BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Atom dan Molekul

Definisi molekul yang sederhana yaitu bagian yang terkecil dari suatu zat yang masih
mempunyai sifat yang sama dengan zat tersebut. Sebagai contoh, suatu molekul gula
adalah bagian yang terkecil dari zat gula, yang masih mempunyai sifat gula meskipun
secara fisik tidak tampak seperti butiran gula. Contoh lain adalah molekul air. Seperti
zat lain, air tersusun atas molekul-molekul. Di dalam molekul, kita masih dapat
menemukan bagian terkecil lagi yang tidak tampak dengan mata. Ada sekitar 100 jenis
bagian yang lebih kecil dari molekul yang disebut atom.

Gambar 2.1 Struktur atom dan molekul

Di alam semesta terdapat sekitar 105 jenis atom. Semua zat dan molekul terdiri
dari satu atau lebih atom, karena atom-atom adalah bahan dasar dari suatu molekul
yang nantinya akan membentuk senyawa atau zat. Atom ini juga biasa disebut elemen
atau unsur. Contoh bebrapa unsur, antara lain : Hidrogen (H), Argon (Ar), Nitrogen
(N), Oksigen (O), Besi (Fe), dan sebagainya. Dua atom atau lebih atom yang sama
atau berbeda bergabung membentuk molekul. Berdasarkan jenis atom pembentuknya,

Universitas Sumatera Utara

molekul dibedakan atas molekul unsur dan molekul senyawa. Molekul unsur adalah
molekul yang terbentuk dari gabungan dua atom atau lebih atom atom yang sejenis.
Molekul senyawa adalah molekul yang terbentuk dari atom atom yang tidak sejenis.
Misalnya H 2 O (molekul air), CO 2 (molekul karbon dioksida), molekul (NH 3 ), dan
sebagainya.
Sebelum membahas lebih jauh tentang dinamika molekul, terlebih dahulu
perlu didefenisikan pengertian dari sistem dan lingkungan karena dinamika molekul
pada dasarnya adalah mengamati perilaku molekul-molekul yang saling berinteraksi
satu sama lain dan juga interaksi dalam suatu sistem terhadap lingkungannya. Sistem
adalah suatu keadaan yang menjadi pusat perhatian atau apa yang diamati, sedangkan
Lingkungan adalah segala sesuatu yang berada di luar sistem yang dapat
mempengaruhi keadaan sistem secara langsung. Pemisah antara sistem dan
lingkungan disebut batas yang secara teoritis tidak memiliki massa maupun volume
yang signifikan. Apabila antara sistem dan lingkungan memungkinkan terjadinya
pertukaran materi dan energi, maka sistem tersebut merupakan sistem terbuka. Jika
hanya terbatas pada pertukaran energi sedangkan materi tidak dapat menembus batas
maka sistem tersebut merupakan sistem tertutup. Sedangkan jika pertukaran materi
maupun energi tidak mungkin terjadi, maka sistem tersebut merupakan sistem
terisolasi
Lingkungan

sistem

molekul
Batas

Gambar 2.1 Sistem dan lingkungan

Universitas Sumatera Utara

Dalam sistem terdapat ensemble yang merupakan kumpulan dari keadaan

sistem yang memiliki keadaan makroskopis sama tetapi memiliki keadaan
mikroskopis berbeda. Beberapa contoh ensemble yang sering digunakan dalam
dinamika molekul adalah ensemble mikroknonikal, ensemble kanonikal, ensemble
isobarik-isotermal. Namun pada simulasi dinamika molekul ini hanya dibatasi pada
ensemble mikrokanonikal yaitu ensemble yang memiliki karakteristik jumlah
molekul N dan volume V yang tidak berubah serta energi total yang tetap pula.
Ensemble ini merupakan sistem terisolasi sehingga tidak ada interaksi antara sistem
dan lingkungan, dengan demikian energi tidak dapat keluar dan memasuki sistem dan
energi totalnya akan tetap konstan.
Dari segi mikroskopik, didefenisikan bahwa suatu gas hanya dapat didekati
dengan memakaikan hukum-hukum mekanika klasik secara statistik. Yang
merupakan deenisi mikroskopik tersebut adalah:
1. Suatu gas terdiri partikel-pertikel, yang dinamakan molekul-molekul.
Bergantung pada gas tersebut, maka setiap molekul terdiri dari sebuah
atom atau sekelompok atom. Jika gas tersebut merupakan sebuah elemen
atau suatu persenyawaan dan berada dalam suatu keadaan stabil, maka kita
dapat meninjau semua molekulnya sebagai molekul-molekul yang identik.
2. Molekul-molekul bergerak secara serampangan dan menuruti hukumhukum gerak Newton. Molekul-molekul bergerak di dalam semua arah dan
dengan berbagai laju. Di dalam menghitung sifat-sifat geraka, maka kita
menganggapbahwa mekanika Newton dapat dipakai pada tingkat
mikroskopik.
3. Jumlah seluruh molekul adalah besar. Arah dan laju gerakan dari setiap
molekul dapat berubah secara tiba-tiba karena tumbukan dengan dinding
atau dengan molekul lain. Setiap molekul khas akan mengikuti sebuah
jalan yang berliku-liku karena tumbukan-tumbukan ini. akan tetapi karena
banyaknya jumlah molekul yang terlibat maka kita menganggap bahwa
jumlah besar tumbukan yang dihasilkan akan mempertahankan distribusi
kecepatan molecular secara keseluruhan dan keserampangan/ keacakan
gerakan.
4. Volume molekul-molekul merupakan jumlah pecahan kecil yang dapat
diabaikan dari volume yang ditempati oleh gas tersebut

Universitas Sumatera Utara

5. Tidak ada gaya-gaya yang cukup besar (appreciable forces) yang beraksi
pada molekul-molekul kecuali selama tumbukan
6. Tumbukan-tumbukan adalah elastic dan tumbukan-tumbukan terjadi dalam
waktu yang sangat singkat. Tumbukan antarmolekul dengan dinding
wadah akan mempertahankan kekekalan energy kinetik.

2.2 Dinamika Molekul

Dinamika molekul merupakan suatu pembahasan mengenai pergerakan molekulmolekul yang saling berinteraksi. Sedangkan Simulasi Dinamika Molekul
(Molecular Dynamics Simulation)

merupakan suatu teknik simulasi yang

memungkinkan kita untuk melihat pergerakan molekul dalam suatu material dengan
cara menghitung gerakan tiap atom satu persatu. Materi pada skala makroskopis
terdiri dari molekul-molekul yang jumlahnya sangat banyak. Namun dikarenakan
adanya keterbatasan komputasi, maka simulasi dinamika molekul ini hanya dapat
melakukan perhitungan untuk jumlah ratusan ataupun ribuan molekul saja walaupun
pada dasarnya jika dilibatkan molekul dengan jumlah lebih banyak maka akan
semakin realistik hasil yang diperoleh. Hal ini dapat dilakukan dengan menggunakan
fungsi batas dari gaya potensial masing-masing molekul yang terlibat sehingga hanya
dengan menggunakan sampel

ratusan molekul saja kita sudah dapat melihat

bagaimana dunia atomic berinteraksi.

Keunggulan lain dari simulasi dinamika molekul ini adalah sifatnya yang
deterministik, artinya jika keadaan suatu materi pada waktu tertentu telah diketahui
maka keadaan materi tersebut pada waktu berbeda dapat ditentukan dengan tepat. Hal
yang paling penting dalam melakukan simulasi dinamika molekul ini adalah
melakukan pemodelan sistem, yang terdiri dari model interaksi antar molekul dan
model interaksi antar molekul dengan lingkungannya. Pemodelan sistem ini akan
menentukan kebenaran simulasi dari segi fisis.
Adapun langkah-langkah yang harus dilakukan dalam melakukan simulasi
dinamika molekul adalah sebagai berikut:

Universitas Sumatera Utara

Pemodelan
Dinamika
Molekul

Simulasi
Dinamika
Molekul

Pengembangan
model

Pengembangan
persamaan
gerak

Pemodelan
distribusi dan
posisi

Pemodelan
interaksi
antarmolekul

Inisialisasi

Ekuilibrium

Produksi

Analisa
Hasil

Gambar 2.2 Bagan simulasi dinamika molekul

Dinamika molekul dilakukan dengan langkah-langkah berikut:

1. Pengembangan model
Pengembangan model dilakukan sebagai persiapan awal simulasi. Model ini
dapat diperoleh berdasarkan teori. Model interaksi antarmolekul dilakukan
apabila terjadi interaksi antar molekul satu dengan lainnya sehingga
dibutuhkan pengembangan persamaan gerak. Interaksi antar sistem dan
lingkungan dibutuhkan untuk pengendalian tekanan dan juga temperatur
sistem
2.

Simulasi dinamika molekul

Metode molecular dynamics (dinamika molekul) mengkomputasi phase spase
trajectory dari suatu koleksi molekul yang secara individu mengikuti hukum
klasik dari motion. Simulasi awal dilakukan sistem dengan energi yang konstan,
point awal adalah Hamiltonian yang mendskripsikan interaksi anata N partikel.
Secara analisis, solusi sistem dari persamaan differensial order kedua didapat
dengan melakukan integrasi dua kali dari waktu 0 ke waktu t untuk
mendapatkan velocity(kecepatan) dan posisi.

Universitas Sumatera Utara

Simulasi komputer dari sistem molecular dapat dibagi menjadi 3 tahapan yaitu:
1. Tahap Inisialisasi (Initialitation)
Pada tahap ini kondisi awal ditetapkan Tahap inisialisasi terdiri dari
penentuan sistem unit, dan parameter simulasi. Inisialisasi melibatkan
penentuan posisi awal dan kecepatan awal molekul-molekul. Pada
algoritma ini anggap posisi adalah dan velocity diambil dari distribusi
Boltzman
2. Tahap Ekuilibrium (Equilibration)
Equilibrium dapat dibangun jika sistem sudah ditetapkan untuk energi
kinetik dan potensial tertentu.
3. Tahap Produksi (Production)
Tahap produksi adalah tahap utama dalam simulasi dinamika molekul
yaitu ketika hasil simulasi telah diperoleh. Program diawali dengan
pendeklarasian variabel dan parameter yang digunakan dalam program.
Lalu dilanjutkan dengan menyiapkan inisial konfigurasi agar diperoleh
hasil.

Molekul-molekul yang berada dekat batas sistem atau permukaan memiliki molekul
tetangga yang lebih sedikit dari pada yang berada di tengah sistem sehingga
mengakibatkan efek permukaan yang sangat kecil sedangkan simulasi dinamika
molekul ini juga sangat dipengaruhi oleh efek permukaan. Hal ini menyebabkan
informasi yang akan diperoleh dominan merupakan sifat materi yang berada dekat
permukaan, padahal yang paling penting untuk diamati adalah sifat materi itu sendiri.
Untuk menghindari hal ini, maka interaksi molekul dengan batas dihilangkan dengan
menggunakan syarat batas periodik.

Universitas Sumatera Utara

Sel primer

Sel Citra

Sel Citra

Sel Citra

Gambar 2.3 Sel Primer dan sel citra

Objek yang diamati dibagi menjadi sel-sel yang identik satu sama lain. Sel yang
diamati disebut dengan sel primer sedangkan sel lain yang tidak diamati disebut
dengan sel citra yang juga memiliki semua informasi (misalnya posisi dan kecepatan
molekul) yang sama dengan sel primer. Pembuatan syarat batas periodik ini
memberikan implikasi yaitu apabila sebuah molekul meninggalkan sel primer,
molekul tersebut akan digantikan dengan sel citranya yang masuk ke dalam sel primer
secara bersamaan. Posisi molekul yang keluar dari sel primer tersebut diganti dengan
posisi baru yaitu posisi citranya yang masuk ke dalam sel primer. Kondisi ini
menyebabkan jumlah atom yang berada dalam sel akan konstan.

2.3 Mekanika Klasik

Mekanika Klasik adalah bagian dari ilmu fisika mengenai gaya yang bekerja pada
benda. Sering dinamakan "Mekanika Newton" dari Newton dan Hukum Gerak
Newton. Mekanika klasik dibagi menjadi sub bagian lagi, yaitu statika (mempelajari
benda diam), kinematika (mempelajari benda bergerak), dan dinamika(mempelajari

Universitas Sumatera Utara

benda yang terpengaruh gaya). Penyebab gerak suatu benda atau partikel disebut
sebagai dinamika gerak. Dalam pembahasan mengenai dinamika molekul ini, akan
dibahas mengenai konsep-konsep yang menghubungkan kondisi gerak benda dengan
keadaan-keadaan luar yang menyebabkan perubahan gerak benda. Dalam dinamika
molekul ini, digunakan ketiga hukum Newton:
1. Hukum Inersia atau kelembaman, menyatakan bahwa suatu partikel akan
cenderung untuk mempertahankan geraknya. Suatu partikel apabila diam,
maka akan tetap diam dan apabila bergerak maka akan tetap bergerak dengan
kecepatan konstan selama tidak ada pengaruh luar yang mengubah kondisi
geraknya.
2. Hukum Newton kedua menyatakan bahwa percepatan sebanding dengan
resultan gaya yang dialami oleh benda tersebut dan bernading terbalik dengan
massanya, dan arah percpatan sejajar dengan arah gayanya. Jika partikel
dengan massa m menerima gaya

, maka partikel tersebut akan mengalami

percepatan sebesar

(2.1)

3. Hukum Newton ketiga ini disebut dengan hukum aksi-reaksi. Jika partikel i
memberikan gaya pada partikel j sebesar

, maka partikel j akan memberikan

gaya pada partikel i sebesar

(2.2)

Dari pembahasan di atas dapat disimpulkan bahwa kuantitas gerak suatu benda
tergantung pada massa inersia dan juga kecepatan benda. Untuk itu didefenisikan
suatu besaran vector yang disebut sebagai momentum yang merupakan kuantitas
gerak suatu benda. Ketiga hukum Newton ini memberikan konsekwensi hukum
kekekalan momentum. Dalam suatu sistem terisolasi (ensemble mikrokanonikal),
momentum dari masing-masing partikel dapat berubah-ubah akibat interaksi satu
sama lain, namun momentum totalnya tidak berubah. Momentum total sistem diamati
guna memeriksa kebenaran simulasi untuk mikrokanonikal ensemble.

Universitas Sumatera Utara

(2.3)

Dimana m adalah massa molekul dan p adalah momentum molekul.

2.4 Mekanika Statistik

Mekanika statistika adalah aplikasi dari teori probabilitas yang mengkombinasikan
matematika ke bidang mekanika yang menangani gerak partikel atau objek yang
dikenai suatu gaya. Mekanika statistik ini dibutuhkan untuk mengkonversi
informasi pada skala atomic menjadi informasi pada skala makroskopik.
Kemampuan untuk membuat prediksi makroskopik berdasarkan informasi dari
sifat mikroskopik. Konsep partikel bebas diperkenalkan ketika suatu partikel bebas
dari adanya pengaruh gaya atau interasi dari luar sistem fisis yang ditinjau.
Dikatakan, dalam kerangka acuan inersia, ruang bersifat homogeny dan isotropic.
Jika partikel bebas bergerak dengan kecepatan konstan dalam suatu sistem
koordinat selama interval waktu tertentu tidak mengalami perubahan kecepatan,
sehingga konsekwensinya adalah waktu bersifat homogen.
Menurut mekanika statistic, kuantitas fisis diperoleh sebagai rata-rata
konfigurasi tersebut terhadap waktu. Konfigurasi posisi dan momentum molekulmolekul menentukan sifat-sifat yang dimiliki oleh materi tersebut sifat-sifat
tersebut antara lain adalah energi, temperature, tekanan, dan entalpi dan
sebagainya.

2.4.1 Energi Kinetik

Energy kinetic sistem adalah jumlah dari energy kinetic setiap molekul.

(2.4)

Dengan

Sedangkan energy total suatu sistem tersusun dari energy potensial dan juga
energi kinetik sistem.

Universitas Sumatera Utara

(2..5)

Untuk sistem terisolasi dimana tidak ada energy yang menembus batas, sistem bersifat
konservatif atau energi sistem konstan. Konservasi energi ini adalah salah satu cara
untuk memeriksa kebenaran simulasi ensemble mikrokanonikal.

2.4.2 Energi Potensial

Persamaan berdasarkan fisika Kuantum menyatakan gerak tiap partikel di alam
semesta ditentukan oleh potensial yang dibentuk oleh medan gaya dari partikelpartikel lain di sekitarnya. Energy potensial adalah jumlah dari semua energy
potensial molekul-molekul dalam sistem.

(2.6)

Dengan

adalah

set

posisi

titik

pusat

massa

atom

atau

molekul,

, sedangkan energy total suatu sistem tersusun dari

energy potensial dan juga energi kinetik sistem.

(2.7)

Untuk sistem terisolasi dimana tidak ada energy yang menembus batas, sistem bersifat
konservatif atau energi sistem konstan. Konservasi energi ini adalah salah satu cara
untuk memeriksa kebenaran simulasi ensemble mikrokanonikal.

2.4.3 Temperatur
Ditinjau menurut termodinamika statistik, temperature merupakan suatu skala dari
energy kinetic molekul-molekul penyusunnya. Untuk tiga dimensi, hubungan antara
energy kinetik terhadap temperatur dinyatakan oleh:
(2.8)
Atau

Universitas Sumatera Utara

(2. 9)

Dimana K adalah energy kinetic total sistem, N adalah jumlah molekul sistem,
adalah konstanta Boltzman dan T adalah temperature.

2.4.4 Tekanan
Tekanan didefenisikan sebagai gaya yang bekerja tegak lurus pada suatu satua luas,
yang secara matematis dinyatakan dengan:
(2.10)

Dengan menggunakan Hukum Newton kedua:

(2.11)

Maka tekanan dapat dinyatakan sebagai suatu fluks momentum atau momentum
yang menembus suatu satuan luas dalam suatu satuan waktu. Sedangkan menurut
termodinamika statistik, tekanan seperti ini terdiri dari dua bagian yaitu:
1. Fluks momentum akibat molekul yang menembus suatu permukaan luas
selama dt, dinotasikan dengan

(2.12)

2. Fluks momentum akibat gaya yang bekerja antara dua molekul yang berada
pada sisi yang berbeda dari permukaan luas, dinotasikan dengan (

(2.13)

Maka tekanan total menurut termodinamika statistik adalah:

(2.14)

Universitas Sumatera Utara

2.4.5 Distribusi kecepatan

Untuk memahami bagaimana distribusi kecepatan dalam suatu wadah pengamatan
kotak kubus, dapat diandaikan saja apabila kotak pengamatannya diam, distribusi
kecepatan itu akan simetris di sekitar kecepatan nol(jumlah molekul yang bergerak ke
kanan akan sama banyaknya dengan jumlah molekul yang bergerak ke kiri), dan kita
juga memperkirakan bahwa distribusinya akan sedemikian rupa sehingga peluang
untuk menemukan sebuah molekul dengan kecepatan besar adalah sangat kecil sekali.
Hal ini disebabkan molekul-molekul dalam materi dapat memiliki kecepatan yang
berbeda-beda sehingga terbentuk suatu distribusi kecepatan. Secara statistik dapat
diperoleh bahwa molekul-molekul akan paling banyak berada paa suatu kecepatan
tertentu, dan akan semakin berkurang jumlah molekulnya dengan semakin jauh
kecepatan ny dari suatu kecepatan tersebut. Salah satu penyebabnya adalah karena
molekul-molekul dalam materi akan saling bertabrakan dan berinteraksi. Interaksi ini
menyebabkan adanya pemerataan energy kinetic, karena molekul yang bergerak lebih
cepat memberikan tambahan momentum pada molekul yang bergerak lebih lambat
dan sebaliknya. Distribusi kecepatan yang terjadi berbentuk distribusi normal, dan
dinamakan disribusi Maxwell-Boltzman. Distribusi Maxwell-Boltzman bergantung
waktu suhu ini dirumuskan dengan:
(2.15)

Gambar 2.4. Distribusi kecepatan molekul pada berbagai temperature

Universitas Sumatera Utara

2.4.6 Jalan bebas rata-rata

Diantara tumbukan-tumbukan yang berturutan, sebuah molekul dalam suatu gas akan
bergerak dengan laju yang konstan sepanjang sebuah garis lurus. Jarak rata-rata
diantara tumbukan-tumbukan yang berturutan seperti itu dinamakan dengan jalan
bebas rata-rata (mean-free-path).

Gambar 2.5 Jalan bebas rata-rata molekul

Sebuah molekul yang berjalan melalui suatu gas, bertumbukan dengan

molekul-molekul lain sepanjang jalan yang dilaluinya. Sudah tentu bahwa semua
molekul lainnya bergerak dengan cara yang sama. Seandainya molekul-molekul
adalah titik-titik, maka molekul tidak akan bertumbukan sama sekali dan jalan bebas
rata-rata sama dengan tak berhingga. Akan tetapi, molekul-molekul bukanlah
merupakan titik-titik dan karena itu terjadilah tumbukan-tumbukan. Jika molekulmolekul tersebut sangat banyak jumlahnya sehingga menempati seluruh ruangan yang
tersedia bagi molekul-molekul tersebut, dan tidak ada lagi ruangan untuk gerakan
translasi, maka jalan bebas rata-rata akan sama dengan nol. Jadi jalan bebas rata-rata
dihubungkan kepada ukuran molekul dan banyaknya molekul persatuan volume. Jalan
bebas rata-rata l adalah jarak rata-rata di antara tumbukan-tumbukan yang berturutan.
Maka l merupakan jarak total vt yang ditempuh di dalam waktu t dibagi dengan
banyaknya tumbukan yang terjadi di dalam waktu ini. secara matematis ditulis
dengan:

Universitas Sumatera Utara

(2.16)

2.4.7 Gerak Brown

Gerak Brown dinamai menurut ahli Botani Inggris Robert Brown yang pada tahun
1827 menemukan bahwa tepung sari yang tergantung di dalam air memperlihatkan
gerak sebarang yang kontinu jika dilihat di bawah mikroskop. Mula-mula gerak ini
dianggap sebagai suatu bentuk kehidupan, tetapi segera ditemukan bahwa partikelpartikel yang tidak bersifat organik sekalipun memiliki perilaku yang serupa. Tidak
ada keterangan kuantitatif mengenai fenomena ini hingga dikembangkannya teori
kinetik. Kemudian pada tahun 1905, Albert Einstein menegmbangkan teori Gerak
Brown Einstein menyebutkan bahwa harus ada pergerakan suatu gerak partikelpartikel mikroskopik yang terbuka kepada pengamatan tanpa mengetahui bahwa
pengamatan-pengamatan yang menyangkut gerak Brown ternyata telah lama dikenal.

Gambar 2.6 Sketsa Gerak Brown

Gambar di atas merupakan sketsa gambar yang ditemukan oleh V. Henry pada
tahun 1908 dari pengamatan sinematografinya mengenai gerakan Brown. Henry
menggunakan sebuah mikroskop dengan kamera gambar dengan kecepatan 20
kerangka/detik, dan setiap pembukaan sebesar 1/320 detik. Garis-garis yang berliku-

Universitas Sumatera Utara

liku memperlihatkan keadaan dari lima partikel. Skala pada alas dibagi-bagi atas
micrometer(micron = nilai 10 -6)
Awalnya partikel-partikel yang diamati adalah sangat besar dibandingkan
dengan molekul-molekul fluida dan ditembaki secara terus-menerus pada semua sisi
oleh molekul-molekul tersebut. Jika partikel cukup besar dan jumlahnya juga besar,
maka banyaknya molekul yang sama akan menumbuk partikel-partikel pada semua
sisi pada setiap saat.untuk partikel yang lebih kecil dengan jumlah lebih kecil maka
banyaknya molekul yang menumbuk berbagai sisi partikel pada setiap saat, sematamata hanyalah merupakan kemungkinan, mungkin tidak sama, yakni akan terjadi
fluktuasi.maka partikel pada setiap saat mengalami gaya yang tak seimbang yang
menyebabkan partikel tersebut bergerak dengan berbagai cara dengan sangat tidak
teratur.

2.5 Model Interaksi Antarmolekul

2.5.1 Potensial Lennard Jones
Energi intermolekuler yang juga disebut dengan energi potensial didefenisikan sebagai
perbedaan antara energi molekul dan juga penjumlahan energi kompleks molekul
yang terpisah. Pada pemisahan tak terhingga, energy intermolekul adalah nol, dan
ketika kedua molekul saling mendekati satu sama lain, energi intermolekul mulai
menjadi negative dan mulai mencapai keadaan keseimbangan jika mempunyai energy
intermolekul terendah. Jika dua molekul ini saling mendekat maka energi
intermolekulnya tidak lagi menjadi negative tetapi menjadi positif kembali (tolakmenolak). Untuk satu pasangan molekul, potensial intermolekul adalah suatu fungsi
orientasi relative terhadap jarak antara kedua pusat massa molekul.
Model interaksi antarmolekul

yang diperlukan adalah hukum gaya

antarmolekul, yang ekivalen dengan fungsi energy potensial antarmolekul. Pemilihan

energi fungsi energi potensial harus dilakukan sebelum melakukan simulasi.
Pemilihan model interaksi antarmolekul sangant menentukan kebenaran simulasi dari
sudut pandang fisika. Karena berada dalam skala atomik, interaksi secara prinsip harus
diturunkan secara kuantum, dimana perilaku prinsip ketidakpastian Heisenberg.
Namun kita dapat melakukan pendekatan mekanika klasik dimana atom dan molekul
dianggap sebagai suatu titik pusat massa. Model interaksi itu harus memenuhi dua
kriteria. Pertama, molekul-molekul harus mampu menahan tekanan pasangan molekul

Universitas Sumatera Utara

yang saling berinteraksi. Ini berarti ada gaya tolak-menolak antarmolekul. Kedua,
molekul-molekul tersebut harus saling mengikat, atau adanya gaya tarik-menarik.
Pada suatu jarak tertentu, kedua
gaya tersebut saling meniadakan sehingga gaya resultannya sama dengan nol.
Untuk N jumlah atom dalam suatu simulasi maka fungsi energy potensial
adalah

dimana

adalah set posisi titik pusat massa atom atau molekul,

dimana

. Salah satu model energy potensial antara dua

molekul yang dikembangkan adalah Potensial Lennard Jones. Model ini dianggap
paling sederhana, namun memiliki ketelitian yang baik untuk simulasi. Model
potensial ini dirumuskan dengan:

(2.17)
Dengan n dan m merupakan bilangan bulat positif yang dipilih,dimana n > m, i dan j
adalah indeks dari molekul,
sedangkan

adalah parameter jarak, dan

atau jarak antara molekul i

dan j,

adalah parameter yang menyatakan

kekuatan interaksi. Pilihan yang umum untuk m dan n adalah m=6 dan n=12.

Sehingga persamaan (2.17) menjadi

(2.18)

Gambar 2.7 Potensial Lennard Jones untuk atom Argon

Universitas Sumatera Utara

2.5.2 Gaya Antarmolekul

Gaya-gaya di antara molekul-molekul adalah berasal dari gaya elektromagnet.
Molekul-molekuli ini netral secara listrik dengan pengertian bahwa muatan negatif
dari elektron-elektron adalah sama besarnya dan berlawanan tandanya dengan muatan
inti-inti. Bila dua molekul saling mendekati, maka muatan pada masing-masing
molekul akan terganggu dan berpindah sedikit dari kedudukan yang biasa sedemikian
rupa sehingga jarak rata-rata diantara muatan yang berlawanan di dalam kedua-dua
molekul tersebut adalah sedikit lebih kecil daripada jarak rata-rata diantara muatan
yang sejenis. Maka, sebuah gaya tarik-menarik antarmolekul akan dihasilkan. Ini
hanya terjadi bila molekul-molekul sangat dekat terhadap satu sama lain, sehingga
gaya-gaya ini hanya beraksi pada jarak-jarak pendek (short range forces). Jika
molekul-molekul tersebut sangat dekat terhadap satu sama lain sehingga muatanmuatannya yang sebelah luar mulai tumpang tindih (overlap), maka gaya antarmolekul
tersebut menjadi gaya tolak menolak.
Gaya merupakan negatif dari gradien potensial. Jika dianggap molekul kirakira berbentuk simetri bola, maka kita dapat menjelaskan gaya-gaya antarmolekul
secara grafik dengan menggambarkan tenaga potensial bersama dari dua molekul,U,
sebagai fungsi dari jarak r di antara titik pusat molekul-molekul tersebut. Gaya F
yang beraksi pada setiap molekul dihubungkan dengan tenaga potensial U oleh:

(2.19)

Untuk potensial Lennard Jones, besar gaya adalah:

(2.20)

Gaya positif adalah gaya tolak menolak dan gaya negatif adalah gaya tarik-menarik.
Model Lennard jones ini menggambarkan adanya gaya tolak-menolak dengan suku
yang mndominasi pada jarak dekat dan gaya tarik menarik dengan suku
yang mendominasi pada jarak jauh.

Universitas Sumatera Utara

Gambar 2.8 Grafik Gradient Potensial Lennard Jones

Dari persamaan (2.29), maka dapat diturunkan untuk masing-masing sumbu:

Maka diperoleh:

(2.21)

Universitas Sumatera Utara