Anda di halaman 1dari 11

REKAYASA GENETIKA

RESUME
untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Genetika II
yang Dibina oleh Ibu Siti Zubaidah dan Bapak Andik Wijayanto

Oleh:
Kelompok 3
Offering C/ 2014
Docilis Safira Febrianti

140341602442

Stevany Dea Shima

140341605052

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
November 2016

RESUME
REKAYASA GENETIKA
Berikut ini dikemukakan arti rekayasa genetika (genetic enginecring)
yang dikutip dari tiga sumber
o Rekayasa genetika adalah manipulasi sifat genetik suatu organisme dengan
cara mengintroduksi atau mengeliminasi gen-gen tertentu.
o Rekayasa genetika adalah manipulasi genetic dalam sel untuk menghasilkan
suatu sifat yang dikehendaki yang disebut teknologi rekombinan DNA.
o Rekayasa genetika adalah teknik mengubah konstitusi genetik sel atau individu

dengan cara pemindahan selektif, insersi atau dengan modifikasi gen balik
yang individual maupun yang berupa perangkat gen.
Berdasarkan kutipan tersebut,pada rekayasa genetika terdapat manipulasi
atas materi genetik dengan cara menambah atau menghilangkan gen tertentu.
Berbagai fenomena genetik alami jika dicermati sebenarnya menjadi model alami
dari teknik rekayasa genetika contohnya crossing over, gene pick up, transduksi,
dll. Fenomena genetika alami itu terjadi pemutusan, penyambungan, serta
perpindahan bagian materi genetik yang dapat mengakibatkan penambahan atau
perpindahan suatu gen atau beberapa gen.
PROSES REKAYASA GENETIKA
Menurut Smith dan Byars (1990) terdapat berbagai teknik yang
digunakan dalam teknik rekayasa genetika meliputi teknik vektor, injeksi mikro,
fusi protoplas, dan elektoporasi. Selain itu klug menambahkan juga teknik
kopresipitassi kalsium pospat dan endositosis dan dikenal pula teknik proyektil
mikro.
Transfer Vektor
Transfer vektor merupakan cara memasukan suatu gen ke sel baru
dengan menggunakan pembawa (carrier) khusus yang memanfaatkan proses
alami seperti pada transfer DNA oleh bakteri dan virus. Vektoryang digunakan
memasukan gen adalah plasmid, bakteriofage dan cosmid (russel, 1992).

Secara kimiawi vektor-vektor tersebut adalah molekul DNA. Sebagai


vektor suatu molekul DNA harus memiliki sifat-sifat yang harus dimiliki DNA
seperti di bawah ini (Klug, dkk.,1994)
1. Molekul DNA mampu melekukan replikasi sendiri maupun replikasi segmen
DNA yang diinsersikan bebas dari replikasi kromosom sel inang dengan cara
membuahi suatu ori
2. Molekul DNA harus mengandung sejumlah tapak pemutusan enzim retrisi
khusus yang bermanfaat untuk insersi segmen-segmen DNA.
3. Molekul DNA harus membuhai suatu penenda yang dapat dimanfaatkan.
4. Molekul DNA harus mudah terbebas kembali ari sel inang.
a. Plasmid
Plasmid terbentuk secara alami invitro. Plasmid terdapat pada E. coli
(plasmid RSF 2124 merupakan derifat dari plasmid ColE1).
b. Bakteriofag
Bakteriofag

yang

banyak

digunakan

dalam

teknologi

DNA

rekombinan pada E.coli adalah fag . Seluruh gen fag sudah diidentifikasi
dan dipetakan urut-urutan genom secara keseluruhan sudah diketahui. Seluruh
derivat fag yang digunakan sebagai vektor transfer sudah direkayasa
sehingga hanya siklus titik saja. Derivat-derivat fag lebih dari 100 derivat
yang dimanfaatkan sebagai vektor dibuat dengan cara membuang berbagai
bagian kelompok gen di daerah tengah.

Vektor lain setelah bakteriofage adalah M 13. Materi genetik pada M


13 berupa DNA unting tunggal. Jika M 13 menginfeksi suatu sel bakteri, DNA
unting tunggal bereplikasi menghasilkan suatu model molekul DNA unting
ganda yang disebut RF (Replikasi Form). RF setara dengan plasmid dan DNA

asing dapat diinsersikan ke tapak pemutusan enzim retriksi tunggal yang ada
pada genom. Susunan RF terdiri dari suatu unting tunggal (+) yang
mengandung satu unting segmen DNA yang diinsersikan. Klon DNA unting
tunggal yang di hasilkan oleh M 13 dapat digunakan untuk pengurutan DNA
atau sebagai templet untuk perubahan urut-urutan klon akibat mutasi.
c. Kosmid (cosmid)
Kosmid merupakan vektor yang dibangun di laboratorium
memanfaatkan

urut-urutan

cos

dan

fag

yang

berguna

untuk

pemasukan/pegumpulan kromosom ke dalam kepala fag dan memanfaatkan


pula urut-urutan (bagian tengah kosmid) untuk fungsi resistensi terhadap
antibiotik serta replikasi. Kosmid dirakit dan plasmid dan fag , contoh
plasmid yang digunakan Pbr322.

d. Vektor ulang-alik (Shuttle vectors)


Selain vektor-vektor transfer seperti plasmid, bakterio fag , dan
kosmid yang digunakan untuk pengklonan DNA, vektor lain yang dapat
dimanfaatkkan untuk memanfaatkan untuk memasukkan molekul-molekul
DNA rekombinan ke dalam sel prokariotik maupun eukariotik. Vektor-vektor
semacam itu disebut vektor ulang alik atau shuttlr vectors. Vektor ulang alik
atau shuttlr vectors adalah vektor pengklon yang dapat bereplikasi di dalam
dua atau lebih mahkluk hidaup inang.
Injeksi Mikro, Fusi Protoplas, Elektroporasi, Kopresipitasi Kalsium Fosfat
dan Endositosis, serta Proyeksi Mikro

Pada injeksi mikro menggunakan jarum mikroskopis,untuk memasukkan


DNA melalui membran sel sasaran, termasuk ke dalam inti sel. Pada fusi
protoplas terjadi pelarutan dua membran sel dari sel-sel yang berbeda sehingga
dua sel dapat di gabung menjadi satu, misalnya fusi antara sel sel-sel yang di
kultur dengan protoplas bakteri yang mengandung DNA eksogen. Fusi protoplas,
suatu sistem transformasi yang memanfaatkan liposom yang tersusun dari suatu
lipida kationik. Pemanfaatan liposom sebagai suatu sistem transformasi atau
transfeksi yang disebut sebagai lipofeksi (lipofection).
Pada teknik eletroporasi menggunakan listrik untuk menciptakan lubang
kecil di membran sel yang akan dimanfaatkan untuk pemindahan DNA ke dalam
sel. Berkenaan dengan elektroporasi informasi dari Old dan Primrose (1989)
menyebutkan bahwa pada pendedahan singkat kejutan listrik berkekuatan antara
4000-8000 V, sel-sel memperoleh DNA eksogen dan larutan sekitar (tampaknya
melalui lubang-lubang yang terbentuk sesaat pada membran plasma) dengan
kejutan listrik akan meningkatkan frekuensi efisien transformasi (Potter dkk.,
1984 dalam Old dan Primrose, 1989).
Pada teknik kopresipitasi kalsium fosfat dan endositosis tampaknya butirbutir kopresipitas kalsium fosfat dan DNA masuk ke dalam sel melalui endositosis
fagositosis (Old dan Primrose, 1989). Pada teknik ini merupakan cara umum
memasukkan suatu DNA ke dalam sel-sel mamalia.
Pada teknik proyeksi mikro, DNA ataupun RNA ditembakkan ke dalam
sel (Klein dkk., 1987 dalam Old dan Primrose 1989), teknik ini merupakan suatu
cara yang sama sekali baru untuk memasukkan asam nuklet ke dalam sel
tumbuhan memanfaatkan kecepatan tinggi. Pada teknik proyeksi mikro
membutuhkan kultur sel ataupun perlakuan jaringan resipien.
Prosedur Dasar Teknologi DNA Rekombinan
1. Pembuatan fragmen DNA dengan bantuan enzim nuklease retriksi yang
mengenal dan memotong molekul DNA pada urut-urutan nukleotida yang
spesifik

2. Segmen-segmen digabung ke molekul DNA lain dengan bantuan vektor. Vektor


dapat bereplikasi secara otonom sehingga memfasilitasi manipulasi dan
identifikasi molekul DNA yang baru terbentuk.
3. Vektor yang sudah terinsersi segmen DNA ditransfer ke suatu sel inang.
Molekul DNA rekombinan direplikasi menghasilkan berlusin-lusin yang
disebut klon-klon.
4. Segmen-segmen DNA yang diklon dapat diambil dari sel inang.
5. Sel-sel inang yang mengandung DNA rekombinan mewariskan kepada seluruh
sel turunan, menghasilkan suatu populasi sel-sel identik yang semua
membawahi urut-urutan yang dklon.
6. Secara potensial, DNA diklon dapat ditranskripsikan, RNA-d ditranslasikan
serta produk-produk gen diisolasi dan di kaji.
Peran Enzim Endonuklease Retriksi
Pada proses dasar teknik DNA rekombinan yang diperantai vektor enzim
endonuklease dibutuhkan untuk memotong molekul DNA dalam rangka
pembuatan fragmen DNA. Enzim yang memang dapat memotong molekul DNA
unting ganda pada urutan pasangan nkleotida spesifik yang dikenal sebagai tapak
restiksi. Pada makhluk hidup prokariotik tidak terdapat enzim endonuklease
restriksi.
Enzim endonuklease retriksi terbagi menjadi dua kelompok atau tipe
(Russel, 1992). Tipe I akan mengenali suatu urutan pasangan nukelotida yang
spesifik pada DNA dan selanjutnya memotong DNA pada suatu tapak tidak
spesifik jauh dari urutan. Karena tapak pemotongan tidak spesifik, jadi tipe ini
tidak terlalu bermanfaat untuk pembentukan molekul DNA rekombinan. Enzim
endonuklease restiksi tipe II suatu urutan pasangan nukleotida spesifik pada DNA
namun tipe ini memotong DNA di dalam urutan (Russel,1992). Enzim
endonuklease restriksi bermanfaat untuk pembentukan molekul DNA rekombinan.
Untuk pengenalan ezim endonuklease restriksi tipe II memeliki suatu
sumbu simetri yang melewati titik tengah urutan pengenalan (Russel, 1992).
Dalam urutan basa 5
pada komplementernya.

3 pada unting DNA sama dengan urutan basa 5

Enzim endonuklease restriksi juga sudah diisolasi dari sejumlah besar


strain bakteri yang berbeda. Oleh karena itu setiap enzim memotong DNA pada
suatu pasangan nukleotida yang spesifik untuk enzim yang bersangkutan, jumlah
potongan yang dibuat enzim pada suatu molekul DNA tertentu tergantung pada
jumlah berapa kali urutan pengenalan ditemukan pada DNA.
Enzim endonuklease restriksi tipe II menghasilkan ujung-ujung lancip
yang memiliki nilai khusus pada pengklonal fragmen-fragmen DNA jika kedua
ujung tajam hasil pemotongan bertemu dalam larutan, maka akan berbentuk
pasangan basa yang sempurna.
Peluang jumlah tapak pemutusan pada suatu DNA oleh enzim
endonuklease restriksi II dapat dihitung dalam kaitannya dengan jumlah pasangan
nukleotida pada setiap urutan pengenal, sepanjang keberadaan tiap pasangan
nukleotida bersifak acak.
Seleksi Klon Rekombinan
Urutan fragmen DNA restriksi yang ditranskripsikan menjadi RNA atau
membuat peta urut-urutan hasil hibridisasi dengan fragmen-fragmen restriksi.
Oleh karena itu, Southern mengembangkan suatu metode untuk mendeteksi
fragmen-fragmen di dalam sel agarose yang komplementer denga urutan RNA
atau DNA tertentu, metode ini dikenal dengan Southern Blotting (yang diuji
adalah DNA) yang kemudian dikembangkan untuk menganalisis RNA dan protein
yang dikenal dengan Nothern dan Western (yang diuji RNA). Pada inti metode ini
mentransfer makro molekul dari gel yang berarti telah di pisahkan secara
elektroforesis ke suatu permukaan membran.
MANFAAT DAN RESIKO REKAYASA GENETIKA
Manfaat rekayasa genetika dapat dilihat kaitannya dengan analisis
genetik, diagnosis atas penyakit manusia, terapi gen, sidik jari DNA, serta
bioteknologi (Klug dkk, 1994).

Analisis Genetika
Teknik DNA rekombinan digunakan untuk analisis genetik (Klug dkk,
1994). Teknik-teknik ini memungkinkan pengadaan suatu kumpulan klon yang
meliputi keseluruhan klon, demikian pula memungkinkan pemetaan genetika
maupun fisik yang lengkap, serta memungkinkan penetapan urutan nukleotida
dari keseluruhan kromosom. Peta fisisk yang dihasilkan memperlihatkan seluruh
gen pada genom yang di tandai oleh urutan nukleotida, tanpa pula memperhatikan
mutan bahkan sering tanpa dukungan pengetahuan awal tentang fungsi atau
fenotip dari gen-gen yang dipetakan.
Diagnosis Molekuler atas Penyakit Manusia
Teknologi DNA rekombinan terbukti menjadi alat yang teliti untuk
mendeteksi

kelainan

genetik.

Pemanfaatan

urutan

DNA

yang

diklon

memungkinkan pengamatan langsung terhadap genotip dari pada pengamatan atas


suatu produk gen yang belum di kenal atau yang tidak terekspresi. Contoh deteksi
molekuler dapat dilakukan atas Thelessemia dan Sickle cell anemia.
Terapi Gen
Kemampuan mengisolasi dan mengklon gen-gen spesifik manusia yang
pada mulanya dikembangkan sebagai suatu penelitian. Proses terapi semacam ini
di sebut terapi gen. Metode ini dikembangkan untuk memasukkan gen ke dalam
sel manusia, termasuk pemanfaatan vektor virus maupun fusi sel dengan vesikula
buatan yang mengandung urutan DNA yang diklon, transfer kimiawi yang
mendorong pengangkutan gen melewati membran sel jika sudah dilakukan.
Panduan terapi gen sudah disusun dan mencakup beberapa persyaratan
(Klug dkk., 1994) yang akan dikemukan lebih lanjut.
1. Gen harus diisolasi dan ditransfer.
2. Cara transfer gen yang efektif harus ada.
3. Jaringan target harus dapat dicapai, sebagai contoh percobaan terapi gen yang
pertama menggunakan sel-sel darah putih ataupun prekursornya sebagai
jaringan target.

4. Terapi gen tidak boleh menyakiti pasien dan sudah tidak ada cara terapi lain
yang efektif.
Sidik Jari DNA
RELP digunakan untuk membedakan salinan gen normal dari yang
mutan dan dapat digunakan sebagai penanda genetik, karena polimorfisme
tersebut diwariskan dalam pola kodominan (Klug, 1994). Fenotip penanda beupa
fragmen DNA. DNA yang berada di antara dua tapak enzim endonuklease
restriksi. Urutan tersebut berasal dari dua hingga dua puluh nukleotida. Pola pita
yang dihasilkan tatkala urutan VNTR dipotong dengan menggunakan enzim
endonuklease restriksi dan divisualisasikan dengan southern bhotting adalah yang
dikenal sebagai sidik jari DNA. RELP tersebut ekuivalen dengan sidik jari
konvensional karena pola pita yang dihasilkan berbeda beda dari orang per oran.
Bioteknologi
Selain hal yang disebutkan diatas maka DNA rekombinan dapat
dimanfaatkan dalam bidang bioteknologi. Misalnya rekayasa genetika dalam
pertanian. Menurut analisis kesulitan analisis disebabkan karena (1) pertumbuhan
tanaman yang lambat dan umur pergantian generasi yag lama. (2) besarnya genom
tanaman, termasuk banyaknya kromosom poliploid. (3) memiliki kotak kayu,
yaitu dinding sel berupa selulosa yang mengelilingi tanaman. Oleh karena itu
difokuskan pada penelitian tanaman gen tunggal.

PERTANYAAN

Stevany Dea Shima


1. Apakah yang membedakan antara enzim endonuklease retriksi tipe 1 dan 2?
Jawab: Tipe I akan mengenali suatu urutan pasangan nukelotida yang
spesifik pada DNA dan selanjutnya memotong DNA pada suatu tapak tidak
spesifik jauh dari urutan. Enzim endonuklease restiksi tipe I tidak terlalu
bermanfaat untuk pembentukan molekul DNA rekombinan. Enzim
endonuklease restiksi tipe II suatu urutan pasangan nukleotida spesifik pada
DNA namun tipe ini memotong DNA di dalam urutan. Enzim endonuklease
restriksi tipe II memeliki suatu sumbu simetri yang melewati titik tengah
urutan pengenalan. Dalam urutan basa 5
dengan urutan basa 5

3 pada unting DNA sama

3 pada komplementernya.

2. Sebutkan prosedur dasar teknologi DNA rekombinan!


Jawab: (1) Pembuatan fragmen DNA dengan bantuan enzim nuklease
retriksi yang mengenal dan memotong molekul DNA pada urut-urutan
nukleotida yang spesifik, (2) Segmen-segmen digabung ke molekul DNA
lain dengan bantuan vektor. Vektor dapat bereplikasi secara otonom
sehingga memfasilitasi manipulasi dan identifikasi molekul DNA yang baru
terbentuk, (3) Vektor yang sudah terinsersi segmen DNA ditransfer ke suatu
sel inang. Molekul DNA rekombinan direplikasi menghasilkan berlusinlusin yang disebut klon-klon, (4) Segmen-segmen DNA yang diklon dapat
diambil dari sel inang, (5) Sel-sel inang yang mengandung DNA
rekombinan mewariskan kepada seluruh sel turunan, menghasilkan suatu
populasi sel-sel identik yang semua membawahi urut-urutan yang dklon, (6)
Secara potensial, DNA diklon dapat ditranskripsikan, RNA-d ditranslasikan
serta produk-produk gen diisolasi dan di kaji.
3. Apakah perlu melakukan seleksi pada klon rekombinan?
Jawab: Perlu, karena teknik DNA rekombinasi memungkinkan pengadaan
suatu kumpulan klon yang meliputi keseluruhan klon, demikian pula
memungkinkan pemetaan genetika maupun fisik yang lengkap, serta

memungkinkan penetapan urutan nukleotida dari keseluruhan kromosom.


Oleh karena itu perlu melakukan seleksi agar mengetahui cocok atau
tidaknya dengan target yang kita inginkan.
Docilis Safira Febrianti
1. Mengapa dalam pengaplikasian terapi gen harus mengikuti panduan dan

beberapa persyaratan tertentu?


Jawab: Karena terapi gen tidak boleh menyakiti pasien. Misal kita
melakukan percobaan terapi gen yang pertama menggunakan sel darah putih
sebagai jaringan target maka gen yang diisolasi dan ditransfer harus
mencapai jaringan target tersebut.
2. Mengapa menggunakan sidik jari DNA dalam beberapa kasus tertentu
seperti membedakan pelaku dalam suatu pembunuhan?
Jawab: Sidik jari DNA atau RELP digunakan untuk membedakan salinan
gen normal dari yang mutan dan dapat digunakan sebagai penanda genetik,
karena polimorfisme tersebut diwariskan dalam pola kodominan. Fenotip
penanda beupa fragmen DNA. DNA yang berada di antara dua tapak enzim
endonuklease restriksi. Urutan tersebut berasal dari dua hingga dua puluh
nukleotida. Pola pita yang dihasilkan tatkala urutan VNTR dipotong dengan
menggunakan enzim endonuklease restriksi dan divisualisasikan dengan
southern bhotting adalah yang dikenal sebagai sidik jari DNA. RELP
tersebut ekuivalen dengan sidik jari konvensional karena pola pita yang
dihasilkan berbeda beda dari orang per orang.