASAN......................................................................................................... 5
Protein: Struktur Kovalen Dan Fungsi Biologi......................................................5
Protein Menunjukkan Berbagai Fungsi Biologi.....................................................5
Protein Dapat Juga Digolongkan Berdasarkan Bentuk.........................................8
Protein Menghasilkan Asam Amino dengan Proses Hidrolisis..............................8
Beberapa Protein Mengandung Gugus Kimia Lain Disamping Asam Amino........8
Protein Merupakan Molekul Berukuran Besar......................................................8
Protein Dapat Dipisahkan dan Dimurnikan..........................................................9
Deret Asam Amino Rantai Polipetida Dapat Ditentukan....................................10
Insulin Merupakan Protein Pertama Yang Ditentukan Deretnya.........................12
Banyak Protein Lain Telah Ditentukan Deretnya................................................13
Reaksi Imun Dapat Mendeteski di antara Protein Homolog...............................14
Protein Mengalami Perubahan Struktural Yang Disebut Denaturasi..................14
BAB III................................................................................................................... 16
PENUTUP.............................................................................................................. 16
Kesimpulan........................................................................................................ 16
Daftar Pustaka...................................................................................................... 17

BAB I
PENDAHULUAN

Latar Belakang
Istilah protein berasal dari kata Yunani Proteos, yang berarti yang utama atau yang
didahulukan. Kata ini diperkenalkan oleh seorang ahli kimia belanda, Gerardus Mulder (18021880), karena ia berpendapat bahwa protein adalah zat yang paling penting dalam setiap
organisme. Protein adalah senywa organik yang molekulnya sangat besar dan susunannya
sangat kompleks serta merupakan polimer dari alfa asam-asam amino. Jadi, sebenarnya
protein bukan merupakan zat tunggal, serta molekulnya sederhana, tetapi masih merupakan
asam amino. Oleh karena protein tersusun atas asam-asam amino, maka susunan kimia
mengandung unsur-unsur seperti terdapat pada asam-asam amino penyusunnya yaitu C, H,
O, N dan kadang-kadang mengandung unsur-unsur lain, seperti misalnya S, P, Fe, atau Mg.
Protein adalah bagian dari semua sel hidup dan merupakan bagian terbesar tubuh sesudah air.
Seperlima bagian tubuh adalah protein, separuhnya ada didalam otot, seperlima didalam
tulang dan tulang rawan, sepersepuluh didalam kulit, dan selebihnya didalam jaringan lain
dan cairan tubuh. Semua enzim, berbagai hormon, pengangkut zat-zat gizi dan darah, matriks
interseluler dan sebagainya protein. Disamping itu asam amino yang membentuk protein
bertindak sebagai prekursor sebagian besar koenzim, hormon, asam nukleat, dan molekul
molekul yang esensial untuk kehidupan.
Protein mempunyai fungsi khas yang tidak dapat digantikan oleh zat gizi lain, yaitu
membangun serta memelihara sel-sel dan jaringan tubuh. Protein adalah salah satu bio
makromolekul yang penting perananya dalam makhluk hidup. Fungsi dari protein itu sendiri
secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua kelompok besar, yaitu sebagai bahan struktural
dan sebagai mesin yang bekerja pada tingkat molekular.

BAB II
PEMBAHASAN

Protein: Struktur Kovalen Dan Fungsi Biologi

Protein, yang namanya berarti"pertama" atau "utama" merupakan makromolekul yang paling
berlimpah di dalam sel dan menyusun lebah dari setengah berat kering pada hampir semua
organisme. Pada bab sebelumnya, kita mempelajari asam amino, unit struktur protein, dan
peptida sederhana, yang terdiri dari beberapa asam amino yang digabungkan oleh ikatan
peptida. Sekarang kita akan mempelajari struktur protein yang terdiri dari poli peptida yang
mempunyai rantai yang amat panjang, tersusun atas banyak unit asam amino.
Protein adalah instrumen yang mengekspresikan informasi genetik. Seperti juga
terdapat ribuan gen di dalam inti sel, masing-masing mencirikan satu siifat nyata dari
organisme, di dalam sel terdapat ribuan jenis protein yang berbeda, masing-masing
membawa fungsi spesifik yang ditentukan oleh gen yang sesuai. Protein, karenanya, bukan
banya merupakan makromolekul yang paling berlimpah, tetapi juga amat bervariasi
fungsinya.
Sangat luar biasa pula bahwa semua protein di dalam semua mahluk, tanpa
memandang fungsi dan aktivitas biologinya, dibangun oleh susunan dasar yang sama, yaitu
20 asam amino baku, yang molekulnya sendiri tidak mempunyai aktivitas biologi. Lalu,
apakah yang memberikan suatu protein aktivitas enzimnya, protein lain aktivitas hormon, dan
yang lain lagi aktivitas antibody? Bagaimana kimiawi protein-protein ini berbeda? Secara
cukup sederhana, protein berbeda satu sama lain karena masing-masing mempunyai deret unit
asam amino sendiri-sendiri. Asam amino merupakan abjad struktur protein, karena molekulmolekul ini dapat disusun dalam jumlah deret yang hampir tidak terbatas, untuk membuat
berbagai protein dalam jumlah yang hampir tidak terbatas pula(Kotak 6-1).
Di dalam bab ini kita akan mempelajari struktur primer molekul protein, yang
dimaksud, adalah struktur ketangka kovalen dan deret residu asam amino. Kita juga akan
mengamati beberapa hubungan di antara deret asam amino dan fungsi biologinya.
Protein Menunjukkan Berbagai Fungsi Biologi
Pertama-tama, marilah kita mempelajari kisaran dan fungi protein, kareta merupakan tujuan
cakupan biologi deret asam penting bio masa kini untuk menemukan amino dari berjenis-jenis
protein memungkinkan molekul ini menjalankan berbagai fungsi. Kita dapat mengidentifikasi
beberapa golongan utama protein berdasarkan peranan biologi masing-masing(Tabel 6-1).
Kotak 6-1 Beberapa kemungkinan deret asam amino ?
Terdapat ribuan protein yang berbeda di dalam tiap spesies organisme, dan jumlah spesies
yang ada mungkin mencapai 10 juta. Dapatkah hanya 20 asam amino b nyusun sampai,
katakanlah 1011 atau lebih deret?

Matematika saja dapat menjawab pertanyaan ini, Pada dipeptida yang menga asam
amino yang berbeda, dapat terjadi dua isomer deret Pada tripeptada dengan tra jenis asam
amino A, C, terdapat enam kemungkinan susunan ABC, ACB, CAB, dan CBA. Penamaan
umum untuk menghitung jumlah kemungkinan deres diri susunan tersebut adalah(baca"er
fakiorial n adalah jumlah objek penyusun terra reptida dari 4 jenis asam amino, kita akan
memperoleh 4 3 2 l mungkinan deret. Bagi wana amino tida dan 20 jenis asam masingmasing str dapat satu kali. jumlah deret adalah 20 20 19 18 cukup mengagetkan. Tetapi ini
hanyalah suatu yang amat kecil, dengan 20 residu dan berat molekul kira kira 2600, liani
suatu protein dengan BM 34000 yang mengandung 12 jenis asam amino dalam jumlah yang
sama. terdapat io Jika kita leba jauh mengungrup bahwa protein ini dibuat dari 20 asam
amino yang terdapat dalam jumlah yang sama, jumlah kemungkinan deret menjadi jauh lebih
besar lagi. Jika terdapat hanya satu molekul bagi tiap kemungkinan isomer deret dari prooct
ini, berat totalnya akan jauh melebihi berat dunia kita.
Dua puluh asam amino dapat disusun dalam jumlah deret yang cukup untuk men
jelaskan tidak hanya adanya ribuan protein dalam tiap-tiap spesies hidup-organisme, tetapi
juga bagi semua spesies organisme yang pernah ada di masa lalu, atau yang mungkin ada
masa yang akan datang. Spesies organiume hidup dianggap hanya mewakili satu penetiba
semua spesies yang pernah ada di muka bumi. Logika molekuler dari asam amino dan protein
memun sifat yang selalu berkembang dati evolusi biologi.
Enzim
Protein yang paling bervariasi dan mempunyai susan tinggi adalah protein yang punyai
katalisa, yakni, entin. Hampir semua reaksi kimia biomolekul organik di dalam sel
dikatalisa oleh enzim. Lebih dari 2000 jenis enzim, masing-masing dapat mengkatalisa reaksi
kimia yang berbeda, telah ditemukan di dalam berbagai bentuk kehidupan.
Protein Transport
Protein transport di dalam plasma darah mengikat dan membawa molekul atau ion spesek
Protein dari satu organ ke organ lain. Hemoglobin pada sel darah merah mengikat oksigen
ketia darah melalui paru-paru, dan membawa oksigen ini ke jaringan periferi. Di sini oksigen
di lepaskan untuk melangsungkan oksidasi nutrien yang menghasilkan energi- Plasma darah
mengandung Apoerotein yang membawa lipid dari hati ke organ lain. Protein transport lait
terdapat di dalam membran sel dan menyesuaikan strukturnya untuk mengikat dan mem bawa
glukosa, asam amino, dan nutrien lain melalui membran menuju ke dalam sel
Protein Autrien dan Penyimpan
Biji berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrien yang dibutuhkan untuk pertumbuhan
embrio tanaman. Terutama, contoh yang telah dikenal adalah protein biji dari gandum,
ojagung, dan beras. Ovalbumin protein utama putih telur, dan kaseine protein utama
merupakan contoh lain dari protein nutrien. Ferritin jaringan hewan merupakan protein
penyimpan besi.

Protein Kontrakril atau Moril

Beberapa protein memberikan kemampuan kepada sel dan organisme untuk berkontraksi,
mengubah bentuk, atau bergerak. Akrn dan miesin adalah protein filamen yang berfungsi di
dalam sistem kontraktil otot kerangka dan juga di dalam banyak sel bukan otot(hala man 32).
Contoh lain adalah mubulin, protein pembentuk otubul merupa- kan komponen penting dan
flagela dan silia(halaman 33), yang dapat menggerakkan sel.
Protein Struktural
Banyak protein yang berperan sebagai filamen, kabel, atau lembaran dari urat dan
memberikan struktur biologi kekuatan atau proteksi. Komponen utama yang amat tulang
rawan adalah protein serabut kolagen, yang mempunyai daya tennggang yang amat
tinggi.Hampir semua komponen kulit adalah kolagen murni. Persendian menganduta suatu
protein struktural yang mampu meregang ke dua dimensi. Raribut,kuku, Bulu burung ayam
terdiri terutama dan protein tidak larut, yang liat, keatin. kompones utama dari serat utta dan
jaring labah-labah adalah protein fibroi.
Protein Pertahanan
Banyak protein mempertahankan organisme dalam melawan serangan oleh spesies lain atau
melindungi organisme tetsebut dari luka, tobulin atau antibodi pada vertebrata adalah protein
klausus yang dibuat oleh limposit yang dapat mengenali dan mengendapkan atau menetralkan
serangan bakteri, virus, atau protein asing dari spedes lain. Fibrinozen dan mmbar
merupakan protein penggumpal darah yang menjaga kehilangan darah jaka stem pembuluh
terluka ular, tokun bakteri, dan protein tumbuhan beracun, seperti Juga tampaknya berfungsi
di dalam pertahanan tubuh.
Protein Pengatur
Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau fidologi. Di antara jenis terdapat
sejumlah hormon, seperti insulin, yang mengatur metabolisme gula, dan kekurang- annya,
menyebabkan penyakit diabetes, hormon pertumbuhan dari pituitary dan hormon Baratiroid
yang mengatur transport Cai dan fosfat. Protein Pengatur lain, yang disebut represor
mengatur biosintesa enzim oleh sel bakteri.
Protein Lain
Terdapat banyak protein lain yang fungsinya agak eksotik dan tidak mudah diklasifikasi. kan.
Monelin, suatu protein tanaman dari Afrika mempunyai rasa yang amat manis Protein ini
sedang dipelajari sebagai pemanis makanan yang tidak menggemukkan dan tidak be. racun,
untuk manusia. Plasma darah beberapa ikan Antartika mengandung protein anti bea yang
melindungi darah ikan dari pembekuan. Persendian ayap beberapa insekta dibuat dari protein
retilin, yang bersifat hampir sempurna clastus, Merupakan hal yang luar biasa bahwa semua
protein ini, dengan sifat dan fungsi yang amat berbeda, terbuat dari 20 asam amino yang
sama.

Protein Dapat Juga Digolongkan Berdasarkan Bentuk

Protein dapat juga dibagi menjadi dua golongan utama berdasarkan bentuk dan sifat fisik
tertentu protein globular dan protein serabut(Gambar 6-1). Pada protein globular ramai atau
rantai rantai polipeptida berlipat rapat-rapat menjadi bentuk globular ata v berdifusi: hampi
semua mempunyai fungsi gerak atau dinamik. Hampir semua enzim me. liegtta rupakan
protein globular, seperti protein transport pada antibodi, protein pe nyimpan nutrien. bersifat
tidak larut dalam merupakan molekul serabut panjang, di air, menjadi dengan rantai polip
yang memanjang pada satu sumbu, dan tidak struktural atau bentuk globular. Hampir semua
protein serabut memberikan peranan wol broin dari pelindung Protein sersbut yang khas
adalah a kererin pada rambut dan sutera dan k dari urat. Kita dapat juga mengikutsertakan di
dalam golongan ini protein filamen yang berparti. sipasi dalam proses kontraktil pada sel otot
dan sel bukan otot, seperti aktin dan miosin seperti juga protofilamen yang membangun
mikrotubul.
Protein Menghasilkan Asam Amino dengan Proses Hidrolisis
Banyak protein yang telah diisolasi dalam bentuk kristal murni. Kristal trpsin murni, suatu
enzim cerna yang disekresikan ke dalam usus, dan sirokhrom c suatu protein pembawa
elektron pada mit diperlihatkan pada Gambar 62 juga pada suatu sederhana(alaman 126),
hidrolisis protein dengan asam atau basa menghasilkan campuran asam amino bebas, unit
pembangunnya.
Beberapa Protein Mengandung Gugus Kimia Lain Disamping
Asam Amino
Banyak protein, seperti enzim ribonuklease dan khimotripsinogen nya mengandung asam
amino, dan tidak gugus kimia lain; senyawa ini disebut protein sederhana. Akan tetapi,
protein lain menghasilkan komponen kimia lain di samping asam amino setelah hidrolisis
senyawa senyawa ini disebut protein Roma end Bagian yang bukan asam amino dari jenis
protein ini disebut prostettt Protein konyugasi digolongkan berdasarkan sifat kimia gugus
prostetiknya Tabel 6.3).
Lipoprotein mengandung lipida,Alkoprotein mengandung
gula(bahasa Yunani slykas, "manis dan metaloprotein mengandung satu atau lebih metal
spesifik , seperti besi, atau seng.
Protein Merupakan Molekul Berukuran Besar
Berapakah panjang rantai polipeptida pada protein Tabel 62 memperlihatkan bahwa stokhtom
c manusia mempunyai 104 unit asam amino yang terangkai dalam rantai tung al,
khimotripsinogen sapi mempuny ai 245 unit asam amino Polipeptida berbagai protein

mungkin mempunyai kira kira 100 sampai sebanyak 1800 atau lebi residu asam amino.
Protein bukan hanya merupakan canpuran sejumlah polipeptida dengan panjang komposi atau
deret yang berbeda-beda semua molekul dan setiap enu protein tertenmu mempun komposisi,
dan deret esam amino, rantai Beberapa protein banya mengandung tantai tunggal polipeptida,
tetapi yang lain. yang disebut protein olgomer mempunyai dua atau lebih Tabel 6-4). Sebagai
contoh, enzim ribonuklease mempunyai satu rantai polipeptida, sedangkan hemoglobin
mempunyai empat. Berat molekul protein yang dapat ditentukan dengan berbagai metoda
fisikokimia mungkin berkisar dari kira-kira 12000 bagi protein kecil seperti stokhrom c, yang
hanya mempunyai 104 residu, sampai berat molekul setinggi 10 atau lebh pada protein
dengan tantai polipeptida yang panjang, atau protein yang mempunyai beberapa rantai
polipeptida.
Protein Dapat Dipisahkan dan Dimurnikan
Sel mengandung ratusan, jika tidak ribuan berbagai jenis protein. Jelaslah penting seke
memperoleh preparat murni protein tertentu iebelum kita dapat menentukan k dan deret asam
amino. Bagaimana, lalu, suatu protein tertentu misalnya enzim, dapat d. pisahkan dari
ratusan jenis protein lain di dalam sel atau ekstrak jaringan tertentu, murnikan? Pertamatama, protein dapat dipisahkan dari senyawa dengan berat molekul tendal yang ada di dalam
ekstrak sel atau jaringan dengan proves dialiur(Gambar 6-3). Moltiu besar seperti protein
ditahan di dalam kantong terbuat dari venyawa berpori amat hulu, seperti selopan. Jadi,
kantong yang mengandung ekstrak wel atau jaringan dimasaiat ke dalam air, molekul kecu di
dalam ekstrak jaringan, seperti garam, akan melalui por pori tetapi protein dengan berat
molekul tingp akan tertahan di dalam kantong.
Setelah campuran protein dibebaskan dari molekul kecil oleh dialiss, dapat dipisahkan
berdasarkan ukuran oleh filtrusi gel Pada prosedur, yang merupakan suatu bentuk
klhromatograf, larutan yang mengandung campuran protein dialirkan ke dalam kolom yang
mengandung butiran berpoti yang amat kecil, terbuat dari polimer bethidrat tinggi. Molekul
protein yang lebih kecil dapat menembus ke dalam pori-pori butiran, dan karenanya, tertahan
selama aliran ke bawah kolom(Gambar 6-4), tetapi molekul protein besar tidak dapat
menembus ke dalam butiran dan melewati kolom dengan lebih cepat. Protein berukuran
menengah akan mengalir ke bawah pada kecepatan antara, tergantung kepada tingkat
kemampuan menembus butiran. Kolom filtrasi gel seperti ini juga dinama- kan wringan
molekuler.
Protein dapat juga dipisahkan uatu dari yang lain elektro oredr(halaman dan berdasarkan
tanda dan jumlah muatan listrik pada gugus R dan terminal amino terminal karboksil yang
bermuatan. Seperti peptida sederhana, rantai polipeptida protein mempunyai tinik isoelektrik
yang khas, yang akan mencerminkan jumlah relatif gugus R asam dan bada(Tabel 6-5) Pada
setiap pH tertentu, suatu campuran protein akan mengan- dung beberapa gugus yang
bermuatan total negatif, beberapa yang bermuatan total positif. dan beberapa yang tidak
bermuatan. Jika campuran ini ditempatkan di dalam medan listrik, protein bermuatan positif
akan bergerak menuju elektroda bermuatan negatif, dan protein bermuatan total negatif akan
bergerak menuju elektroda positif. serta protein yang tidak bermuatan akan tinggal diam.
Lebih jauh lagi.molekul protein dengan densitas muat- an yang relatif tinggi akan bergerak

menuju elektroda secara lebih cepat dibandingkan dengan protein dengan densitas muatan
yang relatif rendah. Seringkali, elektroforesis dilangsungkan pada matriks terdiri dari
sepotong kertas atau selulosa asetat atau selapis ter. untuk menjaga molekul protein yang
telah terpisah supaya tidak berdifusi lalu cepat ke dalam fase cair.
Masih ada lagi metoda ampuh untuk memisahkan protein satu dari yang dan tanda
perakaran ion, didasarkan sebagian besar atas perbedaan densitas muatan listrik protein pada
PH tertentu. J khromatografi pertukaran ion dapat diper- gunakan untuk memisahkan asam
amino(alaman 1230. peptida(halaman 128) atua Untuk memisahkan suatu protein spesifik
dari yang lain, dibutuhkan cara pengukuran- pengukuran tersendiri, sehingga laju tahap
pemurnian dapat diuji. Jika kita memurnka: suatu enzim, sebagai contoh, kita dapat
mengukur aktivitas katalitik erzim yang akan membedakan protein tersebut dari yang lain.
Deret Asam Amino Rantai Polipetida Dapat Ditentukan
Dua penemuan utama pada tahun 1953 telah membawa era biokimia ,odern. Pada tahun itu
James D. Watson dan Francis Crick di Univesitas Cambridge di Inggris menyimpulkan
struktur sulur-ganda DNA dan mengemukakan teori dasar structural bagi replica DNA secara
teapt. Secara implisit, proposal mereka mereka mengandung arti bahwa deret unit nukleotida
DNA berisi informasi genetic terisyarat. Pada tahun yang sama, Frederick Sanger yang
bekerja pada universitas yang sama menghasilkan penemuan deret asam amino pada rantai
polipeptida hormone insulin. Hal ini bukan lah suatu penemuan yang penting, karena telah
lama dipikirkan bahwa penggambaran dari polipeptida akan merupakan kerja yang amat
berat. Penemuan Sanger, yang terjadi bersama-sama, dengan dikemukakannya teori Watson
dan Crick, juga berimplikasi bahwa deret nukleotida DNA dan deret asam amino protein
berhubungan satu dengan yang lainnya. Pemikiran ini, dalam waktu 10 tahun menyebabkan
identifikasi kata isyarat nukleotida DNA dan RNA yang menentukan deret asam amino
molekul protein.
Sama pada penemuan Singer yang membutuhkan kerja selama beberapa tahun, para
cendikiawan tidak merasa pasti bahwa semua molekul setiap protein tertentu bersifat persis
dalam berat molekul dan komposisi asam aminonya. Sekarang, deret asam amino dari ratusan
berbagai jenis protein dari banyak spesies telah diketahui. Deret asam amino rantai polipetida
ditentukan oleh prinsip-prinsip yang pertama-tama dikembangkan oleh Sanger. Prinsip ini
masih digunakan sekarang, walaupun dengan berbagai variasi dan banyak perbaikan rinci.
Terdapat enam tahap dasar dlam memecahkan deret asam amino setiap polipetida.
Tahap 1 : Penentuan Komposisi Asam Amino
Tahap pertama adalah hidrolisa semua ikatan peptide dari polipetida murni. Campuran asam
amino yang terbentuk dianalisa dengan kromatografi pertukaran ion untuk menentukan asam
amino mana yang ada dan jumlah relative masing-masing.
Tahap 2: Identifikasi Residu Terminal Amino dan Karboksil
Tahap selanjutnya adalah identifikasi residu asam amino pada ujung rantai polipeptida yang
mengandung gugus -amino bebas, yaitu ujung terminal amino. Untuk tujuan ini, Sanger
mengembangkan pereaksi 1-flouro-2,4-dinitrobenzena, yang dapat melabel (merincikan)

residu terminal amino dari rantai polipeptida sebagai turunan 2,4-dinitrofenil (DNP) berwarna
kuning. Jika turunan DNP polipeptida ini dihidrolisis oleh asam, semua ikatan peptide pada
rantai akan terhidrolisa. Akan tetapi, ikatan kovalen di antara gugus 2,4-dinitrofenil dan gugus
-amino residu terminal amino bersifat tahan terhadap perlakuan ini. Oleh Karen itu, residu
terminal amino akan tertinggal pada hidrolisa sebagai turunan 2,4-dinitrofenil. Turunan ini
dapat dengan mudah dipusahkan dari asam amino bebas yang tidak tersubstitusi, dan
teridentifikasi oleh perbandingan khromatografi dengan turunan dinitrofenil berbagai asam
amino pembanding.
Pereaksi lain yang digunakan untuk mencirikan residu terminal amino adalah dansil khlorida
yang bereaksi dengan gugus -amino bebas untuk menghasilkan turunan dansil. Senyawa ini
berflouresens tinggi, dan karenanya, dapat dideteksi dan diukur pada konsentrasi yang jauh
lebih rendah dari turunan dinitrifenil.
Residu asam amino terminal karboksil dari polipeptida dapat juga diindentifikasi. Dalam
prosedur tertentu, polipeptida diinkubasi dengan enzim karboksipeptidaseyang menghidrolisa
hanya ikatan peptide pada ujung terminal-karboksil rantai tersebut. Dengan menentukan asam
amino mana yang pertama-tama dilepaskan oleh kerja karboksipeptidase pasa polipetida,
residu terminal karboksil dapat identifikasi.
Dengan teridentifikasinya residu terminal amino dan karboksil polipeptida, kita telah
menentukan dua titik acuan penting dalam deret asam aminonya.
Tahap 3 : Pemotongan Rantai Polpeptida
Contoh lain polipeptida utuh sekarang dipotong menjasi potongan yang lebih kecil, yaitu
peptide pendek dengan rata-rata residu asam amino 10 sampai 15. Tujuan perlakuan inia
adalah untuk memisahkan fragmen-fragmen ini dan menentukan deret asam amino masingmasing.
Beberpa metoda dapat dipergunakan untuk memotong rantai polipetida. Prosedur yang umum
adalah hidrolisis enzimatik polipeptida oleh enzim pencerna tripsin. Enzim ini sangat spesifik
dalam aksi katalistiknya. Enzim hanya mengkatalisa hidrolisis ikatan peptide dengan gugus
karboksil yang ada residu lisin atau arginine, tanpa memandang panjang atau deret asam
amino pada rantai polipetida. Jumlah peptide berukuran lebih kecil dihasilkan oleh
pemotongan tripsin, karenanya, dapat diduga dari jumlah total residu lisin atau arginine
didalam polipeptida asal. Suatu polipeptida dengan 5 lisin dan/atau arginine biasanya akan
menghasilkan enam peptide yang lebih kecil pada pemotongan dengan tripsin. Lebih jauh
lagi, semua kecuali satu diantaranya akan mengandung residu lisin atau arginine pada posisi
terminal-karboksil. Fragmen yang dihasilkan oleh aksi tripsin lalu dipisahkan satu dari yang
lain dengan Khromatografi pertukaran ion pada kolom tertentu, oleh elektroforesis kertas,
atau oleh khromatografi; ini, serngkali dikerjakan dalam dua dimensi, untuk menghasilkan
suatu map peptide.
Tahap 4 : Identifikasi Deret Fragmen Peptida
Deret asam amino tiap-tiap fragmen peptide yang dihasilkan dari tiap tahap 3 lalu
diidentifikasi. Suatu metoda kimia yang disusun oleh Pehr Edman biasanya dipergunakan

untuk tujuan ini. Prosedur degradasi edman mencirikan dan mengeluarkan hanya residu
terminal amino dari peptide dan membiarkan semua ikatan peptide yang lain tertinggal utuh.
Setelah pengeluaran dan identifikasi residu terminal amino dengan metoda ini, residu terminal
amino yang baru terbentuk ini sekarang dapat dilabel (dicirikan) dan dipisahkan dengan
mengulang rangkaian reaksi yang sama. Dengan cara residu ke residu, degradasi edman dapat
menghasilkan semua deret asam amino dari suatu peptide.
Tahap 5 : Pemotongan Rantai Polipeptida Semula dengan Prosedur Kedua
Untuk menetapkan susunan fragmen peptide yang dibentuk oleh tripsin, contoh lain dari
polipeptida utuh dipotong menjadi fragmen kecil-kecil dengan metoda yang berbeda dengan
titik potong oleh tripsin. Disini, seringkali bermanfaat untuk memergunakan metoda kimia,
dan bukannya metoda enzimatik. Pereaksi sianogen bromide terutama berguna, karena
senyawa ini hanya memotong ikatan peptide dengan gugus karbonil pada residu metionin.
Jadi pada polipeptida yang mengandung delapan residu metionin, pemotongan dengan
sianogen bromide biasanya akan menghasilkan Sembilan fragmen peptide. Fragmen yang
dihasilkan oleh prosedur ini sekarang dipisahkan satu dengan yang lain oleh elektroforesis
atau khromatohgrafi. Masing-masing peptide kecil sejaran dapat memasuki degradasi edman
secara berulang.
Tahap 6 : Menyusun Fragmen Peptida dengan penetapan Bagian yang saling Tumpang
Tindih
Deret asam amino pada tiap fragmen yang diperoleh dari polipeptida awal dengan kedua
prosedur pemotongan sekarang dianalisa, dengan tujuan menemukan peptide dari prosedur
kedua yang deretnnya menunjukkan sambungan atau bagian yang saling tumpang tindih
dengan fragmen yang diperoleh dengan prosedur pemotongan yang pertama. Peptide yang
saling tumpang tindih yang diperoleh dari pemotongan kedua menghasilkan urutan yang
benar dari fragmen peptide yang dihasilkan pada pemotongan kedua. Lebih jauh lagi, kedua
susunan fargmen saling menguji kemungkinan kesalahan dalam menentukan deret asam
amino masing-masing fragmen.
Kadang- kadang, prosedur kedua tidak dapat menetapkan dua atau lebih peptide yang saling
tumpang tindih dengan peptide dari pemotngan pertama. Dalam hal ini, metoda pemotongan
ketiga atau keempat harus dilakukan untuk memperoleh seperangkat peptide yang dapat
memberikan bagian saling tindih yang dapat menyempurnakan deret. Pemotongan polipeptida
dengan enzin=m proteolitik lain, seperti khimotripsin atau pepsin dapat dipergunakan,
walaupun enzim-enzim ini bersifat kurang spesifik kerjanya terhadap ikatan peptide
dibandingkan dengan tripsin.
Insulin Merupakan Protein Pertama Yang Ditentukan Deretnya
Insulin sapi mempunyai berat molekul kira-kira 5700. Molekul ini mempunyai dua rantai
polipeptida, rantai A dengan 21 dan rantai B dengan 30 residu asam amino. Kedua rantai
disambung oleh dua jembatan disulfida (-S-S-), dan salah satu rantai mempunyai ikatan
disulfida internal. Kedua rantai polipeptida pertama-tama dipisahkan dengan pemotongan
jembatan disulfida. Untuk tujuan ini, Sanger mempergunakan pengoksidasi asam performat,
yang memotong tiap residu asam sistat, satu pada masing-masing rantai. Rantai ini kemudian

dipisahkan, dan deret masing-masing ditentukan. Pengamatan deret asam amino kedua rantai
tidak memperlihatkan pola yang nyata atau suatu pengulangan adanya asam amino tertentu;
tambahan pula, deret kedua rantai cukup berbeda.
Penentuan deret asam amnio rantai insulin yang berhasil baik ini telah mendorong penelitian
intensif mengenai hubungan di antara struktur insulin yang diisolasi dari berbagai spesies, dan
aktivitas biologinya dalam menjalankan metabolisme gula. Kedua rantai A dan B insulin
diperlukan aktivitas biologi; lebih jauh lagi, jembatan disulfida harus utuh. Penggantian
sebagian atau kedua rantai oleh pemotongan selektif menyebabkan hilangnnya beberapa atau
semua aktivitas molekul. Walaupun insulin yang diisolasi dari pancreas beberapa spesies,
sebagai contoh, sapi, babi, kambing dan ikan paus merupakan hormone aktif di dalam
manusia, dan dapat dipergunakan dalam pengobatan pasien penyakit diabetes, senyawa ini
identic dengan insulin manusia. Yang terutama nyata adalah bahwa pada posisi tertentu pada
masing-masing insulin, asam amino yang ditentukan selalu sama, walaupun spesies sumber
insulin berbeda. Akan tetapi, pada posisi lain, asam amino mungkin berbeda dari satu spesies
ke spesies lain. Pengamatan ini secara kuat menunjukkan bahwa aktivitas bilogi insulin
tergantung kepada deret asam amino pada rantai polipeptidanya, disamping ikatan antar rantai
pada titik-titik tertentu.
Banyak Protein Lain Telah Ditentukan Deretnya
Segera setelah keberhasilan Sanger, peneliti lain menjadi lebih bersemangat dalam
menentukan deret asam amino, bahkan dari polipeptida yang rantainya lebih panjang. Dalam
waktu singkat, deret asam amino pada kortikotroptin, hormone dari kelenjar pituitary bagian
anterior yang merangsang korteks adrenal ditemukan. Hormone ini mempunyai rantau tunggal
dengan 39 residu, dan berat molekul kira-kira 4600. Pada akhir tahun 1950. Analisa deret
pertama dari proein enzim ribonuklease berhasil dicapai oleh Stanford Moore peneliti di
Institut Rockefeller, dan oleh Christian Anfinsien dari sekelompok peneliti di Institut
Kesehatan Nasional. Ribonuklease sapi mempunyai 124 residu asam amino di dalam rantai
tunggal yang mengandung empat jembatan S-S- antar rantai.
Landasan penting yang ditemukan kemudian adaah identifikasi deret asam amino dua jenis
rantai polipeptida Kristal haemoglobin. Ini adalah analisis deret pertama suatu protein
oligomer. Haemoglobin mengandung empat rantai polipeptida, yang disebut globin, dua globin yang identic (141 residu) dan 2 -globin identic 9146 residu). Rantai-rantai ini tidak
terikat kovalen satu dengan yang lainnya didalam molekul haemoglobin, tetapi bergabung
secara kuat melalui ikatan hidrigen dan interaksi hidrofobik. Molekul dan globin
dipisahkan, dan penentuan deret masing-masing dilakukan oleh dua kelompok peneliti di
Amerika dan kelompok lain di Jerman. Di antara rantai polipeptida yang lebih panjang, yang
deret asam aminonya telah diketahui adalah trisinogen sapi (229 residu), khimotripsinogen
sapi (245 residu), gliseraldehida 3-fosfat dehydrogenase (333 residu) dan rantai tunggal
albumin serum manusia (582 residu).
Protein Homolog dari Berbagai Spesies Mengandung Deret Homolog
Beberapa kesimpulan penting dihasilkan dari penelitian deret asam amino protein homolog
dari berbagai spesies. Protein homolog adalah protein yang menjalankan fungsi yang sama

pada berbagai spesies; contohnya haemoglobin yang berfungsi melangsungkan transport

oksigen pada berbagai jenis vertebrata. Protein homolog dari berbagai spesies biasanya
mempunyai rantai polipeptida yang identic atau hampir identic panjangnya. Lagi pula,banyak
posisi dalam deret asam amino dari protein homolog yang ditempati oleh asam amino yang
sama pada semua spesies, dan karenanya disebut residu tetap (tak berubah). Tetapi pada posisi
lain, asam amino pada protein homolog seperti itu disebut homolgi deret; hal ini menunjukkan
bahwa hewan yang mengandung protein homolog tersebut mungkin mempunyai asal usul
evolusi yang sama.
Reaksi Imun Dapat Mendeteski di antara Protein Homolog
Bahwa protein homolog dari berbagai jenis spesies biasanya bersifat tidak identic, juga
disimpulkan dari penelitian mengenai golongan protein yang disebut antibody atau
immunoglobulin. Molekul antibody muncul di dalam serum darah dan jaringan tertentu
spesies vertebrata tertentu sebagai reaksi terhadap injeksi suatu antigen, protein atau
makromolekul asing lain kepada spesies tersebut. Tiap protein asing menimbulkan
pembentukan antibody yang berbeda. Reaksi tubuh ini, yang bersifat sangat spesifik terhadap
protein yang diinjeksikan, disebut reaksi imunitas, dan hal ini merupakan dasar semua bidang
ilmu imunologi. Molekul antibody yang dibentuk oleh sel khusus yang dinamakan limfosit
dapat berbagung dengan antigen yang menimbulkan pembentukkannya, untuk membuat suatu
antiegn-antibodi kompleks. Imunitas terhadap penyakit infeksi seringkali dapat terjadi,
dengan menginjeksikan sejumlah kecil komponen makromolekul tertentu yakni, antigen dari
mikroorganisme atau virus penyebab penyakit. Antibody terhadap antigen asing ini kebetulan
dapat mencapai darah atau limfa hewan yang diimunisasi setelah beberapa waktu kemudian,
antibody yang dibentuk oleh hewan menetralkan atau meninaktifkan mikroorganisme atau
virus penyerang dengan cara bergabung dengan komponen antigenic. Reaksi imun diberikan
hanya oleh vertebrata, dan karenanya, merupakan hasil evolusi biologi ynag terjadi kemudian
(akhir).
Antibodi merupakan molekul protein berbentuk-Y yang mengandung empat rantai
polipeptida. Molekul ini mempunyai sisi pengikat yang bersifat komlementer terhadap bentuk
struktur spesifik molekul antigen. Molekul antibody mempunyai dua sisi pengikat, yang
membuatnya mampu membentuk kisi-kisi tiga dimensi molekul antibody dan antigen secara
berganti-ganti.
Protein Mengalami Perubahan Struktural Yang Disebut Denaturasi
Jika suatu larutan protein seperti albumin terlur secara perlahan-lahan dipanaskan sampai
kira-kira 60-700C , larutan tersebut lambat laun akan menjadi keruh membentuk koagulasi
berbentuk seperti tail. Proses ini dikenal, karena terjadi pada waktu anda merebus telur. Putih
telur yang mengandung albumin terkoagulasi menjadi padatan putih denga pemanasan.
Setelah putih telur terkoagulasi oleh panas dengan cara ini, produk yang terjadi tidak akan
melarut lagi dengan pendinginan dan tidak dapat membentuk larutan jernih seperti putih telur
sebelum pemanasan. Pemanasan albumin putih telur, telah mengubah sifat-sifatnya secara
ukuran atau fungsin biologisnya, walaupun suhu yang tepat bagi fenomena ini mungkin
bervariasi. Perubahan suatu protein yang ditimbulkan oleh panas dikenal sebagai denaturasi.

Protein dalam keadaan alamiahnya disebut protein asli (natif); setelah perubahan menjadi
protein terdenaturasi.
Terdapat akibat dua yang penting dari denaturasi protein : protein yang bersangkutan hampir
selalu kehilangan aktivitas biologis khususnya. Jadi, jika suatu larutan enzim dipanaskan
sampai titik didih selama beberapa menit dan didinginkan, molekul ini biasanya akan menjadi
tidak larut, dan yang paling penting protein enzim tidak lagi akan aktif mengkatalisa.
Denaturasi protein dapat diakibatkan bukan hanya oleh panas, tetpai juga oleh Ph ekstrim;
oleh beberapa pelarut organic seperti alcohol dan aseton; oleh zat terlarut tertentu seperti urea;
oleh detergen; atau hanya dengan pengguncangan intensif larutan protein dan bersinggungan
dengan udara sehingga terbentuk busa. Masing-masing pereaksi yang menyebabkan
denaturasi ini merupakan perlakuan yang relative lunak. Nyatanya, uji langsung
memperlihatkan jika protein mengalami denaturasi, tidak ada ikatan kovalen pada kerangka
rantai polipeptida yang rusak. Jadi, deret asam amino khas protein tersebut tetap utuh setelah
denaturasi; namun demikian, aktivitas biologi hampir semua protein ini menjadi rusak. Kita
harus menyimpulkan bahwa aktivitas biologi protein tergantung pada sesuatu yang lebih dari
hanya deret asam amino.
Protein mempunyai struktur lebih tinggi, diatas dan lebih jauh dari struktur kerangka
primernya. Secara singkat, rantai polipeptida yang berikatan kovalen pada protein asli (natif)
melipat dalam tiga dimensi dengan suatu pola yang khas bagi tiap jenis protein. Pola spesifik
bagi rantai untuk melipat memberikan tiap-tiap protein aktivitas biologi khasnya. Jika suatu
protein terdenaturasi, susunan tiga dimensi khas dari rantai polipeptida terganggu dan molekul
ini terbuka menjadi struktur acak, tanpa adanya kerusakan pada struktur kerangka kovalen.
Molekul protein asli karenanya, bersifat amat rapuh dan segera rusak oleh panas dan
perlakuan lain yang nampaknya lunak. Jika kita mencoba untuk mengisosiasi dan
memurnikan protein dan mempelajari tingkah laku biologinya, kita harus memperlakukan
protein tersebut dengan hati-hati untuk menghindarkan proses denaturasi.

BAB III
PENUTUP

Kesimpulan
1. Protein merupakan makromolekul yang paling berlimpah didalam sel, menyusun lebih
dari setengah berat kering
2. Peranan biologi protein : enzim, protein transpor, protei nutrien, protein kontraktil,
protein struktural, protein pertahanan protein pengatur, protein lain.
3. Protein berdasarkan bentuk dibagi dua golongan : protein globular dan protein serabut
4. Pemisahan dan pemurnian protein yaitu : dialisis, filtrasi gel, elektroforesis,
kromatografi penukaran ion.
5. Tahap dasar pemecahan asam amino yaitu : Penentuan Komposisi Asam Amin,
Identifikasi Residu Terminal Amino dan Karboksi, Pemotongan Rantai Polpeptid,
Identifikasi Deret Fragmen Peptida, Pemotongan Rantai Polipeptida Semula dengan
Prosedur Kedua, Menyusun Fragmen Peptida dengan penetapan Bagian yang saling
Tumpang Tindih

Daftar Pustaka

Aditia. 2013. Makromolekul Protein. (online)

http://www.academia.edu/16149124/MAKALAH_PROTEIN/ (diakses tanggal 06 september 2016)
Lehninger. 1982. Dasar Dasar Biokimia. Jakarta: Erlangga