Plasmid dan Baktriofag

MAKALAH SAINS MASA DEPAN

Oleh:
Gde Parie Perdana
I Putu Eka Putra Sanjaya
Ni Nyoman Yuli Adelina
Made Krisna Semara Putra

PENDIDIKAN SAINS
PROGAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA
2016

DAFTAR ISI

COVER
DAFTAR ISI
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang .........................................................................................

1.2 Rumusan Masalah ....................................................................................

1.3 Tujuan ......................................................................................................

1.4 Manfaat ....................................................................................................

BAB II PEMBAHASAN
2.1 Plasmid ....................................................................................................

2.1.1 Karakteristik Dasar Plasmid..................................................................

2.1.2 Ukuran dan Copy Number ....................................................................

2.1.3 Konjugasi dan Kompatibilitas ...............................................................

2.1.4 Klasifikasi Plasmid ...............................................................................

2.2 Bakteriofag .............................................................................................

2.2.1 Struktur Virus Bakteriofag .................................................................... 10

2.2.2 Proses Penggandaan Bakteriofag .......................................................... 11
2.2.3 Siklus Litik dan Lisogenik .................................................................... 12
2.2.4 Virus Bakteriofag ............................................................................... 15
BAB III PENUTUP
3.1 Kesimpulan .............................................................................................. 18
3.2 Saran ......................................................................................................... 18
DAFTAR PUSTAKA

ii

BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bioteknologi merupakan penerapan prinsip ilmu dan rekayasa dalam
pemanfaatan makhluk hidup (bakteri, fungi, virus, dan lain-lain) maupun produk
dari makhluk hidup (enzim, alkohol) dalam proses produksi untuk menghasilkan
barang dan jasa. Dewasa ini, perkembangan bioteknologi tidak hanya didasari pada
biologi semata, tetapi juga pada ilmu-ilmu terapan dan murni lain, seperti biokimia,
komputer, biologi molekular, mikrobiologi, genetika, kimia, matematika, dan lain
sebagainya. Bioteknologi dapat meningkatkan kualitas suatu organisme melalui
aplikasi teknologi. Aplikasi teknologi tersebut berupa modifikasi fungsi biologis
suatu organisme dengan menambahkan gen dari organisme lain atau merekayasa
gen pada organisme tersebut.
Rekayasa gen ini berlangsung dengan beberapa tahapan. Tahapan-tahapan
tersebut adalah isolasi DNA genomik/kromosom yang akan diklon, pemotongan
molekul DNA menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai ukuran, isolasi DNA
vektor, penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan molekul
DNA rekombinan, transformasi sel inang menggunakan molekul DNA
rekombinan, reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan analisis DNA
rekombinan.
Sebuah molekul DNA harus menampilkan beberapa fitur agar dapat bertindak
sebagai vektor dalam kloning gen. Yang paling penting adalah mampu mereplikasi
dalam sel inang, sehingga banyak salinan dari molekul DNA rekombinan dapat
diproduksi dan diteruskan ke sel anak. Sebuah vektor kloning diperlukan relatif
kecil, sebagian besar molekul cenderung memecah selama pemurnian dan sulit
untuk memanipulasi. Dua jenis molekul DNA yang memenuhi kriteria ini dapat
ditemukan dalam sel-sel bakteri: plasmid dan kromosom bakteriofag. Meskipun
plasmid sering digunakan sebagai vektor kloning, tetapi jenis yang paling penting
dari vektor yang digunakan saat ini berasal dari bakteriofag. Oleh karena itu,
plasmid dan bakteriofag sangat penting untuk dikaji dalam rekayasa genetika.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang masalah di atas, penyusun merumuskan rumusan
masalah sebagai berikut.
1.2.1 Bagaimana plasmid dalam rekayasa gen?
1.2.2 Bagaimana bakteriofag dalam rekayasa gen?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dari penyusunan karya tulis ini adalah sebagai berikut.
1.3.1

Untuk memahami plasmid dalam rekayasa gen.

1.3.2

Untuk memahami bakteriofag dalam rekayasa gen

1.4 Manfaat
Penyusunan karya tulis ini diharapkan dapat membantu pembaca untuk
memahami rekayasa genetika dalam perkembangan bioteknologi terutama dalam
kajian plasmid dan bakteriofag.

BAB II
PEMBAHASAN

2.1 PLASMID
Plasmid merupakan molekul DNA yang berbentuk sirkuler dan mempunyai
untaian ganda yang dapat mereplikasi diri. Plasmid biasanya dapat ditemukan pada
bakteri. Di dalam satu sel dapat ditemukan lebih dari satu plasmid dengan ukuran
yang bervariasi namun semua plasmid tidak menyandikan fungsi yang penting
dalam pertumbuhan sel tersebut. Umumnya plasmid menyandikan gen gen yang
diperlukan agar dapat bertahan pada keadaan yang kurang menguntungkan
sehingga bila keadaan kembali normal, DNA plasmid dapat dibuang.

Gambar 1 Plasmid dalam sel Bakteri

2.1.1 Karakter Dasar Plasmid

Plasmid mempunyai karakter atau sifat yang yaitu membawa satu atau lebih
gen, mempunyai bentuk sirkuler double helix dengan ukuran 1kb sampai lebih dari
250kb. Ukuran plasmid sangat bervariasi tetapi pada uumnya lebih kecil dari
ukuran bahan genetic utama sel prokariotik. Sebagai contoh plasmid CoIV-K30
yang ada di dalam sel E.coli hanya berukuran sekitar 2 kb. Pada bakteri jumlah
plasmid yang dimiliki bervariasi bahkan sampai ribuan atau bahkan tidak memiliki
plasmid. Plasmid dapat bereplikasi sendiri (tidak tergantung pada kromosom) dan
membawa beberapa gen tapi tidak penting (maksudnya ada atau tidak ada gen
tersebut, sama saja. Misalnya gen resistensi terhadap senyawa tertentu). Umumnya
plasmid dimiliki oleh prokariot tetapi ada juga di eukariot seperti Entamoeba
histolityca, yeast dan dalam 1 sel tunggal terdapat 1 copy, untuk plasmid yang besar
bisa terdapat beratus-ratus copy plasmid. Ada yang banyak dan ada yang sedikit
copy-an plasmidnya. Plasmid juga bisa diisolasi, gampang dikeluarkan dari sel,
mudah dimanipulasi dan diiisolasi dari bakteri. Setelah dimodifikasi, plasmid

rekombinan tersebut dapat dintegrasikan (di-insert) ke dalam genom, tumbuhan,

protista, dan mamalia. Plasmid bisa berkembang menjadi banyak. Sehingga
walapun kecil, plasmid memiliki peranan penting dalam rekombinasi DNA.

Gambar 2 Replikasi Plasmid

2.1.2 Ukuran dan Copy Number

Ukuran plasmid juga menjadi salah satu faktor keberhasilan dalam kloning,
idealnya berukuran kurang dari l0kb, jika molekulnya besar cenderung terpecah
selama penyaringan, dan juga lebih sulit untuk dimodifikasi. Istilah Plasmid Copy
Number adalah rata-rata jumlah sejenis plasmid dalam sel. Berdasarkan jumlah
plasmid di dalam sel, plasmid dapat dibedakan menjadi: Low copy number plasmid,
dimana plasmid memiliki kemampuan replikasi rendah sehingga dalam satu sel
hanya mengandung satu atau beberapa plasmid yang sama saja. High copy number
plasmid, dimana plasmid memiliki kemampuan replikasi tinggi sehingga dalam
satu sel mengandung banyak plasmid yang sama, hingga ribuan. Contohnya
plasmid pada bakteri E.coli.

Gambar 3 Ukuran Plasmid

Gambar 4 Copy number plasmid

2.1.3 Konjugasi dan Kompatibilitas

Berdasarkan kemampuan mentransfer ke bakteri, plasmid dibedakan menjadi
dua yaitu: konjugasi dan non-konjugasi. Plasmid konjugasi adalah proses dimana
salah satu bakteri mentransfer materi genetik ke yang lain melalui kontak langsung.
Selama konjugasi, satu bakteri berfungsi sebagai donor materi genetik, dan yang
lain berfungsi sebagai penerima. Sedangkan non-konjugasi tidak melakukan
konjugasi. Plasmid ini hanya dapat di transfer dengan bantuan plasmid konjugasi.
Sebuah sel mikroba tunggal juga bisa menjadi inang untuk berbagai bentuk
plasmid. Kemampuan salah satu bentuk plasmid untuk hidup berdampingan dengan
bentuk yang berbeda disebut kompatibilitas, dan mereka dapat dibedakan menjadi
dua jenis berdasarkan kualitas ini, yaitu plasmid yang kompatibel dan tidak
kompatibel sehubungan dengan pengelompokan tertentu plasmid. Kompatibilitas
terlihat dalam kasus di mana plasmid berbeda dalam sistem replicatory mereka,

sementara ketidakcocokan terlihat

dalam kasus di mana plasmid
memiliki proses fungsional dan
replikasi yang sama. Hal ini karena
kesamaan

dalam

replikasi
terbentuknya

mekanisme
menyebabkan

lingkungan

yang

kompetitif di mana satu plasmid

mendominasi dan menghilangkan
lainnya.

Mereka

juga

dikategorikan sesuai dengan fungsi

yang

berbeda

yang

mereka

tunjukkan. Sebuah plasmid dapat

Gambar 5 Plasmid Konjugasi

dikategorikan sebagai bagian dari

dua atau lebih kelompok.

2.1.4 Klasifikasi Plasmid

Plasmid merupakan materi genetik di luar kromosom (ekstra kromosomal).
Tersebar luas dalam populasi bakteri.Terdiri dari beberapa 100 kpb, beratnya
1-3 % dari kromosom bakteri. Berada bebas dalam sitoplasma bakteri. Dapat
bersatu dengan kromosom bakteri. Dapat berpindah dan dipindahkan dari satu
spesies ke spesies lain. Jumlahnya dapat mencapai 30 atau dapat bertambah karena
mutasi. Plasmid terdapat di dalam sitoplasma organisme prokaryot dan eukaryot
sederhana uniseluler. Selain terdapat dalam bakteri, plasmid juga terdapat pada
Saccharomyces cerevisiae (plasmid 2m).
Berikut macam-macam plasmid dan peranannya
a. Pili F dan I.
Dua macam pili yang disebut, pili F dan I, diketahui terlibat dalam transfer
plasmid dari sel ke sel. Dua kelompok faga RNA diketahui menginfeksi sel
yang membawa plasmid yang dapat dipindahkan. Faga ini dapat digunakan
untuk melihat adanya pili F dan I pada sel. Dua macam pili ini dapat juga
dibedakan secara imunologi. Pili F dilibatkan dalam transfer faktor F dan

beberapa plasmid resisten-antibiotik. Pili F juga terdapat pada sel Hfr. Pili I
dilibatkan dalam transfer plasmid resisten-antibiotik, plasmid yang
menentukan-colicin, dan lainnya.
b. Faktor R.
Faktor R pertama kali ditemukan di Jepang pada strain bakteri enterik yang
mengalami resistensi terhadap sejumlah antibiotik (multipel resisten).
Munculnya resistensi bakteri terhadap beberapa antibiotik, sangat berarti
dalam

dunia

kedokteran,

dan

dihubungkan

dengan

meningkatnya

penggunaan antibiotik untuk pengobatan penyakit infeksi. Sejumlah

perbedaan gen-gen resisten-antibiotik dapat dibawa oleh faktor R. Plasmid
R100 disusun oleh 90 kpb yang membawa gen resisten untuk sulfonamid,
streptomisin/spektinomisin, asam fusidat, kloramfenikol, tetrasiklin dan
pembawa gen resisten terhadap merkuri. R100 dapat berpindah diantara
bakteri enterik dari genus Escherichia, Klebsiella, Proteus, Salmonella, dan
Shigella, tetapi tidak akan berpindah ke bakteri nonenterik Pseudomonas.
Juga sudah diketahui faktor R dengan gen resisten terhadap kanamisin,
penisilin, tetrasikliin, dan neomisin. Beberapa elemen resisten obat pada
faktor R merupakan elemen yang dapat bergerak, dan dapat digunakan dalam
mutagenesis transposon. Gen-gen untuk sifat yang tidak berhubungan dengan
resistensi antibiotik juga dibawa oleh faktor R. Yang terpenting diantaranya
menghasilkan pili untuk transfer konjugatif, tetapi faktor R juga membawa
gen untuk replikasi dirinya sendiri dan gen untuk mengatur produksi protein
yang mencegah pengenalan plasmid lain. Selanjutnya adanya satu faktor R
yang menghambat pengenalan dari tipe plasmid lain yang sama, suatu
fenomena yang diketahui sebagai ketidakcocokan. Karena faktor R dapat
mengalami rekombinasi genetik, gen dari dua faktor R dapat bergabung
menjadi satu. Rekombinasi plasmid merupakan suatu alat yang pertama kali
ditimbulkan oleh pembiakan organisme resisten-obat. Plasmid dapat
membawa gen yang berhubungan dengan fungsi-fungsi khusus lain, misalnya
pada Rhizobium sp berperan dalam fiksasi nitrogen, Streptococcus (grup N)
berperan dalam penggunaan laktosa, sistemgalaktose fosfotransferase,
metabolisme sitrat. Rhodospirillum rubrum berperan dalam sintesis pigmen

fotosintesis. Escherichia coli berfungsi dalam pengambilan dan metabolisme

sukrosa, ambilan sitrat. Pseudomonas sp. berfungsi dalam degradasi kamfor,
toluena, oktana, asam salisilat. Bacillus stearothermophilus berfungsi
menghasilkan enzim

-amilase. Alcaligenes eutrophus berperan dalam

penggunaan H2 sebagai energi oksidasi.

Klasifikasi plasmid berdasarkan kemampuan mentransfer ke bakteri.
a. Konjugasi: pada plasmid F menginisiasi terbentuknya philus (bakteri
jantan). philus adalah saluran yang menonjol, melekat, & melisis bakteri
lainnya, sebagai jembatan sitoplasma. Plasmid bereplikasi, kemudian
plasmid replikasi yang baru dipindahkan ke sel bakteri pasangannya.
Plasmid ini memiliki 25 gen yang diperlukan untuk transfer.
b. Non konjugasi: plasmid non-konjugasi tidak melakukan konjugasi.
Plasmid ini hanya dapat di trannsfer dengan bantuan plasmid konjugasi.
c. Mobilisabel: pada saat tertentu bisa pindah, pada saat lain tidak. Membawa
hanya sebagian dari gen diperlukan untuk transfer. Juga bisa pindah
(parasit) pada saat konjugasi plasmid .
Beberapa jenis plasmid bisa hidup berdampingan dalam satu sel. Di sisi lain,
plasmid terkait seringkali tidak sesuai, yang mengakibatkan hilangnya plasmid
tersebut.

Gambar 6 Transfer seksual plasmid ke bakteri lain melalui pilus a. Plasmid F, memiliki 25 gen yang
diperlukan untuk transfer

Plasmid berdasarkan fungsinya :

a. Plasmid (F) fertilitas: untuk konjugasi, terdapat dalam gen untuk phili
b. Plasmid (R) resistensi: mengandung gen-gen yang membawa resistensi
bakteri, antibiotik, maupun racun.
c. Col-Plasmid, mengandung kolkisin yang dapat membunuh bakteri yang lain
d. Plasmid degradasi, plasmid yang mempunyai gen yang dapat menghasilkan
senyawa yang dapat mencerna, misalnya toluene atau asam salisilat
e. Plasmid virulence (patogen opertunistik): plasmid yang dapat menyebabkan
patogen. Bila masuk ke dalam sel bakteri, dapat mengubah bakteri yang
tidak patogen menjadi patogen.
f. Addiction system: plasmid ini menghasilkan racun jangka panjang dan
pengakal singkat. Sel anak yang menyimpan salinan plasmid bertahan
hidup, sementara sel anak yang gagal untuk mewarisi plasmid meninggal
atau menderita penurunan pertumbuhan tingkat karena racun tersisa dari sel
induk.

2.2 BAKTERIOFAG
Virus yang menyerang bakteri diamati oleh Twort dan d'Herelle pada tahun
1915 dan 1917. Mereka mengamati bahwa bakteri usus tertentu dalam kultur
cair dapat dibubarkan dengan penambahan filtrat bebas bakteri yang diperoleh dari

limbah. Lisis sel-sel bakteri dikatakan dibawa oleh virus yang dikatakan sebagai "
filterable poison" ("virus" adalah bahasa Latin untuk "racun").
Bakteriofage berasal dari kata bacteria dan phagus (bahasa Yunani). Dari asal
kata tersebut, maka dapat disimpulkan bahwa bakteriofage merupakan virus yang
menyerang bakteri. Bakteriofage memiliki 2 macam cara untuk mereplikasikan
dirinya, yaitu daur litik dan daur lisogenik. Replikasi tersebut baru dapat dilakukan
ketika virus ini telah masuk ke dalam sel inangnya (bakteri). Bakteriofage termasuk
ke dalam ordo Caudovirales. Salah satu contoh bakteriofage adalah T4 virus yang
menyerang bakteri Eschericia coli. E. coli merupakan bakteri yang hidup pada
saluran pencernaan manusia.
Bakteriofage memiliki sebuah inti asam nukleat dikelilingi oleh selubung
protein atau kapsid. Kapsid tersusun dari subunit-subunit morfologis yang disebut
kapsomer. Kapsomer terdiri dari sejumlah subunit atau molekul protein yang
disebut protomer. Fage mempunyai simetri kubus atau helical. Fage kubus adalah
benda padat teratur, sedangkan fage helical berbentuk batang. Pada umumnya
bakteriofage kepalanya polyhedral tetapi ekornya berbentuk batang (Pelczar dan
Chan, 1986:271). Bakteriofage adalah virus yang menggandakan dirinya sendiri
dengan menyerbu bakteri. Dibandingkan dengan virus, sangat kompleks dan
mempunyai beberapa bagian berbeda yang diatur secara cermat. Semua virus
memiliki asam nukleat, pembawa gen yang diperlukan untuk menghimpun salinansalinan virus di dalam sel hidup. Pada virus T4 asam nukleatnya adalah DNA, tetapi
pada banyak virus lain, termasuk virus penyebab AIDS, polio, dan flu, asam
nukleatnya adalah RNA.

2.2.1 Struktur Virus Bakteriofage

Gambar 7 Struktur Bacteriofage

10

1. Kapsid , Kapsid merupakan selubung terluar virus yang tersusun atas banyak
subunit protein yang disebut kapsomer. Kapsid inilah yang memberi bentuk
pada virus sekaligus sebagai pelindung virus dari kondisi lingkungan yang
merugikan virus. Bentuk kapsid virus berbeda-beda yaitu polihedral, batang,
bulat, oval, dan lain-lain.
2. Kepala, Kepala virus terdiri dari materi genetik yaitu berupa DNA dan bagian
luarnya diselubungi kapsid.
3. Isi tubuh, Bagian isi tersusun atas asam nukleat, yakni DNA saja atau RNA
saja. Bagian isi disebut sebagai virion. DNA atau RNA merupakan materi
genetik yang berisi kode-kode pembawa sifat virus. Berdasarkan isi yang
dikandungnya, virus dapat dibedakan menjadi virus DNA (virus T, virus cacar)
dan virus RNA (virus influenza, HIV, H5N1).
4. Ekor, Ekor virus merupakan alat untuk menempel pada sel hospes (inangnya).
Ekor virus terdiri atas tabung bersumbat yang dilengkapi serabut. Pada bagian
ekor terdapat lempengan dasar dan serabut ekor yang berfungsi sebagai alat
menempel dan tempat penginjeksian DNA ke dalam sel inang.

2.2.2 Proses Penggandaan Bakteriofag

Gambar 8 Proses penggandaan Bakteriofage

11

1. Virus menempel pada bakteri.

2. Dinding sel bakteri dilarutkan oleh enzim dari virus. Melalui lubang yang
sudah dilarutkan oleh enzim virus tersebut, DNA virus dimasukkan ke
dalam bakteri. Tahap ini disebut penetrasi.
3. DNA virus mengambil alih tugas DNA bakteri dan menggunakan metabolik
bakteri untuk menghasilkan komponen-komponen virus, seperti kapsid,
ekor, serabut ekor, dan kepala. Setiap komponen fage kemudian bersatu
dalam proses pematangan. Virus baru yang terbentuk dapat mencapai
jumlah 2001.000 virus.
4. Virus yang baru terbentuk mengeluarkan enzim lisozimnya untuk
menghancurkan dinding sel bakteri. Setelah dinding bakteri hancur atau
lisis, virus-virus baru dapat keluar dan menyerang sel-sel bakteri lainnya.
Bakteri mengalami kematian. Virus yang telah menginfeksi sel lain
mengulangi siklus litiknya kembali. Siklus litik yang menghasilkan virusvirus baru ini hanya membutuhkan waktu lebih kurang 20 menit untuk
setiap siklusnya.

2.2.3 Siklus Litik dan Lisogenik

Gambar 9 Siklus Litik dan Lisogenik

12

Siklus Litik
Pada tahapan siklus litik atau sering juga di sebut daur litik, replikasi fage dapat
menyebabkan sel inangnya menjadi pecah atau lisis. Replikasi fage biasanya terjadi
pada lima tahap yaitu pelekatan, penetrasi, sintesis, pematangan, dan pelepasan.
a. Fase absorpsi dan infeksi, virus (bakteriofage) mulai melekatkan diri dengan
organisme inang (bakteri Escherichia coli) di permukaan sel bakteri. Alat yang
digunakan oleh virus untuk melakukan perlekatan adalah serabut ekor yang ada
di bagian dekat struktur ekor. Virus harus mengenali reseptor virus pada
permukaan sel bakteri sebelum melakukan perlekatan.
b. Fase Penetrasi/injeksi, Virus melubangi membran sel inang dengan enzim
lisozim, kemudian menyuntikkan materi genetiknya kedalam sitoplasma sel
inang. Asam nukleat (molekul DNA atau RNA) dimasukkan ke dalam sel dan
akan melakukan tugasnya sebagai blue print kehidupan virus. Setelah asam
nukleat (DNA/RNAnya) masuk ke dalam sitoplasma sel, tahap selanjutnya
ditentukan apakah masuk ke dalam siklus litik atau siklus lisogenik. Apabila
virus masuk ke dalam siklus litik maka tahapan selanjutnya berturut-turut
adalah replikasi, perakitan dan lisis sel bakteri.
c. Fase Sintesis/Replikasi (Eklipase), materi genetik dari virus akan
menonaktifkan materi genetik sel inangnya, kemudian mengambil alih kerja
sel inang. Molekul DNA Virus memulai fungsinya sebagai materi genetik,
yaitu mensintesis protein yang berhubungan dengan struktur dan enzim virus.
Struktur virus pada fase ini mulai dibentuk, seperti struktur Kapsid, ekor dan
serabut ekor.
d. Fase Perakitan (Asembling), molekul-molekul protein (DNA) yang telah
terbentuk kemudian diselubungi oleh kapsid, berfungsi untuk memberi bentuk
tubuh virus. Struktur tubuh virus setelah disintesis mulai dirakit menjadi
struktur virus yang utuh sebagai virus-virus baru. Setiap virus hasil perakitan
memiliki struktur lengkap seperti virus pada umumnya.
e. Fase Lisis, virus-virus yang telah matang akan berkumpul pada membran sel
dan menyuntikkan enzim lisosom untuk menghancurkan membran sel. Virus
baru yang telah matang dan telah sempurna bentuk dan strukturnya akan keluar
dari sel inang. Virus-virus baru siap untuk menginfeksi sel inang lain.

13

Siklus Lisogenik
Siklus lisogenik adalah siklus reproduksi atau replikasi virus yang tidak
menyebabkan kematian sel inang pada akhir prosesnya. Setelah adsorbsi dan
injeksi, DNA virus akan berintegrasi dengan kromosom bakteri secara profage.
Sintesis DNA bakteri tidak dapat langsung dilakukan virus karena bakteri masih
mempunyai imunitas. Setelah imunitas bakteri hilang, DNA virus barulah dapat
mengendalikan DNA bakteri. Berikut ini tahapan proses reproduksi virus melalui
siklus lisogenik.
a. Fase absorpsi dan infeksi terjadi dimana virus menempel pada dinding sel
inang. Virus (bakteriofage) dalam fase ini mulai melekatkan diri dengan
organisme inang (bakteri Escherichia coli) pada bagian permukaan sel bakteri.
Alat yang digunakan oleh virus untuk melakukan perlekatan adalah serabut
ekor yang ada di bagian dekat struktur ekor. Virus harus mengenali reseptor
virus pada permukaan sel bakteri sebelum melakuan perlekatan.
b. Fase penetrasi atau injeksi terjadi dimana fag virus masuk ke dalam sel
bakteri. Asam nukleat (molekul DNA atau RNA) dimasukkan ke dalam sel dan
akan melakukan tugasnya sebagai blue print kehidupan virus. Virus masuk
pada siklus lisogenik maka tahapan selanjutnya adalah pengabungan kedua
macam asam nukleat (miliki virus dan milik sel inang), dan fase pembelahan.
c. Fase penggabungan terjadi saat DNA virus dan DNA bakteri bergabung
membentuk suatu profag. Dalam bentuk ini, hanya terdapat minimal 1 gen aktif
yang berfungsi mengkodekan protein reseptor. Setelah asam nukleat virus
berhasil dimasukkan ke dalam oragnisme inang, selanjutnya asam nuklaet
tersebut bergabung dengan DNA Kromosom organisme inang, dalam hal ini
DNA Kromosom bakteri. Penggabungan materi genetik ini bertujuan untuk
menitipkan DNA atau RNA virus ke DNA Kromosom untuk selanjutnya ikut
digandakan saat proses pembelahan sel. DNA Kromosom bakteri adalah DNA
yang memiliki informasi genetik bakteri termasuk salah satunya adalah
informasi perintah untuk melakukan pembelahan sel.
d. Fase replikasi terjadi saat profag membelah. Semakin sering bakteri
melakukan pembelahan sel, maka akan semakin banyak pula virus yang
dihasilkan. Virus pada fase ini akan memanfaatkan proses pembelahan sel

14

bakteri untuk penggandaan materi genetiknya yang sudah bergabung dengan

DNA Kromosom. Jika satu sel bakteri membelah menjadi dua bakteri (saat
pembelahan biner), maka akan didapat dua sel bakteri yang masing-masing di
dalamnya terdapat DNA virus. Begitu juga seterusnya, dari dua sel bakteri
tersebut akan terus mengalami pembelahan dan jumlah DNA virus yang
dihasilkan adalah sebanding dengan jumlah sel bakteri hasil pembelahan. Jika
jumlah DNA virus yang dibutuhkan sudah cukup, DNA virus akan
memisahkan kembali dan virus akan masuk ke daur litik melalui fase sintesis
(replikasi). Akhir Daur Lisogenik ini akan berubah menjadi litik dengan
pembentukan virus baru apabila inang tidak kuat sehingga profage
menghancurkan inangnya.
2.2.4 Virus Bakteriofag
Bakteriofag adalah virus yang sel inangnya berupa bakteri. Dengan daur
hidupnya yang bersifat litik atau lisogenik bakteriofag dapat digunakan sebagai
vektor kloning pada sel inang bakteri. Ada beberapa macam bakteriofag yang biasa
digunakan sebagai vektor kloning, diantaranya adalah bakteriofag dan M13.
a. Bakteriofag
Bakteriofag atau fag merupakan virus kompleks yang menginfeksi bakteri
E. coli. Berkat pengetahuan yang memadai tentang fag ini, kita dapat
memanfaatkannya

sebagai

vektor

kloning

semenjak

masa-masa

awal

perkembangan rekayasa genetika. DNA yang diisolasi dari partikel fag ini
mempunyai konformasi linier untai ganda dengan panjang 48,5 kb. Namun masingmasing ujung fosfatnya barupa untai tunggal sepanjang 12 pb yang komplementer
satu

sama

lain

sehingga

memungkinkan

DNA

untuk

berubah

konformasinyamenjadi sirkuler. Dalam bentuk sirkulet, tempat bergabungnya

kedua untai tunggal sepanjang 12 pb tersebut dinamakan kos. Seluruh untai basa
DNA telah diketahui.
Secara alamiah terdapat lebih dari satu tempat pengenalan restriksi untuk
setiap enzim restriksi yang biasa digunakan. Oleh karena itu, DNA tipe alami
tidak cocok untuk digunakan sebagai vektor kloning. Akan tetapi saat ini telah
banyak dikonstruksi derivat-derivat DNA yang memenuhi syarat sebagai vektor

15

kloning. Ada dua macam vektor kloning yang berasal dari DNA , yaitu vektor
insersional dan vektor substitusi. Vektor insersional adalah vektor yang dnegan
mudah dapat disisipi oleh fragmen DNA asing. Sedangkan vektor substitusi adalah
vektor yang untuk membawa fragmen DNA asing sebagian atau seluruh urutan
basanya yang terdapat didaerah non-esensial dan menggantinya dengan urutan basa
fragmen DNA asing tersebut. Diantara kedua masam vektor tersebut, vektor
substitusi lebih banyak digunakan karena kemampuannya untuk membawa fragmen
DNA asing hingga 23 kb. Salah satu contohnya adalah WES, yang mempunyai
mutasi pada tiga gen esensial, yaitu W, E, dan S. vektor ini hanya dapat digunakan
pada sel inang yang dapat menekan mutasi tersebut. Cara substitusi fragmen DNA
asing pada daerah non-esensial membutuhkan dua tempat pengenalan restriksi
untuk setiap enzim restriksi. Jika suatu enzim restriksi memotong daerah
nonesensial di dua tempat berbeda, maka segmen DNA di antara kedua tempat
tersebut akan dibuang untuk selanjutnya digantikan oleh fragmen DNA asing. Jika
pembuatan segmen DNA tidak diikuti oleh subastitusi fragmen DNA asing maka
akan terjadi religasi vektor DNA yang kehilangan segmen pada daerah
nonesensial. Vektor religasi semacam ini tidak akan mampu bertahan di dalam sel
inang. Dengan demikian, ada suatu mekanisme seleksi otomatis yang akan
membedakan antara sel inang dengan vektor rekombinan dan sel inang dengan
vektor religasi.
Bakteriofag mempunyai dua fase daur hidup, yaitu fase litik dan fase
lisogenik. Pada fase litik, transfeksi sel inang (istilah trasnsformasi untuk DNA fag)
dimulai dengan masuknya DNA yang berubah konformasinya menjadi sirkuler
dan mengalami replikasi secara indenpenden atau tidak bergantung kepada
kromosom sel inang. Setelah replikasi menghasilkan sejumlah salinan DNA
sirkuler, masing-masing DNA ini akan melakukan transkripsi dan translasim
membentuk protein kapsid (kepala). Selanjutnya, tiap DNA akan dikemas dalam
kapsid sehingga menghasilkan partikel baru yang akan keluar dari sel inang untuk
menginfeksi sel inang lainnya. Sementara itu, pada fase lisogenik DNA akan
terintegrasi kedalam kromosom sel inang sehingga replikasinya bergantung kepada
kromosom sel inang. Fase lisogenik tidak menimbulkan lisis pada sel inang.
Didalam medium kultur, sel inang yang mengalami lisis akan membentuk plak

16

berupa daerah bening diantara koloni-koloni sel inang yang tumbuh. Oleh karena
itu, seleksi vektor rekombinan dapat dilakukan dengan melihat terbentuknya plak
tersebut.
b. Bakteriofag M13
Ada jenis bakteri lain yang dapat menginfeksi bakteri E.coli. berbeda dengan
yang mempunyai struktur ikosahedral berekor, fag jenis kedua ini mempunyai
struktur berupa filament. Contoh yang paling penting adalah M13, yang
mempunyai genom berupa untai tunggal DNA sirkuler sepanjang 6.408 basa.
Infeksinya pada sel inang berlangsung melaui pili, suatu penonjolan pada
permukaan sitoplasma. Ketika berada didalam sel inang genom M13 berubah
menjadi untai ganda sirkuler yang dengan cepat akan bereplikasi menghasilkan
sekitar 100 salinan. Salinan-salinan ini membentuk untai tunggal sirkuler baru yang
kemudian bergerak ke permukaan sel inang. Dengan cara seperti ini DNA M13
akan terselubungi oleh membran dan keluar dari sel inang menjadi partikel fag yang
infektif tanpa menyebabkan lisis. Oleh karena fag M13 terselubungi denngan cara
pembentukan kuncup pada membrane sel inang, maka tidak ada batas ukuran DNA
asing yang dapat disisipkan kepadanya. Inilah salah satu keuntungan penggunaan
M13 sebagai vektor kloning bila dibandingkan dengan plasmid dan .
Keuntungan lainnya adalah bahwa M13 dapat digunakan untuk sekuensing
(penentuan urutan basa) DNA mutagenesis tapak terarah (site directed mutagenesis)
karena untai tunggal DNA M13 dapat dijadikan cetakan (template) didalam kedua
proses tersebut. Meskipun demikian, M13 hanya mempunyai sedikit sekali daerah
pada DNA-nya yang dpat disisipi oleh DNA asing. Disamping itu tempat
pengenalan restriksinyapun sangat sedikit. Namun sejumlah derivat M13 telah
dikonstruksi untuk mengatasi masalah tersebut.

17

BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan yang diperoleh melalui pembahasan yang telah dilakukan
sebelumnya adalah sebagai berikut.
1. Karakter dasar plasmid yaitu berbentuk lingkaran tertutup dan untaiannya
ganda (double stranded), dapat melakukan replikasi sendiri di luar
kromosom inti, terdapat di luar kromosom, secara genetik dapat ditransfer
secara stabil, dan membawa satu gen atau lebih
2. Ukuran plasmid idealnya digunakan dalam cloning berukuran kurang dari
10kb dan copy number plasmid dapat dibedakan menjadi 2 yaitu high copy
number dan low copy number.
3. Plasmid dapat dibedakan menjadi 2 berdasarkan kemampuan transfer
bakteri yaitu konjugasi dan non-konjugasi. Dan untuk dapat hidup
berdampingan dalam sel yang sama plasmid yang berbeda harus
kompatibel. Jika dua plasmid tidak kompatibel maka satu atau yang lain
akan cukup cepat hilang dari sel.
4. Bakteriofage merupakan virus yang menyerang bakteri. Bakteriofage
memiliki 2 macam cara untuk mereplikasikan dirinya, yaitu daur litik dan
daur lisogenik. Replikasi tersebut baru dapat dilakukan ketika virus ini
telah masuk ke dalam sel inangnya (bakteri).
5. Bakteriofag dapat digunakan sebagai vektor kloning pada sel inang bakteri.
Ada beberapa macam bakteriofag yang biasa digunakan sebagai vektor
kloning, diantaranya adalah bakteriofag dan M13.

3.2 Saran
Adapun saran-saran yang dapat penulis sampaikan yaitu sebaiknya dalam
mempelajari plasmid dan bakteriofag pembaca mengembang pengetahuan yang
dimiliki dengan mempelajari perkembangan plasmid dan bakteriofag terkini,
dengan memanfaatkan jurnal maupun artikel-artikel penelitian internasional yang
saat ini tengah menjadi topic perbincangan, sehingga menggugah ide-ide penelitian.

18

DAFTAR PUSTAKA

Brown, T. A. 2006. Gene Cloning and DNA Analysis Fifth Edition. Balckwell
Publishing, UK
Campbell, N.A., Reece, J.B., Urry, L.A., Cain, M.L., Wasserman, S.A., Minorsky,
P.V., Jackson, R.B. 2012. Biology 9th Edition. Benjamin Cummings
Raven, P.H. & Johnson, G.B. 2002. Biology 6th Edition. McGraw-Hill, Boston

19