Memorias II Congreso Latinoamericano de Ingeniera Biomdica, Habana 2001, Mayo 23 al 25, 2001, La Habana, Cuba

NEUROLAB INSTRUMENTO VIRTUAL PARA CONTROLE DA

AQUISIO DE POTENCIAIS EXTRACELULARES NEURONAIS
Mateus Joffily, Eliane Volchan1, Jurandir Nadal
Programa de Engenharia Biomdica / COPPE, 1Laboratrio de Neurobiologia II / IBCCF
Universidade Federal do Rio de Janeiro, Caixa Postal 68510, 21945-970 Rio de Janeiro, Brasil,
mateus@peb.ufrj.br

RESUMO
O Neurolab um instrumento virtual desenvolvido com o
objetivo de integrar diversos recursos necessrios a pesquisas
em eletrofisiologia neuronal. O sistema permite o registro de
potenciais extracelulares, a deteco de disparos neuronais
em tempo-real pelo mtodo de discriminao de amplitude, o
controle de dispositivos externos geradores de estmulo e a
construo em tempo-real de histogramas da freqncia de
disparo do neurnio isolado (PSTH - Peri-Stimulus Time
Histogram) e grficos do espalhamento dos disparos ao longo
do tempo (Raster). Todo o sinal multiunitrio registrado pode
ser gravado em disco para posterior reclassificao e anlise.
Os dados de sada so facilmente visualizados por planilhas
eletrnicas e aplicativos de processamento, sem a
necessidade de converso de formato. O Neurolab foi
desenvolvido em LabVIEW 5.1 (National Instruments,
Austin, USA), sendo compatvel com diversas plataformas
computacionais e dispositivos de aquisio de sinais. O seu
emprego em experimentos de neurofisiologia atendeu s
necessidades da pesquisa, permitindo o controle centralizado
dos procedimentos e a reduo do nmero de equipamentos
necessrios.
Palavras-chave: eletrofisiologia, potencial extracelular,
instrumentao virtual, LabVIEW.

1. INTRODUO
O estudo da atividade de neurnios corticais em animais in
vivo , geralmente, feito atravs da penetrao de um
arranjo de microeletrodos extracelulares na rea cortical de
interesse e do registro dos potenciais extracelulares [1]. O
potencial extracelular registrado varia de acordo com o
fluxo de corrente no meio extracelular, o qual depende
principalmente dos potenciais de ao e potenciais pssinpticos excitatrios e inibitrios provenientes da
populao de neurnios situada prxima ao stio de registro
[2].
Para o estudo da atividade de neurnios isolados
necessrio o emprego de sistemas que permitam a deteco
e a classificao dos potenciais de ao (disparos)
provenientes de cada neurnio presente no potencial
extracelular. Diferentes mtodos de classificao tm sido
propostos [3], tais como anlise paramtrica da morfologia
dos disparos, componentes principais e template matching.
Cada mtodo apresenta vantagens e desvantagens, sendo
que a melhor escolha depende das caractersticas do
experimento. Alguns experimentos necessitam de uma
anlise dos disparos em tempo-real, o que descarta o uso de

mtodos computacionalmente mais complexos. A vantagem

da anlise em tempo-real que as propriedades do neurnio
em estudo podem ser avaliadas durante o andamento dos
prprios experimentos, direcionando e otimizando a
realizao dos mesmos.
Sistemas adaptveis a diferentes desenhos experimentais
so teis nas pesquisas em eletrofisiologia cortical,
permitindo que uma variedade de paradigmas possam ser
abordadas. O uso de instrumentos virtuais (instrumentos
desenvolvidos em software) introduz uma flexibilidade e
dinamismo na instrumentao de um laboratrio que
dificilmente seria possvel por outros meios. Instrumentos
virtuais tm como principais caractersticas a rapidez e
flexibilidade no desenvolvimento e atualizao,
simplicidade e baixo custo, alm de serem facilmente
compartilhados por diferentes laboratrios. O desempenho
geral do sistema pode ser progressivamente melhorado,
acompanhando os avanos tecnolgicos de hardware e
software, mudando-se basicamente a plataforma
computacional ou perifricos sobre os quais o instrumento
implementado, sem a necessidade de maiores alteraes nos
seus algoritmos.
O presente trabalho descreve um instrumento virtual,
Neurolab, desenvolvido para aquisio e anlise em temporeal de potenciais extracelulares corticais, visando atender
s necessidades do Laboratrio de Neurobiologia II do
Instituto de Biofsica Carlos Chagas Filho da Universidade
Federal do Rio de Janeiro (IBCCF/UFRJ).

2. MATERIAIS E MTODOS
O Neurolab foi desenvolvido em LabVIEW 5.1 (National
Instruments, Austin, USA), em um microcomputador
Pentium II (Intel, Santa Clara, USA) de 233 MHz, com 192
Mbytes de memria RAM e sistema operacional Windows
95 (Microsoft, Redmond, USA). Para a aquisio dos sinais
e controle do gerador de estmulos, utilizou-se uma placa
conversora A/D-D/A PCI-MIO-16XE-10 (National
Instruments, Austin, USA).
Para registro do potencial extracelular utilizado um
microeletrodo de tungstnio de alta impedncia (~1 M)
acoplado a um amplificador P511J (Grass, Quincy, USA)
com ganho de 50.000 e banda passante na faixa de 300 Hz a
10 kHz (Fig. 1). O sinal amplificado e filtrado amostrado
pela placa A/D instalada no microcomputador a uma
freqncia de amostragem de 32 kHz. Esta taxa de
amostragem se baseia em trabalhos anteriores, que a
apontaram como suficiente para um bom isolamento dos
disparos neuronais registrados [4][5].

950-7132-57-5 (c) 2001, Sociedad Cubana de Bioingeniera, artculo 00319

Banco ptico

Config
(*.cfg)

Amplificador
A=50000
LF=300Hz
HF=10kHz
GRASS, P511J

MU
(*.scl)

Raster
(*.rst)

Conversor A/D
fs=32kHz
National Instrum.,
PCI-MIO-16XE10

PSTH
(*.hst)

MU

Neurolab

Amplificador
de udio
Sinal de controle

Fig. 1 - Esquema do setup experimental montado com o sistema Neurolab

O isolamento dos neurnios efetuado pelo mtodo de

discriminao de amplitude, segundo o qual os disparos so
detectados e classificados baseado na definio de dois
nveis de amplitude: mnimo e mximo (Fig. 2). Somente os
disparos cujos picos situem-se entre esses dois nveis so
considerados. Na atual verso, o sistema permite que
apenas o sinal proveniente de um nico eletrodo seja
registrado por vez, e que apenas a atividade de um neurnio
seja isolada por registro, em tempo-real.
Simultaneamente aquisio do potencial extracelular, o
sistema gera sinais de controle para um dispositivo externo
de estimulao. No caso dos experimentos do Laboratrio
de Neurobilogia II, onde so feitos estudos no crtex visual,
o dispositivo de estimulao um banco ptico que projeta
estmulos luminosos em uma tela plana, situada no campo
visual do animal experimental.
Histogramas da freqncia de disparo (PSTH - PeriStimulus Time Histogram) e o rastreamento (Raster) dos
disparos do neurnio isolado durante a projeo do
estmulo no campo visual do animal so exibidos pelo
sistema em tempo-real. Todas as sadas do programa so
gravadas em disco (PSTH e Raster) para posterior anlise e
visualizao. Todos os parmetros especificados no
experimento so armazenados em um arquivo de
configurao. O sinal multiunitrio registrado (MU)
tambm pode ser armazenado em disco, ao todo ou em
segmentos.
Os dados do PSTH so codificados em formato ASCII e
podem ser visualizados por diferentes editores de texto,
planilhas eletrnicas ou aplicativos de processamento. O
arquivo de configurao tambm armazenado em formato
ASCII. enquanto os arquivos de Raster e STM utilizam o
formato binrio de 16 bits, para economia de espao. Tais
arquivos podem se tornar extremamente grandes,
dependendo do nmero de varreduras do estmulo no
campo visual, da durao das varreduras, da freqncia de
resposta do neurnio isolado e da freqncia de
amostragem utilizada. Supondo um teste de 10 varreduras,
cada uma com durao de 15 s, e uma freqncia de
amostragem de 32 kHz, um arquivo de STM poder ocupar
aproximadamente 10 Mbytes de disco. A maioria dos
aplicativos de processamento de sinais permite o acesso
direto aos dados binrios, sem necessidade de converso de
formato.

Fig. 2 esquerda, trecho de sinal MU registrado no crtex visual

primrio do gamb (Didelphis aurita). As linhas horizontais sobre o sinal
registrado representam os nveis mximo e mnimo do discrimandor de
amplitude. direita, disparos detectados por esta janela e sobrepostos,
tendo o valor de mximo como ponto fiducial. A sobreposio dos
disparos permite uma avaliao da qualidade do isolamento.

Para cada disparo do neurnio isolado detectado, o

Neurolab gera um pulso na sada digital da placa
conversora, que aplicado a um sistema de udio. O sinal
sonoro permite que se tenha uma estimativa da freqncia
de disparo do neurnio. O sinal MU registrado tambm
pode ser aplicado ao mesmo sistema de udio por meio de
uma chave seletora, para monitorao auditiva da atividade
neuronal.
A interface com o usurio constituda de trs telas
distintas. Na primeira tela (Tela de Protocolo) o usurio
fornece os parmetros relativos ao teste a ser realizado
(nmero de varreduras, durao do estmulo, tipo de
estmulo etc.). Na segunda tela (Tela de Configurao), o
usurio fornece os dados sistema de aquisio de sinais
(identificador da placa A/D, freqncia de amostragem,
tamanho da fila de entrada etc.). A ltima tela (Tela
Principal) mantida durante todo o procedimento
experimental. O usurio assume o controle do teste e
visualiza o sinal registrado e os grficos gerados (PSTH e
Raster).

3. RESULTADOS
A tela principal do Neurolab emula o painel frontal de um
equipamento (Fig. 3). Na janela grfica situada no canto
superior esquerdo exibido o sinal MU registrado. Duas
barras horizontais, que podem ser vistas sobre essa janela,
definem o nvel de mximo e mnimo do discriminador de
amplitude. O isolamento dos neurnios feito a partir do
posicionamento desses nveis, de forma que os disparos que
caiam entre esses dois nveis de amplitude sejam detectados
e mostrados na janela grfica no canto superior direito. Os
disparos detectados so exibidos em sobreposio,
juntamente com as barras dos nveis, de maneira que se
tenha um controle da qualidade do isolamento. Estas barras,
na janela da direita, podem ser movidas diretamente com o
mouse, ou alterando-se o valor de cada nvel no controle
situado ao lado esquerdo da janela.
Uma vez feito o isolamento do neurnio desejado, o teste
iniciado pressionando-se o boto Inicia Teste. Neste
momento, o Neurolab dispara o dispositivo gerador de

Fig. 3 - Tela principal do Neurolab

estmulos e exibe os grficos de PSTH e Raster para o teste

em andamento, utilizando janelas distintas para cada
sentido de varredura. Estatsticas do nmero de disparos
detectados, disparos por segundo e disparos por varredura
so apresentadas e atualizadas durante o teste.
A gravao do sinal MU pode ser automtica, iniciada
juntamente com o teste, ou controlada pelo usurio atravs
de boto especfico. Ao final do teste, todos os arquivos de
sada gerados (configurao, PSTH, Raster e MU) so
armazenados em disco.
Atualmente, o Neurolab est sendo utilizado em um
microcomputador Pentium III (Intel, Santa Clara, USA) de
500 MHz, com 128 Mbytes de memria RAM e sistema
operacional Windows 98 (Microsoft, Redmond, USA).
Nessa nova configurao, o sistema apresentou uma
melhora na velocidade de processamento, reduzindo
metade o atraso que havia no ambiente de desenvolvimento,
de aproximadamente 6 ms, entre dois acessos consecutivos
fila de entrada do conversor A/D. Contudo, tal diferena
no crtica para a realizao dos experimentos.

4. Discusso
O Neurolab integra todo o controle do experimento numa
plataforma computacional moderna e flexvel. A interface
grfica do sistema permite a visualizao simultnea do
sinal multiunitrio registrado, dos disparos detectados e dos
grficos de PSTH e de Raster em tempo-real, centralizando
a ateno do pesquisador e tornando os experimentos
menos cansativos e mais produtivos. A forma de ajuste dos

nveis do discriminador de amplitude e a superposio dos

disparos detectados numa mesma janela grfica permitem
uma boa monitorao da qualidade do isolamento dos
disparos.
A atual verso do sistema limitada a um canal, permitindo
a aquisio do sinal de um nico eletrodo por vez. Tal
restrio devida, fundamentalmente, disponibilidade de
um nico amplificador para potenciais extracelulares. Alm
disso, s permite isolar a atividade de um nico neurnio,
ou grupo de neurnios, atravs do critrio de discriminao
de amplitude. No entanto, a disponibilidade do sinal MU
armazenado em disco permite que o mesmo seja processado
off-line, para a deteco de atividades de outros neurnios
ou reclassificao dos disparos por outros mtodos mais
sofisticados.
As facilidades incorporadas ao Neurolab o tornam til no
apenas a experimentos de eletrofisiologia cortical, mas a
qualquer experimento que requeira o registro de um sinal
bio-eltrico simultaneamente ao controle de dispositivos
externos e anlise de eventos passveis de discriminao
pelo critrio de amplitude.
Existem diversos sistemas para aquisio e classificao de
disparos neuronais disponveis comercialmente. A principal
vantagem desses sistemas a disponibilidade de um
conjunto de recursos j implementados, requerendo um
gasto mnimo de tempo e programao para coloc-los
operando. Porm, algumas desvantagens decorrem da opo
por um sistema comercial. Primeiro, o custo desses
sistemas , normalmente, bastante elevado para a realidade

de pases em desenvolvimento. Segundo, os sistemas

comerciais funcionam como caixas-pretas, onde o usurio
fica restrito s facilidades j implementadas pelo fabricante.
Terceiro, nem sempre possvel se interligar sistemas
produzidos por diferentes fabricantes, reduzindo a liberdade
de escolha do usurio na aquisio de novos recursos de
software e hardware. Quarto, os mtodos mais modernos
de classificao e anlise so, em geral, desenvolvidos no
meio acadmico e somente em um estgio posterior so
disponibilizados nos sistemas comerciais. Portanto, desde
que o laboratrio disponha de recursos humanos
capacitados, a melhor relao custo/benefcio , em
princpio, obtida com a implementao de seus prprios
sistemas. Adicionalmente, deve-se considerar a importncia
do domnio tecnolgico sobre os recursos necessrios
pesquisa, o qual confere autonomia ao laboratrio para
futuras modificaes de seus experimentos.
A principal vantagem do Neurolab em relao as sistemas
disponveis comercialmente o baixo custo, bastando um
microcomputador com o software LabVIEW e uma placa
conversora compatvel com as necessidades do
experimento. Outra vantagem o fato do seu cdigo ser
aberto e todo escrito em G (linguagem de programao do
LabVIEW, baseada em blocos grficos de fcil
aprendizado), o que possibilita a implementao
relativamente rpida de novos recursos para adapt-lo a
outros protocolos experimentais [6].
O Neurolab est em uso no Laboratrio de Neurobiologia II
do IBCCF/UFRJ, mostrando-se eficiente e
de fcil operao. A sua introduo permitiu a reduo do
nmero de equipamentos necessrios ao setup experimental
e a centralizao dos procedimentos de controle em um
nico computador.

AGRADECIMENTOS
Este projeto contou com suporte financeiro do Ministrio de
Cincia e Tecnologia / Brasil (PRONEX e CNPq),
Ministrio da Educao / Brasil (CAPES) e da Fundao de
Amparo Pesquisa do Rio de Janeiro (FAPERJ).

REFERNCIAS
[1]

[2]
[3]

[4]

[5]

[6]

R. Lemon, Methods for neural recording in conscious animals,

IBRO Handbook Series, vol. 4, Chichester: John Wiley & Sons, ,
1984.
D. Johnston, S.M. Wu., "Foundations of cellular neurophysiology",
1 ed., Cambridge: MIT Press, 1995.
M. S. Lewicki, "A review of methods for spike sorting: the
detection and classification of neural action potentials", NetworkComputation in. Neural Systems, vol. 9, n. 4, pp. R53-R78, 1998.
M. S. Fee, P. P. Mitra, D. Kleinfeld, Automatic sorting of multiple
unit neuronal signals in the presence of anisotropic and nonGaussian variability, Journal of Neuroscience. Methods, vol. 69,
n. 2, pp. 175-188, 1996.
A. K. Kreiter, W. Singer, Stimulus-dependent synchronization of
neural responses in the visual cortex of the awake macaque
monkey, Journal of Neuroscience., vol. 16, n. 7, pp. 2381-2396,
1996.
LabVIEW User Manual, National Instruments, Austin, 1998.

NEUROLAB - VIRTUAL INSTRUMENT FOR CONTROLING

THE ACQUISITION OF NEURONAL EXTRACELLULAR
POTENTIALS
ABSTRACT
The aim of this work was to develop a virtual instrumentation system (Neurolab) for controlling real-time
acquisition and analysis of neuronal extracellular potentials. The system was projected to use in visual cortex
experiments. Neurolab integrates several resources required for extracellular potential research, including
multiunit signal recording, real-time spike sorting by amplitude discrimination, the control of external devices for
stimuli generation, and on-line display of PSTHs (Peri-Stimulus Time Histogram) and Rasters. The bounding of
these resources allows the researchers to evaluate and redirect the experiment during its realization. Neurolab has
also the option of saving the whole multiunit signal on disk for off-line analysis. The system was developed in
LabVIEW 5.1 (National Instruments, Austin, USA) and is compatible with several computer platforms and data
acquisition devices. Spreadsheet and signal processing tools can easily import the output data without requiring
format conversion.