Analisis molekuler phylogenetic Human

Immunodeficiency Virus (HIV) Pada Pasien

A. Pendahuluan
Human phylogenetic virus type 1 (HIV1) adalah antigen yang
diklasifikasikan menjadi 3 grup: grup M (Main),grup O (Outiler),grup N
(non-M,non O).Penyebab utama terinfeksi HIV adalah grup M,yang pada
phylogenetic selanjutnya dibagi menjadi 10 subtipe atau kelas,yaitu: A-D
dan F-K.lasifikasi HIV dapat dilakukan berdasar analisis sekuens daerah
genom gag p17 atau genom utuh HIV.
Istilah phylogenetics berasal dari yunani dari istilah phyle/phylon yang
berate suku/ras dan genetikos yang berate berhubungan dengan
kelahiran.
Deteksi antibody terhadap HIV 1 dilakukan dengan 3 tehnik yaitu:
1. Paper strip
2. EIA (Acon)
3. ELISA (Axion)
Deteksi RNA HIV dilakukan dengan One Step Reverse Transcription (RT)
Polimerase Chain Reaction (PCR) Test (Invirogen ) menggunakan
pasangan primer berdasarkan gen gag daerah p17.pendekatan yang
paling sering dilakukan adalah perbandingan urutan gen menggunakan
tehnik sequence alignment untuk mengidentifikasi kesamaan.Aplikasi
lainnya dari molekuler phylogeny adalah DNA barconding,dimana spseies
dari orgenisme individu diidentifikasi menggunakan bagian kecil
mitrokondria DNA.
B. Metode penelitian
Pada sample darah akan dilakukan pemeriksaan antibody terhadap HIV
dengan metoda,yitu: stipr test,EIA,ELISA test dan pemeriksaan PCR
terhadap RNA HIV.
Pemerikssan terhadap antigen ini dilakukan dengan berbagai cara ,yaitu;
1. Pemerikssan laboratorium
Dalam penelitian ini,dilakukan pemeriksaan anti HIV dalam plasma
darah penderita.pemeriksaan antibody menggunakan Tri-line HIV
Rapid test Devince dari acon.
2. Pemeriksaan PCR HIV

Dalam penelitian ini dilakukan beberapa pemeriksaan dengan tahapan

:
a. Ekstrasi RNA HIV dari serum dan sintesis Cdna hiv
b. Reasksi amplifikasi dengan PCR
c. Elektroferesis agar
d. Pembuatan foto dari hasil gel leketroforesis
3. Skuensing
Pada hasil PCR yang positif selanjutnya dilakukan skuensing dengan
tahapan:
a. Purifikasi DNA HIV hasil PCR
b. Elektroforesis agar hasil purifikasi DNA
c. Purifikasi DNA HIV dari low melting agarosa
d. Lebelling DNA murni dengan PCR prosekuensing
e. Purifikasi DNA hsil PCR
f. Elektroferesis dengan mesin Sequencer ABI 310
C. Hasil penelitian
Dalam penelitian ini digunakan 51 sampel sera yang berasal dari pasien
dengan HIV yang berobat di Rumah Sakit .
Hasil :
1. antibody HIV terdeteksi pada 96,08% (51) penderita suspect HIV
2. RNA HIV terdeteksi pada 57,14% (48).
Hasil pemeriksaan antibody terhadap HIV pada 51 pasien plsma
penderita tersebut didapatkan 2 plasma penderita memberikan hasil
pemeriksaan antibody negative dan 48 serum penderita memberikan
hasil positif terhadap ketiga macam pemeriksaan antibody terhadap HIV .

D. Kesimpulan
Penggunaan tiga macam pemeriksaan untuk antibody terhadap HIV ini
dimaksud untuk menghindari kesalahan dalam pembuatan diagnosis.
HIV merupakan antigen yang menyerang respon imun,satu sampel HIV
mempunyai insersi 18 nukloetida yang masih peril diteliti lebih lanjut.
E. Sumber
Maj Kedokt Indon,Volum 60,Nomor : 4 April 2010