Reference Manual
(Covers Amber14 and AmberTools15)
Amber 2015
Reference Manual
(Covers Amber14 and AmberTools15)
Principal contributors to the current codes:
David A. Case (Rutgers)
Ross C. Walker (SDSC, UCSD)
Thomas E. Cheatham III (Utah)
Carlos Simmerling (Stony Brook)
Adrian Roitberg (Florida)
Kenneth M. Merz (Michigan State)
Tom Darden (OpenEye)
Junmei Wang (UT Southwestern Medical Center)
Robert E. Duke (NIEHS and UNC-Chapel Hill)
Ray Luo (UC Irvine)
Daniel R. Roe (Utah)
Scott LeGrand (Amazon)
Jason Swails (Rutgers)
David Cerutti (Schrdinger)
Joe Kaus (UCSD)
Robin Betz (UCSD)
Perri Needham (UCSD)
Ben Madej (UCSD))
Romain M. Wolf (Novartis)
Hai Nguyen (Stony Brook, Rutgers)
Acknowledgments
Research support from DARPA, NIH, ONR, DOE and NSF is gratefully acknowledged, along with support
from NVIDIA, Amazon and Exxact. Many people helped add features to various codes; these contributions are
described in the documentation for the individual programs; see also http://ambermd.org/contributors.html.
Recommended Citation:
When citing Amber 2015 (comprised of AmberTools15 and Amber14) in the literature, the following citation
should be used:
D.A. Case, J.T. Berryman, R.M. Betz, D.S. Cerutti, T.E. Cheatham, III, T.A. Darden, R.E. Duke, T.J. Giese,
H. Gohlke, A.W. Goetz, N. Homeyer, S. Izadi, P. Janowski, J. Kaus, A. Kovalenko, T.S. Lee, S. LeGrand,
P. Li, T. Luchko, R. Luo, B. Madej, K.M. Merz, G. Monard, P. Needham, H. Nguyen, H.T. Nguyen, I.
Omelyan, A. Onufriev, D.R. Roe, A. Roitberg, R. Salomon-Ferrer, C.L. Simmerling, W. Smith, J. Swails,
R.C. Walker, J. Wang, R.M. Wolf, X. Wu, D.M. York and P.A. Kollman (2015), AMBER 2015, University
of California, San Francisco.
Peter Kollman died unexpectedly in May, 2001. We dedicate Amber to his memory.
Notes
We thank Chris Bayly and Merck-Frosst, Canada for permission to include charge increments for the AM1BCC charge scheme.
Some of the force field routines were adapted from similar routines in the MOIL program package: R. Elber,
A. Roitberg, C. Simmerling, R. Goldstein, H. Li, G. Verkhivker, C. Keasar, J. Zhang and A. Ulitsky, "MOIL:
A program for simulations of macromolecules" Comp. Phys. Commun. 91, 159-189 (1995).
Cover illustration: The cover illustrates potential de-amidation sites in triose phosphate isomerase, studied via
MD and QM/MM free energy calculations. See I. Ugur, A. Marion, V. Aviyente, G. Monard, "Why Does Asn71
Deamidate Faster Than Asn15 in the Enzyme Triosephosphate Isomerase? Answers from Microsecond Molecular Dynamics Simulation and QM/MM Free Energy Calculations", Biochemistry 54, 1429-1439 (2015). Figure
prepared by Ilke Ugur and Antoine Marion.
Contents
Contents
I.
13
1. Introduction
15
23
II.
31
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49
54
59
61
64
66
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Usage and keywords . . . . . . . . . . . . . . . . .
Example inputs and demonstrations of functionalities
Visualization functions in pbsa . . . . . . . . . . . .
pbsa in sander and NAB . . . . . . . . . . . . . . .
26
28
29
6.1.
6.2.
6.3.
6.4.
6.5.
15
18
66
66
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73
81
84
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CONTENTS
7. Reference Interaction Site Model
7.1.
7.2.
7.3.
7.4.
7.5.
7.6.
7.7.
Introduction . . . . . . .
Practical Considerations
Work Flow . . . . . . .
rism1d . . . . . . . . . .
3D-RISM in NAB . . . .
rism3d.snglpnt . . . .
3D-RISM in sander . . .
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Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . .
General usage description . . . . . . . . . .
Biased sampling . . . . . . . . . . . . . . .
Quantization of nuclear degrees of freedom
Distributed Gaussian EVB . . . . . . . . .
EVB input variables and interdependencies
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8.1.
8.2.
8.3.
8.4.
8.5.
8.6.
94
99
100
102
105
107
110
118
118
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124
124
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11. paramfit
11.1.
11.2.
11.3.
11.4.
11.5.
Usage . . . . . . . .
The Job Control File
Multiple molecule fits
Fitting Forces . . . .
Examples . . . . . .
178
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Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Concepts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Running LEaP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Basic instructions for using LEaP to build molecules
Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Building oligosaccharides, lipids and glycoproteins .
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13. LEaP
13.1.
13.2.
13.3.
13.4.
13.5.
13.6.
179
180
186
186
187
189
12.1.
12.2.
12.3.
12.4.
12.5.
139
148
160
166
173
191
192
193
193
196
197
197
197
201
206
207
224
CONTENTS
14. Reading and modifying Amber parameter files
232
15.1.
15.2.
15.3.
15.4.
15.5.
15.6.
15.7.
15.8.
266
Principal programs . . . . . . . . . . . . . . . .
A simple example for antechamber . . . . . . . .
Using the components.cif file from the PDB . . .
Programs called by antechamber . . . . . . . . .
Miscellaneous programs . . . . . . . . . . . . .
New Development of Antechamber And GAFF .
Metal Center Parameter Builder (MCPB) . . . .
Python Metal Site Modeling Toolbox (pyMSMT)
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16.1.
16.2.
16.3.
16.4.
UnitCell . .
PropPDB .
AddToBox .
ChBox . . .
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294
18. sander
296
18.1. Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
18.2. File usage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
18.3. Example input files . . . . . . . . . . . . . . .
18.4. Namelist Input Syntax . . . . . . . . . . . . .
18.5. Overview of the information in the input file . .
18.6. General minimization and dynamics parameters
18.7. Potential function parameters . . . . . . . . . .
18.8. Varying conditions . . . . . . . . . . . . . . .
18.9. File redirection commands . . . . . . . . . . .
18.10.Getting debugging information . . . . . . . . .
18.11.multisander (and multipmemd) . . . . . . . . .
18.12.Programmers Corner: The sander API . . . . .
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19.1.
19.2.
19.3.
19.4.
19.5.
19.6.
19.7.
19.8.
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . .
Functionality . . . . . . . . . . . . . . .
PMEMD-specific namelist variables . . .
Slightly changed functionality . . . . . .
Parallel performance tuning and hints . .
GPU Accelerated PMEMD . . . . . . . .
Intel Many Integrated Core Architecture
pmemd.amoeba . . . . . . . . . . . . . .
296
297
298
299
300
300
310
316
319
320
323
324
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345
345
346
348
348
349
355
360
CONTENTS
20. Atom and Residue Selections
362
21.1.
21.2.
21.3.
21.4.
21.5.
21.6.
369
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Thermodynamic integration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Absolute Free Energies using EMIL . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Linear Interaction Energies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Umbrella sampling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Replica Exchange Molecular Dynamics (REMD) . . . . . . . . . . . .
Adaptively biased MD, steered MD, and umbrella sampling with REMD
Steered Molecular Dynamics (SMD) and the Jarzynski Relationship . .
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22.1.
22.2.
22.3.
22.4.
22.5.
22.6.
22.7.
385
23.1.
23.2.
23.3.
23.4.
23.5.
23.6.
23.7.
Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Preparing a system for constant pH . . . . . . . . . .
Running at constant pH . . . . . . . . . . . . . . . .
Analyzing constant pH simulations . . . . . . . . . .
Extending constant pH to additional titratable groups
Constant pH MD Replica Exchange . . . . . . . . .
cphstats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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25. LES
385
394
398
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400
417
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428
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25.1.
25.2.
25.3.
25.4.
25.5.
25.6.
369
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375
376
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381
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450
451
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463
464
465
469
470
472
472
473
475
476
477
477
CONTENTS
26. Quantum dynamics
26.1.
26.2.
26.3.
26.4.
26.5.
26.6.
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27. mdgx
27.1.
27.2.
27.3.
27.4.
27.5.
27.6.
27.7.
27.8.
V.
481
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488
488
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496
501
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Analysis of simulations
501
502
502
503
506
509
511
511
513
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517
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30. pytraj
518
522
525
528
529
535
539
545
555
593
595
607
614
618
621
31.1.
31.2.
31.3.
31.4.
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Preparing for an MM/PB(GB)SA calculation
Running MMPBSA.py . . . . . . . . . . . .
Python API . . . . . . . . . . . . . . . . . .
622
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CONTENTS
32. MM_PBSA
32.1.
32.2.
32.3.
32.4.
643
General instructions . . . . . . . . . . . .
Input explanations . . . . . . . . . . . . .
Auxiliary programs used by MM_PBSA .
APBS as an alternate PB solver in Sander
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Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Overview of workflow steps and minimal input . . . . . . . . . . . . . . .
Common setup of molecular dynamics simulations . . . . . . . . . . . . .
Workflow for automated MM-PBSA & MM-GBSA calculations (WAMM)
Linear interaction energy workflow (LIEW) . . . . . . . . . . . . . . . . .
Thermodynamic integration workflow (TIW) . . . . . . . . . . . . . . . .
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33. FEW
33.1.
33.2.
33.3.
33.4.
33.5.
33.6.
643
644
650
650
653
34. XtalAnalyze
653
655
657
663
671
675
683
688
692
694
36.1. Background . . . . . . . . . . . . .
36.2. Methods for structure creation . . .
36.3. Compiling nab Programs . . . . . .
36.4. Parallel Execution . . . . . . . . . .
36.5. First Examples . . . . . . . . . . .
36.6. Molecules, Residues and Atoms . .
36.7. Creating Molecules . . . . . . . . .
36.8. Residues and Residue Libraries . . .
36.9. Atom Names and Atom Expressions
36.10.Looping over atoms in molecules . .
36.11.Points, Transformations and Frames
36.12.Creating Watson Crick duplexes . .
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