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Amber 2015

Reference Manual
(Covers Amber14 and AmberTools15)

Amber 2015
Reference Manual
(Covers Amber14 and AmberTools15)
Principal contributors to the current codes:
David A. Case (Rutgers)
Ross C. Walker (SDSC, UCSD)
Thomas E. Cheatham III (Utah)
Carlos Simmerling (Stony Brook)
Adrian Roitberg (Florida)
Kenneth M. Merz (Michigan State)
Tom Darden (OpenEye)
Junmei Wang (UT Southwestern Medical Center)
Robert E. Duke (NIEHS and UNC-Chapel Hill)
Ray Luo (UC Irvine)
Daniel R. Roe (Utah)
Scott LeGrand (Amazon)
Jason Swails (Rutgers)
David Cerutti (Schrdinger)
Joe Kaus (UCSD)
Robin Betz (UCSD)
Perri Needham (UCSD)
Ben Madej (UCSD))
Romain M. Wolf (Novartis)
Hai Nguyen (Stony Brook, Rutgers)

Josh Berryman (U. of Luxembourg)


Pengfei Li (Michigan State)
Alexey Onufriev (Virginia Tech)
Saeed Izadi (Virginia Tech)
Xiongwu Wu (NIH)
Andreas W. Gtz (SDSC, UCSD)
Holger Gohlke (Dsseldorf)
Nadine Homeyer (Dsseldorf)
Wes Smith (UC Irvine)
Romelia Salomon-Ferrer (SDSC, UCSD)
Tyler Luchko (Rutgers)
Tim Giese (Rutgers)
Taisung Lee (Rutgers)
Hung T. Nguyen (Rutgers)
Pawel Janowski (Rutgers)
Igor Omelyan (NINT)
Andriy Kovalenko (NINT)
Gerald Monard (U. Lorraine)
Peter A. Kollman (UC San Francisco)

For more information, please visit http://ambermd.org/contributors

Acknowledgments
Research support from DARPA, NIH, ONR, DOE and NSF is gratefully acknowledged, along with support
from NVIDIA, Amazon and Exxact. Many people helped add features to various codes; these contributions are
described in the documentation for the individual programs; see also http://ambermd.org/contributors.html.
Recommended Citation:
When citing Amber 2015 (comprised of AmberTools15 and Amber14) in the literature, the following citation
should be used:
D.A. Case, J.T. Berryman, R.M. Betz, D.S. Cerutti, T.E. Cheatham, III, T.A. Darden, R.E. Duke, T.J. Giese,
H. Gohlke, A.W. Goetz, N. Homeyer, S. Izadi, P. Janowski, J. Kaus, A. Kovalenko, T.S. Lee, S. LeGrand,
P. Li, T. Luchko, R. Luo, B. Madej, K.M. Merz, G. Monard, P. Needham, H. Nguyen, H.T. Nguyen, I.
Omelyan, A. Onufriev, D.R. Roe, A. Roitberg, R. Salomon-Ferrer, C.L. Simmerling, W. Smith, J. Swails,
R.C. Walker, J. Wang, R.M. Wolf, X. Wu, D.M. York and P.A. Kollman (2015), AMBER 2015, University
of California, San Francisco.
Peter Kollman died unexpectedly in May, 2001. We dedicate Amber to his memory.
Notes
We thank Chris Bayly and Merck-Frosst, Canada for permission to include charge increments for the AM1BCC charge scheme.
Some of the force field routines were adapted from similar routines in the MOIL program package: R. Elber,
A. Roitberg, C. Simmerling, R. Goldstein, H. Li, G. Verkhivker, C. Keasar, J. Zhang and A. Ulitsky, "MOIL:
A program for simulations of macromolecules" Comp. Phys. Commun. 91, 159-189 (1995).
Cover illustration: The cover illustrates potential de-amidation sites in triose phosphate isomerase, studied via
MD and QM/MM free energy calculations. See I. Ugur, A. Marion, V. Aviyente, G. Monard, "Why Does Asn71
Deamidate Faster Than Asn15 in the Enzyme Triosephosphate Isomerase? Answers from Microsecond Molecular Dynamics Simulation and QM/MM Free Energy Calculations", Biochemistry 54, 1429-1439 (2015). Figure
prepared by Ilke Ugur and Antoine Marion.

Contents
Contents

I.

Introduction and Installation

13

1. Introduction

15

1.1. Information flow in Amber . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .


1.2. List of programs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2. Installation

23

2.1. Applying Updates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .


2.2. Contacting the developers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

II.

Amber force fields

31

3.1. Specifying which force field you want in LEaP . . . .


3.2. The ff14SB force field . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3. The ff14ipq protein force field . . . . . . . . . . . . .
3.4. The Duan et al. (2003) force field . . . . . . . . . . .
3.5. The Yang et al. (2003) united-atom force field . . . . .
3.6. Force fields related to semi-empirical QM . . . . . . .
3.7. The GLYCAM force fields for carbohydrates and lipids
3.8. Lipid Force Fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.9. Ions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.10. Solvent models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.11. CHAMBER . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.12. Obsolete force field files . . . . . . . . . . . . . . . .

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4. The Generalized Born/Surface Area Model

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36
36
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47
49
54
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4.1. GB/SA input parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .


4.2. ALPB (Analytical Linearized Poisson-Boltzmann) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5. GBNSR6

61
64
66

5.1. GB equations available in gbnsr6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .


5.2. Numerical implementation of the R6 integral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3. Usage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6. PBSA

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Usage and keywords . . . . . . . . . . . . . . . . .
Example inputs and demonstrations of functionalities
Visualization functions in pbsa . . . . . . . . . . . .
pbsa in sander and NAB . . . . . . . . . . . . . . .

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28

29

3. Molecular mechanics force fields

6.1.
6.2.
6.3.
6.4.
6.5.

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CONTENTS
7. Reference Interaction Site Model

7.1.
7.2.
7.3.
7.4.
7.5.
7.6.
7.7.

Introduction . . . . . . .
Practical Considerations
Work Flow . . . . . . .
rism1d . . . . . . . . . .
3D-RISM in NAB . . . .
rism3d.snglpnt . . . .
3D-RISM in sander . . .

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Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . .
General usage description . . . . . . . . . .
Biased sampling . . . . . . . . . . . . . . .
Quantization of nuclear degrees of freedom
Distributed Gaussian EVB . . . . . . . . .
EVB input variables and interdependencies

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8. Empirical Valence Bond

8.1.
8.2.
8.3.
8.4.
8.5.
8.6.

94
99
100
102
105
107
110
118

9. sqm: Semi-empirical quantum chemistry

118
119
121
124
124
126
131

9.1. Available Hamiltonians . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131


9.2. Dispersion and hydrogen bond correction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
9.3. Usage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
10. QM/MM calculations

139

10.1. Built-in semiempirical NDDO methods and SCC-DFTB . . . . . .


10.2. Interface for ab initio and DFT methods . . . . . . . . . . . . . . .
10.3. Adaptive solvent QM/MM simulations . . . . . . . . . . . . . . . .
10.4. Adaptive buffered force-mixing QM/MM . . . . . . . . . . . . . .
10.5. SEBOMD: SemiEmpirical Born-Oppenheimer Molecular Dynamics

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11. paramfit

11.1.
11.2.
11.3.
11.4.
11.5.

Usage . . . . . . . .
The Job Control File
Multiple molecule fits
Fitting Forces . . . .
Examples . . . . . .

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III. System preparation


Cleaning up Protein PDB Files for AMBER . .
Residue naming conventions . . . . . . . . . .
Chains, Residue Numbering, Missing Residues
pdb4amber . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
reduce . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Concepts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Running LEaP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Basic instructions for using LEaP to build molecules
Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Building oligosaccharides, lipids and glycoproteins .

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13. LEaP

13.1.
13.2.
13.3.
13.4.
13.5.
13.6.

179
180
186
186
187

189

12. Preparing PDB Files

12.1.
12.2.
12.3.
12.4.
12.5.

139
148
160
166
173

191
192
193
193
196
197

197
197
201
206
207
224

CONTENTS
14. Reading and modifying Amber parameter files

232

14.1. Understanding Amber parameter files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 232


14.2. ParmEd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 240
15. Antechamber and GAFF

15.1.
15.2.
15.3.
15.4.
15.5.
15.6.
15.7.
15.8.

266

Principal programs . . . . . . . . . . . . . . . .
A simple example for antechamber . . . . . . . .
Using the components.cif file from the PDB . . .
Programs called by antechamber . . . . . . . . .
Miscellaneous programs . . . . . . . . . . . . .
New Development of Antechamber And GAFF .
Metal Center Parameter Builder (MCPB) . . . .
Python Metal Site Modeling Toolbox (pyMSMT)

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16. Setting up crystal simulations

16.1.
16.2.
16.3.
16.4.

UnitCell . .
PropPDB .
AddToBox .
ChBox . . .

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17. Using the AMOEBA Force Field with AMBER

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291

17.1. Installing TINKER . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291


17.2. Preparing the system with TINKER . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292

IV. Running simulations

294

18. sander

296

18.1. Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
18.2. File usage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
18.3. Example input files . . . . . . . . . . . . . . .
18.4. Namelist Input Syntax . . . . . . . . . . . . .
18.5. Overview of the information in the input file . .
18.6. General minimization and dynamics parameters
18.7. Potential function parameters . . . . . . . . . .
18.8. Varying conditions . . . . . . . . . . . . . . .
18.9. File redirection commands . . . . . . . . . . .
18.10.Getting debugging information . . . . . . . . .
18.11.multisander (and multipmemd) . . . . . . . . .
18.12.Programmers Corner: The sander API . . . . .

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19. pmemd and pmemd.amoeba

19.1.
19.2.
19.3.
19.4.
19.5.
19.6.
19.7.
19.8.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . .
Functionality . . . . . . . . . . . . . . .
PMEMD-specific namelist variables . . .
Slightly changed functionality . . . . . .
Parallel performance tuning and hints . .
GPU Accelerated PMEMD . . . . . . . .
Intel Many Integrated Core Architecture
pmemd.amoeba . . . . . . . . . . . . . .

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345
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349
355
360

CONTENTS
20. Atom and Residue Selections

362

20.1. Amber Masks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 362


20.2. "Atom Expressions" in NAB Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365
20.3. GROUP Specification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365
21. Sampling configuration space

21.1.
21.2.
21.3.
21.4.
21.5.
21.6.

Self-Guided Langevin dynamics .


Accelerated Molecular Dynamics .
Targeted MD . . . . . . . . . . .
Multiply-Targeted MD (MTMD) .
Nudged elastic band calculations .
Low-MODe (LMOD) methods . .

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Thermodynamic integration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Absolute Free Energies using EMIL . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Linear Interaction Energies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Umbrella sampling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Replica Exchange Molecular Dynamics (REMD) . . . . . . . . . . . .
Adaptively biased MD, steered MD, and umbrella sampling with REMD
Steered Molecular Dynamics (SMD) and the Jarzynski Relationship . .

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22. Free energies

22.1.
22.2.
22.3.
22.4.
22.5.
22.6.
22.7.

385

23. Constant pH calculations

23.1.
23.2.
23.3.
23.4.
23.5.
23.6.
23.7.

Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Preparing a system for constant pH . . . . . . . . . .
Running at constant pH . . . . . . . . . . . . . . . .
Analyzing constant pH simulations . . . . . . . . . .
Extending constant pH to additional titratable groups
Constant pH MD Replica Exchange . . . . . . . . .
cphstats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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24.1. Distance, angle and torsional restraints . . . . . . . . . . .


24.2. NOESY volume restraints . . . . . . . . . . . . . . . . .
24.3. Chemical shift restraints . . . . . . . . . . . . . . . . . .
24.4. Pseudocontact shift restraints . . . . . . . . . . . . . . . .
24.5. Direct dipolar coupling restraints . . . . . . . . . . . . . .
24.6. Residual CSA or pseudo-CSA restraints . . . . . . . . . .
24.7. Preparing restraint files for Sander . . . . . . . . . . . . .
24.8. Getting summaries of NMR violations . . . . . . . . . . .
24.9. Time-averaged restraints . . . . . . . . . . . . . . . . . .
24.10.Multiple copies refinement using LES . . . . . . . . . . .
24.11.Some sample input files . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
24.12.X-ray Crystallography Refinement using SANDER . . . .
24.13.EMAP restraints for rigid and flexible fitting into EM maps

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24. NMR, X-ray, and cryo-EM/ET refinement

428
428
430
433
435
436
436
444

25. LES

385
394
398
399
400
417
424
428

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25.1.
25.2.
25.3.
25.4.
25.5.
25.6.

369
372
375
376
378
381

445
450
451
452
454
455
456
463
463
464
465
469
470
472

Preparing to use LES with Amber . . . . . . . . . . . . .


Using the ADDLES program . . . . . . . . . . . . . . . .
More information on the ADDLES commands and options
Using the new topology/coordinate files with SANDER . .
Using LES with the Generalized Born solvation model . .
Case studies: Examples of application of LES . . . . . . .

472
473
475
476
477
477

CONTENTS
26. Quantum dynamics

26.1.
26.2.
26.3.
26.4.
26.5.
26.6.

481

Path-Integral Molecular Dynamics . . . . . . . . .


Centroid Molecular Dynamics (CMD) . . . . . . .
Ring Polymer Molecular Dynamics (RPMD) . . .
Linearized semiclassical initial value representation
Reactive Dynamics . . . . . . . . . . . . . . . . .
Isotope effects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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27. mdgx

27.1.
27.2.
27.3.
27.4.
27.5.
27.6.
27.7.
27.8.

V.

481
485
488
488
493
496
501

Input and Output . . . . . . . . . . . . . . . . .


Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Special Algorithmic Features of mdgx . . . . . .
Customizable Virtual Site Support in mdgx . . .
Restrained Electrostatic Potential Fitting in mdgx
Bonded Term Fitting in mdgx . . . . . . . . . . .
Thermodynamic Integration . . . . . . . . . . .
Future Directions and Goals of the mdgx Project

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Analysis of simulations

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502
502
503
506
509
511
511

513

28. mdout_analyzer.py and ambpdb

515

28.1. ambpdb . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 515


29. cpptraj

517

29.1. General Concepts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .


29.2. Data Sets and Data Files . . . . . . . . . . . . . . . .
29.3. Data File Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
29.4. Using Coordinates as a Data Set (COORDS Data Sets)
29.5. General Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
29.6. Topology File Commands . . . . . . . . . . . . . . . .
29.7. Trajectory File Commands . . . . . . . . . . . . . . .
29.8. Actions That Can Modify Topology/Coordinates . . .
29.9. Action Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
29.10.Matrix and Vector Actions . . . . . . . . . . . . . . .
29.11.Data Set Analysis Commands . . . . . . . . . . . . .
29.12.Coordinate Analysis Commands . . . . . . . . . . . .
29.13.Matrix and Vector Analysis . . . . . . . . . . . . . . .
29.14.Matrix/Vector Analysis Examples . . . . . . . . . . .

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30. pytraj

518
522
525
528
529
535
539
545
555
593
595
607
614
618
621

30.1. Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 621


30.2. Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 621
30.3. Documentation and examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 621
31. MMPBSA.py

31.1.
31.2.
31.3.
31.4.

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Preparing for an MM/PB(GB)SA calculation
Running MMPBSA.py . . . . . . . . . . . .
Python API . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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623
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637

CONTENTS
32. MM_PBSA

32.1.
32.2.
32.3.
32.4.

643

General instructions . . . . . . . . . . . .
Input explanations . . . . . . . . . . . . .
Auxiliary programs used by MM_PBSA .
APBS as an alternate PB solver in Sander

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Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Overview of workflow steps and minimal input . . . . . . . . . . . . . . .
Common setup of molecular dynamics simulations . . . . . . . . . . . . .
Workflow for automated MM-PBSA & MM-GBSA calculations (WAMM)
Linear interaction energy workflow (LIEW) . . . . . . . . . . . . . . . . .
Thermodynamic integration workflow (TIW) . . . . . . . . . . . . . . . .

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33. FEW

33.1.
33.2.
33.3.
33.4.
33.5.
33.6.

643
644
650
650
653

34. XtalAnalyze

653
655
657
663
671
675
683

34.1. XtalAnalyze.sh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 683


34.2. XtalPlot.sh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 685
34.3. md2map.sh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 686
35. SAXS

688

35.1. Introduction and theory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 688


35.2. Usage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 689

VI. NAB and AmberLite

692

36. NAB: Introduction

694

36.1. Background . . . . . . . . . . . . .
36.2. Methods for structure creation . . .
36.3. Compiling nab Programs . . . . . .
36.4. Parallel Execution . . . . . . . . . .
36.5. First Examples . . . . . . . . . . .
36.6. Molecules, Residues and Atoms . .
36.7. Creating Molecules . . . . . . . . .
36.8. Residues and Residue Libraries . . .
36.9. Atom Names and Atom Expressions
36.10.Looping over atoms in molecules . .
36.11.Points, Transformations and Frames
36.12.Creating Watson Crick duplexes . .

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37. NAB: Language Reference

37.1. Language Elements . . . . .


37.2. Higher-level constructs . . .
37.3. Statements . . . . . . . . . .
37.4. Structures . . . . . . . . . .
37.5. Functions . . . . . . . . . .
37.6. Points and Vectors . . . . . .
37.7. String Functions . . . . . . .
37.8. Math Functions . . . . . . .
37.9. System Functions . . . . . .
37.10.I/O Functions . . . . . . . .
37.11.Molecule Creation Functions
37.12.Creating Biopoloymers . . .

10

695
696
698
698
699
702
702
703
705
706
707
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