Anda di halaman 1dari 12

A.

Perkembangan Mikrobiologi
1. Pengertian Mikrobiologi
Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari organisme hidup yang berukuran sangat kecil sehingga
tidak dapat dilihat dengan mata telanjang melainkan dengan bantuan mikroskop. Organisme yang
sangat kecil ini disebut sebagai mikroorganisme, atau kadang-kadang disebut sebagai mikroba,
ataupun jasad renik.
Dunia mikroorganisme terdiri dari 5 kelompok organisme, yaitu bakteri, protozoa, virus, algae, dan
cendawan. Mikroorganisme sangat erat kaitannya dengan kehidupan sehari-hari. Beberapa
diantaranya bermanfaat dan yang lain merugikan. Mikroorganisme yang bermanfaat antara lain:
yang menghuni tubuh (flora normal), beberapa mikroorganisme yang terlibat dalam proses
fermentasi makanan: pembuatan keju, anggur, yoghurt, tempe/oncom, kecap, dll, produksi
penisilin, sebagai agens biokontrol, serta yang berkaitan dengan proses pengolahan limbah.
Mikroorganisme yang merugikan, antara lain yang sering menyebabkan berbagai penyakit (hewan,
tumbuhan, manusia), diantaranya: flu burung yang akhir-akhir ini menggemparkan dunia termasuk
Indonesia, yang disebabkan oleh salah satu jenis mikroorganisme yaitu virus. Selain itu, juga
terdapat beberapa jenis mikroorganisme yang dapat menyebabkan pencemaran lingkungan.

2. Asal-usul Kehidupan
Asal usul kehidupan mikroorganisme diawali dengan kegemaran seorang ilmuwan bernama
Leeuwenhoek yang mengamati mikroorganisme pada air hujan, air laut, dan kotoran gigi. Ternyata
pada berbagai bahan tadi banyak ditemukan jasad renik, diantaranya protozoa, khamir, dan
bakteri. Walaupun saat itu, Leeuwenhoek hanya menggunakan jenis mikroskop yang sangat
sederhana.
Kemudian berkembang, munculnya jasad renik berasal dari dekomposisi jaringan tumbuhan/hewan
yang telah mati atau dengan kata lain kehidupan muncul begitu saja dan berasal dari bahan mati,
sehingga dikenal dengan teori Generatio Spontanea: Abiogenesis (abio: tidak hidup, genesis: asal).
Teori tersebut diperkuat dengan pembuktian bahwa daging yang dibiarkan membusuk akan
menghasilkan belatung.
Namun, teori tersebut dapat dipatahkan oleh Francesco Redi, dkk. melalui beberapa percobaan
yang dilakukannya, sehingga berkembang teori baru yang dikenal dengan Generatio Spontanea:
Biogenesis yang menyatakan bahwa kehidupan berasal dari bahan yang hidup. Hal ini dibuktikan
bahwa belatung pada daging yang membusuk tidak terjadi secara mendadak dan berasal dari bahan
mati. Tetapi, lalat tertarik dengan daging yang membusuk, kemudian bertelur di atas kain yang
menutupi dagingnya, baru kemudian tumbuh belatung. Teori itupun akhirnya disanggah lagi oleh
beberapa tokoh yang menyatakan bahwa mikroorganisme terjadi tidak secara tiba-tiba. Tokohtokoh tersebut antara lain: John Needham, Lazzaro Spallanzani. Sedangkan John Tyndall dan Louis
Pasteur adalah tokoh-tokoh yang memberikan sanggahan akhir terhadap teori generation spontanea
dengan dibuktikannya proses fermentasi, dengan menyatakan bahwa mikroorganisme hanya dapat
muncul atau timbul akibat dari aktivitas jasad renik lain.
Saat ini informasi yang diperoleh dari mikrobiologi memberikan sumbangan besar, khususnya dalam
mengawasi penyakit menular. Selain itu, mikroorganisme telah digunakan untuk mempelajari

berbagai proses biokimia yang diketahui terjadi pula pada bentuk kehidupan yang lebih tinggi.
Banyak fakta tentang metabolisme manusia yang diketahui sekarang mula-mula diketahui terjadi
pada mikroorganisme. Demikian pula dengan teknologi yang sekarang sedang popular, misal
Rekayasa Genetik, yang tidak lain merupakan perkembangan genetika molekuler yang menjelaskan
bagaimana gen mengatur aktivitas sel. Semua ini berasal dari studi tentang mikroorganisme.
Jadi, bidang mikrobiologi tidak hanya studi tentang penyebab penyakit tetapi merupakan studi
tentang semua aktivitas hayati mikroorganisme. Diharapkan di waktu mendatang, dapat
mengendalikan kelainan genetika dan penyakit seperti kanker. Selain itu, juga diharapkan dapat
diperoleh berbagai varietas hewan/tumbuhan yang berkualitas (cepat panen, tahan penyakit, dan
produktivitasnya tinggi).

Tinjauan Umum Protista


Mikroorganime terbagi menjadi 2 kelompok, yaitu:
A. Protista Prokariotik, meliputi: eubakteri, bakteri, dan ganggang biru (Sianobakteri)
B. Protista Eukariotik, meliputi: algae, protozoa, fungi (termasuk khamir dan jamur)
Perbedaan pokok kedua kelompok protista tersebut seperti terlihat pada tabel berikut:
N Kompone
o.
n

Struktur
1

Prokariotik

struktur sel lebih


sederhana
tidak ada membran
internal yang
memisahkan nukleus dg
sitoplasma

Nukleus

Komposisi
:
3
ribosom
dinding
sel

Eukariotik

struktur sel lebih


rumit/kompleks
membran internal
berupa Retikulum
Endoplasma

berupa DNA yang berhubungan


memiliki membran nukleus
dengan sitoplasma

berupa 70S=50S+30S
terdiri dari
mukopeptida

berupa
80S=60S+40S
terdiri dari selulosa

Organisasi
Genetik
Kromoso
m
histon dan
nukleosom

kromoso
m
diploid
transkri
psi
dan tran
slasi

Kelompok
Organisme

tidak ada
sirkuler/lingkaran(+
plasmid)
haploid
berlangsung cepat

Bakteri, Sianobakteria

ada
tubuler/lurus
diploid
berlangsung lama

Cendawan, Algae,
Protozoa

A. Prokariotik
Adalah kelompok mikroorganisme yang tidak mempunyai membran nukleus, kromosomnya terdiri
dari asam deoksiribonukleat (DNA) dengan atau tanpa protein, dan pembelahannya amitotik.
Kelompok organisme Prokariotik mencakup:

1. Bakteri, yang dicirikan dengan:


a

habitat: tersebar luas di alam

ukuran: 0,2-2

sistem transfer genetik unik

uniseluler

tidak mempunyai klorofil

reproduksi aseksual dengan pembelahan transversal, biner

bentuk dasar: bulat (coccus), batang (basil/silindris), lengkung (spiral)

sifat Gram: Gram positif dan negatif

dikelompokan ke dalam kelas Schizomycetes, yang terbagi menjadi:


1) Eubakteri (bakteri sejati)
2) Bakteri yang mempunyai ciri-ciri mendekati Eubakteri
3) Bakteri yang sifat sangat berbeda dengan Eubakteri

2. Sianobakteri (ganggang biru):


a

bersifat fotosintetik karena mempunyai klorofil. Namun proses fotosintesis berbeda


dengan organisme eukariot

mempunyai pergerakan khusus yang disebut meluncur (gliding) atau merambat


(creeping) karena adanya flagella

uniseluler: bentuk koloni atau benang (filament)

jenis: blue green bacteria dan blue green algae

B. Eukariotik
Eukariotik adalah kelompok organisme yang sel-selnya mengandung nukleus yang dikelilingi oleh
membran nukleus, kromosom terdiri dari asam deoksiribonukleat yang membentuk kompleks
dengan sejumlah protein dan jumlah protein lebih dari satu. Kelompok mikroorganisme ini
mempunyai nukleus sejati.
Kelompok organisme eukariotik, mencakup:

1. Algae
a

habitat: terdapat dimana-mana terutama di tempat yang lembab tetapi cahaya


matahari masih dapat mencapainya

fotosintetik

uniseluler: bentuk benang

diklasifikasikan berdasarkan: bentuk, warna, dan habitus

2. Protozoa
a

habitat: air, air tergenang, debu, tanah, feces, bahkan lautan

merupakan hewan mikroskopis uniseluler

dapat bersifat patogen pada manusia dan hewan

penting dalam simbiose pada Ruminansia

bila keadaan lingkungan tidak sesuai dapat membentuk sista (cyste)

reproduksi aseksual dengan cara:


1) pembelahan transversal dan longitudinal
2) pembelahan schizogeni
3) konyugasi

diklasifikasikan berdasarkan morfologi dan cara pergerakannya

3. Fungi atau Cendawan


a

habitat: sangat luas tetapi tidak seluas bakteri

sifat: untuk kapang berbentuk filamen, dan khamir berbentuk uniseluler

reproduksi aseksual: dengan pembentukan tunas, pembentukan spora, pembelahan


sel, dan reproduksi seksual: dengan konyugasi isogami, konyugasi heterogami, dan
konyugasi askospora

sel vegetatif: haploid dan diploid

4. Jamur
a

habitat: tanah, buah-buahan, air, air laut, bahan makanan, bahan organik, parasit
pada tanaman, hewan, manusia

multiseluler: berbentuk benang (hifa/miselium)

tidak berklorofil

penting dalam perombakan bahan-bahan organik, industri fermentasi, pembuatan


antibiotik

hifa: septa (sekat) dan asepta( tanpa sekat)

reproduksi: aseksual dan seksual

diklasifikasikan berdasarkan sifat morfologi dan fisiologi

Pembiakan dan Pertumbuhan


Mikroorganisme
.

Pada bahasan berikut ini dititikberatkan pada metode/prosedur untuk menumbuhkan (membiakan)
mikroorganisme di laboratorium. Terdapat beberapa mikroorganisme memerlukan keadaan yang
sangat khusus, misalnya tidak ada O2 sama sekali (kondisi an aerob), sedikit O2 (microaerofilik),
mutlak ada O2 (aerob), ada/tidak ada O2 (fakultatif). Selain itu, biasanya mikroorganisme di alam
masih terdapat dalam bentuk campuran, dengan kata lain terdiri dari beberapa jenis
mikroorganisme atau belum murni. Oleh karena itu, di dalam penelaahan terhadap suatu
mikroorganisme, selain ditumbuhkan juga perlu dilakukan isolasi. Berikut ini akan dibahas tentang
beberapa teknik isolasi mikroba dan pertumbuhan/pembiakannya.

A. Isolasi Mikroba
Beratus-ratus spesies mikroba dapat menghuni berbagai macam bagian tubuh kita, misal: mulut,
saluran pencernaan, kulit, dll. Sekali bersin dapat menyebarkan beribu-ribu mikroorganisme. Satu
gram kotoran manusia/hewan dapat mengandung jutaan bakteri. Udara, air, tanah, juga dihuni oleh
sekumpulan mikroorganisme.
Populasi mikroorganisme tersebut pada umumnya terdapat dalam populasi campuran. Amat jarang
mikroorganisme tersebut dijumpai sebagai satu spesies tunggal. Di sisi lain, untuk mencirikan dan
mengidentifikasikan suatu spesies mikroorganisme tertentu, yang pertama harus dilakukan adalah
memisahkannya dari organisme lain, hingga diperoleh biakan murni. Biakan murni adalah biakan
yang sel-selnya berasal dari pembelahan satu sel tunggal.
Proses pemisahan/pemurnian dari mikroorganisme lain perlu dilakukan karena semua pekerjaan
mikrobiologis, misalnya telaah dan identifikasi mikroorganisme, memerlukan suatu populasi yang
hanya terdiri dari satu macam mikroorganisme saja. Teknik tersebut dikenal dengan Isolasai
Mikroba. Terdapat berbagai cara mengisolasi mikroba, yaitu: 1) isolasi pada agar cawan, 2)
isolasi pada medium cair, dan 3) Isolasi sel tunggal

1) Isolasi pada agar cawan


Prinsip pada metode isolasi pada agar cawan adalah mengencerkan mikroorganisme sehingga
diperoleh individu spesies yang dapat dipisahkan dari organisme lainnya. Setiap koloni yang terpisah
yang tampak pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal dari satu sel tunggal. Terdapat beberapa
cara dalam metode isolasi pada agar cawan, yaitu: Metode gores kuadran, dan metode agar
cawan tuang

Metode gores kuadran. Bila metode ini dilakukan dengan baik akan menghasilkan
terisolasinya mikroorganisme, dimana setiap koloni berasal dari satu sel.

Metode agar tuang. Berbeda dengan metode gores kuadran, cawan tuang menggunakan
medium agar yang dicairkan dan didinginkan (50oC), yang kemudian dicawankan.
Pengenceran tetap perlu dilakukan sehingga pada cawan yang terakhir mengandung
koloni-koloni yang terpisah di atas permukaan/di dalam cawan.

2) Isolasi pada medium cair


Metode isolasi pada medium cair dilakukan bila mikroorganisme tidak dapat tumbuh pada
agar cawan (medium padat), tetapi hanya dapat tumbuh pada kultur cair. Metode ini juga
perlu dilakukan pengenceran dengan beberapa serial pengenceran. Semakin tinggi
pengenceran peluang untuk mendapatkan satu sel semakin besar.

3) Isolasi sel tunggal


Metode isolasi sel tunggal dilakukan untuk mengisolasi sel mikroorganisme berukuran
besar yang tidak dapat diisolasi dengan metode agar cawan/medium cair. Sel
mikroorganisme dilihat dengan menggunakan perbesaran sekitar 100 kali. Kemudian sel
tersebut dipisahkan dengan menggunakan pipet kapiler yang sangat halus ataupun
micromanipulator, yang dilakukan secara aseptis.

B. Isolasi Mikroba
Setelah diperoleh biakan murni (koloni yang berasal dari sel tunggal), mikroorganisme tersebut siap
dilakukan telaah dan identifikasi, dan kemudian ditumbuhkan sesuai tujuan.
Pertumbuhan pada mikroorganisme diartikan sebagai penambahan jumlah atau total massa sel yang
melebihi inokulum asalnya. Telah dijelaskan pada bahasan sebelumnya, bahwa sistem reproduksi
bakteri adalah dengan cara pembelahan biner melintang, satu sel membelah diri menjadi 2 sel
anakan yang identik dan terpisah. Selang waktu yang dibutuhkan bagi sel untuk membelah diri
menjadi dua kali lipat disebut sebagai waktu generasi. Waktu generasi pada setiap bakteri tidak
sama, ada yang hanya memerlukan 20 menit bahkan ada yang memerlukan sampai berjam-jam atau
berhari-hari.
Bila bakteri diinokulasikan ke dalam medium baru, pembiakan tidak segera terjadi tetapi ada
periode penyesuaian pada lingkungan yang dikenal dengan pertumbuhan. Kemudian akan
memperbanyak diri (replikasi) dengan laju yang konstan, sehingga akan diperoleh kurva
pertumbuhan. Pada kurva pertumbuhan dikenal beberapa fase pertumbuhan, yaitu:
1) fase lamban/lag phase/fase adaptasi
2) fase cepat/fase log/eksponensial
3) fase statis
4) fase kematian
Fase lamban
Fase lamban merupakan periode awal dan merupakan fase penyesuaian diri (adaptasi), sehingga
tidak ada pertambahan jumlah sel bahkan kadang-kadang jumlah sel menurun.
Fase cepat

Fase cepat merupakan periode pembiakan yang cepat. Pada periode ini dapat teramati ciri-ciri sel
yang aktif. Waktu generasi pada setiap bakteri dapat ditentukan pada fase cepat ini. Pada fase
tersebut dapat terlihat beberapa sel mulai membelah, yang lainnya setengah membelah, dan yang
lainnya lagi selesai membelah.
Fase statis
Pada fase statis pembiakan mulai berkurang dan beberapa sel mati. Apabila laju pembiakan sama
dengan laju kematian, maka secara keseluruhan jumlah sel tetap konstan. Hal ini dapat disebabkan
karena berkurangnya nutrien ataupun terbentuknya produk metabolisme yang cenderung
menumpuk mungkin menjadi racun bagi bakteri yang bersangkutan.
Fase kematian
Fase kematian merupakan fase dimana proses pembiakan telah berhenti. Sel-selnya sudah mati,
yang kemudian akan diikuti dengan proses lisis. Apabila laju kematian melampaui laju pembiakan,
maka jumlah sel sebenarnya menurun

Virus
Bagaimana komentar Anda terhadap virus flu burung, yang saat ini virus flu burung tersebut sedang
ramai dibicarakan dalam berbagai media massa? Mengapa virus tersebut hingga saat ini belum dapat
ditemukan antivirusnya? Mungkin setelah Anda mempelajari materi virus ini Anda dapat
berkomentar banyak tentang virus flu burung tersebut. Secara umum, virus memiliki ciri-ciri
seperti berikut:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.

merupakan parasit intraseluler obligat


tidak mempunyai sistem pembangkit ATP
tidak mempunyai ribososm untuk mensintesis protein
hanya mengandung 1 tipe asam nukleat: RNA atau DNA saja
mempunyai ukuran: 20-250 nanometer
tidak mempunyai daya hambat terhadap antibiotik
hanya berbentuk sebagai pembungkus protein dan disebut kaspid

Dengan melihat beberapa ciri-ciri tersebut, virus tidak akan dapat hidup tanpa adanya kehadiran
inang. Jadi, virus sangat bergantung kepada inang, atas hal ini virus dapat dikelompokkan menjadi:

A. Virus Bakterial
Virus bakterial adalah virus yang menyerang bakteri dan disebut sebagai bakteriofage atau fage.
Virus yang sempurna secara struktural, matang serta mampu menginfeksi disebut virion. Virus
bakterial dicirikan dengan:

1) Morfologi
Morfologi bakteriofage/fage terdiri dari bagian kepala yang berbentuk polyhedral, dan bagian
ekor yang berbentuk batang. Atas dasar tersebut fage dapat dikelompokkan menjadi 6 tipe,
yaitu: tipe A, B, C, D, E, dan F.

2) Asam nukleat

Morfologi pada setiap fage berbeda tergantung pada tipe asam nukleat. Terdapat fage yang
mengandung DNA utas ganda, DNA utas tunggal, RNA utas ganda, dan RNA utas tunggal.

3) Komponen-komponen kimia lain

Fage terbagi menjadi bagian inti, yang berupa asam nukleat dan bagian selubung yang berupa
protein, yang terdiri dari sejumlah sub unit/molekul protein.

4) Reproduksi
Peristiwa yang berlangsung selama reproduksi pada setiap fage pada dasarnya sama, yaitu
meliputi:
a. Penyerapan/adsorpsi
b. Penetrasi
c. Replikasi
d. Perakitan dan lisis
e. Lisogeni

Ad 1. Adsorpsi merupakan langkah awal virus dalam melakukan reproduksi melalui infeksi.
Diawali dengan bagian ujung ekor virus akan melekat pada dinding sel. Namun, bila bakteri
kehilangan kemampuan dalam mensintesis reseptor untuk fage yang khas maka bakteri menjadi
resisten terhadap infeksi fage.

Ad 2. Penetrasi. Setelah

fase penyerapan, dilanjutkan dengan fase penetrasi. Fage akan


menginjeksikan asam nukleatnya ke sitoplasma bakteri, sementara bagian selubung protein tetap
di luar bakteri.

Ad 3. Replikasi. Segera setelah asam nukleat diinjeksikan ke bakteri, virus akan mengambil
alih sistem metabolik inang, sehingga menyebabkan asam nukleat bakteri tidak akan disintesis,
melainkan fage akan mensintesis asam nukleatnya sendiri.

Ad 4. Perakitan dan Lisis. Setelah DNA tersebut digandakan, beberapa saat kemudian
(sekitar 25 menit) akan terakit sejumlah 200 fage baru. Dengan demikian sel bakteri akan pecah,
melepaskan fage-fage baru dan fage siap menginfeksi kembali bakteri-bakteri lain, dan memulai
lagi daur reproduksi seperti tersebut di atas.

Ad 5. Lisogeni. Tidak semua virus dalam menginfeksi inang mengambil alih pembuatan asam
nukleat, tetapi terdapat virus yang justru bergabung ke dalam DNA inang/bakteri atau DNA fage
menjadi bagian material genetik bakteri inangnya, kemudian melakukan replikasi bersama
sehingga disebut profage.

B. Virus Hewan/Tumbuhan
Virus yang menyerang hewan/tumbuhan dan berkembang biak di dalam sel inang, kemudian
dapat menimbulkan penyakit. Secara umum biologi dasar virus hewan/tumbuhan sama dengan
fage. Namun, virus hewan/tumbuhan mempunyai sifat-sifat khusus, antara lain:

1. Morfologi

Tersusun dari suatu inti asam nukleat yang terletak di tengah dan dikelilingi oleh suatu kapsid,
yang terbuat dari kapsomer-kapsomer. Berdasarkan morfologi virus hewan dan tumbuhan dapat
dikelompokkan menjadi 4, yaitu: ikosahedral, helikal, bersampul, dan kompleks.

2. Asam nukleat
Virus hewan mempunyai 4 jenis asam nukleat, yaitu DNA berutas tunggal, DNA berutas ganda,
RNA berutas tunggal, dan RNA berutas ganda. Sedang virus tumbuhan mempunyai DNA berutas
tunggal, RNA berutas tunggal, dan RNA berutas ganda.

3. Komponen-komponen kimia lain


Selain asam nukleat, terdapat senyawa kimia lain yang menyusun virus hewan dan tumbuhan,
yaitu protein, lipid, dan karbohidrat.

4. Reproduksi (replikasi)

Multiplikasi virus pada masing-masing sel yang terinfeksi terjadi dalam serangkaian proses yang
tidak tergantung satu sama lain, yang memuncak pada perakitan asam nukleat virus, protein
virus, dan komponen virus yang lain. Rincian langkah reproduksi berbeda-beda untuk setiap tipe
virus, tetapi secara umum sebagai berikut:

a.

adsorpsi
Adsorpsi virion pada tempat reseptor yang khas pada permukaan sel inang, merupakan
reaksi yang paling khas antara virus dengan sel inang. Sel yang tidak mempunyai reseptor,
resisten terhadap infeksi virus.

b.

penetrasi dan pelepasan

c.

replikasi

Penetrasi terjadi dengan penelanan virion utuh atau bergabungnya pembungkus virus
dengan membran sel inang sehingga hanya nukleokapsid yang memasuki inang. Beberapa
saat kemudian, pembungkus asam nukleat dilepaskan, dan keluar asam nukleat virus dan
kapsid.
Asam nukleat virus akan mengalami replikasi dan terjadi sintesis protein.

d.

perakitan

e.

pembebasan

Setelah replikasi asam nukleat virus, segera dirakit komponen virus menjadi nukleokapsid.
Virus yang terdapat sebagai nukleokapsid telanjang dilepaskan dengan cara lisis atau
ditekan keluar oleh sel inang, melalui membran sel inang yang khas

Penggolongan Bakteri dan Metabolismenya


Sistem klasifikasi organisme yang diakui hingga saat ini adalah klasifikasi menurut Woese, yang
membagi organisme menjadi 3 kingdom, yaitu: Archae, Bacteria, dan Eukaria. Klasifikasi sistem
Whittaker yang berkembang sebelumnya membagi organisme menjadi 5 kingdom, yaitu Monera,
Protista, Cendawan, Hewan, dan Tumbuhan. Bila dibandingkan antara klasifikasi sistem Whittaker
dan Woese dengan sistem klasifikasi sebelumnya, hanya berbeda dalam pengelompokkannya.
Diantara kelompok-kelompok tersebut mempunyai kekerabatan evolusioner.
Jadi pada dasarnya klasifikasi organisme yang berkembang yang terakhir merupakan
penyempurnaan dari sistem klasifikasi sebelumnya. Dalam hal ini Woese menyempurnakan sistem
klasifikasi Whittaker, karena Woese membagi organisme ke dalam 3 kingdom berdasarkan ribosomal
RNA.

A. Dasar-dasar Klasifikasi
Secara umum yang dipelajari dalam dasar-dasar klasifikasi mikroorganisme (taksonomi,
nomenklatur, konsep spesies) sama dengan dasar-dasar klasifikasi pada hewan maupun tumbuhan.
Hanya pada bakteri, terdapat acuan standar untuk klasifikasi dan identifikasi, yaitu berdasarkan
buku Bergeys Manual of Determinative Bacterology. Buku tersebut berisikan tentang
pengelompokkan mikroba ke dalam 19 kelompok yang berdasarkan pada beberapa ciri yang dapat
ditetapkan dengan mudah. Kelompok tersebut meliputi: bakteri fototrof, bakteri luncur, bakteri
berselongsong, bakteri aerob/an aerob, bakteri Gram-/+, bakteri pembentuk spora, dan
sebagainya.

B. Enzim dan Metabolisme Bakteri


Seperti halnya dasar-dasar klasifikasi, sistem enzim pada mikroorganisme juga sama dengan sistem
enzim pada hewan/tumbuhan (tata nama, klasifikasi enzim, sifat & mekanisme kerja enzim, faktor
yang berpengaruh terhadap kerja enzim, penghambatan kerja enzim).
Ternyata kegiatan kimiawi yang dilakukan oleh sel bakteri sangat rumit, hal ini disebabkan adanya
berbagai bahan yang digunakan sebagai nutrien dan berbagai ragam substansi yang dihasilkan oleh
sel bakteri. Namun, ini dapat dilakukan tidak lain karena peran enzim.
Metabolisme bakteri merupakan proses penggunaan dan perolehan energi. Pada bagian ini yang
paling penting adalah berbagai proses yang dilakukan bakteri dalam memperoleh energi, antara lain
melalui proses: oksidasi reduksi, fosforilasi oksidatif, fotosintesis, fermentasi, respirasi aerob dan
an aerob. Semua proses metabolik tersebut, tidak lain bertujuan untuk menghasilkan energi/ATP,
yang akan digunakan untuk proses metabolik berikutnya dalam memenuhi kebutuhannya hidupnya
(tumbuh dan bereproduksi).
ATP yang dihasilkan pada setiap proses metabolisme berbeda. Mengingat bakteri ada yang
dikelompokkan sebagai bakteri aerob dan bakteri an aerob, maka proses reaksi metaboliknyapun
ada yang berlangsung di bawah kondisi aerob maupun an aerob, untuk menghasilkan/memproduksi
energi/ATP. Selain itu, juga terdapat proses fotosintetik untuk memproduksi energi.

1. An aerob
Glikolisis
Diartikan sebagai perombakan glukosa. Setelah glukosa diubah menjadi piruvat, bila tidak
terdapat oksigen maka akan mengalami proses fermentasi, dimana pasangan elektron
digunakan untuk mereduksi asam piruvat menjadi asam laktat dan etanol. Tapi bila ada
oksigen, maka pasangan elektron akan memasuki rantai angkutan elektron.
Pada setiap satu molekul glukosa, 2 molekul ATP dikonsumsi, 4 molekul ATP dibentuk, sehingga
hasil bersihnya adalah 2 molekul ATP (lihat modul gambar 5.4). Secara keseluruhan glikolisis
dapat diringkas sbb:
C6H12O6 + 2 NAD + 2 ADP + 2 Pa

glukosa
fosfat an organik

2CH3COCOOH + 2NADH2 + 2 ATP


piruvat

Lintasan Pentosa Fosfat


Ini dilakukan bila substratnya berupa gula berkarbon 5 (pentosa fosfat), missal dalam sintesis
nukleotida. Pada lintasan ini juga menyangkut beberapa reaksi lintasan glikolotik, maka
lintasan pentosa ini dipandang sebagai glikolisis yang langsir.
Fermentasi
Bakteri an aerob menggunakan berbagai macam fermentasi untuk menghasilkan energi dengan
bahan organik sebagai donor aseptor elektron.

2. Aerob
Terdapat banyak proses yang dilakukan secara aerob, antara lain: rantai angkut elektron,
siklus krebs/asam tri karboksilat (TCA), katabolisme lipid, katabolisme protein.
a) Rantai Angkutan Elektron

Dikenal sebagai sistem sitokrom/rantai respirasi, merupakan serangkaian reaksi oksidasireduksi untuk pembentukan ATP. Fungsi reaksi ini menerima elektron dari senyawa-senyawa
tereduksi dan memindahkannya pada O2 dengan akibat terbentuknya air. Pada reaksi ini
dibebaskan energi yang cukup besar untuk pembentukan ATP. Siklus ATP ini disebut fosforilasi
oksidatif.
b) Siklus Krebs
Pada siklus Krebs banyak senyawa intermediet yang dihasilkan yang merupakan precursor
dalam biosintesis asam amino, purin, pirimidin, dan sebagainya. Secara keseluruhan siklus TCA
dapat diringkas sebagai berikut:
Asetil KoA+3H2O+3NAD+FAD+ADP+Pa

2CO2+KoA+3NADH2+FADH2+ATP

c) Katabolisme Lipid
Perombakan lipid atau lemak diawali dengan pecahnya trigliserida oleh penambahan air
sehingga terbentuk gliserol dan asal lemak dengan bantuan enzim-enzim lipase.
Trigliserida + 3H2O gliserol + asam-asam lemak (enzim lipase)
Gliserol 3-pospat + NAD+ dehidroksi aseton pospat + NADH2 (enz.gliserol dehidrogenase)
d) Katabolisme Protein
Perombakan protein menjadi asam amino, dengan reaksi sebagai berikut:
Protein peptida peptidase
Asam amino setelah mengalami peruraian oksidatif memasuki siklus TCA untuk dioksidasi lebih
lanjut.

3. Fotosintesis
Algae dan sianobakteria adalah merupakan organisme fotoautotrof, yaitu menggunakan cahaya
sebagai sumber energi dan CO2 sebagai sumber karbon satu-satunya.

Genetika Mikroba
Genetika mikroba adalah telaah mengenai pewarisan dan keragaman ciri-ciri suatu mikroorganisme.
Kelompok prokariotik terutama bakteri karena merupakan organisme berkromosom tunggal,
sehingga perubahan bahan genetik mengakibatkan perubahan ciri yang dapat diekspresikan dengan
segera dan mudah diamati. Hal ini yang mengakibatkan bakteri memberi sumbangan yang cukup
besar dalam mempelajari genetika.

A. Genetika Prokariot
Sintesis Protein
Gen akan diwariskan dalam bentuk sekuen asam nukleat, tetapi peranannya baru terlihat melalui
ekspresi gen dalam bentuk protein yang esensial bagi pertumbuhan dan kegiatan sel. Terdapat 3
tahapan dalam pewarisan informasi genetik, yaitu:
1. Replikasi DNA
Didefinisikan sebagai pembentukan DNA baru dari DNA lama. Telah diketahui bahwa genom
bakteri berupa molekul DNA yang sirkuler dan dobel heliks. Bila genom bakteri bereplikasi
maka struktur dobel heliks akan dipisahkan menjadi utas tunggal, dan masing-masing utas
tunggal ini akan menjadi template (cetakan) untuk membentuk utas baru yang berpasangan

dengan utas lama. Jadi dari satu molekul DNA setelah melakukan replikasi akan membentuk
2 DNA, 4, 8, 16, dst.
2. Transkripsi
Adalah proses pemindahan informasi dari DNA ke RNA. Pada proses ini terjadi pembentukan
RNA yang komplementer dengan salah satu utas DNA. Telah diketahui bahwa DNA adalah
berutas ganda, jadi utas DNA yang identik dengan m RNA disebut utas kodon. Sedang utas
yang satunya disebut template. m RNA ini harus diterjemahkan ke dalam urutan asam
amino polipeptida.
3. Translasi
Translasi adalah proses penerjemahan informasi dari RNA menjadi protein. Proses ini
terbagi menjadi beberapa tahap, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
a. Inisiasi
Inisiasi merupakan proses yang berjalan lambat. Pada reaksi ini dibentuk 2 asam amino
pertama dari protein.
b. Elongasi
Elongasi merupakan reaksi yang berjalan cepat. Pada reaksi ini terjadi pembentukan
ikatan peptida yang pertama sampai yang terakhir.
c. Terminasi
Proses reaksi akan berhenti bila ribosom sampai pada kodon terminasi (UAA, UAG, UGA),
sehingga akan terjadi pelepasan rantai polipeptida. Proses terminasi merupakan reaksi
yang berjalan lambat.

B. Dasar Molekuler Variasi


1. Mutasi dan penyebab mutasi

Mutasi diartikan sebagai suatu perubahan genetik yang dapat diwariskan, dan merupakan bagian
penting dalam evolusi. Protein yang diekspresikan melalui gen dalam bentuk asam nukleat tidak
selalu berjalan sesuai dengan apa yang diharapkan. Kadang-kadang terjadi penyimpangan
dalam pembentukan asam-asam nukleat tersebut, yang antara lain disebabkan karena terjadi
mutasi. Mutasi dapat menyebabkan terjadinya perubahan urutan DNA. Faktor-faktor yang dapat
menjadi penyebab mutasi, antara lain: akibat kesalahan replikasi, iradiasi (sinar X, UV), urutan
DNA yang mirip, bahan kimia. Jenis-jenis mutasi, antara lain: substitusi pasangan basa,
penyisipan/pengurangan basa DNA, mutasi nonsense, mutasi letal.

2. Mekanisme pemindahan bahan genetik


Terdapat 3 mekanisme pemindahan bahan genetik, yaitu:
a.
Transformasi: pengambilan DNA telanjang langsung dari lingkungan
b.
Transduksi: pemindahan DNA dari satu bakteri ke bakteri lain melalui perantara virus
bakteri
(bakteriofag/ fage)
c.
Konyugasi: pemindahan secara langsung DNA bakteri melalui kontak antar sel bakteri.