Pendeteksian Gen Abnormal dengan Pemeriksaan

Kromosom
Pendahuluan
Genetika, yakni ilmu pengetahuan mengenai keturunan, adalah disiplin ilmu yang mendasar
dalam biologi. Semua makluk hidup merupakan hasil pengaruh dari dalam dan luar. Unit
keturunan (gen) merupakan dalam makluk hidup (kemampuan/keterbatasan secara
biologis), sedangkan lingkungan merupakan luar yang akan berpengaruh secara anatomis,
biokemis, fisiologis, dan watak-watak tingkah laku. Karena dampak potensial studi genetik
sangat besar bagi kehidupan semua makluk, maka setiap orang mutlak perlu mempunyai
pengetahuan dasar mengenai prinsip-prinsip ilmu ini. Penyakit-penyakit yang terjadi dewasa
ini juga menunjukkan adanya gen yang abnormal pada tubuh manusia. Pendeteksian gen
abnormal ini dapat dilakukan dengan cara pemeriksaan kromosom. Kemajuan yang tidak
terduga pada penguasaan dasar genetika pada penyakit manusia didasarkan pada penerapan
biologi molekuler dalam kedokteran klinis.
Makalah ini diharapkan dapat menjadi sebuah referensi baru tentang pemeriksaan kromosom
dengan pemanfaatan enzim restriksi Eco R1 dalam emotongan sekuen dari DNA yang akan
digunakan untuk pendeteksian adanya gen abnormal pada tubuh manusia. Makalah ini
disertai pula dengan pembahasan kasus ditemuinya noda hitam pada wajah anak sejak lahir
yang diduga karena adanya gen yang abnormal dalam tubunhnya di mana digunakan teknik
DNA rekombinan dan enzim retriksi untuk memotong rangkaian basa nitrogen pada gen
abnormal.

Pemeriksaan Kromosom dengan Penggunaan Teknik DNA Rekombinan

Untuk memahami mengapa gen dari satu individu berbeda dengan individu lain dan
bagaimana memanfaatkan perbedaan ini untuk mendiagnosis penyakit, paling sedikit
diperlukan pemahaman dasar mengenai teknik DNA rekombinan. Teknik DNA rekombinan
pada hakikatnya merupakan perpaduan sejumlah teknik. Yang paling penting dari teknik-

teknik ini adalah (1) pemotongan DNA tertentu dengan enzim restriksi yang sangat
memudahkan isolasi dan manipulasi setiap gen yang dikehendaki; (2) pengurutan secara
cepat semua nukleotid dalam fragmen DNA yang telah dimurnikan, yang memungkinkan
penentuan batas-batas sebuah gen secara tepat serta urutan asam amino menyandikannya; (3)
hibridisasi asam nukleat, yang memungkinkan kita menemukan rangkaian DNA atau RNA
tertentu dengan ketelitian dan kepekaan tinggi berdasarkan kemampuannya mengikat suatu
untaian asam nukleat komplementer; (4) kloning DNA, yaitu apabila sebuah fragmen DNA
tertentu telah diintegerasikan ke dalam suatu unsur genetik yang dapat menggandakan diri
sendiri (plasmid atau virus) dan hidup pada bakteri sehingga sebuah molekul DNA dapat
direproduksi untuk menghasilkan salinan identik yang berjumlah jutaan; dan (5) rekayasa
genetika, yaitu suatu cara mengubah urutan DNA untuk memodifikasi gen, yang selanjutnya
dimasukkan kembali ke dalam sel atau organisme. Langkah pertama dalam menentukan
variasi individual dalam gen meliputi isolasi gen (atau fragmen DNA) yang mengandung
urutan yang berubah-ubah dan memperoleh jumlah gen yang adekuat. Isolasi gen ini
dilakukan dengan pemotongan DNA tertentu dengan menggunakan enzim restriksi.

Teknologi DNA Rekombinan Digunakan dalam Pemeriksaan Analisis Molekuler

terhadap Penyakit
A. Variasi gen Normal: ada variasi normal rangkaian DNA yang sama seperti yang
terlihat pada struktur manusia dengan aspek yang lebih nyata. Variasi rangkaian DNA,
yang dinamakan polimorfisme, terjadi kurang lebih sekali dalam setiap 500
nukleotida, atau sekitar 107 kali per genom. Tanpa diragukan, terdapat pula
penghapusan atau penyisipan DNA di samping penggantian basa tunggal. Pada orang
yang sehat, perubahan ini tampak jelas terjadi dalam daerah bukan pengkode DNA
atau pada tempat yang tidak menimbulkan perubahan pada protein yang dikode.
Polimorfisme struktur DNA yang bisa diwariskan ini dapat disertai penyakit tertentu.
Seperti yang diceritakan dalam kasus, timbul noda hitam pada wajah anak sejak lahir,
hal ini bisa dikaitkan dengan adanya perubahan struktur basa nitrogen pada DNA
yang menimbulkan perubahan pada protein yang dikode sehingga timbul noda hitam
di wajah anak. Polimorfisme struktur DNA yang bisa diwariskan ini dapat digunakan
untuk melacak gen spesifik yang terlibat.

B. Variasi Gen yang Menyebabkan Penyakit: ilmu genetika klasik mengajarkan bahwa
sebagian besar penyakit genetik terjadi akibat mutasi titik (point mutation) yang
menghasilkan protein cacat. Masalah ini dapat dilukiskan pula dalam kasus. Produksi
protein yang cacat dapat menyebabkan timbulnya noda hitam pada wajah.
C. Mutasi Titik : Contoh mutasi titik ini adalah substitusi DNA G ke C yang selanjutnya
akan menyebabkan perubahan C ke G dalam mRNA sesuai dengan kodon. Kodon
yang telah berubah ini menentukan asam amino yang berbeda dan hal ini
menyebabkan kelainan. Hal ini mungkin saja juga terjadi pada kasus timbulnya noda
hitam pada wajah. Terjadi mutasi titik pada sekuens basa nitrogen sehingga protein
yang dihasilkan pun berbeda dengan yang dihasilkan dari sekuens basa nitrogen yang
normal.
D. Penghapusan, Penyisipan dan penyusunan Kembali DNA : Berbagai penelitian
terhadap bakteri, virus, ragi dan lalat buah memperlihatkan bahwa potongan DNA
dapat bergerak dari satu tempat lain dalam genom. Penghapusan potongan DNA yang
menentukan penyusunan kembali DNA dalam suatu gen, atau penyisipan potongan
DNA di dalam daerah regulasi atau pengkode, semuanya dapat menyebabkan
perubahan dalam ekspresi gen yang mengakibatkan penyakit. Analisis molekuler
terhadap terjadinya spot hitam pada wajah anak menghasilkan contoh proses ini,
khususnya proses penghapusan, sebagai penyebab penyakit ini. Pemeriksaan analisis
yang serupa dapat dilakukan untuk sejumlah penyakit lainnya. Mutasi titik biasanya
ditentukan melalui perangkaian gen yang bersangkutan, sekalipun kadang-kadang bila
mutasi tersebut menghancurkan atau menciptakan suatu enzim tempat restriksi, maka
teknik analisis fragmen restriksi dapat digunakan untuk mempersempit lokasi lesi.
Penghapusa atau penyisipan DNA yang berukuran lebih besar dari 50 bp kerapkali
dideteksi dengan prosedur Southern Blotting.
E. Analisis Silsilah : penggantian basa nitrogen dalam untaian DNA akibat suatu mutasi
akan mengubah rangkaian dalam daerah yang bersesuaian dengan kodon dari :
G AAT C C
C T TAG G

untai pengkode
untai cetakan

G AAT G C

untai pengkode

C T TAC G

untai cetakan

ke

dan menghancurkan tempat pengenalan enzim restriksi Eco R1 (GAATTC; yang

ditunjukkan anak panah vertikal kecil). Tempat 5 dan 3 Eco R1 lainnya dari tempat
tersebut tidak terkena sehingga akan terpotong. Karena itu, inkubasi DNA dari orang
yang normal dan abnormal akan menghasilkan pola yang berbeda pada pemeriksaan
transfer Southern Blot. Analisis silsilah telah diterapkan pada sejumlah penyakit
genetik dan paling berguna bagi kelainan yang disebabkan oleh penghapusan serta
penyisipan, atau pada kasus langka dengan tempat pemecahan enzim endonuklease
yang terkena, sebagaimana terlihat dalam contoh.
F. Polimorfisme Panjang Fragmen Restriksi
Perbedaan pada rangkaian DNA seperti disebutkan di atas mengakibatkan variasi
tempat restriksi dan demikian juga panjang fragmen restriksi. Perbedaan yang
diturunkan pada pola restriksi dikenal sebagai polimorfisme panjang fragmen
restriksi.
Enzim Retriksi Menghidrolisis Molekul-molekul DNA pada Rangkaian-rangkaian
Nukleotid Tertentu
Banyak bakteri memproduksi enzim yang disebut nuklease restriksi, yaitu enzim yang
melindungi bakteri dengan cara menguraikan molekul-molekul DNA yang dibawa masuk ke
dalam sel oleh virus. Setiap enzim ini mengenali rangkaian empat sampai delapan buah
nukleotid tertentu yang terdapat dalam DNA. Sebuah nuklease restriksi tertentu akan
memotong setiap molekul DNA heliks rangkap yang diekstrasi dari sebuah sel menjadi
sejumlah fragmen DNA tertentu yang disebut fragmen-fragmen retriksi. Enzim restriksi
diberi nama menurut bakteri tempat tersebut diisolasikan. Sebagai contoh, EcoRI berasal dari
Eschericia coli. Tiga huruf pertama dalam enzim restriksi terdiri atas huruf pertama yang
menyatakan genus (E) dan dua huruf berikutnya yang menyatakan spesies (co). Tiga huruf ini
dapat diikuti dengan simbol strain (R) dan angka romawi misalnya I untuk menunjukkan
urutan penemuan. Di dalam kasus, untuk mendeteksi adanya kelainan genetik atau tidak pada
anak, dapat dibuat ekstrasi dari sebuah sel dan diambil fragmen DNA nya untuk dilihat
sekuen basa nitrogennya. Sebagai kontrol, dibuat juga ekstraksi sel tertentu untuk diambil
fragmen DNA orang tuanya. Sebagai contoh digunakan enzim restriksi EcoRI untuk
memotong sekuen basa nitrogennya. Enzim EcoRI memutuskan rangkaian basa nitrogen
berikut :

G AAT T C
C T T AAG

Seperti yang sudah dijelaskan di atas, apabila terdapat gen yang abnormal, inkubasi DNA nya
akan menghasilkan pola yang berbeda, karena pada gen yang abnormal susunan basanya
sudah berbeda dengan gen yang normal sehingga letak pengenalan enzim EcoRI nya pun juga
sudah lain. Hal inilah yang digunakan untuk pendeteksian adanya gen abnormal pada
seseorang yang mengalami kelainan genetik seperti yang digambarkan pada kasus.

Elektroforesis Gel dengan Cepat Memisah-misahkan Molekul DNA yang Beragam

Ukuran
Dengan sebuah variasi terbaru metode elektroforesis gel agarose, yang disebut elektroforesis
gel medan berpulsa, kita dapat memisah-misahkan molekul-molekul DNA yang sama
ukurannya. Elektroforesis gel biasa tidak mampu memisahkan molekul-molekul ini karena
medan listrik yang mantap menyebabkan molekul-molekul tersebut merentang seperti ular
dan bergerak lurus menembus gel dengan kecepatan yang tidak bergantung pada panjang
mereka. Akan tetapi, dengan pengubahan-pengubahan yang beraturan dan sering terhadap
arah medan listrik, molekul-molekul dapat dipaksa mengubah orientasi gerak mereka suatu
proses yang memperlambat laju molekul lebih besar. Kromosom-kromosom akan tampak
sebagai pita-pita yang terpisah pisah pada gel medan berpulsa, maka penataan kembali
kromosom-kromosom itu dapat langsung dideteksi.
Pita-pita DNA gel-gel agarose dan poliakrilamida tentu saja tidak akan tampak kecuali jika
DNA diberi label atau diwarnai. Salah satu metode yang peka untuk mewarnai DNA adalah
dengan cara merendam gel dalam zat warna ethidium bromida sesudah menjalani
elektroforesis. Zat warna ini berpendar bila disinari dengan cahaya ungu ultra.
Teknik elektroforesis gel merupakan teknik yang ampuh untuk membedakkan gen normal
dan abnormal dengan cara memisahkan ukuran mereka.

Gambar 1. Elekroforesis Gel

Kesimpulan
Noda hitam di wajah sejak lahir dapat dideteksi dengan pemeriksaan kromosom dan teknik
DNA rekombinan.

Daftar Pustaka