Kelebihan dan kemudahan sistem filtrasi air berbasis membran telah menyebabkan

peningkatan dalam penggunaan untuk mengolah air dan limbah. Namun karena
biofouling pada membran tersebut, sehingga menyebabkan terbentuknya biofilm,
penurunan fluks dalam membran, biaya energi meningkat dan memperpendek usia
membran. Karakteristik dari membran terlalu mempengaruhi kemungkinan terjadinya
biofouling, termasuk muatan permukaan dan hidrofobik. Biofouling pada membran
biasanya diatasi dengan koagulasi atau dengan bahan kimia seperti klorin selama
backwash. Meskipun pretreatment efektif untuk mengontrol biofouling, banyak membran
polimer tidak bisa menahan korosif pembersih kimia.
Penggunaan ultrafiltrasi untuk menghilangkan virus dari air dibatasi oleh ukuran
terkecil virus dan ukuran pori membran yang relatif besar. Ketidaksempurnaan
permukaan membran dapat meningkatkan kemungkinan penetrasi virus selama infiltrasi.
Dengan demikian, membran ultrafiltrasi jarang mengalami removal virus yang efektif
tanpa pretreatment tertentu atau prosedur pasca treatment.